5HMVA

Re refinement of 4mwk.
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comment on "Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein" [Struct. Dyn. 1, 034701 (2014)].
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5hmvA00
132LA 1LJNA 5IDDA 2NWDX 5DN4A 1BWHA 1LAAA 1JTTL 1IOSA 3WPKA 1JKCA 3WUMA 5E9RA 1LMCA 3HBHA 4B1AA 3W6BA 3LZ2A 4NEBA 4NSJA 1D9UA 4GN3A 5FELA 2XTHA 4DDBA 1C43A 1E8LA 1B5XA 3EBAB 1GF9A 194LA 3P68A 4B4JA 3LYZA 4TSCA 4HTNA 3TXIA 1AKIA 4N8ZA 5ILFA 2DQEY 4B49A 3WXTA 4AXTA 1NMMA 4LFXA 1GHLA 1PZYA 5C6IA 3SP3A 1LSMA 4WO9A 4WLYA 2A7FA 1GBOA 4J1AA 4GCEA 3TXHA 1YQVY 3AYQA 2FBBA 4YEOA 4MR1A 5KKJA 2A7DA 1B5UA 2HEFA 4UWUA 5E4PA 4LT3A 4DC4A 5KXTA 1QTKA 2BLXA 4UWVA 2ZQ3A 1ZVHL 1LHKA 5LYMA 1CJ9A 2LYZA 1JHLA 1UIHA 4XJHA 3EO5A 5LVHA 2W1MA 1BB5A 3M3UA 3TXEA 1HSXA 4NGYA 4NSGA 3CSZA 3ZVQA 2YSSC 1LSEA 1BHZA 1ALCA 2MEEA 1HEQA 1B7PA 1Z55A 6LYTA 1YKXX 5IHGA 3VWOA 3ZEKA 4NHQA 4WMGA 1G7MC 3TXBA 4QY9A 4PRUA 1LJEA 4DDCA 1JTPL 4OWEA 1IY3A 4G4CA 1GB8A 2FYDA 1LZ5A 3T36A 2F4AA 4LYTA 1BB7A 1LKSA 2CWIA 4NWEA 4WM5A 4GCCA 1DKJA 2DKVA 3AGHA 1LZYA 1C45A 1VDQA 1VDSA 3TMVA 5HMJA 4PPOA 4H1PA 4H9EA 1LMOA 4CGEA 4UWNA 1WQRA 4C5FA 5LXWA 3QE8A 3ZVQB 4BS7A 1UIEA 4M4OA 1KXXA 1GEVA 1KXWA 1GFGA 2DQCY 4ANRA 3TXGA 1GE4A 4O34A 1UUZC 3W6DA 1HENA 3BKHA 4XJDA 4R6CA 5B1GA 2MEHA 5LVKA 1BGIA 3WVXA 5I54A 1LCNA 2BQAA 1GB7A 1B7NA 5II3A 4LT0A 3W6FA 1BQLY 1JJ1A 1QQYA 4DD1A 3A34A 1LSAA 5KKIA 3P66A 1QSWA 1DI3A 1NHEA 2ZNXY 1WQOA 2MEFA 5AMYA 5F16A 1UICA 1UIFA 4ET9A 3AJNA 1IWUA 5KXKA 4H8ZA 1KIPC 1JJ3A 3A91A 3A95A 4KT3A 2Z2FA 4TTDA 4WG7A 1EQEA 2LZTA 1XEIA 2YBJA 1DPXA 1VDTA 2Z18A 4XJGA 3AW7A 1IOTA 1B7MA 1JSFA 3K3TA 4H8YA 5I4YA 4Z3MA 4W94A 5LVIA 2D91A 3WPLA 1IC4Y 4NG1A 1LHLA 2DBTA 2Z37A 3WUNA 4OW1A 1ZV5L 1QTEA 1AT6A 2X0AA 1OUFA 4II8A 5DM9A 1GFRA 2I26L 1D0KA 3WULA 2DQGY 2B5ZA 1GFJA 1UACY 4CHXA 3CB7A 3G3AB 2IFFY 1SQ2L 1IOCA 2CJLA 1GB9A 3WH1A 4GCBA 5FEKA 1BVKC 1GWDA 5JENB 1IR8A 2I6ZA 1YILA 1DQJC 2Z19A 4RW2A 1GAZA 4WM3A 1LJJA 2BQLA 4E3UA 2EPEA 4YM8A 3N9EA 4BAFA 4HPEA 1HMKA 1TCYA 3A3QA 2IHLA 3CT5A 1IWTA 1C46A 2EKSC 3CT1A 2Q0MX 4HTKA 4YENA 2MEIA 1NWGA 2DQAA 3RZ4A 1LHHA 1LZEA 4LYBA 2YBLA 4XN6A 154LA 1HEPA 1IWXA 1HSWA 4KL7A 4DD0A 5HMVA 5KXRA 1HEWA 4WM4A 1UIAA 1BWIA 1QIOA 1YKYX 2D6BA 2YDGA 3P4ZA 1FLYA 5D5FA 1FDLY 1HELA 1LMNA 1NQIA 3N9CA 4OWCA 3W6EA 5LINA 1UIGA 1CKDA 1DZBX 4WO6A 1OUDA 1W6ZA 4QGZA 4PRQA 2YBNA 1REYA 2ZILA 4DD2A 4G49A 5KXLA 1BB6A 1IOQA 1IC5Y 3WU9A 5APDA 4J0LA 1GDXA 4WOAA 1JUGA 4NY5A 2ZNWY 4RLMA 5K7OA 1ZVYB 3B6LA 2ZYCA 3A3RX 3T6UA 1QUTA 2Z38A 1DI5A 1JKBA 3FE0A 1IP4A 1DKKA 4GLAA 1GE3A 4HP0A 1LSGA 1B5WA 1LSDA 2C8PA 5KXXA 4HSFA 4LYOA 1G7LC 1JIYA 5FCPA 3RNXA 2H9JA 4LGKA 2BQIA 4G4BA 4OWBA 2HEAA 1KXYA 3CSRA 1XEJA 2F4GA 3A6CY 3A67Y 4J1BA 4B0DA 3EXDA 3QNGA 2H9KA 1WVUA 2C8OA 4HJVA 1LSYA 1YANA 2BQOA 4MSTA 1DXJA 3MGWA 4NHPA 3W3EA 1T6VL 1NKHA 4WM6A 3WPJA 5L3IA 1LJ4A 2HU1A 3TMWA 4DT3A 4P2EA 4ZEEA 1CJ6A 3B0KA 1IP7A 1OUCA 4H93A 1BWJA 5DN5A 1GB5A 1OUHA 1YIKA 9LYZA 1IWYA 3WW6A 1OP9B 1CJ7A 1FLWA 2MECA 1IWZA 1A4VA 4MCKA 1HERA 1I56A 1NBZC 4NGLA 4H92A 2Z2EA 1BVXA 3TXDA 1GBZA 1LSNA 3RT5X 1LYZA 4HPIA 1N4FA 4B4IA 1D0MA 5B05A 5IELA 4Z41A 4YEMA 1IEEA 1LZDA 4NHIA 3WXUA 3TXKA 5F9XA 4J7VA 3A90A 1VATA 5HQ1A 1GFHA 5LAGA 4G9SA 1FLUA 1GF0A 1HMLA 1LZAA 1OUIA 1YKZX 3J4GA 3WU8A 1IP1A 4Z46A 1GF6A 1GF8A 1J1PY 1JPOA 1UCOA 1GBYA 1JWRA 1I20A 2G4PA 3IJUA 4ML7A 4NGKA 5I53A 2BQNA 5LA8A 6LYZA 3E3DA 1LZBA 5B59A 2D4JA 1IIZA 3BKVA 4FDYA 4ETCA 1GB6A 1G7IC 2W1XA 3TMUA 1HF4A 3AGIA 3AZ7A 4FJRA 4H91A 3TMXA 1LSPA 2HECA 4QDNA 1OUGA 4NSHA 4H9FA 4GN5C 1WVVA 1D6PA 3ATNA 4EMNA 1LZNA 3A96A 1GEZA 4TWSA 1GF3A 2MEAA 1J1XY 4ETBA 1AT5A 1YAMA 4AGAA 1XSFA 1INUA 4IATA 2MEGA 2LHMA 1IP2A 1PS5A 1IP5A 3A94A 1YL1X 2D4KA 1HHLA 2YBIA 4C3WA 4HV2A 4WL7A 3WL2A 8LYZA 1JEFA 2BLYA 1LOZA 5LVJA 1OUAA 3CQLA 4HTQA 1KIRC 4NG8A 4XYYA 2Z12A 5LYZA 4U3XB 1RE2A 2HUBA 4N5RA 1GFAA 1I1ZA 1TEWA 1IP6A 4YOPA 1XGQC 1GFUA 1GF4A 3LHMA 1LZ4A 5F9UA 1LZRA 1LYSA 1F0WA 1BB3A 1C10A 3B72A 3D9AC 3OJPA 1B7QA 1V7SA 1GBXA 5KXOA 3AGGG 1VEDA 5F81A 3HFMY 1B0DA 1UIBA 3QY4A 5FSTA 1IWWA 5FHWA 4WM1A 1HEOA 3WU7A 1HFXA 4DYGA 2Y8PA 1GBWA 3FI7A 5APCA 1LHJA 5B07A 2BQGA 4WLXA 1B5YA 1YROA 1LZSA 2BQFA 1GFTA 2HU3A 4R0FA 2HTXA 4H90A 1GFEA 3ULRA 4BADA 1LZ9A 4OWAA 4Z98A 1J1OY 153LA 1D0LA 1TBYA 1IR7A 1UBZA 4DD7A 4LYZA 1HNLA 5HNCA 4CFPA 4HV1A 4NGJA 5HNLA 1XGTC 1LPIA 1OQMA 3LN2A 3GXKA 4N1EI 1CKGA 5KJ9A 1WQPA 4XJFA 2G4QA 1LZ6A 4CJ2A 5ILCA 4GCFA 1VDPA 1TDYA 1LMAA 4TSBA 1G7HC 3AZ5A 3W6AA 2BQMA 7LYZA 1GBSA 5I4WA 1HFZA 4H8XA 1GDWA 4OWHA 2VB1A 3TXJA 1WQMA 5DL9A 4KXIA 4NFVA 1LSFA 2LYOA 5LA5A 4H9CA 4W96A 2BPUA 1TAYA 4LYCA 2ZYPA 1XGPC 5KY1A 1LTMA 4TUNA 2DQFC 3OK0A 4DD3A 1FLQA 1GPQC 1YAPA 3CT0A 5EBHA 4ETDA 1YAQA 4ZIXA 4NGZA 4DD9A 3WMKA 2MEDA 1FKVA 1NDGC 1C08C 1OUEA 2D4IA 2RSCA 1REXA 1C7PA 4RDSA 3WYHA 3WW5A 1DI4A 4IASA 1LJKA 1GB2A 2LYMA 1B7RA 2BQDA 5M1YA 1CKCA 1CKHA 2ZIJA 1EQ5A 1WQNA 1GE2A 2WARA 2YBMA 3EMSA 4DDAA 4WG1A 1WTNA 3LYMA 4NGWA 5DLAA 3G3BB 1XEKA 5KXNA 1IY4A 1GFVA 1NBYC 1WTMA 1NF5A 4RLNA 4WL6A 2PC2A 4NGOA 1G7JC 3IWRA 5HLLA 2DQJY 1GD6A 2EIZC 5L9JA 1B7OA 4H9HA 4LT1A 1EQ4A 1LYYA 1OUJA 2LZ2A 3LZTA 1IWVA 3A93A 5LIOA 4YF2A 3WVYA 1LJIA 1HFYA 1SLYA 3AW6A 1VAUA 4XJIA 3LYOA 4BAPA 2DQDY 4I8SA 135LA 5KXMA 1ZMYL 4ETEA 1LKRA 1AZFA 4DWXA 2W1YA 5A3EA 1QUSA 1QDRA 2CDSA 2DQIY 4ETAA 1RI8B 2HEEA 2I25L 2HEDA 4LT2A 4X3BA 1IP3A 1H87A 1KIQC 3TXFA 2N5ZA 2H5ZA 5B1FA 1GFKA 1JKAA 3B0OA 1RFPA 5I5QA 4L41A 3HBDA 2AUBA 5LYTA 3A6BY 4NGVA 134LA 2BQEA 3LYTA 3KAMA 4WM2A 1GB0A 4XENA 1B7SA 1D6QA 2BQBA 1LJ3A 1LZCA 5KXSA 3W6CA 5I4XA 2G4NA 4GN4A 1GF7A 5C6JA 3D3DA 5D5CA 2CGIA 1REMA 5LVGA 5L3HA 1LJFA 3M18B 4PHIA 3IJVA 4HJZA 4B4EA 5A3ZA 4WLDA 1RCMA 1FBIX 1JTOL 4NSIA 1RJCB 4LFPA 1T3PA 4XADA 2BQJA 3AB6A 4NIJA 1JJ0A 1FKQA 2FYCA 4NHTA 5LAFA 4M6DA 5KXPA 1QSAA 4RW1A 4NGIA 3F6ZA 1H6MA 1GE0A 1IORA 1CKFA 1B9OA 2ZQ4A 1XGRC 2ZIKA 3AZ6A 4I0CA 3WUAA 1LHIA 1LZ8A 1LHMA 1HC0A 4TX7A 3CSQA 4N0JA 4A7DA 1A2YC 208LA 1IR9A 2BQHA 1GF5A 5T3FA 133LA 3J6KA 1MELL 1REZA 4H9BA 4N9RA 4XJBA 1LSCA 2BAAA 3N9AA 4GCDA 3A92A 4PGJB 1MLCE 4N1CC 1F10A 4ET8A 4G4HA 1IO5A 1B7LA 1LJGA 4IJ4A 5APEA 1QDTA 2XJWA 1B5ZA 4HJYA 5F14A 4EOFA 1F6RA 2DQHY 1GAYA 1GE1A 4H9IA 1LZ1A 2EQLA 1YAOA 2ZWBA 5J7CA 2FBDA 1UC0A 5KXZA 4OOOA 1OUBA 1LSBA 4H94A 193LA 1JISA 1LZGA 1W08A 1XFPL 2GV0A 1JITA 4CFOA 2MEBA 2F2NA 3HBEX 4GLVA 4NWHA 1UIDA 5APFA 1EL1A 4PJ2C 1VFBC 4NHSA 3P65A 1LMTA 3A8ZA 3AZ4A 1GXXA 2XBRA 1LMQA 4LZTA 5C6LA 2F30A 1FN5A 1YL0X 1HEMA 1LMPA 3B0IA 2XBSA 5KXWA 1LYOA 1B5VA 2Z39A 3GXRA 1JKDA 1BB4A 1GXV2 5KXYA 2BQKA 1JSEA 4KPMA 1CJ8A 1NDMC 3P64A 2YVBA 4LYMA 4WLTA 5B06A 1P2CC 1AM7A 4QEQA 207LA 1V7TA 1F6SA 4ZFPA 2HEBA 4OOTA 2W1LA 3ATOA 1LZTA 2BQCA 1IC7Y 3RU5A 1UA6Y 1DPWA 2YBHA 1XGUC 1B2KA 1IX0A 1CNSA 1GB3A 1WQQA 1LJHA 4H9AA 5FDJA 4D9ZA 1O23A 1LSZA 3RW8A 1IVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
132LA 1LJNA 169LA 2RB0X 1IOSA 3DMXA 1LMCA 1XEPA 4W52A 1L25A 3LZ2A 4NSJA 4GN3A 4DDBA 2XTHA 1SX7A 1E8LA 1GF9A 194LA 3P68A 1C67A 1P2RA 4HTNA 244LA 3TXIA 2DQEY 3WXTA 4AXTA 4LFXA 2B6TA 4WLYA 2A7FA 1L54A 3TXHA 197LA 250LA 2FBBA 1P5CA 2A7DA 4DC4A 1L59A 1ZVHL 3FI5A 2LYZA 1JHLA 1L28A 3EO5A 4ARJA 1LSEA 1QT3A 3ZEKA 3TXBA 1LJEA 1JTPL 1OVHA 2FYDA 3SN6R 1LZ5A 1BB7A 4WM5A 1DKJA 2DKVA 163LA 1XJUA 4W57A 1LZYA 1C45A 1VDSA 1L31A 3TMVA 2LC9A 2ANXA 103LA 3HTBA 1KXXA 2DQCY 1GFGA 1GE4A 4O34A 1UUZC 3BKHA 4R6CA 5LVKA 3WVXA 1B7NA 5II3A 4LT0A 5KKIA 1KNIA 1WQOA 2MEFA 3DN0A 3HH3A 3AJNA 1KY0A 245LA 2Z2FA 3V2YA 4H8YA 1JSFA 3HT8A 2D91A 3WPLA 1L39A 2Z37A 1L05A 3WUNA 1LYGA 1QTEA 1QT6A 2X0AA 180LA 1GFRA 2I26L 4CHXA 176LA 2IFFY 1IOCA 261LA 3HT6A 110LA 4GCBA 5FEKA 5JENB 3K2RA 1IR8A 1YILA 2Z19A 4RW2A 2BQLA 3N9EA 4HPEA 3A3QA 1IWTA 2EKSC 1QTZA 1OVJA 3DN3A 4XN6A 3GUPA 5HMVA 230LA 123LA 1HEWA 159LA 175LA 2D6BA 1FLYA 4IAPA 1UIGA 104LA 3C81A 1W6ZA 1L92A 1LI2A 1IC5Y 3WU9A 4J0LA 4NY5A 1I6SA 4RLMA 128LA 1ZVYB 2ZYCA 3A3RX 2XQOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 132L A;  1LJN A;  5IDD A;  2NWD X;  5DN4 A;  1BWH A;  1LAA A;  1JTT L;  1IOS A;  3WPK A;  1JKC A;  3WUM A;  5E9R A;  1LMC A;  3HBH A;  4B1A A;  3W6B A;  3LZ2 A;  4NEB A;  4NSJ A;  1D9U A;  4GN3 A;  5FEL A;  2XTH A;  4DDB A;  1C43 A;  1E8L A;  1B5X A;  3EBA B;  1GF9 A;  194L A;  3P68 A;  4B4J A;  3LYZ A;  4TSC A;  4HTN A;  3TXI A;  1AKI A;  4N8Z A;  5ILF A;  2DQE Y;  4B49 A;  3WXT A;  4AXT A;  1NMM A;  4LFX A;  1GHL A;  1PZY A;  5C6I A;  3SP3 A;  1LSM A;  4WO9 A;  4WLY A;  2A7F A;  1GBO A;  4J1A A;  4GCE A;  3TXH A;  1YQV Y;  3AYQ A;  2FBB A;  4YEO A;  4MR1 A;  5KKJ A;  2A7D A;  1B5U A;  2HEF A;  4UWU A;  5E4P A;  4LT3 A;  4DC4 A;  5KXT A;  1QTK A;  2BLX A;  4UWV A;  2ZQ3 A;  1ZVH L;  1LHK A;  5LYM A;  1CJ9 A;  2LYZ A;  1JHL A;  1UIH A;  4XJH A;  3EO5 A;  5LVH A;  2W1M A;  1BB5 A;  3M3U A;  3TXE A;  1HSX A;  4NGY A;  4NSG A;  3CSZ A;  3ZVQ A;  2YSS C;  1LSE A;  1BHZ A;  1ALC A;  2MEE A;  1HEQ A;  1B7P A;  1Z55 A;  6LYT A;  1YKX X;  5IHG A;  3VWO A;  3ZEK A;  4NHQ A;  4WMG A;  1G7M C;  3TXB A; 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 4I0C A;  3WUA A;  1LHI A;  1LZ8 A;  1LHM A;  1HC0 A;  4TX7 A;  3CSQ A;  4N0J A;  4A7D A;  1A2Y C;  208L A;  1IR9 A;  2BQH A;  1GF5 A;  5T3F A;  133L A;  3J6K A;  1MEL L;  1REZ A;  4H9B A;  4N9R A;  4XJB A;  1LSC A;  2BAA A;  3N9A A;  4GCD A;  3A92 A;  4PGJ B;  1MLC E;  4N1C C;  1F10 A;  4ET8 A;  4G4H A;  1IO5 A;  1B7L A;  1LJG A;  4IJ4 A;  5APE A;  1QDT A;  2XJW A;  1B5Z A;  4HJY A;  5F14 A;  4EOF A;  1F6R A;  2DQH Y;  1GAY A;  1GE1 A;  4H9I A;  1LZ1 A;  2EQL A;  1YAO A;  2ZWB A;  5J7C A;  2FBD A;  1UC0 A;  5KXZ A;  4OOO A;  1OUB A;  1LSB A;  4H94 A;  193L A;  1JIS A;  1LZG A;  1W08 A;  1XFP L;  2GV0 A;  1JIT A;  4CFO A;  2MEB A;  2F2N A;  3HBE X;  4GLV A;  4NWH A;  1UID A;  5APF A;  1EL1 A;  4PJ2 C;  1VFB C;  4NHS A;  3P65 A;  1LMT A;  3A8Z A;  3AZ4 A;  1GXX A;  2XBR A;  1LMQ A;  4LZT A;  5C6L A;  2F30 A;  1FN5 A;  1YL0 X;  1HEM A;  1LMP A;  3B0I A;  2XBS A;  5KXW A;  1LYO A;  1B5V A;  2Z39 A;  3GXR A;  1JKD A;  1BB4 A;  1GXV 2;  5KXY A;  2BQK A;  1JSE A;  4KPM A;  1CJ8 A;  1NDM C;  3P64 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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