5FDJA

Hen egg lysozyme at room temperature solved from datasets acquired by ultrasonic acoustic levitation method and processed by crystfel
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ultrasonic acoustic levitation for fast frame rate X-ray protein crystallography at room temperature.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5fdjA00
5HQ1A 1OUFA 3AZ4A 3N9EA 3WPKA 4NGVA 4DWXA 1ZV5L 1CKFA 4N1CC 3RZ4A 3OK0A 4W94A 1PS5A 1HSXA 3LN2A 1BWJA 5J7CA 1YL1X 2Z18A 1GFHA 2BQCA 4II8A 5FELA 1P2CC 4LYCA 2D4JA 1LJIA 3P66A 1WTMA 1LMAA 5KXSA 4P2EA 4WG1A 3TXGA 3P4ZA 1GB2A 4H8YA 1GBZA 1B5WA 1IOSA 2GV0A 1KIRC 1GB0A 1C10A 1A4VA 1EL1A 1OUCA 4UWNA 1FLUA 4H91A 3W6FA 2DQCY 1GD6A 1C43A 1IP6A 2YBNA 4H92A 1G7LC 1GFTA 1LYSA 1T3PA 5IDDA 1JKBA 1LZ4A 2DQEY 3A96A 1LZAA 2BQFA 2BQKA 2W1LA 4GCBA 5KKJA 4GN3A 4NGIA 1LZ9A 1FKVA 4J7VA 1JKDA 2YBJA 9LYZA 3VWOA 1GEZA 4WL7A 1LOZA 4YF2A 3QY4A 3CSZA 1HF4A 1XGTC 1JKCA 1YANA 3LZ2A 5APDA 5KXTA 2FBDA 1W08A 3FE0A 1FBIX 4NGLA 3WUAA 5ILCA 3AJNA 5B59A 3LYZA 1WQNA 3N9AA 1T6VL 3A3QA 5LAFA 1GFKA 1HENA 4WM5A 1B7QA 5A3ZA 3N9CA 1VDQA 4H1PA 4OOOA 4RW2A 4EMNA 1B7OA 4HV2A 2XBSA 1NDGC 4L41A 1IC4Y 3A93A 5HNLA 194LA 1QTKA 1IY4A 5B06A 4ZIXA 5C6LA 1LHMA 5K7OA 3B0IA 4LYZA 1FN5A 2MECA 2EPEA 4IJ4A 1GFAA 5FDJA 1GF7A 4GCCA 1F10A 1YL0X 4XJHA 4IASA 4BS7A 5KXXA 4PJ2C 2BAAA 4NSHA 3HBEX 1RFPA 1IP3A 1UUZC 5LAGA 4J1AA 1IP2A 1IORA 3P68A 3TXEA 2BQGA 4M6DA 1YAQA 1DI5A 1UA6Y 1HFZA 1LSDA 4WM4A 1UBZA 5FSTA 2W1MA 1ALCA 4H9HA 1C46A 4YOPA 2H5ZA 1C7PA 1LZNA 1NHEA 3TXHA 4ZEEA 2Z38A 1EQ5A 1TEWA 1LYOA 1GB3A 1UIHA 2AUBA 3A34A 4WLDA 5DLAA 1N4FA 1LPIA 2YBMA 5DM9A 1HERA 5KXLA 5LYMA 4DYGA 1DZBX 2G4PA 1LZTA 4GN5C 1GB5A 2C8PA 1GFUA 2D6BA 1GF3A 2FYCA 3WPJA 2ZQ3A 1G7HC 2MEGA 4DC4A 1BWHA 1G7IC 1Z55A 1LSZA 3EMSA 5EBHA 4B4IA 4DD1A 1BHZA 4H9CA 1D9UA 4H8ZA 5HLLA 4WLYA 2ZWBA 1DXJA 3P65A 1BB6A 4YENA 2PC2A 3AB6A 5F16A 1HC0A 3AGGG 1OUIA 1DI4A 4NHIA 1IOTA 4NHSA 2B5ZA 3KAMA 4WM3A 5HMVA 2D4KA 2CJLA 2F2NA 2LYOA 3HFMY 4OOTA 4XYYA 5E4PA 5KXZA 3W6DA 1LYYA 1CNSA 1LMQA 7LYZA 1WVUA 1GE0A 5II3A 5KXRA 4QDNA 2MEAA 1DKKA 1WQPA 4HP0A 4LT0A 132LA 1DPWA 5KJ9A 1GB7A 1UIEA 1EQ4A 1GF4A 4AXTA 1AT5A 2Z12A 2Z39A 4NSGA 5F9XA 4NHTA 3TMVA 4CFOA 1IP5A 2MEHA 1IWWA 4HTNA 4PPOA 1GXV2 5M1YA 2I26L 3ATNA 4HTKA 4Z3MA 5KXOA 4XJDA 1BB5A 1YAPA 2XTHA 1I20A 4WO9A 4NGZA 2D91A 4LT2A 5B05A 1LZEA 4QGZA 4PGJB 3EXDA 1W6ZA 3SP3A 1LHLA 2YSSC 4WM2A 3FI7A 1J1OY 2EKSC 1LTMA 1JJ0A 1HNLA 1BB3A 1AZFA 1KIPC 1OUHA 4B4EA 1XEJA 5I4WA 4XN6A 1FDLY 2LZTA 3WUMA 4W96A 1HEMA 1TBYA 1QSAA 1UICA 3AYQA 1B7MA 1IVMA 6LYTA 2MEIA 1OP9B 5APCA 1LKSA 2A7DA 4G49A 4GCEA 3WW5A 1KXYA 1HHLA 1GBXA 1VDSA 1V7SA 3LZTA 1XGRC 1YKZX 1IWXA 5LYZA 2BQNA 4TWSA 4HPIA 3A91A 1B5ZA 1GFGA 3A8ZA 3B6LA 4NSIA 1IP4A 1H6MA 3ZVQA 3ZEKA 4G4CA 1VATA 4QY9A 3GXRA 1QUTA 4OWHA 3TXFA 1D0KA 4A7DA 5A3EA 1HEOA 1JHLA 2ZYCA 4KPMA 2DQIY 1XSFA 1REXA 4WMGA 2C8OA 4CHXA 3RT5X 2H9JA 5LVIA 1FLWA 3TXJA 2Z19A 4TSBA 5F9UA 3AGIA 3WL2A 1MLCE 4CGEA 4LYOA 1LSAA 5DN5A 1E8LA 2Y8PA 2YDGA 4ETCA 5D5CA 1NBZC 2RSCA 4HJYA 4LZTA 2WARA 1JUGA 1REYA 4MR1A 5FCPA 1HEPA 4N0JA 2DQAA 3BKVA 1PZYA 1UIBA 4ETAA 3LYOA 5I5QA 3W6EA 4NHQA 1LJNA 4DD9A 1LJJA 193LA 1IWVA 1CKHA 1LZBA 1SLYA 2W1YA 4OWEA 1HEQA 4WG7A 5I4YA 3A6BY 3QNGA 1LMCA 4TUNA 3WXUA 1F0WA 1UC0A 2DQGY 1UIFA 3AZ7A 1XFPL 2H9KA 5B1GA 5C6IA 5LA5A 4LYTA 1LYZA 2Q0MX 4DD7A 1OUGA 1HSWA 4B49A 2DQHY 4N9RA 1LSFA 1IY3A 1FKQA 1GBOA 2W1XA 1VDPA 4YM8A 2MEEA 4PRQA 4GCFA 1SQ2L 2BQAA 1LZ1A 1OQMA 3LYMA 1LMOA 4N1EI 4RLMA 3TMWA 4BAFA 4NG1A 1LJGA 1C45A 2BPUA 2F4AA 1XGQC 3TXKA 4YEMA 1REZA 2HUBA 1H87A 4G4BA 1JSEA 1TDYA 3QE8A 2HU3A 4NWEA 4XENA 1GE2A 4NHPA 4H90A 1IWZA 2ZIJA 1IR9A 1VFBC 2MEFA 3K3TA 4J1BA 1B5UA 1RCMA 3D9AC 4C3WA 4X3BA 1LHHA 2ZQ4A 4RW1A 3RW8A 1D6QA 2BLYA 3A6CY 1LJHA 154LA 3MGWA 1BGIA 4NGYA 1LHKA 5F14A 3AW7A 4PHIA 1GE3A 4DD3A 1XEKA 1QUSA 3P64A 4TX7A 2I25L 1LZ6A 1GDWA 3RNXA 133LA 1LJ4A 208LA 1REMA 1LMTA 2G4NA 3TMXA 4M4OA 2LHMA 4I8SA 1HELA 2BQBA 3CT1A 4DDCA 1BB7A 3J4GA 4XADA 1BVXA 1HFYA 1OUAA 1F6RA 2HEAA 2EIZC 3AZ5A 1G7JC 3WU9A 1LJKA 4B0DA 4QEQA 1QTEA 1AKIA 1BVKC 3IJVA 4HJZA 3WMKA 1TCYA 4Z46A 5KXMA 4H9EA 2HTXA 3E3DA 3ULRA 1QIOA 2ZYPA 3CB7A 2BQOA 4NEBA 5T3FA 1JKAA 1LCNA 134LA 1GF5A 2ZNXY 5KKIA 1LSNA 1CKCA 1DPXA 3WVXA 4NGWA 4NWHA 5E9RA 5LA8A 5L9JA 153LA 3B0OA 4C5FA 1NBYC 1LSCA 4HTQA 1NQIA 4ANRA 1ZMYL 2BQJA 4H8XA 4HPEA 3WPLA 1WQQA 4H9FA 3WU8A 1WQOA 3RU5A 5KXNA 1V7TA 3EO5A 4OWCA 1IO5A 5FEKA 1IC5Y 1B7PA 4GN4A 4WLTA 1LZSA 2CWIA 3M3UA 3BKHA 4J0LA 5LIOA 4O34A 2HU1A 3CSRA 5JENB 2DBTA 5I53A 3A92A 3G3BB 4GLVA 2LYZA 4MCKA 1FLQA 2NWDX 1JJ1A 3WW6A 5I4XA 4BADA 2DQDY 1LZDA 4H93A 135LA 4XJIA 2Z37A 4ETEA 1B5YA 3AZ6A 1I56A 3ATOA 5HNCA 1LZ8A 2VB1A 1B2KA 1JTTL 1LSPA 4DT3A 1D0MA 1DQJC 2BQDA 4NIJA 3LYTA 5B07A 1LZCA 4ETDA 2FBBA 1LZ5A 3ZVQB 1GE1A 5APFA 4NG8A 1VEDA 1GB6A 3TXBA 1UCOA 4FJRA 4R0FA 2CGIA 3TMUA 2IFFY 1IIZA 1YQVY 1OUDA 4G4HA 1ZVYB 5LVJA 1IOCA 5B1FA 1INUA 1KXXA 3LHMA 1QQYA 5KY1A 3WUNA 3TXDA 2DQFC 4LGKA 5DL9A 4H9IA 4WO6A 1YKXX 1YKYX 4WM1A 3WU7A 3WH1A 2BQEA 1LJFA 1LZGA 1AM7A 1IX0A 1GAZA 4LFXA 1I1ZA 3A3RX 4R6CA 5KXYA 1J1XY 3A67Y 5L3HA 4B4JA 4BAPA 4DDAA 8LYZA 3B72A 4DDBA 4CFPA 2YBIA 1HMLA 5HMJA 1JTPL 1GXXA 2BQHA 1IC7Y 1JWRA 5LVKA 4E3UA 1GFJA 1G7MC 1BWIA 1NDMC 1AT6A 1B5VA 1OUBA 1NKHA 3W6CA 1GF6A 1GF9A 3AW6A 1JITA 5DN4A 3WXTA 2YBHA 3W6BA 4LFPA 3IJUA 1GEVA 4WL6A 1FLYA 2HEDA 4OWAA 1GDXA 2YVBA 3W3EA 4KXIA 4XJFA 5ILFA 1BB4A 1GBWA 3G3AB 4CJ2A 1KIQC 4D9ZA 3WULA 1YAMA 2I6ZA 5LYTA 4ETBA 1LSGA 1EQEA 3B0KA 4HSFA 2ZNWY 3TXIA 5IELA 4IATA 1RI8B 4FDYA 1LJEA 1B7NA 4LT1A 1B0DA 4AGAA 1B7RA 1UACY 4WOAA 4TTDA 1B7SA 4H94A 1LMPA 4G9SA 4I0CA 1CJ6A 1TAYA 2BQMA 1ZVHL 2ZILA 1OUEA 1LSYA 3CSQA 6LYZA 1CJ9A 1GE4A 1HMKA 1YAOA 3CQLA 4HJVA 4XJGA 1DI3A 2BQLA 1WVVA 5APEA 2EQLA 1JTOL 1GB9A 2LZ2A 4N5RA 1IR8A 1LSMA 1WTNA 1LAAA 1IWTA 1YIKA 2CDSA 1O23A 4H9BA 1J1PY 1CKGA 1GBSA 2MEBA 1GHLA 4NFVA 4OWBA 4Z98A 207LA 1GF0A 3M18B 3W6AA 1C08C 1GBYA 5I54A 1D6PA 1NMMA 4GCDA 4RLNA 4ZFPA 1JSFA 1IOQA 1LSEA 1NF5A 1LKRA 2N5ZA 4NGJA 5AMYA 1VDTA 3OJPA 4DD0A 1JEFA 1CJ8A 1B7LA 1QSWA 1LZYA 1XGPC 1XEIA 2YBLA 2DKVA 1GPQC 4ET8A 1RE2A 3F6ZA 1JIYA 4YEOA 1GAYA 1BQLY 2F30A 2FYDA 4LYMA 1IWYA 1LMNA 2HEBA 3A90A 1WQMA 1WQRA 2IHLA 4N8ZA 5LVGA 1IR7A 3GXKA 1F6SA 2DQJY 4NGOA 1MELL 3HBDA 1QDTA 2Z2EA 1JISA 4UWVA 5KXKA 4WM6A 3HBHA 4LT3A 1CJ7A 4RDSA 2BLXA 5D5FA 5IHGA 4EOFA 1GF8A 3A94A 3D3DA 5F81A 2LYMA 4XJBA 1RJCB 2HECA 1B9OA 3WVYA 1OUJA 1YILA 5KXWA 1IWUA 3EBAB 4GLAA 4ET9A 3A95A 2D4IA 3CT0A 3J6KA 4DD2A 1CKDA 1A2YC 1LHJA 5L3IA 2MEDA 1VAUA 5C6JA 1KXWA 5LXWA 1IP7A 2BQIA 1GFRA 1JJ3A 1QDRA 1LJ3A 4PRUA 2X0AA 4NGKA 2HEEA 1GFEA 1IP1A 4TSCA 4U3XB 5KXPA 1LHIA 4Z41A 4LYBA 1UIGA 3AGHA 1B5XA 4NY5A 4WLXA 2A7FA 4H9AA 5LVHA 4HV1A 1DKJA 2Z2FA 4KL7A 2XBRA 1GWDA 1JPOA 1HEWA 4KT3A 3IWRA 1LSBA 3WYHA 1XGUC 2F4GA 4NSJA 4UWUA 5LINA 4ML7A 3CT5A 1IEEA 4MSTA 1GB8A 1GFVA 2G4QA 2HEFA 5FHWA 1LZRA 1UIAA 2XJWA 2ZIKA 1NWGA 3T36A 1YROA 3T6UA 1HFXA 1UIDA 4B1AA 4OW1A 1D0LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HQ1A 1OUFA 1CKFA 3RZ4A 3LN2A 5J7CA 2BQCA 3DN4A 1LJIA 7LZMA 2ANVA 2XQOA 2QB0B 1OYUA 1GB2A 4H8YA 197LA 1IOSA 1EL1A 4H91A 1G7LC 3SB8A 1L51A 1LZ4A 2DQEY 3DKEX 1QT3A 4GN3A 4I7JA 4NGIA 1LZ9A 1FKVA 3VWOA 4W53A 186LA 1JKCA 1YANA 1L29A 1L09A 3L64A 4I7NA 5ILCA 1ZWNA 5LAFA 1GFKA 170LA 1L47A 1HENA 4WM5A 4YX7C 5A3ZA 215LA 3N9CA 1B7OA 2XBSA 5B06A 5C6LA 228LA 4ARQA 3B0IA 4IJ4A 5FDJA 1GF7A 4GCCA 4DQ5A 4IASA 5KXXA 4PJ2C 2BAAA 1RFPA 1KW5A 2LCBA 1DYGA 1IP2A 3TXEA 123LA 1XJTA 1YAQA 1HFZA 1LSDA 1UBZA 2W1MA 1ALCA 4H9HA 2H5ZA 1L18A 1OVJA 1LYOA 1G07A 2AUBA 5DM9A 4DYGA 1GB5A 2C8PA 2ZQ3A 4DKLA 177LA 1L81A 185LA 1C6PA 5HLLA 1I6SA 1L46A 126LA 1L67A 3AGGG 2B5ZA 2CJLA 201LA 5KXZA 1LYYA 5II3A 4QDNA 1DPWA 5KJ9A 1GB7A 1L27A 146LA 1TLAA 5F9XA 1C62A 4PPOA 5M1YA 4Z3MA 5KXOA 1P56A 1LZEA 1QT7A 1L77A 1DYFA 3SP3A 2OU9A 1ZURA 175LA 1L33A 1KNIA 3WUMA 112LA 3RZEA 1TBYA 3AYQA 5APCA 1L59A 1HHLA 1P2LA 1V7SA 3LZTA 1IWXA 5LYZA 2BQNA 4I7MA 4TWSA 103LA 1B5ZA 3A8ZA 2B6ZA 4G4CA 1QUTA 4OWHA 4A7DA 1D0KA 5A3EA 2DQIY 1XSFA 3HUAA 2H9JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HQ1 A;  1OUF A;  3AZ4 A;  3N9E A;  3WPK A;  4NGV A;  4DWX A;  1ZV5 L;  1CKF A;  4N1C C;  3RZ4 A;  3OK0 A;  4W94 A;  1PS5 A;  1HSX A;  3LN2 A;  1BWJ A;  5J7C A;  1YL1 X;  2Z18 A;  1GFH A;  2BQC A;  4II8 A;  5FEL A;  1P2C C;  4LYC A;  2D4J A;  1LJI A;  3P66 A;  1WTM A;  1LMA A;  5KXS A;  4P2E A;  4WG1 A;  3TXG A;  3P4Z A;  1GB2 A;  4H8Y A;  1GBZ A;  1B5W A;  1IOS A;  2GV0 A;  1KIR C;  1GB0 A;  1C10 A;  1A4V A;  1EL1 A;  1OUC A;  4UWN A;  1FLU A;  4H91 A;  3W6F A;  2DQC Y;  1GD6 A;  1C43 A;  1IP6 A;  2YBN A;  4H92 A;  1G7L C;  1GFT A;  1LYS A;  1T3P A;  5IDD A;  1JKB A;  1LZ4 A;  2DQE Y;  3A96 A;  1LZA A;  2BQF A;  2BQK A;  2W1L A;  4GCB A;  5KKJ A;  4GN3 A;  4NGI A;  1LZ9 A;  1FKV A;  4J7V A;  1JKD A;  2YBJ A;  9LYZ A;  3VWO A;  1GEZ A;  4WL7 A;  1LOZ A;  4YF2 A;  3QY4 A;  3CSZ A;  1HF4 A;  1XGT C;  1JKC A;  1YAN A;  3LZ2 A;  5APD A;  5KXT A;  2FBD A;  1W08 A;  3FE0 A;  1FBI X;  4NGL A;  3WUA A;  5ILC A;  3AJN A;  5B59 A;  3LYZ A;  1WQN A;  3N9A A;  1T6V L;  3A3Q A;  5LAF A;  1GFK A;  1HEN A; 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 3OJP A;  4DD0 A;  1JEF A;  1CJ8 A;  1B7L A;  1QSW A;  1LZY A;  1XGP C;  1XEI A;  2YBL A;  2DKV A;  1GPQ C;  4ET8 A;  1RE2 A;  3F6Z A;  1JIY A;  4YEO A;  1GAY A;  1BQL Y;  2F30 A;  2FYD A;  4LYM A;  1IWY A;  1LMN A;  2HEB A;  3A90 A;  1WQM A;  1WQR A;  2IHL A;  4N8Z A;  5LVG A;  1IR7 A;  3GXK A;  1F6S A;  2DQJ Y;  4NGO A;  1MEL L;  3HBD A;  1QDT A;  2Z2E A;  1JIS A;  4UWV A;  5KXK A;  4WM6 A;  3HBH A;  4LT3 A;  1CJ7 A;  4RDS A;  2BLX A;  5D5F A;  5IHG A;  4EOF A;  1GF8 A;  3A94 A;  3D3D A;  5F81 A;  2LYM A;  4XJB A;  1RJC B;  2HEC A;  1B9O A;  3WVY A;  1OUJ A;  1YIL A;  5KXW A;  1IWU A;  3EBA B;  4GLA A;  4ET9 A;  3A95 A;  2D4I A;  3CT0 A;  3J6K A;  4DD2 A;  1CKD A;  1A2Y C;  1LHJ A;  5L3I A;  2MED A;  1VAU A;  5C6J A;  1KXW A;  5LXW A;  1IP7 A;  2BQI A;  1GFR A;  1JJ3 A;  1QDR A;  1LJ3 A;  4PRU A;  2X0A A;  4NGK A;  2HEE A;  1GFE A;  1IP1 A;  4TSC A;  4U3X B;  5KXP A;  1LHI A;  4Z41 A;  4LYB A;  1UIG A;  3AGH A;  1B5X A;  4NY5 A;  4WLX A;  2A7F A;  4H9A A;  5LVH A;  4HV1 A;  1DKJ A;  2Z2F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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