5LAGA

Room temperature x-ray diffraction of tetragonal hewl with 1m of uridine. second data set (0.62 mgy)
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Uridine as a new scavenger for synchrotron-based structural biology techniques.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lagA00
1MELL 4G9SA 3M18B 4NHQA 5I4XA 1WVUA 3WU9A 5LA5A 153LA 1G7LC 1XEKA 3CB7A 4I8SA 3WXUA 4NHSA 1LHJA 1JTOL 1DKJA 2PC2A 3B72A 4ANRA 5DN4A 2G4PA 5L9JA 1JIYA 3AJNA 4W96A 2HEAA 4BAPA 4B4IA 4RLMA 1P2CC 4HP0A 1IOTA 1IP5A 1NF5A 2ZIKA 5E4PA 1LSZA 4H1PA 1GF5A 4PGJB 4YF2A 1WQQA 1ZV5L 2BQGA 1HENA 2EIZC 2ZNXY 1IP6A 5DL9A 2BQEA 2BQFA 2XJWA 1GFGA 1WTMA 3TXKA 1GPQC 1DPXA 1J1OY 4OW1A 1XGUC 1UIFA 2BQJA 1WQRA 4LYMA 1CKDA 1UBZA 1F10A 1REYA 5B07A 2ZILA 4HPEA 4OWCA 1IVMA 1SQ2L 1LKSA 3TMUA 5KXSA 4RW2A 2H9JA 3ATNA 5I4YA 1I56A 3RNXA 4I0CA 3ZVQB 3KAMA 4HV2A 4B4JA 3B6LA 1LHLA 1CJ8A 1LKRA 2EPEA 1JKBA 1UC0A 4O34A 1IR8A 2NWDX 3TXFA 4TUNA 2MEBA 3SP3A 5A3ZA 3AB6A 1HEWA 1JTPL 3AGHA 2BQNA 1IP4A 3MGWA 2Z39A 1LZRA 1BWIA 3W3EA 5A3EA 1B7OA 1GBXA 1GFRA 1GF8A 5HMVA 1UIEA 1LZNA 1BWJA 2D4JA 2MEAA 4KT3A 1HNLA 4PJ2C 4AGAA 1LJIA 1VAUA 2BPUA 1GFAA 2LYZA 1GXV2 3TMVA 1IWXA 6LYZA 1D0LA 1VDPA 1NBZC 4WG1A 2AUBA 4M6DA 4CGEA 2Z18A 4P2EA 1GF0A 4OWHA 4HJZA 2HUBA 5B1GA 1VFBC 5C6LA 1B7MA 1LZAA 4WLTA 2DQJY 2Z2FA 2YBHA 5KXNA 4A7DA 1GB7A 4N9RA 2FYDA 3W6DA 1YQVY 1E8LA 2BQBA 1UIBA 4M4OA 3B0KA 4WM4A 1B5YA 1GF6A 4HTKA 2HEFA 1B0DA 2XTHA 3HBEX 1NBYC 1LZTA 1PS5A 1IIZA 1LSDA 4N5RA 1LZ8A 5E9RA 5IDDA 3HBDA 1B2KA 3A8ZA 3EMSA 1OUDA 3LHMA 1J1PY 1YAMA 2Z12A 4E3UA 1LJHA 2D4KA 4W94A 4J7VA 5KXPA 1GB6A 4B1AA 1GBZA 3A67Y 1LJGA 3LZ2A 1VDSA 1G7IC 2H9KA 4H94A 4N0JA 1LZ6A 1DI4A 1HC0A 1KXXA 1IP2A 3F6ZA 1HEMA 1IWWA 4ZEEA 5F9XA 1HHLA 1VDQA 4B49A 1JWRA 4NEBA 4Z46A 2Z19A 4NIJA 5D5CA 4CFOA 4XJFA 4H92A 4C3WA 1REZA 1XFPL 1JSEA 3A95A 4GLAA 1NDGC 1B7RA 4ZFPA 4ML7A 3CSRA 1WQNA 2MEGA 3A92A 1RE2A 1CKHA 1GHLA 4ETAA 1G7JC 1LSMA 4DD7A 5D5FA 1A2YC 1GDWA 1VDTA 1YAOA 1LCNA 3RW8A 4DC4A 1WTNA 1IP3A 1GE2A 1HSXA 1YAPA 2Z37A 4NFVA 5ILFA 1XEJA 1QUTA 1GF3A 1IWTA 4X3BA 2ZQ3A 4PRQA 3W6AA 4R6CA 1LHIA 5KXZA 1AKIA 1JSFA 4B4EA 3WVYA 2MEHA 3CT0A 1D0MA 1V7SA 3LYMA 4NGZA 2FBBA 5T3FA 1QIOA 1OUIA 1UIAA 1QUSA 5F16A 4H91A 4NWHA 4DDCA 4FDYA 1B7QA 2HEBA 1IC7Y 1OP9B 2BLXA 4H8YA 194LA 1XGRC 1IC5Y 1RCMA 4DD3A 5KJ9A 2ZNWY 3A3QA 4DT3A 4H93A 3A6CY 5IHGA 2EQLA 3WVXA 4YEOA 2Y8PA 5FELA 1LSFA 1GWDA 1NMMA 4WM1A 4HPIA 2H5ZA 1VATA 1DXJA 4G4BA 3A93A 1FN5A 3ULRA 2DQGY 1BB3A 1OUHA 3WUAA 4QY9A 1C10A 1TBYA 2BQMA 4HSFA 1I20A 4CHXA 9LYZA 2HEDA 4GCDA 3WW5A 4DD0A 1FLYA 1YROA 1LSCA 1YAQA 4LT2A 1IOCA 1B7LA 2A7DA 4TSBA 3WULA 2YBLA 1CJ6A 1JITA 1GE1A 2F4GA 4H9EA 4MCKA 1AT5A 1LMQA 4NG8A 1JPOA 1BGIA 1YL0X 4LYZA 3T36A 1LJNA 1LZ9A 1LSNA 1LZSA 4ET9A 1GEZA 1C45A 5KXRA 4B0DA 1EQEA 1GAYA 2LZTA 3LYOA 1IEEA 4LFXA 1NKHA 1IP1A 1JJ0A 1GE0A 1KXWA 4GN4A 1LMPA 4N1CC 2DQAA 4H9AA 4NSJA 4OOOA 4WM2A 1GB5A 1UACY 4ETEA 1LZ5A 4CFPA 4XYYA 1Z55A 2D91A 1F6RA 4PRUA 4WLDA 5LYZA 5I5QA 4NGLA 3M3UA 5FDJA 4Z41A 132LA 3ZEKA 3N9CA 1GBOA 1ZMYL 3W6EA 1LZ1A 1TEWA 2LHMA 1B9OA 3A3RX 1LMCA 1LZGA 4IASA 1LJ4A 1BB6A 1GDXA 4WM5A 1H87A 4WO6A 2Z2EA 2BQKA 4WLYA 1B5WA 1C43A 1V7TA 2N5ZA 2YBIA 3WUMA 4WL6A 4BS7A 1LTMA 1RJCB 5HQ1A 5LXWA 1GFUA 2ZWBA 3TXEA 4TSCA 4LFPA 135LA 1GB0A 5DLAA 5FHWA 2F2NA 4NHTA 2IHLA 4XJHA 2W1MA 5II3A 154LA 1ALCA 2CDSA 1JEFA 4PPOA 5B59A 1IORA 2MEEA 4IJ4A 4NSGA 4OOTA 8LYZA 1HFXA 2HU1A 2BQAA 2BQCA 4DYGA 5LVGA 1AM7A 2EKSC 2YDGA 4N8ZA 2MEFA 4OWBA 4WG7A 1FKQA 1OUJA 4KPMA 4MR1A 5KXWA 2F30A 1GF9A 3B0OA 4XN6A 133LA 4NGKA 1LHKA 1C46A 1LZCA 2G4NA 1C08C 4TWSA 3AZ4A 2HU3A 2CGIA 2C8PA 2CWIA 1HERA 4KL7A 1B5UA 1HEPA 1WQMA 3ATOA 1XGQC 3QY4A 2I25L 5I54A 4WLXA 1WQOA 3A34A 1GB3A 1DZBX 2BQDA 2GV0A 4UWUA 1CNSA 5APDA 1GF7A 3G3BB 5LAFA 3AYQA 2I6ZA 4IATA 1FBIX 2W1LA 3EO5A 5KKJA 4H8XA 5LVKA 5HMJA 1GFVA 4DD9A 2X0AA 1YANA 3HFMY 1EL1A 1LZYA 1TDYA 4NGOA 4NWEA 4NSIA 3TXGA 4N1EI 4NGWA 4ETCA 1OUEA 2DQEY 3W6BA 2MECA 1LSGA 2WARA 3TXJA 1BWHA 3D3DA 4XENA 1HF4A 1OUAA 1IWUA 4H9FA 1IR7A 1B5ZA 3AW7A 2ZIJA 4R0FA 1AT6A 1GE4A 1HMKA 5C6IA 1OUFA 3P68A 1LSEA 1QSWA 4NHPA 3BKHA 3WPJA 2YSSC 4EMNA 1IR9A 1JISA 1UICA 2FBDA 2YBNA 4H9BA 2YBJA 4LYCA 1KIPC 1H6MA 1LPIA 1JJ1A 1BB5A 1DKKA 3TXDA 5KXLA 3OJPA 4NG1A 1BB7A 1LMAA 4U3XB 2XBSA 5KXKA 5LVHA 4QDNA 4LYTA 1IX0A 3AZ7A 1LYSA 207LA 3AZ6A 1JTTL 4LT3A 1GB2A 2G4QA 4H8ZA 1GFKA 1FKVA 4EOFA 1BHZA 3WYHA 4Z98A 2YVBA 4GN5C 4KXIA 3LYZA 4TTDA 3RU5A 3CSZA 2DQDY 1SLYA 1IP7A 2HECA 3WMKA 3W6CA 3QE8A 1LOZA 3AGIA 1CJ9A 1EQ4A 5LVIA 1JUGA 1QTEA 1LMNA 5I53A 1GD6A 2YBMA 5KXTA 4H9HA 1QDTA 1GE3A 4ETBA 1W6ZA 3IJVA 3A96A 1B5VA 3A90A 5B06A 1GB9A 2BLYA 5L3HA 1LSYA 4NGYA 4D9ZA 1CKCA 5FSTA 1HFYA 3J4GA 1B5XA 4H9IA 1XGTC 1GAZA 1DPWA 4RLNA 5HLLA 3WUNA 4XADA 1D9UA 3D9AC 1B7SA 1UCOA 4BADA 4OWAA 1PZYA 2DBTA 1DI5A 1UIGA 2BAAA 2Z38A 1GBWA 1GFHA 1BVXA 1IY4A 1N4FA 134LA 1TCYA 4NGVA 5F9UA 5HNCA 3A91A 3TMWA 5LAGA 5DN5A 3WH1A 3P64A 1KIRC 1LAAA 1LYZA 2FYCA 3WPKA 4J1BA 1HMLA 5KXYA 1G7MC 2MEDA 4MSTA 4WO9A 4YENA 3WPLA 1IOSA 4QGZA 4WM3A 3N9AA 2HEEA 1GB8A 4LGKA 4GCBA 4DD2A 4LT1A 4J1AA 2LZ2A 5B1FA 4NGJA 1KIQC 1LHMA 5I4WA 3P66A 1FLWA 4TX7A 1B7NA 5F14A 3RZ4A 1IOQA 1YL1X 2IFFY 2DQHY 4NY5A 3FI7A 5LYMA 4NHIA 4NSHA 1LMTA 2DKVA 4HV1A 1A4VA 193LA 1NDMC 1YIKA 1OQMA 2W1YA 4HJVA 4UWVA 3QNGA 5JENB 4YM8A 3TXIA 1INUA 1FLUA 1GEVA 2DQFC 4XJIA 1F0WA 1XEIA 3W6FA 3EBAB 4G49A 1YKZX 2VB1A 3GXRA 5KY1A 1LSAA 4DWXA 5HNLA 3HBHA 3ZVQA 1HFZA 4RW1A 1D0KA 1GFJA 2ZYCA 1JJ3A 3E3DA 1CKFA 7LYZA 2C8OA 1WQPA 5B05A 1CKGA 4H90A 4ET8A 1KXYA 1TAYA 4G4CA 4YEMA 2BQLA 1ZVYB 1LYOA 5FEKA 3RT5X 3P4ZA 5LA8A 4Z3MA 2Q0MX 1MLCE 2W1XA 4HTQA 1D6PA 1OUGA 5APCA 4GCCA 2BQIA 3FE0A 3LYTA 1AZFA 1JKAA 1OUBA 1JKCA 1YILA 2B5ZA 2MEIA 3J6KA 4CJ2A 5LINA 1DQJC 3AW6A 2D4IA 4HTNA 4WMGA 5J7CA 1JKDA 4C5FA 3CSQA 4XJGA 1G7HC 2LYMA 1REMA 1IWZA 4DD1A 2CJLA 1LZDA 1JHLA 5K7OA 1UIDA 2A7FA 1NQIA 1OUCA 1CJ7A 1BB4A 1GFEA 3OK0A 1BVKC 3WXTA 1HELA 4LYBA 1EQ5A 1YKYX 4AXTA 4DDBA 6LYTA 3G3AB 4XJDA 1T3PA 2XBRA 1C7PA 1LJFA 1YKXX 2ZYPA 3IJUA 4BAFA 1D6QA 208LA 3WU8A 1GFTA 1LJJA 2RSCA 5APFA 4LT0A 3AZ5A 1LZ4A 3B0IA 4YOPA 4PHIA 3WL2A 3VWOA 3WU7A 4GLVA 1LSPA 1GF4A 1QSAA 1RI8B 3TMXA 1IO5A 3TXHA 1T6VL 3CQLA 5F81A 5KXXA 1F6SA 4GCEA 5M1YA 1B7PA 1NHEA 2F4AA 4H9CA 1GBSA 1LJ3A 1GBYA 1LSBA 2ZQ4A 5L3IA 4FJRA 4ZIXA 1NWGA 4GN3A 4II8A 4OWEA 4LZTA 1HSWA 4RDSA 1WVVA 3WW6A 1I1ZA 1IWVA 1LJEA 5KXOA 2DQCY 5APEA 3CT1A 4DDAA 5FCPA 1IY3A 1LZBA 3GXKA 5KKIA 1FLQA 3N9EA 1LHHA 1BQLY 2LYOA 2BQHA 3P65A 4G4HA 5ILCA 4UWNA 3EXDA 4NGIA 4QEQA 1O23A 1GXXA 3K3TA 1XGPC 1LYYA 1J1XY 5DM9A 1QQYA 1LZEA 5AMYA 3BKVA 4LYOA 1W08A 2D6BA 5LIOA 5LYTA 2HTXA 4J0LA 1FDLY 3A6BY 1HEOA 1HEQA 3LN2A 1LJKA 3IWRA 4ETDA 4XJBA 2BQOA 3AGGG 4WOAA 5LVJA 1VEDA 1QDRA 3A94A 3CT5A 1IWYA 1UIHA 3LZTA 4HJYA 3T6UA 1IC4Y 1DI3A 4GCFA 5C6JA 5IELA 1ZVHL 3TXBA 5EBHA 1UUZC 5KXMA 1QTKA 1XSFA 1RFPA 1REXA 2I26L 2DQIY 4WL7A 4WM6A 1LMOA 1UA6Y 4L41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MELL 4G9SA 3WU9A 1XEKA 104LA 4PK0A 1DKJA 2Z6BA 5L9JA 4W96A 1C66A 4BAPA 1IOTA 230LA 2ZIKA 5E4PA 4H1PA 1GF5A 4PGJB 206LA 3SBBC 4EPFA 4LZMA 1LWGA 196LA 2B6TA 1REYA 236LA 2ZILA 1IVMA 1SQ2L 2LC9A 129LA 4I7NA 158LA 3B6LA 1LHLA 3HTBA 1L64A 1JTPL 4IAPA 1IP4A 2Z39A 1L82A 2A4TA 1B7OA 1GFRA 4GRVA 2MEAA 1LZNA 1HNLA 1LGUA 2F2QA 1L20A 1C6AA 1D0LA 1DYAA 259LA 5B1GA 1VFBC 1LZAA 5KXNA 4N9RA 4M4OA 181LA 3B0KA 1B5YA 1GF6A 1B0DA 4YEMA 3HBEX 1LZTA 5E9RA 3A8ZA 1L41A 3HT8A 4E3UA 240LA 4I7PA 4GBRB 5KXPA 3LZ2A 190LA 198LA 1CV1A 3SN6R 1L10A 1KXXA 3G3WA 1L50A 1HEMA 1L81A 1G0KA 5F9XA 5D5CA 2NTGA 1L73A 3HWLA 2OTZX 139LA 3C8QA 4ML7A 2MEGA 1RE2A 2RAYX 1LSMA 3DN6A 1A2YC 5D5FA 1VDTA 231LA 1WTNA 2Z37A 5ILFA 1L07A 1QUTA 1GF3A 2ZQ3A 5KXZA 3WVYA 1C6EA 2FBBA 1OUIA 1QUSA 1L0JA 4DAJA 2HEBA 2BLXA 1XGRC 3C8SA 2ZNWY 3A3QA 1OV5A 4H93A 4EKSA 5IHGA 1G0PA 3WVXA 4YEOA 1VATA 1QSBA 1BB3A 1C10A 126LA 1L26A 1P5CA 4CHXA 3V2YA 2A7DA 238LA 4H9EA 1DYGA 2L78A 1LMQA 1BGIA 1L80A 1L35A 1L93A 125LA 1GAYA 2LZTA 3LYOA 1TLAA 4LFXA 1NKHA 2OU8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MEL L;  4G9S A;  3M18 B;  4NHQ A;  5I4X A;  1WVU A;  3WU9 A;  5LA5 A;  153L A;  1G7L C;  1XEK A;  3CB7 A;  4I8S A;  3WXU A;  4NHS A;  1LHJ A;  1JTO L;  1DKJ A;  2PC2 A;  3B72 A;  4ANR A;  5DN4 A;  2G4P A;  5L9J A;  1JIY A;  3AJN A;  4W96 A;  2HEA A;  4BAP A;  4B4I A;  4RLM A;  1P2C C;  4HP0 A;  1IOT A;  1IP5 A;  1NF5 A;  2ZIK A;  5E4P A;  1LSZ A;  4H1P A;  1GF5 A;  4PGJ B;  4YF2 A;  1WQQ A;  1ZV5 L;  2BQG A;  1HEN A;  2EIZ C;  2ZNX Y;  1IP6 A;  5DL9 A;  2BQE A;  2BQF A;  2XJW A;  1GFG A;  1WTM A;  3TXK A;  1GPQ C;  1DPX A;  1J1O Y;  4OW1 A;  1XGU C;  1UIF A;  2BQJ A;  1WQR A;  4LYM A;  1CKD A;  1UBZ A;  1F10 A;  1REY A;  5B07 A;  2ZIL A;  4HPE A;  4OWC A;  1IVM A;  1SQ2 L;  1LKS A;  3TMU A;  5KXS A;  4RW2 A;  2H9J A;  3ATN A;  5I4Y A;  1I56 A;  3RNX A;  4I0C A;  3ZVQ B;  3KAM A;  4HV2 A;  4B4J A;  3B6L A;  1LHL A;  1CJ8 A;  1LKR A;  2EPE A;  1JKB A;  1UC0 A;  4O34 A;  1IR8 A;  2NWD X;  3TXF A;  4TUN A;  2MEB A;  3SP3 A;  5A3Z A;  3AB6 A;  1HEW A;  1JTP L;  3AGH A;  2BQN A;  1IP4 A;  3MGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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