5LVGA

Hen egg white lysozyme soaked with cis-ru(dmso)4cl2
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand-dependent interaction of anticancer ruthenium complexes with hen egg white lysozyme and human lysozyme
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
molecule keywords Lysozyme C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lvgA00
4H9CA 1WQQA 1XFPL 4GCEA 5FSTA 2C8OA 2CGIA 3QNGA 3TXFA 2DQAA 1BB6A 1REMA 1UCOA 4BS7A 3IJVA 1GFRA 1GAYA 4L41A 2YBMA 2DQJY 3ATNA 134LA 4HTQA 1HEOA 4DDAA 1H87A 1LKSA 1WTNA 1GB6A 3W6CA 1IP1A 2ZNXY 4QEQA 4XN6A 1F0WA 4KXIA 4ET9A 4OOOA 1QSWA 1LAAA 1JJ0A 4H8YA 2W1MA 1OP9B 133LA 1HF4A 1OUIA 3LYMA 3TMVA 1B2KA 1YILA 5HLLA 1ZVHL 1GFAA 5E9RA 1DZBX 2F4AA 5LA8A 5KXXA 3WUAA 1B0DA 1QQYA 2LHMA 5KXNA 3T6UA 1RCMA 4HJVA 1XEIA 2ZYCA 3TXEA 1J1OY 4H9IA 2Z37A 5DL9A 4Z98A 5ILCA 1NDGC 2YBIA 1B7RA 1LSNA 4RLNA 3P4ZA 4NGYA 2A7FA 2F2NA 3ZEKA 3P64A 4ETEA 4OWCA 2D4IA 3WPLA 4B4IA 3WL2A 1IORA 1T6VL 3TXJA 1GFTA 1OUAA 5A3EA 2DQCY 5LINA 1HEMA 1YAOA 2MEFA 1LOZA 1GF8A 3LYZA 4H8ZA 3TXBA 3AGHA 1G7IC 3N9CA 1UIHA 4I0CA 5E4PA 1IWWA 4J7VA 4OWAA 2YBLA 1MLCE 2AUBA 4LT3A 4NHQA 4NGLA 4XJDA 3W3EA 4WOAA 5FEKA 5M1YA 4LYCA 1IEEA 1IP2A 3B0IA 3WULA 1JTOL 4H9AA 1LMQA 9LYZA 2DBTA 3T36A 3ATOA 3FE0A 2A7DA 4B4EA 1WTMA 4H92A 5ILFA 4EOFA 2HU1A 6LYTA 5KJ9A 1IP4A 1WQRA 4H9FA 2IHLA 1LYOA 1NQIA 5L3HA 2BPUA 1JJ3A 4WG1A 1CJ8A 1LHMA 8LYZA 3OJPA 4DDBA 1B7MA 4NHSA 5L3IA 4UWUA 1GFKA 1NKHA 3EMSA 4C3WA 1NMMA 2BQAA 1AKIA 4ZFPA 4TTDA 4NGOA 2DQDY 3TXIA 1CKFA 5KXYA 4E3UA 1C10A 4RW2A 3TXGA 4TWSA 1JITA 4GCFA 1LZ1A 2YBJA 1XGUC 3A95A 4GLAA 2EPEA 1GB9A 1BB3A 1FDLY 4UWNA 4CGEA 2I25L 1GFVA 4IASA 1GB0A 1A4VA 4M6DA 2H9KA 3ULRA 1LZ4A 4ETDA 3BKVA 2G4PA 3B72A 2HTXA 1LJEA 1B5XA 1OUJA 3RW8A 4YF2A 4ZEEA 1IWYA 1GDXA 1HFZA 1QDRA 2FYCA 2MEDA 2MEAA 3CT5A 4NEBA 4EMNA 4XADA 4DD9A 1D0KA 1JIYA 1FLQA 1JKDA 2PC2A 5HNCA 1LHIA 2LZTA 3M18B 2LZ2A 4XJIA 1G7JC 1YQVY 2EKSC 3P68A 4NSIA 3LYOA 1NBYC 4II8A 2FYDA 1GFHA 1A2YC 2Z2FA 4XENA 5DLAA 1GBXA 1HMKA 5APDA 2HUBA 2Z2EA 4NHPA 4HSFA 3WU7A 4P2EA 1J1XY 5F9XA 6LYZA 1HSXA 3A8ZA 2YVBA 1BGIA 3LHMA 4NGWA 1IO5A 5L9JA 2H5ZA 1GBOA 1HNLA 1TBYA 1EQ4A 2DQHY 1LZNA 4LFXA 2D4JA 3EXDA 4G49A 1IWTA 3A91A 1GE2A 1YROA 1UACY 3B0OA 3K3TA 4GN4A 4XJHA 4DWXA 4N1CC 1CKGA 2W1YA 1WQOA 3LZTA 3SP3A 3WU9A 1WQMA 1GEVA 1VFBC 2XBSA 3G3AB 5LYTA 3TXHA 1B7SA 1GFEA 1QDTA 1IVMA 4KL7A 1BHZA 2I26L 1VDQA 2B5ZA 4J1AA 1ALCA 1JKCA 4OWEA 5I53A 4LGKA 1FLWA 4NY5A 1XEJA 1HENA 2XJWA 4PPOA 5DN5A 5DN4A 3A34A 5KXOA 4NIJA 1GFJA 4NFVA 5KKIA 4H90A 4LT1A 4UWVA 4XYYA 2EIZC 1LJJA 2Z38A 1I20A 2G4QA 3WYHA 4WL7A 135LA 4B0DA 4B1AA 4DYGA 154LA 4KPMA 5B1FA 4WM4A 2HECA 4J1BA 5KXPA 5B06A 1F10A 5LVJA 1ZV5L 1B7OA 1D0LA 4HJYA 4H9HA 3A67Y 5D5CA 2Y8PA 1RI8B 1VDPA 5I4WA 5I5QA 207LA 1NDMC 1Z55A 2FBDA 1B5ZA 4LT2A 3TMUA 1LMCA 1LZTA 1QIOA 2HEAA 1YL0X 2Z39A 4N9RA 1INUA 2ZYPA 3WXTA 1HMLA 4H93A 4NGKA 3EBAB 5KKJA 4WLYA 1GEZA 1BWHA 1ZVYB 4GCDA 2HEEA 4B4JA 4DT3A 3A96A 1UC0A 3P66A 4H94A 4QGZA 3AZ6A 1UIDA 2BQHA 1KIQC 5C6LA 1GBZA 4ETAA 4WO6A 1GDWA 1LHJA 4CHXA 5HQ1A 1LKRA 3IWRA 3G3BB 1DI4A 4HTKA 5LAGA 1HEQA 1F6RA 4GN3A 4NGIA 4PRQA 3ZVQA 1DKJA 1XSFA 1YL1X 2W1XA 3FI7A 4WL6A 1LHLA 1V7SA 2LYMA 2LYZA 4WM5A 1GE4A 1NBZC 4WMGA 1CKCA 4NSJA 2MECA 1LZAA 1NWGA 2ZILA 1BVKC 1GWDA 1IP3A 4H8XA 1LZBA 1NF5A 2BQGA 1B7QA 5B1GA 2MEIA 1LSAA 4DD3A 1CJ7A 1GD6A 4LYZA 1KXYA 4TUNA 3CSRA 4QDNA 4YM8A 4NGVA 5I4YA 1V7TA 4NWHA 1PS5A 3TXDA 2BQKA 4CJ2A 1KIRC 1RFPA 1YAQA 1LJ4A 3B0KA 3AGGG 1LSBA 2HEBA 1LJKA 2CJLA 3CSQA 1G7LC 1YKYX 1OUCA 3HBEX 2GV0A 4TX7A 4Z46A 3AW6A 1LSCA 1JHLA 1WVUA 1OUBA 2I6ZA 3A3QA 1JJ1A 4LYBA 4W94A 3AZ4A 1QSAA 1JSFA 3J4GA 4X3BA 1IC4Y 1JTPL 1YIKA 2WARA 2BQOA 3AW7A 4DD0A 2BQMA 4HPEA 3CQLA 4WLDA 1BQLY 1XGRC 1HC0A 3VWOA 5II3A 4AGAA 1LYZA 1QTEA 1YKXX 3A93A 1D6QA 4BADA 3IJUA 5HNLA 1TCYA 1UICA 2BQEA 1B7LA 4R0FA 4NHTA 4PJ2C 4HV1A 1DKKA 3MGWA 3OK0A 1LPIA 3E3DA 2NWDX 5I4XA 1JKAA 4NG8A 1D6PA 3HBDA 5HMJA 1GE3A 4DDCA 2YBHA 3J6KA 1B5YA 2X0AA 1LJHA 3LYTA 3KAMA 4DD1A 2F30A 2Z18A 1OUHA 1RE2A 2BQLA 1HELA 3W6BA 1LZSA 3A90A 2BQFA 4N1EI 4HJZA 4ETCA 3M3UA 1GXV2 1IC7Y 1OUDA 4I8SA 1LZRA 2BQBA 4G9SA 2RSCA 5F14A 4PGJB 4XJFA 1DPWA 1LSEA 4WM2A 1AT6A 1SQ2L 1WQPA 193LA 2XBRA 1BWJA 1LZ6A 3WW6A 1LJGA 1GF4A 2D6BA 4NGJA 4WM6A 3AYQA 1CKDA 1GXXA 4ETBA 1XGQC 4D9ZA 1VDSA 1BB4A 2HEFA 1G7MC 1BWIA 2DQIY 4H91A 3AB6A 5APFA 4YOPA 1CJ9A 1DPXA 4CFPA 4N8ZA 4ANRA 3N9AA 2MEBA 7LYZA 3WU8A 2BAAA 132LA 2N5ZA 4CFOA 4WLTA 1GB7A 1O23A 4TSCA 1B5VA 4N0JA 3WVXA 4J0LA 1GE0A 1IY3A 1YAPA 1GF6A 2ZIJA 1B5WA 1GF5A 1WQNA 5A3ZA 3LZ2A 5KXKA 4QY9A 1H6MA 1IWXA 4YEOA 5KY1A 1BB5A 1B5UA 1JKBA 1HHLA 4NG1A 4N5RA 3RNXA 3B6LA 1IP7A 1FLUA 4LYOA 4XJBA 1RJCB 1LMOA 1XGPC 1UUZC 1JTTL 1GFUA 4G4BA 1LZ9A 1LYYA 4YEMA 5KXRA 5KXWA 4Z3MA 1LSGA 1TDYA 1VDTA 3A94A 5LAFA 5KXTA 3W6DA 1HERA 1TAYA 5F81A 1UIBA 4OOTA 3QE8A 4NWEA 4MR1A 1C46A 1UIFA 1FKQA 1C45A 2CDSA 1DQJC 1UIEA 5KXSA 3AJNA 4M4OA 4WM3A 4HP0A 1GAZA 1GF7A 1LZGA 4G4CA 3CT0A 1GB2A 2BQCA 5IELA 5LVKA 4LYMA 2BLYA 1P2CC 3WVYA 2IFFY 2BLXA 1KXWA 1GB8A 4GCBA 1C43A 1QUTA 1FN5A 1IOCA 5KXMA 2C8PA 2ZQ4A 1IY4A 3P65A 5B59A 1LZDA 1LJFA 1N4FA 1IP6A 1LCNA 1QTKA 1QUSA 5F16A 5JENB 4RW1A 5KXZA 4DD7A 3CB7A 1DI3A 3D3DA 3GXKA 4HV2A 4PRUA 3WMKA 1ZMYL 1MELL 2MEHA 4BAPA 5APCA 1IX0A 2Z19A 5HMVA 1JPOA 4MCKA 1G7HC 1CNSA 4WLXA 4AXTA 1LSYA 5T3FA 1CJ6A 4LT0A 1LZ5A 1GFGA 2H9JA 1OUGA 3RZ4A 5LVIA 4ZIXA 1LSZA 1IWVA 5APEA 5LYZA 1IWUA 1IOSA 1FKVA 5I54A 1LHHA 3W6AA 3WXUA 1LMPA 1LSFA 4DC4A 1OUEA 4BAFA 3W6FA 5FHWA 3WH1A 1AZFA 1W6ZA 3EO5A 5C6IA 1FLYA 2W1LA 3WPJA 4LYTA 1T3PA 2LYOA 1UA6Y 4ET8A 4IATA 1JISA 4ML7A 3RU5A 1AT5A 1JSEA 1GB3A 1LJ3A 1XGTC 1FBIX 3TXKA 1GPQC 5LVGA 5FELA 1B7PA 1EL1A 1LMTA 2DQGY 4FJRA 4H9EA 1GE1A 4NHIA 4A7DA 1I1ZA 2YSSC 1GF9A 1HEWA 4NSHA 1KIPC 1REYA 1UBZA 3ZVQB 1KXXA 5DM9A 3LN2A 2BQDA 1BB7A 4MSTA 3RT5X 3A92A 3TMXA 2VB1A 4H9BA 5LIOA 1IR9A 4U3XB 1VATA 2G4NA 2ZQ3A 1B7NA 1IWZA 1JWRA 2D91A 1TEWA 1W08A 1IC5Y 4IJ4A 4LZTA 1OQMA 1YAMA 3CSZA 2DQFC 2DKVA 1B9OA 208LA 1HEPA 1D9UA 1PZYA 4OW1A 1C7PA 1GBYA 4B49A 1IOTA 2Z12A 1HFXA 5B05A 3F6ZA 5LXWA 3HFMY 1E8LA 5J7CA 4HTNA 1HFYA 5LA5A 4GN5C 5EBHA 2MEGA 1LSPA 2BQNA 4WM1A 1DXJA 2BQJA 4TSBA 3A6BY 2EQLA 2ZNWY 4H1PA 5F9UA 2ZIKA 3TMWA 1GBSA 4KT3A 1SLYA 2YDGA 1NHEA 1LMAA 4GLVA 1IR8A 1GBWA 4C5FA 4DD2A 4XJGA 1F6SA 1HSWA 1D0MA 1JEFA 1WVVA 2XTHA 1GF0A 1IR7A 2ZWBA 3AGIA 3AZ5A 4Z41A 4G4HA 5C6JA 3A6CY 4NGZA 3QY4A 1GF3A 2DQEY 4W96A 1VAUA 5LVHA 1REXA 4R6CA 1IP5A 3N9EA 1OUFA 1AM7A 2D4KA 2Q0MX 1YKZX 1LZ8A 3AZ7A 1LHKA 3HBHA 4PHIA 4RDSA 2MEEA 5AMYA 1LZEA 2HEDA 1J1PY 4YENA 5B07A 1C08C 4GCCA 5FCPA 2FBBA 4LFPA 3WUMA 2YBNA 5K7OA 5KXLA 1REZA 2BQIA 2CWIA 1IIZA 3D9AC 1LJNA 1UIAA 3WW5A 3BKHA 4OWBA 4O34A 1EQEA 4FDYA 3WPKA 5IHGA 1GB5A 3GXRA 194LA 1I56A 1JUGA 1LZCA 1YANA 3WUNA 153LA 1BVXA 3W6EA 5FDJA 1LSDA 1LYSA 1XEKA 3A3RX 1VEDA 1LZYA 5LYMA 1LJIA 1LMNA 1LSMA 1LTMA 1IOQA 4RLMA 1GHLA 2F4GA 1EQ5A 4OWHA 4WG7A 5IDDA 5D5FA 3CT1A 4HPIA 2HU3A 4WO9A 4NSGA 1DI5A 1CKHA 1UIGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HU8A 1XFPL 5FSTA 3TXFA 1BB6A 182LA 256LA 2YBMA 1HEOA 1H87A 1WTNA 4QEQA 234LA 1ZURA 1C6AA 4OOOA 1LWGA 161LA 1C6TA 1QSWA 4H8YA 1JJ0A 3LYMA 3TMVA 1CUPA 5LA8A 5KXXA 1L25A 1OYUA 1G0JA 4HJVA 3HUQA 4W59A 4H9IA 4W53A 5ILCA 4NGYA 4B4IA 1D2YA 3TXJA 2DQCY 1QT4A 4I7SA 2RB1X 1HEMA 1P64A 1YAOA 3DMZA 3TXBA 3AGHA 3N9CA 4I0CA 4ARMA 2YBLA 4XJDA 5FEKA 4LYCA 1JTOL 2DBTA 3T36A 1LYFA 2HU1A 4ZPUA 1NQIA 8LYZA 4UWUA 1QT5A 3EMSA 1L26A 1L55A 1QT8A 2DQDY 1CKFA 4RW2A 1LZ1A 2YBJA 3A95A 1GB9A 4CGEA 206LA 3JR6A 4IASA 4W54A 1P7SA 3C82A 3BKVA 1L47A 1OUJA 4YF2A 1SWZA 1IWYA 1GDXA 4EMNA 4XADA 1D0KA 1JIYA 1FLQA 1JKDA 1LHIA 2LZTA 4NSIA 2B70A 3LYOA 4II8A 1P5CA 1CX6A 5APDA 2Z2EA 4NHPA 4HSFA 4P2EA 1HSXA 2YVBA 147LA 2DQHY 2B72A 1IWTA 1GE2A 2F32A 4N1CC 1CKGA 2W1YA 3CDOA 216LA 3WU9A 1VFBC 3TXHA 1B7SA 1BHZA 1FLWA 249LA 5DN5A 3A34A 4H90A 1LJJA 3WYHA 4B0DA 4DYGA 1L03A 2ANXA 4J1BA 5B06A 5LVJA 4HJYA 1TLAA 192LA 1RI8B 1VDPA 3HTFA 5I5QA 207LA 1P37A 1LMCA 1LZTA 2HEAA 4N9RA 1G0QA 4S0WA 1HMLA 4NGKA 3EBAB 4WLYA 1GEZA 4QGZA 220LA 3AZ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H9C A;  1WQQ A;  1XFP L;  4GCE A;  5FST A;  2C8O A;  2CGI A;  3QNG A;  3TXF A;  2DQA A;  1BB6 A;  1REM A;  1UCO A;  4BS7 A;  3IJV A;  1GFR A;  1GAY A;  4L41 A;  2YBM A;  2DQJ Y;  3ATN A;  134L A;  4HTQ A;  1HEO A;  4DDA A;  1H87 A;  1LKS A;  1WTN A;  1GB6 A;  3W6C A;  1IP1 A;  2ZNX Y;  4QEQ A;  4XN6 A;  1F0W A;  4KXI A;  4ET9 A;  4OOO A;  1QSW A;  1LAA A;  1JJ0 A;  4H8Y A;  2W1M A;  1OP9 B;  133L A;  1HF4 A;  1OUI A;  3LYM A;  3TMV A;  1B2K A;  1YIL A;  5HLL A;  1ZVH L;  1GFA A;  5E9R A;  1DZB X;  2F4A A;  5LA8 A;  5KXX A;  3WUA A;  1B0D A;  1QQY A;  2LHM A;  5KXN A;  3T6U A;  1RCM A;  4HJV A;  1XEI A;  2ZYC A;  3TXE A;  1J1O Y;  4H9I A;  2Z37 A;  5DL9 A;  4Z98 A;  5ILC A;  1NDG C;  2YBI A;  1B7R A;  1LSN A;  4RLN A;  3P4Z A;  4NGY A;  2A7F A;  2F2N A;  3ZEK A;  3P64 A;  4ETE A;  4OWC A;  2D4I A;  3WPL A;  4B4I A;  3WL2 A;  1IOR A;  1T6V L;  3TXJ A;  1GFT A;  1OUA A;  5A3E A;  2DQC Y;  5LIN A;  1HEM A;  1YAO A;  2MEF A;  1LOZ A;  1GF8 A;  3LYZ A;  4H8Z A;  3TXB A;  3AGH A;  1G7I C;  3N9C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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 2YVB A;  147L A;  2DQH Y;  2B72 A;  1IWT A;  1GE2 A;  2F32 A;  4N1C C;  1CKG A;  2W1Y A;  3CDO A;  216L A;  3WU9 A;  1VFB C;  3TXH A;  1B7S A;  1BHZ A;  1FLW A;  249L A;  5DN5 A;  3A34 A;  4H90 A;  1LJJ A;  3WYH A;  4B0D A;  4DYG A;  1L03 A;  2ANX A;  4J1B A;  5B06 A;  5LVJ A;  4HJY A;  1TLA A;  192L A;  1RI8 B;  1VDP A;  3HTF A;  5I5Q A;  207L A;  1P37 A;  1LMC A;  1LZT A;  2HEA A;  4N9R A;  1G0Q A;  4S0W A;  1HML A;  4NGK A;  3EBA B;  4WLY A;  1GEZ A;  4QGZ A;  220L A;  3AZ6 A;  1GBZ A;  1PQJ A;  169L A;  5HQ1 A;  5LAG A;  1HEQ A;  1L01 A;  4GN3 A;  4I7O A;  4PRQ A;  1YL1 X;  1LYJ A;  118L A;  3FI7 A;  4WM5 A;  1LHL A;  3EML A;  185L A;  1JQU A;  2MEC A;  1LYG A;  1LZA A;  1NWG A;  2ZIL A;  141L A;  1LZB A;  2Z6B A;  1B7Q A;  4DD3 A;  1L97 A;  4QDN A;  4NGV A;  126L A;  1V7T A;  1PS5 A;  4NWH A;  2RH1 A;  3B0K A;  1LSB A;  1L84 A;  2CJL A;  1YKY X;  1QUD A;  2GV0 A;  4TX7 A;  3AW6 A;  3A3Q A;  1OUB A;  4DKL A;  1JJ1 A;  1JSF A;  131L A;  2WAR A;  2RBN A;  1C6I A;  155L A;  1L37 A;  4IAP A; 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