5HMVA

Re refinement of 4mwk.
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Comment on "Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein" [Struct. Dyn. 1, 034701 (2014)].
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5hmvA00
3LZTA 133LA 1LMNA 2Z2EA 4TX7A 1EQEA 1ZMYL 5FDJA 1JSEA 3AJNA 4C5FA 2RSCA 1XGUC 5KXOA 2ZWBA 3WVXA 2I6ZA 1KXXA 3RW8A 1LSAA 3IJVA 2BQKA 1LCNA 3A95A 1IX0A 1LHKA 1B9OA 3G3AB 4OW1A 4NSGA 1YROA 4II8A 3N9AA 1CJ8A 6LYTA 1QQYA 3OK0A 2D91A 4H9EA 1HFXA 1XGTC 5F9UA 5KXPA 1B5YA 1OUGA 193LA 1IWYA 1FLWA 1LZEA 3WPJA 2BQMA 1WQRA 2H9JA 1CKGA 4HTNA 3GXKA 4LT2A 2BQHA 1D9UA 4X3BA 4LGKA 1GEVA 4ANRA 1LJEA 2YBHA 2Z2FA 7LYZA 4LYBA 1GFKA 1QSAA 1UIAA 5LYZA 4ET8A 2BQNA 1IR7A 2LYZA 4UWNA 1NQIA 5HQ1A 5KKIA 4QGZA 3AZ5A 2F30A 4H92A 4NFVA 1RFPA 1GFTA 1BVKC 4WG1A 1RI8B 1F10A 4GLVA 4NG1A 5DL9A 1INUA 5APDA 1JUGA 4H1PA 4ET9A 5B59A 1IP3A 1RE2A 3ATOA 1LJFA 1LZYA 1GFRA 1PS5A 5KY1A 1LMAA 3P64A 2DQGY 4H9CA 4NHPA 4DC4A 132LA 1NBYC 4CJ2A 1J1OY 1IR9A 3MGWA 1DQJC 1AT5A 1WTMA 4GCCA 3ATNA 4N1EI 2G4NA 1GBYA 3LN2A 1IWWA 4YF2A 2MECA 2LZTA 3P68A 3RZ4A 3TXKA 2BQCA 4LT0A 4OOTA 1IP2A 1GBOA 5IDDA 5ILCA 1I20A 1OUDA 4QEQA 1CKFA 1GF5A 5LVIA 3W6BA 1GPQC 1HEMA 3AW6A 2PC2A 3QY4A 1NWGA 1I1ZA 4N5RA 4EMNA 5KXWA 2D4JA 4B4JA 2A7FA 1QDRA 2Y8PA 1HMKA 3E3DA 1WVUA 1XEIA 3W3EA 4B4IA 5I4XA 5L3IA 3N9EA 2ZNWY 1ALCA 1FKQA 4YOPA 4H9BA 1GE1A 1REZA 4DDAA 5HMVA 1DI4A 4HSFA 3B0OA 5B1FA 3K3TA 4OWAA 1OUAA 1HHLA 1YKXX 1B5UA 4Z98A 3TXFA 5KXYA 4RLMA 1HEWA 1E8LA 4J7VA 3CT1A 2FBDA 1JKAA 1MELL 5KXMA 4DD9A 1IEEA 1GB9A 3TMXA 1GBXA 4J0LA 207LA 1LSMA 2ZIKA 2W1XA 4NWHA 1LJHA 1FLQA 1LOZA 1NF5A 1LZ1A 1JJ1A 154LA 1LZ8A 5APFA 2BQBA 3EBAB 1TBYA 3TXJA 1LHMA 1UIHA 4XADA 1GE4A 1GF8A 2YBMA 3WXUA 4LZTA 5LVGA 1LSYA 1D6QA 1V7SA 1JTPL 5HNCA 2F4AA 1DZBX 4TTDA 4Z41A 4R0FA 1LHIA 1T6VL 3A6BY 1WQOA 4WM2A 4HPEA 2W1YA 4IASA 1G7MC 4J1BA 4NGIA 2EIZC 4NGYA 2ZYPA 1YAMA 1NKHA 3WH1A 5A3ZA 1VDQA 2D4KA 2Z37A 1TCYA 4A7DA 1JJ3A 1OUEA 4KPMA 5HNLA 4M6DA 1LHJA 2BQLA 1QTEA 4MSTA 4NHTA 3W6CA 1GWDA 1UIFA 8LYZA 1F6RA 5DLAA 4Z46A 1IWZA 1LZ9A 2WARA 1UICA 1IP7A 1KXWA 1JKDA 1HENA 5B06A 2G4QA 3FI7A 3WVYA 2BQJA 2HEDA 1BB4A 1GF7A 1LHHA 1UACY 4I8SA 3WW6A 4LT3A 1SLYA 5E4PA 2VB1A 1B7QA 1UA6Y 1HERA 4G4CA 4H9AA 3FE0A 3SP3A 4H9IA 3CT0A 1GB2A 3W6FA 4DYGA 6LYZA 3AZ7A 1B7RA 1OP9B 1YKZX 2CWIA 2MEFA 1TEWA 4ZIXA 1GD6A 5I5QA 2D4IA 4NG8A 4TSCA 3KAMA 1O23A 4I0CA 2Z38A 4HV1A 4YEOA 1GHLA 2DQEY 2HECA 1N4FA 2YBNA 1HELA 1DXJA 2N5ZA 1WQMA 1LMOA 1SQ2L 1WQPA 1GF6A 3QE8A 4KT3A 2DQAA 4LT1A 3WYHA 1LJJA 3AGGG 1AM7A 1YILA 2Z19A 4HJVA 1BWIA 1GB6A 1GFUA 1HMLA 1LZBA 1B7PA 1T3PA 2Q0MX 3VWOA 4H9HA 1XFPL 4PPOA 4CHXA 2BPUA 3TXIA 5D5FA 5KXSA 1GFHA 1JPOA 2YBLA 1IOTA 1HC0A 4B4EA 5DN5A 4B1AA 4WG7A 1LJIA 4NGOA 4IJ4A 4TUNA 5FHWA 1JJ0A 1REMA 1ZV5L 2A7DA 3WU7A 1YAPA 1LSNA 1LZAA 4Z3MA 3N9CA 2HUBA 1D0MA 1C10A 1LKSA 3BKHA 4RW1A 5APEA 5C6IA 3QNGA 1HEQA 4H8YA 2BQEA 2EQLA 4QDNA 4WL6A 4FDYA 2H9KA 2FYDA 2BQFA 1JKBA 2EKSC 4OWHA 4WOAA 5E9RA 5ILFA 4ZFPA 1BB3A 4OWEA 1IP1A 1QIOA 3EXDA 3P4ZA 1KIRC 1WTNA 3P66A 4RDSA 1TDYA 4NY5A 2MEIA 1JITA 4ETAA 1BB5A 4R6CA 5DN4A 4NWEA 5KXRA 5LYMA 1HFZA 1LHLA 4QY9A 4GCBA 1CKHA 1LJKA 4DT3A 2YDGA 4C3WA 1OUIA 2IHLA 1XGQC 1IIZA 4AXTA 1GDXA 5B05A 3WPKA 1OUFA 2ZQ3A 3LZ2A 3CSRA 4IATA 4WL7A 5A3EA 4GN4A 4OWCA 1IR8A 1CNSA 1KIPC 5L3HA 1NMMA 1NHEA 3D3DA 3LYOA 2XBRA 1XEKA 3AGIA 1UCOA 1CKCA 1QUTA 4CFPA 1VDSA 3RU5A 1QSWA 5FEKA 3T6UA 2LZ2A 2Z39A 1UIBA 2AUBA 4NGWA 3EMSA 1LZSA 1B7OA 2ZILA 4NGZA 1GFGA 1JISA 2CJLA 1LTMA 135LA 1B5XA 1BWJA 3A6CY 5HMJA 2XTHA 2BAAA 4J1AA 4U3XB 2DQDY 3B6LA 5KKJA 3AGHA 4DD3A 1JEFA 1LMPA 5B07A 1FN5A 4H9FA 2I26L 1LZNA 2D6BA 5I54A 2HEBA 1CJ7A 1LAAA 1GFVA 1YKYX 3LHMA 1IVMA 1VATA 2HEEA 1GDWA 3LYMA 1JWRA 2HTXA 4GLAA 1DKJA 4O34A 2G4PA 4NHSA 4ETBA 1BQLY 2W1LA 2ZIJA 4NEBA 4P2EA 4HJZA 1HEOA 1REYA 5M1YA 3P65A 1GB0A 4DD7A 4XJDA 2MEAA 2W1MA 3F6ZA 5KXKA 1GE2A 1BB6A 3A3RX 1IWXA 4NSIA 5LVKA 1LZDA 2B5ZA 1YANA 1ZVYB 1VAUA 3WUAA 4NHIA 1JHLA 1GBWA 1GAZA 3TXHA 4DD0A 5FELA 1NBZC 3AYQA 1HSWA 1JTTL 1LYOA 1LMQA 1GF9A 4RLNA 2DKVA 1LJNA 4HP0A 3LYTA 4ZEEA 1F6SA 2BQDA 4PJ2C 1B0DA 5HLLA 2MEGA 5FCPA 1VDTA 2IFFY 4FJRA 1J1PY 1GE3A 5LINA 1JKCA 1FLYA 4LYCA 4DWXA 2DQJY 1LZ4A 4XJGA 3A3QA 1Z55A 3A91A 2EPEA 3HBHA 5LVHA 1YL0X 1DPXA 1FKVA 3B72A 3HBDA 1BVXA 1IC4Y 4TSBA 1FDLY 4CFOA 4XJIA 1D0LA 1KIQC 1LJ3A 2MEBA 2HU3A 1H87A 4H94A 4WLDA 4XYYA 3ZVQA 1LJ4A 4B0DA 3A92A 2BQAA 3AW7A 2Z18A 4LYZA 1DKKA 1REXA 3J4GA 4DD2A 1ZVHL 2LYOA 3WULA 1IWUA 1GB8A 4MR1A 2BLXA 3WU8A 5LIOA 1LSZA 3J6KA 1WQNA 2BQOA 2LYMA 4PHIA 3WPLA 1TAYA 4CGEA 4WLYA 1LPIA 4NGLA 4RW2A 4B49A 3AZ4A 1JTOL 4N0JA 1IOQA 1LSFA 4UWVA 2C8OA 2HEAA 4OOOA 3WUMA 4PGJB 1FBIX 1BGIA 3WMKA 1LYZA 5F9XA 3TXGA 3BKVA 5C6LA 1W6ZA 3M3UA 4HV2A 4LFXA 1B5VA 1LJGA 2YSSC 3CSZA 3LYZA 5K7OA 4GN5C 4XJBA 1C45A 5APCA 1B7LA 1QTKA 208LA 1UIDA 134LA 1IWTA 1YQVY 3A96A 1GFJA 1C7PA 2ZYCA 3IWRA 4N8ZA 4W94A 3A34A 4BAFA 4D9ZA 153LA 1LZ6A 3CSQA 3RT5X 1AT6A 2XBSA 1DI3A 1J1XY 3CB7A 3GXRA 2BQIA 2X0AA 4NGJA 5KXNA 1BB7A 1OUHA 1D6PA 1B5ZA 3B0KA 4WO6A 1HNLA 1BHZA 4ML7A 5LA8A 1LSCA 1UC0A 1AKIA 1G7HC 1B7NA 5AMYA 1OUBA 3ULRA 4L41A 4KL7A 5KXLA 5C6JA 3CT5A 4NHQA 4DD1A 3ZVQB 1HFYA 1IOSA 1YL1X 4BADA 4H8XA 4GCFA 1GF4A 4N9RA 1LYSA 5KXZA 194LA 3D9AC 4DDBA 1I56A 1G7JC 1OUCA 5IELA 1C43A 4E3UA 4ETDA 5I53A 1GF3A 1A2YC 1GB7A 1GB5A 2BLYA 2DQIY 3A67Y 4GCEA 5LXWA 4HJYA 2MEHA 4NGKA 1BWHA 3TXDA 1JSFA 1LZCA 1C46A 4UWUA 3B0IA 2FBBA 1D0KA 4HPIA 2XJWA 1C08C 4H91A 4NIJA 4NSHA 4H90A 4OWBA 1DI5A 1HF4A 4LFPA 3AZ6A 2HU1A 2ZNXY 5D5CA 5B1GA 1G7LC 4EOFA 1KXYA 2NWDX 3W6EA 1WQQA 2HEFA 4W96A 1LZRA 2FYCA 4G4HA 4YEMA 1GF0A 4GN3A 4H93A 1LMCA 4ETCA 5LA5A 2ZQ4A 4WM6A 4XENA 3WUNA 1XSFA 2MEDA 1IP4A 5J7CA 3EO5A 1VDPA 3TMVA 2DQCY 3M18B 3HBEX 3CQLA 1A4VA 3OJPA 4WLTA 1DPWA 2CGIA 5I4WA 4MCKA 1FLUA 1GE0A 1UUZC 4BAPA 5F16A 3WU9A 5L9JA 1MLCE 4G49A 2H5ZA 1LSBA 2YBIA 2Z12A 4WO9A 5EBHA 1HSXA 3G3BB 4ETEA 5LVJA 4LYMA 2DBTA 1B7MA 3IJUA 4NGVA 2YVBA 4WM5A 4XN6A 2I25L 1IP5A 1LMTA 2DQFC 1GFEA 1NDMC 1VFBC 5I4YA 4G9SA 4WMGA 1XEJA 5LAGA 1PZYA 1QUSA 3T36A 1GAYA 1IWVA 2F2NA 1YAOA 1GXXA 4H8ZA 1IY4A 3ZEKA 3W6AA 2DQHY 3A90A 1WVVA 3RNXA 1UIGA 2C8PA 1GBZA 3A8ZA 1G7IC 5II3A 1CKDA 1VEDA 1NDGC 1W08A 4NSJA 4PRQA 3W6DA 1LYYA 5F14A 1LZ5A 1IC7Y 1AZFA 1YIKA 2YBJA 4HTQA 1H6MA 3A94A 1P2CC 4PRUA 4KXIA 4LYTA 3A93A 5LYTA 1EL1A 1XGRC 2MEEA 2GV0A 1OUJA 1IORA 1QDTA 3TMWA 9LYZA 5KXTA 4AGAA 1UBZA 4XJFA 2BQGA 4YENA 1V7TA 4WM3A 1LZTA 1B2KA 3AB6A 1IP6A 1RJCB 4DDCA 4G4BA 1IOCA 3WW5A 1XGPC 1GBSA 1LSEA 4XJHA 4M4OA 1LZGA 5JENB 1RCMA 4LYOA 1GXV2 4TWSA 5LAFA 1EQ4A 1JIYA 5FSTA 4WM1A 4HTKA 2F4GA 1GEZA 3TMUA 4WM4A 1B7SA 1F0WA 1IY3A 1UIEA 5T3FA 1B5WA 3TXBA 4YM8A 1LSGA 5KJ9A 1IC5Y 1IO5A 3WXTA 4WLXA 1GB3A 4BS7A 1YAQA 1HEPA 1GFAA 1EQ5A 1LSDA 3HFMY 1CJ6A 1LKRA 4GCDA 4N1CC 2CDSA 1LSPA 1OQMA 2LHMA 5DM9A 5F81A 3WL2A 5IHGA 1CJ9A 5KXXA 3TXEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CU5A 2Z2EA 1EQEA 1ZMYL 5FDJA 3AJNA 1L43A 2RSCA 1XGUC 102LA 4W57A 1EPYA 1LSAA 1IX0A 190LA 4OW1A 6LYTA 2D91A 1L75A 1XGTC 5KXPA 1L76A 193LA 1DYEA 1KY0A 3GXKA 1D9UA 4ANRA 2Z2FA 151LA 178LA 1L74A 2BQNA 1IR7A 2B6WA 2LYZA 1LI6A 2F30A 4NG1A 1F10A 4GLVA 1INUA 4H1PA 1LJFA 109LA 1C67A 1PS5A 1LMAA 2DQGY 4NHPA 4CJ2A 1AT5A 4GCCA 4I7OA 3RZ4A 4OOTA 4LT0A 4DAJA 1L53A 5LVIA 3W6BA 4E97A 1HEMA 4N5RA 184LA 2D4JA 1L47A 2F2QA 4B4JA 1QDRA 3E3DA 1L44A 1ALCA 4ZPUA 3NY9A 1REZA 5HMVA 1DI4A 1HHLA 5KXYA 1E8LA 1KY1A 1JKAA 5KXMA 4DD9A 1GBXA 2ZIKA 1CV4A 227LA 1JJ1A 3TXJA 1LWKA 4YXCA 1CV0A 2YBMA 126LA 225LA 1L38A 1ZWNA 2F4AA 5HNCA 1P7SA 4HPEA 2ZYPA 1DYBA 222LA 5A3ZA 2Z37A 1TCYA 5HNLA 112LA 4MSTA 2QB0B 1L19A 1LZ9A 1KXWA 5B06A 1LHHA 4GRVA 4I8SA 1SLYA 171LA 3GUKA 1HERA 1L70A 3AZ7A 1L55A 158LA 4I0CA 1P3NA 2DQEY 2HECA 1L29A 1G1VA 1SQ2L 3DN4A 3WYHA 1AM7A 1L60A 1G0PA 1B7PA 3HH4A 1XFPL 4PPOA 1DYAA 4CHXA 1OV7A 2BPUA 1LGWA 5KXSA 3HT6A 181LA 1JPOA 1IOTA 1OVKA 4WG7A 1LJIA 4IJ4A 1ZV5L 261LA 1YAPA 242LA 3L2XA 4Z3MA 3BKHA 2BQEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LZT A;  133L A;  1LMN A;  2Z2E A;  4TX7 A;  1EQE A;  1ZMY L;  5FDJ A;  1JSE A;  3AJN A;  4C5F A;  2RSC A;  1XGU C;  5KXO A;  2ZWB A;  3WVX A;  2I6Z A;  1KXX A;  3RW8 A;  1LSA A;  3IJV A;  2BQK A;  1LCN A;  3A95 A;  1IX0 A;  1LHK A;  1B9O A;  3G3A B;  4OW1 A;  4NSG A;  1YRO A;  4II8 A;  3N9A A;  1CJ8 A;  6LYT A;  1QQY A;  3OK0 A;  2D91 A;  4H9E A;  1HFX A;  1XGT C;  5F9U A;  5KXP A;  1B5Y A;  1OUG A;  193L A;  1IWY A;  1FLW A;  1LZE A;  3WPJ A;  2BQM A;  1WQR A;  2H9J A;  1CKG A;  4HTN A;  3GXK A;  4LT2 A;  2BQH A;  1D9U A;  4X3B A;  4LGK A;  1GEV A;  4ANR A;  1LJE A;  2YBH A;  2Z2F A;  7LYZ A;  4LYB A;  1GFK A;  1QSA A;  1UIA A;  5LYZ A;  4ET8 A;  2BQN A;  1IR7 A;  2LYZ A;  4UWN A;  1NQI A;  5HQ1 A;  5KKI A;  4QGZ A;  3AZ5 A;  2F30 A;  4H92 A;  4NFV A;  1RFP A;  1GFT A;  1BVK C;  4WG1 A;  1RI8 B;  1F10 A;  4GLV A;  4NG1 A;  5DL9 A;  1INU A;  5APD A;  1JUG A;  4H1P A;  4ET9 A;  5B59 A;  1IP3 A;  1RE2 A;  3ATO A;  1LJF A;  1LZY A;  1GFR A;  1PS5 A;  5KY1 A;  1LMA A;  3P64 A;  2DQG Y;  4H9C A; 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 2DBT A;  1B7M A;  3IJU A;  4NGV A;  2YVB A;  4WM5 A;  4XN6 A;  2I25 L;  1IP5 A;  1LMT A;  2DQF C;  1GFE A;  1NDM C;  1VFB C;  5I4Y A;  4G9S A;  4WMG A;  1XEJ A;  5LAG A;  1PZY A;  1QUS A;  3T36 A;  1GAY A;  1IWV A;  2F2N A;  1YAO A;  1GXX A;  4H8Z A;  1IY4 A;  3ZEK A;  3W6A A;  2DQH Y;  3A90 A;  1WVV A;  3RNX A;  1UIG A;  2C8P A;  1GBZ A;  3A8Z A;  1G7I C;  5II3 A;  1CKD A;  1VED A;  1NDG C;  1W08 A;  4NSJ A;  4PRQ A;  3W6D A;  1LYY A;  5F14 A;  1LZ5 A;  1IC7 Y;  1AZF A;  1YIK A;  2YBJ A;  4HTQ A;  1H6M A;  3A94 A;  1P2C C;  4PRU A;  4KXI A;  4LYT A;  3A93 A;  5LYT A;  1EL1 A;  1XGR C;  2MEE A;  2GV0 A;  1OUJ A;  1IOR A;  1QDT A;  3TMW A;  9LYZ A;  5KXT A;  4AGA A;  1UBZ A;  4XJF A;  2BQG A;  4YEN A;  1V7T A;  4WM3 A;  1LZT A;  1B2K A;  3AB6 A;  1IP6 A;  1RJC B;  4DDC A;  4G4B A;  1IOC A;  3WW5 A;  1XGP C;  1GBS A;  1LSE A;  4XJH A;  4M4O A;  1LZG A;  5JEN B;  1RCM A;  4LYO A;  1GXV 2;  4TWS A;  5LAF A;  1EQ4 A;  1JIY A;  5FST A;  4WM1 A;  4HTK A;  2F4G A;  1GEZ A;  3TMU A;  4WM4 A;  1B7S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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