5LAFA

Room temperature x-ray diffraction of tetragonal hewl with 1m of uridine. first data set (0.31 mgy)
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Uridine as a new scavenger for synchrotron-based structural biology techniques.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lafA00
4G4CA 1YKZX 1IP3A 4OWHA 1UIFA 3OJPA 3WPJA 3AZ7A 1GFHA 4NGJA 4R0FA 2EPEA 4RW1A 2HU3A 1IORA 1IR7A 2BQEA 1IX0A 1IOTA 1GB8A 4ETCA 1VAUA 1VDPA 3F6ZA 4XJIA 3AZ4A 1DKKA 3W6BA 2XTHA 1QSWA 4R6CA 1YL0X 2BQHA 5II3A 1J1OY 1NBYC 3T36A 3RNXA 1LMNA 1OUDA 2HUBA 2YVBA 1TBYA 3TXGA 3LHMA 2IHLA 2Y8PA 3CSQA 4DYGA 2I6ZA 2F4AA 1LZGA 208LA 5B07A 3SP3A 1PZYA 1VDSA 1XGQC 2W1MA 5FELA 4I0CA 3IJUA 2BLYA 1TEWA 4NGKA 3WW5A 2BQBA 1HENA 1LZDA 1HEOA 4Z46A 2DQAA 1HERA 4HV1A 5LIOA 4LYOA 2LZ2A 4WLTA 2CWIA 3LN2A 5DLAA 2D4KA 1B5ZA 4N1EI 3QNGA 3K3TA 4DD7A 2G4NA 4FJRA 4XJHA 1GB5A 4HPIA 5KXSA 2Z19A 1JKDA 4IJ4A 1GD6A 2YBJA 3A93A 4N5RA 1KXYA 2FBBA 4ML7A 1GE2A 1HSXA 2DQHY 1CKCA 2F4GA 5F9UA 3M3UA 4B0DA 4BAPA 1GBWA 1LJIA 1KIPC 1LKSA 1LZSA 1LSZA 1NKHA 1ZVYB 4WLXA 5DN5A 4I8SA 3A6CY 4GN5C 1OUFA 3WXUA 3MGWA 4DD3A 5ILFA 1LHLA 1DQJC 1OUGA 4WM2A 4WL7A 1FBIX 1CJ8A 2Z18A 2LYOA 2H5ZA 1XSFA 1GAYA 1N4FA 4GCBA 4MCKA 4NGLA 4NWHA 1EL1A 4UWUA 4WMGA 3TXBA 1B2KA 1C10A 1GFTA 4G4HA 4GN3A 3ULRA 1BQLY 1LSNA 4HP0A 1LZ6A 4L41A 1GDXA 3ATOA 4NWEA 1AZFA 5KXTA 3A91A 4DD9A 5C6IA 1HMKA 2YBMA 4MR1A 1LYSA 2ZYCA 3GXKA 4C3WA 4NGIA 1FLWA 2ZYPA 1LZCA 4NHTA 1B7OA 4NG1A 3G3AB 4YENA 5HMVA 1BB6A 2MEAA 1TCYA 5LINA 2BQCA 3P64A 4LZTA 3WULA 3TXEA 1AT6A 5KJ9A 2DBTA 3B72A 4GLAA 1F0WA 2Z37A 3EMSA 5I4YA 5B06A 1JTTL 3LZTA 4WG7A 2EIZC 5L3IA 1GDWA 1V7SA 1W08A 1FKQA 4AGAA 1LJNA 1IR8A 3WU8A 3W6EA 4WO6A 1IWXA 4LYBA 4QDNA 3LYMA 4WLDA 4H9FA 1B7LA 2DQGY 1A2YC 1LHKA 1A4VA 1LZ5A 1MELL 2HEEA 5LA8A 1LZ8A 4B4EA 1IOCA 5B05A 5APFA 5IDDA 1LMAA 3WMKA 3ZVQA 1GHLA 3A67Y 2BQJA 1IWUA 4WG1A 4Z41A 1ALCA 4NG8A 1KXWA 1OUIA 5KXOA 1IC5Y 4G4BA 1EQEA 3TXHA 4YM8A 1GBSA 4TUNA 3CQLA 1UACY 1BWIA 2H9JA 4N0JA 1UBZA 1B9OA 1IP1A 1C45A 4DT3A 1LJFA 4D9ZA 4IASA 1YAPA 1JPOA 1IEEA 1DI5A 1LMQA 1ZMYL 1CKHA 3EXDA 5A3ZA 1IY3A 2BAAA 2ZQ4A 1BGIA 1JKCA 2AUBA 1RI8B 2DKVA 1WTNA 1IR9A 1D6QA 1LTMA 4HTNA 1GBZA 4HSFA 1LSBA 1YANA 4QEQA 1TDYA 3IWRA 5LVJA 1CKFA 4NSIA 5DM9A 4CJ2A 1FN5A 1MLCE 1UC0A 1NMMA 4M6DA 1IWZA 1IY4A 1LYZA 1IP5A 1B7RA 3A3QA 1UA6Y 1HEMA 1ZVHL 4H9IA 2G4QA 4LFXA 3WU7A 1P2CC 3VWOA 1AT5A 1NDGC 1GF4A 5HNLA 4QY9A 4XJGA 1GFGA 1ZV5L 3HFMY 1XGRC 4DWXA 1IO5A 3EO5A 1IWYA 2BQMA 3W3EA 4XJFA 5LAFA 1EQ5A 1F6SA 3G3BB 3WUAA 1IOSA 5LA5A 3HBHA 2GV0A 3T6UA 1LZBA 3ZEKA 4HTQA 1OUHA 1JJ1A 2A7FA 4NHSA 1D0MA 5KXYA 4E3UA 5FCPA 5APEA 5AMYA 5HMJA 5HQ1A 2BLXA 2MEFA 4H9HA 5KY1A 1EQ4A 1FLUA 1WQPA 2WARA 4NFVA 4B1AA 1JJ0A 1GBXA 4J1AA 2HECA 1BWHA 1GF0A 1XGTC 2X0AA 4NGWA 4NY5A 1NQIA 4DC4A 1DI4A 1GB2A 5KXWA 1LSYA 1LZ4A 1LCNA 3CT1A 1B7SA 1G7HC 4B49A 4YF2A 4H9BA 4KT3A 4ETAA 1OUJA 2W1XA 3WPLA 3WW6A 1LMTA 1JIYA 5IELA 1G7MC 4GCCA 1IWTA 1W6ZA 3WXTA 2HTXA 4UWVA 1OUEA 1GB3A 3TXIA 1NWGA 1LHJA 4Z3MA 1QUTA 1GFKA 2I25L 4RLNA 4KPMA 3A6BY 1GB9A 1LSFA 3EBAB 3ZVQB 1JKBA 133LA 2LYMA 1GXXA 2ZIJA 4QGZA 3WVYA 1QQYA 2B5ZA 4WM5A 4H92A 1UUZC 2HEDA 4U3XB 4TWSA 1GE0A 3HBEX 1KXXA 1V7TA 4W94A 2BQKA 1LJ3A 4DDBA 3TXKA 1IP2A 1IOQA 4H93A 4B4IA 1B7MA 1NDMC 5LVKA 4M4OA 2W1YA 2YBHA 5DN4A 3P68A 4YOPA 4EOFA 2YSSC 3CT0A 5I4WA 2Z2EA 1LYOA 5L3HA 4CFOA 3E3DA 2Z38A 3D3DA 2D91A 4LT2A 1GBOA 4XYYA 1UICA 1GFJA 2EKSC 5T3FA 2DQIY 3W6FA 4ZEEA 3WYHA 6LYTA 4G49A 3B0IA 1GE3A 4GLVA 5KXKA 1LJ4A 2BQGA 1LZEA 4J0LA 4NGVA 1LZRA 1XEJA 1IP7A 2I26L 4GCEA 2YBLA 1LMOA 3AGGG 2BQAA 2ZIKA 3P65A 1LSMA 1GB0A 1FDLY 5A3EA 3P66A 2DQEY 2BQOA 2DQJY 2H9KA 4TSBA 1HC0A 3RZ4A 1GE4A 5I53A 1YROA 4WLYA 2LYZA 1OP9B 2Z39A 1UIAA 1REMA 2BQIA 1BVXA 3GXRA 4OW1A 4LT1A 4DDCA 1C08C 2LZTA 1DI3A 5IHGA 2HU1A 1LOZA 2A7DA 4WM4A 2XBSA 1TAYA 3QY4A 5FHWA 5LXWA 1FLQA 1LSDA 4LT0A 1BB7A 2Z12A 1D9UA 1C43A 2D4JA 3M18B 4CGEA 1CKGA 5LYMA 1B7NA 1IWVA 3A34A 3RT5X 1LSGA 2D4IA 2F30A 4EMNA 3AZ5A 5E9RA 3IJVA 1I56A 3BKHA 1JHLA 1AM7A 1HFXA 3AW6A 3B0OA 2MEHA 3A3RX 1YKYX 2DQDY 1JKAA 2XBRA 5I4XA 1GF6A 3OK0A 4N9RA 1YAMA 2EQLA 154LA 1WQQA 5APCA 1LSCA 1DXJA 4LYMA 5C6LA 1XGPC 4FDYA 4C5FA 1E8LA 1HEQA 1F10A 4CHXA 1B7PA 1RCMA 1LMCA 1GFAA 1G7JC 4HJYA 1Z55A 4NEBA 3CT5A 2MEDA 1AKIA 1CNSA 4P2EA 4KXIA 1OUCA 4DD1A 2PC2A 1JSFA 8LYZA 5I5QA 4NHIA 4HPEA 1GAZA 1JTOL 3LYOA 5HNCA 1HFYA 1YAOA 3A94A 1T3PA 1HSWA 2BQLA 1IC4Y 3P4ZA 4H8YA 4XADA 1B0DA 5KKJA 5HLLA 4H90A 2BQNA 1DPWA 5FDJA 2F2NA 2HEBA 2VB1A 4RDSA 5LAGA 1HEWA 1GFUA 3A90A 1GPQC 193LA 4W96A 4YEMA 2MEEA 5KXZA 4NSJA 1D0KA 1JJ3A 2ZNXY 1HMLA 1LSAA 5F16A 4CFPA 2ZWBA 1XEKA 1QTKA 1PS5A 4J7VA 1NHEA 4OWBA 4PGJB 4NSGA 4PRUA 4RW2A 4H9EA 1NF5A 1JWRA 2DQCY 3LZ2A 4ET8A 3LYZA 1BB3A 2RSCA 2MECA 5LVIA 2CJLA 2CDSA 1REZA 1HNLA 4PHIA 1GE1A 1QSAA 1JISA 132LA 4LFPA 4N8ZA 5C6JA 1IP4A 3TMVA 4X3BA 4PRQA 1IWWA 1J1PY 1GFRA 4NIJA 2MEIA 4PJ2C 1FLYA 1LJJA 1VDTA 2HEAA 1VDQA 4KL7A 194LA 1BB5A 5FSTA 4HV2A 7LYZA 5ILCA 5D5FA 3FI7A 4UWNA 1WQMA 2Q0MX 1LZTA 1IC7Y 4BAFA 5F14A 1WVVA 3BKVA 1RE2A 3TMXA 3TXJA 1LHIA 2DQFC 2NWDX 3B6LA 4OOTA 3W6AA 1IP6A 4ETEA 4GCFA 3W6CA 4OOOA 2LHMA 3CB7A 1LYYA 2G4PA 5LYZA 3WUNA 4B4JA 5L9JA 3J6KA 4PPOA 4ETDA 5JENB 3CSRA 1DKJA 4LYTA 2Z2FA 2XJWA 1LSEA 1SQ2L 4TTDA 1UIDA 4H9AA 4DD2A 2BQFA 1LZAA 4OWEA 1LZYA 4XENA 1LHHA 1KIQC 1YIKA 4NSHA 1KIRC 4N1CC 3D9AC 4H1PA 1B5WA 2C8OA 4MSTA 5KXLA 3TMUA 4XJBA 3W6DA 2D6BA 5KXPA 3WPKA 5I54A 1GEVA 3A8ZA 2IFFY 1G7IC 1LJHA 4NGZA 6LYZA 4NHQA 3TMWA 1DZBX 5KKIA 1WQNA 1XFPL 2YBNA 4H9CA 1FKVA 1J1XY 4YEOA 3WH1A 4HJVA 1B5YA 2C8PA 3WL2A 4O34A 4ETBA 1GEZA 3N9CA 4LT3A 4OWAA 1QDRA 4HTKA 4II8A 1GWDA 4TSCA 1REYA 2BQDA 3RW8A 2W1LA 3N9EA 1LMPA 1OUBA 4G9SA 1D6PA 5KXNA 4A7DA 1GF7A 1DPXA 1GFEA 4BS7A 1JITA 1H6MA 1QTEA 5LYTA 1VEDA 1F6RA 5FEKA 1LSPA 1UIGA 2CGIA 3N9AA 4LGKA 4H91A 1GF8A 4Z98A 4ZFPA 5K7OA 4HJZA 1GB7A 3TXFA 1GB6A 1BB4A 1LZ1A 4NGYA 3WU9A 1C46A 2MEGA 4H94A 2YDGA 1YL1X 5E4PA 3ATNA 3LYTA 1B5VA 1LJGA 1GF9A 1LZ9A 2ZILA 3A95A 1YAQA 4J1BA 1T6VL 4GCDA 1HFZA 1B5XA 1OQMA 2MEBA 5DL9A 1RJCB 5F81A 4DD0A 1G7LC 1UCOA 4IATA 1CJ9A 1QDTA 1LHMA 4LYCA 4DDAA 1HELA 3TXDA 5M1YA 3A92A 1JTPL 3WVXA 1WQRA 4H8XA 1GF5A 2FYDA 3AGIA 9LYZA 1B7QA 134LA 1BHZA 5B59A 2HEFA 3FE0A 1INUA 4RLMA 3CSZA 1IVMA 3A96A 4WL6A 1VATA 5KXXA 135LA 1OUAA 1UIEA 1JUGA 1XEIA 4ZIXA 3AZ6A 5LVGA 4OWCA 4GN4A 1WQOA 1WVUA 4ET9A 4WM1A 5D5CA 3KAMA 3B0KA 1BWJA 4ANRA 3WUMA 3AGHA 1NBZC 1QIOA 5J7CA 153LA 1XGUC 1SLYA 2N5ZA 2ZQ3A 4LYZA 4TX7A 5KXRA 1UIHA 4AXTA 1VFBC 1HF4A 2BPUA 1BVKC 1LJEA 1CKDA 5B1GA 1H87A 1I1ZA 4NGOA 1GBYA 1GXV2 1YILA 3AW7A 5B1FA 1CJ6A 3AJNA 3J4GA 1B5UA 4WM3A 3AYQA 5KXMA 1C7PA 1D0LA 1LPIA 3QE8A 1CJ7A 1JEFA 207LA 1YQVY 4BADA 4WM6A 1QUSA 3RU5A 1WTMA 2FBDA 1GFVA 1REXA 4WO9A 4XN6A 1HHLA 3AB6A 1GF3A 1RFPA 1UIBA 1LAAA 2YBIA 1LZNA 4NHPA 2ZNWY 2FYCA 1O23A 4XJDA 5EBHA 4WOAA 5F9XA 5LVHA 3HBDA 5APDA 1I20A 1JSEA 1YKXX 1HEPA 1IIZA 4H8ZA 1LJKA 1LKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YKZX 3OJPA 3UONA 1GFHA 4R0FA 4RW1A 2HU3A 1IR7A 2BQEA 1IX0A 1PQJA 1VAUA 3HH6A 1QUGA 5II3A 113LA 3HTBA 2NTHA 3RNXA 3DN4A 1LMNA 2HUBA 1C6PA 3EMLA 1C6LA 2F4AA 2Z6BA 3SP3A 1L18A 3IJUA 4NGKA 3WW5A 2B7XA 4WLTA 2OEAX 1B5ZA 4DD7A 4LDLA 3NY9A 4FJRA 1GB5A 2Z19A 3HT7A 4IJ4A 1GD6A 2YBJA 4B0DA 189LA 5DN5A 1L65A 150LA 4WLXA 3A6CY 4GN5C 1OUFA 1EPYA 3MGWA 4DD3A 1DQJC 4W57A 4WL7A 1QT6A 1N4FA 4WMGA 4GCBA 4MCKA 4NGLA 4UWUA 1B2KA 3ULRA 1LSNA 3ATOA 4DD9A 1HMKA 5LZMA 2B6YA 205LA 4NGIA 1L16A 5LINA 3P64A 1F0WA 2Z37A 1D3NA 5B06A 186LA 1L89A 4WG7A 2EIZC 1LJNA 3W6EA 1L04A 4W54A 230LA 2DQGY 2O79A 1MELL 1A4VA 5LA8A 5B05A 1LMAA 1L10A 1IWUA 1L32A 1EQEA 211LA 4DJHA 4TUNA 1T8AA 2H9JA 1IP1A 1L97A 3C83A 4I7NA 1JPOA 1IEEA 1C6AA 1IY3A 1LI3A 2Q9DA 2AUBA 1IR9A 1PQMA 3CDQA 1YANA 1TDYA 3IWRA 164LA 1FN5A 1UC0A 1NMMA 1L23A 1UA6Y 1HEMA 1ZVHL 1L49A 4H9IA 1I6SA 1GF4A 4QY9A 4XJGA 4DWXA 1L26A 3W3EA 4XJFA 3K2RA 158LA 1EQ5A 1F6SA 226LA 1L80A 2GV0A 3HBHA 166LA 1LZBA 4I7PA 4NHSA 1D0MA 5FCPA 5AMYA 1D9WA 4B1AA 1L85A 2HECA 4NY5A 4DC4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4G4C A;  1YKZ X;  1IP3 A;  4OWH A;  1UIF A;  3OJP A;  3WPJ A;  3AZ7 A;  1GFH A;  4NGJ A;  4R0F A;  2EPE A;  4RW1 A;  2HU3 A;  1IOR A;  1IR7 A;  2BQE A;  1IX0 A;  1IOT A;  1GB8 A;  4ETC A;  1VAU A;  1VDP A;  3F6Z A;  4XJI A;  3AZ4 A;  1DKK A;  3W6B A;  2XTH A;  1QSW A;  4R6C A;  1YL0 X;  2BQH A;  5II3 A;  1J1O Y;  1NBY C;  3T36 A;  3RNX A;  1LMN A;  1OUD A;  2HUB A;  2YVB A;  1TBY A;  3TXG A;  3LHM A;  2IHL A;  2Y8P A;  3CSQ A;  4DYG A;  2I6Z A;  2F4A A;  1LZG A;  208L A;  5B07 A;  3SP3 A;  1PZY A;  1VDS A;  1XGQ C;  2W1M A;  5FEL A;  4I0C A;  3IJU A;  2BLY A;  1TEW A;  4NGK A;  3WW5 A;  2BQB A;  1HEN A;  1LZD A;  1HEO A;  4Z46 A;  2DQA A;  1HER A;  4HV1 A;  5LIO A;  4LYO A;  2LZ2 A;  4WLT A;  2CWI A;  3LN2 A;  5DLA A;  2D4K A;  1B5Z A;  4N1E I;  3QNG A;  3K3T A;  4DD7 A;  2G4N A;  4FJR A;  4XJH A;  1GB5 A;  4HPI A;  5KXS A;  2Z19 A;  1JKD A;  4IJ4 A;  1GD6 A;  2YBJ A;  3A93 A;  4N5R A;  1KXY A;  2FBB A;  4ML7 A;  1GE2 A;  1HSX A;  2DQH Y;  1CKC A;  2F4G A;  5F9U A;  3M3U A;  4B0D A;  4BAP A; 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 3A95 A;  1YAQ A;  4J1B A;  1T6V L;  4GCD A;  1HFZ A;  1B5X A;  1OQM A;  2MEB A;  5DL9 A;  1RJC B;  5F81 A;  4DD0 A;  1G7L C;  1UCO A;  4IAT A;  1CJ9 A;  1QDT A;  1LHM A;  4LYC A;  4DDA A;  1HEL A;  3TXD A;  5M1Y A;  3A92 A;  1JTP L;  3WVX A;  1WQR A;  4H8X A;  1GF5 A;  2FYD A;  3AGI A;  9LYZ A;  1B7Q A;  134L A;  1BHZ A;  5B59 A;  2HEF A;  3FE0 A;  1INU A;  4RLM A;  3CSZ A;  1IVM A;  3A96 A;  4WL6 A;  1VAT A;  5KXX A;  135L A;  1OUA A;  1UIE A;  1JUG A;  1XEI A;  4ZIX A;  3AZ6 A;  5LVG A;  4OWC A;  4GN4 A;  1WQO A;  1WVU A;  4ET9 A;  4WM1 A;  5D5C A;  3KAM A;  3B0K A;  1BWJ A;  4ANR A;  3WUM A;  3AGH A;  1NBZ C;  1QIO A;  5J7C A;  153L A;  1XGU C;  1SLY A;  2N5Z A;  2ZQ3 A;  4LYZ A;  4TX7 A;  5KXR A;  1UIH A;  4AXT A;  1VFB C;  1HF4 A;  2BPU A;  1BVK C;  1LJE A;  1CKD A;  5B1G A;  1H87 A;  1I1Z A;  4NGO A;  1GBY A;  1GXV 2;  1YIL A;  3AW7 A;  5B1F A;  1CJ6 A;  3AJN A;  3J4G A;  1B5U A;  4WM3 A;  3AYQ A;  5KXM A;  1C7P A;  1D0L A;  1LPI A;  3QE8 A;  1CJ7 A;  1JEF A;  207L A;  1YQV Y;  4BAD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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