5LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lzmA00
3DMVA 1LI3A 109LA 1L43A 3OE8A 1KY0A 2O4WA 2LZMA 3GUKA 1QUGA 3C8SA 1L26A 1KW7A 5I14A 236LA 1L90A 4W59A 3RZEA 1D3MA 3HUQA 3HTGA 244LA 1L87A 152LA 181LA 1G1VA 1CV5A 2RB2X 1L36A 220LA 224LA 4W52A 1L89A 3ODUA 1C6DA 1T97A 1L81A 1L12A 2F47A 2RBRA 229LA 3C8QA 3G3WA 2OE4X 175LA 3JR6A 1WTHA 215LA 159LA 1G0LA 3HTBA 1CU3A 188LA 1L30A 2LC9A 3L64A 3F8VA 1SWYA 4LZMA 119LA 1L07A 1D3JA 4I7MA 213LA 3DN6A 1PQOA 1G0QA 185LA 3OE6A 1P7SA 1ZYTA 3HT6A 1L19A 1L64A 1L33A 219LA 1C6CA 230LA 1CU6A 2B6TA 177LA 2F32A 2OE7X 3NYAA 222LA 256LA 1CV3A 1K28A 168LA 1DYBA 162LA 3CDTA 1L16A 4W58A 1D3NA 4EPIA 3FI5A 2B74A 1L46A 248LA 118LA 245LA 1L88A 1DYFA 3RUNA 1L96A 1SX2A 3C7YA 1C67A 1L83A 111LA 2CUUA 4I7PA 1CUPA 3GUPA 1L10A 2NTHA 3GUOA 199LA 4W53A 1P56A 192LA 1L52A 1C6TA 252LA 3CDOA 1OVHA 240LA 1DYGA 1L45A 2RAYX 1G1WA 3HUKA 1CX7A 223LA 1CV1A 247LA 254LA 1L80A 1L24A 147LA 1QS5A 3OE9A 156LA 1B6IA 184LA 1L62A 1L74A 227LA 1L18A 1C6IA 2HULA 1L92A 108LA 138LA 1L37A 2ANXA 1L34A 2HUKA 3FA0A 4PK0A 114LA 1QSBA 160LA 1DYAA 4ARQB 3HH6A 157LA 1L32A 1SSWA 1JTMA 189LA 1L05A 1L69A 2ANVA 3SB7A 2RB1X 1P5CA 104LA 1P3NA 241LA 3DKEX 1LLHA 2OTZX 4W56A 1C69A 3HH3A 141LA 1PQIA 1QTCA 4LDEA 1L51A 1C6JA 3HDFA 172LA 1P2RA 3DN4A 1CU5A 3DN0A 1CU2A 1L54A 1D9WA 1L27A 2OU9A 1I6SA 149LA 3C81A 144LA 2OEAX 1LI2A 1PQMA 1L28A 1L02A 1C63A 1C68A 253LA 1G0PA 1L73A 1L84A 1L82A 1L98A 2RBQA 126LA 214LA 3C80A 4LDLA 1L94A 1L60A 1L91A 1PQDA 1L00A 1L23A 2B6YA 1L71A 2O7AA 1LYHA 102LA 2RBNA 250LA 4ARPA 3DNAA 1D3FA 1C60A 231LA 1L63A 1L70A 1L56A 1L29A 186LA 1LGXA 234LA 1LGWA 1C62A 3K2RA 2RBOA 3D4SA 4EKSA 1QT5A 120LA 1L01A 4ARQA 3DN1A 122LA 1LYFA 1QUOA 1L48A 3EMLA 2Q9DA 178LA 1CV0A 140LA 1QUDA 2Q9EA 3LZMA 1C6NA 3CDVA 125LA 169LA 3DN3A 4I7KA 165LA 1KY1A 3V2WA 1T8FA 1L04A 176LA 1DYCA 1C6LA 4GRVA 4LDOA 1L55A 163LA 1L22A 1L68A 166LA 1L57A 3HUAA 1L35A 1C6AA 3PBLA 4EJ4A 155LA 187LA 2RBSA 1LWKA 3G3VA 182LA 150LA 1XEPA 1QS9A 137LA 110LA 1QSQA 7LZMA 1L11A 3HU9A 1G0KA 239LA 3NY8A 3SN6R 1OVKA 232LA 226LA 1L14A 1L93A 1LW9A 195LA 1LYDA 1C66A 1L58A 1EPYA 257LA 3HH5A 112LA 3GUIA 3DN2A 1L49A 4ZPUA 4K5YA 2A4TA 2OTYX 4YXAC 191LA 1L06A 249LA 1L08A 1L31A 1QTZA 1L15A 1L41A 1L59A 1P6YA 4IAPA 3V2YA 4ARLA 2OU8A 1C6PA 3GUJA 3SBAA 242LA 1QTVA 4OO9A 1C6GA 158LA 183LA 1G0JA 2B6ZA 4EKRA 255LA 1XJUA 171LA 1SWZA 1L76A 3C83A 4PJZA 3HTFA 4DAJA 1QT8A 1LYJA 1KS3A 4I7SA 4I7LA 261LA 2B75A 3HU8A 1D2WA 4E97A 2RBPA 1CV6A 1DYEA 1L72A 210LA 1L42A 1L47A 4AQNA 1L09A 4EPFA 200LA 2B70A 129LA 1QT6A 1T8AA 4I7NA 1OV5A 4W57A 1KNIA 1G0MA 212LA 2B7XA 1LYIA 2QARC 3OE0A 1LPYA 3PDSA 1L20A 1C6QA 1L66A 2O79A 167LA 1QTDA 2B72A 2IGCA 3VW7A 1ZURA 4GBRB 4ARMB 262LA 1LGUA 2LCBA 1PQJA 4ARJA 1L38A 1L13A 1L75A 196LA 1L39A 1P46A 1P37A 3QAKA 1L44A 3NY9A 103LA 180LA 235LA 3DMXA 1LI6A 1G07A 1T6HA 1PQKA 3GUMA 238LA 260LA 1OWZA 3HT9A 1G06A 221LA 4W54A 198LA 1P64A 3C7ZA 3GUNA 1LWGA 1QT7A 3HT7A 251LA 4I7TA 139LA 3SB8A 2OU0X 4EKPA 2F2QA 1C61A 1L0JA 1P2LA 4EKQA 237LA 1L25A 1T8GA 209LA 4I7QA 1DYDA 2B6WA 197LA 1L95A 2OE9X 1OYUA 3DN8A 1L61A 1L99A 4S0WA 3C82A 2NTGA 148LE 1L85A 1L03A 4I7OA 4W51A 1L50A 190LA 216LA 2B73A 4EXMA 1LYGA 243LA 3FADA 4I7JA 3C7WA 2RH1A 211LA 1C65A 3SBBC 201LA 246LA 174LA 1C6MA 1C6EA 233LA 218LA 1L67A 3HDEA 3HTDA 142LA 1L0KA 2L78A 4DKLA 206LA 4ARMA 1ZWNA 170LA 1QTHA 3DMZA 2B6XA 4YXCA 259LA 1OWYA 3F9LA 107LA 1QT4A 113LA 1C64A 1SX7A 1TLAA 258LA 217LA 123LA 1P36A 131LA 143LA 2QB0B 3GULA 1JQUA 4YX7C 1QTBA 3L2XA 2RAZX 1L17A 1QUHA 3HT8A 1LYEA 2RB0X 128LA 1L40A 3SB6A 3UONA 4DJHA 2Z6BA 146LA 5LZMA 3G3XA 6LZMA 3SB9A 1D2YA 1OVJA 3CDQA 1C6BA 1C6FA 161LA 1CX6A 3CDRA 228LA 1G0GA 1KW5A 130LA 115LA 4W55A 1CV4A 3HWLA 1C6KA 1CTWA 205LA 1NHBA 2HUMA 4I7RA 3SB5A 1JTNA 151LA 1CU0A 1L65A 1SSYA 127LA 1L77A 225LA 173LA 164LA 3C8RA 1L53A 1CUQA 1L79A 1L97A 1OV7A 1QT3A 1C6HA 145LA 1CVKA 3HH4A 1L86A 1XJTA 1L21A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CQLA 4DDCA 109LA 5KY1A 1ALCA 4W96A 2LZMA 1KW7A 4NHPA 1AM7A 1XEKA 4TUNA 2HEAA 5F81A 1J1OY 1D3MA 1DPXA 1GB6A 3HTGA 224LA 4N1CC 4X3BA 2H5ZA 3P64A 1L12A 2CGIA 229LA 2A7FA 1BQLY 4YENA 1NDGC 3C8QA 4B0DA 3G3BB 4NFVA 1OUAA 2OE4X 175LA 5FELA 3JR6A 4TSCA 215LA 1HSWA 1JWRA 3HTBA 2YBIA 5E9RA 1IWYA 1VDPA 5HNLA 3F8VA 4NGIA 1SWYA 2BQIA 4QEQA 1WQNA 1HNLA 4H93A 1W08A 1IOTA 3ULRA 1A4VA 1L33A 4PPOA 1CU6A 2HU3A 3EMSA 3WPJA 222LA 4N9RA 2DQHY 3P68A 1D9UA 1L16A 3CDTA 3FI5A 5JENB 1L96A 1SX2A 4ET8A 3C7YA 1C67A 4PHIA 1L10A 199LA 3J6KA 4W53A 1C10A 1AKIA 240LA 5KXZA 135LA 1L45A 2BQMA 5DM9A 3HUKA 1DPWA 247LA 1L80A 1L24A 147LA 1VEDA 156LA 1LSEA 2ZQ3A 4BAPA 1L92A 1I56A 1YQVY 4N1EI 1GF8A 3FA0A 1IC5Y 1LZBA 3A96A 5J7CA 2I25L 3TXDA 4HJYA 4XJDA 189LA 2BPUA 5LVIA 3P66A 3DKEX 241LA 1B5UA 4W56A 1C69A 4G9SA 3HH3A 1JTTL 1QTCA 4NSJA 1LHKA 1P2RA 193LA 3DN0A 5F9XA 3RU5A 2DQAA 3WUAA 2BQFA 4LT0A 1PQMA 3ZVQA 3CT5A 253LA 1L84A 1XFPL 1LJKA 1L94A 1L00A 1JUGA 1L71A 3RZ4A 1GFAA 1IP1A 1C60A 1G7MC 6LYTA 1CJ7A 5L3IA 1BWHA 4G4CA 1VATA 1LGXA 4DD3A 3K2RA 4OWBA 4ARQA 122LA 4HJVA 1GAYA 2Q9DA 178LA 5APCA 1B7QA 1UIFA 2Q9EA 169LA 3DN3A 2DQEY 4I7KA 4H9CA 4NSHA 4TX7A 1DYCA 2ZWBA 4WG7A 1L55A 163LA 1L57A 5L9JA 2Z39A 1D0MA 3G3VA 150LA 1CKHA 1XEPA 137LA 4NGZA 4NGKA 5FDJA 3IWRA 1IWZA 3GXRA 4NGYA 1GFUA 1EPYA 257LA 3GUIA 4WO6A 1L49A 4ZPUA 1LZ9A 191LA 1L08A 4DD0A 1L59A 1LHHA 1GB2A 4YM8A 1QTVA 5HLLA 1LHJA 1HHLA 1VAUA 1XGPC 4EKRA 2NWDX 3N9EA 3AGHA 3AZ6A 3HTFA 4DAJA 5LA5A 2BQBA 1QT8A 4I7LA 4LYOA 3N9CA 1D2WA 5L3HA 1L72A 3ZEKA 1L09A 134LA 4EPFA 1IP5A 3AZ7A 2YBLA 2B70A 1IVMA 1T8AA 1B7RA 1PS5A 1J1XY 2QARC 3OE0A 1L66A 2DQGY 1QTDA 2IGCA 4XYYA 1F10A 5LA8A 2HUBA 1L38A 1L75A 2D4IA 4NHTA 1JSEA 1I1ZA 1P46A 1LJNA 3AZ4A 1A2YC 180LA 4Z3MA 1G07A 1PQKA 260LA 1GFTA 221LA 1TAYA 198LA 1P64A 1GE3A 5ILFA 1QT7A 251LA 4HJZA 1LZ8A 139LA 3SB8A 153LA 2H9JA 1LMAA 2F2QA 4DDAA 1G7JC 5F16A 1KIRC 4EKQA 237LA 1T8GA 4WM1A 1GF6A 1L99A 2BQLA 3A34A 2XBRA 1OQMA 3C82A 1HEWA 1B5XA 4DYGA 1JJ1A 1L50A 190LA 2C8OA 1E8LA 3RNXA 4EXMA 1LYGA 4HSFA 3TXIA 3C7WA 211LA 174LA 233LA 1C6EA 1HEOA 3CSRA 4NEBA 2MEEA 2LYZA 206LA 4ARMA 1BB6A 1GFKA 2B6XA 1IP3A 1LKSA 1CKFA 1OWYA 107LA 4HV2A 1QT4A 4OOOA 2MEGA 1F0WA 1IEEA 4WLDA 2PC2A 143LA 5LYZA 1LSYA 1JJ3A 1L17A 2DQIY 1LYEA 2RB0X 3CB7A 1IP6A 1UIBA 3G3XA 4ZEEA 1YILA 1D2YA 3M18B 3CDQA 1OUGA 1C6BA 4DD2A 1LZSA 1AZFA 3AGGG 2H9KA 1LPIA 4RLNA 3A95A 1LJGA 2FBBA 3HWLA 2Q0MX 1JISA 1CKGA 1YKZX 5KXMA 1LZEA 2EPEA 5KXXA 1C6KA 2BLYA 1CTWA 1DKKA 1DI4A 4H8XA 1GFEA 1QSWA 4EMNA 1OUDA 1LJEA 225LA 1WTMA 4HV1A 1GBWA 3C8RA 5KXNA 4NGOA 1L97A 1OV7A 1QT3A 3W6AA 145LA 2D4KA 3HH4A 5HQ1A 1L86A 3DMVA 1XGUC 1L43A 3CSQA 2O4WA 1LZCA 3C8SA 1L26A 4OWCA 1FDLY 1B5ZA 1T3PA 3AW7A 4W59A 2W1LA 1SLYA 2BQEA 2MECA 1LZ1A 1YKYX 1GFVA 4DD9A 2RB2X 3J4GA 4W52A 2D6BA 4QY9A 1L81A 2F47A 4BAFA 2BQAA 1GEVA 4N5RA 1P2CC 5LVGA 1YKXX 3B0KA 1LMOA 1WTHA 1CU3A 1GXXA 1L30A 2LC9A 3L64A 2ZNXY 4L41A 4LZMA 1LMNA 1FLWA 4D9ZA 4GN4A 1YANA 2YDGA 2FYDA 3TXGA 1B7OA 1G7IC 230LA 2B6TA 177LA 2OE7X 256LA 3WU7A 1DYBA 5IELA 1B0DA 1D3NA 4EPIA 2DBTA 118LA 1L88A 3RUNA 1JTOL 1GBXA 2CUUA 1CUPA 3ATNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CQL A;  4DDC A;  109L A;  5KY1 A;  1ALC A;  4W96 A;  2LZM A;  1KW7 A;  4NHP A;  1AM7 A;  1XEK A;  4TUN A;  2HEA A;  5F81 A;  1J1O Y;  1D3M A;  1DPX A;  1GB6 A;  3HTG A;  224L A;  4N1C C;  4X3B A;  2H5Z A;  3P64 A;  1L12 A;  2CGI A;  229L A;  2A7F A;  1BQL Y;  4YEN A;  1NDG C;  3C8Q A;  4B0D A;  3G3B B;  4NFV A;  1OUA A;  2OE4 X;  175L A;  5FEL A;  3JR6 A;  4TSC A;  215L A;  1HSW A;  1JWR A;  3HTB A;  2YBI A;  5E9R A;  1IWY A;  1VDP A;  5HNL A;  3F8V A;  4NGI A;  1SWY A;  2BQI A;  4QEQ A;  1WQN A;  1HNL A;  4H93 A;  1W08 A;  1IOT A;  3ULR A;  1A4V A;  1L33 A;  4PPO A;  1CU6 A;  2HU3 A;  3EMS A;  3WPJ A;  222L A;  4N9R A;  2DQH Y;  3P68 A;  1D9U A;  1L16 A;  3CDT A;  3FI5 A;  5JEN B;  1L96 A;  1SX2 A;  4ET8 A;  3C7Y A;  1C67 A;  4PHI A;  1L10 A;  199L A;  3J6K A;  4W53 A;  1C10 A;  1AKI A;  240L A;  5KXZ A;  135L A;  1L45 A;  2BQM A;  5DM9 A;  3HUK A;  1DPW A;  247L A;  1L80 A;  1L24 A;  147L A;  1VED A;  156L A;  1LSE A;  2ZQ3 A;  4BAP A;  1L92 A;  1I56 A;  1YQV Y;  4N1E I;  1GF8 A;  3FA0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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