6LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 6lzmA00
225LA 1L51A 3CDTA 1LPYA 3V2WA 3SN6R 1CX7A 243LA 1L72A 255LA 1LYDA 2RH1A 1L62A 2B6YA 2LC9A 3HUKA 4AQNA 1L59A 4I7PA 167LA 1LWGA 205LA 211LA 1C6NA 3SB9A 220LA 174LA 1B6IA 111LA 1L11A 1P46A 1D9WA 2OTZX 213LA 1L42A 1T6HA 3HT7A 4W53A 2F2QA 1L0KA 251LA 3F8VA 162LA 3PBLA 3C7YA 4I7TA 1QTDA 1LW9A 113LA 1L50A 3HUQA 3FA0A 1CV4A 4W56A 3DN1A 180LA 3DNAA 192LA 4EPIA 1L81A 1QTZA 2O79A 1SWYA 1D3MA 160LA 1CU6A 3OE6A 1SSYA 1L05A 1QUHA 195LA 1CU2A 171LA 1C6FA 2RAZX 1G0PA 2LZMA 2LCBA 1T8AA 1C6IA 3FI5A 1OV5A 1L86A 4PK0A 1D3FA 232LA 1L00A 143LA 1LYFA 256LA 3CDOA 1CVKA 144LA 1LYHA 4ARLA 1L71A 2L78A 1P5CA 1L36A 156LA 2OE7X 2A4TA 1L30A 1PQMA 227LA 1DYFA 3DN2A 1C6HA 1DYAA 1KY0A 183LA 165LA 176LA 1CV5A 1DYCA 3HU8A 3HTFA 1CV0A 1CUQA 1PQOA 3HT6A 1C68A 1KW5A 242LA 1NHBA 4YXAC 1ZURA 3HTBA 139LA 184LA 168LA 1WTHA 1L68A 1JTMA 3JR6A 1C6DA 1G1VA 3HH3A 2Q9DA 2RBRA 175LA 3HWLA 130LA 1L52A 118LA 247LA 2B7XA 2B6WA 1L82A 219LA 2F32A 215LA 1CV6A 1QS5A 1KS3A 1OWYA 3G3VA 2CUUA 4W57A 1QT6A 1OVHA 1KY1A 2RBPA 129LA 1L0JA 2RBOA 3HTGA 1CU5A 3DN3A 3C8RA 4EJ4A 1QT7A 3G3XA 181LA 2QB0B 244LA 196LA 4W59A 149LA 1LGWA 240LA 3SB8A 2RBQA 157LA 1L23A 1QTBA 3C83A 2RBNA 1L28A 1QTVA 1L58A 1L24A 1C6MA 1T8FA 7LZMA 1CX6A 3HU9A 1C6QA 1L83A 1LI2A 1D2WA 221LA 1L47A 3HH6A 1C6BA 3GUIA 142LA 1DYDA 249LA 4W54A 104LA 1L61A 4DJHA 1P56A 1L97A 1L89A 4GBRB 3SB6A 246LA 4OO9A 1T8GA 5I14A 1L41A 1G0KA 120LA 1C62A 145LA 151LA 3SB5A 198LA 1QSQA 1XEPA 4GRVA 4I7JA 172LA 1CV1A 123LA 1L37A 1QTCA 1C6CA 1LYGA 252LA 131LA 1G0QA 1L55A 3GUNA 3RZEA 261LA 5LZMA 3CDVA 1L94A 4K5YA 147LA 1SSWA 233LA 1L10A 239LA 2Q9EA 1C6JA 2B6TA 1L76A 1L25A 2RB0X 229LA 2RB1X 1C6PA 1C6KA 1L63A 1JQUA 1L06A 2B72A 1G0GA 4LDOA 1JTNA 1PQJA 3GUKA 3DN6A 148LE 3QAKA 173LA 1G06A 3DKEX 152LA 1QT4A 3GULA 1L03A 1L60A 1LI6A 1QUOA 190LA 1QT3A 1QTHA 4LDEA 6LZMA 1L98A 1L84A 3CDQA 1QT8A 164LA 1L93A 1L91A 1KW7A 4LDLA 1OVJA 1OYUA 1EPYA 155LA 4EKRA 235LA 1L13A 1C6TA 137LA 1SWZA 1L35A 187LA 1L40A 1QS9A 1ZWNA 4E97A 1OV7A 1P7SA 4S0WA 1I6SA 1L19A 1L08A 1L27A 3C8SA 3FADA 110LA 3C80A 1DYBA 1D2YA 1DYGA 250LA 253LA 3RUNA 1P37A 3SBBC 3OE9A 223LA 1L15A 122LA 1P3NA 3HH4A 3DN0A 1L80A 1L22A 236LA 150LA 1DYEA 1G0MA 1C67A 3F9LA 1L29A 260LA 177LA 3HT8A 206LA 3OE8A 1L90A 1L85A 3HUAA 4W55A 3SB7A 1L44A 245LA 1C6GA 1L77A 1L09A 4ARMB 3G3WA 2QARC 4W52A 1LGUA 3DMXA 1L32A 1G1WA 2HUKA 1OVKA 109LA 222LA 1K28A 140LA 1LYEA 3C81A 3HDFA 1L54A 1QUDA 2ANVA 218LA 4I7SA 128LA 1PQIA 2F47A 1C64A 3C7WA 257LA 2OU0X 4YXCA 1LGXA 209LA 3DMVA 248LA 3DMZA 3GUMA 1L39A 3C8QA 3D4SA 212LA 2B74A 1L31A 3DN8A 3PDSA 1L49A 3NY8A 166LA 1L18A 1QT5A 1C6EA 216LA 146LA 158LA 1LYIA 161LA 1C65A 125LA 1L53A 2OU9A 200LA 2IGCA 1L45A 1L48A 4ARPA 1L96A 237LA 1L12A 1L92A 1KNIA 3V2YA 4I7KA 1G07A 138LA 4EKSA 1L75A 1LWKA 1G0JA 1SX2A 1QUGA 4I7RA 3NYAA 3HTDA 2B70A 228LA 2B75A 1P6YA 2RAYX 1L57A 4EXMA 4ARMA 1L95A 1CUPA 185LA 2Z6BA 3L64A 126LA 1L07A 217LA 163LA 2B73A 4I7NA 3K2RA 1L88A 3VW7A 1XJTA 107LA 1D3NA 2RB2X 1L04A 1C69A 1P2LA 4PJZA 1LLHA 210LA 2ANXA 3GUPA 1L56A 1L17A 4ARJA 1G0LA 3SBAA 4ARQB 2O4WA 259LA 1L16A 2OE4X 234LA 1CU0A 2NTHA 159LA 1T97A 3HH5A 188LA 2OE9X 103LA 4ZPUA 226LA 114LA 191LA 1L79A 2HUMA 2OEAX 3GUJA 2HULA 1PQDA 3C82A 2RBSA 4DAJA 1L69A 2OU8A 1C66A 1C60A 1L43A 1OWZA 1L70A 1L21A 1L46A 1L20A 3EMLA 178LA 3NY9A 1C63A 4W58A 141LA 4YX7C 3LZMA 112LA 1D3JA 1L02A 3CDRA 3L2XA 4LZMA 4EPFA 3GUOA 2B6XA 197LA 1P36A 1L01A 1SX7A 201LA 3DN4A 3HDEA 1PQKA 1XJUA 1TLAA 1L73A 2OTYX 1C6LA 127LA 4W51A 199LA 1L33A 1LYJA 169LA 230LA 1L26A 182LA 1L38A 262LA 1C6AA 1L87A 108LA 1L66A 1CTWA 1L34A 241LA 186LA 1P64A 3ODUA 1CU3A 115LA 1ZYTA 1L74A 238LA 4ARQA 1L64A 2NTGA 3UONA 1C61A 231LA 1QSBA 1L99A 1L65A 1CV3A 3C7ZA 1P2RA 4DKLA 1LI3A 1L14A 4I7MA 4IAPA 4EKQA 189LA 2O7AA 2B6ZA 4EKPA 170LA 3OE0A 1L67A 3HT9A 4I7LA 214LA 254LA 4I7OA 119LA 224LA 4I7QA 102LA 258LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CDTA 1LPYA 1LZ6A 2H9KA 2HECA 1CX7A 243LA 2BQEA 4DQ5A 1MLCE 2B6YA 3J4GA 1NBYC 5KXNA 2F4AA 3SB9A 4DT3A 2BPUA 174LA 111LA 1L11A 1B7PA 1P46A 2Z38A 2OTZX 5HNCA 1L0KA 4ML7A 4H8ZA 3SP3A 2HEEA 1B7LA 1E8LA 1HC0A 1CV4A 1D0MA 1LZ4A 180LA 3A95A 1SWYA 2YVBA 3WH1A 3OE6A 1L05A 2RSCA 3A3RX 4XJGA 171LA 4XENA 1BWJA 2RAZX 1G0PA 1IP2A 1T8AA 3FI5A 4PK0A 1D3FA 4OOTA 2YBLA 2DQDY 1WQRA 1GB0A 1REMA 256LA 1EQ4A 1RE2A 4ETAA 4ARLA 1P5CA 3B6LA 5LYMA 156LA 2OE7X 1VDPA 1DYFA 5E9RA 3TXGA 1DYAA 1IWYA 2D6BA 5LA5A 5D5CA 3HTFA 1CV0A 1PQOA 3A3QA 1WTMA 4YXAC 1BWHA 1GAYA 2D4KA 2MEBA 1L68A 3JR6A 1YQVY 1LHIA 2Q9DA 2RBRA 4G4BA 1L52A 247LA 1GXXA 1WQPA 219LA 1QS5A 4ET8A 2CUUA 5LA8A 1OVHA 5A3ZA 4CFOA 1L0JA 4HTKA 4AXTA 4C3WA 1CU5A 5DLAA 2YBJA 1T6VL 4NGIA 181LA 3LZTA 4PGJB 4W59A 1LGWA 2HUBA 1LZBA 1JITA 4G49A 1LZSA 4N9RA 1L58A 1IWXA 7LZMA 5FDJA 1C6QA 1OUAA 3HH6A 3GUIA 4HV1A 4W54A 1LZCA 1LPIA 4LYCA 5HQ1A 1L89A 5KJ9A 3LZ2A 1HHLA 4OO9A 1T8GA 3W6FA 1XFPL 4HJZA 1L41A 4OOOA 3WYHA 5KXKA 2HEAA 120LA 1C62A 4A7DA 5KXZA 2XJWA 3SB5A 5JENB 4GRVA 4EOFA 4OWCA 1C6CA 1GE1A 5ILCA 1L55A 1W08A 5LZMA 3WVYA 1L10A 1UIBA 6LYTA 2Q9EA 1FLYA 3P65A 1D6QA 2RB1X 1C6PA 3TXKA 1C6KA 4ETEA 4HJVA 1LYZA 4ANRA 1JSEA 1L06A 2CGIA 1BB5A 148LE 1OUJA 3QAKA 1G06A 1QT4A 1CJ8A 1B5ZA 1L03A 2ZIKA 1DPWA 1V7SA 1C10A 1GB2A 4H9CA 1GF8A 2HTXA 4LDEA 6LZMA 3A92A 1QT8A 164LA 1FKQA 1L93A 1L91A 1KW7A 2ZNXY 1HELA 1L13A 3HFMY 137LA 187LA 1ZWNA 1OV7A 3FI7A 5HNLA 5DL9A 1L19A 5KXMA 1IP3A 3FADA 1QTEA 4TSCA 1D2YA 5FHWA 2FBDA 5FELA 1HEMA 2BQLA 4GCDA 3DN0A 5K7OA 150LA 3HT8A 206LA 2IFFY 1HFXA 1L90A 1DQJC 1GFHA 4W55A 1WQNA 1BB7A 1C6GA 1IP4A 1GEZA 1G1WA 1KXXA 4D9ZA 2BQIA 140LA 2EIZC 1HMKA 3C81A 1QUDA 1PQIA 4H9AA 4NSIA 1OUFA 2F2NA 1GDWA 4YXCA 1JJ1A 1LGXA 3EO5A 3GUMA 1L39A 2B74A 4PRUA 1GB9A 3FE0A 3DN8A 4NY5A 4ZIXA 2WARA 3NY8A 4B4JA 2BQMA 161LA 1DPXA 4RLNA 4ARPA 237LA 1L12A 1LMQA 4WM1A 2ZQ4A 2Z12A 4I7KA 1YILA 4EKSA 153LA 1SX2A 3TXIA 1ZMYL 1QUSA 4QDNA 2MEIA 4ARMA 1NQIA 4DD0A 2H9JA 1CJ6A 1LZ5A 132LA 2B73A 4I7NA 4KL7A 1C69A 1B7RA 4DD7A 2BQKA 1L17A 1QSAA 2BQOA 1DI5A 259LA 5IELA 234LA 1PS5A 2NTHA 1T97A 3HH5A 193LA 4XJFA 4ZPUA 4R6CA 2DQJY 2YBMA 2Y8PA 4DAJA 2BQFA 4NGYA 1C66A 3CSRA 1C60A 4IATA 1YAOA 1AT6A 1C63A 4W58A 2YSSC 3LZMA 3TMXA 1OUHA 4G4HA 5I4YA 1LZ9A 3A6BY 1AZFA 3P4ZA 5LXWA 4HPEA 2B6XA 1P36A 3T36A 1D9UA 1UC0A 3DN4A 4M6DA 1REXA 5APEA 3ZEKA 4DDBA 4NGKA 1L73A 1IP5A 1UIAA 199LA 3HBHA 2BLYA 4XYYA 3AGHA 5KXYA 1VDSA 1CTWA 4DDCA 1REZA 4HTNA 1ZYTA 2CJLA 1LHLA 1L64A 2NTGA 2BQBA 3A91A 4LZTA 2Z37A 3UONA 1C61A 231LA 1QSBA 1L65A 4UWVA 1IP1A 4DKLA 1L14A 4EKQA 1SLYA 2Z19A 2O7AA 2B6ZA 3OE0A 1NF5A 1GFKA 3HT9A 4I7LA 1JTPL 4YM8A 2HEBA 4J1AA 1FDLY 1GPQC 4P2EA 5LVIA 4HTQA 1L51A 2MEHA 2DQHY 2LYOA 2RH1A 1GHLA 3WUMA 4I7PA 3TXDA 1IP6A 5J7CA 1C6NA 1T6HA 3HT7A 4W53A 2F2QA 251LA 4WLYA 5DN5A 4G9SA 1XEJA 1IIZA 3HUQA 3FA0A 3A67Y 4W56A 5LVJA 192LA 1L81A 2O79A 4WL6A 195LA 1CU2A 1YROA 1C6FA 1B2KA 4KT3A 1EQ5A 2LZMA 2LCBA 1C6IA 4H9EA 1OV5A 1LYFA 1UACY 4NGLA 3CDOA 1CVKA 4WLTA 1LYHA 1IWWA 2ZNWY 1JTTL 4XJIA 1QDTA 1XGRC 3A6CY 2EQLA 1L30A 227LA 1YIKA 5E4PA 4H8YA 183LA 1BB3A 4Z46A 176LA 4C5FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CDT A;  1LPY A;  1LZ6 A;  2H9K A;  2HEC A;  1CX7 A;  243L A;  2BQE A;  4DQ5 A;  1MLC E;  2B6Y A;  3J4G A;  1NBY C;  5KXN A;  2F4A A;  3SB9 A;  4DT3 A;  2BPU A;  174L A;  111L A;  1L11 A;  1B7P A;  1P46 A;  2Z38 A;  2OTZ X;  5HNC A;  1L0K A;  4ML7 A;  4H8Z A;  3SP3 A;  2HEE A;  1B7L A;  1E8L A;  1HC0 A;  1CV4 A;  1D0M A;  1LZ4 A;  180L A;  3A95 A;  1SWY A;  2YVB A;  3WH1 A;  3OE6 A;  1L05 A;  2RSC A;  3A3R X;  4XJG A;  171L A;  4XEN A;  1BWJ A;  2RAZ X;  1G0P A;  1IP2 A;  1T8A A;  3FI5 A;  4PK0 A;  1D3F A;  4OOT A;  2YBL A;  2DQD Y;  1WQR A;  1GB0 A;  1REM A;  256L A;  1EQ4 A;  1RE2 A;  4ETA A;  4ARL A;  1P5C A;  3B6L A;  5LYM A;  156L A;  2OE7 X;  1VDP A;  1DYF A;  5E9R A;  3TXG A;  1DYA A;  1IWY A;  2D6B A;  5LA5 A;  5D5C A;  3HTF A;  1CV0 A;  1PQO A;  3A3Q A;  1WTM A;  4YXA C;  1BWH A;  1GAY A;  2D4K A;  2MEB A;  1L68 A;  3JR6 A;  1YQV Y;  1LHI A;  2Q9D A;  2RBR A;  4G4B A;  1L52 A;  247L A;  1GXX A;  1WQP A;  219L A;  1QS5 A;  4ET8 A;  2CUU A;  5LA8 A;  1OVH A;  5A3Z A;  4CFO A;  1L0J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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