5HQ1A

Comment on s. w. m. tanley and j. r. helliwell structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein struct. dyn. 1, 034701 (2014) regarding the refinement of 4mwk, 4mwm, 4mwn and 4oxe and the method we have adopted.
Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TI'1 (36-39)3H4 (120-124)AH1 (5-15)TII1 (17-20)AH3 (88-101)AH2 (25-36)3H1 (20-22)TI3 (54-57)S1 (43-45)TI2 (46-49)S2 (51-53)TIV1 (59-62)TIV3 (66-69)S3 (58-59)TIV2 (60-63)TI4 (74-77)S4 (64-65)S5 (78-79)3H2 (80-83)TVIII1 (85-88)AH4 (109-115)TII3 (115-118)O1 (118-120)3H3 (105-107)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title Comment on "Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein" [Struct. Dyn. 1, 034701 (2014)].
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5hq1A00
3WU7A 2HEAA 1B5VA 5LA8A 4P2EA 3RT5X 1LHKA 1MLCE 5J7CA 1IWWA 1YL0X 2BAAA 4OOOA 4X3BA 1QSWA 3VWOA 3WPLA 2N5ZA 5L3IA 3TXKA 5KKIA 1LMOA 1WQNA 1HFZA 3RZ4A 2LYOA 1CJ9A 1OUJA 3RU5A 4GCBA 3AZ6A 3T36A 5LYMA 4ETAA 1JIYA 1TCYA 4M4OA 1DI4A 1YAPA 2DQEY 2HEEA 2LYMA 2LZTA 2YBNA 4IJ4A 3AW7A 4WG1A 4WM2A 3WUMA 2Z2FA 1IOTA 1NWGA 5KXOA 1IR9A 3A3RX 4DD0A 2DKVA 1YL1X 4YM8A 2YBIA 153LA 4WM3A 4DDBA 5B59A 1JITA 4WG7A 4KL7A 1PS5A 4TUNA 3A92A 1GF7A 4PJ2C 1BVKC 4LT0A 4NSIA 1WTNA 2LHMA 3GXKA 4DT3A 4OWAA 1NBYC 1JWRA 1B0DA 1GAZA 3P66A 4BAPA 1IY4A 1QTKA 3CSQA 1VEDA 3K3TA 4LYZA 4J1AA 5AMYA 2BQAA 2EQLA 3N9EA 1UIBA 4U3XB 3ATOA 4YOPA 5APEA 1FLUA 1FLYA 3BKVA 1GEZA 1KXYA 1LSEA 1B7OA 1C08C 3A93A 4H8XA 1BGIA 2ZNXY 2I25L 1FN5A 3B0OA 4N9RA 4PRQA 3CSRA 4H91A 5A3ZA 1OUBA 2MEGA 1GFGA 1AM7A 3A8ZA 3TXIA 1LAAA 2H9JA 1WQPA 2YVBA 1LJFA 1IP1A 3MGWA 4RDSA 3TMUA 3WH1A 2HEBA 4OWCA 1NQIA 4WLXA 1HFXA 5LVKA 1HC0A 1LJIA 3ATNA 4KPMA 4NSHA 1E8LA 2BQGA 1FDLY 1UACY 5DM9A 2D6BA 4RLNA 3LYZA 1I1ZA 4WM4A 133LA 1H6MA 1LMQA 1SQ2L 1QUSA 1LYZA 4NGVA 1JKAA 4XN6A 2DQDY 5HMVA 1D0MA 2DQJY 1F6SA 5I4YA 4UWNA 1YAQA 4NWEA 1LZRA 1DZBX 2BQFA 2EKSC 193LA 1LMNA 1GB9A 5LINA 1YKYX 1YANA 4HV1A 1LMTA 4DD7A 1NBZC 3W3EA 4FDYA 6LYZA 2DBTA 1HMKA 1J1XY 3IJVA 4LYOA 2YBJA 4DD2A 4ET8A 1B5UA 1B5WA 3WYHA 1INUA 1GB3A 1HF4A 2DQCY 3G3AB 5KKJA 1WQRA 1YAMA 3AB6A 2IFFY 3HBHA 4H9HA 4ANRA 5KXTA 1KIRC 1TBYA 1IR7A 4W96A 3A95A 4WMGA 4QGZA 1CJ8A 3EBAB 4OWHA 3OK0A 1LSNA 5DN4A 2XBSA 3B6LA 5HLLA 5K7OA 5FHWA 1HHLA 1YILA 4B49A 1D6QA 3J6KA 1G7JC 1CNSA 1GD6A 1CKDA 1LPIA 4LYMA 4OWEA 1I56A 3A94A 4CFOA 4WO9A 3WPKA 5ILCA 4H8ZA 4HJYA 3FE0A 1FKQA 3W6DA 1BB3A 1ZV5L 4D9ZA 1BWIA 4LFXA 2Z37A 2F30A 3KAMA 5JENB 4PRUA 3CT0A 4AXTA 1LSAA 5KXYA 3AJNA 5DL9A 5KXMA 1F6RA 1CJ6A 3BKHA 1IP2A 3RW8A 1FLQA 1LZNA 4ETEA 1LZYA 4XENA 2I26L 1VDTA 3AGHA 1IP6A 3E3DA 5F14A 4G9SA 1LOZA 4NEBA 1UIFA 2ZYPA 1GFHA 1UA6Y 2FBBA 1BB4A 3TXHA 1OUCA 4HJZA 4ETBA 1B2KA 1GE0A 2GV0A 1QTEA 3A67Y 1PZYA 2FYCA 1IORA 1GFUA 1JISA 1TEWA 3HFMY 1GE4A 1JKCA 4NGKA 2D4JA 4NHQA 4R6CA 4TWSA 4YENA 5LVIA 3W6BA 4ETCA 2H9KA 5KY1A 2MEFA 5B07A 5IELA 1LZGA 4LYTA 3D9AC 3B72A 1LHMA 4NGOA 1IP4A 1NKHA 1GPQC 3TMXA 3WW6A 4CGEA 1GEVA 3FI7A 2ZILA 1IP5A 1QIOA 1VFBC 3CT5A 2YBHA 4TTDA 1G7MC 4LT3A 5I5QA 2Z12A 4G4HA 1VATA 1YROA 1WVUA 1IWTA 1GF9A 1LZTA 1FLWA 1GBSA 2YBMA 1VAUA 1GB5A 1LMCA 2ZQ3A 5FELA 5C6JA 4GCEA 1BQLY 1G7HC 1IR8A 1GAYA 2HEDA 4HPEA 1JEFA 5B1FA 4WOAA 8LYZA 1JHLA 3CQLA 1GBWA 1LHHA 2ZWBA 4H9BA 4CHXA 3WUAA 1DKKA 1B9OA 4HSFA 194LA 1YKZX 4B1AA 4H9CA 1QDRA 5II3A 2C8PA 1RI8B 4LFPA 4DD3A 4WM6A 2F4GA 5DLAA 5FEKA 1HEQA 5KXXA 1IC7Y 1LZ6A 4H93A 5I53A 1UBZA 3EO5A 1YAOA 4CFPA 3WVXA 3LYTA 4HTKA 4NSJA 4J1BA 5LIOA 4WLTA 5IDDA 4B4EA 4DD1A 2DQGY 4NHSA 1JTPL 1MELL 1QQYA 4ZEEA 1GB8A 1LZCA 5E9RA 2LZ2A 2ZIKA 4H92A 5KXWA 1LZBA 2EIZC 1IVMA 2D4KA 1QDTA 5HQ1A 2HEFA 3QNGA 1W6ZA 2G4NA 5FDJA 1OUAA 4ML7A 2MEIA 1GFJA 7LYZA 1J1OY 3AZ4A 4N5RA 1EQ5A 1B7MA 1REYA 1A2YC 1TDYA 1YQVY 3J4GA 4MCKA 3WULA 1OUHA 5E4PA 1IWVA 2WARA 5LA5A 1LJJA 3CB7A 1IY3A 3N9AA 1HELA 1VDPA 1JTOL 1VDQA 1HEMA 1BB6A 5F16A 132LA 3WU9A 4DYGA 3W6EA 1GBXA 3HBEX 3IJUA 4Z98A 1DI3A 1HERA 2BQMA 4WL7A 4J7VA 2YDGA 1GBOA 2H5ZA 4H9FA 1NHEA 1B7PA 2MEAA 3WU8A 4YEMA 4J0LA 1DQJC 1GFRA 1VDSA 2Z19A 2Z39A 4Z41A 4NGZA 5L9JA 3TXFA 2A7DA 2MEEA 2W1XA 4GCFA 4H9EA 5M1YA 2ZYCA 2D91A 3TMWA 1EQEA 1HFYA 1IWZA 1JSFA 1ZMYL 2BQCA 1OP9B 3CSZA 5C6IA 2XTHA 4H9AA 4WM1A 4H8YA 1OUDA 1OUFA 4NGWA 5F9UA 3P68A 3AGGG 4LGKA 3A91A 1XSFA 4N1CC 3CT1A 4H94A 1D0LA 3ZEKA 2PC2A 4QEQA 5KJ9A 5LVGA 1IWUA 1REZA 5D5FA 1LZAA 1WQOA 4RLMA 5KXRA 1LJNA 1I20A 2RSCA 1JTTL 1GB0A 2IHLA 1GDWA 2NWDX 5LAFA 1IX0A 5APFA 3SP3A 5LVHA 1LJ3A 4XJFA 1RE2A 1GBZA 3B0KA 2XBRA 1JKBA 2F2NA 1BHZA 1H87A 1BVXA 4OWBA 4NSGA 1AZFA 5APDA 1C43A 2BQOA 5LAGA 4RW1A 4CJ2A 1A4VA 1O23A 1JJ3A 2BQHA 1IC5Y 5ILFA 1UIGA 2MEDA 5I4WA 3A90A 4TSBA 134LA 1LSPA 4PGJB 3AW6A 2W1LA 2DQIY 1HMLA 1FBIX 1RCMA 1ZVHL 4XJHA 3RNXA 2BQLA 1C10A 2CJLA 4HPIA 1OUEA 1LYSA 1QUTA 4WLDA 1CKGA 1LSDA 4Z3MA 4IASA 1REMA 1XGQC 4HJVA 2BQNA 4WLYA 5KXLA 1LSBA 3GXRA 1GF8A 2MEBA 2HTXA 1LSMA 3WW5A 1LSFA 4NY5A 4FJRA 4H90A 1CKCA 4HTQA 4MR1A 1LYOA 4N8ZA 4XJGA 3WVYA 1LCNA 4N0JA 5HNLA 1LYYA 2ZNWY 1JUGA 4NGJA 4NGYA 1GF5A 3ZVQA 4YF2A 3T6UA 2D4IA 1C46A 5T3FA 4II8A 5FSTA 1D6PA 1LSZA 1OQMA 3A3QA 4ZIXA 5KXPA 3LZ2A 1J1PY 1ZVYB 2AUBA 3M3UA 1AKIA 1C7PA 1KIPC 1LMAA 1KIQC 2A7FA 2Y8PA 4WM5A 1YIKA 3TXBA 1P2CC 4MSTA 1JPOA 1KXWA 4NGIA 5KXSA 3WXTA 1JKDA 1V7TA 1YKXX 4NIJA 2BQIA 1RJCB 4DWXA 1NF5A 1B7SA 1G7LC 3WMKA 4AGAA 2ZQ4A 2B5ZA 1V7SA 5HNCA 1HEWA 1IC4Y 1DPXA 1UC0A 4HV2A 3LHMA 5KXNA 5KXKA 1LZ5A 2G4QA 5A3EA 1DKJA 1LMPA 2I6ZA 2BQBA 3ULRA 3TXDA 3WXUA 1SLYA 1LKSA 1RFPA 3AZ5A 1GFTA 2LYZA 3HBDA 4GLVA 4BAFA 1LZ9A 1BB7A 1LSGA 1Z55A 1GWDA 208LA 4DD9A 1UICA 1EQ4A 1GFAA 4G4CA 2HECA 4BADA 2BPUA 1OUIA 1LHLA 1LHIA 1LZDA 6LYTA 1GE1A 5LVJA 1REXA 1BWJA 1XEKA 3AZ7A 3TXGA 1B7LA 1JSEA 1JJ0A 1XGPC 3G3BB 4BS7A 3AGIA 1LJ4A 1XFPL 4QDNA 2FYDA 1NDGC 2G4PA 4GN4A 2YBLA 4XJDA 9LYZA 1IWYA 2CDSA 1GXXA 4NHIA 1LZEA 4DDAA 1FKVA 4HTNA 1GF0A 2Q0MX 2W1YA 1B7RA 2MECA 5B1GA 1LZSA 1LJGA 1HEOA 1GF6A 1XEJA 1C45A 1CJ7A 1LHJA 1IOSA 3IWRA 4DC4A 5FCPA 1XEIA 1LJHA 135LA 3WUNA 1ALCA 1NDMC 5F81A 1EL1A 4WO6A 2XJWA 4O34A 2ZIJA 4R0FA 1WVVA 3TMVA 4A7DA 2BQJA 2DQAA 1LZ8A 2DQHY 1GB6A 1GFVA 1AT5A 1GE3A 1IOCA 4NHTA 1JJ1A 4GN5C 3A6CY 4XADA 4DDCA 3LN2A 2HU1A 1LSYA 1XGTC 3WPJA 4B0DA 1DPWA 3EXDA 1LJKA 4WL6A 3P4ZA 4KT3A 4NG8A 1GB2A 3TXEA 1CKFA 3A34A 2Z2EA 1W08A 3B0IA 4OW1A 1GE2A 3AYQA 1GBYA 4TX7A 5APCA 207LA 1T6VL 1GF3A 2DQFC 5L3HA 3P65A 1BB5A 1B5YA 1IEEA 1XGRC 1GFKA 4C3WA 1LZ1A 4QY9A 4B4JA 5C6LA 5I54A 4G49A 3W6FA 1B5XA 5B05A 4NHPA 1F10A 4ZFPA 2CGIA 5LXWA 3ZVQB 4LYBA 2MEHA 1UUZC 1IO5A 4Z46A 2BQKA 4XJIA 1TAYA 1T3PA 3A96A 1IP3A 1HSXA 2BQEA 4YEOA 1LZ4A 154LA 1XGUC 1OUGA 2FBDA 1WQMA 4IATA 1N4FA 1UIDA 2HUBA 2VB1A 1CKHA 4M6DA 4GLAA 1DXJA 3A6BY 3QY4A 4XYYA 1LSCA 1NMMA 1D0KA 2W1MA 4H9IA 3TXJA 4E3UA 4LYCA 2EPEA 1GXV2 2C8OA 4RW2A 2Z38A 5LYZA 3N9CA 2Z18A 1LKRA 1B5ZA 4GCDA 1HNLA 5F9XA 3LZTA 1UIHA 3QE8A 1DI5A 1HEPA 2X0AA 1B7QA 4NWHA 4B4IA 5EBHA 4H1PA 4LT1A 4HP0A 4GCCA 5HMJA 4EOFA 4XJBA 1GF4A 4I0CA 4N1EI 4KXIA 1GDXA 2YSSC 4C5FA 4G4BA 5B06A 3F6ZA 4LT2A 4NG1A 1GFEA 4L41A 4UWUA 4W94A 1IP7A 2CWIA 1BWHA 1IIZA 3P64A 2BQDA 1UCOA 1AT6A 1D9UA 1G7IC 1QSAA 3W6AA 4GN3A 1GB7A 3OJPA 4LZTA 1WTMA 5DN5A 2HU3A 1KXXA 3M18B 3W6CA 4ETDA 4PPOA 1F0WA 4I8SA 1B7NA 2F4AA 5D5CA 3LYMA 1IWXA 3D3DA 4NFVA 1LJEA 4TSCA 4EMNA 5LYTA 4ET9A 3LYOA 1GHLA 1HSWA 2BLYA 4OOTA 3EMSA 5I4XA 1IOQA 5KXZA 1WQQA 2BLXA 1HENA 1LTMA 4PHIA 4UWVA 5IHGA 1UIAA 4NGLA 1UIEA 3WL2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HEAA 1L87A 5LA8A 1IWWA 4X3BA 1L33A 5L3IA 1HFZA 3RZ4A 115LA 3AZ6A 250LA 1JIYA 4ETAA 4IJ4A 3AW7A 2YBIA 1L20A 1OV5A 1NBYC 4OWAA 4W53A 2EQLA 1OWYA 1FLYA 3RUNA 1KXYA 1B7OA 4PRQA 2ZNXY 5A3ZA 1L38A 1LAAA 259LA 3MGWA 1G0QA 2OTYX 1L09A 1NQIA 1HC0A 5LVKA 1PQKA 4NSHA 1E8LA 2BQGA 3GUPA 3LYZA 2DQDY 2DQJY 1P64A 2HUMA 3FI5A 1SWYA 1ZURA 3PDSA 3OE6A 4W55A 1LZRA 245LA 3QAKA 1YANA 4HV1A 3D4SA 1J1XY 1EPYA 247LA 1WQRA 5KXTA 1TBYA 3A95A 1CJ8A 3HT6A 5HLLA 1CTWA 140LA 3J6KA 3SBAA 1CKDA 1LPIA 4CFOA 160LA 4WO9A 4D9ZA 1ZV5L 252LA 2F30A 5JENB 3CT0A 5KXYA 3AJNA 3C8SA 3BKHA 1IP2A 1FLQA 4ETEA 1LZYA 5F14A 4G9SA 1LOZA 254LA 2ZYPA 1BB4A 1OUCA 4ETBA 2GV0A 3HFMY 1IORA 4NHQA 1T6HA 230LA 1L46A 2NTGA 4YENA 243LA 2RB0X 1LYHA 2MEFA 139LA 5B07A 3D9AC 1LHMA 1L06A 4TTDA 3CDOA 1LZTA 5FELA 5C6JA 1GB5A 1G7HC 1IR8A 2B74A 1L77A 1LHHA 2ZWBA 4HSFA 3JR6A 1OWZA 131LA 173LA 1HEQA 4YXAC 3L2XA 1UBZA 3EO5A 3WVXA 260LA 5IDDA 1JTPL 1L51A 3SBBC 129LA 1G1VA 2RBNA 1L39A 5E9RA 1LZBA 246LA 3QNGA 142LA 5FDJA 3GULA 1KW7A 183LA 1B7MA 1REYA 3WULA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WU7 A;  2HEA A;  1B5V A;  5LA8 A;  4P2E A;  3RT5 X;  1LHK A;  1MLC E;  5J7C A;  1IWW A;  1YL0 X;  2BAA A;  4OOO A;  4X3B A;  1QSW A;  3VWO A;  3WPL A;  2N5Z A;  5L3I A;  3TXK A;  5KKI A;  1LMO A;  1WQN A;  1HFZ A;  3RZ4 A;  2LYO A;  1CJ9 A;  1OUJ A;  3RU5 A;  4GCB A;  3AZ6 A;  3T36 A;  5LYM A;  4ETA A;  1JIY A;  1TCY A;  4M4O A;  1DI4 A;  1YAP A;  2DQE Y;  2HEE A;  2LYM A;  2LZT A;  2YBN A;  4IJ4 A;  3AW7 A;  4WG1 A;  4WM2 A;  3WUM A;  2Z2F A;  1IOT A;  1NWG A;  5KXO A;  1IR9 A;  3A3R X;  4DD0 A;  2DKV A;  1YL1 X;  4YM8 A;  2YBI A;  153L A;  4WM3 A;  4DDB A;  5B59 A;  1JIT A;  4WG7 A;  4KL7 A;  1PS5 A;  4TUN A;  3A92 A;  1GF7 A;  4PJ2 C;  1BVK C;  4LT0 A;  4NSI A;  1WTN A;  2LHM A;  3GXK A;  4DT3 A;  4OWA A;  1NBY C;  1JWR A;  1B0D A;  1GAZ A;  3P66 A;  4BAP A;  1IY4 A;  1QTK A;  3CSQ A;  1VED A;  3K3T A;  4LYZ A;  4J1A A;  5AMY A;  2BQA A;  2EQL A;  3N9E A;  1UIB A;  4U3X B;  3ATO A;  4YOP A;  5APE A;  1FLU A;  1FLY A;  3BKV A;  1GEZ A;  1KXY A;  1LSE A;  1B7O A;  1C08 C;  3A93 A;  4H8X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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