5KXRA

Hen egg white lysozyme at 278k, data set 3
Total Genus 53

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI'1 (36-39)3H4 (120-124)AH1 (5-15)TII4 (124-127)TII1 (17-20)AH2 (25-36)3H1 (20-22)AH3 (88-100)TI3 (54-57)TI1 (39-42)TVIII1 (85-88)S1 (43-45)S2 (51-53)TI2 (46-49)TI4 (59-62)S3 (58-59)TI5 (60-63)TII2 (69-72)TI6 (74-77)TIV1 (66-69)3H2 (80-83)TIV2 (101-104)3H3 (104-107)AH4 (109-115)TII3 (115-118)O1 (118-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Gallus gallus
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 53
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxrA00
1QQYA 1OQMA 4HSFA 1LJFA 3LZ2A 3W3EA 2HEFA 3WYHA 1AKIA 1FDLY 3A8ZA 4ZIXA 5LYTA 1GB3A 4ZEEA 4FJRA 1TEWA 1YL1X 1LZAA 3IWRA 5KXLA 4G4BA 4H1PA 2C8OA 1JITA 3GXRA 1LMPA 1LZNA 1XEKA 2EKSC 3IJUA 1LOZA 1HF4A 1RE2A 1REMA 4KT3A 1RCMA 5M1YA 1JSFA 154LA 3QNGA 2BQBA 3LN2A 1IX0A 3A94A 1YKZX 2W1LA 5A3EA 2BQAA 1GE2A 4LGKA 4G49A 2PC2A 4LT3A 208LA 1BWHA 5DLAA 5F9UA 1LYZA 1KIQC 2MEIA 1ALCA 3G3AB 1LZEA 1IP6A 2BQMA 1D0MA 3EXDA 4NFVA 1HHLA 3AJNA 1BHZA 4YM8A 4NGLA 4WOAA 1LHIA 2N5ZA 1GF0A 5KXOA 1LZSA 1G7MC 1CJ6A 1NKHA 5B59A 1DI4A 2B5ZA 1UC0A 2FBBA 1UIAA 3T6UA 1YL0X 4NSGA 1WQQA 2BQNA 5HNLA 4EMNA 1OUJA 2XBRA 1IOCA 1PS5A 1GFRA 2HTXA 1LZTA 1IWZA 5LVIA 1IWXA 3G3BB 1LSDA 1LPIA 4XYYA 1LSEA 3W6FA 1GBOA 1JTPL 4HPEA 4TWSA 3WVYA 3GXKA 5HNCA 4RLMA 1VDSA 2XTHA 4WM6A 4CJ2A 4LYTA 4H91A 2Z2FA 3WXTA 5KXMA 134LA 1BQLY 3RU5A 1YAOA 5LAFA 3AGIA 2MEDA 4LYCA 2YBNA 1JWRA 1KIPC 4H93A 4H92A 1CKGA 1JKCA 4LYBA 4NEBA 4P2EA 2H9JA 1IC4Y 5EBHA 4WO6A 1KXYA 1QUSA 1HMLA 207LA 3SP3A 4H9EA 3QY4A 3W6DA 4WL6A 3IJVA 1GFUA 5KXSA 3N9CA 135LA 2BLXA 4DD1A 1OUIA 5FSTA 4NGZA 4KPMA 4NHTA 4X3BA 5KXTA 1IR7A 2Z37A 4ZFPA 3VWOA 1LKSA 5KXYA 5HQ1A 2YVBA 2ZQ4A 4GCFA 3A3QA 3BKVA 5C6LA 3P4ZA 1YKXX 1G7JC 4Z46A 1GE1A 3WUAA 4HJYA 2BQKA 2D4IA 1B0DA 3W6AA 3W6EA 3RNXA 4XJDA 4TSCA 4OWCA 3WU9A 2BQEA 1GB8A 4WM5A 1DI5A 1GE0A 4KL7A 2DQGY 1GEVA 1UIFA 1ZV5L 3QE8A 7LYZA 3F6ZA 1DQJC 1GF4A 3B0KA 1LYSA 2BQIA 3FE0A 4KXIA 6LYTA 5AMYA 1DXJA 1D9UA 1QTKA 1VDTA 1B7LA 1FN5A 5LXWA 1IR8A 4GN3A 1IWUA 4W94A 1F10A 1HELA 1AZFA 1LJEA 3OK0A 5E4PA 1WQNA 1GXV2 1LAAA 5L9JA 1F0WA 4BAPA 1FKQA 2CDSA 1A2YC 1TAYA 4J7VA 2LHMA 1GFHA 1GF8A 4OOOA 5D5CA 1IY4A 1XFPL 1B2KA 1LSCA 5I53A 2Y8PA 1BGIA 1J1PY 3WW6A 1A4VA 1JKDA 1CKHA 1HFYA 1JSEA 2VB1A 2Z39A 4GCBA 4WG7A 3CSQA 1LMCA 4WMGA 1BB3A 4YEMA 1NDGC 1OUBA 1B5YA 1JUGA 2LYOA 2D6BA 3EMSA 4Z3MA 5I4YA 5I4WA 4OW1A 1LMNA 4MCKA 5ILFA 194LA 1YAMA 1RI8B 1UICA 1UIBA 1IWTA 1BB6A 1GF3A 1TCYA 1D0LA 5ILCA 1XEJA 4XJBA 4RW1A 1CNSA 4XADA 1IWVA 2ZIJA 1YIKA 3TXFA 4IATA 1WVUA 1GFKA 1GE3A 1KIRC 2W1XA 4H9CA 2DQAA 1GAYA 1B7MA 1IWYA 1GDWA 4HJVA 4UWNA 4PRUA 133LA 1XGTC 1YILA 2AUBA 2A7FA 1LMAA 4TTDA 2MEHA 5KY1A 1GF6A 1NMMA 1LSMA 1B7SA 3TXKA 1LSNA 4U3XB 1IOSA 4HV2A 3TXDA 1QTEA 2YBLA 5C6JA 4QY9A 5K7OA 3WUNA 1FKVA 1GHLA 2DQDY 2DQCY 4N1CC 2BQHA 1JJ1A 4I8SA 4B4IA 4PRQA 1QIOA 3AZ5A 2I26L 5DL9A 5KJ9A 3MGWA 3TMWA 5DM9A 2BQOA 4H8YA 4Z41A 3HBHA 3ULRA 3RW8A 4H8XA 1BWJA 4LT1A 1T3PA 2BQJA 1ZVYB 4N5RA 3LHMA 5LVJA 1YQVY 3P64A 2MECA 1LZGA 2IHLA 1IR9A 1N4FA 1RFPA 3CSRA 3ZVQB 5E9RA 1IIZA 3A91A 1AT6A 1CJ7A 8LYZA 2I25L 4B4EA 1HEQA 1LHLA 1GAZA 1I20A 1GEZA 4MSTA 4OWHA 4LT2A 5LIOA 1GF5A 2ZNWY 3WULA 3A92A 4IJ4A 2XJWA 2BLYA 1C10A 2IFFY 4PGJB 4AXTA 1OUGA 1OUEA 5II3A 4LT0A 3TXIA 5IHGA 4PHIA 4RDSA 3CSZA 1HSWA 4ETEA 3LYOA 1UACY 1GWDA 1BWIA 2ZQ3A 1XGQC 4FDYA 4J0LA 3N9EA 4DD2A 1XEIA 5B07A 1HEPA 3B0OA 4WM4A 3W6BA 4N8ZA 4BADA 1NBYC 3AB6A 1TDYA 5FELA 4DDCA 2H9KA 1VFBC 1G7IC 4DWXA 1B5WA 2Z38A 3A96A 3K3TA 4J1AA 1D6PA 2Z18A 3HBDA 4TSBA 4WL7A 5F9XA 4B49A 2FYCA 3TXBA 4XJGA 4YOPA 4LYZA 4D9ZA 5J7CA 1B7NA 1DPXA 2RSCA 2BQLA 4B0DA 4G4CA 3J4GA 1OUAA 5C6IA 4ET8A 3M3UA 1ZMYL 3WPJA 1EQ5A 1DKKA 1H6MA 1GDXA 1ZVHL 2X0AA 1AM7A 2XBSA 4B4JA 4BAFA 4DD9A 3CT0A 1QDRA 2HEDA 1FBIX 1FLWA 1YROA 2F2NA 4OWAA 3FI7A 2EQLA 1VDPA 4H8ZA 4OWBA 5KXPA 1HENA 1IORA 2YBIA 1LZ6A 1GD6A 1QSAA 3HFMY 3W6CA 4NG8A 1IC5Y 2D4KA 1IVMA 3CT5A 1RJCB 1REZA 1UIEA 4NSJA 3WVXA 1B7PA 1VEDA 2WARA 1LHMA 1JHLA 3AW7A 4NHIA 5D5FA 4BS7A 4O34A 4NGKA 4HTQA 5JENB 3WW5A 1I1ZA 1JTTL 4DC4A 1HSXA 5KKJA 1JISA 1BB4A 1BVKC 4NG1A 5I54A 1FLQA 1NHEA 4WLYA 2DQFC 4DYGA 1W6ZA 1LZRA 3TMVA 1LMOA 1LJ4A 3WU7A 1C43A 4A7DA 1LHKA 1XSFA 2DBTA 4WM3A 1LZ4A 1IOTA 3WPLA 1B9OA 1JJ0A 4UWVA 4E3UA 4J1BA 1V7TA 1YAPA 1CJ8A 1LJGA 2A7DA 1WQRA 1FLYA 3AZ7A 2DQJY 4WG1A 1LYYA 4YENA 5F16A 5B05A 5LYZA 1EL1A 2Z12A 1IP1A 1SQ2L 1GPQC 3A3RX 1B5VA 4HP0A 1SLYA 2HEAA 4HV1A 5LAGA 2EIZC 1GB7A 3TXJA 4NY5A 1QUTA 3B0IA 3B72A 3TXGA 4N0JA 1GF7A 1JTOL 1LJHA 5LYMA 5KXNA 2YBJA 4HJZA 3WH1A 1DI3A 1IC7Y 2MEAA 4QGZA 1IEEA 2F4GA 5IDDA 2MEFA 1LSFA 132LA 1BB7A 1OUFA 1LKRA 2YSSC 5DN5A 1IP7A 1XGRC 1G7HC 4ET9A 1IOQA 1DPWA 1KXXA 1XGPC 1GFJA 2D4JA 4NGWA 1FLUA 5B1FA 3WU8A 4DT3A 4H94A 5LVKA 2MEBA 1EQ4A 3WXUA 5KXXA 3LYZA 4G4HA 1LSZA 4H9AA 1GBXA 3TXEA 153LA 4ETCA 1NBZC 2HU3A 4WO9A 3P68A 2YBMA 4XJIA 2BQFA 1GFAA 1YKYX 1NWGA 1OP9B 2BQDA 1JJ3A 3A90A 1BB5A 4R6CA 1LZCA 5F81A 1WQOA 5I4XA 2D91A 4B1AA 4R0FA 1B5UA 1LZ9A 5F14A 1HERA 5LA8A 2DQEY 1B7OA 1LJKA 2DQIY 1PZYA 1Z55A 2CJLA 1DZBX 2BAAA 2I6ZA 3AW6A 1LMQA 3E3DA 1HC0A 3HBEX 1LSBA 1LTMA 5B06A 1HFXA 4NWHA 1AT5A 3CQLA 3ATOA 3AZ4A 4NGIA 2ZIKA 1OUDA 4OWEA 2LYMA 3WPKA 3AGHA 1C08C 4QEQA 4GCDA 4NGJA 3N9AA 1UUZC 3TMUA 1TBYA 1C45A 1VAUA 1YAQA 4GCEA 4GLAA 4ETDA 1E8LA 1I56A 3ATNA 1NF5A 5T3FA 1BVXA 1C46A 4CFOA 3WUMA 4GCCA 2F4AA 3LZTA 5FHWA 5KXWA 1GFVA 1F6SA 1B7QA 4L41A 1JPOA 4C3WA 1HEMA 2Z19A 1CJ9A 5APFA 1B5XA 4NIJA 1OUHA 4GN5C 4HTNA 1D0KA 4NSIA 4XJHA 4C5FA 3AZ6A 4ETBA 2HEEA 1LHJA 2G4NA 2H5ZA 2YBHA 3A6BY 4H9BA 5LA5A 5FEKA 1GBWA 1LZBA 1GFTA 4WLTA 1GE4A 1LSGA 1B5ZA 3WL2A 1B7RA 2LZTA 1LJ3A 4TX7A 1LSPA 1UIDA 4GN4A 4NGYA 5KXZA 1UIGA 3CB7A 4DD7A 5LINA 1F6RA 1LSYA 4DDAA 2HUBA 1LJNA 1J1OY 4PPOA 4RLNA 1O23A 3D3DA 5HLLA 2W1YA 1HNLA 1KXWA 1CKDA 1IP4A 4N1EI 3WMKA 4CGEA 4N9RA 4CHXA 3M18B 5FDJA 4RW2A 3B6LA 2CWIA 1IP3A 3P66A 5HMJA 1QDTA 1V7SA 5APDA 4H90A 4DD3A 4MR1A 1CKCA 3RZ4A 2ZNXY 4DDBA 1MLCE 1WQMA 4I0CA 4CFPA 1LSAA 3A34A 5L3HA 2ZWBA 1GFGA 1HMKA 3AYQA 4XENA 3A93A 1HEOA 4LFXA 193LA 2LZ2A 1G7LC 1LMTA 2DQHY 3T36A 4DD0A 9LYZA 1NQIA 3CT1A 3J6KA 3KAMA 1P2CC 2W1MA 5APCA 1WVVA 1LJIA 1HEWA 6LYZA 2ZILA 3A6CY 1IO5A 1UIHA 1GFEA 4XN6A 4Z98A 4ETAA 1JKAA 1GXXA 1MELL 2FBDA 4HTKA 1CKFA 1REYA 4PJ2C 4QDNA 4H9IA 4W96A 4NGVA 5KKIA 3TXHA 4LZTA 4NHSA 1LJJA 5I5QA 1WQPA 1IWWA 5B1GA 2BQGA 1WTMA 4WM2A 2HEBA 2EPEA 1HFZA 4NGOA 3P65A 3EBAB 3AGGG 3LYTA 2F30A 4M4OA 1JKBA 4ML7A 4NHPA 1QSWA 4M6DA 1GBSA 4UWUA 5LVHA 1GB0A 2BPUA 2CGIA 2Q0MX 4XJFA 5FCPA 1C7PA 1WTNA 2ZYCA 1GBYA 3OJPA 5L3IA 1OUCA 4WM1A 1JEFA 2GV0A 2ZYPA 1XGUC 1W08A 1LZ5A 2BQCA 4G9SA 4YF2A 5KXRA 1IP5A 1GB2A 5IELA 3A67Y 4WLDA 4NWEA 1LHHA 1UBZA 3ZVQA 4LYOA 4WLXA 3LYMA 2YDGA 4TUNA 4EOFA 1UA6Y 2FYDA 1VDQA 1LZYA 1LZ1A 3A95A 2HECA 1IP2A 2MEGA 1T6VL 5KXKA 2NWDX 2G4PA 1UCOA 1LYOA 2Z2EA 4ANRA 1VATA 4IASA 5A3ZA 1JIYA 5APEA 1LCNA 1INUA 5DN4A 4HPIA 2LYZA 4H9FA 1J1XY 4LFPA 4II8A 4GLVA 2C8PA 2G4QA 4YEOA 1DKJA 1D6QA 4NSHA 1GB6A 1NDMC 4OOTA 1LZDA 3EO5A 4LYMA 4NHQA 5HMVA 3ZEKA 1GBZA 3D9AC 2MEEA 3BKHA 4H9HA 1EQEA 1LZ8A 1REXA 2DKVA 1GB9A 1YANA 3TMXA 4AGAA 1GB5A 3RT5X 2HU1A 1IY3A 1H87A 5LVGA 1GF9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OQMA 1L35A 3LZ2A 2HEFA 2OU8A 1AKIA 1C6IA 4ZIXA 177LA 1TEWA 1LYDA 4ARQA 3IWRA 5KXLA 4G4BA 1LMPA 2EKSC 3IJUA 4KT3A 1JSFA 154LA 166LA 2W1LA 5A3EA 1L95A 4G49A 4ARPA 1LYZA 4DQ7A 3G3AB 2B74A 3AJNA 1LHIA 2FBBA 1OUJA 1L66A 1QTBA 5LVIA 3G3BB 4W55A 4HPEA 4RLMA 1VDSA 2RBNA 3WXTA 219LA 1YAOA 5LAFA 2MEDA 4S0WA 1JKCA 4LYBA 2H9JA 1IC4Y 4WO6A 1GFUA 5KXSA 4NGZA 4KPMA 4NHTA 4X3BA 1QTHA 5KXTA 1IR7A 2Z37A 3VWOA 2RAZX 2ZQ4A 3A3QA 5C6LA 2OE9X 1G7JC 2D4IA 1B0DA 1D3NA 2B6ZA 1L00A 2DQGY 1ZV5L 120LA 3F6ZA 3FE0A 1DXJA 1LJEA 162LA 1WQNA 1GXV2 119LA 1ZYTA 3V2YA 1LSCA 2Y8PA 1BGIA 1A4VA 150LA 1BB3A 1C69A 1NDGC 1B5YA 2RB2X 5I4WA 1LI6A 1D0LA 1YIKA 1L38A 1KIRC 127LA 1L59A 3G3WA 1GDWA 4UWNA 1L30A 4PRUA 1YILA 2AUBA 196LA 3TXKA 1LSNA 1IOSA 4HV2A 4QY9A 3WUNA 4N1CC 2BQHA 2HULA 231LA 5LVJA 159LA 2MECA 220LA 2IHLA 109LA 217LA 5E9RA 3A91A 128LA 1GAZA 4MSTA 5LIOA 4IJ4A 2XJWA 230LA 3TXIA 5IHGA 2B6XA 1UACY 2ZQ3A 3GUOA 3G3XA 141LA 1G0PA 145LA 1L26A 3W6BA 1SSYA 1B5WA 4DQ5A 3K3TA 4J1AA 2Z18A 3OE6A 1CV5A 4ZPUA 1C6KA 4WL7A 4I7MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QQY A;  1OQM A;  4HSF A;  1LJF A;  3LZ2 A;  3W3E A;  2HEF A;  3WYH A;  1AKI A;  1FDL Y;  3A8Z A;  4ZIX A;  5LYT A;  1GB3 A;  4ZEE A;  4FJR A;  1TEW A;  1YL1 X;  1LZA A;  3IWR A;  5KXL A;  4G4B A;  4H1P A;  2C8O A;  1JIT A;  3GXR A;  1LMP A;  1LZN A;  1XEK A;  2EKS C;  3IJU A;  1LOZ A;  1HF4 A;  1RE2 A;  1REM A;  4KT3 A;  1RCM A;  5M1Y A;  1JSF A;  154L A;  3QNG A;  2BQB A;  3LN2 A;  1IX0 A;  3A94 A;  1YKZ X;  2W1L A;  5A3E A;  2BQA A;  1GE2 A;  4LGK A;  4G49 A;  2PC2 A;  4LT3 A;  208L A;  1BWH A;  5DLA A;  5F9U A;  1LYZ A;  1KIQ C;  2MEI A;  1ALC A;  3G3A B;  1LZE A;  1IP6 A;  2BQM A;  1D0M A;  3EXD A;  4NFV A;  1HHL A;  3AJN A;  1BHZ A;  4YM8 A;  4NGL A;  4WOA A;  1LHI A;  2N5Z A;  1GF0 A;  5KXO A;  1LZS A;  1G7M C;  1CJ6 A;  1NKH A;  5B59 A;  1DI4 A;  2B5Z A;  1UC0 A;  2FBB A;  1UIA A;  3T6U A;  1YL0 X;  4NSG A;  1WQQ A;  2BQN A;  5HNL A;  4EMN A;  1OUJ A;  2XBR A;  1IOC A;  1PS5 A;  1GFR A;  2HTX A;  1LZT A;  1IWZ A;  5LVI A;  1IWX A;  3G3B B;  1LSD A;  1LPI A;  4XYY A;  1LSE A;  3W6F A; 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 1JKA A;  1GXX A;  1MEL L;  2FBD A;  4HTK A;  1CKF A;  1REY A;  4PJ2 C;  4QDN A;  4H9I A;  4W96 A;  4NGV A;  5KKI A;  3TXH A;  4LZT A;  4NHS A;  1LJJ A;  5I5Q A;  1WQP A;  1IWW A;  5B1G A;  2BQG A;  1WTM A;  4WM2 A;  2HEB A;  2EPE A;  1HFZ A;  4NGO A;  3P65 A;  3EBA B;  3AGG G;  3LYT A;  2F30 A;  4M4O A;  1JKB A;  4ML7 A;  4NHP A;  1QSW A;  4M6D A;  1GBS A;  4UWU A;  5LVH A;  1GB0 A;  2BPU A;  2CGI A;  2Q0M X;  4XJF A;  5FCP A;  1C7P A;  1WTN A;  2ZYC A;  1GBY A;  3OJP A;  5L3I A;  1OUC A;  4WM1 A;  1JEF A;  2GV0 A;  2ZYP A;  1XGU C;  1W08 A;  1LZ5 A;  2BQC A;  4G9S A;  4YF2 A;  5KXR A;  1IP5 A;  1GB2 A;  5IEL A;  3A67 Y;  4WLD A;  4NWE A;  1LHH A;  1UBZ A;  3ZVQ A;  4LYO A;  4WLX A;  3LYM A;  2YDG A;  4TUN A;  4EOF A;  1UA6 Y;  2FYD A;  1VDQ A;  1LZY A;  1LZ1 A;  3A95 A;  2HEC A;  1IP2 A;  2MEG A;  1T6V L;  5KXK A;  2NWD X;  2G4P A;  1UCO A;  1LYO A;  2Z2E A;  4ANR A;  1VAT A;  4IAS A;  5A3Z A;  1JIY A;  5APE A;  1LCN A;  1INU A;  5DN4 A;  4HPI A;  2LYZ A;  4H9F A;  1J1X Y;  4LFP A;  4II8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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