5I4WA

Exploring the onset of lysozyme denaturation by urea
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Time-dependent X-ray diffraction studies on urea/hen egg white lysozyme complexes reveal structural changes that indicate onset of denaturation
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5i4wA00
5APFA 5II3A 1H6MA 3LZTA 5I5QA 2CGIA 2DQIY 2FBDA 1LJJA 1DPWA 2Z2FA 1GFRA 1REYA 1V7TA 133LA 2BQEA 2FBBA 1JJ3A 1B7NA 2FYCA 2MEEA 2YVBA 3A3QA 1KIQC 4W96A 5B1FA 3WU7A 4NGWA 4B4JA 5I53A 4HP0A 1JUGA 1EQ5A 4LGKA 4N1CC 4BAPA 3WVYA 4OWAA 1JJ0A 5B05A 1GF3A 1HEMA 1GXXA 1LMCA 4NEBA 3WH1A 5C6JA 1DKKA 1HSXA 1VDTA 4WM2A 4ETBA 4WG7A 4CHXA 1F10A 1C10A 5KXSA 5KXYA 2BQOA 3CB7A 3N9CA 1IP2A 1IR7A 3GXRA 1GF6A 1GB7A 2D4JA 4NFVA 4TTDA 3WUAA 4BS7A 4RLNA 3LYOA 4WM3A 3A95A 4LYMA 1G7MC 1OUIA 135LA 1C43A 3M3UA 4H94A 3ATNA 4H9HA 5F9XA 4EOFA 1HEOA 1B7OA 3BKVA 1GB3A 1ZMYL 2CDSA 2YBHA 3FE0A 5APEA 5HMVA 1UIDA 4YF2A 5I54A 3TXKA 1B7MA 1B7RA 2BQFA 5IELA 4XJDA 3CT1A 3N9EA 1V7SA 1XEIA 1GF7A 1HMLA 1BGIA 3CT0A 4ETAA 3LHMA 5KXLA 1GBSA 5DL9A 1YKYX 2BQHA 2EIZC 3WXTA 1VDQA 1B5XA 1GB6A 4LFXA 207LA 1DI3A 1DI4A 4IATA 4DWXA 5E9RA 1GFUA 4TSCA 5LVJA 1AT5A 4G4HA 4LT2A 1T6VL 1TBYA 2BQCA 5L9JA 3WXUA 1LMTA 1IOQA 1LZGA 1GE3A 3TMVA 4NGVA 2BAAA 2DQDY 2YDGA 4W94A 4B4EA 3G3BB 3ZVQA 4AGAA 1XGTC 5DN4A 4Z46A 6LYZA 5I4YA 1LMQA 4HJYA 1GD6A 3CT5A 2MEGA 5LINA 1AM7A 1LZ4A 1LSBA 2HEEA 4H9CA 1B0DA 4GN5C 4HV1A 4LT3A 3ZVQB 1OUDA 5HLLA 1IWWA 3WYHA 5C6LA 4NHIA 3B6LA 1IP7A 2B5ZA 1LMNA 4ZEEA 3A92A 4H90A 3AZ5A 3P4ZA 1CJ7A 5F81A 1GPQC 2G4NA 3TXDA 2ZILA 1UA6Y 3T36A 4DDCA 5KXZA 2HEFA 3RW8A 3VWOA 1QDTA 4NHTA 4OWBA 1W08A 3IJUA 1HC0A 4GN3A 1IWXA 1CKDA 1EQ4A 4M4OA 1WTNA 1J1PY 4GN4A 1LYYA 1DKJA 4IASA 1GB9A 134LA 1B5WA 2DQCY 4KL7A 2ZQ3A 1A4VA 1GF5A 1YILA 3B72A 1D0MA 1J1XY 5F16A 1RJCB 3LZ2A 4UWUA 1IOTA 1GFKA 3GXKA 1LZDA 5HNCA 2Z39A 4RW2A 1FDLY 4LYOA 3WPKA 4N9RA 4ZFPA 1BB4A 4G4BA 5KXOA 1CNSA 1HF4A 1LZNA 4H8XA 3TXEA 1DI5A 1LPIA 1JTPL 3AW6A 3CSZA 1GBZA 2X0AA 1DZBX 2Z37A 1WQQA 1BB7A 4GCFA 4B4IA 1JEFA 1F6SA 3LN2A 1QQYA 1WQPA 5KKIA 1QUSA 5AMYA 1YKZX 1CJ9A 2ZIJA 1LZ8A 4RW1A 1QSWA 5HNLA 1F6RA 4EMNA 3P65A 1BQLY 4QY9A 1HEPA 1JKAA 1DQJC 4NGOA 4ANRA 5LYTA 2DKVA 4WM1A 5K7OA 2I6ZA 5I4XA 1BWJA 1CJ8A 3A90A 1RE2A 4NHPA 4XJHA 1CKHA 1FLYA 3TXBA 4I8SA 1XFPL 4NGLA 4WLDA 1G7JC 1LJKA 1LMOA 1LYSA 2BQDA 2ZIKA 2HEDA 2NWDX 1HHLA 4X3BA 1FLUA 1LZTA 1NKHA 3SP3A 4XYYA 1A2YC 4HTNA 1WVVA 4H8ZA 3AGHA 1REMA 1YIKA 4XADA 5KXXA 2DQGY 4G4CA 1XEJA 5LA5A 1I1ZA 1IOCA 1YAOA 2W1XA 1AKIA 1LSMA 3A34A 1DXJA 4I0CA 5KXRA 4N8ZA 2YBIA 3A3RX 4NHQA 1C08C 1LCNA 1GE0A 1IX0A 2W1YA 4M6DA 4LYCA 4II8A 2DQEY 4YEOA 4DD9A 2MEBA 2BQNA 1JJ1A 5FSTA 4B0DA 3TXGA 1GB2A 2BQGA 1YANA 4MCKA 5EBHA 4Z41A 5KJ9A 2LZ2A 1JTOL 2ZWBA 4WL7A 5LIOA 1KIRC 1XGUC 1YAPA 3TXJA 1WQRA 4HSFA 3WW6A 1NMMA 153LA 2LHMA 1IWZA 2VB1A 4UWVA 1YL1X 5D5CA 1OUBA 3ULRA 5F14A 1NQIA 4WLTA 5KXNA 2XJWA 2BQMA 1FLQA 1LZYA 1FKQA 4CFPA 5KXMA 1HMKA 1EL1A 5KXTA 1G7HC 1LHIA 1VDPA 3WMKA 2MEHA 2DQAA 3CQLA 1VFBC 1GFTA 3WPJA 2BQKA 5LA8A 1VATA 1W6ZA 1GDXA 1GHLA 1LKSA 3B0IA 3J4GA 3A8ZA 2HECA 4KPMA 4H9AA 1INUA 1JKBA 1MLCE 2BLYA 3LYMA 5L3HA 1WQMA 4NWHA 1IWTA 1MELL 2D4KA 3QE8A 4HJVA 3FI7A 1PS5A 2RSCA 5B59A 193LA 1D0KA 2YBLA 2Z2EA 1IORA 4NGZA 1LAAA 3IWRA 1LHJA 1LJ4A 1IWYA 2DQJY 4MSTA 1LZBA 1B5YA 1H87A 1UACY 1AT6A 5M1YA 1D6PA 2H9JA 1BB5A 4PHIA 1HEQA 1GWDA 1LJIA 1P2CC 4N5RA 4H9IA 1LKRA 4GLAA 4HJZA 4PGJB 1CKCA 1GFHA 1SQ2L 1B7SA 1OQMA 1FBIX 1DPXA 1GB8A 1LSYA 2DBTA 4OWCA 1HERA 1XGPC 4H1PA 1IC5Y 4KXIA 1HNLA 4NHSA 1REZA 3A67Y 4XJGA 3WUNA 4CFOA 1JHLA 3WU8A 4XJFA 1YAQA 5E4PA 3AB6A 5HMJA 1LZRA 2BQJA 1GF8A 1IP5A 1YROA 4QEQA 1UIBA 1LZSA 4WO6A 2C8PA 3TXFA 4ML7A 1GBOA 1QTEA 2G4PA 4DDBA 4HPIA 3P66A 9LYZA 2ZNWY 2ZNXY 3CSQA 4J1AA 5LVKA 5C6IA 3QY4A 4NG8A 1I56A 5DLAA 4B49A 1FLWA 4AXTA 3D3DA 4TX7A 3AZ4A 1B7QA 4D9ZA 1GFJA 2CWIA 4HV2A 2HTXA 4G49A 4Z3MA 5FEKA 1LJHA 4CJ2A 1CKGA 2F4AA 3AZ7A 1LSNA 1UC0A 2N5ZA 3A96A 4H8YA 1G7IC 1HENA 2BQAA 3AYQA 3WULA 4H92A 3TMWA 1IR9A 1VDSA 1GE4A 1IWUA 2YSSC 4NSIA 1GBYA 4TWSA 1XGRC 1OUCA 1GFVA 3AZ6A 4OOTA 4YEMA 4ZIXA 4WOAA 5HQ1A 1GXV2 1LJ3A 5IDDA 1BHZA 1CJ6A 1BB6A 1GFAA 1LZ1A 3MGWA 4ETDA 1TAYA 2D6BA 3W3EA 5KXPA 1LZAA 4O34A 2F2NA 4WO9A 1JKCA 2IHLA 4NY5A 1IWVA 1OUAA 4WG1A 4WMGA 5D5FA 5KXKA 1RFPA 1E8LA 1KXWA 4LT0A 2YBMA 1IIZA 4QDNA 2Z12A 4BAFA 1QDRA 3E3DA 4WLYA 1IP1A 4A7DA 1LSGA 2Z18A 4GLVA 1OUFA 1UICA 194LA 4DT3A 1LHHA 2HUBA 5LAFA 5L3IA 5IHGA 3W6CA 4NSHA 4H93A 1GDWA 1B7PA 4R6CA 4E3UA 3A93A 4LFPA 4UWNA 1JSEA 1CKFA 1JSFA 1BB3A 1LZCA 3WL2A 4FDYA 4LYTA 1WTMA 2HU3A 3TMUA 4TUNA 1JWRA 3HFMY 4PRUA 1B5ZA 3W6EA 4NGIA 5J7CA 1EQEA 3W6DA 1LSAA 3IJVA 1ZV5L 3D9AC 3RU5A 1B5VA 1IOSA 1LHLA 2LYZA 3W6FA 2MEAA 4MR1A 1B7LA 2GV0A 1WQOA 1OUEA 1ALCA 3B0KA 3EMSA 1LSEA 1ZVYB 5JENB 5A3ZA 4N1EI 1UIAA 2XTHA 1XEKA 2Z38A 3HBHA 1OUHA 1QUTA 2A7DA 5FHWA 6LYTA 3P68A 4G9SA 4WLXA 1D6QA 4C3WA 2EPEA 3CSRA 4H9BA 1LZ9A 4WM5A 2BQLA 5I4WA 1LOZA 1UIEA 1LSZA 1F0WA 2XBSA 3TXHA 1LTMA 5FCPA 3HBEX 1LJFA 1GEZA 1HFXA 2MEIA 3A94A 5A3EA 3EXDA 2DQFC 1IEEA 1HELA 4DYGA 5F9UA 1XSFA 2BPUA 2ZYCA 1IC4Y 4WM4A 1GB0A 5LVGA 3WPLA 3W6BA 4L41A 1LJNA 2BQBA 1BWIA 2HEBA 2Z19A 4GCEA 5B06A 1GE2A 1GB5A 1YQVY 1JKDA 1IC7Y 1OP9B 1IP3A 1IY3A 4GCBA 4H9EA 4LYBA 4NSJA 1PZYA 1QIOA 4J7VA 1JITA 1UIGA 2A7FA 5APCA 3TMXA 3AJNA 4ETCA 5KKJA 1OUJA 2D4IA 4J0LA 1LSDA 1YAMA 1NWGA 2BQIA 4U3XB 3G3AB 1AZFA 2C8OA 1TDYA 1JTTL 2HEAA 1YKXX 5ILCA 1GAZA 1GFEA 1XGQC 2H5ZA 1IP4A 3QNGA 1LJGA 2WARA 1GF0A 3OK0A 4DD3A 1WQNA 3A6CY 2YBJA 4HPEA 1I20A 1UUZC 1LSPA 1BVXA 1LSFA 1G7LC 1HSWA 2Q0MX 2I26L 8LYZA 4LYZA 1UCOA 4ET8A 1LMPA 4QGZA 4ETEA 2BLXA 4PPOA 1D0LA 2F30A 3RNXA 3RZ4A 4DDAA 4GCCA 3AGIA 3TXIA 3WVXA 2I25L 4H9FA 1LSCA 1C46A 1B5UA 3P64A 1IR8A 1HEWA 4DD7A 1LYZA 5LVHA 4H91A 1GF9A 1QSAA 3ATOA 2PC2A 3M18B 1JPOA 4N0JA 5APDA 4ET9A 1WVUA 4J1BA 5B07A 3B0OA 3HBDA 4PJ2C 3J6KA 4Z98A 3EO5A 4RDSA 1BWHA 4NGYA 4DD0A 1FKVA 1VEDA 1NBZC 1GF4A 4PRQA 208LA 2LZTA 154LA 1JIYA 2ZYPA 4HTKA 1IY4A 1LZ6A 3A6BY 1REXA 2ZQ4A 1LZ5A 1GE1A 2F4GA 4C5FA 4NG1A 2LYOA 5T3FA 4B1AA 5DM9A 4DD1A 1JISA 4XN6A 4DD2A 1NF5A 1GFGA 3AW7A 1IVMA 5LXWA 1B9OA 1GBXA 1HFYA 1SLYA 1TCYA 4BADA 2EKSC 4IJ4A 1BVKC 1LHKA 5LAGA 1LHMA 2EQLA 1LYOA 2FYDA 2G4QA 1FN5A 1LZEA 4LT1A 2Y8PA 1GEVA 4KT3A 1Z55A 1D9UA 2W1LA 4CGEA 4OWEA 3RT5X 1ZVHL 4XJIA 4YENA 2YBNA 4TSBA 1C45A 1O23A 3WW5A 1QTKA 132LA 1OUGA 4NSGA 1RI8B 5KXWA 1UIFA 4RLMA 3ZEKA 4GCDA 2DQHY 1YL0X 3WUMA 3LYTA 1RCMA 5ILFA 1N4FA 4NIJA 2H9KA 2IFFY 3WU9A 1LJEA 1LMAA 1T3PA 4NGKA 5LVIA 1IO5A 1VAUA 2D91A 1KXYA 4OWHA 1UBZA 2MEFA 3K3TA 4NGJA 5FDJA 2AUBA 2HU1A 5FELA 1J1OY 4DC4A 4HTQA 2XBRA 4R0FA 1KXXA 4OW1A 1KIPC 4OOOA 4WM6A 4YOPA 5DN5A 3F6ZA 5LYZA 5LYMA 3AGGG 4XENA 4LZTA 2CJLA 4FJRA 1GAYA 5B1GA 4YM8A 4NWEA 2LYMA 1IP6A 4WL6A 7LYZA 2MEDA 3A91A 1NDMC 3W6AA 1NDGC 2W1MA 1NBYC 3EBAB 5KY1A 1C7PA 2MECA 1HFZA 3T6UA 1NHEA 3KAMA 1UIHA 3BKHA 4P2EA 3LYZA 4XJBA 3N9AA 3OJPA 1TEWA 1B2KA 1GBWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CDVA 4I7RA 1H6MA 3HH6A 2FBDA 2BQEA 3A3QA 4HTNA 2O79A 4W96A 4HP0A 1EQ5A 1L03A 1CV6A 4OWAA 1JJ0A 1LMCA 5C6JA 3WH1A 1LYIA 1DKKA 1VDTA 5KXSA 2BQOA 3N9CA 4ZPUA 4NFVA 1L00A 4TTDA 2D4JA 3A95A 1G7MC 3M3UA 135LA 162LA 3BKVA 2YBHA 5I54A 5APEA 1B7MA 1B7RA 4XJDA 1GF7A 2L78A 1BGIA 1TLAA 3WXTA 103LA 4LFXA 1L57A 4IATA 1L50A 4LT2A 2B72A 3TMVA 2BAAA 2YDGA 1G1VA 3G3BB 6LYZA 4HJYA 3HTBA 1LZ4A 2HEEA 1B0DA 1G07A 1C6KA 1L21A 1L23A 2QARC 225LA 3A92A 4ZEEA 1LGUA 1GPQC 160LA 3SB6A 2ZILA 4S0WA 4W53A 234LA 118LA 1IWXA 1CKDA 1L71A 1J1PY 1GB9A 134LA 1A4VA 1SWYA 3LZ2A 3GXKA 5HNCA 1L97A 4I7PA 151LA 1CNSA 1HF4A 3TXEA 205LA 255LA 1CV3A 1LYEA 2X0AA 168LA 1LLHA 1KW7A 1LZ8A 1QSWA 3EMLA 1JKAA 1DQJC 248LA 2B74A 3GUIA 2DKVA 1L99A 237LA 1CJ8A 1FLYA 3TXBA 4NGLA 1G7JC 1LJKA 2BQDA 142LA 1C68A 1L93A 1WVVA 4XADA 1YAOA 4N8ZA 2YBIA 2OU8A 3A3RX 253LA 3C7ZA 1C6EA 4DD9A 4W54A 2BQNA 1JJ1A 4B0DA 1GB2A 2BQGA 4MCKA 5EBHA 4Z41A 1XGUC 1YAPA 4HSFA 1IWZA 1P3NA 2RAYX 111LA 4CFPA 1G0JA 1OWZA 1VFBC 1LGXA 1GHLA 1LKSA 4KPMA 3A8ZA 1L15A 4HJVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5APF A;  5II3 A;  1H6M A;  3LZT A;  5I5Q A;  2CGI A;  2DQI Y;  2FBD A;  1LJJ A;  1DPW A;  2Z2F A;  1GFR A;  1REY A;  1V7T A;  133L A;  2BQE A;  2FBB A;  1JJ3 A;  1B7N A;  2FYC A;  2MEE A;  2YVB A;  3A3Q A;  1KIQ C;  4W96 A;  5B1F A;  3WU7 A;  4NGW A;  4B4J A;  5I53 A;  4HP0 A;  1JUG A;  1EQ5 A;  4LGK A;  4N1C C;  4BAP A;  3WVY A;  4OWA A;  1JJ0 A;  5B05 A;  1GF3 A;  1HEM A;  1GXX A;  1LMC A;  4NEB A;  3WH1 A;  5C6J A;  1DKK A;  1HSX A;  1VDT A;  4WM2 A;  4ETB A;  4WG7 A;  4CHX A;  1F10 A;  1C10 A;  5KXS A;  5KXY A;  2BQO A;  3CB7 A;  3N9C A;  1IP2 A;  1IR7 A;  3GXR A;  1GF6 A;  1GB7 A;  2D4J A;  4NFV A;  4TTD A;  3WUA A;  4BS7 A;  4RLN A;  3LYO A;  4WM3 A;  3A95 A;  4LYM A;  1G7M C;  1OUI A;  135L A;  1C43 A;  3M3U A;  4H94 A;  3ATN A;  4H9H A;  5F9X A;  4EOF A;  1HEO A;  1B7O A;  3BKV A;  1GB3 A;  1ZMY L;  2CDS A;  2YBH A;  3FE0 A;  5APE A;  5HMV A;  1UID A;  4YF2 A;  5I54 A;  3TXK A;  1B7M A;  1B7R A;  2BQF A;  5IEL A;  4XJD A;  3CT1 A;  3N9E A;  1V7S A;  1XEI A;  1GF7 A;  1HML A;  1BGI A; 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 1REX A;  2ZQ4 A;  1LZ5 A;  1GE1 A;  2F4G A;  4C5F A;  4NG1 A;  2LYO A;  5T3F A;  4B1A A;  5DM9 A;  4DD1 A;  1JIS A;  4XN6 A;  4DD2 A;  1NF5 A;  1GFG A;  3AW7 A;  1IVM A;  5LXW A;  1B9O A;  1GBX A;  1HFY A;  1SLY A;  1TCY A;  4BAD A;  2EKS C;  4IJ4 A;  1BVK C;  1LHK A;  5LAG A;  1LHM A;  2EQL A;  1LYO A;  2FYD A;  2G4Q A;  1FN5 A;  1LZE A;  4LT1 A;  2Y8P A;  1GEV A;  4KT3 A;  1Z55 A;  1D9U A;  2W1L A;  4CGE A;  4OWE A;  3RT5 X;  1ZVH L;  4XJI A;  4YEN A;  2YBN A;  4TSB A;  1C45 A;  1O23 A;  3WW5 A;  1QTK A;  132L A;  1OUG A;  4NSG A;  1RI8 B;  5KXW A;  1UIF A;  4RLM A;  3ZEK A;  4GCD A;  2DQH Y;  1YL0 X;  3WUM A;  3LYT A;  1RCM A;  5ILF A;  1N4F A;  4NIJ A;  2H9K A;  2IFF Y;  3WU9 A;  1LJE A;  1LMA A;  1T3P A;  4NGK A;  5LVI A;  1IO5 A;  1VAU A;  2D91 A;  1KXY A;  4OWH A;  1UBZ A;  2MEF A;  3K3T A;  4NGJ A;  5FDJ A;  2AUB A;  2HU1 A;  5FEL A;  1J1O Y;  4DC4 A;  4HTQ A;  2XBR A;  4R0F A;  1KXX A;  4OW1 A;  1KIP C;  4OOO A;  4WM6 A;  4YOP A;  5DN5 A;  3F6Z A;  5LYZ A;  5LYM A;  3AGG G;  4XEN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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