5KXXA

Hen egg white lysozyme at 278k, data set 7
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Gallus gallus
molecule keywords Lysozyme C
total genus 55
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxxA00
3A94A 2MEEA 3AW6A 2C8OA 3W6AA 4NGIA 1IWTA 2D91A 3TMXA 2Q0MX 4PGJB 3A91A 3J6KA 4NEBA 1BWJA 3AYQA 1GE1A 5KXMA 4H9CA 2HTXA 1NF5A 6LYTA 4U3XB 3TMWA 3ATNA 4LYMA 1UUZC 5B1GA 1IWZA 1DI5A 3T6UA 3TXIA 1LKRA 2BQBA 1EQ4A 1GBOA 4N0JA 1WQRA 1HMKA 1EL1A 4LT0A 1GWDA 4MSTA 5LVKA 2DQDY 4DD1A 1GXXA 1GDWA 1T6VL 5DN4A 1IO5A 2F4AA 4XJIA 154LA 1UIGA 1OUDA 4LYBA 2LYZA 3A95A 1FDLY 1D0LA 1WQMA 4R6CA 3TXJA 2EIZC 1OUAA 1I20A 2BQEA 2W1LA 5DN5A 1GD6A 1GFVA 1JKCA 2YVBA 3A34A 3AGIA 1YKZX 2CJLA 5FDJA 1IWXA 5APDA 3TXKA 4ML7A 1CJ8A 3LYTA 4NGWA 1WQNA 5AMYA 1AT5A 3AZ5A 1GB2A 4J1BA 1BB5A 3LN2A 1LHKA 3VWOA 5LVHA 4YEOA 2H9JA 1GFTA 1BB4A 3WPLA 2Z37A 4G49A 4HV1A 1NWGA 4GCBA 1B2KA 5FHWA 1XEKA 4NSJA 1D9UA 4J7VA 4GCEA 1OUHA 1QQYA 3WW6A 1UIAA 5F9XA 4HP0A 3A96A 1XGPC 4B49A 1OUJA 1GF9A 3AJNA 4LGKA 5HQ1A 1UACY 2D4KA 1GFHA 4NG1A 3SP3A 1GFJA 1LSMA 1LZBA 1HEOA 2A7FA 1GBYA 5KXLA 4NGJA 4RLMA 3WPKA 1WQQA 1UBZA 3TXDA 4WM6A 1VFBC 2YDGA 2LZ2A 1ZMYL 4GLAA 4XJGA 1LSGA 1LSZA 2ZILA 3WYHA 4YM8A 1LZYA 2LYOA 3RNXA 4B4JA 2LYMA 1JSEA 4WL7A 4LZTA 3ULRA 1JHLA 5T3FA 4N5RA 3ZEKA 1TBYA 1B7OA 5II3A 1N4FA 1B7RA 4DC4A 5KXTA 1GAYA 4LT1A 1W08A 5DM9A 3MGWA 3P68A 1NBZC 2W1YA 4NGZA 3WL2A 3WULA 1JKBA 2MEDA 4W96A 4W94A 4BADA 5KXKA 1XGQC 3B72A 1JTPL 4XADA 4NSIA 134LA 1NDGC 1LJNA 3A3QA 1JTTL 1GB5A 4NHQA 1LJKA 4UWVA 1ALCA 5EBHA 1VEDA 4XJFA 1CNSA 1FLQA 4C3WA 1LJIA 3D9AC 4XENA 1LZAA 5LA5A 1DQJC 4DD2A 1BHZA 2ZQ3A 1OUGA 1GAZA 1BB6A 1JJ3A 1G7LC 2BQKA 3RZ4A 3LYOA 1REZA 1GFRA 5KXPA 4OOOA 2C8PA 2BQNA 1A4VA 2CDSA 3GXRA 3N9CA 2MECA 4KL7A 4CFOA 1FKQA 1GXV2 1LJFA 1VDSA 4QEQA 2W1MA 1XGUC 1KXXA 2BQJA 4HJVA 1DZBX 1YKYX 4I8SA 1D6PA 4GN4A 2RSCA 1WQPA 4N8ZA 1LPIA 1HFXA 4NHPA 3WPJA 4ET9A 1VDPA 4KT3A 4TX7A 1BWIA 4ETDA 4Z41A 3P4ZA 4XJDA 1KXYA 4AGAA 4PHIA 4NG8A 1LMAA 5LAGA 4DWXA 5KXNA 1YAMA 5FCPA 1RI8B 4OWAA 4NWEA 1GF0A 1QUSA 1V7TA 2MEHA 5C6LA 1GEZA 1LZ1A 3FI7A 1EQEA 4X3BA 1OUIA 4NHIA 1QTEA 3G3AB 1BQLY 1BVKC 1QSAA 1BB7A 1LZSA 1XFPL 2DQEY 4LFXA 4B0DA 2YBHA 3QNGA 1IVMA 1NKHA 4NGOA 2BQIA 1GEVA 3TMVA 1UA6Y 1GPQC 4KPMA 3M18B 1IP1A 2YBNA 4UWUA 1GF8A 5IDDA 1B5VA 5D5CA 3WU8A 1GE0A 1IP3A 4LYOA 1YILA 4Z46A 4IATA 1IR8A 4H1PA 1LJGA 2ZWBA 1KXWA 5JENB 1TCYA 5I5QA 1B5UA 3EXDA 3CT5A 1JITA 1LMOA 1GB7A 2DQFC 1OUEA 4Z98A 2FBBA 1FN5A 2MEFA 3P64A 3WUMA 1LMCA 2FBDA 1LZ8A 3EMSA 1LMPA 2D6BA 1INUA 4UWNA 4OWBA 4ZEEA 2VB1A 6LYZA 4DD9A 5KXYA 1B5ZA 3A3RX 3K3TA 4FDYA 1YROA 1JISA 3HBEX 1OQMA 1UIBA 4WM3A 3AB6A 2BPUA 2I6ZA 1D0KA 4GN5C 1LHJA 1HELA 2W1XA 4HTKA 3TMUA 1WVUA 4P2EA 3AW7A 1FBIX 4ETAA 1LSCA 3P66A 2BQOA 1IEEA 1LZ6A 3WUNA 1QDRA 2XBRA 4OWHA 1LHIA 2AUBA 3OK0A 5A3EA 4YEMA 3A90A 5FELA 1GF3A 2Z19A 3M3UA 3A8ZA 4FJRA 1HEPA 3A67Y 4H8YA 4WOAA 2F2NA 2Z39A 1GE2A 4ETCA 1B9OA 1GB6A 5F14A 1GFUA 1IWYA 5KXRA 3B0IA 2BQFA 2MEIA 1HHLA 1JKDA 4GLVA 3IWRA 1GB9A 4LYTA 2CWIA 5HNCA 2CGIA 4GCDA 1HEMA 2BQGA 1NQIA 1QUTA 5DL9A 2D4IA 1FLUA 1P2CC 1UIHA 1LZ4A 3A93A 4NIJA 1IC7Y 1UICA 2DQHY 4H9IA 4TTDA 4WM2A 1AKIA 1HFYA 1NHEA 1LKSA 3AZ7A 2XJWA 1D0MA 1JJ1A 1LMQA 4IJ4A 4M6DA 1C46A 1LSDA 2F30A 4H9AA 3TXBA 2IFFY 4XJHA 4WM4A 1CJ6A 2BQAA 5DLAA 1YANA 1IOCA 2DQIY 4CJ2A 5A3ZA 3WXTA 1G7IC 1BB3A 5APEA 1IR9A 3E3DA 1HC0A 3BKVA 3LZ2A 4RDSA 1JIYA 5HMJA 1DPWA 1JTOL 2LZTA 4OWCA 2FYCA 4LYZA 4NGYA 3LHMA 1HENA 4B4EA 1IP5A 4NWHA 1IR7A 1GF7A 1LSNA 3B6LA 4MR1A 2MEAA 1MELL 1LAAA 1YAQA 1B5XA 4EOFA 4I0CA 3W3EA 1KIRC 3A92A 3G3BB 4N9RA 132LA 4HTQA 1GF4A 1IY4A 1XGRC 2BQCA 4H9EA 4HJZA 5IHGA 1IP6A 1LYYA 3CSRA 3AZ6A 2YBMA 4TSCA 5I4WA 1F0WA 4R0FA 4PRUA 1QSWA 1LSYA 1GBZA 1C7PA 3WVYA 4LT2A 1LYOA 4HPEA 2EQLA 4C5FA 133LA 4HPIA 1JEFA 1NDMC 1CJ7A 2H5ZA 4OWEA 4NSHA 4MCKA 3AZ4A 5LYTA 5M1YA 194LA 2YBLA 3WU9A 1B7NA 4O34A 1C10A 1GF6A 5LIOA 2ZIJA 3CSQA 1QIOA 1SLYA 4XJBA 4ETEA 1LHHA 1G7JC 1LZEA 1LZNA 1OUBA 1YQVY 3WU7A 8LYZA 1VAUA 1IY3A 2ZYCA 1OP9B 1H6MA 2F4GA 1YIKA 1B7PA 2ZNWY 135LA 1LHMA 4G4HA 4J0LA 3EO5A 5B59A 2MEGA 1REYA 4NSGA 1LMNA 2DQCY 4LFPA 1GBWA 1I56A 1NMMA 2X0AA 3HBHA 4HJYA 4WLDA 4D9ZA 4ETBA 2HEBA 5D5FA 4H8ZA 2ZYPA 3CB7A 1DKKA 2DKVA 4NY5A 1HERA 3RW8A 1HFZA 1T3PA 2Z18A 3W6FA 4YF2A 4KXIA 3T36A 2HECA 1W6ZA 4G4BA 1F6SA 4DYGA 3ATOA 2I25L 4E3UA 4L41A 3GXKA 1B5YA 5KXXA 4DD7A 1ZVHL 1REMA 5B07A 5F9UA 1NBYC 3W6DA 1UIFA 2G4NA 4IASA 4TSBA 1WTNA 3A6CY 3CT0A 3KAMA 4NGLA 5C6JA 4LYCA 4QGZA 5KKIA 5ILCA 3B0OA 1IORA 2Z2FA 3P65A 4H90A 1GB3A 1J1XY 3ZVQB 5KKJA 2DQJY 1QTKA 1HEQA 2N5ZA 4WO9A 3ZVQA 5LAFA 4PPOA 4J1AA 2IHLA 3IJUA 2Z2EA 1LZRA 2Y8PA 1LSBA 4PRQA 1VDTA 3CQLA 5LYZA 3WXUA 4A7DA 1V7SA 207LA 4BAPA 1RJCB 1B7QA 4WL6A 4YOPA 2HU3A 5C6IA 3TXFA 3WMKA 3FE0A 1RFPA 153LA 2G4PA 1IX0A 1RE2A 4HSFA 1JPOA 4RW2A 3WH1A 1FLWA 1LHLA 4WG7A 4XYYA 1LYZA 3HBDA 5F16A 1LZ5A 2HEDA 5B06A 1KIPC 3A6BY 4AXTA 4DT3A 4QDNA 5LVJA 1YL1X 4DDAA 1CKFA 1LCNA 1LZGA 5HLLA 5LVIA 5IELA 7LYZA 3W6CA 5I4XA 4HV2A 1DI3A 4RW1A 3HFMY 5LA8A 5J7CA 3WUAA 1UC0A 1REXA 4H8XA 3W6EA 2BQMA 1LYSA 1HEWA 2BLXA 4WM5A 5HMVA 1DPXA 1IWUA 1B5WA 1JSFA 1HNLA 4XN6A 2HU1A 4ZFPA 5KY1A 5L3IA 1IWVA 1VATA 3N9EA 5KXOA 3WVXA 1GFKA 4EMNA 4Z3MA 1LSEA 1IOQA 1LSFA 1RCMA 5KXWA 2XTHA 1B7MA 1YL0X 5I4YA 193LA 1XEIA 2GV0A 1LJJA 4G4CA 4N1EI 1CKHA 1GB0A 1GDXA 1G7HC 2Z12A 5FSTA 1TEWA 5E4PA 3TXEA 4NHSA 2EPEA 1WQOA 1XGTC 5F81A 5ILFA 3LYZA 5L9JA 2YSSC 1AM7A 1BWHA 2YBIA 3CT1A 4GCFA 1GHLA 2ZQ4A 1AT6A 1LJEA 1UCOA 1XEJA 4RLNA 1HMLA 1E8LA 4B4IA 1MLCE 1F10A 1B7SA 3N9AA 4DDBA 4WLYA 5KXSA 4TWSA 5KXZA 4G9SA 4GN3A 4WMGA 4II8A 4H92A 1C08C 2NWDX 3RU5A 4QY9A 1J1PY 1ZVYB 1LMTA 2HEFA 1C45A 4CHXA 1JUGA 2LHMA 1LSAA 1PZYA 2A7DA 1LZDA 2I26L 208LA 2XBSA 3EBAB 3LYMA 3TXHA 5E9RA 1SQ2L 1IP2A 1AZFA 4H93A 1LZCA 4GCCA 1CJ9A 1OUCA 4WO6A 5L3HA 3WW5A 1IWWA 1IP7A 1GE4A 4OOTA 4BAFA 1ZV5L 1CKCA 2YBJA 3QE8A 1QDTA 1CKGA 2BLYA 4B1AA 1TDYA 4HTNA 4WLTA 2D4JA 1GFGA 4BS7A 3LZTA 4H9FA 1IIZA 4ET8A 1LZTA 4H94A 4N1CC 4PJ2C 1VDQA 4CGEA 1IOSA 4NFVA 4DD0A 2ZIKA 4NHTA 1GE3A 4CFPA 1C43A 1LJHA 2DQAA 1FKVA 1GB8A 1UIDA 5APCA 1CKDA 1D6QA 5LYMA 2G4QA 1B7LA 2BQHA 2PC2A 1IC5Y 4YENA 3AGGG 1GF5A 1Z55A 1GBXA 1OUFA 3BKHA 1YAPA 5HNLA 2Z38A 4WM1A 4H9BA 1I1ZA 1J1OY 1UIEA 4ANRA 1HF4A 2B5ZA 1YAOA 4WLXA 5KJ9A 1DI4A 5B1FA 1IP4A 4M4OA 1TAYA 3F6ZA 1DKJA 4NGKA 1DXJA 4WG1A 3TXGA 1YKXX 1HSXA 4NGVA 1LJ4A 4DDCA 3J4GA 2DQGY 3OJPA 2DBTA 4TUNA 5APFA 1JKAA 3RT5X 9LYZA 4DD3A 4ZIXA 5LXWA 2HEEA 3D3DA 3W6BA 2HUBA 5B05A 1IOTA 2BQDA 4LT3A 1JJ0A 1LTMA 5I53A 1LSPA 1IC4Y 1HSWA 2BQLA 1WVVA 4H91A 3CSZA 4OW1A 1XSFA 2MEBA 2HEAA 3IJVA 1G7MC 1O23A 5K7OA 1F6RA 1H87A 1LZ9A 2WARA 3QY4A 1GFEA 5I54A 5LINA 5FEKA 1GBSA 2BAAA 2ZNXY 1LJ3A 1EQ5A 1WTMA 4H9HA 1BVXA 1A2YC 2FYDA 1PS5A 1FLYA 1KIQC 1JWRA 1B0DA 5LVGA 1BGIA 1LOZA 1GFAA 2H9KA 3B0KA 2EKSC 3AGHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A94A 2C8OA 4PGJB 3AYQA 2HTXA 6LYTA 4U3XB 163LA 3ATNA 4N0JA 1P2RA 1T6VL 5DN4A 107LA 4LYBA 3NYAA 118LA 2EIZC 5DN5A 1GD6A 1GFVA 3A34A 3AGIA 220LA 1YKZX 4NGWA 3CDVA 1OVHA 1GFTA 2Z37A 4GCBA 4NSJA 1D9UA 2IGCA 165LA 4HP0A 3A96A 1XGPC 1C64A 2LCBA 1GFJA 1HEOA 171LA 4WM6A 1VFBC 1QTCA 1ZYTA 2ZILA 209LA 2LYOA 2Q9DA 3DMVA 1OV7A 4ARJA 4DC4A 1GAYA 1L21A 185LA 1W08A 3HT9A 2OTZX 4NSIA 134LA 110LA 1LJNA 4LZMA 1CNSA 1LYHA 137LA 1LJIA 3D9AC 3HH6A 4DD2A 1L33A 236LA 4DQ5A 1L0JA 4W53A 143LA 1G7LC 1L10A 3LYOA 2C8PA 2BQNA 1L20A 3GXRA 4CFOA 1FKQA 2BQJA 251LA 1DZBX 3F9LA 4GN4A 1LPIA 3QAKA 4NHPA 1BWIA 3P4ZA 4XJDA 1KXYA 1LMAA 3HDEA 1C6BA 1V7TA 3FI7A 1EQEA 3DN6A 1LZSA 108LA 1XFPL 3QNGA 3K2RA 1C6DA 2BQIA 1QSQA 1UA6Y 3M18B 2YBNA 4UWUA 5IDDA 1LI3A 1GE0A 1IP3A 4LYOA 1ZURA 1IR8A 1KY0A 2ZWBA 1TCYA 4Z98A 1FN5A 1LMCA 1LMPA 4ZEEA 4UWNA 6LYZA 162LA 3AB6A 2I6ZA 1LHJA 3TMUA 4P2EA 255LA 3P66A 2BQOA 1QDRA 2XBRA 1LHIA 2AUBA 3OK0A 1L96A 4H8YA 1L67A 2Z39A 3HUKA 1C66A 5HNCA 1G0KA 4GCDA 1LI2A 4TTDA 3AZ7A 4M6DA 1JJ1A 2IFFY 1KW5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A94 A;  2MEE A;  3AW6 A;  2C8O A;  3W6A A;  4NGI A;  1IWT A;  2D91 A;  3TMX A;  2Q0M X;  4PGJ B;  3A91 A;  3J6K A;  4NEB A;  1BWJ A;  3AYQ A;  1GE1 A;  5KXM A;  4H9C A;  2HTX A;  1NF5 A;  6LYT A;  4U3X B;  3TMW A;  3ATN A;  4LYM A;  1UUZ C;  5B1G A;  1IWZ A;  1DI5 A;  3T6U A;  3TXI A;  1LKR A;  2BQB A;  1EQ4 A;  1GBO A;  4N0J A;  1WQR A;  1HMK A;  1EL1 A;  4LT0 A;  1GWD A;  4MST A;  5LVK A;  2DQD Y;  4DD1 A;  1GXX A;  1GDW A;  1T6V L;  5DN4 A;  1IO5 A;  2F4A A;  4XJI A;  154L A;  1UIG A;  1OUD A;  4LYB A;  2LYZ A;  3A95 A;  1FDL Y;  1D0L A;  1WQM A;  4R6C A;  3TXJ A;  2EIZ C;  1OUA A;  1I20 A;  2BQE A;  2W1L A;  5DN5 A;  1GD6 A;  1GFV A;  1JKC A;  2YVB A;  3A34 A;  3AGI A;  1YKZ X;  2CJL A;  5FDJ A;  1IWX A;  5APD A;  3TXK A;  4ML7 A;  1CJ8 A;  3LYT A;  4NGW A;  1WQN A;  5AMY A;  1AT5 A;  3AZ5 A;  1GB2 A;  4J1B A;  1BB5 A;  3LN2 A;  1LHK A;  3VWO A;  5LVH A;  4YEO A;  2H9J A;  1GFT A;  1BB4 A;  3WPL A;  2Z37 A;  4G49 A;  4HV1 A;  1NWG A;  4GCB A;  1B2K A;  5FHW A;  1XEK A;  4NSJ A;  1D9U A; 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 1CKG A;  2BLY A;  4B1A A;  1TDY A;  4HTN A;  4WLT A;  2D4J A;  1GFG A;  4BS7 A;  3LZT A;  4H9F A;  1IIZ A;  4ET8 A;  1LZT A;  4H94 A;  4N1C C;  4PJ2 C;  1VDQ A;  4CGE A;  1IOS A;  4NFV A;  4DD0 A;  2ZIK A;  4NHT A;  1GE3 A;  4CFP A;  1C43 A;  1LJH A;  2DQA A;  1FKV A;  1GB8 A;  1UID A;  5APC A;  1CKD A;  1D6Q A;  5LYM A;  2G4Q A;  1B7L A;  2BQH A;  2PC2 A;  1IC5 Y;  4YEN A;  3AGG G;  1GF5 A;  1Z55 A;  1GBX A;  1OUF A;  3BKH A;  1YAP A;  5HNL A;  2Z38 A;  4WM1 A;  4H9B A;  1I1Z A;  1J1O Y;  1UIE A;  4ANR A;  1HF4 A;  2B5Z A;  1YAO A;  4WLX A;  5KJ9 A;  1DI4 A;  5B1F A;  1IP4 A;  4M4O A;  1TAY A;  3F6Z A;  1DKJ A;  4NGK A;  1DXJ A;  4WG1 A;  3TXG A;  1YKX X;  1HSX A;  4NGV A;  1LJ4 A;  4DDC A;  3J4G A;  2DQG Y;  3OJP A;  2DBT A;  4TUN A;  5APF A;  1JKA A;  3RT5 X;  9LYZ A;  4DD3 A;  4ZIX A;  5LXW A;  2HEE A;  3D3D A;  3W6B A;  2HUB A;  5B05 A;  1IOT A;  2BQD A;  4LT3 A;  1JJ0 A;  1LTM A;  5I53 A;  1LSP A;  1IC4 Y;  1HSW A;  2BQL A;  1WVV A;  4H91 A;  3CSZ A;  4OW1 A;  1XSF A;  2MEB A;  2HEA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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