6LYTA

Comparison of radiation-induced decay and structure refinement from x-ray data collected from lysozyme crystals at low and ambient temperatures
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 6lytA00
2Z38A 2BLXA 4AGAA 4H8ZA 4X3BA 1B7LA 4H9IA 1GFGA 1NBYC 5IDDA 1GF9A 8LYZA 1JUGA 4LYMA 4DDBA 4NGLA 1DI3A 4KL7A 4HPEA 4WM4A 5DN5A 3LHMA 2BQFA 4GCCA 2EIZC 1QDRA 3ZVQB 2XTHA 4NSHA 3LYOA 1B5UA 1KXWA 3LYTA 3CSQA 4H9FA 4GN5C 1RJCB 4Z3MA 2W1XA 3WUNA 2DQJY 1HFZA 1CKDA 2IHLA 4EOFA 1GD6A 4DD0A 1G7JC 1KIPC 3B0OA 4GLVA 1LZ5A 3W6BA 4DYGA 3A90A 2H9KA 1GFEA 3AGHA 3GXKA 3AW7A 4MSTA 1GB5A 2G4NA 4XN6A 4OWCA 1HSWA 4NSJA 1B5XA 5L3IA 1LJ3A 1IR9A 4B4IA 1YAMA 4G49A 1YKXX 3BKHA 3WPJA 2H9JA 5L3HA 1BB3A 1HHLA 1QUTA 2D91A 1BHZA 1GEVA 1HNLA 1RE2A 3WVXA 5FSTA 2IFFY 4NHQA 2BQMA 2MEDA 1LYZA 3EMSA 1E8LA 4N0JA 133LA 2EKSC 4XJIA 1UIAA 207LA 1OUGA 2MEIA 193LA 3A6CY 4YENA 2G4PA 1LZEA 1F0WA 3A3QA 3N9EA 4E3UA 1B5ZA 3TMUA 1GFHA 2XJWA 5J7CA 1Z55A 1IEEA 4LFPA 1IR8A 1WTNA 3IJVA 4B4EA 1VFBC 2LHMA 1O23A 4LYZA 5C6JA 3TXHA 1I56A 3A96A 1QTEA 3ZVQA 5LYZA 1DPWA 1IIZA 1ZVHL 1KXYA 1FKQA 1GWDA 1C10A 1OQMA 1UIGA 1GEZA 3RU5A 1OUIA 1YANA 5C6LA 3P4ZA 1P2CC 5LA5A 5B06A 1LSDA 4DD9A 1LZAA 4LT1A 1IP2A 1KIRC 3LYZA 5D5FA 5T3FA 3K3TA 4ETAA 5E9RA 4NG8A 1XGQC 2BQIA 7LYZA 4DDAA 2W1LA 1LKSA 1LJNA 1D9UA 4NGZA 1JSEA 1CKFA 4QY9A 2CJLA 1B7MA 1REMA 1YIKA 1NQIA 2YBIA 1IP7A 3IWRA 1IP3A 3TXDA 4ET8A 5LINA 2LZTA 3M18B 3P66A 1JIYA 4LYTA 4H1PA 2ZQ4A 5K7OA 4NWEA 1RFPA 1BB6A 5DLAA 3WU9A 1IWXA 3TXKA 2HECA 1VATA 1V7SA 2YDGA 2FYCA 2XBRA 4G4CA 4NGJA 4NFVA 2X0AA 1LHJA 5FHWA 5IELA 5LAGA 1UA6Y 1BVKC 2DQAA 2H5ZA 2Z37A 4H92A 3W6EA 1GE1A 1LZBA 1XEKA 3QY4A 1HERA 4LT2A 1IO5A 1DQJC 2YVBA 4GN4A 1LAAA 2DQEY 1IY4A 4ML7A 4NG1A 5HNLA 1CKGA 3GXRA 2C8OA 3W6FA 1HELA 4DWXA 4J1BA 1LJ4A 1NKHA 1GF6A 1LMPA 1NBZC 4LT3A 2WARA 4ZEEA 2BPUA 4HTNA 4HJYA 4C5FA 1GBWA 1LSEA 1HEPA 3WXTA 1IWTA 1PZYA 1GFTA 1REYA 3CB7A 1IVMA 2BAAA 2MEHA 4WM6A 5LYMA 1LMOA 1VDQA 2I25L 5FELA 1WQOA 1BWHA 2A7DA 1I20A 1QTKA 3RZ4A 2YBMA 4NHSA 5APCA 4ANRA 3WL2A 1D0MA 1OP9B 3AB6A 3OJPA 4CJ2A 1NDGC 1CJ6A 4KPMA 3TMWA 1WQQA 1TEWA 3A3RX 3ATNA 1WVVA 4UWNA 5EBHA 5HMJA 1OUJA 3ATOA 5DM9A 3WPKA 4NGOA 3WU7A 1LSCA 4G9SA 3N9CA 1CJ7A 4PRUA 1HMKA 1B5YA 1UIHA 2ZNXY 3P65A 1YAOA 1I1ZA 1GF8A 4QEQA 1B7SA 1GAYA 3SP3A 5L9JA 1XGPC 5B07A 3CT0A 2W1YA 194LA 2NWDX 2VB1A 2Z12A 3WW5A 5LXWA 5M1YA 4UWUA 4NGVA 1IY3A 4PRQA 2YBJA 4H93A 5I53A 1CKHA 1HFXA 4OWBA 4Z46A 4ZFPA 1BB7A 4WL7A 1LOZA 3E3DA 4WO9A 1JTPL 5B1FA 2B5ZA 4H8YA 154LA 6LYTA 1B7RA 5E4PA 1FDLY 1LJHA 1A4VA 2HEDA 4WM1A 5FCPA 3HBHA 2Z2FA 1GXXA 2AUBA 1HEOA 1T6VL 1GDWA 1G7LC 1BB4A 3IJUA 1QQYA 6LYZA 4OW1A 4QGZA 1HENA 2ZILA 4LYCA 1VDSA 3TMVA 1YILA 4HPIA 1LMCA 4H9EA 1LSNA 4TSCA 4UWVA 1UUZC 4TX7A 4G4BA 4HV2A 5KKJA 5HMVA 1JJ0A 3WPLA 1TCYA 2HEFA 3A67Y 4H91A 4NGIA 1LMQA 1JJ3A 3CT5A 1LZ9A 4ETEA 2BQDA 3CSRA 5B05A 2ZIJA 1GFAA 5KXPA 1FN5A 1G7IC 4GLAA 5KXSA 3TMXA 3W6CA 1LSZA 1QUSA 2PC2A 3B0IA 1JWRA 4GCBA 3CT1A 1BVXA 4WMGA 1GF4A 5B59A 3G3BB 1GXV2 4HTKA 2BQBA 5LAFA 1LTMA 4WG7A 1GF0A 1YKYX 1ZMYL 4I8SA 4ET9A 1OUDA 1HEMA 1XFPL 2YBHA 4H94A 1DKKA 2ZIKA 3WYHA 1GBOA 4PGJB 4RW2A 4W94A 1LSYA 2LYMA 3OK0A 4II8A 4HJVA 1JPOA 1OUFA 1NDMC 3KAMA 5D5CA 1YQVY 1VEDA 4YEMA 1YROA 2DQIY 2ZYCA 3B0KA 1IWWA 4LZTA 2DQCY 1UIDA 2D6BA 3P68A 4GCEA 3CQLA 4OWEA 1LJEA 1LSPA 4GCFA 4PJ2C 1LJGA 3WU8A 3WUAA 4O34A 4OOOA 3A93A 3T6UA 4CFOA 1LZCA 1INUA 4HSFA 4N9RA 1IWZA 3A34A 2FBDA 5KXTA 4B0DA 5A3EA 1HEWA 1LZ1A 4WL6A 4XJDA 4NIJA 4DT3A 5LYTA 4J7VA 2YSSC 3AJNA 4WLXA 5ILFA 1LHIA 1JKAA 1JJ1A 2HU1A 2MECA 4XJFA 3AZ7A 4B4JA 2W1MA 2DQGY 5DN4A 1LSAA 4OWHA 134LA 1XEIA 2MEAA 4HJZA 3AGGG 4PPOA 1TDYA 4P2EA 4NHPA 1BWIA 1KXXA 5B1GA 5AMYA 2BQEA 1JHLA 3TXGA 1JKDA 1CKCA 3TXEA 5A3ZA 4CGEA 135LA 4MR1A 3TXFA 1WVUA 1DI5A 1JTTL 2CDSA 2F2NA 2F4GA 1OUHA 4IJ4A 1DZBX 3TXIA 1HF4A 2Z39A 2BLYA 1CJ9A 2MEBA 2C8PA 2HEBA 4H90A 5KY1A 2BQKA 2BQLA 2LZ2A 1WQRA 1D0KA 4WG1A 1GFVA 4LYBA 4WLDA 1PS5A 1IOCA 1YAPA 4N1CC 4CHXA 4FDYA 3CSZA 1ZV5L 1LMNA 2D4JA 132LA 1B7QA 1AKIA 4QDNA 2HTXA 1LHMA 3FI7A 1DI4A 2I26L 4XADA 5KXLA 1B7NA 5I5QA 1D0LA 2EQLA 5I4XA 1XSFA 1GFJA 4FJRA 1LJJA 2BQCA 1KIQC 1SLYA 1LSFA 4WLYA 4NGKA 3P64A 2D4IA 5LVIA 1F6SA 1QSAA 4BAPA 1W08A 1QDTA 1C08C 1C46A 1HMLA 3BKVA 5F9UA 1A2YC 4B1AA 1GB7A 4Z41A 1CNSA 1HC0A 1JKBA 1LMTA 4HP0A 4XJHA 2G4QA 1GB9A 2CGIA 9LYZA 4KXIA 1LZ4A 1JKCA 5HNCA 1IR7A 1LSMA 1J1OY 1GB6A 4XYYA 5KXRA 1UCOA 4HTQA 4DC4A 4BADA 4TUNA 1MELL 5F16A 4DD7A 3QE8A 1LZYA 2ZQ3A 1OUAA 1YAQA 3G3AB 3A95A 4HV1A 4TWSA 4XJBA 4WM2A 2HU3A 1LZTA 5APEA 2F4AA 1QIOA 1LYSA 1LHHA 2BQHA 4DD3A 2BQJA 4H9CA 3WXUA 1LJFA 1IP1A 2HEAA 3LZ2A 3RNXA 4IATA 1VAUA 3A91A 3RW8A 1GBYA 1TBYA 4R6CA 4Z98A 3AZ4A 1LZNA 3LYMA 4L41A 4B49A 1CJ8A 4BAFA 2LYZA 1LKRA 3AZ6A 4YOPA 1IWUA 2DQDY 4XJGA 1GFUA 3HFMY 1IC5Y 3ZEKA 3A8ZA 1V7TA 3LZTA 2DQFC 1FBIX 1GAZA 3WULA 2BQOA 1HFYA 1YL0X 1YKZX 1C7PA 3J4GA 5F9XA 5ILCA 1REZA 4WO6A 3A92A 1GB0A 1NWGA 4U3XB 3TXJA 1IOTA 4AXTA 1B5WA 2MEEA 4W96A 1GE3A 5LVHA 1WQMA 2FBBA 4LFXA 5LVGA 5KXWA 1JSFA 5I4YA 1UACY 1F10A 3B6LA 4H9BA 4DD2A 1UIEA 5LVKA 1GF5A 3M3UA 1XGUC 1LPIA 4M6DA 1DXJA 1GB2A 1IWVA 4LT0A 1B0DA 1GE0A 2MEGA 1IC7Y 1LZGA 1LZRA 1JTOL 5KXMA 1OUCA 2RSCA 4RLMA 1IX0A 2LYOA 2BQNA 3AZ5A 4DDCA 1FLQA 3AYQA 4RW1A 3J6KA 5HLLA 4N1EI 1LSGA 2Y8PA 1B2KA 1GFRA 4OOTA 4NGWA 4NHTA 4J0LA 1RI8B 5F14A 3F6ZA 1G7MC 1GHLA 1IWYA 1SQ2L 1WTMA 4J1AA 4C3WA 4ETBA 4RLNA 1YL1X 4A7DA 2Z2EA 4H9AA 3D9AC 1BGIA 1EQ5A 4R0FA 1HEQA 4KT3A 5LA8A 2Z18A 2YBLA 1N4FA 1AT5A 4TSBA 4YM8A 1ALCA 4CFPA 3N9AA 1GE2A 4WM3A 4G4HA 5LIOA 1OUEA 3T36A 5IHGA 1LCNA 2GV0A 1C43A 3W6AA 1XGTC 2EPEA 4NWHA 5APDA 1HSXA 4TTDA 5KXYA 3HBDA 1H6MA 153LA 1IOSA 4WM5A 1D6PA 5C6IA 4LGKA 4NHIA 1LZSA 2XBSA 3EBAB 2N5ZA 1F6RA 4GCDA 1IP4A 2DBTA 1GFKA 1B9OA 1B7PA 3EO5A 4NSGA 3WMKA 4OWAA 2D4KA 1GE4A 1LHLA 1UIFA 1JITA 208LA 1C45A 1J1XY 3A6BY 4LYOA 1JEFA 1AM7A 4EMNA 4YF2A 3D3DA 1GBZA 1GB3A 1LJIA 2ZYPA 1MLCE 5FDJA 5FEKA 4RDSA 3TXBA 1AT6A 2Z19A 2YBNA 2ZNWY 3WH1A 1LYYA 2DQHY 1GBXA 3AW6A 3WW6A 3A94A 3VWOA 3AGIA 1EQEA 1GBSA 1DPXA 4NGYA 1UC0A 5JENB 5LVJA 1XEJA 1IORA 1OUBA 1WQPA 1W6ZA 4NSIA 2F30A 3W3EA 4WLTA 1FLWA 2CWIA 1UICA 1UIBA 5F81A 4M4OA 1FKVA 3EXDA 5I54A 2BQAA 1RCMA 3RT5X 1FLYA 1REXA 1IP5A 4NY5A 1BWJA 4GN3A 2MEFA 1LYOA 1GPQC 1B5VA 1IOQA 1UBZA 1LHKA 1T3PA 1BQLY 4I0CA 1AZFA 4N5RA 1BB5A 1JISA 3FE0A 4WOAA 2BQGA 5APFA 4DD1A 5KXNA 2HUBA 4MCKA 1LMAA 1J1PY 4H8XA 4ZIXA 5DL9A 1NMMA 4ETDA 4ETCA 1GF7A 1NF5A 5I4WA 3HBEX 1EL1A 5II3A 1TAYA 5KXXA 5KXOA 4XENA 4NEBA 5KXKA 1VDPA 3MGWA 1IC4Y 1LZ8A 3LN2A 4BS7A 4YEOA 1ZVYB 3B72A 2HEEA 1LJKA 4N8ZA 3W6DA 1GB8A 1QSWA 4H9HA 4D9ZA 2I6ZA 5HQ1A 1EQ4A 1H87A 1VDTA 1D6QA 2Q0MX 1GF3A 1LZ6A 1WQNA 1DKJA 3ULRA 2ZWBA 1B7OA 2DKVA 5KXZA 1GDXA 1IP6A 3QNGA 4PHIA 3WVYA 2A7FA 4IASA 2FYDA 1G7HC 1NHEA 1LZDA 5KKIA 3WUMA 5KJ9A 1XGRC 1LSBA 1FLUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X3BA 1GF9A 1C6AA 1L64A 1DI3A 4KL7A 139LA 3LHMA 2EIZC 1QT6A 3ZVQB 1L49A 1KW7A 1KXWA 1LI6A 2RAZX 1G7JC 3B0OA 4DYGA 2B6XA 2H9KA 3FA0A 2HUMA 4OWCA 4NSJA 1IR9A 4B4IA 1YAMA 1G1WA 5L3HA 1HHLA 1QUTA 1RE2A 1L36A 1L29A 1E8LA 1UIAA 207LA 165LA 4E3UA 1B5ZA 1C67A 214LA 1GFHA 108LA 1LYIA 1IR8A 1VFBC 1L23A 2B6TA 3ZVQA 1L37A 1DPWA 1KXYA 3RUNA 1GEZA 3RU5A 5C6LA 4I7OA 5B06A 4DD9A 5T3FA 1P3NA 232LA 1QT4A 1XGQC 2BQIA 2Q9EA 1LKSA 4NGZA 1L04A 2YBIA 1YIKA 3TXDA 1IP7A 1RFPA 2HECA 2XBRA 1PQMA 223LA 5LAGA 4I7MA 3W6EA 4H92A 3QY4A 1HERA 4LT2A 1IO5A 2YVBA 2DQEY 5HNLA 4ML7A 3GXRA 1LMPA 180LA 218LA 3CB7A 1D0MA 1OP9B 1DYDA 1NDGC 2NTGA 1LGWA 3A3RX 3ATNA 5EBHA 1WVVA 4EJ4A 1T97A 5HMJA 5DM9A 3WU7A 1L22A 1CJ7A 1L48A 1HMKA 3P65A 1KNIA 4YXAC 1QUOA 1L57A 1GAYA 5L9JA 1XGPC 5LXWA 3CT0A 3WW5A 2Z12A 3DN3A 1L30A 3HH6A 4WL7A 4WO9A 170LA 2B5ZA 4H8YA 1CX6A 1FDLY 1A4VA 1JTNA 1LGXA 162LA 1HENA 2ZILA 1VDSA 4HPIA 4TX7A 4ARMA 4G4BA 1P37A 1JJ3A 125LA 1L45A 4ETEA 3HH4A 1QT5A 1SSYA 5KXPA 1L80A 3W6CA 1QUSA 1JWRA 191LA 1BVXA 1GXV2 1GF0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Z38 A;  2BLX A;  4AGA A;  4H8Z A;  4X3B A;  1B7L A;  4H9I A;  1GFG A;  1NBY C;  5IDD A;  1GF9 A;  8LYZ A;  1JUG A;  4LYM A;  4DDB A;  4NGL A;  1DI3 A;  4KL7 A;  4HPE A;  4WM4 A;  5DN5 A;  3LHM A;  2BQF A;  4GCC A;  2EIZ C;  1QDR A;  3ZVQ B;  2XTH A;  4NSH A;  3LYO A;  1B5U A;  1KXW A;  3LYT A;  3CSQ A;  4H9F A;  4GN5 C;  1RJC B;  4Z3M A;  2W1X A;  3WUN A;  2DQJ Y;  1HFZ A;  1CKD A;  2IHL A;  4EOF A;  1GD6 A;  4DD0 A;  1G7J C;  1KIP C;  3B0O A;  4GLV A;  1LZ5 A;  3W6B A;  4DYG A;  3A90 A;  2H9K A;  1GFE A;  3AGH A;  3GXK A;  3AW7 A;  4MST A;  1GB5 A;  2G4N A;  4XN6 A;  4OWC A;  1HSW A;  4NSJ A;  1B5X A;  5L3I A;  1LJ3 A;  1IR9 A;  4B4I A;  1YAM A;  4G49 A;  1YKX X;  3BKH A;  3WPJ A;  2H9J A;  5L3H A;  1BB3 A;  1HHL A;  1QUT A;  2D91 A;  1BHZ A;  1GEV A;  1HNL A;  1RE2 A;  3WVX A;  5FST A;  2IFF Y;  4NHQ A;  2BQM A;  2MED A;  1LYZ A;  3EMS A;  1E8L A;  4N0J A;  133L A;  2EKS C;  4XJI A;  1UIA A;  207L A;  1OUG A;  2MEI A;  193L A;  3A6C Y;  4YEN A;  2G4P A;  1LZE A;  1F0W A;  3A3Q A;  3N9E A; 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 1GBZ A;  1GB3 A;  1LJI A;  2ZYP A;  1MLC E;  5FDJ A;  5FEK A;  4RDS A;  3TXB A;  1AT6 A;  2Z19 A;  2YBN A;  2ZNW Y;  3WH1 A;  1LYY A;  2DQH Y;  1GBX A;  3AW6 A;  3WW6 A;  3A94 A;  3VWO A;  3AGI A;  1EQE A;  1GBS A;  1DPX A;  4NGY A;  1UC0 A;  5JEN B;  5LVJ A;  1XEJ A;  1IOR A;  1OUB A;  1WQP A;  1W6Z A;  4NSI A;  2F30 A;  3W3E A;  4WLT A;  1FLW A;  2CWI A;  1UIC A;  1UIB A;  5F81 A;  4M4O A;  1FKV A;  3EXD A;  5I54 A;  2BQA A;  1RCM A;  3RT5 X;  1FLY A;  1REX A;  1IP5 A;  4NY5 A;  1BWJ A;  4GN3 A;  2MEF A;  1LYO A;  1GPQ C;  1B5V A;  1IOQ A;  1UBZ A;  1LHK A;  1T3P A;  1BQL Y;  4I0C A;  1AZF A;  4N5R A;  1BB5 A;  1JIS A;  3FE0 A;  4WOA A;  2BQG A;  5APF A;  4DD1 A;  5KXN A;  2HUB A;  4MCK A;  1LMA A;  1J1P Y;  4H8X A;  4ZIX A;  5DL9 A;  1NMM A;  4ETD A;  4ETC A;  1GF7 A;  1NF5 A;  5I4W A;  3HBE X;  1EL1 A;  5II3 A;  1TAY A;  5KXX A;  5KXO A;  4XEN A;  4NEB A;  5KXK A;  1VDP A;  3MGW A;  1IC4 Y;  1LZ8 A;  3LN2 A;  4BS7 A;  4YEO A;  1ZVY B;  3B72 A;  2HEE A;  1LJK A;  4N8Z A;  3W6D A;  1GB8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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