5C6LA

Crystal structure of gadolinium derivative of hewl solved using intense free-electron laser radiation
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Towards phasing using high X-ray intensity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5c6lA00
2ZQ3A 1LZTA 1VAUA 2FYCA 3A3RX 4NGLA 5KJ9A 1IWWA 1FBIX 4XJFA 1OUJA 2EQLA 1BWIA 2D4IA 3GXRA 1CJ9A 1GF8A 4TWSA 2YBNA 4GCCA 3EXDA 4GLAA 3AZ5A 2MEDA 1GF4A 4OWHA 3RZ4A 1C46A 5B07A 1WVUA 4WLXA 2FBBA 2Z12A 4NGIA 2G4QA 1LJJA 4ETCA 5K7OA 5KXTA 4NGZA 1DPXA 1HSWA 2DQGY 4B49A 3D3DA 2YDGA 1JKAA 4XENA 2D91A 3CQLA 4W94A 1EQ4A 2X0AA 4B1AA 3A96A 1FLUA 1HFYA 1LZSA 3AB6A 3HBHA 1YL0X 1GB6A 1UICA 1JWRA 2BQFA 5KXLA 3ZVQA 2YBJA 2HEFA 1FLYA 1IIZA 1C43A 1T3PA 3AW7A 2LYOA 2MEIA 1LSDA 5DM9A 132LA 3LYTA 3WU9A 1NBYC 1HEMA 1GEVA 3A3QA 2HU1A 4GN3A 4NHPA 2LZ2A 1C08C 4LT3A 1V7TA 3WW5A 4LYZA 5C6JA 3A93A 1UIAA 2MEBA 5B06A 2YSSC 1D0KA 5KXNA 1V7SA 3P4ZA 4PHIA 2W1XA 4C3WA 4OWAA 1LSBA 4RDSA 3G3AB 1WQRA 1LZCA 5KXMA 5B1GA 3D9AC 4TSBA 1LKSA 1AZFA 1IR9A 4ZEEA 1KXWA 3IJVA 1BQLY 1EQEA 2DQJY 1GAZA 2ZYPA 2MEFA 1GF5A 3ATNA 2IFFY 1CJ8A 3CT5A 3FI7A 3J6KA 1KXYA 4H9FA 4J1BA 3TXDA 3N9AA 1B5XA 1DQJC 5APDA 1IVMA 1NHEA 3WW6A 1C7PA 3WXTA 4GN5C 4BADA 4XN6A 1LSAA 1T6VL 3GXKA 1GB5A 1GE4A 1GXXA 2CDSA 5C6LA 4UWNA 1JEFA 1JUGA 1QUSA 1TCYA 1UA6Y 4QGZA 1TAYA 1TBYA 1LZ9A 5APCA 2Z39A 1LZRA 4EOFA 1GFRA 1GE0A 1YROA 3CSQA 4HPEA 5FHWA 3T6UA 5FCPA 4PJ2C 2H9KA 133LA 4A7DA 4I0CA 1RE2A 4B0DA 4M6DA 5L3HA 4II8A 5ILCA 5L9JA 1KXXA 1LZAA 4DC4A 1D0LA 1DI5A 4LYOA 3WH1A 2D4JA 4LT1A 2MEHA 1IOQA 1QUTA 1LKRA 5KXZA 3CSRA 1LJHA 1OQMA 1YKZX 207LA 5APFA 5LYTA 1IWVA 1FLQA 1J1OY 5I4YA 4OWEA 1LSMA 2F4AA 3LZ2A 2H5ZA 4DD0A 2CWIA 2DQHY 4H9IA 4YM8A 1YAQA 1LZGA 4KPMA 1GF3A 4NFVA 1JSFA 2BAAA 2Z18A 4UWUA 4ET9A 2DBTA 1MELL 1LJ3A 1UIGA 2CJLA 4LYBA 1IWXA 2FYDA 5IHGA 1IR8A 1GE3A 1YILA 1LCNA 2I25L 1WQMA 3QE8A 1GFVA 153LA 1OUBA 1HEPA 1IP5A 2EKSC 2ZQ4A 4N9RA 4OOOA 4DD7A 4CFPA 1BWJA 1OUCA 1OUFA 4N1EI 4WMGA 2ZILA 1OUHA 4NGYA 5LYZA 2Z38A 1GF0A 4UWVA 5HMJA 1OUAA 4H9BA 1REYA 4Z46A 3HBDA 4H9HA 5I54A 4GCBA 1RCMA 1NWGA 4FJRA 4P2EA 1VDSA 1DKJA 1LHJA 4IATA 2C8PA 2HECA 2AUBA 1UIFA 1GFUA 4H94A 4TUNA 1LSPA 4TTDA 1JPOA 1QSWA 3QNGA 3WUAA 2LYMA 3WPJA 1IWZA 1QIOA 1ZMYL 4N8ZA 4HTKA 4WM2A 3WVXA 4R6CA 2BLXA 1A2YC 3TMXA 1AT6A 1YL1X 3A95A 2DQIY 1GFTA 3P68A 4YF2A 2HEDA 2IHLA 3FE0A 4WO6A 3RNXA 3N9CA 1WQOA 5HMVA 1EL1A 1O23A 4N0JA 4B4EA 3WXUA 1LSYA 1LMQA 1IR7A 4RLMA 2D6BA 3A91A 5HNCA 4NSHA 5I53A 5LA8A 4M4OA 5KXPA 4HPIA 1GPQC 1RFPA 1WQPA 2Q0MX 3A92A 3W6AA 3CSZA 3W3EA 4H8YA 2F4GA 4G49A 1LHIA 2YVBA 1SLYA 5LVKA 1YIKA 1IORA 1ALCA 1IC4Y 1G7JC 5LXWA 1FLWA 1F0WA 1IO5A 1B7SA 2BQAA 4MCKA 2FBDA 4NGVA 4J7VA 4NSGA 3B0IA 3QY4A 1GDWA 1JIYA 4NHSA 3WYHA 4DDCA 1HNLA 2WARA 4ETBA 5II3A 4MR1A 1UIHA 4DD9A 4CGEA 1DZBX 1GBXA 1NKHA 2CGIA 4W96A 4XJIA 3W6CA 1LZBA 1F6RA 1D6PA 1B5WA 1G7MC 1GB8A 1LZYA 1UACY 3AW6A 1IP7A 1GB3A 1HEQA 3AZ4A 1GD6A 1LJEA 4RLNA 2ZWBA 1BVKC 4HP0A 1GF9A 1DKKA 1GWDA 4WOAA 4WLYA 1NMMA 1LSFA 4H91A 1CKGA 4KL7A 2ZNWY 2HU3A 1JHLA 4G4CA 1W6ZA 3TXIA 3LYMA 3W6FA 1UIEA 3OK0A 4WM5A 3WVYA 1GB9A 3ULRA 4NSIA 4D9ZA 1GB7A 1IOTA 4NGJA 4NHTA 5B59A 1BB4A 3WUNA 1LZEA 1GFKA 1PS5A 4NGOA 1GE2A 2ZIKA 4L41A 4QEQA 1LMOA 1LMCA 1OP9B 2Z37A 1EQ5A 6LYZA 4BS7A 1HHLA 1P2CC 5E9RA 1JJ1A 1HEOA 2YBMA 4N5RA 1HMKA 1AM7A 1BVXA 1HEWA 2XTHA 5LA5A 2I6ZA 5KXYA 3WPKA 1GF7A 2BQGA 3LHMA 3ATOA 4NGKA 4WO9A 1HC0A 1CKHA 2ZNXY 4WM6A 2C8OA 5DLAA 1YAPA 1LZ5A 2DQFC 1YQVY 1FKQA 2HEEA 1UCOA 1LJ4A 2Z2EA 4WM1A 3WUMA 1CKCA 1IOCA 5KXXA 5I4WA 1XFPL 3J4GA 1LJKA 1OUEA 1GBSA 3WU8A 1LHKA 1XGRC 1GE1A 2ZYCA 4QDNA 1NBZC 1IP3A 1LJIA 1IX0A 5B1FA 1LSCA 4U3XB 1A4VA 1LAAA 5KKJA 1AT5A 2LZTA 4GLVA 5APEA 4WM3A 1LZ1A 4ZFPA 1JITA 2B5ZA 1B7RA 1AKIA 1GFJA 2BQKA 4GCFA 4N1CC 5FSTA 5IDDA 2DQEY 1J1XY 4DD1A 1WQNA 4NGWA 5HNLA 5JENB 4CHXA 193LA 2N5ZA 3TXFA 1UBZA 3CT1A 5DN5A 1BB7A 2HUBA 4YEOA 1H87A 1QDRA 4HV1A 4LT0A 2F2NA 4ANRA 2MEGA 4WM4A 3TMUA 1LHLA 5HLLA 1CJ7A 1GDXA 1LSEA 2A7FA 1LTMA 2HTXA 4H92A 4HTNA 4XYYA 4ML7A 3N9EA 1LYOA 5KKIA 1VATA 5FELA 4LYMA 1B7PA 4GCEA 1IC7Y 1GEZA 1LSZA 1LZ6A 4OW1A 1YKXX 2DQDY 4OWBA 1XGQC 4XJHA 1I1ZA 4LFPA 4RW2A 1F6SA 1LHMA 1VEDA 1OUIA 1SQ2L 1NDMC 5IELA 1B7MA 2ZIJA 1GF6A 1IEEA 3P65A 4BAFA 5I4XA 208LA 4PPOA 4LFXA 5I5QA 3TXJA 2Z19A 1LSGA 1FKVA 2XBRA 2G4NA 5LIOA 1UC0A 9LYZA 1GHLA 1XEKA 1IY3A 4HTQA 1REXA 1HF4A 1B7OA 4G4BA 4CFOA 2DQAA 3AZ6A 1GAYA 1LZDA 1NF5A 3LYOA 1LYZA 3AGGG 3W6EA 4E3UA 1LPIA 1B9OA 4DDAA 3OJPA 4DWXA 5FEKA 1JJ0A 4DD2A 1JKCA 3EBAB 2H9JA 3P66A 1WQQA 3AZ7A 4PRUA 4XJGA 3TXGA 4ZIXA 1DI3A 1UIDA 1LYYA 1JKBA 5A3ZA 1Z55A 5L3IA 5F81A 1DXJA 4HSFA 3WL2A 3A90A 1WTMA 3F6ZA 1LMNA 4LYCA 1JSEA 2PC2A 1VDTA 4KT3A 3TMWA 4ETDA 4GCDA 3A8ZA 1FDLY 1LJNA 2NWDX 1C10A 4H93A 1GXV2 1LZ4A 5AMYA 1OUGA 5LVJA 3A67Y 4J0LA 134LA 1CJ6A 2HEBA 7LYZA 1G7HC 3HBEX 1GB2A 4DYGA 2BQOA 5FDJA 1B5UA 4FDYA 2W1LA 1B7QA 2BQEA 1MLCE 2BPUA 1C45A 2D4KA 4GN4A 3M18B 1B0DA 1ZVHL 2MEEA 2BQDA 5M1YA 1REZA 4PGJB 5E4PA 4Z41A 3EO5A 5EBHA 1KIQC 2G4PA 1G7LC 1XSFA 1XGPC 1LYSA 1HELA 2BQBA 3TMVA 1QSAA 1B7LA 1I20A 1LZNA 4J1AA 5A3EA 2XBSA 5KXRA 1I56A 5KXSA 3B6LA 1CKFA 1HFZA 1B5ZA 4OWCA 1JKDA 4IJ4A 1IWYA 1B5VA 1LJGA 3B72A 3RT5X 4ETAA 3BKHA 1UUZC 3A34A 4H90A 1JTPL 4WG1A 3WPLA 2XJWA 3LN2A 1D6QA 4YEMA 1IWUA 3WU7A 4AXTA 5LVGA 3B0KA 2EPEA 2VB1A 1INUA 4CJ2A 4G9SA 4H9CA 2W1MA 2F30A 1LZ8A 4TX7A 3MGWA 2YBLA 3ZEKA 4HJVA 1HERA 4NHIA 1F10A 1JTTL 1YKYX 4B4JA 1BWHA 1IP2A 1BB6A 3P64A 4NEBA 4NIJA 1HMLA 1QTKA 1IP6A 1B5YA 4HJYA 4IASA 4G4HA 2LYZA 2DQCY 1GFEA 1B7NA 1FN5A 2Z2FA 4NY5A 2GV0A 3W6DA 5LINA 4LZTA 3M3UA 1IP1A 1TEWA 2I26L 1QDTA 4WLDA 5J7CA 5T3FA 1WVVA 4ET8A 1QTEA 4ETEA 1GB0A 4Z98A 3KAMA 4XJBA 2LHMA 1BGIA 1NDGC 3AYQA 5DN4A 4H8XA 5C6IA 1YAMA 2RSCA 5F9XA 5DL9A 5LYMA 1D0MA 4LYTA 154LA 3TXEA 3HFMY 3WULA 4H9EA 1YANA 5KY1A 1W08A 3BKVA 2BQLA 4NWEA 2HEAA 4XADA 2W1YA 3AGHA 1BHZA 5F9UA 1E8LA 4NG1A 1BB3A 3B0OA 2BQIA 1DPWA 4QY9A 4PRQA 1YAOA 1GFGA 2Y8PA 1RI8B 3W6BA 4H9AA 4LT2A 4YOPA 8LYZA 1B2KA 3EMSA 1GBYA 1LMAA 1RJCB 4NSJA 1OUDA 4H1PA 1VFBC 1WTNA 4TSCA 4YENA 4LGKA 4Z3MA 3CB7A 5LVHA 4HV2A 4DD3A 1IC5Y 1VDPA 4NWHA 1XGUC 2BLYA 3VWOA 1NQIA 4HJZA 1VDQA 4B4IA 3A94A 4KXIA 3IJUA 2YBIA 5D5CA 3IWRA 1GBZA 1XEJA 5LAFA 2MEAA 1IOSA 4WL6A 1LOZA 1J1PY 2EIZC 4R0FA 1PZYA 3AJNA 4AGAA 1JJ3A 5KXOA 1ZV5L 2DKVA 5F14A 1JISA 5B05A 1IY4A 1IWTA 1GBOA 1N4FA 3A6BY 4O34A 4XJDA 1QQYA 3RU5A 4NHQA 3RW8A 3WMKA 4DDBA 135LA 1GFAA 4X3BA 4WG7A 1IP4A 1GFHA 3LZTA 1D9UA 1JTOL 4H8ZA 3K3TA 4EMNA 5KXKA 5F16A 3T36A 4MSTA 1DI4A 1LSNA 1CNSA 1UIBA 2MECA 3AGIA 1KIRC 194LA 1XEIA 2BQMA 2BQNA 3SP3A 5HQ1A 5D5FA 1HSXA 4C5FA 5ILFA 4OOTA 4WL7A 4DT3A 3ZVQB 1XGTC 3E3DA 2A7DA 4I8SA 4WLTA 1TDYA 3TXKA 1LMPA 1ZVYB 2YBHA 1GBWA 2BQCA 6LYTA 2BQHA 1LJFA 3TXHA 5LVIA 1G7IC 1H6MA 5KXWA 3G3BB 1HENA 1KIPC 1CKDA 1LHHA 1HFXA 3TXBA 4NG8A 1REMA 3CT0A 3LYZA 5LAGA 4BAPA 2BQJA 1LMTA 4RW1A 1BB5A 3A6CY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZQ3A 4ARMA 1LZTA 5KJ9A 245LA 3GXRA 1CJ9A 4ARLA 4TWSA 4GCCA 3AZ5A 2MEDA 3RZ4A 205LA 1PQOA 1OVKA 1WVUA 1L44A 3OE9A 5KXTA 4NGZA 1DPXA 1L26A 2D91A 1NHBA 1EQ4A 4W94A 1C6TA 1FLUA 3AB6A 1LGWA 1JWRA 3ZVQA 111LA 2YBJA 221LA 1L96A 2MEIA 1XJUA 1L03A 211LA 1V7TA 5C6JA 1UIAA 5KXNA 4OWAA 1L92A 1LYEA 1WQRA 183LA 4TSBA 1LKSA 1IR9A 3IJVA 2ZYPA 1C6MA 1GF5A 1L45A 4J1BA 1DQJC 1QT6A 1CU3A 1C7PA 4BADA 4XN6A 1GB5A 1GXXA 2CDSA 1JUGA 1UA6Y 4K5YA 1TAYA 1TBYA 1LZ9A 1GFRA 3T6UA 1L56A 4HPEA 2RH1A 5FCPA 1RE2A 5L3HA 4II8A 1KXXA 4DC4A 1D0LA 4LYOA 3HU8A 5KXZA 3CSRA 1LJHA 1IWVA 172LA 4DD0A 2CWIA 2DQHY 4H9IA 1YAQA 1GF3A 4NFVA 4W56A 3C7WA 2B6XA 2DBTA 1LJ3A 1UIGA 1LCNA 1KY0A 1GFVA 1OUBA 1HEPA 210LA 1OUCA 2HUKA 1GF0A 1KW7A 4H9HA 1C6NA 1P36A 5I54A 4P2EA 2C8PA 3HTFA 184LA 1CU2A 3DN4A 1JPOA 3WUAA 1QIOA 1YL1X 3A95A 2DQIY 3P68A 4GBRB 3FE0A 4WO6A 1L73A 1L88A 4DKLA 1LMQA 3GUPA 2D6BA 3A91A 5I53A 5LA8A 1L75A 1RFPA 1QUGA 3A92A 4H8YA 4G49A 1QTHA 1CU5A 1SLYA 2Z6BA 1C62A 5LXWA 2BQAA 4NGVA 120LA 3B0IA 1JIYA 3WYHA 4ETBA 1L74A 5II3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZQ3 A;  1LZT A;  1VAU A;  2FYC A;  3A3R X;  4NGL A;  5KJ9 A;  1IWW A;  1FBI X;  4XJF A;  1OUJ A;  2EQL A;  1BWI A;  2D4I A;  3GXR A;  1CJ9 A;  1GF8 A;  4TWS A;  2YBN A;  4GCC A;  3EXD A;  4GLA A;  3AZ5 A;  2MED A;  1GF4 A;  4OWH A;  3RZ4 A;  1C46 A;  5B07 A;  1WVU A;  4WLX A;  2FBB A;  2Z12 A;  4NGI A;  2G4Q A;  1LJJ A;  4ETC A;  5K7O A;  5KXT A;  4NGZ A;  1DPX A;  1HSW A;  2DQG Y;  4B49 A;  3D3D A;  2YDG A;  1JKA A;  4XEN A;  2D91 A;  3CQL A;  4W94 A;  1EQ4 A;  2X0A A;  4B1A A;  3A96 A;  1FLU A;  1HFY A;  1LZS A;  3AB6 A;  3HBH A;  1YL0 X;  1GB6 A;  1UIC A;  1JWR A;  2BQF A;  5KXL A;  3ZVQ A;  2YBJ A;  2HEF A;  1FLY A;  1IIZ A;  1C43 A;  1T3P A;  3AW7 A;  2LYO A;  2MEI A;  1LSD A;  5DM9 A;  132L A;  3LYT A;  3WU9 A;  1NBY C;  1HEM A;  1GEV A;  3A3Q A;  2HU1 A;  4GN3 A;  4NHP A;  2LZ2 A;  1C08 C;  4LT3 A;  1V7T A;  3WW5 A;  4LYZ A;  5C6J A;  3A93 A;  1UIA A;  2MEB A;  5B06 A;  2YSS C;  1D0K A;  5KXN A;  1V7S A;  3P4Z A;  4PHI A;  2W1X A;  4C3W A;  4OWA A;  1LSB A;  4RDS A;  3G3A B;  1WQR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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