5HLLA

Re-refinement of 4g4a: room-temperature x-ray diffraction study of cisplatin and its binding to his15 of hewl after 14 months chemical exposure in the presence of dmso.
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Re-refinement of 4g4a: room-temperature X-ray diffraction study of cisplatin and its binding to His15 of HEWL after 14 months chemical exposure in the presence of DMSO.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5hllA00
1FDLY 1ZV5L 1HSWA 1GDXA 4B4EA 4I8SA 1CKGA 2ZYPA 4BADA 1GF7A 5ILFA 1FBIX 1MELL 4DD3A 3OJPA 1LTMA 1GF0A 1VDSA 1B7RA 1G7HC 5LVGA 4NGVA 4MSTA 2WARA 1WQRA 1IY3A 1CJ7A 1GFJA 1LZ6A 1IP7A 1I56A 1HSXA 3CQLA 3K3TA 3TMXA 5E9RA 2BQHA 3IJVA 3A96A 1LOZA 1XGRC 1GEZA 1GF5A 4H94A 2HEEA 1CNSA 1GFKA 2MEEA 3WPKA 4OWAA 4Z46A 4HTKA 3A67Y 4HV1A 5LAGA 5LIOA 3TXEA 2BQOA 1DQJC 1B7NA 5B05A 2DBTA 5LVHA 2ZIJA 4ANRA 1LYSA 1FKQA 1OUDA 2BQIA 1LZDA 2HU1A 1JEFA 2I6ZA 1D0LA 2HEFA 3B6LA 1B5UA 1JKBA 1LZ4A 4LYMA 4CHXA 3B0OA 4Z98A 4B49A 4DD1A 2DKVA 208LA 2XTHA 1LZTA 4R6CA 4AXTA 1IWYA 4QDNA 3A6CY 2LYZA 3A95A 1JWRA 1LMOA 1GB8A 2ZNWY 5IDDA 4YF2A 1D0KA 3QY4A 5KXZA 1EL1A 1GXXA 1HENA 1IWZA 3RZ4A 1LSBA 3ULRA 2C8OA 1YL0X 1IWXA 3TMWA 3EO5A 1EQ5A 2YBMA 1FLWA 4N5RA 1F0WA 1LZ5A 4WM2A 2BPUA 4ETAA 1LSMA 5EBHA 1GB6A 4B4IA 3EMSA 2Z12A 4GCEA 1W6ZA 154LA 3J6KA 3LHMA 1VATA 4LT2A 1GBZA 3ZVQB 1LSYA 3AW6A 5APEA 1C10A 4H8ZA 3MGWA 4Z3MA 1UIAA 3WUNA 3B0IA 1HEWA 2G4PA 5HQ1A 4LT1A 5L3IA 3WW5A 1HFZA 1QDTA 1LHJA 2Z18A 4ET9A 1GFGA 5A3EA 5LYMA 1ZMYL 4CJ2A 3AZ7A 1GB0A 2DQCY 1IR8A 4YEOA 3B0KA 4WM3A 4G49A 6LYTA 1CKCA 1LYZA 4HTQA 1FLYA 1GE1A 1YIKA 1AT5A 3HBDA 4QGZA 2LZTA 3CT0A 3HFMY 2DQEY 2YDGA 3P66A 4N0JA 4TX7A 1LHMA 4LT3A 5C6IA 4WO9A 1NBZC 4W96A 3OK0A 1IR9A 3P4ZA 3RW8A 1B7SA 1TCYA 1IEEA 2EQLA 1NF5A 1XSFA 3CT1A 4H1PA 4H9AA 1LSEA 2FYDA 1REXA 2MEGA 4NSGA 4XADA 5FEKA 1O23A 1UA6Y 1D0MA 1HELA 2LYOA 153LA 4WO6A 4L41A 3A93A 1GWDA 1NQIA 1B0DA 1G7JC 1D6QA 3KAMA 2BQBA 4HJZA 4DD2A 3WVXA 1QSWA 1CJ8A 1HEPA 4OWCA 2DQJY 1BVXA 1V7SA 2I25L 1IP5A 1IC4Y 4C3WA 1V7TA 2Z38A 3AB6A 4ETDA 4HJVA 1QQYA 2W1MA 1C45A 1IP2A 1J1PY 3LYOA 5LXWA 4C5FA 1GFEA 1LJ4A 1J1XY 4ZEEA 4I0CA 4NHIA 1JITA 4LYBA 2BQKA 1GAZA 3HBHA 4TTDA 1KIRC 1YKYX 3LYZA 1C7PA 1IC7Y 1OUGA 1JKCA 1UC0A 3WMKA 3FI7A 2D4KA 1JISA 1BWIA 1XEJA 1YKZX 1IWUA 2F2NA 5KXPA 5KKIA 4RLMA 2IHLA 3A92A 1JJ1A 4J1BA 2AUBA 4BS7A 4LT0A 4NWHA 3WUAA 4YM8A 4EMNA 5T3FA 2YSSC 1YKXX 2GV0A 1BB7A 1SLYA 3IWRA 1OUFA 4GCDA 3W6BA 2BQDA 4P2EA 1WQQA 5DL9A 3B72A 4XJIA 1C46A 2HEAA 1F10A 2D4IA 2YVBA 5B1GA 1GFUA 5KXYA 3WPJA 4G4BA 1UACY 2B5ZA 5KXNA 5KXWA 3AGIA 4HPIA 1QSAA 3TMVA 3WVYA 4RDSA 1B5WA 1IOSA 3A91A 9LYZA 1DPXA 1OUEA 4NGYA 1NHEA 4DYGA 4NG1A 5IELA 1REZA 2ZILA 1GXV2 3T36A 1F6SA 1FKVA 1DKJA 1QTKA 4ETCA 2HEDA 3CB7A 4X3BA 5KXRA 4OWBA 5DN4A 1GPQC 1LHLA 5LAFA 3W3EA 5LYTA 3LYMA 3M3UA 7LYZA 4PRQA 2D91A 3RNXA 3RT5X 3CSQA 3CT5A 1CKFA 1UIDA 5DLAA 1LZRA 4A7DA 4Z41A 1TBYA 3A34A 4E3UA 1JKAA 1LMQA 4ETEA 4G9SA 3WU7A 4H90A 1LJHA 2MEHA 1GF9A 1IO5A 4IASA 5I5QA 1IP3A 3T6UA 5C6LA 1HEMA 5JENB 1CJ9A 2W1YA 4U3XB 1KIPC 3AZ6A 1GAYA 3WW6A 4WG7A 1UIHA 1IWVA 4WLYA 1LHHA 4ET8A 4PHIA 1LMCA 2PC2A 4IJ4A 2F4AA 4CFOA 2H5ZA 2RSCA 4ZIXA 3HBEX 1NDGC 1KXYA 1BB5A 1J1OY 4NGKA 4NSIA 1IWWA 2CDSA 1KXWA 4GLAA 3QNGA 1BWHA 2A7DA 1JJ0A 1DI5A 1Z55A 2A7FA 5LA8A 1SQ2L 4YOPA 1UBZA 1BGIA 4GN4A 1OQMA 5KXOA 1A2YC 1WTMA 1IOCA 3CSZA 4GN5C 4BAPA 4LYZA 5APCA 4O34A 2Z2EA 1OUBA 5DN5A 2BQNA 4AGAA 1HEOA 2D4JA 2DQHY 4N9RA 3WL2A 1JIYA 1XEKA 1B9OA 2F30A 1LSCA 4H9CA 2YBJA 3LZTA 1VDTA 1YROA 3TXBA 1GF6A 1C08C 4G4CA 4NGJA 1IP6A 1GBSA 1B7PA 1D6PA 4II8A 1EQEA 1TEWA 2DQFC 1GF4A 3P68A 3TXFA 5HMVA 1CKHA 3D3DA 4ETBA 4H8XA 1HERA 4PGJB 4YEMA 1JJ3A 1OUIA 1IORA 2YBLA 5AMYA 5I53A 5FCPA 1IOQA 1GFRA 1AKIA 3A3QA 4RLNA 3VWOA 2DQGY 1B5ZA 1BHZA 5L3HA 4DD9A 3A3RX 1UCOA 2G4NA 4LYCA 4N8ZA 1BB4A 4WM5A 1DI4A 1WQMA 4GLVA 2F4GA 3ZVQA 1MLCE 3WXUA 1C43A 1LZ8A 1OUJA 1LSAA 5B06A 5I4WA 2FBBA 3WU8A 2HECA 1DI3A 133LA 1EQ4A 1LHKA 1WQOA 4WM4A 1B5XA 2EKSC 4TUNA 3N9AA 2BLXA 4H91A 4NSJA 4CGEA 4LFXA 4NEBA 4FJRA 4PPOA 1QUSA 4GN3A 1YAPA 4KPMA 1GFAA 3TXGA 1LZBA 5I54A 1YILA 2FYCA 3BKHA 4H9FA 135LA 4ML7A 1HMLA 1YL1X 1G7LC 1LZEA 2XJWA 1IC5Y 1P2CC 2DQAA 5HMJA 1JPOA 207LA 5B59A 3EBAB 5LVKA 1IVMA 1B5YA 3CSRA 2CWIA 4XJFA 4NGZA 5M1YA 1B7LA 2VB1A 1GF8A 1B2KA 1D9UA 1GBOA 1VDQA 2BQEA 2ZYCA 194LA 4WLTA 4QY9A 3AJNA 4DDBA 1LSZA 3A8ZA 1TAYA 5LYZA 2MEAA 4NWEA 1BWJA 1IOTA 2ZNXY 5LVIA 3GXKA 4LFPA 4OWEA 8LYZA 5IHGA 1LMNA 1JTOL 1LKRA 1UIBA 1WTNA 1KIQC 1OUCA 2BQLA 1VFBC 4NFVA 3AW7A 1LHIA 3TXDA 4KL7A 1HFYA 1JSFA 1IX0A 4WLDA 5LINA 1GD6A 3N9EA 1JHLA 3G3BB 4NGOA 3ATNA 4PRUA 4TSBA 4XYYA 1LPIA 3AYQA 1DPWA 2Z37A 3FE0A 1GHLA 1AM7A 2MECA 1WVUA 3IJUA 4H9EA 5APFA 3TXKA 5HLLA 1HC0A 4H8YA 1YQVY 1LSFA 2CJLA 4OOTA 1JTPL 5FSTA 5KY1A 1RJCB 1BB6A 1LJ3A 2G4QA 4HSFA 2W1XA 2C8PA 1BQLY 1YAOA 1QTEA 1YAMA 2BQJA 4NHTA 4NHQA 1GFHA 2XBSA 1LMTA 1B7QA 3A94A 4R0FA 1T6VL 1GE2A 1UIFA 4DD7A 1GB7A 2Q0MX 1GBXA 1YAQA 4UWNA 1H6MA 4H9IA 1FLQA 4BAFA 3TXHA 1RE2A 1GEVA 4RW1A 1LCNA 3AGHA 4WL7A 5II3A 1JTTL 2ZWBA 5LVJA 2BQAA 1LZ9A 1XEIA 1ZVYB 1I20A 5KXKA 1GF3A 5E4PA 2MEFA 2BQFA 2X0AA 3D9AC 1LAAA 4M6DA 6LYZA 4H93A 3A6BY 4KXIA 4UWVA 4NSHA 4HPEA 1LSGA 2FBDA 1GB9A 1PS5A 1TDYA 5HNCA 1NWGA 1VEDA 1GE4A 1LJIA 1HNLA 5KXMA 4OW1A 3N9CA 1HHLA 5DM9A 3LZ2A 3AGGG 3ZEKA 2YBIA 1LSDA 5F9UA 5FHWA 3W6DA 4DDAA 2BQGA 4TSCA 3LYTA 3J4GA 4H9HA 1FN5A 4HV2A 1FLUA 4XJHA 1B7MA 1LJEA 4B0DA 4GCBA 3SP3A 4RW2A 2HTXA 4KT3A 3WUMA 1LZCA 1LMAA 5KKJA 1LZYA 1QUTA 1KXXA 5HNLA 1CJ6A 1LMPA 2Z39A 4QEQA 5J7CA 5FDJA 2MEIA 2ZIKA 1GE0A 1E8LA 1RI8B 1LZSA 4J7VA 3E3DA 1BVKC 1IWTA 4M4OA 1XFPL 1OP9B 1BB3A 2DQIY 4IATA 4PJ2C 4W94A 4WG1A 1XGPC 4H9BA 1DKKA 1GFVA 3M18B 4N1CC 1F6RA 2YBNA 1GBWA 1NKHA 1DXJA 4OWHA 1JKDA 1GB5A 1JSEA 1H87A 4UWUA 5KXSA 1XGQC 4NGIA 3WYHA 1CKDA 1IR7A 2LYMA 1OUAA 1GDWA 1NDMC 1GB2A 1LJFA 5FELA 1AZFA 1RCMA 1WVVA 1XGUC 2HEBA 3W6EA 134LA 1PZYA 1VAUA 4NG8A 4NIJA 3P65A 2Z19A 4HP0A 4WM1A 5C6JA 1A4VA 1INUA 4EOFA 1VDPA 4WOAA 1LSPA 3W6FA 3TXJA 1QIOA 3P64A 2BAAA 1W08A 1HFXA 4LYOA 1HMKA 4NHPA 1T3PA 4XENA 1HF4A 1LYYA 1N4FA 5D5CA 1UICA 2I26L 1GE3A 4FDYA 3RU5A 1LKSA 5ILCA 4WMGA 1IY4A 1REYA 4DD0A 1LJJA 3GXRA 5APDA 1B5VA 5F81A 4OOOA 1ALCA 4H92A 1AT6A 1DZBX 2Z2FA 4XJGA 2ZQ3A 1LSNA 5A3ZA 3W6CA 1IIZA 2BQMA 3G3AB 4WL6A 5KXLA 1LJKA 1LZNA 4XJDA 3WPLA 4NHSA 2HUBA 5F14A 2H9KA 2DQDY 3BKVA 4MCKA 4MR1A 3TMUA 3WU9A 1LZ1A 5KXXA 4J0LA 1WQPA 5LA5A 1UUZC 1GBYA 1JUGA 3W6AA 4XJBA 3LN2A 4DDCA 3F6ZA 3AZ4A 2ZQ4A 5B07A 3AZ5A 2MEDA 1B7OA 4G4HA 1YANA 2MEBA 1IP4A 4WLXA 2IFFY 5B1FA 4XN6A 4GCCA 5KXTA 1LYOA 3EXDA 4NY5A 4YENA 1LZAA 4TWSA 1IP1A 1WQNA 4WM6A 132LA 1HEQA 1NBYC 2EIZC 2BLYA 2YBHA 4NGWA 4B1AA 4LGKA 5F9XA 4N1EI 4HJYA 2LZ2A 4CFPA 4HTNA 1LZGA 5F16A 1ZVHL 4DC4A 2XBRA 4ZFPA 3A90A 2LHMA 4J1AA 3TXIA 1LJNA 2W1LA 1G7MC 5K7OA 2H9JA 2NWDX 1REMA 1UIGA 2N5ZA 4D9ZA 1RFPA 1G7IC 193LA 1I1ZA 2CGIA 4NGLA 3ATOA 4LZTA 4LYTA 3WXTA 4DWXA 3WH1A 3QE8A 1GFTA 1OUHA 5KJ9A 2Y8PA 4B4JA 1GB3A 5I4XA 2EPEA 2HU3A 5D5FA 4GCFA 1QDRA 5I4YA 4DT3A 1LJGA 2D6BA 1NMMA 3WULA 5L9JA 1XGTC 2BQCA 1UIEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HSWA 3QAKA 4B4EA 210LA 1GF7A 4BADA 3FI5A 1L66A 1B7RA 1IY3A 1GFJA 4EKSA 1HSXA 237LA 4ARQA 4H94A 206LA 2HEEA 3CDTA 2MEEA 4HTKA 227LA 1OUDA 2BQIA 2I6ZA 1KW5A 1JKBA 1LZ4A 4W59A 4DQ5A 1L94A 4DD1A 4R6CA 123LA 3VW7A 1GB8A 6LZMA 1LSBA 1IWXA 3EO5A 1C6IA 1LGXA 1F0WA 2BPUA 1LSMA 4B4IA 4LT2A 1LSYA 3AW6A 5APEA 3B0IA 3OE9A 1LWKA 5LYMA 4WM3A 1CKCA 1YIKA 3CT0A 3P66A 1LWGA 1LHMA 4LT3A 4WO9A 4W96A 2EQLA 1NF5A 1L47A 1L06A 1HELA 2LYOA 243LA 3A93A 4ARMB 4LDEA 1L36A 2BQBA 102LA 1L44A 4DD2A 258LA 1HEPA 2DQJY 1BVXA 2I25L 1IP5A 1V7TA 1P7SA 1LYHA 1IP2A 1J1XY 4TTDA 1KIRC 3LYZA 2F47A 1L71A 1L34A 1L05A 4NWHA 4YM8A 1YKXX 1DYFA 4YXCA 4P2EA 5DL9A 1T8GA 2YVBA 1GFUA 3WPJA 214LA 1L91A 4RDSA 3A91A 1OUEA 4NGYA 1SX2A 1GXV2 3HUQA 1F6SA 1FKVA 1LHLA 4I7NA 1L64A 3RNXA 3CSQA 1CKFA 1UIDA 4LDOA 4Z41A 1TBYA 3L64A 3GUIA 4ETEA 4G9SA 1L37A 4H90A 2RH1A 232LA 191LA 1GF9A 5I5QA 3T6UA 5C6LA 1C61A 4U3XB 1KIPC 1GAYA 3WW6A 3DNAA 216LA 219LA 1L62A 4ZIXA 1NDGC 3GUOA 4GLAA 1XEPA 3HT8A 222LA 1Z55A 2OTYX 4YOPA 1UBZA 3DN0A 1WTMA 3CSZA 4BAPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FDL Y;  1ZV5 L;  1HSW A;  1GDX A;  4B4E A;  4I8S A;  1CKG A;  2ZYP A;  4BAD A;  1GF7 A;  5ILF A;  1FBI X;  1MEL L;  4DD3 A;  3OJP A;  1LTM A;  1GF0 A;  1VDS A;  1B7R A;  1G7H C;  5LVG A;  4NGV A;  4MST A;  2WAR A;  1WQR A;  1IY3 A;  1CJ7 A;  1GFJ A;  1LZ6 A;  1IP7 A;  1I56 A;  1HSX A;  3CQL A;  3K3T A;  3TMX A;  5E9R A;  2BQH A;  3IJV A;  3A96 A;  1LOZ A;  1XGR C;  1GEZ A;  1GF5 A;  4H94 A;  2HEE A;  1CNS A;  1GFK A;  2MEE A;  3WPK A;  4OWA A;  4Z46 A;  4HTK A;  3A67 Y;  4HV1 A;  5LAG A;  5LIO A;  3TXE A;  2BQO A;  1DQJ C;  1B7N A;  5B05 A;  2DBT A;  5LVH A;  2ZIJ A;  4ANR A;  1LYS A;  1FKQ A;  1OUD A;  2BQI A;  1LZD A;  2HU1 A;  1JEF A;  2I6Z A;  1D0L A;  2HEF A;  3B6L A;  1B5U A;  1JKB A;  1LZ4 A;  4LYM A;  4CHX A;  3B0O A;  4Z98 A;  4B49 A;  4DD1 A;  2DKV A;  208L A;  2XTH A;  1LZT A;  4R6C A;  4AXT A;  1IWY A;  4QDN A;  3A6C Y;  2LYZ A;  3A95 A;  1JWR A;  1LMO A;  1GB8 A;  2ZNW Y;  5IDD A;  4YF2 A;  1D0K A;  3QY4 A;  5KXZ A;  1EL1 A;  1GXX A;  1HEN A;  1IWZ A;  3RZ4 A;  1LSB A;  3ULR A; 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 5ILC A;  4WMG A;  1IY4 A;  1REY A;  4DD0 A;  1LJJ A;  3GXR A;  5APD A;  1B5V A;  5F81 A;  4OOO A;  1ALC A;  4H92 A;  1AT6 A;  1DZB X;  2Z2F A;  4XJG A;  2ZQ3 A;  1LSN A;  5A3Z A;  3W6C A;  1IIZ A;  2BQM A;  3G3A B;  4WL6 A;  5KXL A;  1LJK A;  1LZN A;  4XJD A;  3WPL A;  4NHS A;  2HUB A;  5F14 A;  2H9K A;  2DQD Y;  3BKV A;  4MCK A;  4MR1 A;  3TMU A;  3WU9 A;  1LZ1 A;  5KXX A;  4J0L A;  1WQP A;  5LA5 A;  1UUZ C;  1GBY A;  1JUG A;  3W6A A;  4XJB A;  3LN2 A;  4DDC A;  3F6Z A;  3AZ4 A;  2ZQ4 A;  5B07 A;  3AZ5 A;  2MED A;  1B7O A;  4G4H A;  1YAN A;  2MEB A;  1IP4 A;  4WLX A;  2IFF Y;  5B1F A;  4XN6 A;  4GCC A;  5KXT A;  1LYO A;  3EXD A;  4NY5 A;  4YEN A;  1LZA A;  4TWS A;  1IP1 A;  1WQN A;  4WM6 A;  132L A;  1HEQ A;  1NBY C;  2EIZ C;  2BLY A;  2YBH A;  4NGW A;  4B1A A;  4LGK A;  5F9X A;  4N1E I;  4HJY A;  2LZ2 A;  4CFP A;  4HTN A;  1LZG A;  5F16 A;  1ZVH L;  4DC4 A;  2XBR A;  4ZFP A;  3A90 A;  2LHM A;  4J1A A;  3TXI A;  1LJN A;  2W1L A;  1G7M C;  5K7O A;  2H9J A;  2NWD X;  1REM A;  1UIG A;  2N5Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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