5I4YA

Exploring onset of lysozyme denaturation by urea: soak period 10 hours.
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Time-dependent X-ray diffraction studies on urea/hen egg white lysozyme complexes reveal structural changes that indicate onset of denaturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5i4yA00
3TXKA 1SQ2L 1LSDA 4ETDA 1GWDA 1LSGA 1XGUC 3EXDA 1NBYC 3CT0A 2DQEY 4NY5A 5KXNA 4ETCA 1RI8B 5B1GA 3W3EA 4GCEA 4HJVA 1LYYA 1LYSA 2G4QA 1LJFA 4NHTA 1GF7A 2D91A 4WL7A 3M18B 1GF3A 1RCMA 1LTMA 4RLNA 1IVMA 4R6CA 2I6ZA 2BQMA 2EKSC 3D9AC 4J7VA 1JSFA 1FKQA 2Z39A 1UBZA 3W6CA 4RLMA 1UIAA 3AZ6A 1IP1A 3A91A 3OJPA 4MSTA 5LAFA 5C6LA 4WM6A 3ULRA 5C6JA 5KXWA 4NFVA 4E3UA 1LMNA 1ZV5L 1G7IC 4TSBA 5ILFA 1B7PA 4H9CA 4FDYA 4NSHA 2D4JA 2G4NA 4H93A 4DD9A 133LA 4ETEA 4HPEA 5I4WA 4HTNA 2BLYA 1DPXA 3A92A 3HBHA 1CJ6A 2YVBA 1LZYA 1CJ8A 1GFTA 2ZIKA 1JTPL 2HEFA 1BB3A 1CKDA 1LZBA 5DLAA 4HPIA 4HTKA 1QDRA 3SP3A 1AT5A 1GD6A 3F6ZA 2HEBA 4WLDA 1H87A 5EBHA 4PPOA 4B4JA 1IR7A 1LJNA 4NGJA 1LHLA 5HLLA 1D6PA 1BVKC 1BWIA 2ZNXY 1QIOA 5DN5A 4N9RA 1GDWA 2B5ZA 4J0LA 1HC0A 207LA 2ZNWY 4LT0A 2HECA 4NG1A 1GB9A 1AKIA 5LIOA 4WO9A 1LZ9A 3HBEX 1GE4A 3RW8A 1GB2A 1GXXA 1JWRA 1IWTA 2YBIA 2BQIA 2Q0MX 2DQCY 1ZVYB 3LYZA 4PJ2C 2BQJA 4LT1A 2HEAA 5T3FA 4NGLA 1UUZC 1JTTL 4BAPA 1GEVA 1LJJA 1YQVY 4NSIA 5C6IA 2BQKA 1RFPA 3E3DA 5I4YA 1YKXX 3AGHA 4PRQA 5KXLA 2W1LA 2LYMA 3A3RX 3N9AA 4J1BA 1HEPA 5II3A 1GB0A 1IP3A 1DKKA 1ALCA 4M6DA 4NHIA 8LYZA 3CSQA 1REMA 5HMVA 1JKBA 1J1OY 1B5ZA 1CNSA 2BQDA 4LT3A 1QTKA 1GAYA 5DL9A 4A7DA 1UIGA 4NHSA 1JHLA 5IELA 1B7MA 1BB6A 1LZSA 1BB5A 1PZYA 5B59A 4HP0A 5B05A 1YANA 3WW6A 1YL1X 2DQDY 4B4IA 1GPQC 1CJ9A 1T3PA 1TAYA 2MEGA 1B5XA 1DXJA 4N0JA 5IDDA 9LYZA 1IP4A 1ZMYL 4YEOA 5I5QA 6LYTA 5LVHA 3K3TA 5APFA 1UIEA 4OOTA 1IOQA 6LYZA 1JJ1A 1LCNA 4YENA 1WTNA 4GCFA 4NGWA 4DWXA 3RNXA 2BQOA 4NWEA 1JIYA 4Z3MA 3ZVQB 4UWVA 1GF5A 5KXOA 3BKVA 1B5WA 2LYZA 2I25L 1DI5A 1UIDA 3GXRA 4DD1A 2F30A 2Z19A 1GF6A 1JITA 3EMSA 5E4PA 4KPMA 1IOTA 3G3BB 1DZBX 3CT5A 1F0WA 1NDGC 1GB3A 3LN2A 1LSNA 4XJBA 5KXZA 4AGAA 1IOSA 1LHIA 3M3UA 1REXA 1HSXA 3TMXA 1QQYA 1D6QA 1LZ8A 1LJ4A 4I0CA 4CGEA 3QE8A 4BADA 1LZDA 5B07A 1FLUA 1IWWA 1SLYA 3J6KA 1VEDA 2A7DA 2DQGY 3A8ZA 4LFPA 4WOAA 3GXKA 1OUEA 1D0KA 1V7TA 2MEEA 4H90A 4YOPA 2A7FA 4B0DA 2CJLA 4W96A 4GLVA 1QUTA 4NEBA 2D4IA 3A90A 4H8XA 1IC7Y 2FYCA 4GCBA 4D9ZA 1GFKA 1GBYA 3TMWA 1PS5A 4Z41A 3AGGG 1BVXA 4DDAA 1GBSA 2WARA 2VB1A 5LA5A 2W1MA 4QY9A 4RW2A 5FSTA 4MR1A 1NDMC 1GE1A 3B72A 1YAMA 3TXEA 1YAPA 4CHXA 1B7SA 2ZYPA 1DPWA 1NQIA 5HMJA 2H9KA 1LSMA 1IIZA 3WU7A 1WVUA 3WULA 2DBTA 5L3HA 5LYTA 1IORA 3HFMY 1RJCB 1LYZA 3TXGA 4ET8A 4WM1A 1IX0A 4LYCA 1JUGA 3J4GA 4H8YA 3WH1A 2IHLA 2BPUA 4ZFPA 3WUMA 1LSFA 2DQAA 4P2EA 2LYOA 2DQFC 2AUBA 3WXTA 1LJIA 1DI4A 1YKYX 2HU1A 1ZVHL 2YSSC 3W6BA 1TEWA 4G49A 4NSGA 4WM3A 1LMCA 4H9EA 1IP5A 3WUAA 1NKHA 3ZVQA 134LA 1YAOA 1TBYA 2XBSA 4DDBA 4CFOA 3FE0A 2BQEA 4YEMA 2Z12A 2BQBA 2ZQ3A 3OK0A 4N5RA 1GB6A 2FYDA 2MEHA 4NGIA 4N1EI 1NMMA 1LYOA 3A94A 1I56A 1BQLY 1LSBA 4H94A 4OWEA 1HEQA 4LYOA 4N1CC 1HF4A 1B7RA 3RU5A 1P2CC 4M4OA 1J1PY 1C46A 1I20A 1HNLA 4DD7A 4GN5C 3A93A 3WPLA 2BLXA 1LOZA 2HTXA 5F14A 2HEDA 1NBZC 1LPIA 3A6CY 4G4CA 2CWIA 1VDQA 1GBXA 4G9SA 4LYMA 3W6DA 1HEWA 5A3EA 2LZ2A 1OUBA 4GCCA 3A34A 1IP7A 4HJYA 1LMAA 4XJDA 1F10A 5HNLA 1E8LA 1JPOA 1HMLA 1LSPA 1JTOL 1LZ5A 1YKZX 2MEFA 1O23A 4TX7A 1VATA 1IWZA 3TMVA 4PRUA 4Z98A 4XN6A 4WO6A 1GFRA 4WM4A 4H8ZA 4H9FA 1BWHA 4W94A 1GBOA 1EQEA 3WU9A 1LZEA 1YIKA 2CGIA 3AZ4A 1QUSA 4PHIA 1RE2A 132LA 3ZEKA 1LZ4A 1G7HC 1UCOA 1IP6A 5M1YA 3CSZA 4FJRA 5FEKA 1GF4A 5LVIA 4KXIA 1GFUA 1I1ZA 135LA 1N4FA 1OUHA 2C8PA 1HEMA 3B0OA 1LMTA 4UWNA 1REYA 5LINA 3WW5A 2BAAA 154LA 1C43A 4B49A 1IR9A 2FBDA 1LZCA 1XGRC 4GLAA 5KXYA 1UIHA 4NSJA 3WYHA 4TWSA 5LVJA 1AM7A 3EO5A 4LZTA 3A3QA 1LMQA 2F2NA 1OUFA 1JKDA 5KXSA 1KIPC 2YBNA 5KKIA 5LYMA 4NGKA 4WLTA 1WQQA 3P64A 2YBLA 1GF0A 5KJ9A 4DD0A 4LFXA 1W08A 4TUNA 1HFYA 3D3DA 1KIQC 4QEQA 1B5VA 2HEEA 4G4BA 3P66A 4TSCA 5HQ1A 153LA 2EQLA 1B5UA 3AYQA 3QY4A 4NGYA 1OUIA 5D5CA 1GBZA 4B1AA 1XEJA 2N5ZA 1KIRC 1T6VL 1DKJA 4OW1A 1GFAA 1XGPC 1VDSA 1OUAA 208LA 5KXPA 1JKCA 2MEDA 1INUA 1B5YA 4B4EA 2BQAA 1WQRA 4OWCA 3CSRA 1F6SA 1LKRA 3P65A 4C3WA 1GFEA 2I26L 4X3BA 3FI7A 3TXDA 2ZQ4A 1IR8A 1IC5Y 2EPEA 4ZIXA 1B2KA 1WQNA 1IY4A 1C10A 1LAAA 2YDGA 1LZGA 2RSCA 2ZYCA 4LGKA 1GDXA 1REZA 4KT3A 1LJ3A 1HHLA 3IJUA 4QGZA 1VFBC 5APCA 2F4AA 1OUGA 1XGTC 2MEIA 4IATA 4ANRA 1LZTA 4MCKA 4OWAA 5FHWA 2W1XA 4EOFA 1D0MA 1DQJC 1B7OA 2Z2EA 7LYZA 194LA 3IWRA 5I4XA 2MECA 3AJNA 4LYBA 4ET9A 4NGVA 4IASA 4WL6A 2NWDX 2PC2A 3P68A 5FELA 1GE2A 1TDYA 4ETBA 4YF2A 1BB7A 2DKVA 4Z46A 1HFXA 2Z18A 2FBBA 3A67Y 1FKVA 1NF5A 2H5ZA 1CKGA 4R0FA 1GF8A 1LKSA 4XENA 5L3IA 1J1XY 1BB4A 1WQMA 1BWJA 4DC4A 5APDA 4BAFA 2YBJA 2C8OA 4OWBA 1LMPA 1LZNA 3AW6A 2D6BA 2XJWA 1LZRA 3T36A 1WQOA 4YM8A 3BKHA 1IWXA 1IOCA 1LHJA 2MEBA 5B06A 4C5FA 4L41A 5KXXA 1CKCA 1GFHA 2ZIJA 3G3AB 3P4ZA 4J1AA 1HEOA 4PGJB 4TTDA 5KKJA 1DI3A 2Z2FA 3WVXA 1FN5A 4G4HA 3EBAB 4ZEEA 3B6LA 1HMKA 4U3XB 1UIFA 3AZ7A 1LJEA 1UICA 1CKFA 1XGQC 3RT5X 1WTMA 3A95A 1EQ4A 5DN4A 3WXUA 3WU8A 4IJ4A 1AT6A 4NWHA 3N9CA 5LXWA 1GAZA 1H6MA 3A6BY 1B7QA 3N9EA 3WMKA 1LJHA 2ZWBA 1LZAA 1LZ1A 2ZILA 1GFGA 5KXRA 3A96A 1YAQA 1HERA 4CFPA 1IEEA 3WPKA 4I8SA 193LA 1NHEA 4WMGA 2LHMA 1G7MC 2BQNA 5KXTA 1UC0A 2YBHA 5LA8A 1GE0A 1QDTA 1Z55A 1WQPA 1C08C 1XFPL 3LYMA 4H1PA 4NHPA 4NGOA 4WM5A 1B7NA 1FLYA 4LYZA 3W6EA 1W6ZA 1IP2A 4XJHA 1JSEA 4GCDA 5LYZA 1LSAA 3HBDA 1LJKA 4QDNA 4WG7A 1LHHA 1HENA 3LZ2A 3ATOA 4RDSA 5I53A 1LSCA 2GV0A 2H9JA 3B0IA 2X0AA 1C7PA 1GE3A 4H9HA 5I54A 1VAUA 4XYYA 1V7SA 1JEFA 1CJ7A 3AB6A 1QSWA 4WG1A 4GN3A 5F9XA 1B7LA 2F4GA 1EL1A 5ILCA 1GXV2 1UA6Y 2BQLA 1YILA 2XBRA 1IC4Y 4OWHA 3W6FA 4XJFA 1WVVA 1OQMA 2DQIY 1C45A 1CKHA 3IJVA 1GFJA 2BQCA 1IWUA 1IY3A 4WLYA 1JISA 5K7OA 1IO5A 3LZTA 1D0LA 3ATNA 1YROA 3KAMA 3WVYA 2W1YA 4XADA 2DQHY 4DYGA 1AZFA 1LZ6A 5HNCA 1FLWA 1NWGA 4II8A 1FDLY 2Z38A 4RW1A 1FLQA 1GF9A 2BQGA 5KXMA 5KXKA 4LT2A 3WL2A 1A4VA 1MLCE 3RZ4A 2BQHA 1UACY 3T6UA 4CJ2A 4N8ZA 2XTHA 1EQ5A 5FCPA 3TXJA 1D9UA 1JKAA 1GFVA 4HV1A 4DD2A 4H91A 2Z37A 4NIJA 5IHGA 5KY1A 1KXWA 4HSFA 1GB7A 4EMNA 1JJ0A 1VDTA 2G4PA 2EIZC 1KXYA 3MGWA 1MELL 3TXIA 3TXFA 3VWOA 2BQFA 3LYOA 4NGZA 1JJ3A 1B9OA 1GHLA 4OOOA 3TMUA 5J7CA 1G7LC 1OUJA 3LYTA 1OUCA 4O34A 4BS7A 1A2YC 4NHQA 2DQJY 5E9RA 5LVGA 3W6AA 1QTEA 1UIBA 1XEIA 1XSFA 2Y8PA 4NG8A 3WPJA 5F9UA 4WM2A 1LSZA 5LVKA 1G7JC 1LMOA 1GBWA 5FDJA 1HSWA 2CDSA 5JENB 1F6RA 4LYTA 1GB5A 1HFZA 1LSEA 2LZTA 2HU3A 5B1FA 1TCYA 5APEA 1BHZA 5AMYA 4GN4A 4DDCA 5F81A 1GEZA 4XJIA 1OP9B 2YBMA 3AZ5A 3B0KA 4H9IA 5D5FA 3LHMA 3TXHA 1HELA 1OUDA 1VDPA 3CQLA 5LAGA 1LHKA 3CB7A 4ETAA 4UWUA 5DM9A 4HV2A 4XJGA 4HJZA 1IWYA 4H9BA 1FBIX 3AW7A 1QSAA 1YL0X 3QNGA 4H9AA 2MEAA 1BGIA 3CT1A 1KXXA 4HTQA 4ML7A 1XEKA 2D4KA 5F16A 3WUNA 1LHMA 4H92A 4KL7A 4WLXA 4AXTA 4DD3A 1GB8A 1LSYA 2IFFY 1B0DA 4DT3A 5L9JA 3AGIA 5A3ZA 1LJGA 2HUBA 1IWVA 3TXBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CU3A 1LSGA 1XGUC 3HTDA 128LA 4NY5A 4ETCA 2OTYX 4EKPA 2G4QA 4WL7A 3NY9A 1GF3A 1RCMA 1LTMA 4RLNA 3HT6A 148LE 3G3WA 2EKSC 1C6KA 1OYUA 1UBZA 4RLMA 1CUQA 4MSTA 5LAFA 5C6LA 3C7YA 1LMNA 4TSBA 1P7SA 4HPEA 1DPXA 1CJ6A 4LDOA 1L46A 1JTPL 1LZBA 4HTKA 244LA 1QDRA 1T8AA 3SP3A 4WLDA 1DYEA 5EBHA 1IR7A 5HLLA 3CDQA 1BVKC 168LA 1OV7A 1HC0A 2ZNWY 4LT0A 1QSBA 2HECA 5LIOA 4WO9A 3HBEX 1GE4A 1L76A 1JWRA 2HUMA 1L39A 4NGLA 2QARC 3E3DA 5KXLA 3N9AA 4J1BA 1HEPA 1IP3A 1LYEA 1ALCA 1L10A 3CSQA 1REMA 5HMVA 1JTMA 239LA 1B5ZA 5DL9A 3C81A 4A7DA 1UIGA 1P64A 1JHLA 5IELA 1LZSA 4HP0A 3WW6A 1QS9A 1CJ9A 1L36A 1T3PA 1DXJA 3GUIA 9LYZA 5I14A 3G3XA 2IGCA 1L24A 1XJTA 3HH3A 4DWXA 1P46A 3JR6A 234LA 2B6YA 1GF5A 5KXOA 3BKVA 2I25L 177LA 1T97A 1GF6A 3LN2A 3M3UA 1HSXA 3TMXA 1D6QA 4I0CA 249LA 225LA 3QE8A 224LA 145LA 2DQGY 3A8ZA 4LFPA 4WOAA 1T8GA 1D0KA 4B0DA 4W96A 4GLVA 160LA 1QT7A 1L52A 181LA 4H8XA 3QAKA 3CDTA 1L99A 1KW5A 3TMWA 1PS5A 2OEAX 4Z41A 4W59A 4DDAA 1L25A 219LA 5LA5A 1DYAA 4QY9A 1L61A 1YAMA 147LA 1LYDA 3WU7A 2LC9A 3WULA 1G0MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TXK A;  1SQ2 L;  1LSD A;  4ETD A;  1GWD A;  1LSG A;  1XGU C;  3EXD A;  1NBY C;  3CT0 A;  2DQE Y;  4NY5 A;  5KXN A;  4ETC A;  1RI8 B;  5B1G A;  3W3E A;  4GCE A;  4HJV A;  1LYY A;  1LYS A;  2G4Q A;  1LJF A;  4NHT A;  1GF7 A;  2D91 A;  4WL7 A;  3M18 B;  1GF3 A;  1RCM A;  1LTM A;  4RLN A;  1IVM A;  4R6C A;  2I6Z A;  2BQM A;  2EKS C;  3D9A C;  4J7V A;  1JSF A;  1FKQ A;  2Z39 A;  1UBZ A;  3W6C A;  4RLM A;  1UIA A;  3AZ6 A;  1IP1 A;  3A91 A;  3OJP A;  4MST A;  5LAF A;  5C6L A;  4WM6 A;  3ULR A;  5C6J A;  5KXW A;  4NFV A;  4E3U A;  1LMN A;  1ZV5 L;  1G7I C;  4TSB A;  5ILF A;  1B7P A;  4H9C A;  4FDY A;  4NSH A;  2D4J A;  2G4N A;  4H93 A;  4DD9 A;  133L A;  4ETE A;  4HPE A;  5I4W A;  4HTN A;  2BLY A;  1DPX A;  3A92 A;  3HBH A;  1CJ6 A;  2YVB A;  1LZY A;  1CJ8 A;  1GFT A;  2ZIK A;  1JTP L;  2HEF A;  1BB3 A;  1CKD A;  1LZB A;  5DLA A;  4HPI A;  4HTK A;  1QDR A;  3SP3 A;  1AT5 A;  1GD6 A;  3F6Z A;  2HEB A;  4WLD A;  1H87 A;  5EBH A;  4PPO A;  4B4J A;  1IR7 A;  1LJN A;  4NGJ A;  1LHL A;  5HLL A;  1D6P A; 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 1MLC E;  3RZ4 A;  2BQH A;  1UAC Y;  3T6U A;  4CJ2 A;  4N8Z A;  2XTH A;  1EQ5 A;  5FCP A;  3TXJ A;  1D9U A;  1JKA A;  1GFV A;  4HV1 A;  4DD2 A;  4H91 A;  2Z37 A;  4NIJ A;  5IHG A;  5KY1 A;  1KXW A;  4HSF A;  1GB7 A;  4EMN A;  1JJ0 A;  1VDT A;  2G4P A;  2EIZ C;  1KXY A;  3MGW A;  1MEL L;  3TXI A;  3TXF A;  3VWO A;  2BQF A;  3LYO A;  4NGZ A;  1JJ3 A;  1B9O A;  1GHL A;  4OOO A;  3TMU A;  5J7C A;  1G7L C;  1OUJ A;  3LYT A;  1OUC A;  4O34 A;  4BS7 A;  1A2Y C;  4NHQ A;  2DQJ Y;  5E9R A;  5LVG A;  3W6A A;  1QTE A;  1UIB A;  1XEI A;  1XSF A;  2Y8P A;  4NG8 A;  3WPJ A;  5F9U A;  4WM2 A;  1LSZ A;  5LVK A;  1G7J C;  1LMO A;  1GBW A;  5FDJ A;  1HSW A;  2CDS A;  5JEN B;  1F6R A;  4LYT A;  1GB5 A;  1HFZ A;  1LSE A;  2LZT A;  2HU3 A;  5B1F A;  1TCY A;  5APE A;  1BHZ A;  5AMY A;  4GN4 A;  4DDC A;  5F81 A;  1GEZ A;  4XJI A;  1OP9 B;  2YBM A;  3AZ5 A;  3B0K A;  4H9I A;  5D5F A;  3LHM A;  3TXH A;  1HEL A;  1OUD A;  1VDP A;  3CQL A;  5LAG A;  1LHK A;  3CB7 A;  4ETA A;  4UWU A;  5DM9 A;  4HV2 A;  4XJG A;  4HJZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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