5C6JA

Crystal structure of gadolinium derivative of hewl solved using free-electron laser radiation
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Towards phasing using high X-ray intensity.
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5c6jA00
3B0IA 1O23A 3E3DA 3K3TA 3WXUA 1GWDA 5KXYA 1NDMC 5KXMA 4NSIA 2Z37A 1KXYA 3EBAB 2BQFA 1P2CC 1I1ZA 1LZ1A 2W1XA 4G4HA 3TXEA 5I4WA 1NKHA 4H92A 1GFGA 3WW5A 5IDDA 4AGAA 1DZBX 1LZEA 4N5RA 3WU8A 1QIOA 2Z12A 1LMAA 2XTHA 3WPKA 1TBYA 1OUFA 4DD2A 1B7QA 5LYMA 1GPQC 1JKAA 1B7LA 4WG1A 3RT5X 2YDGA 2D4JA 1LMNA 1C43A 4GCBA 1OUHA 2F30A 1LSCA 1OQMA 1LZ8A 4WL6A 4XYYA 1WQRA 1BVXA 2IFFY 3LYOA 1LSGA 1FN5A 1CKGA 4Z46A 4IATA 4WLYA 1GE1A 3A67Y 1D0KA 133LA 1LOZA 4B1AA 1KXWA 8LYZA 1NBYC 1LHMA 1ZVHL 2C8PA 4H93A 5LA8A 1LSFA 1IVMA 1SLYA 3AGHA 1LYOA 1V7TA 2HTXA 1DI3A 1VFBC 1VDQA 2Z2EA 3TMXA 3VWOA 1LJ4A 1C46A 1LJ3A 4DD1A 5C6JA 4FJRA 1LZBA 2XBRA 4MCKA 3W6BA 4XADA 1DKKA 2HU1A 1LZAA 1LZSA 4H1PA 3TXIA 1IWYA 1F0WA 4GCDA 4HTKA 4OWEA 2BQNA 1WQOA 1YL1X 1E8LA 5FSTA 5LA5A 4HP0A 1GB6A 4HJVA 1A4VA 5APCA 2D6BA 1XGQC 3AZ6A 3FI7A 4DD3A 3P64A 1UIEA 4DDAA 5L3HA 2N5ZA 1HSXA 4WLXA 1GEZA 2I6ZA 3HBHA 1YKXX 5B05A 1DPWA 2GV0A 4N9RA 1GFVA 1NQIA 2Y8PA 1UIAA 1RI8B 3LHMA 1LSYA 1WTMA 4ET9A 3CSZA 2X0AA 3TMVA 4IASA 4D9ZA 4KXIA 4NWEA 1VEDA 1GE3A 4GCEA 4WM1A 2A7DA 2C8OA 1BWHA 1LZ5A 3F6ZA 1B7PA 4NGLA 5LXWA 2BQDA 4HPIA 4NSGA 5D5CA 1F6SA 1GHLA 1TDYA 2Z18A 4HTNA 4ZEEA 4GN3A 207LA 1GXV2 2BAAA 4NFVA 4YENA 5B1GA 5LAGA 1JSFA 4OOOA 1IP4A 2ZIKA 1CJ9A 5E4PA 1LSMA 4TWSA 1RE2A 4GCFA 1DQJC 2WARA 1YKYX 5F9XA 1VAUA 1B5XA 1CKFA 1GB0A 6LYZA 3G3AB 1A2YC 2BQBA 1T3PA 2MEBA 4TSCA 3B6LA 3WPJA 1REMA 1B2KA 1LMTA 1LZTA 2HEDA 2ZYPA 4TX7A 3WMKA 3TXKA 1YKZX 1GF5A 1UIGA 5LVHA 1AT6A 1UUZC 3A3QA 4YOPA 5KXRA 4QDNA 4G49A 5DL9A 3P66A 5JENB 2BPUA 1FKQA 1G7HC 4ZFPA 1QUTA 1UACY 3SP3A 1YAQA 1JKBA 3A34A 4PRQA 1GD6A 1GFTA 1LZYA 5KKJA 1IWVA 1GBZA 1LZNA 1UICA 2BQLA 5KXLA 1LHJA 4ETAA 4GN5C 4WO6A 1GF9A 1XGTC 3J6KA 4H8ZA 5DM9A 4WM6A 4N1EI 1GFKA 4BAPA 154LA 3W6FA 3A94A 1LJIA 9LYZA 1CJ6A 7LYZA 4DD9A 6LYTA 1IR8A 2ZIJA 2I25L 2BQHA 4H9HA 4XENA 1HC0A 4BADA 1AKIA 4LFPA 1OP9B 1D6PA 4LT2A 1REXA 2BLYA 3WULA 5KJ9A 4LT0A 1LMCA 3CSQA 4HJYA 4FDYA 4OWAA 5EBHA 3TXGA 1KIPC 2D4IA 1NBZC 5KXNA 2RSCA 3W6AA 1JKDA 4RLMA 4ET8A 1LJEA 4H90A 1I56A 1VDPA 3LYTA 2YVBA 5ILCA 2I26L 4H9BA 4H8YA 2D4KA 1BB3A 4O34A 4DC4A 4NIJA 1WTNA 5HQ1A 1VDTA 1NHEA 4MSTA 4NG8A 4J0LA 1FBIX 4ETDA 3J4GA 1LAAA 1BGIA 1LSAA 5LVJA 5DN4A 4GN4A 4LT3A 2XBSA 3AW6A 1MELL 4NGOA 1BB5A 3LYMA 1W08A 2BQGA 3EMSA 1BQLY 4H91A 4LZTA 1LHHA 3OK0A 4LYTA 4R0FA 1XEIA 4NHIA 5HMJA 5M1YA 1IC7Y 1GBYA 2MEEA 2LHMA 4EMNA 1FDLY 1CKHA 3ATOA 5APEA 3HFMY 1QTEA 4MR1A 1JJ3A 4TSBA 3TXFA 1LSEA 4OW1A 1AM7A 1HEWA 1GFHA 1UIHA 2BQJA 1AT5A 4OWBA 4RDSA 5D5FA 4LYCA 135LA 4P2EA 1NWGA 1D6QA 2H9JA 1JTPL 2ZILA 1C45A 1B5WA 3T36A 5F14A 1LZ4A 1GF3A 3WL2A 1WVUA 5C6IA 3ULRA 2EPEA 2YBMA 1YIKA 1IWXA 1GB2A 3GXKA 4CFPA 1IP5A 4BS7A 1V7SA 5FELA 2ZNWY 1BWIA 2HEBA 1ZVYB 1JKCA 1DI5A 4QEQA 4YEMA 3QY4A 1GBSA 1NDGC 3RW8A 3P68A 3WPLA 5B1FA 4M4OA 1UIFA 5A3EA 4Z41A 2F2NA 2Z19A 2HEEA 1NF5A 3M18B 1HHLA 2BQEA 4KL7A 4TUNA 5KXTA 3WYHA 4J1BA 2YBNA 4H9CA 1EL1A 1OUIA 4NHPA 1LMPA 1B7NA 1XEJA 5HLLA 1GDXA 1RFPA 1GE2A 3WH1A 4DWXA 3TXDA 2IHLA 3A8ZA 4XJFA 4HTQA 1B5UA 2FYCA 2PC2A 4XJDA 4HV2A 1LHKA 1B7SA 1F10A 1JHLA 4NHQA 5F81A 3TMWA 4C5FA 1QQYA 5I53A 2DKVA 5I54A 4WMGA 1T6VL 3N9CA 1GBWA 1JUGA 3BKHA 3BKVA 4YEOA 5B06A 4C3WA 1HMLA 1LJHA 2ZWBA 1OUDA 4HV1A 1HNLA 4I8SA 1UA6Y 4LYZA 4CJ2A 3LN2A 4UWVA 3AZ5A 1XGRC 3CT1A 4PRUA 2CJLA 4CHXA 1KIQC 1UCOA 3WU9A 1QTKA 4LYOA 1WVVA 5HNCA 4H94A 2BQCA 3FE0A 1GAYA 4DDBA 4GLVA 4N0JA 1UC0A 4IJ4A 3WUAA 4WM3A 1XGPC 1HEOA 3CT5A 1LPIA 3AZ4A 2BQMA 2G4NA 1EQ4A 4II8A 3HBDA 3D3DA 2DBTA 2EKSC 4DD7A 1D9UA 2H9KA 3MGWA 1HELA 193LA 1IP3A 1YROA 3W6EA 134LA 153LA 1JJ1A 1GE0A 2DQFC 1B0DA 4NEBA 3AGIA 1GFRA 2BQAA 2VB1A 4GCCA 1LZRA 5I4YA 1CNSA 5F9UA 4H9AA 5LVIA 1QUSA 2D91A 1JJ0A 3LZ2A 4HSFA 3TXJA 4WO9A 2Q0MX 5IELA 2ZNXY 1GFAA 2HECA 3RZ4A 1EQEA 1PS5A 3EXDA 1LTMA 1HEQA 194LA 1QDTA 1IP6A 5K7OA 5LIOA 1RCMA 2YBJA 3P65A 1LMQA 2Z38A 3A95A 4DYGA 1INUA 3CSRA 3WXTA 4BAFA 4X3BA 4PJ2C 5LINA 4WOAA 2MEDA 1D0LA 1G7MC 3CT0A 1LSDA 4B49A 1KIRC 2MECA 5LAFA 1LSPA 1FLYA 1GE4A 5HMVA 3W3EA 3WUNA 1YAPA 1FLQA 2DQJY 1J1PY 1GF7A 2FYDA 4CFOA 1LZ6A 3A93A 1C10A 1XEKA 3LZTA 1JTTL 4KT3A 1J1OY 2LZTA 4QGZA 3IJUA 4U3XB 1CJ8A 1BVKC 2LYZA 5B07A 1IP2A 5A3ZA 2MEFA 1IO5A 4G4BA 1OUJA 5B59A 1PZYA 4B4JA 2LZ2A 4ETCA 1UIDA 1EQ5A 3CB7A 1LYYA 1UBZA 1AZFA 1GF8A 4WM4A 2FBBA 4G4CA 3WU7A 3WW6A 2DQGY 5LVGA 3AB6A 1YANA 1J1XY 3T6UA 1IP7A 1IOSA 1JIYA 1JSEA 5II3A 1WQQA 5I4XA 1GB5A 1XGUC 1HENA 1F6RA 3TMUA 1YAOA 5KXZA 1JWRA 4LT1A 2W1YA 5ILFA 1HERA 1GF0A 1IWTA 3RNXA 2CGIA 1JISA 4RW2A 4HJZA 1IX0A 2DQHY 2YBIA 5L3IA 3AYQA 4AXTA 1G7IC 4NGZA 1B7RA 4LGKA 2MEIA 5KXOA 4ETEA 1GB9A 4M6DA 1IOCA 5FCPA 2F4GA 208LA 3AZ7A 4PHIA 1GB8A 2HUBA 5FHWA 1H6MA 1LHLA 3N9AA 1LSNA 5FEKA 1B5ZA 1OUAA 2AUBA 1LYSA 1QSWA 1Z55A 4GLAA 4Z98A 4RW1A 1GB3A 3D9AC 2BQOA 1GDWA 2NWDX 1G7JC 4OWHA 3QNGA 4J1AA 1BB4A 2HEFA 4WM5A 1G7LC 2A7FA 4L41A 132LA 1GAZA 2MEGA 3CQLA 4WL7A 1GFEA 1XSFA 3TXBA 4RLNA 1FLUA 2CWIA 2F4AA 1JEFA 5AMYA 3RU5A 2Z39A 5LVKA 1IR9A 1C7PA 1IOQA 1C08C 1LYZA 1LSZA 2Z2FA 3AGGG 1IY3A 4J7VA 1TCYA 4HPEA 4CGEA 4ML7A 1HMKA 1DI4A 1HFYA 4WLTA 1GFUA 5T3FA 2YSSC 2CDSA 1B7MA 3GXRA 4DDCA 2MEAA 3QE8A 3A3RX 1GEVA 1B7OA 3B0KA 3WUMA 1CJ7A 1DXJA 4NGJA 1UIBA 1LZDA 4NGKA 5KKIA 1IWWA 5KY1A 4N8ZA 1NMMA 5DN5A 3W6CA 1CKDA 3LYZA 3A91A 1OUBA 3TXHA 1W6ZA 4N1CC 4W94A 4XJHA 3ZEKA 1WQNA 2FBDA 4UWNA 4UWUA 1BB6A 1OUGA 1IC5Y 1YAMA 3OJPA 1LJGA 2EQLA 1HEMA 1LZ9A 4NHTA 4W96A 1IP1A 2ZQ4A 5F16A 1SQ2L 5L9JA 4EOFA 1LZCA 1HSWA 1WQMA 1GFJA 1JTOL 5KXWA 4WM2A 1TEWA 2HU3A 2H5ZA 4H9IA 4A7DA 3W6DA 1HFZA 1H87A 3ATNA 3P4ZA 1JITA 1B9OA 1IWUA 1JPOA 3KAMA 4NG1A 4I0CA 5KXPA 2BQIA 4XJIA 4B0DA 5APDA 1LJJA 1IY4A 4NSJA 4R6CA 1ZV5L 1QDRA 4H9EA 4NWHA 4E3UA 1GB7A 4LFXA 1N4FA 1MLCE 1DPXA 1OUCA 1D0MA 3A96A 3WVXA 1LMOA 1FLWA 1HFXA 1YL0X 1BWJA 4WLDA 5DLAA 4PPOA 2LYMA 4ANRA 5HNLA 3B0OA 3A90A 2ZQ3A 4NGIA 1REYA 1YQVY 4PGJB 4H9FA 1IWZA 1LJFA 1LZGA 5IHGA 2YBHA 1I20A 4B4EA 1BB7A 1LKSA 5E9RA 2B5ZA 2HEAA 4TTDA 3AJNA 3EO5A 5KXKA 4OOTA 4QY9A 5C6LA 1LJKA 1KXXA 2G4PA 4KPMA 4XN6A 2EIZC 2W1MA 4LYMA 3ZVQB 4DD0A 1DKJA 4ZIXA 1ZMYL 2G4QA 1IOTA 2XJWA 2DQEY 1HEPA 4NGVA 1BHZA 1VDSA 3A6CY 4G9SA 1B5VA 1GF6A 2DQDY 2MEHA 1REZA 4NY5A 3G3BB 3WVYA 1B5YA 1RJCB 2DQIY 3B72A 5J7CA 1LHIA 4B4IA 5LYZA 1GBXA 2W1LA 2DQCY 5LYTA 4NGYA 1TAYA 4YM8A 1HF4A 1IC4Y 1LCNA 2LYOA 5KXXA 4YF2A 1IEEA 1GF4A 1IORA 1YILA 4H8XA 4XJBA 4DT3A 4Z3MA 4LYBA 4WG7A 4OWCA 2DQAA 5FDJA 1ALCA 1FKVA 3IJVA 3IWRA 1LJNA 2YBLA 1LKRA 1GXXA 2BLXA 3A6BY 3M3UA 4XJGA 1XFPL 3AW7A 1IIZA 1IR7A 1LSBA 4NGWA 4ETBA 4NSHA 1WQPA 1VATA 2ZYCA 4NHSA 1OUEA 5I5QA 3HBEX 1CKCA 3ZVQA 1QSAA 1GBOA 3A92A 2BQKA 5KXSA 5APFA 3N9EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B7XA 1NDMC 5II3A 2Z37A 1KXYA 1P2CC 1I1ZA 2W1XA 1NKHA 5IDDA 1LZEA 3WU8A 2OE9X 1LMAA 4I7OA 1JTMA 1GPQC 1B7LA 4WG1A 4IAPA 1C43A 1OUHA 147LA 4WL6A 4EXMA 3LYOA 1QUOA 1LSGA 1FN5A 3C8RA 4IATA 4WLYA 1L34A 4I7KA 1NBYC 4H93A 1SLYA 3AGHA 162LA 1LYOA 3TMXA 1LJ4A 4DD1A 1QT5A 4MCKA 1DKKA 4I7NA 1IWYA 2LC9A 3SB5A 5FSTA 5LA5A 1GB6A 242LA 1OVHA 1A4VA 3HH4A 1C6KA 4DDAA 5L3HA 1L29A 1HSXA 246LA 1L04A 3HBHA 1L41A 1QTDA 3C7WA 1L98A 1NQIA 1WTMA 4ET9A 1L08A 3CSZA 4D9ZA 4KXIA 4EJ4A 4GCEA 180LA 1C67A 4NSGA 4HTNA 1TDYA 1LGXA 2BAAA 1L83A 1CJ9A 2WARA 1VAUA 1B5XA 1GB0A 2MEBA 239LA 3WPJA 4TX7A 181LA 1OV7A 1LZTA 2HEDA 163LA 2ZYPA 159LA 1AT6A 1UUZC 1LI2A 3NYAA 1L46A 199LA 3SB6A 5KKJA 231LA 1LZNA 1D3JA 4WO6A 1GF9A 1XGTC 4WM6A 224LA 3W6FA 1L87A 3A94A 9LYZA 3VW7A 1IR8A 4XENA 4H9HA 2BQHA 1AKIA 3DN2A 1REXA 5KJ9A 1OWYA 4LT0A 4HJYA 5EBHA 4FDYA 3TXGA 1TLAA 1JKDA 1CU3A 4H90A 1VDPA 1CV4A 2I26L 4H8YA 230LA 5HQ1A 4MSTA 4J0LA 3J4GA 1LSAA 4LT3A 250LA 4NGOA 3PBLA 3OK0A 3HDFA 1G0PA 1CKHA 3ATOA 1C6JA 1JJ3A 1LSEA 111LA 4CGEA 1NWGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B0I A;  1O23 A;  3E3D A;  3K3T A;  3WXU A;  1GWD A;  5KXY A;  1NDM C;  5KXM A;  4NSI A;  2Z37 A;  1KXY A;  3EBA B;  2BQF A;  1P2C C;  1I1Z A;  1LZ1 A;  2W1X A;  4G4H A;  3TXE A;  5I4W A;  1NKH A;  4H92 A;  1GFG A;  3WW5 A;  5IDD A;  4AGA A;  1DZB X;  1LZE A;  4N5R A;  3WU8 A;  1QIO A;  2Z12 A;  1LMA A;  2XTH A;  3WPK A;  1TBY A;  1OUF A;  4DD2 A;  1B7Q A;  5LYM A;  1GPQ C;  1JKA A;  1B7L A;  4WG1 A;  3RT5 X;  2YDG A;  2D4J A;  1LMN A;  1C43 A;  4GCB A;  1OUH A;  2F30 A;  1LSC A;  1OQM A;  1LZ8 A;  4WL6 A;  4XYY A;  1WQR A;  1BVX A;  2IFF Y;  3LYO A;  1LSG A;  1FN5 A;  1CKG A;  4Z46 A;  4IAT A;  4WLY A;  1GE1 A;  3A67 Y;  1D0K A;  133L A;  1LOZ A;  4B1A A;  1KXW A;  8LYZ A;  1NBY C;  1LHM A;  1ZVH L;  2C8P A;  4H93 A;  5LA8 A;  1LSF A;  1IVM A;  1SLY A;  3AGH A;  1LYO A;  1V7T A;  2HTX A;  1DI3 A;  1VFB C;  1VDQ A;  2Z2E A;  3TMX A;  3VWO A;  1LJ4 A;  1C46 A;  1LJ3 A;  4DD1 A;  5C6J A;  4FJR A;  1LZB A;  2XBR A;  4MCK A;  3W6B A;  4XAD A;  1DKK A;  2HU1 A;  1LZA A;  1LZS A;  4H1P A;  3TXI A; 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 1IOQ A;  1C08 C;  1LYZ A;  1LSZ A;  2Z2F A;  3AGG G;  1IY3 A;  4J7V A;  1TCY A;  4HPE A;  4CGE A;  4ML7 A;  1HMK A;  1DI4 A;  1HFY A;  4WLT A;  1GFU A;  5T3F A;  2YSS C;  2CDS A;  1B7M A;  3GXR A;  4DDC A;  2MEA A;  3QE8 A;  3A3R X;  1GEV A;  1B7O A;  3B0K A;  3WUM A;  1CJ7 A;  1DXJ A;  4NGJ A;  1UIB A;  1LZD A;  4NGK A;  5KKI A;  1IWW A;  5KY1 A;  4N8Z A;  1NMM A;  5DN5 A;  3W6C A;  1CKD A;  3LYZ A;  3A91 A;  1OUB A;  3TXH A;  1W6Z A;  4N1C C;  4W94 A;  4XJH A;  3ZEK A;  1WQN A;  2FBD A;  4UWN A;  4UWU A;  1BB6 A;  1OUG A;  1IC5 Y;  1YAM A;  3OJP A;  1LJG A;  2EQL A;  1HEM A;  1LZ9 A;  4NHT A;  4W96 A;  1IP1 A;  2ZQ4 A;  5F16 A;  1SQ2 L;  5L9J A;  4EOF A;  1LZC A;  1HSW A;  1WQM A;  1GFJ A;  1JTO L;  5KXW A;  4WM2 A;  1TEW A;  2HU3 A;  2H5Z A;  4H9I A;  4A7D A;  3W6D A;  1HFZ A;  1H87 A;  3ATN A;  3P4Z A;  1JIT A;  1B9O A;  1IWU A;  1JPO A;  3KAM A;  4NG1 A;  4I0C A;  5KXP A;  2BQI A;  4XJI A;  4B0D A;  5APD A;  1LJJ A;  1IY4 A;  4NSJ A;  4R6C A;  1ZV5 L;  1QDR A;  4H9E A;  4NWH A;  4E3U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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