5LVJA

Hen egg white lysozyme soaked with [h2ind][trans-rucl4(dmso)(hind)]
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand-dependent interaction of anticancer ruthenium complexes with hen egg white lysozyme and human lysozyme
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lvjA00
2D91A 1GBWA 4I0CA 3TXFA 2MEDA 1LZAA 5KXZA 3WW5A 1OUEA 2ZYCA 4DD3A 1GFRA 4OOOA 2MEIA 1B7QA 1CNSA 1V7SA 4IJ4A 1C08C 1IOQA 2BQMA 3AZ6A 4L41A 2FYCA 1CKFA 4NIJA 4WOAA 3A8ZA 5B05A 5LA8A 1GF5A 1WQMA 3A95A 1GDXA 4GLAA 4P2EA 4J7VA 2BLXA 4I8SA 1YKXX 5J7CA 2DQHY 4ZFPA 1LZBA 1BVXA 1TCYA 2BQLA 1F10A 1IR7A 3D3DA 5APDA 5KJ9A 4TWSA 4J1AA 4J0LA 4TSCA 4GN4A 1LZRA 1IO5A 5L3HA 5APCA 4YM8A 6LYTA 2I6ZA 1XSFA 2HU3A 3RT5X 1B5VA 3B72A 5C6LA 1LMOA 1JTPL 1EQ4A 3EXDA 1JEFA 1ZV5L 4H8YA 1LYSA 2LYMA 4HSFA 4DD9A 7LYZA 1JISA 1HEQA 1WTNA 5LYTA 3LZTA 1LAAA 1XGUC 3EMSA 3MGWA 1SLYA 1UIHA 3WUMA 2YBHA 1BWJA 4XYYA 3AGHA 1W6ZA 1D0LA 1H6MA 4H9AA 2HUBA 4HP0A 5JENB 4BS7A 4CFOA 3OK0A 1FLYA 1GF8A 1LYYA 4LT2A 3WU7A 4ZEEA 1WTMA 1CJ7A 4TTDA 1LSBA 3ULRA 1GHLA 1UBZA 1GFEA 1LZDA 1DKJA 1TEWA 1G7MC 3WPLA 3ZEKA 1KXXA 1HENA 3IJVA 5KXNA 4HPEA 4II8A 4M6DA 3WXUA 1GF4A 1GFUA 1J1XY 1B7NA 1B5ZA 4TX7A 5HNCA 1HFXA 4LGKA 3TXIA 2EQLA 1FLUA 2BQBA 1GEZA 4PPOA 4U3XB 4H8XA 3HBEX 1QUTA 1YAMA 4H94A 3CSZA 4GCFA 5HMVA 5D5CA 1HSWA 2D6BA 3LYTA 5HQ1A 5K7OA 2XBRA 2Z37A 4WM1A 1GF6A 3CQLA 4B1AA 1UACY 1REYA 1NHEA 1IP3A 1PZYA 2MEHA 5LXWA 4LYMA 3FE0A 5AMYA 1UA6Y 2Z18A 5E9RA 3IWRA 1I56A 2LYZA 3LYMA 1OQMA 1LSMA 5KXLA 2Z2EA 4DD0A 8LYZA 1LHKA 2DQIY 4LYCA 4ETAA 4DD1A 1LJFA 1HEPA 4H1PA 1IR8A 1XGPC 1JTOL 4G49A 4H93A 1VDQA 1LMCA 1DI5A 4GLVA 1GF3A 3LYZA 1RE2A 5LA5A 4NHIA 4X3BA 2EPEA 5I54A 4EMNA 1JKCA 193LA 1B7PA 1LSFA 4BAPA 2DQFC 5LVIA 1LMQA 1NF5A 1REMA 3EBAB 1YL0X 1TDYA 2Z38A 3TMVA 4GCCA 1DI3A 4PJ2C 5I4YA 1XFPL 1CJ6A 2BQAA 2MECA 1GFKA 3CT0A 4WM6A 5B1FA 1IP5A 5C6JA 1F0WA 1LJ4A 1LZ1A 4G9SA 4OWAA 2YBIA 134LA 1B9OA 2F30A 5LAGA 1GAYA 1XEJA 4WLXA 1BB4A 1QSAA 1B5UA 1GFGA 3J4GA 3P4ZA 4WL6A 1RI8B 1IOCA 3P68A 1D0MA 3KAMA 2HU1A 1BB6A 3TMUA 1LHIA 3A91A 1KXYA 4OWCA 4XJFA 1NWGA 4AGAA 4IATA 3AYQA 1B5XA 1AM7A 1C7PA 4NSJA 2ZIJA 2VB1A 1LMNA 2BQCA 2YBMA 1GE1A 1YAOA 4NG1A 4NGLA 4TSBA 3TXGA 3A90A 2HEBA 3LHMA 3WPKA 2BQFA 3IJUA 1GBYA 1AZFA 2BAAA 5M1YA 1BB7A 2ZNWY 4NGVA 1B2KA 2D4JA 1NDMC 2LZ2A 3HBDA 4RLNA 1LSGA 1IWUA 4DWXA 2ZQ4A 1GFHA 1C10A 1YAQA 4XJGA 1XEIA 3WU9A 5LAFA 3WUNA 4GN5C 5KKIA 2YSSC 1A4VA 2BQGA 2MEFA 2MEEA 3N9EA 4XENA 2DQEY 4ML7A 1RCMA 1UIDA 2MEAA 3G3BB 5A3ZA 1YQVY 1GB5A 1JJ1A 2YVBA 1B5WA 1QQYA 3AZ4A 4LT1A 6LYZA 1GB7A 4PRUA 2G4QA 1WQNA 1OUAA 1J1PY 1IWZA 3BKHA 2MEGA 1WQPA 2DQGY 4N0JA 4CJ2A 3A6BY 3B0IA 4KXIA 5II3A 3RW8A 1B0DA 1IP2A 1LHLA 1VAUA 3B0OA 2XJWA 3M18B 1LHHA 1OUFA 1Z55A 1NMMA 3B0KA 4WG7A 3AB6A 4DYGA 4PGJB 3WUAA 5I4WA 1BQLY 4H9IA 2HEFA 2EIZC 4ET9A 4QY9A 3B6LA 2BQOA 4N1EI 4E3UA 3TXJA 1IP7A 5APEA 5E4PA 1IP1A 2CWIA 2DQDY 1CKCA 4LZTA 1CJ8A 2IHLA 4NGWA 4PHIA 5I53A 3A96A 1EQEA 1G7LC 1JUGA 1MELL 4LYZA 4R0FA 4YEOA 1IC5Y 3OJPA 1E8LA 1VDSA 3WXTA 1G7HC 2CGIA 3AJNA 3AW7A 4TUNA 5F81A 4NHQA 1LZ6A 1QUSA 4LT3A 1FBIX 1NQIA 4XJBA 1LZGA 3W6DA 3ATNA 1I1ZA 1JKDA 1GD6A 2N5ZA 1LZ4A 2YDGA 3BKVA 4H9EA 1KIPC 1LJKA 1LMTA 4H91A 3W6FA 3WL2A 4WMGA 3WPJA 4MR1A 1G7IC 4LFPA 4LYOA 4KPMA 1QIOA 4OOTA 3TMXA 4LYBA 4B4EA 4HV2A 153LA 5FCPA 5KXRA 1IP6A 4G4HA 1LJNA 2DQCY 4YOPA 5LVKA 2ZQ3A 1D9UA 1LZCA 1IVMA 1KIRC 4XJIA 1NBZC 3A3QA 5D5FA 1AKIA 1LZTA 2YBLA 4HJYA 1OUIA 1D6PA 1LMPA 4YF2A 5KXWA 1LJ3A 4NSIA 1BWIA 5LYZA 4M4OA 3A94A 4GCEA 4B4IA 4ETEA 4FDYA 1OUCA 1LJEA 4QDNA 1NDGC 1XGTC 2F2NA 1LYZA 2F4AA 1D0KA 4XJHA 5B06A 1LTMA 2DQJY 3AGIA 3N9AA 3QE8A 1IWVA 4YENA 1LSZA 1VEDA 5APFA 1JPOA 4DD2A 1XGQC 2W1LA 1UIFA 1ZMYL 1V7TA 4A7DA 3T6UA 4WLYA 5LINA 1BHZA 4YEMA 4KT3A 1GB6A 5LYMA 1GXXA 3ZVQA 5I5QA 1B5YA 1OUGA 4Z46A 4WM4A 5A3EA 2BPUA 3WYHA 3LN2A 3P66A 3TXKA 2BQIA 1IOSA 1FLQA 5IDDA 5KXTA 1QSWA 1VDPA 1FLWA 2CJLA 4H9BA 4H90A 4LFXA 1GB2A 1DKKA 2RSCA 2ZYPA 2IFFY 1LSDA 1IORA 5LIOA 135LA 1UC0A 1FKQA 1GE0A 3J6KA 1O23A 2HEDA 4GN3A 1YANA 2FYDA 3HBHA 3A93A 4NSGA 2X0AA 3A67Y 4H9FA 5FSTA 1GE4A 1REZA 4J1BA 4HTKA 4IASA 133LA 1XEKA 4XJDA 2DQAA 5FDJA 2BQEA 1GF9A 1HFZA 5KXSA 2YBNA 5ILCA 2H9JA 1UIEA 5HLLA 1GB0A 2ZNXY 1IR9A 3WVYA 1UUZC 2A7DA 1LHMA 4FJRA 4ETDA 4OW1A 5F9UA 4KL7A 4WM2A 1RJCB 3LZ2A 1CJ9A 4EOFA 5B07A 3WVXA 1GBZA 1JKAA 1NBYC 2HEEA 4OWHA 1UICA 1IIZA 1JIYA 1LZ9A 3HFMY 1BVKC 1GDWA 5KXPA 1GE3A 1LZEA 3ZVQB 2W1MA 4RW2A 1UIBA 3AZ5A 5L3IA 1GXV2 1LJIA 5FELA 4D9ZA 3P65A 1KIQC 4HPIA 2D4IA 4G4BA 1WQQA 3W6AA 1HSXA 1MLCE 4BADA 4C3WA 1EQ5A 1GF0A 2GV0A 2B5ZA 1GAZA 2XTHA 4B4JA 154LA 2DKVA 3A3RX 1CKGA 1JWRA 3G3AB 1YROA 2BQHA 4NGJA 5DL9A 4CFPA 2LHMA 4ET8A 1LSPA 1W08A 1WQRA 207LA 2BQKA 1JSFA 4WLDA 4N9RA 1LSEA 1F6RA 1GFAA 1QDRA 4NGIA 1LZNA 1LYOA 4O34A 2MEBA 4DDAA 5KXXA 1QDTA 2EKSC 5I4XA 194LA 1OUHA 4HTQA 5T3FA 1QTEA 2HEAA 4NFVA 5FEKA 1P2CC 2HECA 2XBSA 3K3TA 5LVHA 1IY4A 1LSAA 1HNLA 2ZIKA 4H92A 4NGOA 4GCDA 4B49A 2ZILA 1JKBA 2Z12A 3VWOA 1DQJC 3W6CA 2NWDX 1BB5A 1LJHA 2Q0MX 4H9CA 1VDTA 5ILFA 1LOZA 4WO9A 2C8PA 5C6IA 1LZ5A 4OWBA 4RW1A 1HEWA 4WG1A 1YAPA 4WM3A 1IOTA 1B7LA 4MSTA 4XADA 1LJGA 1YILA 4ZIXA 2YBJA 5DLAA 2BLYA 4RLMA 3TMWA 1GB3A 4CHXA 5F14A 2I25L 1VFBC 5LVJA 1FN5A 1CKHA 1IP4A 3A92A 4N8ZA 1HEOA 4R6CA 1CKDA 1OUJA 2HTXA 1GBSA 3TXHA 3ATOA 1B7OA 2G4NA 4N1CC 1A2YC 1KXWA 2ZWBA 4WM5A 1GBOA 3CSRA 1C45A 4NSHA 1DZBX 4DDBA 1HMLA 1IWWA 2F4GA 3TXDA 4NGYA 1JSEA 4RDSA 1QTKA 4NEBA 5FHWA 1LKRA 1TAYA 4H9HA 5DN5A 4LYTA 3D9AC 1GFTA 1UIAA 4W96A 4ETBA 2D4KA 3M3UA 1LMAA 1GEVA 1SQ2L 4NG8A 4NHTA 3FI7A 1IWXA 1YKZX 3N9CA 3WU8A 1OUDA 4WO6A 4DD7A 4WLTA 9LYZA 1BGIA 1C43A 1JJ3A 1HMKA 1AT5A 1JTTL 3AZ7A 4W94A 3QNGA 3WW6A 1GB8A 1T6VL 3TXBA 5B59A 1IC4Y 1J1OY 1YKYX 4Z41A 3GXRA 4UWUA 1YL1X 4GCBA 3W3EA 5KXKA 1N4FA 4DDCA 4OWEA 5B1GA 2A7FA 1GBXA 1JITA 1IX0A 2AUBA 2FBBA 4G4CA 1OP9B 3GXKA 1I20A 3W6EA 4MCKA 1HHLA 2W1XA 3CB7A 1AT6A 4XN6A 1EL1A 1RFPA 4UWVA 5LVGA 2DBTA 1T3PA 5KXOA 3AGGG 4HJVA 1JJ0A 1GFVA 1NKHA 1ZVHL 3WULA 5KY1A 5IHGA 3F6ZA 1UCOA 1IC7Y 1VATA 5DM9A 1LHJA 1WVVA 2PC2A 1GF7A 1IEEA 4NY5A 1GPQC 2BQJA 3A34A 1HERA 1G7JC 1FDLY 3LYOA 3RU5A 1LZSA 3WMKA 4ETCA 1GWDA 1D6QA 2CDSA 5F9XA 5F16A 1GE2A 1LSCA 3CSQA 4UWNA 5KKJA 2BQNA 1B7SA 3W6BA 3E3DA 5HMJA 5HNLA 1JHLA 1HEMA 2WARA 3CT1A 2FBDA 1LSYA 2W1YA 1HELA 3A6CY 3WH1A 5KXMA 1OUBA 2Y8PA 2LYOA 1UIGA 2H9KA 1C46A 4QEQA 4AXTA 4NGKA 3SP3A 1LJJA 1BWHA 2H5ZA 4CGEA 1YIKA 5EBHA 1DXJA 4HJZA 4NWEA 4LT0A 4Z98A 1IWYA 4NGZA 4DT3A 2Z2FA 1LKSA 3EO5A 1ALCA 1FKVA 1LZYA 1TBYA 2I26L 4HTNA 4ANRA 5IELA 1IWTA 3P64A 4QGZA 2LZTA 5DN4A 1REXA 1HF4A 1H87A 5L9JA 2BQDA 1WVUA 2Z19A 4B0DA 4Z3MA 1ZVYB 1XGRC 4H8ZA 2G4PA 3QY4A 1F6SA 1INUA 3RNXA 4WL7A 1WQOA 3TXEA 1B7MA 1HFYA 4NHSA 1IY3A 4C5FA 1LSNA 3RZ4A 4PRQA 1DPWA 1DPXA 4NWHA 4NHPA 1LCNA 1GB9A 1HC0A 132LA 4HV1A 5KXYA 1LZ8A 1PS5A 4BAFA 1GFJA 1BB3A 208LA 3T36A 4DC4A 3AW6A 1LPIA 1B7RA 3CT5A 4N5RA 2C8OA 1DI4A 2Z39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D91A 1XJTA 5KXZA 1GFRA 1V7SA 1SX2A 2F47A 3A95A 1GDXA 4I8SA 4ZFPA 1LZBA 1BVXA 5APDA 1IR7A 4TWSA 1CV4A 1IO5A 1C6TA 3B72A 1EQ4A 1PQDA 241LA 2LYMA 1JISA 3GUPA 3LZTA 3EMSA 2OEAX 1SLYA 1UIHA 3WUMA 1CUPA 4EKPA 4XYYA 1L71A 1L55A 2HUBA 1L77A 4CFOA 1FLYA 233LA 1CJ7A 1L63A 1GHLA 1DKJA 4W53A 1D2YA 1GF4A 1L47A 1B5ZA 1L91A 5HNCA 2RBPA 142LA 195LA 3HBEX 4H94A 3CSZA 1HSWA 1LGWA 1P5CA 1GF6A 1REYA 1L92A 1NHEA 3FE0A 5AMYA 2Z18A 3LYMA 4DD0A 251LA 1XGPC 4G49A 1L22A 3LYZA 4EMNA 1B7PA 145LA 1P6YA 2DQFC 1NF5A 3TMVA 1DI3A 2MECA 4WM6A 1L08A 1QTZA 249LA 3C8RA 2YBIA 1C6KA 5LAGA 1QSAA 3P4ZA 1C6CA 1D0MA 3KAMA 4EKSA 1LHIA 3A91A 4OWCA 4TSBA 3LHMA 2XQOA 1GBYA 1BB7A 1JTNA 2ZNWY 2D4JA 1L54A 1NDMC 4RLNA 1LYJA 1LSGA 1C6LA 3WU9A 5KKIA 2BQGA 185LA 1UIDA 164LA 1GB5A 1JJ1A 1PQIA 1C6GA 2Q9EA 1QUGA 1OUAA 4W52A 2RB0X 4CJ2A 3A6BY 5II3A 1LHLA 3M18B 2XJWA 1LHHA 1OUFA 1NMMA 3B0KA 112LA 4H9IA 2EIZC 3C82A 3HH6A 1CTWA 5APEA 5I53A 4LYZA 2QB0B 1IC5Y 1L41A 1E8LA 1C6AA 2CGIA 3PDSA 4NHQA 4LT3A 1SSWA 3ATNA 1JKDA 2N5ZA 2YDGA 4H9EA 1LJKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2D91 A;  1GBW A;  4I0C A;  3TXF A;  2MED A;  1LZA A;  5KXZ A;  3WW5 A;  1OUE A;  2ZYC A;  4DD3 A;  1GFR A;  4OOO A;  2MEI A;  1B7Q A;  1CNS A;  1V7S A;  4IJ4 A;  1C08 C;  1IOQ A;  2BQM A;  3AZ6 A;  4L41 A;  2FYC A;  1CKF A;  4NIJ A;  4WOA A;  3A8Z A;  5B05 A;  5LA8 A;  1GF5 A;  1WQM A;  3A95 A;  1GDX A;  4GLA A;  4P2E A;  4J7V A;  2BLX A;  4I8S A;  1YKX X;  5J7C A;  2DQH Y;  4ZFP A;  1LZB A;  1BVX A;  1TCY A;  2BQL A;  1F10 A;  1IR7 A;  3D3D A;  5APD A;  5KJ9 A;  4TWS A;  4J1A A;  4J0L A;  4TSC A;  4GN4 A;  1LZR A;  1IO5 A;  5L3H A;  5APC A;  4YM8 A;  6LYT A;  2I6Z A;  1XSF A;  2HU3 A;  3RT5 X;  1B5V A;  3B72 A;  5C6L A;  1LMO A;  1JTP L;  1EQ4 A;  3EXD A;  1JEF A;  1ZV5 L;  4H8Y A;  1LYS A;  2LYM A;  4HSF A;  4DD9 A;  7LYZ A;  1JIS A;  1HEQ A;  1WTN A;  5LYT A;  3LZT A;  1LAA A;  1XGU C;  3EMS A;  3MGW A;  1SLY A;  1UIH A;  3WUM A;  2YBH A;  1BWJ A;  4XYY A;  3AGH A;  1W6Z A;  1D0L A;  1H6M A;  4H9A A;  2HUB A;  4HP0 A;  5JEN B;  4BS7 A;  4CFO A;  3OK0 A;  1FLY A;  1GF8 A;  1LYY A;  4LT2 A; 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 1NKH A;  1ZVH L;  3WUL A;  5KY1 A;  5IHG A;  3F6Z A;  1UCO A;  1IC7 Y;  1VAT A;  5DM9 A;  1LHJ A;  1WVV A;  2PC2 A;  1GF7 A;  1IEE A;  4NY5 A;  1GPQ C;  2BQJ A;  3A34 A;  1HER A;  1G7J C;  1FDL Y;  3LYO A;  3RU5 A;  1LZS A;  3WMK A;  4ETC A;  1GWD A;  1D6Q A;  2CDS A;  5F9X A;  5F16 A;  1GE2 A;  1LSC A;  3CSQ A;  4UWN A;  5KKJ A;  2BQN A;  1B7S A;  3W6B A;  3E3D A;  5HMJ A;  5HNL A;  1JHL A;  1HEM A;  2WAR A;  3CT1 A;  2FBD A;  1LSY A;  2W1Y A;  1HEL A;  3A6C Y;  3WH1 A;  5KXM A;  1OUB A;  2Y8P A;  2LYO A;  1UIG A;  2H9K A;  1C46 A;  4QEQ A;  4AXT A;  4NGK A;  3SP3 A;  1LJJ A;  1BWH A;  2H5Z A;  4CGE A;  1YIK A;  5EBH A;  1DXJ A;  4HJZ A;  4NWE A;  4LT0 A;  4Z98 A;  1IWY A;  4NGZ A;  4DT3 A;  2Z2F A;  1LKS A;  3EO5 A;  1ALC A;  1FKV A;  1LZY A;  1TBY A;  2I26 L;  4HTN A;  4ANR A;  5IEL A;  1IWT A;  3P64 A;  4QGZ A;  2LZT A;  5DN4 A;  1REX A;  1HF4 A;  1H87 A;  5L9J A;  2BQD A;  1WVU A;  2Z19 A;  4B0D A;  4Z3M A;  1ZVY B;  1XGR C;  4H8Z A;  2G4P A;  3QY4 A;  1F6S A;  1INU A;  3RNX A;  4WL7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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