5HMJA

Re-refinement of 4xan: hen lysozyme with carboplatin in sodium bromide solution
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Re-refinement of 4xan: hen egg-white lysozyme with carboplatin in sodium bromide solution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5hmjA00
3E3DA 5E9RA 4NFVA 2LHMA 1LSFA 1NHEA 4KPMA 2DQJY 4TTDA 4HV2A 1HFXA 3QY4A 2Z2FA 4XJDA 3TMWA 2ZWBA 4HTNA 5LAFA 1LMTA 1F0WA 3LYTA 3M18B 3T36A 2FYDA 2RSCA 4QDNA 1LSEA 4LYMA 4G49A 1HC0A 2HTXA 1GB7A 4II8A 1V7SA 3AW7A 4ETBA 4PRUA 1LMQA 1GF0A 1B7QA 1F6SA 1C7PA 1LJNA 1UA6Y 3FE0A 4OW1A 1OUJA 1JKDA 4NGLA 4DC4A 1EL1A 4WO6A 1A2YC 1VDPA 4B4JA 4LFPA 1YILA 4YEOA 134LA 4UWVA 1QTKA 1B7RA 1NDGC 1YANA 1IY4A 5LA8A 1XGQC 1LJFA 2FBBA 2EKSC 1BWJA 2DQIY 1UUZC 2Z18A 4WM2A 1HEQA 2ZNXY 3TXIA 2HEAA 2DQAA 1GEVA 1LYZA 1TDYA 4G4HA 5IELA 4NGOA 2Z37A 1JITA 5APDA 1GEZA 1TBYA 1GE2A 1WVVA 3EMSA 4AGAA 4H9FA 3WU8A 1CKDA 1RJCB 1ZMYL 2ZYCA 1JKAA 2BQAA 4WLTA 1WQNA 5LIOA 1KXWA 1NQIA 133LA 3AGHA 2ZQ3A 3EXDA 1HHLA 3WL2A 5I4XA 2X0AA 1IR7A 2G4PA 1EQEA 1GF8A 1KXYA 1GXV2 3BKHA 1JTTL 3A8ZA 1DI4A 4NGKA 4OOOA 3W6FA 1GBSA 2HEEA 1E8LA 1B7SA 3CSQA 3IJUA 2MEAA 1UCOA 1HF4A 1TAYA 1MELL 2DQGY 5IDDA 1B0DA 5HNCA 5LINA 5LYMA 3TXHA 5ILCA 5F14A 1LZ4A 3WUAA 1IWUA 1V7TA 8LYZA 4BAFA 4NGYA 1GDWA 3SP3A 4YOPA 5K7OA 4WO9A 2D4IA 4GCDA 1LZTA 5B07A 1IWZA 3CT1A 5DL9A 1BWIA 2MEFA 4ZFPA 3WUNA 3WUMA 1OUAA 2C8OA 3B0OA 3MGWA 3BKVA 1JSEA 1LMAA 4Z98A 5LXWA 4G9SA 3P65A 4HJVA 5DN4A 1YKXX 1LHMA 2HEFA 4P2EA 4QGZA 5I54A 194LA 1HENA 3LHMA 3RW8A 2CWIA 4ETAA 2HECA 1ZV5L 2BLXA 2MECA 3QE8A 4H1PA 3D9AC 1GB0A 1B2KA 2PC2A 1XGTC 4WLYA 6LYTA 3ATNA 1EQ5A 4H9EA 4ANRA 2W1MA 1JKCA 2XBSA 3AYQA 5I53A 5I4WA 4A7DA 1QUSA 2LYOA 3OJPA 2BPUA 3WVXA 4OWCA 1WTMA 4DD3A 2ZIJA 4G4CA 2IHLA 2LZ2A 4DD1A 1YIKA 1ZVYB 1LZDA 2MEBA 1A4VA 1LSCA 3P68A 4J1AA 1LHIA 4Z46A 1O23A 1OUFA 2EPEA 2CGIA 4J1BA 1Z55A 1IP6A 1IP1A 4H9IA 1XSFA 4I0CA 4WL7A 1LZ5A 4H9AA 2ZQ4A 1LJGA 3A6BY 4GCCA 5DN5A 2HU1A 2BQFA 3A67Y 1LYSA 1JIYA 1OQMA 1D6PA 4FJRA 4LFXA 1N4FA 2CDSA 1IY3A 1JTOL 2GV0A 1OUDA 1IOCA 1GBZA 1VDTA 1LMCA 1T3PA 1IOTA 1FLYA 1GB6A 1LYOA 2DBTA 5E4PA 3W6AA 1LAAA 1AZFA 3CSRA 1GF4A 1LSAA 4GN3A 1JHLA 1JWRA 1OUGA 1UIFA 2YBMA 4N9RA 1DI5A 1DQJC 3A92A 4H9BA 3AB6A 3LZTA 1GF6A 3OK0A 4WOAA 1LCNA 3W3EA 1KIQC 2YBHA 1YQVY 4LYTA 4KXIA 1LHKA 2XTHA 1WQRA 3WPJA 5APEA 1HELA 1EQ4A 1B5ZA 2DQCY 3AZ7A 4LGKA 4YM8A 5KXOA 4I8SA 2MEGA 1B7MA 1NWGA 1WQMA 4R0FA 1LMPA 1OUEA 1LZRA 5KXKA 1JKBA 4XJIA 1TCYA 5LYTA 1YKYX 3A3RX 1B9OA 4NEBA 1QSWA 1IOSA 4WM4A 4XJBA 1LZBA 4PRQA 2ZNWY 1JJ0A 2F30A 3WU9A 4NHPA 4OWHA 2EIZC 3B0IA 1LHHA 1FN5A 1LZ8A 1IEEA 1GDXA 1LZSA 4OWEA 1JUGA 5LVKA 1REXA 1HNLA 3LZ2A 1NF5A 1XEJA 1C43A 3RU5A 2Z19A 4ML7A 5B06A 5KXMA 2H5ZA 5KXYA 1JISA 1JSFA 1H6MA 1GB3A 3LYZA 1HERA 4UWUA 4B0DA 4LT1A 4E3UA 1GAZA 3GXRA 1IP2A 2BQBA 4B4IA 1GFAA 1RCMA 5L3IA 1NKHA 1YL0X 2YBJA 4B49A 4TUNA 1REZA 2ZYPA 5F9UA 1DPWA 4NHIA 3TXEA 4ZIXA 1UIGA 3A94A 1OUIA 1HEMA 4NGIA 1RE2A 4UWNA 3ZVQB 4XJFA 1GHLA 1IC4Y 1LJHA 2MEIA 4WG1A 1VDQA 2BAAA 1F10A 4H8XA 4U3XB 135LA 1SQ2L 1CJ9A 3FI7A 4H8YA 5HNLA 3P4ZA 4GN5C 4DYGA 3A93A 1OUBA 1B7OA 1QDRA 3LN2A 4X3BA 5KXNA 4TX7A 5A3EA 5I4YA 3N9CA 1W6ZA 5A3ZA 3WVYA 4XYYA 2BQLA 1HMKA 5FDJA 5LVIA 4N1CC 3W6DA 5LVGA 1IP7A 4IASA 1HMLA 3WPLA 2Q0MX 1JJ3A 1IORA 4D9ZA 4DD9A 1AM7A 5FHWA 4HP0A 1JEFA 1JTPL 5KXRA 5L3HA 2YBNA 5J7CA 4LYCA 2LYMA 2DQEY 3AW6A 5HMJA 4DDCA 4EMNA 2F2NA 5IHGA 3CB7A 4NSGA 2DQHY 4XADA 1GPQC 1DZBX 1P2CC 1YL1X 2G4NA 1QUTA 2D6BA 1GFTA 5HQ1A 1FKQA 4BADA 1GXXA 3RNXA 5FEKA 1VEDA 4WM6A 1HSWA 4CFPA 1NBYC 5F9XA 1BHZA 1UIAA 5B1GA 1REMA 1B5UA 5KJ9A 4NWEA 1GFRA 4EOFA 4W94A 1YAPA 1QSAA 1QQYA 4DDAA 5LAGA 1OP9B 4DT3A 3EBAB 1FLQA 1LMNA 1LJIA 1OUCA 4H9CA 4NGWA 3B6LA 4CGEA 4N8ZA 4H90A 4MCKA 1KIRC 1J1XY 1IWWA 1D9UA 1LSNA 1G7HC 1NBZC 1LHLA 1B5YA 1XEKA 3KAMA 2YBIA 4N5RA 4B1AA 2HU3A 4NSJA 2FYCA 3P64A 2Z39A 2I26L 2HEBA 3IWRA 1PS5A 3TMUA 5KXSA 3TMXA 4ZEEA 193LA 1FLUA 4PPOA 3G3BB 3ZEKA 4L41A 5KY1A 4GN4A 3ATOA 2MEHA 4ETCA 4M4OA 1J1OY 1LZGA 1UC0A 2Z12A 4HSFA 2Y8PA 4HV1A 4NSHA 5AMYA 3TXKA 1CKFA 1XGPC 1LZ1A 2XBRA 1GB5A 2YSSC 3P66A 4YENA 1WVUA 4NSIA 3IJVA 1J1PY 1GF7A 1UIHA 2BQKA 5B05A 5M1YA 4YEMA 4MSTA 1BB5A 3ZVQA 4HTKA 4NHTA 4FDYA 5KKIA 1BVKC 1LZEA 3LYOA 2BQJA 2AUBA 3WH1A 5EBHA 3RT5X 1D0KA 1LJEA 4PJ2C 4CFOA 1UACY 5HMVA 2I25L 4NHQA 2F4AA 4W96A 1JPOA 3W6CA 3WPKA 1IR9A 5APFA 1GFGA 1VAUA 1B5WA 1B7PA 1GFVA 5KXLA 5C6IA 4QEQA 1VATA 2BLYA 2CJLA 4HPIA 4IJ4A 3WYHA 1FLWA 1DPXA 4H9HA 1GF5A 2VB1A 3J6KA 1GFHA 1IC7Y 1GFUA 1UBZA 1YAMA 1AT6A 9LYZA 4NGJA 1GBYA 3G3AB 2BQHA 2YDGA 2H9KA 1LZ9A 4ET8A 1GWDA 5FSTA 4KL7A 1GB9A 1IX0A 4NHSA 5HLLA 2MEEA 4PGJB 4HJZA 4RLNA 5APCA 1CJ6A 3GXKA 3TXBA 1I56A 1JJ1A 1LZAA 1WTNA 4IATA 4WG7A 4WLDA 2B5ZA 154LA 1GE4A 5I5QA 5JENB 1GE3A 1LZCA 1PZYA 1D6QA 4NIJA 1VFBC 4GLAA 5KXZA 1BB4A 2N5ZA 1LPIA 3AGIA 2I6ZA 3B0KA 5FCPA 3HBEX 3A90A 4RDSA 4RW2A 1HEOA 5LA5A 1FBIX 1I20A 3WW6A 4GLVA 2ZILA 4H92A 2LYZA 2Z2EA 1LSBA 2XJWA 4WL6A 4CHXA 2D4JA 1LHJA 3F6ZA 3TXFA 3W6EA 3N9EA 3RZ4A 1QIOA 3N9AA 4GCBA 3A34A 1DKJA 4NWHA 5D5CA 4H8ZA 4WM3A 4ETEA 1BB7A 1GBWA 1XGUC 1TEWA 1C46A 1BVXA 1LJJA 3HBDA 1IWYA 5LVHA 207LA 1GAYA 1AT5A 2BQCA 1IWXA 1IVMA 1WQOA 4Z3MA 1GF9A 1LMOA 1B7LA 4TWSA 4LZTA 208LA 3WULA 3D3DA 2W1XA 4BAPA 1GD6A 1I1ZA 3HBHA 1HEPA 1XFPL 1INUA 2DQDY 1XEIA 4Z41A 1LJ3A 1IIZA 4XJHA 3EO5A 5KXPA 5C6LA 4WM5A 2BQGA 2D91A 3VWOA 1WQQA 4DD2A 5DM9A 1D0MA 1YKZX 3TMVA 1LKSA 1MLCE 1GFKA 3AJNA 2IFFY 3CSZA 4QY9A 3AZ4A 4TSBA 5LVJA 4XN6A 4PHIA 4M6DA 1GFEA 2BQIA 1LSGA 5II3A 1CJ7A 1ALCA 3M3UA 3TXDA 4XENA 1G7MC 4DD7A 4LYZA 2YVBA 1HFYA 4TSCA 3TXJA 4H93A 3T6UA 4HPEA 4LT0A 5FELA 3A91A 3A3QA 4HTQA 1HEWA 4WMGA 1IOQA 1GB2A 1GE0A 4XJGA 4DWXA 2WARA 4WLXA 3AZ6A 5ILFA 3ULRA 2BQMA 4LYOA 1GFJA 4OWAA 1GF3A 1REYA 4NGZA 4DD0A 1IP3A 1IWTA 1CNSA 2NWDX 3WXTA 4H91A 1BB6A 1IWVA 1KXXA 1F6RA 1LOZA 5T3FA 2BQEA 1DI3A 1YAQA 1LSZA 4OWBA 3HFMY 4C3WA 1OUHA 1BB3A 4ETDA 6LYZA 3A96A 4R6CA 4O34A 1LYYA 1CKGA 2F4GA 1VDSA 1IO5A 2W1YA 3K3TA 4GCEA 4NGVA 5B1FA 5C6JA 2YBLA 4MR1A 5KXXA 1BQLY 2A7DA 1LJ4A 3AZ5A 4LT2A 1T6VL 1ZVHL 1IP5A 1WQPA 5F16A 4N1EI 4NG8A 1B5XA 1CKHA 1B7NA 1G7IC 2FBDA 2H9JA 1DXJA 4B4EA 1UIEA 4YF2A 1LSMA 1LSYA 3B72A 4H94A 4N0JA 4RLMA 1NDMC 1C45A 3A6CY 4GCFA 4ET9A 5DLAA 2EQLA 3W6BA 5F81A 4OOTA 5KKJA 1LZNA 1QDTA 1UICA 2LZTA 2G4QA 3A95A 1YROA 1C08C 1IC5Y 2ZIKA 5B59A 2BQDA 4KT3A 4J7VA 4DDBA 4NY5A 1IP4A 4J0LA 2C8PA 3J4GA 3QNGA 1RFPA 1CKCA 1G7JC 1W08A 1UIDA 2BQNA 5KXTA 4AXTA 1UIBA 1LTMA 5D5FA 1HSXA 2DKVA 1GE1A 153LA 1CJ8A 1DKKA 3TXGA 1FDLY 2Z38A 3CT0A 2HUBA 2DQFC 1FKVA 1AKIA 3WMKA 3WU7A 5KXWA 1QTEA 5L9JA 4RW1A 4LYBA 3WXUA 1IR8A 1D0LA 1LZ6A 2A7FA 2MEDA 4WM1A 7LYZA 4C5FA 2BQOA 1LZYA 3LYMA 4G4BA 3CT5A 1LKRA 4CJ2A 1C10A 2W1LA 1HFZA 1NMMA 3AGGG 4NG1A 1GBXA 1LJKA 1GB8A 1LSDA 1H87A 1KIPC 1YAOA 2HEDA 2D4KA 5LYZA 1BWHA 1B5VA 3WW5A 1BGIA 1GBOA 1SLYA 1LSPA 3CQLA 4BS7A 1XGRC 132LA 1G7LC 4LT3A 4HJYA 1RI8B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
245LA 5E9RA 4NFVA 2LHMA 4KPMA 1L0JA 2DQJY 1L05A 4HTNA 1C6GA 1CVKA 2FYDA 2RSCA 4QDNA 2HTXA 1GB7A 1V7SA 4PRUA 4DQ5A 3FE0A 216LA 1A2YC 4B4JA 4UWVA 1QTKA 1B7RA 5LA8A 206LA 1C6FA 2NTHA 2A4TA 2B7XA 1L01A 181LA 4ARQB 3WU8A 1RJCB 4WLTA 2BQAA 3CDVA 5LIOA 1KXWA 2ZQ3A 3EXDA 1IR7A 3C82A 1L76A 111LA 1JTTL 1DI4A 2HEEA 1KNIA 1B7SA 3CSQA 1HF4A 1L95A 1PQIA 5LINA 1D9WA 1CU0A 3HU8A 1IWUA 8LYZA 4BAFA 1SSYA 4GCDA 1LZTA 188LA 4I7RA 1L37A 1DYBA 1L89A 3B0OA 1CV3A 4P2EA 5I54A 1DYDA 3LHMA 2HECA 3ATNA 3L2XA 1LYJA 3G3WA 2LYOA 1CU2A 4DQJA 4DD3A 4G4CA 1YIKA 3DN2A 1A4VA 4J1AA 1LHIA 4Z46A 4J1BA 189LA 1LZ5A 3A6BY 1P2LA 4ARQA 1GBZA 2RB2X 1IOTA 1SX2A 4W58A 190LA 1JWRA 3A92A 1GF6A 4KXIA 1G0MA 4YM8A 1L70A 1QTBA 1WQMA 1JKBA 1TCYA 236LA 248LA 1P37A 118LA 7LZMA 2F30A 3C7ZA 1LHHA 3F9LA 4OWEA 5LZMA 2B70A 1HERA 3C83A 2XQOA 1L14A 1IP2A 1L58A 1LI3A 262LA 225LA 4B49A 1WTHA 2B75A 1QT3A 1UIGA 4NGIA 1RE2A 4UWNA 159LA 1LJHA 2MEIA 2BAAA 135LA 3FI7A 5HNLA 1L22A 3A93A 1T8FA 1QDRA 2BQLA 222LA 3RZEA 4N1CC 3SBBC 126LA 1IP7A 1HMLA 3GUJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3E3D A;  5E9R A;  4NFV A;  2LHM A;  1LSF A;  1NHE A;  4KPM A;  2DQJ Y;  4TTD A;  4HV2 A;  1HFX A;  3QY4 A;  2Z2F A;  4XJD A;  3TMW A;  2ZWB A;  4HTN A;  5LAF A;  1LMT A;  1F0W A;  3LYT A;  3M18 B;  3T36 A;  2FYD A;  2RSC A;  4QDN A;  1LSE A;  4LYM A;  4G49 A;  1HC0 A;  2HTX A;  1GB7 A;  4II8 A;  1V7S A;  3AW7 A;  4ETB A;  4PRU A;  1LMQ A;  1GF0 A;  1B7Q A;  1F6S A;  1C7P A;  1LJN A;  1UA6 Y;  3FE0 A;  4OW1 A;  1OUJ A;  1JKD A;  4NGL A;  4DC4 A;  1EL1 A;  4WO6 A;  1A2Y C;  1VDP A;  4B4J A;  4LFP A;  1YIL A;  4YEO A;  134L A;  4UWV A;  1QTK A;  1B7R A;  1NDG C;  1YAN A;  1IY4 A;  5LA8 A;  1XGQ C;  1LJF A;  2FBB A;  2EKS C;  1BWJ A;  2DQI Y;  1UUZ C;  2Z18 A;  4WM2 A;  1HEQ A;  2ZNX Y;  3TXI A;  2HEA A;  2DQA A;  1GEV A;  1LYZ A;  1TDY A;  4G4H A;  5IEL A;  4NGO A;  2Z37 A;  1JIT A;  5APD A;  1GEZ A;  1TBY A;  1GE2 A;  1WVV A;  3EMS A;  4AGA A;  4H9F A;  3WU8 A;  1CKD A;  1RJC B;  1ZMY L;  2ZYC A;  1JKA A;  2BQA A;  4WLT A;  1WQN A;  5LIO A;  1KXW A;  1NQI A;  133L A;  3AGH A;  2ZQ3 A;  3EXD A; 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 2W1Y A;  3K3T A;  4GCE A;  4NGV A;  5B1F A;  5C6J A;  2YBL A;  4MR1 A;  5KXX A;  1BQL Y;  2A7D A;  1LJ4 A;  3AZ5 A;  4LT2 A;  1T6V L;  1ZVH L;  1IP5 A;  1WQP A;  5F16 A;  4N1E I;  4NG8 A;  1B5X A;  1CKH A;  1B7N A;  1G7I C;  2FBD A;  2H9J A;  1DXJ A;  4B4E A;  1UIE A;  4YF2 A;  1LSM A;  1LSY A;  3B72 A;  4H94 A;  4N0J A;  4RLM A;  1NDM C;  1C45 A;  3A6C Y;  4GCF A;  4ET9 A;  5DLA A;  2EQL A;  3W6B A;  5F81 A;  4OOT A;  5KKJ A;  1LZN A;  1QDT A;  1UIC A;  2LZT A;  2G4Q A;  3A95 A;  1YRO A;  1C08 C;  1IC5 Y;  2ZIK A;  5B59 A;  2BQD A;  4KT3 A;  4J7V A;  4DDB A;  4NY5 A;  1IP4 A;  4J0L A;  2C8P A;  3J4G A;  3QNG A;  1RFP A;  1CKC A;  1G7J C;  1W08 A;  1UID A;  2BQN A;  5KXT A;  4AXT A;  1UIB A;  1LTM A;  5D5F A;  1HSX A;  2DKV A;  1GE1 A;  153L A;  1CJ8 A;  1DKK A;  3TXG A;  1FDL Y;  2Z38 A;  3CT0 A;  2HUB A;  2DQF C;  1FKV A;  1AKI A;  3WMK A;  3WU7 A;  5KXW A;  1QTE A;  5L9J A;  4RW1 A;  4LYB A;  3WXU A;  1IR8 A;  1D0L A;  1LZ6 A;  2A7F A;  2MED A;  4WM1 A;  7LYZ A;  4C5F A;  2BQO A;  1LZY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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