5F9UA

X-ray structure of the adduct between hen egg white lysozyme and cisplatin upon 24 hours of incubation at 20 degrees
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of temperature on the interaction of cisplatin with the model protein hen egg white lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5f9uA00
2Z39A 1YANA 4NSJA 1EQ4A 1VDQA 1FKQA 1GFGA 4TSBA 1HFZA 1J1OY 5B07A 1LJHA 4RDSA 1BVKC 3P68A 5I53A 3RT5X 4NIJA 5APFA 2BQFA 1IR9A 1EQ5A 4XJDA 4XJIA 1LSPA 1GB2A 1GDXA 4DDBA 1FDLY 1HFYA 3CB7A 1AT6A 1JITA 3BKVA 2DBTA 2DQJY 4PHIA 1LSMA 1NF5A 1YAQA 4CJ2A 3HBHA 1LZ8A 4ETBA 4HPEA 1LMPA 3CT0A 1GFTA 1ZMYL 2F2NA 2HU1A 3WU7A 1OUDA 3G3BB 1WQMA 4J1AA 5C6JA 3WPKA 3T6UA 1AZFA 3A6CY 3GXRA 3AW7A 3WPJA 4N9RA 1G7LC 1V7SA 5A3EA 5DL9A 1G7IC 4O34A 1QUSA 4WLYA 4BAFA 4Z98A 4ETCA 1BVXA 4H94A 4NGJA 4ET9A 3TXBA 5IHGA 2MEIA 4HJYA 1JISA 1LSZA 2Z2FA 1LZEA 4OWAA 1I20A 4XJGA 1QUTA 1HELA 1IORA 1JKBA 1GFRA 1REZA 1KXYA 2VB1A 1TCYA 1GBWA 4HJVA 3TXKA 4NSGA 1RCMA 1IP4A 1IWWA 4WM4A 1GFKA 4YEOA 1SQ2L 1JJ1A 4W94A 1QTKA 1HEMA 3WXUA 1C45A 1LJKA 3HBDA 5LVIA 1XEKA 1WQQA 2BQKA 2NWDX 1FN5A 1LMOA 1YQVY 3N9EA 2Z2EA 1GD6A 2G4NA 1F6SA 1B2KA 4GCDA 4LYMA 4WLXA 153LA 3ATNA 1WTNA 1JKAA 1DKKA 1LSNA 4W96A 1HHLA 4XENA 5FCPA 1GAZA 5DM9A 4LFPA 1OUJA 1G7MC 2YBJA 4B1AA 1LZSA 1FLYA 1UCOA 5KXXA 6LYZA 5FDJA 1LZYA 5HMVA 1YKYX 5FSTA 2HEDA 5B05A 1FLWA 1NBZC 2GV0A 1B5YA 2BQJA 3AZ4A 1IP7A 1B5VA 1LYZA 2BQEA 1UA6Y 4KT3A 4DD7A 3W6FA 1IP2A 1NBYC 2G4QA 3B6LA 4HSFA 4J7VA 1YAMA 2EQLA 3AGHA 3A96A 3J4GA 4KPMA 1HC0A 5F14A 1REYA 4NWHA 4NG1A 4B4EA 2DQEY 1VATA 5FEKA 4N5RA 3QNGA 1C7PA 1JSFA 132LA 2ZYPA 1LSEA 3P64A 2H9KA 4H9AA 4NGWA 1LJEA 1IR8A 1P2CC 1LSCA 1DI3A 4N1CC 1TDYA 3EBAB 2ZNXY 3EMSA 4BADA 1JJ0A 4PRUA 4H9FA 4HPIA 3P4ZA 1W6ZA 1IO5A 2Z19A 5LVGA 4XN6A 1WQPA 4YENA 1NWGA 1UIHA 4RLMA 1OP9B 3WYHA 2HECA 4YF2A 3A3RX 4KXIA 4Z41A 5B06A 3TXFA 2IFFY 3RZ4A 3AB6A 1IP3A 5KXLA 5KXPA 2MEDA 1HEWA 2EIZC 1B7SA 1JIYA 4OW1A 4H9EA 2XBSA 2PC2A 4WMGA 1VAUA 1BGIA 4WG1A 1B5WA 3J6KA 2BLYA 1AT5A 4ZFPA 1D0LA 4NY5A 4BS7A 1OUEA 4YOPA 1B7OA 4NGLA 5DN5A 1KXXA 1XGPC 4H9BA 4GN3A 1CKHA 4MR1A 3TXHA 4H92A 5LINA 1GB9A 2YVBA 4NSHA 1GEVA 1HFXA 4H8YA 2F4AA 4R6CA 1GB6A 1LSBA 1LZDA 2HUBA 1BWIA 2XTHA 5I5QA 3WPLA 1YAPA 3AJNA 4DYGA 3TXDA 1YAOA 3A8ZA 4WM3A 4H9HA 1GB3A 1LMCA 1C10A 1YILA 1D0KA 3B0IA 4NFVA 1KIRC 3EXDA 1YL0X 1JTTL 3P66A 4WM6A 4WO9A 1GB8A 1GB7A 3GXKA 2F30A 2D4JA 1IX0A 3A34A 3IWRA 1LZBA 4H91A 3WMKA 5KXRA 1N4FA 4TWSA 5LXWA 3P65A 4H9CA 1I1ZA 1LMTA 3W6DA 1GWDA 1LAAA 133LA 134LA 1GFVA 2G4PA 3CT5A 1B7QA 1XSFA 2BQCA 4I8SA 4TSCA 4B4JA 4CHXA 1LZNA 3OK0A 1OUFA 1HNLA 3A91A 3QY4A 5LA5A 3TXEA 4NHPA 1LJFA 4GCCA 1OUCA 1IY3A 3E3DA 3TMWA 4LT2A 5JENB 1AM7A 1F10A 1FLUA 1NMMA 4ET8A 4D9ZA 1WQRA 135LA 1W08A 5KXYA 1LZ4A 1JWRA 1XGQC 2LYZA 3M18B 1LHKA 1UUZC 4WM5A 4G49A 1LHLA 3W6EA 4C3WA 5LVHA 1GF9A 4CFOA 2Z18A 3LYMA 1PZYA 5LA8A 1KXWA 3CSRA 2ZYCA 2YBNA 1LMAA 3HBEX 3B0OA 1LJJA 4Z3MA 3F6ZA 4OOTA 4WM1A 5KJ9A 4HV1A 1LOZA 1FBIX 1IC5Y 208LA 3ULRA 3AYQA 1B5XA 1B7LA 2BPUA 2DQFC 3A90A 1CNSA 5L3IA 1LKSA 4HV2A 1Z55A 4RLNA 3WH1A 1CKFA 3AW6A 4H93A 154LA 1XGTC 1IOTA 1ALCA 2I25L 4GCEA 4NHSA 4DC4A 2HEBA 5C6LA 2MEHA 1WQNA 3W6AA 3WXTA 2W1LA 4G4BA 2I6ZA 5LAGA 1XFPL 3A93A 3FI7A 3AGGG 5LVKA 1H87A 4CFPA 4DD1A 1IR7A 1XEIA 1JKDA 4ANRA 2BQAA 5FHWA 4UWVA 5B1GA 2Y8PA 1LZAA 1UACY 2DQIY 2EKSC 2MEGA 1LZTA 4XYYA 1IWZA 1OUGA 1O23A 1TAYA 3AZ5A 3N9AA 4NWEA 4ZEEA 6LYTA 2BLXA 1WVUA 4J0LA 4ETEA 2MEAA 4LZTA 1IWTA 5F81A 4DDCA 1LJGA 4LGKA 5KXSA 2W1XA 3N9CA 1YL1X 4NHIA 1IP6A 1HSWA 3EO5A 4WG7A 4ETAA 1A2YC 4IASA 4WM2A 1B5ZA 1IWVA 2LYMA 2ZWBA 1JJ3A 2XJWA 4DWXA 5IDDA 4DD2A 5T3FA 1D9UA 4XJBA 1GE3A 4XJFA 3SP3A 2ZIJA 5II3A 4N8ZA 1CKCA 4LYZA 2YBHA 2BQHA 2W1MA 3K3TA 4H1PA 5I4YA 2DQHY 1GF8A 3W3EA 1DQJC 4H90A 4L41A 1HERA 5F9UA 4B49A 1B0DA 3CQLA 4KL7A 1UC0A 2DQGY 3A6BY 1QSAA 2XBRA 1GFEA 2DQCY 3MGWA 4M6DA 1VFBC 2Z38A 4WLTA 1TEWA 2D4KA 1KIPC 4IATA 3CSZA 3W6BA 1LJ4A 1G7JC 1LZ6A 1F6RA 1GF7A 1LYYA 3WVXA 1JKCA 4H9IA 1GPQC 1NQIA 5KXZA 2F4GA 1OUBA 5LAFA 5ILCA 1GF4A 1GAYA 2LZTA 3LYZA 2Q0MX 3A67Y 1BB4A 1CJ9A 2HEEA 1UIFA 2BQOA 1B5UA 4NG8A 3ZEKA 1LJIA 1WTMA 3A3QA 3ATOA 1GBZA 1H6MA 3CT1A 4DDAA 2DQAA 5J7CA 3TXIA 4DD9A 5A3ZA 4DT3A 4N1EI 1GF0A 1BB3A 1RJCB 1XEJA 1B9OA 1DI4A 1GXV2 1I56A 1NHEA 2BQNA 2ZQ3A 3A94A 3LZTA 2CWIA 5KXWA 1REMA 1AKIA 1B7RA 1IIZA 1LZGA 2MEFA 3ZVQB 2EPEA 4LYTA 5KY1A 4ML7A 2N5ZA 4B0DA 4YM8A 4PRQA 2FYCA 4NGVA 2C8OA 1LMNA 1V7TA 4TTDA 1XGUC 3A95A 1HF4A 1DKJA 4XJHA 194LA 1BB6A 5LYTA 4LYBA 4UWUA 3WULA 4A7DA 1HMLA 1JTPL 5AMYA 2ZILA 1KIQC 2AUBA 3IJUA 1IP1A 1SLYA 2CGIA 1BWJA 5KXNA 3WU9A 1YIKA 1HEPA 4OWEA 2Z37A 3LN2A 193LA 3WVYA 1XGRC 4EOFA 3TXJA 4M4OA 2DKVA 4CGEA 3M3UA 1QDRA 4WO6A 5E9RA 4LT0A 1ZVHL 5L3HA 2Z12A 5HMJA 3WW6A 2X0AA 1BWHA 1LSYA 1GE2A 1LZ9A 1BB7A 5KXMA 3RW8A 1E8LA 1LHMA 1NDMC 1RE2A 4ZIXA 1DXJA 1JHLA 4MCKA 4UWNA 5I54A 4G9SA 4QGZA 4LT3A 3QE8A 2HU3A 1BB5A 1GFAA 1LPIA 2YBMA 4GCBA 1IWUA 3D9AC 4OWBA 3TMVA 8LYZA 1B7PA 1C43A 1HMKA 4RW2A 5HLLA 1CKGA 1LMQA 2H5ZA 2LHMA 3LHMA 4PGJB 3VWOA 4OOOA 1BHZA 2I26L 2HEFA 4HTKA 4NHTA 4U3XB 5HNCA 4H8ZA 4YEMA 2D91A 3KAMA 1GHLA 1DZBX 4NSIA 1GF6A 4TX7A 1WVVA 1LSDA 2ZQ4A 1UIEA 3OJPA 3LYOA 1QQYA 1GFHA 1GF3A 3A92A 1LYSA 2FBBA 4R0FA 5LYMA 2CDSA 4GCFA 4QDNA 2LYOA 4XADA 3TMUA 2BAAA 1LSGA 4EMNA 5L9JA 1T6VL 3WUAA 4P2EA 5LIOA 1IOCA 1RI8B 3IJVA 4NGIA 1ZVYB 3HFMY 1IVMA 2A7DA 5LVJA 4BAPA 2B5ZA 1D6PA 1IP5A 2W1YA 5D5CA 4E3UA 1OUAA 4NGKA 1GF5A 1G7HC 2ZIKA 3B72A 5F16A 1NDGC 1LZ5A 4GLVA 2YBLA 1JTOL 4HTNA 1GB5A 1GB0A 3AZ7A 4N0JA 1GXXA 1IWXA 1IEEA 1PS5A 2RSCA 1DPXA 5E4PA 3TXGA 4DD0A 1UICA 5B59A 1LSFA 4NEBA 1CJ7A 2HTXA 5KXTA 1YKXX 4FJRA 1J1PY 4RW1A 5IELA 2YSSC 1J1XY 1VDPA 4LFXA 4NHQA 1LHJA 1WQOA 3RNXA 1B7NA 2CJLA 2D4IA 1DPWA 2BQLA 3ZVQA 3WUNA 1B7MA 1UIDA 1GDWA 4Z46A 1A4VA 4MSTA 1YROA 4II8A 1EL1A 1MELL 1VDTA 2BQIA 5HNLA 1VEDA 5M1YA 1EQEA 1QDTA 1OQMA 1LHHA 5APCA 3WL2A 1F0WA 4AGAA 1LHIA 2BQGA 5I4WA 3WW5A 4GN5C 1LZCA 1CJ8A 2HEAA 3G3AB 2MEEA 5KKJA 2YDGA 1OUIA 1LYOA 3FE0A 1IC7Y 4PJ2C 5I4XA 1IOQA 1QIOA 1GBXA 5EBHA 1BQLY 1DI5A 4NGOA 3AGIA 1GFUA 3WUMA 5ILFA 3W6CA 5F9XA 1LJ3A 5K7OA 3TMXA 2YBIA 3LZ2A 3BKHA 1GE1A 1GEZA 2BQMA 2WARA 5C6IA 5HQ1A 1HEQA 1RFPA 207LA 2BQDA 2ZNWY 2H9JA 5APDA 1UIGA 5LYZA 4GLAA 1OUHA 1IY4A 3LYTA 4ETDA 3AZ6A 4IJ4A 1INUA 5DN4A 1CJ6A 1GE0A 1HEOA 1LTMA 1LZ1A 4GN4A 7LYZA 1TBYA 1ZV5L 4WL6A 1LJNA 3D3DA 4H8XA 4HJZA 5DLAA 1HSXA 1IC4Y 4DD3A 1UIAA 4G4HA 1JEFA 4LT1A 1GBSA 1UBZA 4FDYA 4OWHA 1QSWA 2FBDA 4HP0A 2C8PA 1GBOA 3CSQA 1IOSA 1VDSA 5KKIA 2BQBA 1JPOA 1YKZX 1D6QA 5FELA 1GE4A 1LCNA 1GFJA 4HTQA 4WL7A 2LZ2A 1LKRA 4QEQA 1T3PA 4X3BA 1MLCE 4OWCA 1C08C 4WLDA 1NKHA 1LZRA 4C5FA 1JSEA 1JUGA 1GBYA 2MEBA 4LYOA 1QTEA 4LYCA 1LSAA 4B4IA 3RU5A 4AXTA 5APEA 5B1FA 4TUNA 1IWYA 1UIBA 4NGYA 2FYDA 4QY9A 2IHLA 3T36A 1FLQA 4I0CA 3B0KA 1CKDA 4PPOA 5KXOA 4WOAA 1D0MA 3WU8A 4J1BA 1REXA 2D6BA 5KXKA 1FKVA 1HENA 1C46A 4NGZA 9LYZA 5D5FA 4G4CA 2MECA 2A7FA 2DQDY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z39A 1YANA 1EQ4A 2OEAX 1FKQA 4TSBA 5B07A 3P68A 1L97A 1IR9A 1EQ5A 4XJDA 1L56A 1L12A 1GDXA 4DDBA 3BKVA 4PHIA 1NF5A 1YAQA 4ETBA 237LA 196LA 3AW7A 3WPJA 1G7LC 1G7IC 1QUSA 4BAFA 4ETCA 1L0KA 4ET9A 246LA 2Z2FA 1LZEA 1JKBA 1KNIA 1TCYA 169LA 1SQ2L 4ARJA 1QTKA 3WXUA 1D3MA 3SBAA 1XEKA 1LMOA 1GD6A 1WTNA 1DKKA 4XENA 1OUJA 4B1AA 5KXXA 6LYZA 5FDJA 5HMVA 1LGWA 1FLWA 1NBZC 1B5YA 1L77A 1IP7A 1LYJA 1L92A 3C8RA 1NBYC 3B6LA 2EQLA 3AGHA 2OE9X 4NWHA 2B7XA 4NG1A 251LA 5FEKA 1C7PA 168LA 1LJEA 1LSCA 152LA 2B6WA 3EBAB 1L99A 244LA 118LA 1CU0A 1L53A 4XN6A 1WQPA 1NWGA 3WYHA 1SSYA 4Z41A 3RZ4A 5KXLA 213LA 2MEDA 1HEWA 2EIZC 195LA 4H9EA 2XBSA 1BGIA 1L75A 138LA 1AT5A 4BS7A 158LA 2ANXA 1B7OA 255LA 4H9BA 4GN3A 4R6CA 1LZDA 2HUBA 5I5QA 2B74A 1YAPA 3AJNA 1L72A 3TXDA 4I7LA 1YILA 3B0IA 1PQMA 1GB8A 1GB7A 2F30A 3A34A 4TWSA 257LA 1L70A 1L93A 1P56A 4H9CA 1LMTA 133LA 1XSFA 4I8SA 4B4JA 4EPIA 5LA5A 1QTBA 4GCCA 1IY3A 1L83A 1OVKA 5JENB 1SSWA 1QT8A 115LA 135LA 1W08A 5KXYA 1LZ4A 1LHKA 1UUZC 1C6NA 4G49A 4K5YA 3W6EA 2Z18A 3LYMA 5LA8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Z39 A;  1YAN A;  4NSJ A;  1EQ4 A;  1VDQ A;  1FKQ A;  1GFG A;  4TSB A;  1HFZ A;  1J1O Y;  5B07 A;  1LJH A;  4RDS A;  1BVK C;  3P68 A;  5I53 A;  3RT5 X;  4NIJ A;  5APF A;  2BQF A;  1IR9 A;  1EQ5 A;  4XJD A;  4XJI A;  1LSP A;  1GB2 A;  1GDX A;  4DDB A;  1FDL Y;  1HFY A;  3CB7 A;  1AT6 A;  1JIT A;  3BKV A;  2DBT A;  2DQJ Y;  4PHI A;  1LSM A;  1NF5 A;  1YAQ A;  4CJ2 A;  3HBH A;  1LZ8 A;  4ETB A;  4HPE A;  1LMP A;  3CT0 A;  1GFT A;  1ZMY L;  2F2N A;  2HU1 A;  3WU7 A;  1OUD A;  3G3B B;  1WQM A;  4J1A A;  5C6J A;  3WPK A;  3T6U A;  1AZF A;  3A6C Y;  3GXR A;  3AW7 A;  3WPJ A;  4N9R A;  1G7L C;  1V7S A;  5A3E A;  5DL9 A;  1G7I C;  4O34 A;  1QUS A;  4WLY A;  4BAF A;  4Z98 A;  4ETC A;  1BVX A;  4H94 A;  4NGJ A;  4ET9 A;  3TXB A;  5IHG A;  2MEI A;  4HJY A;  1JIS A;  1LSZ A;  2Z2F A;  1LZE A;  4OWA A;  1I20 A;  4XJG A;  1QUT A;  1HEL A;  1IOR A;  1JKB A;  1GFR A;  1REZ A;  1KXY A;  2VB1 A;  1TCY A;  1GBW A;  4HJV A;  3TXK A;  4NSG A;  1RCM A;  1IP4 A;  1IWW A;  4WM4 A;  1GFK A;  4YEO A;  1SQ2 L;  1JJ1 A; 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 3FE0 A;  1IC7 Y;  4PJ2 C;  5I4X A;  1IOQ A;  1QIO A;  1GBX A;  5EBH A;  1BQL Y;  1DI5 A;  4NGO A;  3AGI A;  1GFU A;  3WUM A;  5ILF A;  3W6C A;  5F9X A;  1LJ3 A;  5K7O A;  3TMX A;  2YBI A;  3LZ2 A;  3BKH A;  1GE1 A;  1GEZ A;  2BQM A;  2WAR A;  5C6I A;  5HQ1 A;  1HEQ A;  1RFP A;  207L A;  2BQD A;  2ZNW Y;  2H9J A;  5APD A;  1UIG A;  5LYZ A;  4GLA A;  1OUH A;  1IY4 A;  3LYT A;  4ETD A;  3AZ6 A;  4IJ4 A;  1INU A;  5DN4 A;  1CJ6 A;  1GE0 A;  1HEO A;  1LTM A;  1LZ1 A;  4GN4 A;  7LYZ A;  1TBY A;  1ZV5 L;  4WL6 A;  1LJN A;  3D3D A;  4H8X A;  4HJZ A;  5DLA A;  1HSX A;  1IC4 Y;  4DD3 A;  1UIA A;  4G4H A;  1JEF A;  4LT1 A;  1GBS A;  1UBZ A;  4FDY A;  4OWH A;  1QSW A;  2FBD A;  4HP0 A;  2C8P A;  1GBO A;  3CSQ A;  1IOS A;  1VDS A;  5KKI A;  2BQB A;  1JPO A;  1YKZ X;  1D6Q A;  5FEL A;  1GE4 A;  1LCN A;  1GFJ A;  4HTQ A;  4WL7 A;  2LZ2 A;  1LKR A;  4QEQ A;  1T3P A;  4X3B A;  1MLC E;  4OWC A;  1C08 C;  4WLD A;  1NKH A;  1LZR A;  4C5F A;  1JSE A;  1JUG A;  1GBY A;  2MEB A;  4LYO A;  1QTE A;  4LYC A;  1LSA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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