5I53A

Exploring onset of lysozyme denaturation by urea - soak period 7 hours
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Time-dependent X-ray diffraction studies on urea/hen egg white lysozyme complexes reveal structural changes that indicate onset of denaturation
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5i53A00
1GWDA 1W6ZA 1D0LA 3WW5A 1HMKA 1IP4A 2Z2FA 3B0KA 3P68A 4H90A 5KXWA 1F0WA 2FBDA 1GF4A 1HEWA 4Z41A 5KXKA 1LSBA 4NY5A 1REMA 1G7MC 5B07A 1D0KA 1NKHA 3LYTA 1GFJA 4OWEA 1GFHA 3W6CA 5M1YA 5KXRA 1GF8A 1XGUC 5C6LA 4BADA 5ILCA 3ATNA 1DQJC 4O34A 4A7DA 1OUFA 1HC0A 2VB1A 1ZV5L 2BQNA 4YM8A 2YBHA 4Z98A 3KAMA 1NDMC 4WM3A 5FEKA 5B06A 1LJEA 5LVJA 4IJ4A 2A7DA 1CKFA 154LA 133LA 5AMYA 1LZ6A 4NG1A 4ETCA 208LA 1GAZA 1IP2A 1PZYA 3T6UA 1TAYA 4ETDA 1HSWA 2Z39A 4XJHA 5HQ1A 1TDYA 4XYYA 4G4BA 3WYHA 4NHQA 2DQEY 1XFPL 2HUBA 1D9UA 2BQGA 4ZIXA 1HEMA 3D3DA 4R0FA 3CT0A 4NGZA 1REYA 193LA 2IHLA 4LGKA 2BQBA 1IWTA 1IC4Y 1SLYA 1WQPA 2DKVA 2Z37A 3K3TA 1KIPC 1UA6Y 4B4IA 9LYZA 1DI3A 3IJVA 4HP0A 1IP5A 1UCOA 2Z12A 2HU1A 3GXKA 4G4HA 1B5XA 1B5YA 1LMCA 4TX7A 4UWVA 4CGEA 5FSTA 5IDDA 3EBAB 5K7OA 4LYZA 1GB0A 3AGGG 1H87A 4C5FA 1B9OA 1NBZC 4AXTA 1LHIA 4NGWA 4HJYA 4NSHA 1JSFA 1LPIA 2ZNWY 3CT5A 4PPOA 4H9CA 1QUTA 3A96A 1G7HC 5F16A 3TXBA 3AW7A 1VDSA 4CFOA 1BWJA 2EQLA 1GBZA 1FLQA 2X0AA 1LZAA 1SQ2L 4J1BA 1DPXA 1DI4A 1B7MA 2EPEA 3N9AA 3TXEA 5L3IA 3TXFA 3WMKA 3TMUA 2XTHA 1LAAA 4IASA 1XGTC 4FDYA 6LYZA 4N0JA 4W94A 1YAQA 3AZ5A 3AZ4A 2ZNXY 2RSCA 4ETEA 1P2CC 1XGPC 2FYDA 1LCNA 5FELA 3N9CA 1ZVYB 1LSAA 5KXLA 1HELA 2Z19A 1NHEA 1IWYA 5LYTA 1O23A 1UICA 1GXV2 3A34A 4WM4A 153LA 5APFA 1HEOA 1IP3A 5LVKA 1LSDA 1HERA 1YROA 4HTKA 4G49A 3EXDA 4WLDA 3ZEKA 2HTXA 4ML7A 1NF5A 4GLAA 5LXWA 1NDGC 207LA 4L41A 4XENA 2XBSA 4HPIA 2F4GA 4H9AA 5E9RA 2DQJY 4D9ZA 1XSFA 1J1PY 5KXYA 1LMQA 1XEIA 2F4AA 3FE0A 1LKSA 1VDPA 4XJDA 4NIJA 1REZA 1GE4A 4GCFA 4YENA 1LSCA 1HHLA 2DBTA 4HV2A 1GEZA 2MEEA 2F2NA 2HU3A 4DWXA 1BHZA 1KXXA 1B7SA 1UIGA 1CJ9A 5KY1A 1RE2A 1BGIA 1LZDA 2BQDA 1JKAA 4HJVA 5F9XA 1GF5A 1LZYA 1RI8B 1WTNA 4GCCA 5LYZA 1GE0A 1LSPA 1LMTA 2BAAA 1WQNA 3TMWA 1ALCA 3LZTA 2W1LA 4XJFA 4WO9A 3HFMY 4NGKA 3LYZA 1T6VL 1LHJA 3A3RX 4WLTA 3E3DA 4KPMA 4MCKA 1YANA 5APDA 3WPLA 3WW6A 1QDTA 4N8ZA 2LYOA 1UACY 4TSBA 1WVUA 3AW6A 3W6DA 5KXZA 1GAYA 1V7SA 3A91A 1JUGA 2IFFY 4B4JA 4WMGA 5HNLA 5KXSA 2Q0MX 3WULA 1YKYX 1UIEA 2ZIJA 3LZ2A 4WL6A 4G9SA 1DKJA 1C08C 1IP7A 3HBDA 4H9HA 5LYMA 1OUBA 3LYOA 3WVYA 2ZQ3A 4GCBA 2DQGY 4PRUA 4II8A 4LYOA 4XN6A 3WU7A 4LT3A 1IC5Y 4M4OA 3J4GA 2LZTA 2MECA 5LA8A 1IWVA 1JJ3A 3G3BB 1G7JC 4H92A 5APEA 4QY9A 4H1PA 4HJZA 4NFVA 5ILFA 4LYTA 1GE1A 4R6CA 3A6CY 4OWBA 1JEFA 1VAUA 5FHWA 1CKHA 1LJ3A 1UIDA 3RT5X 4FJRA 5KXPA 1A4VA 2DQCY 1PS5A 1UIHA 1FDLY 3OJPA 4QDNA 4ETAA 1Z55A 3G3AB 5KXTA 2GV0A 2YDGA 1AKIA 3WPKA 1HSXA 2BQLA 5KXOA 4TWSA 2MEFA 1GBOA 5F9UA 5I4XA 2D91A 1IWXA 2ZWBA 1UIAA 5D5FA 1A2YC 2YBLA 4B1AA 4DDBA 5I5QA 2A7FA 1WQMA 4IATA 1C43A 3WU9A 3B72A 4XADA 4LYMA 3CSQA 1D6PA 3QY4A 5D5CA 2AUBA 5LIOA 5DL9A 3A6BY 1GBSA 1GFVA 5JENB 2D4JA 1FBIX 1C10A 1YQVY 4PRQA 1OUDA 2BQJA 1JTPL 4Z3MA 4H8XA 1RJCB 2BQOA 4NGYA 1IP1A 1GEVA 1IEEA 4OWHA 4X3BA 4DDAA 1HFXA 1IO5A 1QSWA 5F81A 4DD7A 1JTOL 3WUNA 1LZ5A 4HPEA 3P65A 4GCDA 1B5UA 1LZBA 4NWEA 1GFRA 1AT5A 1LSYA 3RZ4A 1RFPA 4GCEA 1LZ8A 1LZNA 4N5RA 8LYZA 1V7TA 3N9EA 5KXXA 1T3PA 4OWAA 3LN2A 2I26L 4H8ZA 1H6MA 1WQQA 2H9KA 1LZRA 3B0OA 3HBEX 1GD6A 1YAPA 2D4IA 5HMJA 2EIZC 1B7LA 2BLYA 1LJ4A 1IWUA 4H93A 3W3EA 1LJKA 2XBRA 1DI5A 1KXYA 4YEMA 1GE3A 4NG8A 2BQEA 4I8SA 1JHLA 4XJIA 3FI7A 2MEIA 1QDRA 2C8OA 4RLMA 5DN5A 3WXTA 4B49A 132LA 2D4KA 3WH1A 1LYSA 3ATOA 3WUMA 3M18B 2MEAA 2BQKA 3HBHA 1LHLA 1IR7A 1OP9B 3A95A 1LZ9A 1LZCA 1YILA 4HV1A 1AT6A 4LFXA 5B59A 2BQHA 4NSIA 2I6ZA 1NQIA 3LYMA 2FBBA 3SP3A 4CFPA 1AM7A 1CJ6A 5HLLA 1D0MA 1HMLA 1TCYA 1LZSA 3B6LA 4NHIA 1UUZC 1G7IC 1LJFA 2LYMA 1UC0A 2MEDA 2HEDA 2PC2A 1OUHA 3B0IA 4XJGA 1LSMA 1ZVHL 5FDJA 4N1CC 4H9IA 1BB7A 4H9BA 2YBNA 1NMMA 3BKHA 4J7VA 5F14A 1RCMA 1LSFA 4DT3A 1B7NA 1OUCA 5EBHA 5T3FA 1IVMA 1MELL 4H94A 3TXKA 4J0LA 1OUIA 1LTMA 4QEQA 1GDWA 2I25L 1B5ZA 4TTDA 1FKQA 1LJHA 1LHMA 4H91A 1BQLY 1YL0X 4M6DA 1E8LA 1I1ZA 3IJUA 2BQMA 2HEEA 4HTNA 4LYCA 4WO6A 1B0DA 1FLUA 1G7LC 1J1OY 2ZYPA 3CSZA 2DQHY 194LA 1LJIA 1QTKA 4OOTA 1BB4A 5I53A 4WOAA 3AB6A 3OK0A 4OWCA 4DC4A 1BB5A 3A92A 1WTMA 1C45A 2FYCA 2ZQ4A 1GFGA 1GPQC 5LVIA 4NHPA 3RW8A 4NGJA 1DKKA 1EQ5A 4BAFA 1YKXX 1NBYC 1GB7A 1DPWA 3D9AC 4C3WA 5C6JA 4RLNA 4WG7A 1LMAA 1B5WA 3A93A 3CB7A 1GBYA 2DQDY 1LZTA 1CKDA 1FKVA 1BVXA 4OW1A 2G4QA 1B5VA 4GN4A 3T36A 4GN5C 1UIBA 2NWDX 3CSRA 4UWNA 1XGQC 2N5ZA 1JJ1A 2BQCA 5A3EA 1REXA 4RW2A 2DQFC 4KXIA 1BB6A 1IY4A 4DD9A 5LAGA 1GB9A 3QNGA 4ANRA 3WU8A 5I4WA 5I4YA 1OUAA 1BWHA 4Z46A 1F6SA 4HSFA 4RW1A 3AGIA 1GXXA 2W1XA 4I0CA 4TUNA 1GB6A 1YAOA 5L3HA 1IOCA 1LSNA 1C46A 4PGJB 3RNXA 4BS7A 5LVGA 2Z38A 1HF4A 1VDQA 2G4PA 2HEFA 2Z2EA 2F30A 3AZ7A 2CGIA 1YIKA 2CDSA 4DD0A 5L9JA 3TMXA 1JWRA 2DQIY 1F6RA 1LJNA 4CHXA 2CWIA 1QSAA 3TXHA 1FLYA 5FCPA 2B5ZA 1IR9A 4E3UA 2EKSC 1IY3A 1GB3A 1GF3A 2YBMA 2D6BA 5I54A 5KXMA 2BQFA 1LHKA 1XEKA 3CT1A 1IOSA 1OUGA 2H9JA 4MR1A 1GFTA 1LSEA 4WM1A 1WQOA 2BQIA 4B4EA 1HENA 1B7QA 3EMSA 1FLWA 5IHGA 1WQRA 4WM5A 3ZVQB 1LYZA 4AGAA 2HECA 1CNSA 4G4CA 2BQAA 2DQAA 1CJ7A 2LYZA 1BB3A 1TEWA 5DN4A 2MEHA 7LYZA 2G4NA 4H9FA 3AZ6A 1DXJA 1UBZA 4YOPA 5LVHA 5KKIA 1GFUA 1GBXA 1GF9A 1IC7Y 1KXWA 1JKCA 1LMNA 2Z18A 1HFYA 1LYYA 2Y8PA 1IWWA 1I20A 2HEBA 5II3A 5B05A 3WVXA 2XJWA 2YSSC 4N1EI 4CJ2A 4LT1A 4KT3A 5C6IA 1OUEA 4NHSA 4J1AA 4W96A 1B7PA 5IELA 5B1FA 1LSZA 1GE2A 1HEPA 1LOZA 4NGOA 1QQYA 3P64A 4NEBA 1INUA 4NGLA 1GBWA 1LYOA 4EMNA 3A3QA 3P66A 1N4FA 1WVVA 1AZFA 1IP6A 1GF7A 3F6ZA 1B7RA 2MEBA 1B7OA 1EQEA 1GB5A 1KIQC 2YBJA 3WUAA 4DYGA 3TXGA 1IWZA 4PJ2C 3TXJA 3M3UA 2W1YA 3J6KA 1VDTA 3AGHA 1TBYA 1JITA 4WLXA 1GFEA 5DLAA 2LZ2A 3WPJA 4ZFPA 4WL7A 4KL7A 1IOQA 3ULRA 1IOTA 1JKBA 2MEGA 1LKRA 3VWOA 1YL1X 1JKDA 4P2EA 1JISA 1VATA 4YEOA 1W08A 4B0DA 5LINA 4NGVA 3TXDA 1JJ0A 1JTTL 2CJLA 3LHMA 1ZMYL 3AJNA 5HMVA 2W1MA 4H8YA 3MGWA 4HTQA 4MSTA 1JSEA 2BPUA 4NSJA 1UIFA 4UWUA 4NWHA 4BAPA 3W6FA 1KIRC 3TMVA 3A67Y 5KKJA 4ETBA 5A3ZA 1LMPA 4TSCA 3TXIA 1IORA 4ET9A 4PHIA 1GB2A 5B1GA 2HEAA 1LJJA 4DD1A 1DZBX 1XGRC 5KXNA 1VEDA 4NHTA 1LSGA 3WXUA 4H9EA 1LMOA 3W6AA 1CJ8A 4WLYA 1EQ4A 1LZ1A 2BLXA 2H5ZA 1MLCE 4GLVA 3WL2A 4WM6A 1GB8A 1I56A 1QIOA 2ZILA 4RDSA 4GN3A 1XEJA 1CKCA 3A8ZA 4YF2A 3BKVA 4NSGA 1GFAA 1GHLA 1QUSA 3W6EA 4ET8A 3A94A 5DM9A 3ZVQA 3P4ZA 5LAFA 2ZIKA 5E4PA 2LHMA 1CKGA 4LZTA 1B2KA 5APCA 4XJBA 1FN5A 4QGZA 5HNCA 1LZ4A 3A90A 4LFPA 4EOFA 1EL1A 1QTEA 1C7PA 3W6BA 1GF6A 4LYBA 4NGIA 4U3XB 3GXRA 4DD3A 1VFBC 2YVBA 3QE8A 1IX0A 1JPOA 1OQMA 1F10A 1IR8A 135LA 2C8PA 4WM2A 1HFZA 1GF0A 3CQLA 3IWRA 2YBIA 1LHHA 4N9RA 2ZYCA 1BVKC 4WG1A 1YAMA 5J7CA 1LZEA 1HNLA 2WARA 1HEQA 4LT0A 1IIZA 1NWGA 1YKZX 5KJ9A 4LT2A 134LA 3AYQA 5LA5A 4OOOA 1D6QA 3EO5A 6LYTA 4ZEEA 1JIYA 1OUJA 1LJGA 1GDXA 4DD2A 1GFKA 1J1XY 1LZGA 4DDCA 1BWIA 3RU5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G0LA 1HMKA 1IP4A 1EPYA 1C62A 5KXKA 1D0KA 1NKHA 3LYTA 1GFJA 1L30A 2HUKA 1GFHA 4OWEA 1XGUC 5C6LA 4Z98A 1L83A 2B6ZA 5LVJA 4IJ4A 1L87A 154LA 4NG1A 4ETCA 1IP2A 3T6UA 1CUPA 2Z39A 4XYYA 4G4BA 1L06A 4NHQA 1D9UA 1L59A 1T8GA 193LA 1D2WA 1SWZA 156LA 1IWTA 212LA 2Z37A 4W56A 3K3TA 4B4IA 4HSFA 3GXKA 1B5XA 1B5YA 1LMCA 1L58A 3EBAB 1L93A 2RB2X 1H87A 1C6EA 1QUTA 3A96A 253LA 127LA 1G7HC 5F16A 166LA 3AW7A 2EQLA 1GBZA 4W54A 4S0WA 1FLQA 1L91A 2X0AA 1C61A 1L31A 1P37A 3TXEA 3TXFA 3WMKA 167LA 3TMUA 4I7KA 4N0JA 3AZ5A 3AZ4A 2RSCA 4DAJA 1P2CC 2RH1A 2Z19A 1NHEA 1IWYA 4GRVA 1O23A 1UICA 1GXV2 1XJUA 1L03A 153LA 1CV4A 1L80A 1IP3A 5LVKA 1YROA 4HTKA 3EXDA 4WLDA 1CU0A 1L10A 1L95A 1J1PY 1XEIA 2F4AA 3F8VA 1LKSA 4XJDA 1REZA 1GE4A 3QAKA 4DWXA 1BHZA 229LA 3C82A 221LA 1UIGA 1RE2A 1LZDA 2BQDA 4W58A 5F9XA 1RI8B 1L85A 1QS9A 2O79A 1L89A 1DYEA 250LA 1WQNA 3TMWA 1ALCA 3CDVA 3LZTA 2W1LA 3GUJA 4WO9A 1T6VL 3A3RX 1L48A 1QT3A 5APDA 3SBAA 4TSBA 1WVUA 5KXZA 1GAYA 1JUGA 5HNLA 2F2QA 3V2YA 1P46A 1C08C 248LA 4H9HA 226LA 1L63A 2DQGY 4PRUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GWD A;  1W6Z A;  1D0L A;  3WW5 A;  1HMK A;  1IP4 A;  2Z2F A;  3B0K A;  3P68 A;  4H90 A;  5KXW A;  1F0W A;  2FBD A;  1GF4 A;  1HEW A;  4Z41 A;  5KXK A;  1LSB A;  4NY5 A;  1REM A;  1G7M C;  5B07 A;  1D0K A;  1NKH A;  3LYT A;  1GFJ A;  4OWE A;  1GFH A;  3W6C A;  5M1Y A;  5KXR A;  1GF8 A;  1XGU C;  5C6L A;  4BAD A;  5ILC A;  3ATN A;  1DQJ C;  4O34 A;  4A7D A;  1OUF A;  1HC0 A;  2VB1 A;  1ZV5 L;  2BQN A;  4YM8 A;  2YBH A;  4Z98 A;  3KAM A;  1NDM C;  4WM3 A;  5FEK A;  5B06 A;  1LJE A;  5LVJ A;  4IJ4 A;  2A7D A;  1CKF A;  154L A;  133L A;  5AMY A;  1LZ6 A;  4NG1 A;  4ETC A;  208L A;  1GAZ A;  1IP2 A;  1PZY A;  3T6U A;  1TAY A;  4ETD A;  1HSW A;  2Z39 A;  4XJH A;  5HQ1 A;  1TDY A;  4XYY A;  4G4B A;  3WYH A;  4NHQ A;  2DQE Y;  1XFP L;  2HUB A;  1D9U A;  2BQG A;  4ZIX A;  1HEM A;  3D3D A;  4R0F A;  3CT0 A;  4NGZ A;  1REY A;  193L A;  2IHL A;  4LGK A;  2BQB A;  1IWT A;  1IC4 Y;  1SLY A;  1WQP A;  2DKV A;  2Z37 A;  3K3T A;  1KIP C;  1UA6 Y;  4B4I A;  9LYZ A;  1DI3 A;  3IJV A;  4HP0 A;  1IP5 A;  1UCO A; 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 3AZ6 A;  1DXJ A;  1UBZ A;  4YOP A;  5LVH A;  5KKI A;  1GFU A;  1GBX A;  1GF9 A;  1IC7 Y;  1KXW A;  1JKC A;  1LMN A;  2Z18 A;  1HFY A;  1LYY A;  2Y8P A;  1IWW A;  1I20 A;  2HEB A;  5II3 A;  5B05 A;  3WVX A;  2XJW A;  2YSS C;  4N1E I;  4CJ2 A;  4LT1 A;  4KT3 A;  5C6I A;  1OUE A;  4NHS A;  4J1A A;  4W96 A;  1B7P A;  5IEL A;  5B1F A;  1LSZ A;  1GE2 A;  1HEP A;  1LOZ A;  4NGO A;  1QQY A;  3P64 A;  4NEB A;  1INU A;  4NGL A;  1GBW A;  1LYO A;  4EMN A;  3A3Q A;  3P66 A;  1N4F A;  1WVV A;  1AZF A;  1IP6 A;  1GF7 A;  3F6Z A;  1B7R A;  2MEB A;  1B7O A;  1EQE A;  1GB5 A;  1KIQ C;  2YBJ A;  3WUA A;  4DYG A;  3TXG A;  1IWZ A;  4PJ2 C;  3TXJ A;  3M3U A;  2W1Y A;  3J6K A;  1VDT A;  3AGH A;  1TBY A;  1JIT A;  4WLX A;  1GFE A;  5DLA A;  2LZ2 A;  3WPJ A;  4ZFP A;  4WL7 A;  4KL7 A;  1IOQ A;  3ULR A;  1IOT A;  1JKB A;  2MEG A;  1LKR A;  3VWO A;  1YL1 X;  1JKD A;  4P2E A;  1JIS A;  1VAT A;  4YEO A;  1W08 A;  4B0D A;  5LIN A;  4NGV A;  3TXD A;  1JJ0 A;  1JTT L;  2CJL A;  3LHM A;  1ZMY L;  3AJN A;  5HMV A;  2W1M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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