5LYTA

Comparison of radiation-induced decay and structure refinement from x-ray data collected from lysozyme crystals at low and ambient temperatures
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 39
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lytA00
2ZWBA 4B4JA 2BAAA 1B9OA 4XJIA 1DKKA 1TDYA 4FDYA 4WL7A 5LYZA 1G7HC 4NHSA 4NEBA 1OUCA 4AXTA 1LSAA 2HU1A 3W6CA 1LZYA 5LIOA 1JTPL 1LJ4A 1W6ZA 2DQJY 5KXSA 2ZNWY 2BQOA 1RE2A 4XJFA 4Z98A 1C45A 1XGUC 1GBYA 1B5UA 2B5ZA 4WG7A 1BB7A 4B4EA 1ZMYL 1GBZA 2DQCY 4YOPA 4H9BA 5D5CA 5LA5A 1JTTL 1GXXA 1OUFA 1FLYA 5D5FA 2MEAA 1KIRC 1YKYX 1QTEA 1LZBA 5HQ1A 3N9EA 3WUMA 1XGTC 2YDGA 2Z37A 4YM8A 2DKVA 1VAUA 3LYTA 3WYHA 4H9FA 153LA 5KXOA 1NKHA 2ZYPA 1HEPA 5EBHA 1AM7A 1WVUA 4H1PA 5B06A 3IJUA 5KXWA 4NGJA 5LVHA 1PZYA 3TMUA 4ETAA 5KXPA 1B5WA 2HTXA 3ATOA 3KAMA 1T6VL 2Z18A 1QUSA 1UIHA 1LAAA 1GFGA 5KXZA 1GB8A 2DQFC 4FJRA 1CJ6A 1LPIA 1LSNA 3TMVA 5B59A 1RFPA 1JJ0A 1C7PA 1EQ4A 3AGIA 2W1LA 4CFPA 3W6FA 5I5QA 1CKHA 4N0JA 4DDAA 2CJLA 1TCYA 3BKVA 1UA6Y 5E9RA 1OP9B 4B0DA 1GE3A 1OUEA 3WPJA 1IY4A 5J7CA 1TAYA 1IWTA 2MEIA 1B5YA 1LZEA 4ZFPA 1GF5A 1WQMA 3P66A 1LZRA 1B5VA 1UIGA 1JSEA 1OUBA 2EIZC 3QE8A 2BQIA 4NGOA 1NBZC 1GFHA 1JKAA 2X0AA 2G4NA 4XENA 2IFFY 1LHHA 1V7TA 3A96A 4KT3A 1CJ8A 1GBXA 5IDDA 5KXNA 4C5FA 4H92A 1KXWA 1LJFA 3WU8A 1LHKA 1QUTA 1LJIA 135LA 4OWHA 1QDTA 1DKJA 1IWZA 1UIEA 3WL2A 3WU9A 1A2YC 5LVJA 1IEEA 4DD1A 1JJ1A 5B1FA 4HPEA 1C08C 3TMXA 1GF8A 4H9EA 3A93A 3OJPA 1FBIX 1OUDA 3TXDA 4BS7A 5F14A 5KKIA 1HELA 4HTQA 3AZ6A 5T3FA 1LHJA 4DD0A 3WU7A 2ZNXY 3QNGA 4I0CA 5KXMA 1D6PA 3M18B 2D4JA 5APDA 4GN3A 1LJGA 3W6BA 3WXTA 4WM3A 4XN6A 1IVMA 1CJ9A 1HHLA 1B2KA 1IX0A 1B7SA 2LYOA 2WARA 1B7LA 2YBHA 4DYGA 1XEIA 1EQ5A 4H8XA 2ZIKA 4J1BA 3BKHA 1LZ8A 1GFRA 1H87A 4J0LA 3F6ZA 2C8PA 1GFAA 2FYCA 2MECA 4NGLA 5ILFA 1GBOA 4WM2A 1G7IC 3WVYA 1GEZA 2A7FA 1GFTA 5DM9A 2I6ZA 1W08A 1GAYA 1CKCA 5FSTA 2Z2FA 5I4WA 1YAQA 1O23A 2DQHY 2DQIY 5I53A 1LSDA 4N9RA 1UCOA 1GF3A 1D0MA 1BGIA 1LHMA 1I20A 4ML7A 4ET9A 4NHQA 154LA 1F10A 4RDSA 4RW2A 1AT6A 4NGYA 5IELA 2W1XA 4LT0A 1LSYA 208LA 2Q0MX 5C6IA 1IC7Y 4R6CA 1HERA 2PC2A 2BQKA 1IR8A 3AZ4A 1NF5A 1VFBC 1LZDA 1BWJA 1JJ3A 4HTKA 4IASA 1IP2A 1GF4A 4YEMA 3D3DA 5B07A 1JWRA 4UWVA 3ULRA 1UIDA 3IWRA 1LZ9A 5KXXA 5LXWA 5LYMA 194LA 134LA 5LVKA 1NDMC 3CSZA 1LMAA 4IATA 4ANRA 1HMLA 4PRQA 1IY3A 1XEKA 1LKSA 1LZCA 4R0FA 1LCNA 1B7MA 2Z39A 1JHLA 3LZ2A 2HECA 5KXRA 3AZ5A 2XBSA 4WG1A 4NGKA 3K3TA 4CGEA 1JTOL 2C8OA 2A7DA 1RCMA 4WLDA 1KIPC 2MEGA 1IWUA 1DPWA 4H9CA 3A3QA 5FCPA 1DQJC 5DLAA 1H6MA 1YKXX 1IWVA 3D9AC 1GF7A 4GCBA 1IOQA 1OUGA 3B0IA 1GB0A 4DD3A 1NDGC 1G7MC 4NGWA 1GB7A 2G4PA 1LHIA 2VB1A 1HFYA 5B05A 1YL0X 3G3AB 3HBEX 2ZQ4A 1LYZA 1JISA 2FBBA 4MCKA 1LYOA 1WQRA 5ILCA 3TXJA 1WTNA 2HEDA 1SQ2L 3LYOA 4H9IA 1LYSA 1J1PY 3P65A 6LYTA 5JENB 2ZILA 4QEQA 2MEHA 4NIJA 5M1YA 3W3EA 4KL7A 1HSXA 3TXEA 8LYZA 1XGPC 2BQHA 1D6QA 3QY4A 1IP4A 4Z3MA 2H9JA 5HNLA 1LHLA 1DZBX 2BQBA 1IWWA 1LZTA 1B7RA 2DQEY 4M6DA 1LZNA 5APFA 1GEVA 1MELL 2CWIA 4CHXA 4XYYA 5LAGA 4LYZA 5F81A 1XEJA 1BB5A 1I1ZA 1GFVA 1XSFA 1NQIA 207LA 2H9KA 3AB6A 4NG1A 5KXKA 4G49A 2G4QA 2EQLA 5L9JA 4RW1A 4H9HA 1HEQA 1RI8B 1GBWA 3EO5A 5AMYA 5B1GA 4DD2A 2GV0A 1GFEA 4PJ2C 5KXTA 1HEMA 1AKIA 2CGIA 2D4KA 4LT1A 5FDJA 5APEA 1LZGA 4WO9A 1KXXA 2I26L 3A6BY 3WULA 4WM4A 3RW8A 4Z46A 3A34A 2YBIA 1GDXA 1LSMA 1UC0A 4GCDA 3CSRA 1LJHA 5KKJA 4A7DA 3AZ7A 1OUAA 4H9AA 1BB6A 4TX7A 3IJVA 1ZV5L 1GFJA 4HJZA 1JEFA 1HEWA 2Z38A 3EMSA 4E3UA 1IP1A 4G4BA 5C6LA 2F4AA 1B0DA 1LZ5A 1BWIA 1JITA 4QY9A 1REMA 5KJ9A 1FLUA 4J1AA 1QSWA 1VEDA 4XJBA 4EOFA 1BVXA 1GWDA 3A91A 4ZIXA 4DC4A 5E4PA 4LT2A 4ETCA 2BQJA 1REXA 2H5ZA 2EPEA 3LN2A 1HF4A 1HNLA 2Y8PA 4O34A 1GDWA 1PS5A 4WLXA 1OUJA 1IR7A 4H8ZA 1BB4A 1IO5A 1RJCB 1UACY 1TBYA 2Z19A 2NWDX 2DBTA 2MEEA 1FN5A 4DDBA 1IC5Y 4N5RA 4OWAA 1IP6A 1IP5A 3HFMY 1QQYA 4OWEA 3CSQA 4B49A 4NG8A 2BQAA 1LSCA 4LFXA 5FEKA 1HC0A 1WQOA 1VDTA 1YIKA 4AGAA 2D6BA 3A67Y 1REYA 3B6LA 4LYOA 5C6JA 3W6DA 3SP3A 4P2EA 1GBSA 2W1MA 4NSJA 1HEOA 3GXKA 1A4VA 3HBDA 4YENA 3TXGA 4X3BA 5F9UA 3ZVQB 1CKDA 1J1XY 2BQCA 1GF6A 1VATA 1JKCA 3CT5A 1LJNA 1LMQA 5LYTA 4GCCA 2XTHA 3CB7A 4LZTA 4LYMA 1IWYA 5FHWA 2HU3A 4UWUA 1F6RA 1GE4A 2BQLA 4WMGA 1IC4Y 6LYZA 5LINA 5LVGA 3WXUA 5APCA 1IORA 1HSWA 3VWOA 3J6KA 3WH1A 1BVKC 1DI3A 1UIFA 133LA 4CJ2A 5I54A 3A90A 2MEFA 3T6UA 1GB9A 3TXHA 1DI4A 2DQAA 4GLVA 1B7PA 4NGIA 4YEOA 4DDCA 1UBZA 2D91A 1G7LC 1QTKA 2HEAA 1FDLY 2YBJA 4N1CC 1N4FA 1LMCA 1YANA 2YBLA 1EQEA 1YAOA 4II8A 3WPLA 5II3A 1WQPA 4W96A 4B1AA 4GLAA 3B0OA 2I25L 1MLCE 4MR1A 3TXFA 1YROA 1JUGA 2Z12A 4G4CA 4RLNA 1AT5A 1IP3A 4GN5C 3EXDA 4GCEA 4HJVA 4OWBA 1LZ1A 4B4IA 4G9SA 1D0LA 4WLTA 2BLXA 4C3WA 4HV1A 4WOAA 2FYDA 4BAPA 1FKQA 4M4OA 5F9XA 1AZFA 1LZSA 1UICA 1LZAA 3AGHA 3WW6A 4DT3A 1Z55A 2YVBA 2ZYCA 3P68A 3N9AA 1WTMA 5I4XA 3GXRA 1DI5A 1GB2A 1UIAA 1UUZC 1WVVA 2XJWA 4OOTA 4WLYA 2RSCA 4NGZA 2HEEA 4OW1A 3WW5A 3ZEKA 4PRUA 4TSCA 3CT0A 2F30A 4PHIA 4HP0A 2HUBA 4CFOA 4LT3A 4I8SA 1JKDA 2LZ2A 1CNSA 4TUNA 1LMNA 5L3HA 1BB3A 5LA8A 2EKSC 2LHMA 1OUIA 3A92A 1LTMA 2LYZA 3OK0A 4N8ZA 1QIOA 2DQGY 4J7VA 4UWNA 3M3UA 3LZTA 5L3IA 4ZEEA 2BQEA 1GE0A 1B7OA 4BAFA 4HSFA 1B5XA 5FELA 3G3BB 4H94A 2YSSC 3A6CY 4RLMA 3N9CA 4EMNA 3WUNA 4HTNA 2ZIJA 1INUA 1UIBA 4PPOA 1WQNA 4GCFA 4KXIA 5HLLA 1YQVY 4WM5A 1FKVA 1G7JC 1I56A 1OUHA 3A3RX 3RNXA 1TEWA 1LKRA 3A95A 3W6EA 4D9ZA 1CKFA 1IOTA 3ATNA 3RU5A 3B72A 3HBHA 4WM1A 1T3PA 4G4HA 5LAFA 4MSTA 1GHLA 4L41A 5DL9A 4NSHA 3P64A 1VDSA 4U3XB 1XGRC 3W6AA 1GB5A 1B7NA 1J1OY 1LZ4A 1IR9A 1NBYC 2BQMA 1IP7A 1HFXA 1JPOA 1LOZA 1YILA 1FLQA 3TMWA 4DD9A 2AUBA 4NHTA 4LYCA 1HFZA 1GB3A 1V7SA 4QGZA 3B0KA 3WMKA 4KPMA 1IOSA 1QDRA 1C10A 2YBMA 2MEBA 2YBNA 4DD7A 3AW6A 1YKZX 1GB6A 1NMMA 4H93A 5KXYA 2BQFA 5HMJA 2BQGA 5K7OA 4XJGA 1XFPL 4H8YA 4Z41A 3WVXA 3T36A 1LYYA 4OWCA 1B7QA 4NY5A 4BADA 1F6SA 2HEBA 2MEDA 3E3DA 1OQMA 3FI7A 7LYZA 1B5ZA 1LSEA 1LJ3A 2FBDA 1HMKA 3LYZA 4WL6A 1LJKA 4XJDA 1FLWA 5KXLA 1D0KA 4WO6A 2W1YA 3AW7A 1LSPA 1IWXA 1DPXA 2N5ZA 1LSFA 1JIYA 1YAMA 3MGWA 4TSBA 1GD6A 3AJNA 4YF2A 4H90A 3LYMA 3A94A 1C43A 1F0WA 1GXV2 1LJEA 3A8ZA 4N1EI 1IOCA 1JKBA 2HEFA 4NFVA 3TXIA 1BHZA 4HPIA 132LA 4NGVA 1GAZA 1LSZA 1JSFA 5A3EA 3LHMA 4H91A 4TWSA 5DN5A 2BQDA 2F4GA 4ET8A 1KXYA 193LA 5I4YA 2ZQ3A 1REZA 1GPQC 4NWHA 5A3ZA 2BQNA 1LMOA 1P2CC 1ZVHL 1VDPA 1IIZA 1XGQC 1GF0A 4HV2A 3AYQA 4IJ4A 4WM6A 1YAPA 3TXKA 4ETDA 1GE1A 2BPUA 4GN4A 4LGKA 4TTDA 3CQLA 5HMVA 3RZ4A 5DN4A 2F2NA 4LFPA 1DXJA 5LVIA 1D9UA 5IHGA 1SLYA 1BQLY 3ZVQA 1LZ6A 1ALCA 1VDQA 3RT5X 5KY1A 5F16A 1YL1X 1GE2A 2IHLA 4XADA 1E8LA 1LSBA 4NHPA 1GF9A 1WQQA 4XJHA 1BWHA 4QDNA 4HJYA 4DWXA 1ZVYB 2BLYA 4LYBA 3EBAB 1NWGA 1GFKA 2CDSA 3FE0A 1CKGA 4NSIA 4PGJB 2Z2EA 3CT1A 4ETEA 1QSAA 2LYMA 3J4GA 4NWEA 1LMPA 1LJJA 3WUAA 4NHIA 1KIQC 3WPKA 4LYTA 9LYZA 3AGGG 3P4ZA 1NHEA 1HENA 2LZTA 1C46A 2DQDY 4ETBA 5HNCA 1LMTA 2D4IA 1EL1A 4OOOA 2XBRA 4W94A 3TXBA 1CJ7A 1GFUA 1LSGA 4NSGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L06A 1LYGA 1CUQA 1LYJA 1L01A 173LA 1LGWA 1TLAA 1DKKA 1ZYTA 137LA 1CU2A 1OUCA 1JTPL 1W6ZA 4XJFA 2BQOA 1RE2A 175LA 4DQJA 1C67A 2DQCY 1JTTL 1LPYA 1OUFA 5D5FA 2MEAA 1KIRC 1QTEA 5HQ1A 3N9EA 2YDGA 142LA 2DKVA 4W56A 3LYTA 153LA 5KXOA 1L54A 1HEPA 1L91A 4H1PA 4NGJA 5KXPA 2HTXA 3KAMA 1C6DA 1T6VL 2Z18A 1GFGA 4LDOA 201LA 1LSNA 1QT6A 1C7PA 210LA 3C7ZA 3W6FA 2LCBA 2CJLA 1CU0A 1C6BA 2B6YA 1OP9B 1TAYA 1LZEA 4ZFPA 3QE8A 1L99A 4I7MA 1GBXA 184LA 144LA 1KY0A 2B6XA 1QTDA 4OWHA 1QDTA 1UIEA 1IWZA 3WU9A 1A2YC 4DD1A 216LA 1ZWNA 1FBIX 1OUDA 3CDQA 170LA 4BS7A 5F14A 1HELA 4HTQA 1L00A 1D6PA 3WXTA 1IVMA 1CU3A 1B2KA 1IX0A 1C6PA 1B7SA 1L50A 149LA 3FADA 1EQ5A 1L81A 1LZ8A 1GFAA 3NYAA 2A7FA 5DM9A 2QB0B 3HWLA 2Z2FA 1YAQA 119LA 1KY1A 1LHMA 168LA 2W1XA 4LT0A 1L67A 4R6CA 3AZ4A 1JJ3A 1C6QA 4HTKA 4W52A 1IP2A 1QUHA 3ULRA 4I7RA 127LA 212LA 4IATA 258LA 4PRQA 2HECA 2XBSA 1RCMA 1KIPC 1K28A 4H9CA 3HH5A 1H6MA 1YKXX 205LA 1LI2A 3B0IA 1GB0A 4DD3A 5B05A 3SB9A 2FBBA 3LYOA 120LA 1L48A 1PQIA 1L90A 6LYTA 2ZILA 3DN3A 1HSXA 3TXEA 1IP4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZWB A;  4B4J A;  2BAA A;  1B9O A;  4XJI A;  1DKK A;  1TDY A;  4FDY A;  4WL7 A;  5LYZ A;  1G7H C;  4NHS A;  4NEB A;  1OUC A;  4AXT A;  1LSA A;  2HU1 A;  3W6C A;  1LZY A;  5LIO A;  1JTP L;  1LJ4 A;  1W6Z A;  2DQJ Y;  5KXS A;  2ZNW Y;  2BQO A;  1RE2 A;  4XJF A;  4Z98 A;  1C45 A;  1XGU C;  1GBY A;  1B5U A;  2B5Z A;  4WG7 A;  1BB7 A;  4B4E A;  1ZMY L;  1GBZ A;  2DQC Y;  4YOP A;  4H9B A;  5D5C A;  5LA5 A;  1JTT L;  1GXX A;  1OUF A;  1FLY A;  5D5F A;  2MEA A;  1KIR C;  1YKY X;  1QTE A;  1LZB A;  5HQ1 A;  3N9E A;  3WUM A;  1XGT C;  2YDG A;  2Z37 A;  4YM8 A;  2DKV A;  1VAU A;  3LYT A;  3WYH A;  4H9F A;  153L A;  5KXO A;  1NKH A;  2ZYP A;  1HEP A;  5EBH A;  1AM7 A;  1WVU A;  4H1P A;  5B06 A;  3IJU A;  5KXW A;  4NGJ A;  5LVH A;  1PZY A;  3TMU A;  4ETA A;  5KXP A;  1B5W A;  2HTX A;  3ATO A;  3KAM A;  1T6V L;  2Z18 A;  1QUS A;  1UIH A;  1LAA A;  1GFG A;  5KXZ A;  1GB8 A;  2DQF C;  4FJR A;  1CJ6 A;  1LPI A;  1LSN A;  3TMV A;  5B59 A;  1RFP A;  1JJ0 A;  1C7P A;  1EQ4 A;  3AGI A;  2W1L A;  4CFP A;  3W6F A; 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 1LSP A;  1IWX A;  1DPX A;  2N5Z A;  1LSF A;  1JIY A;  1YAM A;  3MGW A;  4TSB A;  1GD6 A;  3AJN A;  4YF2 A;  4H90 A;  3LYM A;  3A94 A;  1C43 A;  1F0W A;  1GXV 2;  1LJE A;  3A8Z A;  4N1E I;  1IOC A;  1JKB A;  2HEF A;  4NFV A;  3TXI A;  1BHZ A;  4HPI A;  132L A;  4NGV A;  1GAZ A;  1LSZ A;  1JSF A;  5A3E A;  3LHM A;  4H91 A;  4TWS A;  5DN5 A;  2BQD A;  2F4G A;  4ET8 A;  1KXY A;  193L A;  5I4Y A;  2ZQ3 A;  1REZ A;  1GPQ C;  4NWH A;  5A3Z A;  2BQN A;  1LMO A;  1P2C C;  1ZVH L;  1VDP A;  1IIZ A;  1XGQ C;  1GF0 A;  4HV2 A;  3AYQ A;  4IJ4 A;  4WM6 A;  1YAP A;  3TXK A;  4ETD A;  1GE1 A;  2BPU A;  4GN4 A;  4LGK A;  4TTD A;  3CQL A;  5HMV A;  3RZ4 A;  5DN4 A;  2F2N A;  4LFP A;  1DXJ A;  5LVI A;  1D9U A;  5IHG A;  1SLY A;  1BQL Y;  3ZVQ A;  1LZ6 A;  1ALC A;  1VDQ A;  3RT5 X;  5KY1 A;  5F16 A;  1YL1 X;  1GE2 A;  2IHL A;  4XAD A;  1E8L A;  1LSB A;  4NHP A;  1GF9 A;  1WQQ A;  4XJH A;  1BWH A;  4QDN A;  4HJY A;  4DWX A;  1ZVY B;  2BLY A;  4LYB A;  3EBA B;  1NWG A;  1GFK A;  2CDS A;  3FE0 A;  1CKG A;  4NSI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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