5LVHA

Hen egg white lysozyme soaked with trans-ru(dmso)4cl2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Ligand-dependent interaction of anticancer ruthenium complexes with hen egg white lysozyme and human lysozyme
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
molecule keywords Lysozyme C
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lvhA00
5IDDA 1GE1A 1B7LA 3WUAA 4LYBA 5B59A 1UCOA 4TWSA 1VFBC 5JENB 1NKHA 4HTQA 5B1FA 1GBYA 4LFPA 1GAYA 4LZTA 1IWTA 1C08C 4OWBA 2YBIA 3OK0A 2I25L 1OUBA 4TSBA 1LYOA 5KXWA 4NY5A 5LYTA 3AZ6A 1HENA 1UIDA 1EQ4A 1DI4A 2W1LA 1HMLA 4B0DA 2ZWBA 1LZSA 3WU8A 2ZQ3A 5LIOA 3RT5X 5FEKA 3TMUA 6LYTA 3TXHA 3ZEKA 1LAAA 1CJ6A 5HQ1A 1GE3A 1XEKA 4HPIA 4OOTA 4QY9A 1HC0A 4NGOA 4EMNA 4Z41A 4IATA 5LA5A 1LJJA 1N4FA 1CKCA 2DQHY 4RW2A 5EBHA 2YSSC 3HBHA 4FJRA 4J7VA 4WM1A 1B7PA 1BWJA 4LT0A 3TMWA 1D0KA 1UA6Y 1IR7A 1B5XA 1CJ7A 3HFMY 3RU5A 2B5ZA 3W6EA 4Z98A 4N5RA 1KIPC 1F6RA 2RSCA 1DKJA 1H87A 4H9BA 1OUDA 4NGYA 1O23A 1TAYA 1YILA 2A7FA 2Z2EA 4H94A 5ILCA 3CSZA 5LVHA 1LMNA 1KXWA 1LZNA 1LSEA 2MEEA 4LGKA 4BAFA 1LJFA 2ZNWY 5K7OA 1C46A 1DI3A 2CJLA 3ZVQB 4B4IA 1I1ZA 1LSMA 1YAOA 1GBWA 1UIHA 1DQJC 1RCMA 1VDPA 5FHWA 1GBOA 4EOFA 4I0CA 5DM9A 4CGEA 2H9KA 4BS7A 2DQJY 1GB9A 2ZYPA 5T3FA 4O34A 5APEA 1LMTA 3N9CA 2EKSC 1JTPL 3WXTA 5LVGA 1LSPA 4WO6A 1INUA 4XJDA 207LA 1FLUA 3D9AC 5M1YA 1D0MA 1LHIA 4G9SA 4YM8A 4NIJA 5C6IA 1XEIA 4TX7A 4R6CA 1LJNA 1IP5A 4ML7A 4MR1A 5E4PA 3BKVA 4J1BA 1FLWA 1LSAA 4NEBA 5KXTA 1IC7Y 4WLXA 4ZEEA 1IWZA 1IWYA 2Z12A 1MELL 3N9AA 4G4BA 5I4XA 3HBDA 5D5CA 3WPLA 1I20A 4NHPA 4GLVA 4PRQA 1LTMA 4Z46A 2BQOA 4NHQA 2GV0A 1JHLA 4J0LA 5F9XA 1B5YA 3WPJA 5HMVA 134LA 1IOQA 3RNXA 1DI5A 2DQEY 4P2EA 4YEOA 2DBTA 4PGJB 1LPIA 2I6ZA 5DLAA 1JUGA 1QDTA 4H9IA 4ET9A 1LJIA 154LA 3LYZA 3E3DA 2BQFA 2C8PA 3LZ2A 3P66A 4IJ4A 3WVYA 1A4VA 1LMQA 3WPKA 5F9UA 2EPEA 1CKHA 2HEBA 1BB5A 3TXKA 1QUSA 1IVMA 2F4GA 5HNLA 1CNSA 1JIYA 2ZYCA 3HBEX 4HTNA 3EBAB 4WLDA 2ZILA 1LJ3A 1RE2A 1GAZA 3WYHA 1IC4Y 1JISA 1IY4A 1OUCA 5LAFA 2C8OA 4M4OA 2G4NA 4QDNA 1IP4A 5KKIA 2ZNXY 1V7SA 3G3BB 2BQBA 2Z2FA 1SQ2L 1IIZA 1HEMA 1HHLA 1GFJA 133LA 4H8XA 4N0JA 1LHHA 1G7IC 4NGLA 1LJEA 3W6DA 1QSAA 3WVXA 4N9RA 4D9ZA 1LCNA 1REYA 2G4PA 3A3RX 4XJBA 1DZBX 3OJPA 2LZTA 4KL7A 1B7MA 2BQAA 3LZTA 2ZIKA 4I8SA 2MEIA 1C43A 1B5WA 2BQGA 1CKGA 4E3UA 1GPQC 4WM3A 4WLTA 3ZVQA 2F30A 2Z37A 1LYYA 1KXYA 4B49A 2BQDA 4HV2A 1J1PY 3T6UA 2BLYA 3ATOA 2BQMA 4H9HA 1LKRA 1IP6A 4MSTA 1LZ4A 1UIGA 3IJVA 4XJFA 1HFYA 1UICA 2FYDA 4DT3A 5C6JA 4NWHA 1UIAA 1ZV5L 4DD9A 5KKJA 1VATA 4HSFA 4UWVA 5KXYA 3T36A 5FCPA 4PJ2C 4DD0A 2HEFA 3TMVA 4BADA 5LYMA 2YBHA 1GDWA 5A3ZA 1LZTA 4GN5C 1WTMA 3W6FA 5KXXA 1LSZA 1FLYA 1G7HC 3FI7A 3TXDA 1JSEA 3A6CY 1DPWA 4AGAA 3P64A 1IP1A 2FBBA 3TXBA 1D6QA 1T6VL 1IO5A 2EQLA 1IWUA 1D6PA 1UIEA 1WQRA 2HTXA 4QEQA 4WG1A 4CHXA 1QDRA 1GF9A 1LKSA 4NSIA 2LHMA 3W6AA 2CGIA 1HEPA 1IY3A 2CWIA 3B6LA 4A7DA 5IHGA 1GFRA 1FKQA 3LHMA 1IX0A 1YKZX 1LSYA 1JJ3A 1IORA 132LA 1AT6A 1MLCE 2EIZC 1IP3A 3AGIA 1JWRA 4X3BA 5APDA 5KXOA 1QTEA 3WXUA 2XTHA 4J1AA 4DD3A 1B5VA 3B72A 1SLYA 4XN6A 1LZCA 2VB1A 1JKDA 1FN5A 1GF7A 5I5QA 1LJKA 2Q0MX 3TXIA 1EQEA 4YENA 1BB4A 3AGHA 4H90A 1ALCA 1BGIA 1LHJA 1XGTC 5B1GA 1LZ8A 2AUBA 1WQPA 1GEZA 1V7TA 4QGZA 1HSWA 2ZIJA 3A6BY 4LT1A 3W6CA 4H92A 1AT5A 3ULRA 1DKKA 1WVVA 1GD6A 3AZ4A 4HJYA 2BQJA 4H91A 1IR8A 1VDQA 1XGPC 4RLMA 5B05A 1F0WA 1B5ZA 4ETEA 5APCA 4XADA 4CFOA 1LZ6A 3WW5A 1LZDA 2YBMA 4DD1A 4OOOA 2XBRA 1HEQA 1B7NA 4HP0A 1FBIX 3TXEA 3TXFA 1GFAA 4OWEA 1HSXA 3BKHA 1VAUA 1YAMA 2MEDA 4B1AA 1ZVHL 1OUJA 1GHLA 5KXKA 2HU3A 1TCYA 5DN5A 1QTKA 4B4JA 4LYMA 1LZ1A 153LA 1ZVYB 9LYZA 2IHLA 1GFUA 3LYTA 3FE0A 4N8ZA 5F16A 1LSNA 2HUBA 2MEAA 3ATNA 4TSCA 1IOSA 2BQNA 2Y8PA 3TMXA 2N5ZA 5LAGA 2BQEA 6LYZA 2DQIY 3WMKA 5IELA 1OUEA 3AGGG 1NDMC 4C3WA 4TTDA 1GF3A 1B5UA 1QQYA 4R0FA 2BQCA 5KY1A 5L3HA 2YBNA 2LYOA 1QUTA 1JTTL 1NF5A 1JKCA 2BPUA 2W1XA 1LHKA 3A67Y 1BHZA 4H1PA 4OWAA 3IWRA 1UBZA 1HEWA 1REZA 2F4AA 5LVIA 1BWIA 3A94A 5I53A 1GFTA 4XJIA 4YOPA 1IOCA 3A34A 4CFPA 4H9AA 1LZYA 4AXTA 1WQNA 2MEHA 1BQLY 5LVJA 1FLQA 1LSBA 3SP3A 1LZ5A 2HEAA 4NFVA 5B06A 2A7DA 2LYMA 1Z55A 4RW1A 3EMSA 1UIBA 1B7SA 1GB6A 2LZ2A 1LJHA 4HJVA 2H5ZA 7LYZA 5C6LA 3GXRA 4PHIA 3WU7A 5FSTA 1GFVA 1NMMA 1GFHA 2I26L 2D4IA 4XYYA 2WARA 4H8YA 4NG1A 4DDAA 4M6DA 3KAMA 4NSJA 1YL0X 1YIKA 2DQFC 4WM2A 1JJ0A 1HEOA 1REMA 4WL7A 5B07A 3W6BA 1LZ9A 4ETAA 4LYZA 3A90A 3WULA 4WM5A 5KXZA 1W6ZA 4WG7A 1QIOA 2F2NA 5LINA 1GF8A 1B7QA 1P2CC 2Z38A 1BVXA 3CQLA 4GCCA 1YKXX 1IWWA 3A91A 1LSGA 2PC2A 1B0DA 4DD7A 5AMYA 135LA 4H9EA 1GBZA 1LZRA 5KXLA 2Z18A 2H9JA 3CT5A 1LJ4A 1G7MC 1A2YC 1ZMYL 3AYQA 4WM4A 5HNCA 1BB3A 4KPMA 4NSGA 5KXMA 4GCBA 3K3TA 4DD2A 1RFPA 1XFPL 5FELA 4L41A 3TXGA 1F10A 3AW7A 4DDBA 1GWDA 1KIQC 4G49A 4KT3A 1OUAA 1B7RA 194LA 3QNGA 4NG8A 1YQVY 1LZAA 4GLAA 3F6ZA 3CSRA 5APFA 4W94A 1IOTA 3AZ7A 4FDYA 1IP2A 1UUZC 1JITA 3WH1A 5I4YA 2MEGA 3QE8A 1JEFA 1HFZA 1EL1A 3P65A 1HERA 1LMAA 1OUIA 1WTNA 2BQIA 1JTOL 1KXXA 2DQDY 4LT2A 4NWEA 1HELA 4ETCA 3LYMA 3VWOA 5HLLA 4LT3A 1WQMA 4YF2A 4OWCA 1UIFA 1XSFA 1OUFA 1B2KA 2X0AA 2G4QA 1AZFA 3A93A 1YROA 4RLNA 4G4HA 3P4ZA 2D91A 3A92A 1GF0A 1GB7A 4NSHA 3AB6A 5KJ9A 3A95A 1GE2A 4NGJA 4MCKA 4WLYA 1W08A 1G7LC 1UACY 4LYCA 1LHLA 4GCFA 1JKBA 1NWGA 1LMOA 3A96A 4UWNA 4B4EA 1OUGA 4GCDA 2HEEA 4HV1A 5LA8A 1B7OA 4H9FA 2DQCY 4IASA 1GE4A 1RI8B 2BQLA 208LA 1CJ8A 5KXPA 5KXSA 4YEMA 1EQ5A 3WU9A 2XJWA 2Z39A 4LYTA 5LYZA 4U3XB 1TDYA 1T3PA 3CB7A 1YL1X 4KXIA 2FYCA 1C45A 3J4GA 5F81A 4ETDA 1FDLY 4W96A 1JJ1A 1DPXA 1XGUC 2HU1A 2W1YA 4ZFPA 193LA 4GCEA 3M3UA 1AKIA 4HJZA 4NHTA 4OWHA 4WM6A 1VDTA 4Z3MA 1E8LA 2IFFY 4G4CA 1CKFA 2D6BA 1G7JC 4PPOA 3W3EA 5L3IA 1H6MA 1XEJA 1IC5Y 4WOAA 5A3EA 1J1OY 1BVKC 1C7PA 1LYSA 1OUHA 2HECA 3AJNA 4H93A 1GF5A 5LVKA 2MEBA 2CDSA 1B9OA 1LZEA 5D5FA 4ETBA 8LYZA 1WVUA 4HTKA 2DKVA 3WW6A 1D9UA 1GEVA 1LHMA 1LSCA 1YAPA 2XBSA 1GB0A 1IP7A 5FDJA 2W1MA 1OQMA 3B0IA 5DN4A 1XGQC 3EXDA 4NGZA 4ZIXA 1GFEA 1CJ9A 1OP9B 1GB5A 1GFGA 2D4KA 2YVBA 2BLXA 3QY4A 4UWUA 1PZYA 1IWXA 1GE0A 1XGRC 4II8A 5HMJA 4CJ2A 1PS5A 4NGKA 1NQIA 4NGIA 3MGWA 1BB6A 1GFKA 4WO9A 1LMPA 5I54A 4WMGA 3P68A 5I4WA 4NGWA 4C5FA 3B0OA 3EO5A 1TEWA 2MECA 2YDGA 4GN4A 3WL2A 5LXWA 4HPEA 4ET8A 5KXNA 2MEFA 4XENA 3CT1A 1HNLA 1J1XY 1RJCB 1GB2A 5E9RA 5J7CA 4TUNA 3WUNA 1WQOA 1HFXA 1IR9A 1IEEA 3D3DA 4NGVA 1BB7A 1I56A 1F6SA 1C10A 5ILFA 3IJUA 5F14A 3CT0A 1VDSA 1YANA 2YBJA 4OW1A 1GXXA 2ZQ4A 2BQHA 1WQQA 3GXKA 1IWVA 1GB3A 3J6KA 1JSFA 4N1EI 4PRUA 4DWXA 1NBZC 3AW6A 1LZBA 1KIRC 1LYZA 1LSFA 1GF4A 1D0LA 1LZGA 3A3QA 1GB8A 1LSDA 1BWHA 1GBSA 3RZ4A 1GDXA 1GBXA 2D4JA 3LN2A 3M18B 2HEDA 3N9EA 2YBLA 4LFXA 4RDSA 2FBDA 1GXV2 1AM7A 5KXRA 2BQKA 4BAPA 5L9JA 1GF6A 2Z19A 4DYGA 1UC0A 4H8ZA 3TXJA 1JKAA 3LYOA 2LYZA 4DDCA 3B0KA 3A8ZA 1JPOA 4DC4A 1LJGA 1TBYA 4H9CA 1FKVA 1NHEA 5DL9A 4LYOA 4XJGA 2DQAA 4WL6A 4NHSA 1DXJA 1HMKA 1YKYX 2BAAA 3G3AB 1HF4A 1YAQA 1LMCA 3RW8A 1CKDA 3AZ5A 1REXA 4XJHA 5II3A 4GN3A 1LOZA 1NBYC 4ANRA 1VEDA 3CSQA 2NWDX 2DQGY 1NDGC 4NHIA 3WUMA 4N1CC 1QSWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GE1A 3WUAA 1C6IA 249LA 4TWSA 1L36A 1NKHA 4HTQA 4I7JA 1ZURA 5B1FA 1L41A 240LA 4LZTA 1IWTA 1C08C 1L28A 1C6AA 1LW9A 5KXWA 4NY5A 1HENA 1L09A 1L02A 2ZWBA 2ZQ3A 5LIOA 3TMUA 3C83A 3TXHA 1GE3A 1XEKA 2OTYX 1HC0A 1LYDA 5LA5A 3LZMA 1N4FA 3HT7A 2DQHY 4RW2A 2OU0X 3FA0A 4WM1A 1B7PA 1C69A 1L73A 252LA 1CJ7A 3RU5A 4Z98A 1L27A 4N5RA 2RSCA 1DKJA 1CUQA 3FI5A 5ILCA 5LVHA 1LMNA 1L35A 2MEEA 4BAFA 234LA 4EJ4A 4ARQA 5K7OA 3ZVQB 4B4IA 1QT8A 2RBQA 1C61A 1YAOA 1UIHA 3SB9A 1CU6A 5T3FA 2EKSC 4XJDA 207LA 2RBOA 1FLUA 5M1YA 205LA 1T8AA 1L85A 1WTHA 1L63A 3D4SA 4J1BA 1L54A 1IWYA 4ZEEA 3CDTA 2Z12A 4PK0A 4G4BA 5D5CA 138LA 1I20A 4GLVA 3DMXA 1JHLA 1L03A 3RNXA 4P2EA 1P37A 4H9IA 3LYZA 5F9UA 1CKHA 2HEBA 210LA 118LA 2F4GA 1CNSA 1L76A 5KKIA 1HEMA 1GFJA 1L65A 4NGLA 3WVXA 3W6DA 1LJEA 4W55A 4N9RA 1LCNA 2G4PA 3A3RX 183LA 4ZPUA 2BQAA 3K2RA 3LZTA 2ZIKA 4I8SA 1B5WA 1CKGA 3ZVQA 1CV4A 3GUNA 4B49A 1LYJA 1QSBA 2BLYA 1D2YA 2BQMA 3ATOA 1QTZA 1LKRA 1IP6A 4MSTA 1HFYA 1UICA 2FYDA 4DT3A 1L71A 5KKJA 3C7YA 4BADA 3TMVA 1P5CA 1GDWA 5A3ZA 1LZTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IDD A;  1GE1 A;  1B7L A;  3WUA A;  4LYB A;  5B59 A;  1UCO A;  4TWS A;  1VFB C;  5JEN B;  1NKH A;  4HTQ A;  5B1F A;  1GBY A;  4LFP A;  1GAY A;  4LZT A;  1IWT A;  1C08 C;  4OWB A;  2YBI A;  3OK0 A;  2I25 L;  1OUB A;  4TSB A;  1LYO A;  5KXW A;  4NY5 A;  5LYT A;  3AZ6 A;  1HEN A;  1UID A;  1EQ4 A;  1DI4 A;  2W1L A;  1HML A;  4B0D A;  2ZWB A;  1LZS A;  3WU8 A;  2ZQ3 A;  5LIO A;  3RT5 X;  5FEK A;  3TMU A;  6LYT A;  3TXH A;  3ZEK A;  1LAA A;  1CJ6 A;  5HQ1 A;  1GE3 A;  1XEK A;  4HPI A;  4OOT A;  4QY9 A;  1HC0 A;  4NGO A;  4EMN A;  4Z41 A;  4IAT A;  5LA5 A;  1LJJ A;  1N4F A;  1CKC A;  2DQH Y;  4RW2 A;  5EBH A;  2YSS C;  3HBH A;  4FJR A;  4J7V A;  4WM1 A;  1B7P A;  1BWJ A;  4LT0 A;  3TMW A;  1D0K A;  1UA6 Y;  1IR7 A;  1B5X A;  1CJ7 A;  3HFM Y;  3RU5 A;  2B5Z A;  3W6E A;  4Z98 A;  4N5R A;  1KIP C;  1F6R A;  2RSC A;  1DKJ A;  1H87 A;  4H9B A;  1OUD A;  4NGY A;  1O23 A;  1TAY A;  1YIL A;  2A7F A;  2Z2E A;  4H94 A;  5ILC A;  3CSZ A;  5LVH A;  1LMN A;  1KXW A;  1LZN A;  1LSE A;  2MEE A;  4LGK A;  4BAF A; 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 4NGI A;  3MGW A;  1BB6 A;  1GFK A;  4WO9 A;  1LMP A;  5I54 A;  4WMG A;  3P68 A;  5I4W A;  4NGW A;  4C5F A;  3B0O A;  3EO5 A;  1TEW A;  2MEC A;  2YDG A;  4GN4 A;  3WL2 A;  5LXW A;  4HPE A;  4ET8 A;  5KXN A;  2MEF A;  4XEN A;  3CT1 A;  1HNL A;  1J1X Y;  1RJC B;  1GB2 A;  5E9R A;  5J7C A;  4TUN A;  3WUN A;  1WQO A;  1HFX A;  1IR9 A;  1IEE A;  3D3D A;  4NGV A;  1BB7 A;  1I56 A;  1F6S A;  1C10 A;  5ILF A;  3IJU A;  5F14 A;  3CT0 A;  1VDS A;  1YAN A;  2YBJ A;  4OW1 A;  1GXX A;  2ZQ4 A;  2BQH A;  1WQQ A;  3GXK A;  1IWV A;  1GB3 A;  3J6K A;  1JSF A;  4N1E I;  4PRU A;  4DWX A;  1NBZ C;  3AW6 A;  1LZB A;  1KIR C;  1LYZ A;  1LSF A;  1GF4 A;  1D0L A;  1LZG A;  3A3Q A;  1GB8 A;  1LSD A;  1BWH A;  1GBS A;  3RZ4 A;  1GDX A;  1GBX A;  2D4J A;  3LN2 A;  3M18 B;  2HED A;  3N9E A;  2YBL A;  4LFX A;  4RDS A;  2FBD A;  1GXV 2;  1AM7 A;  5KXR A;  2BQK A;  4BAP A;  5L9J A;  1GF6 A;  2Z19 A;  4DYG A;  1UC0 A;  4H8Z A;  3TXJ A;  1JKA A;  3LYO A;  2LYZ A;  4DDC A;  3B0K A;  3A8Z A;  1JPO A;  4DC4 A;  1LJG A;  1TBY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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