5LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-79)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lzmA00
1L01A 1LI2A 2RB0X 3NYAA 242LA 137LA 3NY8A 3FADA 247LA 3CDOA 1P6YA 1G0MA 229LA 4EPFA 1KW7A 174LA 1WTHA 1QTVA 3HU8A 1C6NA 2RBNA 1OVHA 222LA 3HTFA 2B6WA 3C7YA 258LA 4W56A 3V2WA 240LA 228LA 1LYEA 231LA 3DN4A 125LA 3CDRA 3JR6A 131LA 2RH1A 251LA 4EKSA 2ANVA 165LA 3C80A 1L63A 1L79A 1L92A 1C6TA 250LA 178LA 1L12A 260LA 170LA 148LE 113LA 161LA 1P46A 2L78A 1L49A 1T8GA 4ARMB 1L33A 1L00A 1C6EA 1P7SA 191LA 235LA 1CUPA 262LA 3GUNA 1C6QA 1L19A 2Q9DA 4AQNA 130LA 151LA 2Q9EA 4PJZA 3DN8A 1DYBA 3DN6A 1L37A 1CU5A 1C6KA 168LA 4W59A 160LA 1L55A 1L66A 1G0PA 1L60A 3NY9A 3OE6A 1DYDA 1L61A 4DJHA 3SB8A 1T8AA 120LA 3GUPA 1DYGA 1P36A 3C7ZA 1L67A 1L36A 3FA0A 3SB7A 4DAJA 1CTWA 155LA 1D2WA 221LA 3C8RA 183LA 1QT4A 232LA 2O7AA 157LA 1TLAA 1L96A 1QTHA 2OE9X 4ARMA 2RAYX 1G0QA 4EJ4A 3SBBC 1G07A 3HH4A 111LA 110LA 1L94A 1C6IA 1L75A 147LA 1K28A 1L46A 1L09A 1L47A 3GUOA 1QSBA 1QS9A 252LA 1G0JA 166LA 1KY0A 1QTZA 1D3FA 1CVKA 255LA 1L24A 4LZMA 1CU3A 243LA 158LA 2OE7X 1C60A 142LA 1L65A 1L86A 1NHBA 2CUUA 115LA 1L38A 1L98A 4I7PA 140LA 1C68A 3C7WA 129LA 1LYGA 2B70A 226LA 1L06A 1QS5A 4I7MA 1QUOA 1LI6A 195LA 1OWZA 3GUJA 1L59A 3SB6A 173LA 1L85A 102LA 3OE8A 4I7LA 1L73A 141LA 1L34A 4I7TA 1L10A 257LA 4E97A 216LA 1L26A 1OVKA 3L64A 219LA 4YXCA 4W51A 1LWGA 220LA 1C63A 198LA 149LA 4S0WA 1C6GA 4LDEA 2B75A 184LA 2B73A 3C82A 176LA 1CV6A 4EKRA 3C8QA 1SX2A 4DKLA 1QTCA 1T97A 4I7KA 1EPYA 1KNIA 3HDFA 1C62A 1L07A 127LA 2B6ZA 1L08A 4GRVA 1L35A 3HWLA 1P2RA 1CUQA 3DMXA 239LA 177LA 1L82A 1PQIA 1ZURA 199LA 1DYFA 211LA 197LA 209LA 3F9LA 3G3VA 234LA 218LA 2LZMA 1L64A 1L53A 3LZMA 1QT5A 108LA 1C6MA 4EKPA 4ARJA 3G3XA 3GUMA 2NTGA 1L27A 4I7SA 3PDSA 123LA 192LA 1L02A 103LA 1LYHA 1XJUA 2IGCA 3PBLA 1L95A 1G0GA 3OE0A 171LA 3HT7A 4ARPA 201LA 1LLHA 4W57A 3SB5A 3HH3A 181LA 3C8SA 1L41A 1L28A 1L81A 3RUNA 1G0LA 4W54A 3C83A 1L54A 2OU9A 1L70A 139LA 259LA 3CDQA 1OWYA 112LA 254LA 1L32A 233LA 1XJTA 206LA 1L69A 2RAZX 1L93A 1SSWA 3D4SA 145LA 1L45A 172LA 4LDLA 1L71A 188LA 1L04A 248LA 1SWYA 3L2XA 1DYCA 261LA 1L29A 1QUGA 2LCBA 3DNAA 159LA 1JQUA 1CX6A 1L76A 1C6HA 1KY1A 3G3WA 2Z6BA 164LA 4W52A 3DN1A 212LA 196LA 1L40A 205LA 3GUIA 118LA 1CU6A 2O4WA 146LA 1L17A 1G0KA 1OYUA 1G06A 2OTZX 4W55A 2RBRA 4YXAC 227LA 1OVJA 1L99A 1LGWA 3HTGA 3VW7A 1L84A 2HULA 1L18A 2OE4X 1D9WA 1L05A 2F2QA 1L22A 2QB0B 1L11A 256LA 2OEAX 3SBAA 3HH5A 3DMVA 1QUDA 1ZWNA 1L68A 1L30A 1LYDA 1L52A 1L58A 1L90A 1L13A 246LA 175LA 200LA 3DN3A 1C61A 1L88A 1C6LA 230LA 210LA 1OV5A 1PQMA 1DYEA 3HUAA 7LZMA 1L89A 1P37A 1OV7A 3HT6A 1SSYA 1LPYA 1P64A 4YX7C 128LA 1C6BA 2RBOA 3GULA 1C6AA 1L80A 1P2LA 4K5YA 3DKEX 1SWZA 109LA 223LA 144LA 2B7XA 4EPIA 1G1WA 1ZYTA 1L77A 4ARQB 1L83A 1QSQA 3HU9A 2NTHA 1CV3A 1L03A 2A4TA 189LA 2RB2X 1L31A 238LA 3GUKA 1C6FA 3RZEA 1LYJA 1L87A 4I7RA 4EKQA 245LA 1LGXA 4I7OA 1L57A 2QARC 2HUMA 1L23A 3CDTA 1L0KA 1D3MA 3QAKA 4I7NA 3DMZA 1CV4A 2B6XA 1C65A 1D3JA 1LI3A 3SN6R 1C6DA 1LYFA 3F8VA 186LA 1L74A 2F47A 1L16A 3ODUA 1L56A 4LDOA 1LGUA 1CX7A 1CU2A 1L72A 1CU0A 2B6YA 1PQDA 167LA 1DYAA 1P56A 2OTYX 3EMLA 2HUKA 3HH6A 3HUKA 1L62A 4PK0A 1I6SA 1P3NA 3HT8A 1G1VA 1PQKA 1L0JA 1QT3A 1QT6A 2ANXA 4I7QA 1D3NA 114LA 1C69A 1T6HA 213LA 1QUHA 214LA 1QTDA 104LA 152LA 3HTDA 2RBSA 4ARQA 1CV5A 3OE9A 3DN0A 4I7JA 1P5CA 1T8FA 2B74A 2F32A 1C64A 107LA 225LA 2B72A 190LA 5I14A 162LA 1L43A 249LA 1LYIA 244LA 2LC9A 4ARLA 236LA 215LA 1CV0A 1L39A 3C81A 3DN2A 2RBQA 1L14A 237LA 3HTBA 4ZPUA 241LA 3V2YA 3FI5A 1QTBA 1SX7A 2OU8A 1L97A 150LA 3HDEA 3CDVA 1PQOA 4IAPA 1C6CA 224LA 3HT9A 3HUQA 6LZMA 1KW5A 126LA 182LA 1B6IA 1L44A 1C66A 1L20A 122LA 1LW9A 3K2RA 217LA 185LA 1C67A 2RBPA 143LA 1L42A 180LA 1JTNA 1LWKA 2OU0X 1L21A 1L25A 138LA 1KS3A 1PQJA 1C6PA 4W53A 1L48A 3SB9A 163LA 4EXMA 3UONA 1CV1A 1D2YA 1C6JA 187LA 1XEPA 1JTMA 1QT8A 1QT7A 156LA 1L15A 253LA 5LZMA 2RB1X 4GBRB 4W58A 4OO9A 1L51A 169LA 2O79A 1L91A 1L50A 119LA 2B6TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L01A 1LI2A 1YILA 5HMJA 242LA 3FADA 3CDOA 1P6YA 4ETAA 174LA 1D9UA 1ZVYB 3HBDA 1F6RA 4NGWA 2G4PA 3C7YA 5IELA 4NHIA 1HELA 4NGOA 3CDRA 3JR6A 2EIZC 2RH1A 2ANVA 1GFGA 178LA 1IWVA 3TMXA 3B0OA 4TX7A 260LA 2N5ZA 2BQCA 113LA 4DQJA 4ARMB 1VAUA 1IC7Y 5LVJA 1MELL 235LA 262LA 2RSCA 3GUNA 4P2EA 5LXWA 4LFPA 3ATNA 130LA 151LA 2Q9EA 3DN6A 1CU5A 3G3BB 1OUDA 4YF2A 168LA 2FBBA 4W59A 1L66A 3NY9A 2BPUA 1LZGA 1NMMA 1UIHA 1DYDA 1L61A 1KIQC 1IWZA 4H9IA 1OP9B 3WXTA 1CTWA 155LA 3AZ7A 4N8ZA 1GE2A 1C46A 3RNXA 4UWUA 4LYOA 1L96A 1HEOA 4ARMA 3HBHA 2RAYX 1AT5A 1B5VA 3SBBC 4I0CA 1QUTA 110LA 4ZIXA 2F4AA 1L09A 1NQIA 1VFBC 1HFXA 252LA 3AGIA 3W6BA 2HUBA 4BAFA 255LA 4KT3A 5LVHA 4LZMA 1OUIA 3QNGA 4WM4A 2CUUA 115LA 1L98A 5KJ9A 4OWHA 3F6ZA 1GF9A 2BQLA 1FKQA 1LZ8A 4DQ7A 3EXDA 1L59A 173LA 1L85A 3OE8A 1OUCA 141LA 1LSYA 1L26A 4YXCA 149LA 1IORA 184LA 2LZTA 3A8ZA 4OWAA 4UWNA 4NG1A 1CKDA 4EKRA 5A3ZA 2DQCY 4LZTA 1GBSA 1T97A 3SP3A 5C6JA 1EPYA 4Z3MA 5FSTA 5KXTA 5KY1A 3WUMA 4GCEA 1L35A 1OUFA 4NSGA 1IOSA 1I20A 3E3DA 2DQAA 1FLQA 234LA 218LA 3LZMA 3WUAA 1LJ4A 5B07A 1HEWA 1RCMA 3GUMA 2NTGA 4R6CA 5KXXA 1JTOL 4NHPA 1IWTA 1HFYA 4H9CA 103LA 3WW5A 3TXFA 4LGKA 2W1YA 1LLHA 4W57A 1T6VL 3C8SA 3AJNA 4ETEA 1L28A 1CKCA 1GB6A 1FLUA 208LA 4H8ZA 4B4IA 139LA 4YOPA 1OWYA 1L32A 1SSWA 1L45A 1DPWA 2BQIA 1C08C 5APEA 5DN5A 2HECA 1L71A 1L04A 2ZIKA 3N9AA 4HPIA 1DQJC 1BB4A 1OUHA 1WQPA 4WLDA 1KY1A 3A67Y 2Z6BA 164LA 1IY3A 212LA 4GCFA 1XEJA 1WQRA 3BKVA 1GEZA 4RDSA 4XJFA 4ANRA 1L17A 2G4NA 1ALCA 5LAFA 1B7SA 4NG8A 4YXAC 5F9XA 3P66A 1GBOA 2HU1A 5II3A 1AZFA 2BQBA 1B7LA 2MECA 4H92A 1L22A 1KIPC 1HMKA 5L3HA 256LA 1VDPA 3CT0A 3HH5A 1LSMA 2HEBA 1LHJA 1QUDA 1C7PA 1L30A 1LYDA 4H9AA 1XSFA 3A92A 1L90A 5L9JA 1L13A 3WU7A 246LA 4B49A 200LA 4LYZA 1C6LA 1OUGA 1OV5A 1DPXA 4NSIA 1GBWA 1LJIA 1OV7A 1LPYA 4IJ4A 4PRQA 128LA 1BB7A 2RBOA 2MEFA 4K5YA 1DXJA 4TWSA 1GDWA 109LA 223LA 5KXPA 5IDDA 144LA 1ZYTA 4EOFA 2NTHA 1L31A 3GUKA 1D0MA 2XBSA 1LYJA 2LYMA 1LZCA 2NWDX 1I56A 1G7HC 4LYTA 1L0KA 1J1OY 2YSSC 3QAKA 1BWHA 2B6XA 1C6DA 1LYFA 1L74A 5D5CA 3TXHA 1PQDA 3EMLA 4PK0A 2MEIA 4WM2A 1I6SA 1PQKA 213LA 2Q0MX 3A6CY 2RBSA 2B74A 107LA 1WTNA 249LA 3WL2A 1WQNA 4XJIA 244LA 3GXRA 236LA 1LJKA 1L14A 3V2YA 4OWBA 1LSCA 1C6CA 6LZMA 1LZRA 4WM3A 1L44A 1C66A 3CSQA 122LA 1GFUA 1UIFA 2YVBA 4H9FA 4WG1A 2IFFY 1KS3A 1LSFA 1C6PA 4W53A 1L48A 163LA 3UONA 1DI3A 1D2YA 1JTMA 3AZ4A 5IHGA 253LA 1L15A 5LZMA 1G7MC 4BS7A 4LT1A 2D4KA 1LSEA 1JSFA 1L91A 1XGRC 3IWRA 119LA 3NYAA 1JISA 1YANA 193LA 3A91A 4YEOA 2CDSA 3RU5A 5ILFA 229LA 4N5RA 1WQOA 2RBNA 222LA 3HTFA 1GFRA 1KXYA 1XGUC 3GXKA 4W56A 240LA 3TXJA 3A96A 3DN4A 125LA 1YQVY 3TXDA 2A7FA 3N9CA 165LA 1L63A 5I5QA 4NGVA 1IOQA 1P46A 2L78A 1F6SA 3B0IA 1T8GA 1GBXA 1JEFA 1L00A 1D6QA 3WYHA 5KXKA 4NIJA 1REMA 1C6QA 4MCKA 2B5ZA 1FBIX 4NY5A 3KAMA 4GN3A 1L55A 1G0PA 1GFKA 4XADA 1IWXA 4DJHA 5KXLA 1T8AA 120LA 4LT3A 1JTTL 1GB9A 2YBJA 3C7ZA 1GHLA 5LIOA 3FA0A 2MEBA 2W1XA 4NGJA 1KIRC 221LA 3C8RA 4YM8A 1LAAA 1QT4A 4GN5C 3HFMY 4DD1A 3HBEX 2CGIA 3RT5X 1QTHA 3FE0A 4EJ4A 3HH4A 5C6LA 147LA 2HEAA 1GF6A 1L47A 1QSBA 1G0JA 2Z18A 3LHMA 1LTMA 4B1AA 5D5FA 5HMVA 1KY0A 1LSNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L01 A;  1LI2 A;  1YIL A;  5HMJ A;  242L A;  3FAD A;  3CDO A;  1P6Y A;  4ETA A;  174L A;  1D9U A;  1ZVY B;  3HBD A;  1F6R A;  4NGW A;  2G4P A;  3C7Y A;  5IEL A;  4NHI A;  1HEL A;  4NGO A;  3CDR A;  3JR6 A;  2EIZ C;  2RH1 A;  2ANV A;  1GFG A;  178L A;  1IWV A;  3TMX A;  3B0O A;  4TX7 A;  260L A;  2N5Z A;  2BQC A;  113L A;  4DQJ A;  4ARM B;  1VAU A;  1IC7 Y;  5LVJ A;  1MEL L;  235L A;  262L A;  2RSC A;  3GUN A;  4P2E A;  5LXW A;  4LFP A;  3ATN A;  130L A;  151L A;  2Q9E A;  3DN6 A;  1CU5 A;  3G3B B;  1OUD A;  4YF2 A;  168L A;  2FBB A;  4W59 A;  1L66 A;  3NY9 A;  2BPU A;  1LZG A;  1NMM A;  1UIH A;  1DYD A;  1L61 A;  1KIQ C;  1IWZ A;  4H9I A;  1OP9 B;  3WXT A;  1CTW A;  155L A;  3AZ7 A;  4N8Z A;  1GE2 A;  1C46 A;  3RNX A;  4UWU A;  4LYO A;  1L96 A;  1HEO A;  4ARM A;  3HBH A;  2RAY X;  1AT5 A;  1B5V A;  3SBB C;  4I0C A;  1QUT A;  110L A;  4ZIX A;  2F4A A;  1L09 A;  1NQI A;  1VFB C;  1HFX A;  252L A;  3AGI A;  3W6B A;  2HUB A;  4BAF A;  255L A;  4KT3 A;  5LVH A;  4LZM A;  1OUI A;  3QNG A;  4WM4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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