5KXLA

Hen egg white lysozyme at 100k, data set 2
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 55
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxlA00
2MEDA 4G4BA 3LHMA 4NWEA 1GFRA 4FJRA 5LVJA 1GF4A 1IX0A 1LCNA 2BQAA 194LA 3HBDA 4I8SA 4EMNA 1IORA 1CJ7A 1CNSA 2W1LA 4NWHA 1GBOA 1QTKA 4B49A 1LSPA 4YM8A 1KXWA 1GB5A 5KXPA 4DWXA 2Z2FA 1WQRA 2F2NA 1SQ2L 3G3BB 3N9AA 1RFPA 4GCCA 5LA5A 1LHLA 4NSIA 4B4IA 134LA 3TMWA 5IHGA 2Y8PA 1HSXA 1UIAA 1C10A 1C46A 1KXYA 1OUFA 1VEDA 4PRQA 2BQKA 1XEJA 1HENA 1IP3A 1IC4Y 2HU1A 1B5VA 1LZDA 3WVXA 1J1PY 5C6JA 1MELL 5F14A 3LYOA 1AZFA 1CKDA 1G7JC 1GBSA 3TXIA 3TXKA 1YKYX 5DM9A 5KXXA 4B0DA 1WTNA 1CKHA 1GE0A 3BKVA 1DI5A 4N9RA 1LSNA 3WL2A 3WU8A 1NDMC 3LYZA 4CHXA 2FYDA 1CKGA 1IP1A 1NWGA 4XADA 1JSFA 2DQFC 2MEAA 1B7OA 1I20A 4LT0A 4NGZA 5KXKA 3W6EA 3WU9A 2FBDA 3D3DA 5FELA 1TDYA 3ZEKA 4UWUA 4RLMA 1CJ9A 1XGRC 1JJ0A 2BQBA 1LZ9A 4X3BA 4YEOA 2D91A 3A90A 4OWEA 1NF5A 5APCA 4NY5A 4DD0A 1QTEA 5E9RA 4H9AA 4NGWA 4IJ4A 1IWTA 1LZTA 3T36A 4GCFA 1WQQA 2BQMA 3WXTA 1HFZA 4LFPA 4Z3MA 2DQJY 4J7VA 2YVBA 3LN2A 5APEA 4NFVA 2YBIA 1AKIA 1FKQA 3RU5A 3A6BY 3WH1A 4WM5A 1ZV5L 1LHMA 5LAFA 2Z19A 1LJ3A 2D4IA 1REMA 2Z12A 2GV0A 5IELA 5J7CA 1MLCE 2BQEA 3TXDA 3ATNA 1GFJA 4ANRA 5KXRA 5KKIA 1EL1A 1LJFA 1IY4A 5HNCA 1TEWA 4HPEA 1KIPC 1WQOA 3F6ZA 4RDSA 4TSCA 1GB7A 1HERA 1FLQA 1REZA 1IWYA 1KIQC 4LYMA 5KXZA 4RW1A 2Z37A 1HELA 3D9AC 4B4EA 1UA6Y 5LIOA 3HBHA 2BQNA 4H9CA 1FLUA 3N9EA 1OUJA 1AM7A 1GE1A 1LYZA 4OWCA 2MEIA 4DDBA 8LYZA 4CJ2A 1B9OA 5LXWA 3GXKA 1B5WA 3WMKA 4B4JA 1XFPL 1CKFA 1JKDA 5A3EA 2I25L 1LYSA 2G4PA 4XJFA 1B7QA 3B0IA 1PS5A 1IR8A 4N1EI 5I4WA 4LZTA 1GWDA 2HEEA 5I4YA 1EQ5A 5DN5A 1H6MA 4XJIA 3TMUA 4W94A 2BQFA 2LYOA 2BLYA 2ZQ4A 4GCBA 3W6CA 4ZEEA 4WM3A 4KL7A 1G7LC 1LHIA 1LMQA 1ZVHL 1C7PA 3P66A 3T6UA 1AT6A 4B1AA 2C8PA 4ZIXA 4DDAA 2DQEY 4LFXA 1GBYA 2BQDA 4PPOA 4BADA 5KXWA 1LPIA 5T3FA 4YEMA 4DD9A 4NGOA 4WG7A 3AGGG 1QDTA 4R0FA 1YL0X 2LHMA 1GFEA 4L41A 1IWWA 5FEKA 1TCYA 5HMJA 4DDCA 1LZAA 1HFXA 4NGJA 4OOOA 4H9FA 1B5ZA 4H8YA 5B05A 1XEIA 3TXFA 1GE2A 4DT3A 1DI3A 1NQIA 1T3PA 2MEBA 4O34A 1GEZA 4Z98A 1BB7A 1YROA 5E4PA 5FSTA 2ZWBA 1UACY 2YBHA 4U3XB 1FLYA 3WYHA 1GFUA 1I56A 1LSEA 1VDQA 1NDGC 3A6CY 1D0KA 1H87A 4GN3A 1FLWA 1GPQC 1WQPA 1SLYA 3WPKA 4MCKA 1GF6A 208LA 3B6LA 4HTQA 1XGUC 1QUTA 1BB4A 5B1FA 4ETEA 207LA 3KAMA 135LA 1PZYA 1V7TA 2Q0MX 4J0LA 1W08A 2A7DA 5KXSA 4II8A 5ILCA 1BB6A 4RW2A 3W6DA 1GFTA 1BWHA 1LJEA 1DPWA 1IVMA 3HBEX 4G49A 1UCOA 2RSCA 4H8ZA 1LZSA 1GF9A 4WLYA 3QY4A 2EIZC 3TXEA 1WQMA 1IIZA 2DQHY 4GN5C 1E8LA 4QY9A 4H8XA 3WUAA 1RE2A 4H9BA 154LA 6LYZA 1GDWA 3A96A 5M1YA 4OWBA 4XJDA 1FBIX 4GN4A 1DKKA 1GXV2 4HJZA 4XJGA 2HECA 1XGTC 1GF8A 1JITA 1FN5A 3FE0A 3WU7A 2CWIA 2BPUA 2ZIJA 2D4JA 1HEQA 3CB7A 1OUIA 4KPMA 4DC4A 3WPJA 2N5ZA 6LYTA 2HEDA 3TXBA 9LYZA 3G3AB 1CJ8A 4OWHA 2AUBA 1GXXA 2LYZA 4WO9A 4LT3A 3WXUA 4J1AA 4M4OA 4KXIA 1GF0A 1DZBX 1FKVA 4PRUA 2W1MA 3TMVA 1B7NA 1GE3A 1JTPL 1OQMA 1LMPA 1JJ3A 1IP6A 1GBXA 1DPXA 5B06A 2DQDY 1OUAA 3P4ZA 4N8ZA 1LSAA 4OWAA 4TUNA 1JTTL 4BS7A 1BB3A 1BWIA 1GD6A 4WLDA 1GB0A 1LZRA 1LJNA 2BQIA 2HEAA 3IJVA 4GLVA 1OUDA 2IHLA 3LYMA 1D9UA 1EQ4A 1LSYA 5HQ1A 4Z41A 5DLAA 3W3EA 3J6KA 4HTKA 1A2YC 4N0JA 2Z38A 3AJNA 2DQCY 2I26L 1HEWA 4DD7A 133LA 1V7SA 4TSBA 1IOCA 5KXMA 1NMMA 2ZNWY 2YBLA 1IP4A 2HU3A 1LMCA 1JIYA 1GFKA 3E3DA 1GEVA 2PC2A 2YSSC 4NHTA 1OUBA 1IO5A 3CT0A 4TTDA 1Z55A 1RJCB 2YBMA 5FDJA 1OUHA 3CSQA 1IR9A 2MEFA 3CT1A 5DL9A 5A3ZA 2EQLA 1CJ6A 4DD1A 5II3A 1IC7Y 3MGWA 1QDRA 4WLXA 5AMYA 1LJHA 3A94A 2ZIKA 3ULRA 5KXLA 5LYMA 1HNLA 1LSCA 4ETDA 1YQVY 1UIBA 3A67Y 4H9IA 3B72A 4HJVA 2DBTA 4N5RA 3IWRA 1VDPA 4H90A 1JHLA 2XBSA 4XJHA 4EOFA 4NG1A 4WM6A 1GB9A 1QUSA 2BQCA 4IASA 5I53A 5LYZA 1GFAA 2DQIY 4QDNA 1HF4A 1JTOL 4CFOA 4D9ZA 4WM1A 3AZ7A 1VDTA 3EXDA 1J1XY 1HMLA 1BVXA 4YENA 1W6ZA 3OJPA 4GLAA 3A95A 1LZ1A 2MEGA 1B2KA 1LJJA 3A3RX 2XTHA 4ZFPA 1A4VA 1G7MC 1LSMA 1WTMA 5L3IA 1LMOA 1GF5A 1UICA 3W6AA 3CQLA 1RI8B 4WOAA 2XBRA 2HTXA 2MEEA 7LYZA 4MSTA 2EPEA 1KIRC 1YAMA 1LTMA 1VDSA 1LYOA 2D6BA 3A92A 1QIOA 2FYCA 3GXRA 4H92A 1T6VL 2VB1A 4GCDA 4NGLA 4NSHA 1IOQA 3AW6A 3AZ5A 2BLXA 3RZ4A 5F16A 1B5UA 3AZ6A 2XJWA 2YBJA 4G4HA 1JISA 1INUA 1UC0A 3LYTA 5L9JA 1YKXX 1D6QA 1XEKA 5LVHA 2Z18A 2YBNA 3IJUA 4ET9A 3ZVQB 1GFVA 1YIKA 1UIDA 1ZVYB 3CSZA 5IDDA 1YAOA 5D5CA 2ZILA 1B7SA 1UIEA 1VFBC 4NHIA 4NHSA 5KKJA 3A34A 1JKAA 4ET8A 3OK0A 5KY1A 1GB2A 4H93A 1BVKC 4LYCA 2B5ZA 1TAYA 1JKBA 2X0AA 1LSDA 4FDYA 3VWOA 3LZTA 3AW7A 5LYTA 3AGIA 4YOPA 1LZCA 2BQHA 4HTNA 3M18B 1REYA 4LYZA 1LKSA 3ATOA 2Z2EA 1LMAA 1WQNA 3J4GA 3CSRA 3W6BA 3WVYA 4BAFA 1JWRA 4LYTA 4NIJA 3WW5A 4E3UA 1D0LA 4M6DA 5C6LA 1D6PA 2DQAA 2ZYCA 3TXHA 4H9HA 2ZNXY 1LZEA 1IR7A 1XSFA 4P2EA 1LZYA 4WLTA 1CKCA 2LZ2A 2CJLA 4NHPA 2F4AA 2DQGY 4KT3A 4TWSA 1XGQC 1B0DA 1LMTA 2BAAA 1KXXA 4J1BA 1C45A 1GB6A 4UWVA 5LVKA 1YAPA 1GB8A 1QSAA 1LKRA 4NGIA 4PJ2C 3EMSA 1IOSA 2F4GA 5F81A 4WMGA 1GHLA 1GFGA 1IEEA 4DD3A 1YANA 5B59A 5KXTA 4NHQA 3P65A 4HV2A 5F9UA 4AXTA 3SP3A 1LHHA 4AGAA 1G7HC 4NSJA 3W6FA 1GAYA 4HPIA 1WVUA 5DN4A 2A7FA 4WO6A 3AGHA 4G4CA 1GF7A 4GCEA 2EKSC 5KXYA 2ZQ3A 4NSGA 3TXGA 4ETBA 4WM2A 1LHJA 4QGZA 1D0MA 1GBWA 5D5FA 1LMNA 2BQGA 2C8OA 1YAQA 5I5QA 1YL1X 2W1XA 4OW1A 1JSEA 5LVGA 1LJKA 1J1OY 2NWDX 4W96A 2H5ZA 5KXNA 1QQYA 4ETAA 4QEQA 3A8ZA 4OOTA 5LA8A 1YILA 2BQLA 1HEPA 1UIHA 4ML7A 3WPLA 4H1PA 1LSBA 2WARA 1O23A 1RCMA 4NGYA 1JKCA 1LZ5A 2G4NA 5FCPA 1LAAA 2ZYPA 3RW8A 1TBYA 3P68A 3WUMA 4XJBA 1HC0A 2CGIA 2F30A 5B1GA 4Z46A 4HSFA 4RLNA 1UUZC 1OP9B 1GE4A 1HEOA 2BQOA 4I0CA 1WVVA 5L3HA 1JEFA 2HEBA 2W1YA 1IWZA 3A3QA 1GB3A 153LA 1B7PA 132LA 1LSGA 2FBBA 1JJ1A 4LYBA 4TX7A 1UBZA 2IFFY 1HHLA 3A93A 1B5XA 1LSZA 1LJGA 4H9EA 5APFA 1HEMA 2H9JA 2HEFA 5F9XA 4WL6A 3TMXA 4C5FA 5EBHA 1LJIA 1NBZC 3A91A 4A7DA 3M3UA 2YDGA 4H94A 1XGPC 3WW6A 1LJ4A 2HUBA 4LGKA 1ALCA 2BQJA 1GAZA 1GFHA 1FDLY 4H91A 2D4KA 3RT5X 3RNXA 5I54A 1BHZA 1F6SA 3K3TA 4NEBA 4DD2A 4ETCA 4YF2A 5K7OA 3QE8A 2MEHA 193LA 2CDSA 2H9KA 3WULA 5LINA 1VATA 1C08C 1BB5A 3AB6A 4HJYA 1P2CC 1IWVA 1IWUA 3QNGA 1GDXA 4WL7A 5I4XA 4NGVA 4NG8A 4XYYA 1UIFA 3B0KA 5KXOA 4XN6A 1OUGA 4G9SA 4MR1A 1I1ZA 1NBYC 4LYOA 1OUCA 2I6ZA 1IWXA 3B0OA 1HSWA 1LZ8A 1B7RA 4LT1A 2LYMA 3FI7A 3CT5A 1YKZX 1F0WA 1VAUA 5C6IA 1IY3A 3LZ2A 1LZBA 1BQLY 4DYGA 1NKHA 4HP0A 1AT5A 3AZ4A 1LHKA 4HV1A 5JENB 2Z39A 2MECA 1OUEA 1LYYA 1NHEA 1REXA 1LZNA 1IP5A 5APDA 4PHIA 1LZ4A 1LOZA 4PGJB 1IC5Y 1B5YA 1DI4A 1B7LA 1BGIA 1EQEA 1GF3A 1DQJC 1JPOA 1DXJA 5HNLA 2DKVA 5ILFA 5B07A 1F10A 1UIGA 3WUNA 3TXJA 4WM4A 3BKHA 1B7MA 1GBZA 2G4QA 1ZMYL 4R6CA 4BAPA 1F6RA 1HFYA 1C43A 3N9CA 1G7IC 1BWJA 5FHWA 1IP7A 1DKJA 1HMKA 1LZ6A 3P64A 3ZVQA 4CFPA 5LAGA 4CGEA 4N1CC 4NGKA 2LZTA 5KJ9A 1N4FA 4LT2A 3AYQA 3EBAB 3EO5A 1IP2A 1LSFA 1QSWA 4C3WA 4UWNA 4IATA 1LZGA 5HLLA 5HMVA 1IOTA 4WG1A 5LVIA 4XENA 1JUGA 3HFMY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GFRA 4ARJA 3G3VA 5LVJA 1GF4A 1CX7A 3HBDA 194LA 4PJZA 4EMNA 1C64A 1CNSA 246LA 4YM8A 1XJUA 5KXPA 4DWXA 4GCCA 3N9AA 134LA 1L0KA 1C10A 226LA 229LA 3WVXA 1MELL 212LA 1CKDA 1GBSA 1CU5A 5KXXA 4B0DA 1WTNA 1SX2A 3LYZA 1JSFA 2MEAA 1LYDA 3WU9A 1L00A 3PDSA 1LZ9A 3A90A 4OWEA 1L11A 5E9RA 139LA 1QSBA 1T8AA 1HFZA 4LFPA 3SB7A 4J7VA 5APEA 4NFVA 195LA 4WM5A 2RB0X 1LJ3A 3CDQA 5J7CA 3ATNA 5KXRA 1EL1A 1IY4A 1C63A 1KIPC 1L68A 3L64A 1HERA 5KXZA 130LA 1HELA 4B4EA 1UA6Y 1L65A 5LIOA 3N9EA 1L74A 4DDBA 1B9OA 5LXWA 3WMKA 4XJFA 5I4WA 3B0IA 1IR8A 1L55A 5DN5A 178LA 4W94A 2LYOA 1JQUA 3P66A 1LMQA 1C7PA 3T6UA 1AT6A 210LA 4DQ7A 1LZAA 4H8YA 118LA 1QT6A 3HWLA 2RAYX 1BB7A 1YROA 1CUPA 5FSTA 2ZWBA 4I7KA 1P3NA 1VDQA 1D0KA 1L53A 1WQPA 2RB1X 1BB4A 157LA 3GUOA 4ETEA 3KAMA 1PZYA 1CUQA 1DYGA 2Q0MX 2HUMA 1W08A 2A7DA 4II8A 5ILCA 3W6DA 4LDOA 4G49A 2LCBA 1UCOA 1GF9A 3CDTA 3QY4A 3NY9A 2DQHY 4GN5C 1CTWA 4H9BA 161LA 3A96A 3OE8A 4OWBA 249LA 4XJDA 1FBIX 1CU2A 4I7LA 216LA 2D4JA 3CB7A 1SSYA 1P56A 3WPJA 2HEDA 1CJ8A 4OWHA 2AUBA 1GXXA 2OEAX 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MED A;  4G4B A;  3LHM A;  4NWE A;  1GFR A;  4FJR A;  5LVJ A;  1GF4 A;  1IX0 A;  1LCN A;  2BQA A;  194L A;  3HBD A;  4I8S A;  4EMN A;  1IOR A;  1CJ7 A;  1CNS A;  2W1L A;  4NWH A;  1GBO A;  1QTK A;  4B49 A;  1LSP A;  4YM8 A;  1KXW A;  1GB5 A;  5KXP A;  4DWX A;  2Z2F A;  1WQR A;  2F2N A;  1SQ2 L;  3G3B B;  3N9A A;  1RFP A;  4GCC A;  5LA5 A;  1LHL A;  4NSI A;  4B4I A;  134L A;  3TMW A;  5IHG A;  2Y8P A;  1HSX A;  1UIA A;  1C10 A;  1C46 A;  1KXY A;  1OUF A;  1VED A;  4PRQ A;  2BQK A;  1XEJ A;  1HEN A;  1IP3 A;  1IC4 Y;  2HU1 A;  1B5V A;  1LZD A;  3WVX A;  1J1P Y;  5C6J A;  1MEL L;  5F14 A;  3LYO A;  1AZF A;  1CKD A;  1G7J C;  1GBS A;  3TXI A;  3TXK A;  1YKY X;  5DM9 A;  5KXX A;  4B0D A;  1WTN A;  1CKH A;  1GE0 A;  3BKV A;  1DI5 A;  4N9R A;  1LSN A;  3WL2 A;  3WU8 A;  1NDM C;  3LYZ A;  4CHX A;  2FYD A;  1CKG A;  1IP1 A;  1NWG A;  4XAD A;  1JSF A;  2DQF C;  2MEA A;  1B7O A;  1I20 A;  4LT0 A;  4NGZ A;  5KXK A;  3W6E A;  3WU9 A;  2FBD A;  3D3D A;  5FEL A;  1TDY A;  3ZEK A;  4UWU A;  4RLM A;  1CJ9 A; 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 3RNX A;  5I54 A;  1BHZ A;  1F6S A;  3K3T A;  4NEB A;  4DD2 A;  4ETC A;  4YF2 A;  5K7O A;  3QE8 A;  2MEH A;  193L A;  2CDS A;  2H9K A;  3WUL A;  5LIN A;  1VAT A;  1C08 C;  1BB5 A;  3AB6 A;  4HJY A;  1P2C C;  1IWV A;  1IWU A;  3QNG A;  1GDX A;  4WL7 A;  5I4X A;  4NGV A;  4NG8 A;  4XYY A;  1UIF A;  3B0K A;  5KXO A;  4XN6 A;  1OUG A;  4G9S A;  4MR1 A;  1I1Z A;  1NBY C;  4LYO A;  1OUC A;  2I6Z A;  1IWX A;  3B0O A;  1HSW A;  1LZ8 A;  1B7R A;  4LT1 A;  2LYM A;  3FI7 A;  3CT5 A;  1YKZ X;  1F0W A;  1VAU A;  5C6I A;  1IY3 A;  3LZ2 A;  1LZB A;  1BQL Y;  4DYG A;  1NKH A;  4HP0 A;  1AT5 A;  3AZ4 A;  1LHK A;  4HV1 A;  5JEN B;  2Z39 A;  2MEC A;  1OUE A;  1LYY A;  1NHE A;  1REX A;  1LZN A;  1IP5 A;  5APD A;  4PHI A;  1LZ4 A;  1LOZ A;  4PGJ B;  1IC5 Y;  1B5Y A;  1DI4 A;  1B7L A;  1BGI A;  1EQE A;  1GF3 A;  1DQJ C;  1JPO A;  1DXJ A;  5HNL A;  2DKV A;  5ILF A;  5B07 A;  1F10 A;  1UIG A;  3WUN A;  3TXJ A;  4WM4 A;  3BKH A;  1B7M A;  1GBZ A;  2G4Q A;  1ZMY L;  4R6C A;  4BAP A;  1F6R A;  1HFY A;  1C43 A;  3N9C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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