5LVJA

Hen egg white lysozyme soaked with [h2ind][trans-rucl4(dmso)(hind)]
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Ligand-dependent interaction of anticancer ruthenium complexes with hen egg white lysozyme and human lysozyme
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lvjA00
2YBJA 4KPMA 4W94A 2BQMA 1LHHA 4RLNA 4WLYA 5L3HA 2AUBA 1CKGA 1XGQC 1IOSA 2DQAA 1ZMYL 1BQLY 1LSNA 4GLVA 4OW1A 5C6IA 2G4NA 1IWUA 1LAAA 1WVUA 4NSJA 4GN5C 5II3A 4WMGA 2DQIY 2DQFC 3GXKA 4HJZA 4H8ZA 2BAAA 4A7DA 3WPKA 4H9EA 5KXWA 4PRUA 1OUHA 2BQHA 2RSCA 5B1FA 1G7HC 1N4FA 5LINA 5E4PA 4D9ZA 3WXUA 2H5ZA 1D6PA 4LFXA 1JKAA 1WQOA 3AZ5A 4MSTA 4PJ2C 3WH1A 1GAZA 2I6ZA 1TEWA 4N1EI 5KXLA 3TMXA 5JENB 1LJKA 1JKBA 3W6FA 1DI5A 2G4QA 1HSWA 1LZRA 1QTKA 1GE3A 2FYDA 1YKXX 4C3WA 1IY3A 1XEIA 4GCEA 1A4VA 4NGIA 4YEMA 8LYZA 1JEFA 1NBZC 4RDSA 1DI3A 1GF6A 3RT5X 1GE4A 1OUFA 1CNSA 3RU5A 1IWXA 1YIKA 5A3EA 1LJNA 5LYMA 1P2CC 1GBWA 4HV2A 4NGWA 4WL6A 1LJFA 3B0IA 1LKSA 2LYOA 1IOCA 3EO5A 1LZYA 1YQVY 1HFXA 1JTPL 1IWWA 4NGLA 1BWIA 1GB8A 1B7MA 1BB5A 1IWZA 1LZAA 4H94A 2MEAA 1JISA 2HEFA 4H92A 5HQ1A 1REYA 1WVVA 1B5XA 2W1XA 2YBHA 2EQLA 3AW6A 4WLTA 5HNLA 4XENA 5APCA 5KKIA 4WLDA 4CJ2A 2H9JA 2F2NA 3J6KA 4AGAA 2ZILA 1LMOA 1BB4A 1GFVA 1LOZA 3AJNA 3IJUA 3B0OA 1YL1X 2HEAA 4RW2A 1LHLA 2HU3A 4HP0A 132LA 4G49A 3CSRA 4QEQA 4M6DA 1GFAA 1HNLA 4G9SA 2ZQ4A 4XJBA 5APFA 1B7LA 4QY9A 5IELA 1XFPL 4DDBA 4NWEA 2PC2A 4H9CA 4PRQA 2MEEA 194LA 4NIJA 4RW1A 1LKRA 4GN3A 1TAYA 3W6AA 5LA8A 4ETEA 1HEMA 3P64A 4WO9A 1HFZA 4TTDA 3T6UA 4ML7A 3D9AC 3WUNA 2WARA 4N1CC 1AT6A 4H9FA 5LA5A 1IP3A 4H9HA 1IVMA 1UIAA 4XJHA 1IEEA 1GF3A 4BAFA 4BS7A 4TWSA 1HEQA 3AZ7A 3N9AA 3WXTA 3ATOA 1KIRC 1OUDA 4LYOA 1VAUA 1IP7A 4HPEA 3BKVA 5F9XA 5I4YA 1GE0A 1XGPC 1UIFA 2Z2EA 4LYCA 3TMVA 1BVKC 1HMKA 1JJ0A 1HENA 2B5ZA 1J1PY 1GBOA 3LYOA 1B7QA 1W6ZA 2D6BA 4J7VA 4NHTA 3W6DA 3GXRA 2BQIA 4FJRA 4QGZA 1IO5A 1B5YA 1LJGA 4E3UA 1C46A 1FBIX 1G7JC 3W6EA 1I1ZA 4OWHA 1LSPA 4J0LA 1IY4A 4UWUA 1FLWA 4G4HA 1KXXA 3K3TA 3ZVQB 4FDYA 3D3DA 9LYZA 1B5UA 1GXXA 1YANA 4WM5A 4WM3A 3KAMA 1SQ2L 2ZQ3A 1NWGA 1F0WA 1HEWA 4W96A 2BQEA 4CHXA 1GF9A 4NHSA 1NBYC 4ZFPA 4XADA 2Y8PA 1LSBA 2MEDA 4DDAA 2YBIA 1VFBC 1JKDA 3P4ZA 2D91A 1DQJC 4U3XB 5D5FA 4LT3A 1QSAA 2CGIA 3AGGG 1B7RA 4XJFA 4GLAA 1ZVHL 4LYMA 2D4IA 4NSIA 5F16A 2IFFY 4PGJB 5LAFA 1GF4A 2IHLA 1LYOA 3EBAB 3LZTA 3N9CA 4ET9A 4CGEA 2D4JA 1G7MC 1OUAA 2BQGA 1FKVA 4QDNA 5K7OA 4B4IA 2MEHA 5KY1A 2H9KA 2X0AA 4H9AA 1FLQA 1WQQA 3EXDA 4TX7A 1NF5A 3EMSA 1LJEA 3WU9A 1JJ3A 1D0MA 1I56A 2ZIKA 3F6ZA 2CDSA 3WU8A 1YKZX 4LGKA 1AM7A 2BQOA 4OOTA 3TXFA 2D4KA 2HU1A 4B4EA 1W08A 1WTMA 4TSCA 3TMUA 1DZBX 1IWTA 4I0CA 4DWXA 3ATNA 5KXPA 4H93A 4NSGA 5F81A 1RI8B 2FBBA 2DQDY 4ZIXA 2BPUA 2BQDA 3AYQA 1DKJA 2XTHA 1QQYA 4OWEA 4B0DA 4NGVA 3A3RX 1LZ8A 3WPLA 1H6MA 1C45A 4CFPA 3TMWA 135LA 2LHMA 1NQIA 1ZV5L 4WL7A 1ALCA 3AW7A 1UICA 2XBSA 2LYZA 4OOOA 1DPXA 2NWDX 4KXIA 4EMNA 5LVIA 4B4JA 1DI4A 1QUSA 5ILCA 3AB6A 4WM1A 4NGKA 1FN5A 1LSCA 3HFMY 1FLUA 2BQFA 1IP2A 3BKHA 4J1AA 3LYMA 4PPOA 2XBRA 3WL2A 4HJVA 1LCNA 1JSEA 3A6BY 1CKDA 2BQLA 3A93A 4EOFA 1XGTC 1LSAA 1HMLA 4KT3A 5KXYA 1JPOA 3ULRA 1GD6A 1GFEA 1UIEA 3WVYA 5B59A 2HUBA 1KXWA 1B5WA 3A6CY 1O23A 2CWIA 1OUCA 1LZ5A 1IP6A 1OUJA 4DD1A 1CKCA 2W1LA 2ZYPA 3CSZA 3FI7A 4HPIA 4HTKA 2Z37A 3WW5A 4B49A 2LYMA 4DD3A 2BLXA 2EKSC 5KXRA 4NFVA 1BWHA 1GB7A 1IORA 1BB7A 1GB9A 133LA 1LPIA 1QUTA 1GWDA 1YILA 2GV0A 4GCFA 4TSBA 1YAOA 5DN4A 4DYGA 5I4XA 5LAGA 1JSFA 1NHEA 2XJWA 3W3EA 1D0LA 1WQNA 2MEBA 4DD9A 1BWJA 4DD0A 1IOQA 2BQNA 2C8PA 1VDSA 3FE0A 4LZTA 1B7SA 3WUMA 4J1BA 1LHKA 1LJ3A 1QDTA 3A8ZA 4ZEEA 4Z98A 1LMQA 2DBTA 2F4AA 2G4PA 2FBDA 1UIHA 4HSFA 4NWHA 5B07A 2FYCA 1D6QA 3WU7A 4L41A 1GEVA 1D9UA 4WLXA 1V7SA 3B72A 4XJDA 4WG7A 1UACY 3AZ6A 1LZTA 1WQPA 3P65A 1LJ4A 1FLYA 2Q0MX 3W6CA 4LT1A 3VWOA 5C6JA 1WQMA 1UC0A 1OUEA 2I25L 1LZGA 5D5CA 1JTTL 2Z18A 1AKIA 5AMYA 4ETAA 2ZNWY 1YL0X 4NHPA 3M18B 1HC0A 1H87A 1XGRC 3TXEA 1LSDA 4NGOA 5B1GA 1IP5A 1I20A 4YOPA 1JHLA 2BQBA 4H9BA 1GDWA 1NKHA 3WVXA 1NMMA 4WM2A 3CB7A 1T3PA 1LSZA 1JJ1A 2N5ZA 4LT2A 1YKYX 2MEIA 5IHGA 1V7TA 1LZBA 3B0KA 3RW8A 2YBLA 4XJGA 2BQAA 5DL9A 4HTQA 3HBEX 4GCBA 1GFGA 1RJCB 5A3ZA 1B7NA 4LYTA 1IR9A 3G3AB 1F6SA 4WG1A 5LVKA 2YBNA 4H90A 3A67Y 1PZYA 2LZ2A 4H8XA 1HFYA 3OK0A 4YENA 5LIOA 2MECA 5F9UA 1CJ9A 1IOTA 1AZFA 1LMCA 4N8ZA 2DQCY 1EQ5A 5LVHA 1QTEA 2Z39A 4X3BA 1IC7Y 1LZNA 5LVGA 1GF8A 1VDTA 5KXOA 3A95A 1JWRA 1VEDA 1GFTA 2YVBA 2Z38A 1LZEA 1CJ8A 3WYHA 1XEJA 4OWCA 3WW6A 1GB6A 2EPEA 1IC4Y 3OJPA 4AXTA 1YROA 1RFPA 1B2KA 1OP9B 5HLLA 4I8SA 1YAMA 3IWRA 1SLYA 1JITA 1IR8A 3WPJA 3LZ2A 4II8A 1J1XY 5APEA 4WM6A 1EL1A 1INUA 1GF5A 1NDMC 2HEDA 1LSGA 4H91A 1G7LC 1VDPA 4GCCA 1GPQC 1UA6Y 4RLMA 3CT0A 3P68A 4UWVA 1HEOA 1REZA 1OQMA 4KL7A 4NGJA 1BB6A 1LMNA 3A34A 4GN4A 4OWAA 1B5ZA 1LJJA 1GFJA 1IX0A 5KXMA 1B7OA 4DD2A 1HHLA 1CJ7A 1LSYA 3TXJA 3RZ4A 4ET8A 3E3DA 2A7DA 1JTOL 2ZWBA 1C43A 1GB5A 1KXYA 1VATA 2BLYA 4G4BA 4GCDA 1B0DA 1QDRA 207LA 3N9EA 5LYZA 2HTXA 4MR1A 1RE2A 1VDQA 3TXKA 1GE2A 1LJHA 5T3FA 1GF7A 193LA 1JIYA 4ETDA 1ZVYB 3QNGA 1GFHA 5FDJA 1LZ9A 2BQJA 2Z12A 4NHQA 1LYZA 2F4GA 2YSSC 3AZ4A 1BHZA 4HV1A 4NHIA 1YAPA 2MEFA 3IJVA 3WUAA 4LYBA 4LFPA 4TUNA 1Z55A 6LYZA 5LVJA 1GBZA 1GAYA 1IWYA 1DXJA 134LA 4XN6A 2EIZC 5KJ9A 1LZ1A 1LZ6A 4H1PA 1KIQC 1GBSA 3QY4A 4O34A 4HTNA 4NEBA 5HMJA 1LMTA 3HBHA 1C08C 1IP4A 1B9OA 1IWVA 2I26L 5KXZA 4DC4A 1GHLA 1HELA 5HNCA 1XGUC 3LHMA 4DDCA 4Z41A 4LT0A 1OUBA 5IDDA 1GB2A 5KXKA 1IR7A 3TXHA 1WTNA 1GB3A 3CT1A 4YM8A 3TXGA 4CFOA 1MELL 4H9IA 1GE1A 5ILFA 5KKJA 1LJIA 1LTMA 1REXA 2HEBA 3LYZA 2DQJY 1A2YC 1UIDA 4NGYA 1LZDA 5E9RA 1FDLY 1CKHA 2BQCA 1HSXA 1DPWA 5I4WA 1JUGA 5HMVA 4YEOA 3CSQA 4XJIA 2VB1A 3SP3A 5F14A 5FSTA 5C6LA 5DLAA 1CJ6A 3J4GA 1LSFA 5LYTA 1LZCA 1QIOA 2A7FA 1WQRA 5APDA 1YAQA 3TXIA 1GDXA 5FEKA 4NGZA 4H8YA 1GFKA 3AGIA 1C7PA 6LYTA 1DKKA 4WOAA 4BADA 1IIZA 4WO6A 1GFUA 1LYYA 1LHJA 5J7CA 1MLCE 1GEZA 4ANRA 3LN2A 4NY5A 5DN5A 1BVXA 1LYSA 4R6CA 4XYYA 1B5VA 3G3BB 1IC5Y 3A96A 3A94A 3AGHA 4DT3A 5M1YA 4WM4A 1TDYA 153LA 3WMKA 1OUGA 5B06A 2BQKA 1UBZA 4OWBA 5EBHA 3RNXA 3A92A 4G4CA 1UIBA 1UCOA 4NG1A 4B1AA 1OUIA 2HECA 5FHWA 4BAPA 1LHMA 3HBDA 4Z46A 5KXNA 1BGIA 5FCPA 1LZ4A 2YDGA 4HJYA 1E8LA 1FKQA 2W1YA 3ZEKA 2ZNXY 4ETBA 7LYZA 4LYZA 2ZIJA 1GBXA 1T6VL 1UIGA 3B6LA 3WULA 1LZSA 2DKVA 4NSHA 1TBYA 5DM9A 1AT5A 3LYTA 1HEPA 1D0KA 4IATA 1GBYA 1LSMA 1LMPA 5I5QA 2F30A 1EQ4A 2W1MA 3A3QA 3P66A 2C8OA 2DQEY 2ZYCA 3CQLA 1J1OY 3TXDA 4DD7A 2DQGY 5B05A 1LSEA 4IJ4A 1GF0A 3T36A 1XEKA 1PS5A 3MGWA 1G7IC 1UUZC 5I53A 1GB0A 1REMA 3ZVQA 2Z2FA 1NDGC 2Z19A 1LHIA 208LA 2DQHY 4UWNA 5LXWA 4N5RA 1JKCA 2MEGA 4C5FA 4PHIA 1B7PA 3W6BA 1EQEA 1HF4A 2LZTA 1BB3A 4R0FA 5KXXA 5L9JA 5KXSA 154LA 4N0JA 3A91A 1IP1A 2CJLA 1F10A 5KXTA 1GXV2 4P2EA 1KIPC 2YBMA 4NG8A 5FELA 3M3UA 1TCYA 1RCMA 2HEEA 4MCKA 1HERA 5I54A 1GFRA 1C10A 3A90A 4N9RA 4M4OA 1F6RA 4YF2A 1QSWA 3CT5A 1LMAA 4IASA 1CKFA 3QE8A 1XSFA 3TXBA 4ETCA 4Z3MA 5L3IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L05A 2BQMA 1LHHA 4RLNA 4WLYA 2AUBA 2DQAA 3NY9A 5C6IA 4NSJA 1KW7A 213LA 2DQIY 2DQFC 1L31A 4ARLA 4PRUA 1OYUA 1L87A 1L92A 2H5ZA 3WH1A 1TEWA 214LA 3TMXA 1C6CA 2G4QA 1GE3A 1YKXX 1IY3A 1XEIA 3FADA 4NGIA 8LYZA 3RT5X 1GE4A 1OUFA 3DN1A 1LYGA 1LJNA 4LDLA 1P2CC 4NGWA 4WL6A 1LJFA 3B0IA 102LA 1LZYA 2B7XA 1HFXA 1JTPL 4NGLA 4H94A 2MEAA 1C6KA 1L35A 2YBHA 3C8QA 5APCA 4WLDA 4CJ2A 3J6KA 4AGAA 228LA 2ZILA 4DQ5A 210LA 1L90A 3AJNA 4EKPA 1YL1X 4RW2A 4G49A 223LA 4QEQA 1HNLA 1L99A 4G9SA 2CUUA 177LA 2PC2A 1D3FA 4RW1A 1TAYA 1G0QA 1C6AA 1CV0A 3D9AC 111LA 4BAFA 251LA 1C62A 4TWSA 3WXTA 1VAUA 247LA 2Z2EA 1BVKC 1HMKA 2B5ZA 1L39A 1J1PY 2D6BA 3GXRA 224LA 1B5YA 255LA 4UWUA 1G07A 1KXXA 9LYZA 1CV1A 1SQ2L 2ZQ3A 1F0WA 1XEPA 220LA 2RBSA 1QT7A 4I7MA 3P4ZA 2D91A 4U3XB 1ZYTA 4LT3A 2CGIA 1ZVHL 2D4IA 188LA 1LI3A 2IFFY 5LAFA 1GF4A 230LA 4CGEA 2BQGA 3EXDA 3QAKA 1L20A 1P37A 1L0KA 1AM7A 4B4EA 1DZBX 4H93A 1LWGA 5F81A 2FBBA 2DQDY 2BPUA 2BQDA 3NYAA 1LZ8A 1DYEA 2LHMA 1CX7A 4WL7A 1ALCA 1UICA 5KXKA 2LYZA 1DPXA 225LA 4B4JA 1ZURA 1EPYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YBJ A;  4KPM A;  4W94 A;  2BQM A;  1LHH A;  4RLN A;  4WLY A;  5L3H A;  2AUB A;  1CKG A;  1XGQ C;  1IOS A;  2DQA A;  1ZMY L;  1BQL Y;  1LSN A;  4GLV A;  4OW1 A;  5C6I A;  2G4N A;  1IWU A;  1LAA A;  1WVU A;  4NSJ A;  4GN5 C;  5II3 A;  4WMG A;  2DQI Y;  2DQF C;  3GXK A;  4HJZ A;  4H8Z A;  2BAA A;  4A7D A;  3WPK A;  4H9E A;  5KXW A;  4PRU A;  1OUH A;  2BQH A;  2RSC A;  5B1F A;  1G7H C;  1N4F A;  5LIN A;  5E4P A;  4D9Z A;  3WXU A;  2H5Z A;  1D6P A;  4LFX A;  1JKA A;  1WQO A;  3AZ5 A;  4MST A;  4PJ2 C;  3WH1 A;  1GAZ A;  2I6Z A;  1TEW A;  4N1E I;  5KXL A;  3TMX A;  5JEN B;  1LJK A;  1JKB A;  3W6F A;  1DI5 A;  2G4Q A;  1HSW A;  1LZR A;  1QTK A;  1GE3 A;  2FYD A;  1YKX X;  4C3W A;  1IY3 A;  1XEI A;  4GCE A;  1A4V A;  4NGI A;  4YEM A;  8LYZ A;  1JEF A;  1NBZ C;  4RDS A;  1DI3 A;  1GF6 A;  3RT5 X;  1GE4 A;  1OUF A;  1CNS A;  3RU5 A;  1IWX A;  1YIK A;  5A3E A;  1LJN A;  5LYM A;  1P2C C;  1GBW A;  4HV2 A;  4NGW A;  4WL6 A;  1LJF A;  3B0I A;  1LKS A;  2LYO A;  1IOC A;  3EO5 A;  1LZY A;  1YQV Y;  1HFX A; 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 4DT3 A;  5M1Y A;  4WM4 A;  1TDY A;  153L A;  3WMK A;  1OUG A;  5B06 A;  2BQK A;  1UBZ A;  4OWB A;  5EBH A;  3RNX A;  3A92 A;  4G4C A;  1UIB A;  1UCO A;  4NG1 A;  4B1A A;  1OUI A;  2HEC A;  5FHW A;  4BAP A;  1LHM A;  3HBD A;  4Z46 A;  5KXN A;  1BGI A;  5FCP A;  1LZ4 A;  2YDG A;  4HJY A;  1E8L A;  1FKQ A;  2W1Y A;  3ZEK A;  2ZNX Y;  4ETB A;  7LYZ A;  4LYZ A;  2ZIJ A;  1GBX A;  1T6V L;  1UIG A;  3B6L A;  3WUL A;  1LZS A;  2DKV A;  4NSH A;  1TBY A;  5DM9 A;  1AT5 A;  3LYT A;  1HEP A;  1D0K A;  4IAT A;  1GBY A;  1LSM A;  1LMP A;  5I5Q A;  2F30 A;  1EQ4 A;  2W1M A;  3A3Q A;  3P66 A;  2C8O A;  2DQE Y;  2ZYC A;  3CQL A;  1J1O Y;  3TXD A;  4DD7 A;  2DQG Y;  5B05 A;  1LSE A;  4IJ4 A;  1GF0 A;  3T36 A;  1XEK A;  1PS5 A;  3MGW A;  1G7I C;  1UUZ C;  5I53 A;  1GB0 A;  1REM A;  3ZVQ A;  2Z2F A;  1NDG C;  2Z19 A;  1LHI A;  208L A;  2DQH Y;  4UWN A;  5LXW A;  4N5R A;  1JKC A;  2MEG A;  4C5F A;  4PHI A;  1B7P A;  3W6B A;  1EQE A;  1HF4 A;  2LZT A;  1BB3 A;  4R0F A;  5KXX A;  5L9J A;  5KXS A;  154L A;  4N0J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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