5LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lzmA00
1C6GA 214LA 3C7YA 1L28A 235LA 1L92A 4W58A 1C65A 4IAPA 151LA 252LA 4ARMA 115LA 3CDOA 1C6KA 114LA 223LA 3GUIA 1QS5A 1L30A 1L44A 2B70A 1D3FA 3DKEX 1L98A 1L42A 1P3NA 1LWKA 1L26A 1L23A 239LA 125LA 185LA 1LGWA 3GUOA 1P2RA 2F32A 3C81A 129LA 198LA 225LA 1C68A 1L86A 1P56A 158LA 2OEAX 1L08A 3L64A 4W56A 172LA 140LA 1K28A 1KNIA 1L64A 2LC9A 2HULA 2OU8A 4PK0A 1L56A 1L70A 2A4TA 1C61A 161LA 1QT3A 1EPYA 155LA 118LA 1L20A 1L68A 3HT7A 3HU8A 4ARLA 2B75A 4LDEA 1L13A 165LA 3DN2A 230LA 3L2XA 4EPFA 1G0LA 1P46A 3HT6A 1CVKA 1L34A 2ANXA 4EJ4A 1QUGA 1L17A 1PQKA 226LA 3HDEA 236LA 148LE 1CV0A 1L45A 1ZYTA 128LA 168LA 1L25A 249LA 1LI2A 1QT5A 127LA 1CU2A 2LZMA 3DMXA 3FI5A 4LDLA 1CV4A 3OE6A 4E97A 251LA 103LA 1OYUA 147LA 1L77A 1C6EA 3SB8A 1L10A 2RBNA 1KS3A 2OTZX 180LA 3HUKA 1L01A 2Z6BA 3EMLA 1LYGA 211LA 1C6MA 4EKQA 157LA 3PDSA 256LA 3DMVA 1L60A 1LYHA 130LA 1L18A 1PQIA 1L91A 4I7KA 1G0PA 1C6HA 2CUUA 108LA 4I7MA 1QT8A 3F9LA 102LA 138LA 1QTBA 3DN8A 1D3JA 233LA 110LA 1L63A 3DNAA 1C60A 1L72A 227LA 3GUJA 2RB2X 178LA 113LA 1P5CA 123LA 1L87A 205LA 2HUKA 3V2YA 3GUPA 3DMZA 1LGXA 3C80A 2QB0B 109LA 2B73A 4W53A 3G3WA 2O7AA 3G3VA 122LA 1SX2A 152LA 188LA 224LA 1L65A 1LYDA 144LA 1SSWA 3SBBC 255LA 149LA 3FA0A 209LA 221LA 2OE7X 253LA 1L40A 2RAZX 1C69A 1L21A 3HH3A 2OU9A 3FADA 1KY1A 1KY0A 4YXCA 1LYEA 199LA 160LA 1CUPA 4I7JA 186LA 3GUNA 3HH5A 1LPYA 1L66A 1T8GA 3DN4A 3GUKA 2RBOA 3SB9A 1CU3A 1L67A 4ARPA 3NYAA 262LA 1G0KA 1QTCA 200LA 146LA 1L37A 192LA 1L14A 1L89A 1L62A 4ZPUA 1C6AA 2RBSA 1QTZA 3HH4A 1CU5A 4W59A 1JTMA 2OE4X 3V2WA 3CDQA 1L19A 1L97A 222LA 3CDRA 1G0MA 1L39A 1L16A 174LA 1LWGA 1DYCA 1DYBA 1QTVA 4I7QA 1C67A 4W57A 3HTBA 187LA 1LYJA 1PQDA 3HUAA 254LA 2F2QA 1L94A 2RBRA 173LA 1B6IA 1T8AA 1D9WA 1DYEA 3HDFA 4ARQB 181LA 150LA 240LA 3HTFA 1L53A 2ANVA 137LA 171LA 1QUOA 4PJZA 1L0JA 1ZURA 1CX7A 1L00A 1T8FA 1L05A 4I7NA 1DYFA 1CV3A 5I14A 111LA 3HTDA 1PQMA 247LA 1D2YA 1OWYA 4EPIA 259LA 1I6SA 119LA 1G1VA 1QSQA 3C83A 3SB6A 1L46A 1T97A 212LA 1LYFA 237LA 3C82A 3QAKA 1L83A 3SBAA 4GBRB 2F47A 1CV1A 232LA 2RBPA 1OVJA 1L33A 1CX6A 1D3NA 1L61A 1L32A 4GRVA 5LZMA 4DJHA 3CDTA 1QUHA 1TLAA 2B6WA 215LA 1C64A 1WTHA 1C6FA 4I7OA 2RH1A 2B74A 2HUMA 3OE9A 1QTHA 2QARC 1L75A 1SSYA 1L03A 1G0QA 1L50A 3VW7A 1L55A 1L69A 162LA 4I7SA 1C6DA 261LA 190LA 229LA 1C6QA 245LA 1JQUA 195LA 1L81A 4ARJA 1ZWNA 3DN3A 4I7RA 1C6TA 1G0GA 1SWYA 1LW9A 107LA 1L12A 1L04A 4ARMB 1L90A 2L78A 1OV7A 2NTGA 4EKRA 3C8SA 1XJTA 4W52A 2RBQA 3C8QA 1QTDA 210LA 3JR6A 2OE9X 3SN6R 3SB5A 4AQNA 3F8VA 2B6ZA 3K2RA 1P7SA 1QT7A 1DYGA 248LA 3DN0A 142LA 3OE0A 3LZMA 189LA 241LA 1L07A 2O4WA 143LA 4S0WA 175LA 238LA 1L27A 156LA 1L15A 1D2WA 1L76A 217LA 1C6JA 1L96A 1OWZA 3ODUA 3GULA 1C6LA 3C7ZA 1C6NA 4W55A 3GUMA 139LA 219LA 3HTGA 3C7WA 1CU0A 1LLHA 3D4SA 1SX7A 4YXAC 1LI3A 4DKLA 1NHBA 4LZMA 4EXMA 7LZMA 1L47A 1L71A 4LDOA 1L82A 2B6TA 164LA 4K5YA 3RUNA 3HWLA 1L85A 1L49A 1L54A 2LCBA 1C6CA 1DYAA 3G3XA 1L41A 3HU9A 1L38A 3HUQA 213LA 1L02A 1T6HA 4I7LA 1CTWA 3NY8A 3RZEA 1L24A 1L51A 246LA 1OV5A 3C8RA 1CV6A 170LA 201LA 1CV5A 1L31A 3PBLA 258LA 1L84A 2B7XA 1LYIA 218LA 2RB0X 1QT4A 2B72A 4OO9A 4EKSA 1L43A 4I7PA 1XEPA 234LA 1L57A 244LA 1L59A 1L09A 1G1WA 1OVKA 1L88A 3HT8A 1G07A 1L48A 4YX7C 1L80A 243LA 104LA 1L52A 1C6IA 1KW7A 1P37A 1JTNA 1L58A 1QT6A 1CU6A 1OVHA 1QUDA 4ARQA 4W51A 1QS9A 2OU0X 2Q9EA 2B6YA 1PQOA 242LA 196LA 1CUQA 2RB1X 3HT9A 1LGUA 145LA 4I7TA 1P2LA 257LA 3SB7A 159LA 1QSBA 1L73A 169LA 1L36A 1C6BA 1P36A 131LA 1L79A 1L0KA 176LA 1PQJA 1L29A 3NY9A 184LA 4DAJA 250LA 1DYDA 182LA 2O79A 166LA 4EKPA 1L35A 1L99A 1L95A 2IGCA 1P6YA 4W54A 126LA 167LA 228LA 183LA 1C63A 1P64A 1L06A 2RAYX 231LA 191LA 2NTHA 3OE8A 1KW5A 1G06A 3DN1A 163LA 2Q9DA 197LA 260LA 141LA 1SWZA 1LI6A 216LA 177LA 3UONA 120LA 1L11A 2OTYX 1C62A 3CDVA 1XJUA 1C6PA 1G0JA 1L22A 1L74A 220LA 206LA 2B6XA 6LZMA 1D3MA 3DN6A 3HH6A 1L93A 112LA 1C66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
214LA 1L92A 4WG7A 2EPEA 2DQCY 3FE0A 114LA 223LA 1VATA 5LINA 2ZIKA 2AUBA 1L44A 5KXWA 1EQ5A 4HJZA 4LT2A 4LYCA 1SLYA 1P3NA 1LHKA 4LGKA 3OJPA 3WL2A 1P2RA 198LA 1GFHA 2D4KA 1LZAA 2OEAX 3L64A 1YKXX 1KNIA 4HPIA 161LA 1GB9A 1B5ZA 155LA 1L20A 3HT7A 1IOSA 3HU8A 4LDEA 1L13A 1AT5A 4PRQA 1GPQC 4ETBA 1GEZA 1P46A 1XGRC 1CVKA 1L34A 2ANXA 1D6QA 4H8XA 1L17A 2D4JA 1PQKA 236LA 1L45A 3EXDA 4E3UA 1GFTA 249LA 4AGAA 4NGKA 127LA 3FI5A 2I26L 4TSBA 1A4VA 1I1ZA 3CQLA 3OE6A 2ZNXY 103LA 1LMTA 5ILCA 4G9SA 2XJWA 4NY5A 1IP6A 1LJ3A 4WO9A 1GBOA 3HUKA 1LZ6A 3EMLA 4H9CA 1C6MA 3WPJA 3E3DA 2ZWBA 256LA 5K7OA 1LYHA 1OUHA 4NGWA 3W6DA 1G0PA 3LYZA 5LVIA 1GF0A 3EBAB 5DLAA 2RB2X 1LSGA 113LA 1P5CA 123LA 1JHLA 3V2YA 4MSTA 3CSRA 2QB0B 1J1PY 1NKHA 2O7AA 5KJ9A 1B7QA 1B7NA 1L65A 144LA 4XJBA 1G7MC 1GAZA 3A96A 4I8SA 1GFUA 1GB2A 253LA 4R6CA 1L40A 1BB7A 1TBYA 2ZQ3A 1L21A 3FADA 1G7HC 1KY0A 4DQ7A 4IASA 1G7JC 4DD3A 4Z98A 1LPYA 4H94A 1MELL 3GUKA 4L41A 4ANRA 5FDJA 3NYAA 1GB7A 3B72A 200LA 146LA 1C6AA 1QTZA 1GHLA 3P65A 1L16A 1QTVA 1C67A 1LYJA 3HUAA 2F2QA 4N1CC 1H6MA 1GWDA 5I4XA 1DYEA 1GF4A 2BPUA 1GFVA 3WPLA 2ZIJA 181LA 5L3HA 1QSWA 1L53A 4C3WA 2DQAA 137LA 1D0KA 1CX7A 1L00A 1T8FA 1B5YA 1L05A 1DYFA 3HTDA 1YROA 3SB6A 3C82A 212LA 1IWVA 1YQVY 4TSCA 4XYYA 1CV1A 232LA 1NBYC 5LYMA 1YILA 1CX6A 1D3NA 194LA 1L61A 2CGIA 4G49A 3HBDA 4NGZA 5KXTA 1C64A 2DQIY 2B74A 3CT0A 3CT5A 1QTHA 2XTHA 3B0IA 3BKHA 2LYMA 3P64A 4DC4A 1KXWA 5I53A 1VAUA 1HEWA 1C6DA 1G7LC 4EMNA 3A8ZA 2W1YA 229LA 3D9AC 4NHTA 4J1BA 4NG8A 4ARJA 1UIDA 4XADA 3N9AA 2BQKA 4QY9A 1LW9A 3LZTA 4WO6A 4W94A 1UCOA 2H5ZA 3A34A 1OV7A 2NTGA 1XJTA 2OE9X 3SB5A 3F8VA 3HBEX 2B6ZA 3SP3A 3WW6A 4OWAA 1DYGA 4H9IA 2LHMA 142LA 3LZMA 1L07A 175LA 238LA 1D2WA 2Z12A 1LZDA 1C6JA 2ZYPA 3ODUA 5KXMA 3GULA 1GXV2 1LSEA 1QTKA 4W55A 4IATA 3HTGA 4NSGA 3C7WA 3TXIA 2MEHA 4ETEA 1TAYA 1BB5A 3D4SA 1LYSA 1F10A 1SX7A 1NHBA 4EXMA 1VFBC 3AB6A 2FBDA 164LA 1GFKA 5HMVA 3HWLA 1HMKA 1UUZC 2EKSC 2X0AA 1C6CA 4B0DA 3RZ4A 3HU9A 4DDBA 1T3PA 1BWJA 4CHXA 1HELA 1ZMYL 1OV5A 201LA 1XSFA 5B05A 2B7XA 2MEEA 4A7DA 2RB0X 1KIQC 1L59A 1G1WA 5C6LA 4QEQA 1G07A 1L80A 104LA 1DXJA 1VDTA 1QT6A 1OVHA 1JSEA 1D6PA 2Z38A 1IWXA 1QS9A 1JKAA 4XJHA 2YBNA 5LAGA 3ZEKA 2B6YA 5LYTA 4GCBA 2RB1X 1CUQA 3HT9A 2YSSC 4I7TA 159LA 1HERA 1C6BA 1GF3A 1L79A 4N9RA 1L0KA 3WPKA 1YL0X 3WU9A 1EL1A 250LA 4FJRA 1L99A 3ZVQB 2IGCA 3WYHA 5F81A 167LA 3MGWA 5JENB 1P64A 1L06A 1B2KA 1HC0A 1GFAA 4NHQA 4HJYA 1HMLA 3OE8A 5LYZA 3K3TA 1G06A 163LA 208LA 2BQLA 4HV1A 1PZYA 4Z46A 3UONA 1WQQA 1L11A 1GE0A 4GN4A 1LMCA 2OTYX 4RDSA 1IP4A 3TXBA 2D6BA 1C62A 4HV2A 4RLMA 1G0JA 1L22A 1UIHA 206LA 1L93A 1C45A 5I54A 3P66A 3N9EA 2IFFY 3C7YA 4KPMA 4W58A 5LVHA 3W6FA 252LA 3CDOA 1C6KA 4C5FA 4TTDA 1QS5A 2W1XA 4OWBA 1B7RA 2B70A 3DKEX 4J0LA 1UIGA 1LWKA 1CJ7A 239LA 3GUOA 2F32A 129LA 5B59A 1C68A 1LKSA 2HEDA 1JIYA 4W56A 140LA 4DYGA 1L64A 3ATOA 2HULA 1GE4A 1LZ8A 5KXKA 1C61A 1XEJA 3WUMA 1O23A 1IX0A 1EPYA 118LA 1IP1A 4ARLA 1LYZA 2BQHA 4XJDA 165LA 3DN2A 4GCEA 230LA 4LYBA 1G0LA 3HT6A 226LA 148LE 2CJLA 1OUEA 1ZYTA 1FDLY 3WULA 2YBMA 4KL7A 1C46A 1CU2A 1BVXA 3ATNA 4D9ZA 251LA 4LYMA 1L77A 1C6EA 4H9BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 214L A;  1L92 A;  4WG7 A;  2EPE A;  2DQC Y;  3FE0 A;  114L A;  223L A;  1VAT A;  5LIN A;  2ZIK A;  2AUB A;  1L44 A;  5KXW A;  1EQ5 A;  4HJZ A;  4LT2 A;  4LYC A;  1SLY A;  1P3N A;  1LHK A;  4LGK A;  3OJP A;  3WL2 A;  1P2R A;  198L A;  1GFH A;  2D4K A;  1LZA A;  2OEA X;  3L64 A;  1YKX X;  1KNI A;  4HPI A;  161L A;  1GB9 A;  1B5Z A;  155L A;  1L20 A;  3HT7 A;  1IOS A;  3HU8 A;  4LDE A;  1L13 A;  1AT5 A;  4PRQ A;  1GPQ C;  4ETB A;  1GEZ A;  1P46 A;  1XGR C;  1CVK A;  1L34 A;  2ANX A;  1D6Q A;  4H8X A;  1L17 A;  2D4J A;  1PQK A;  236L A;  1L45 A;  3EXD A;  4E3U A;  1GFT A;  249L A;  4AGA A;  4NGK A;  127L A;  3FI5 A;  2I26 L;  4TSB A;  1A4V A;  1I1Z A;  3CQL A;  3OE6 A;  2ZNX Y;  103L A;  1LMT A;  5ILC A;  4G9S A;  2XJW A;  4NY5 A;  1IP6 A;  1LJ3 A;  4WO9 A;  1GBO A;  3HUK A;  1LZ6 A;  3EML A;  4H9C A;  1C6M A;  3WPJ A;  3E3D A;  2ZWB A;  256L A;  5K7O A;  1LYH A;  1OUH A;  4NGW A;  3W6D A;  1G0P A;  3LYZ A;  5LVI A;  1GF0 A;  3EBA B;  5DLA A;  2RB2 X;  1LSG A;  113L A;  1P5C A;  123L A;  1JHL A; 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