6LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 6lzmA00
3HUQA 169LA 200LA 1CX7A 1JQUA 233LA 1L19A 145LA 1L07A 3DN0A 4EKQA 1QTHA 1L20A 1P5CA 3GULA 1L91A 127LA 235LA 2B6YA 2A4TA 1L35A 1C6EA 259LA 1T8AA 1G07A 1QT5A 1QUOA 2L78A 1L42A 251LA 206LA 1LYEA 1DYFA 1D3NA 1L65A 4ARJA 1L96A 2OTZX 4AQNA 1T97A 1XJTA 1D3FA 1L22A 118LA 2QARC 1L26A 1C6FA 181LA 1ZURA 4E97A 1CV1A 1L83A 1L41A 3OE8A 4PK0A 4I7NA 3L2XA 2B6TA 1L34A 4EKPA 1CV3A 1L09A 172LA 3HTDA 3CDTA 1P2RA 152LA 198LA 3DN1A 4LZMA 1ZYTA 1C6KA 1CU5A 3GUKA 191LA 1L47A 3C82A 1C61A 1LWKA 3C7WA 156LA 3FADA 1L97A 2CUUA 3RZEA 1TLAA 3DKEX 173LA 126LA 146LA 4I7QA 4ARQB 1OV5A 3HH4A 1L64A 178LA 1QUDA 3C81A 3HH5A 218LA 3SB8A 148LE 119LA 244LA 229LA 143LA 185LA 1OVHA 1L38A 219LA 102LA 3HH3A 3GUPA 174LA 3F8VA 1QT6A 187LA 1L13A 1CUPA 1LYHA 4W59A 226LA 3SBAA 2RAYX 1L74A 2OU8A 3SB5A 186LA 1L82A 3DN4A 4EXMA 182LA 4W53A 1L05A 2QB0B 184LA 255LA 1C6PA 110LA 141LA 3HUAA 2Q9EA 1PQMA 1L76A 177LA 107LA 1P7SA 1OV7A 2B74A 1L59A 3ODUA 150LA 1C60A 214LA 1C6IA 1L37A 1LW9A 2RBSA 4I7JA 1L73A 1L81A 1P6YA 120LA 1LI3A 1C6AA 157LA 1L18A 256LA 242LA 1L0JA 2F32A 234LA 1QT4A 4YXAC 3HU9A 3EMLA 3SB9A 215LA 1L39A 1EPYA 1SSYA 196LA 1D2WA 3GUIA 1L85A 1KS3A 3CDRA 246LA 1L70A 2O7AA 1L02A 3PBLA 205LA 1L0KA 1C6BA 252LA 1C64A 1L15A 3C8SA 243LA 1L62A 4ARLA 4W51A 1DYAA 1G06A 195LA 180LA 2LZMA 2F2QA 1P2LA 113LA 3HUKA 3K2RA 1L23A 1XEPA 1T8FA 1OVJA 1DYGA 2OE9X 3PDSA 1L24A 3GUJA 3OE0A 1L40A 257LA 1L10A 4ZPUA 3RUNA 1L49A 1PQOA 2ANXA 260LA 114LA 4W52A 4EPIA 3DMZA 230LA 1L77A 1JTNA 1KW5A 4I7KA 2B70A 1PQKA 1L01A 1L92A 4DAJA 1KY1A 3SB7A 262LA 2OE4X 175LA 1L44A 2RBRA 1L63A 1L87A 1LWGA 1T8GA 236LA 2OEAX 249LA 2RAZX 1L68A 1JTMA 2F47A 1L25A 238LA 3HH6A 7LZMA 1C6TA 176LA 3NY8A 122LA 1P46A 3FI5A 4PJZA 240LA 199LA 1L54A 1C6DA 210LA 2O79A 2OE7X 3DN6A 1CU3A 1ZWNA 1L33A 2RH1A 1WTHA 1L27A 140LA 1QT8A 1L43A 232LA 1CV5A 2ANVA 131LA 1G1WA 3HT7A 4GBRB 1KW7A 248LA 1C6LA 2B7XA 1QSBA 1P36A 1L11A 189LA 1L28A 4OO9A 1C68A 3OE9A 3HTGA 3FA0A 1G1VA 1L67A 253LA 3JR6A 4ARQA 1DYBA 3C7YA 171LA 250LA 1CVKA 3G3WA 1L75A 5LZMA 3C8RA 1QTBA 3DMVA 164LA 3SBBC 1L14A 1CUQA 147LA 4ARMB 4EPFA 1CU0A 1C6NA 225LA 166LA 1QT3A 1CV0A 1L55A 2OU0X 3HT8A 1L86A 2RB1X 3G3XA 190LA 1P3NA 241LA 1QUHA 2RB2X 1L94A 212LA 1L58A 239LA 1P37A 1CV4A 1C6HA 1L89A 3HTBA 1LPYA 1L52A 3HDEA 2LCBA 1L69A 4I7LA 1LYFA 4S0WA 139LA 4K5YA 197LA 237LA 1L29A 228LA 1L06A 1SX7A 2RBQA 1L79A 222LA 201LA 2HULA 1LYGA 1CTWA 1DYDA 3DN3A 188LA 1L50A 3HT6A 3CDVA 4GRVA 159LA 1OVKA 162LA 4W54A 3V2WA 3DMXA 2RBNA 1C62A 4W58A 220LA 137LA 1QT7A 1QUGA 1QTCA 3LZMA 1G0KA 1QTZA 1L88A 161LA 2B73A 1C6MA 1KNIA 4W56A 247LA 2B75A 2IGCA 4LDEA 1C6CA 4DJHA 2Q9DA 224LA 123LA 138LA 128LA 3CDQA 3DNAA 1G0QA 3GUOA 1P64A 112LA 1LI6A 1L98A 4I7SA 4W55A 5I14A 4I7TA 103LA 1OWYA 1L80A 1L51A 1PQJA 160LA 211LA 1L66A 1C6QA 170LA 1L30A 245LA 1CV6A 1L31A 3VW7A 1LGUA 192LA 1L90A 1L00A 221LA 3OE6A 2RBOA 1QTDA 3DN8A 4EJ4A 1L16A 1G0GA 1LGXA 1P56A 1XJUA 144LA 1PQIA 149LA 1DYCA 4DKLA 231LA 1L03A 1L12A 4I7RA 6LZMA 209LA 1SWZA 4I7OA 108LA 3QAKA 1KY0A 227LA 111LA 1L53A 2NTGA 1L60A 1SSWA 1C67A 3C7ZA 3HWLA 1L17A 3GUNA 2B6XA 1L72A 3C8QA 4IAPA 3SB6A 3V2YA 2OTYX 151LA 4I7MA 2LC9A 165LA 261LA 3HDFA 4EKSA 1L95A 1L36A 1LI2A 4ARPA 2B72A 1CU6A 1CX6A 223LA 129LA 3CDOA 4EKRA 1C6JA 3F9LA 3GUMA 3HT9A 1LGWA 3L64A 1T6HA 155LA 1L93A 3UONA 125LA 4W57A 1D3MA 1PQDA 1G0LA 3SN6R 1NHBA 1D3JA 1C69A 1C66A 4YX7C 2HUKA 142LA 4LDLA 1G0PA 1L04A 1L71A 1C63A 1L57A 3D4SA 1QTVA 3HTFA 1L45A 1D2YA 1CU2A 4ARMA 1L21A 1L99A 2NTHA 213LA 3G3VA 1OYUA 183LA 1LYIA 4I7PA 1L84A 1SX2A 1QS9A 1L46A 1QS5A 1G0JA 1G0MA 167LA 1C6GA 2B6ZA 1C65A 217LA 1L48A 1OWZA 109LA 1K28A 4LDOA 1SWYA 3HU8A 1L08A 1DYEA 2HUMA 3C83A 1QSQA 254LA 2RBPA 2Z6BA 1L32A 216LA 115LA 3NYAA 3C80A 3NY9A 1LLHA 158LA 168LA 1D9WA 1L61A 2O4WA 4YXCA 1L56A 1LYDA 1LYJA 2OU9A 2RB0X 3DN2A 163LA 104LA 1I6SA 258LA 2B6WA 130LA 1B6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EO5A 2MEGA 4G9SA 1MELL 1L19A 145LA 1LSGA 3RT5X 1L20A 127LA 235LA 1W08A 1D0LA 1AT6A 1T8AA 1HENA 2L78A 4GCFA 1LYEA 1DYFA 2I26L 4TUNA 1D3NA 1L65A 3WW5A 1JEFA 1L96A 1AKIA 1GF9A 1GF3A 2QARC 4NWEA 1CKHA 4N5RA 1C6FA 1ZURA 4E97A 1CV1A 3CSZA 3OE8A 2BQIA 2B6TA 5DLAA 1CV3A 1LSZA 172LA 2CJLA 1LZ9A 4M6DA 5FCPA 152LA 198LA 3GUKA 3C82A 1YKXX 1LWKA 1LZ8A 1L97A 1LSAA 2CUUA 1TLAA 4CHXA 4KXIA 4I7QA 1FKVA 1LMAA 4LYTA 1OV5A 3C81A 3HH5A 4WOAA 5DM9A 3SB8A 148LE 2YBNA 2BQOA 2HTXA 3GUPA 1QT6A 3FI7A 1L13A 4HPEA 3IJVA 1L74A 1JTPL 1L82A 1IIZA 4HV2A 4N0JA 4W53A 4MR1A 1C6PA 1AM7A 1GE0A 4R6CA 1PQMA 5I4XA 107LA 2HU1A 4XJHA 1NWGA 2B74A 1L59A 1YL1X 150LA 1JHLA 1GFEA 1RJCB 4B4EA 3TMVA 4G49A 4WO9A 3ULRA 1P2CC 1C6AA 157LA 256LA 1VDSA 2F32A 234LA 4YXAC 3J4GA 1KIQC 1UCOA 1T6VL 3GUIA 1HNLA 1KS3A 2B5ZA 4NHQA 1L70A 1DPWA 205LA 1L0KA 1C6BA 5I54A 1L15A 1REYA 243LA 4YEOA 4AXTA 1IR7A 1AT5A 1C08C 3WL2A 1JSFA 3K2RA 3WU7A 4QY9A 3RZ4A 1DI3A 3A6BY 2DQHY 4ZPUA 2EIZC 4WG7A 3RUNA 1L49A 2BQBA 3TXBA 1UIEA 4OOTA 4H9EA 1HEMA 1IP6A 4XJIA 5A3ZA 4I7KA 4DQ7A 1PQKA 1UIBA 4B4JA 2HEBA 1L92A 3OK0A 2DQAA 1B5VA 4WLYA 2OE4X 1L44A 2RBRA 4ETDA 2OEAX 1ZVHL 2F47A 1OUCA 2MEHA 3G3AB 1GBZA 3NY8A 1CJ9A 4NGJA 1P46A 5F81A 1IWZA 3AW7A 2OE7X 4HPIA 4H9BA 4H90A 1L27A 1LYOA 1LZBA 4LFXA 3LZTA 1CV5A 4DD9A 2B7XA 1L11A 3A92A 1FLQA 2LZ2A 3A90A 4NIJA 3HTGA 1LJHA 5L3IA 1LJJA 1GFGA 3G3WA 1LJGA 1LMNA 1FKQA 1I1ZA 2YSSC 4EPFA 1CU0A 3A34A 1L55A 3HT8A 1L58A 3AZ6A 1L89A 2AUBA 3HDEA 3AGHA 3ZEKA 5ILFA 197LA 237LA 4HTQA 228LA 4RLNA 1LJIA 4J7VA 1SX7A 1L79A 2HULA 1XGTC 1GE1A 1BB3A 3TXKA 1CTWA 1GPQC 3DN3A 4NGIA 3CDVA 2D6BA 4BAPA 3V2WA 4H92A 2RBNA 1C62A 4W58A 1GE2A 4J1BA 3AZ5A 1QTZA 161LA 4GLAA 1C6MA 3W6BA 2D4JA 4Z3MA 1D9UA 2LYZA 1IR9A 1C6CA 2Q9DA 224LA 138LA 4ETCA 4W55A 4I7SA 5HMJA 5I14A 4I7TA 1GB6A 5LA8A 1IP5A 211LA 2Z2EA 1VDTA 5LA5A 192LA 1L00A 1B7RA 2RBOA 1QTDA 1IC5Y 4EJ4A 1CNSA 1GB8A 3P64A 4O34A 2ZNWY 1G7LC 1P56A 1XJUA 3TXIA 149LA 3WXUA 1YL0X 1DYCA 2F4GA 4DKLA 231LA 4J1AA 1L12A 6LZMA 5EBHA 1IP4A 1UIAA 2Z18A 1VDPA 1UIHA 227LA 2BQFA 1YILA 4NEBA 4GN4A 1L53A 1L60A 1SSWA 2PC2A 4OWAA 1J1XY 1L17A 3V2YA 2OTYX 4LT3A 2XBRA 2MEEA 133LA 8LYZA 4NHPA 4IATA 4EKSA 1XSFA 1L36A 1GHLA 3KAMA 3T6UA 1C46A 1LZ1A 4AGAA 3CDOA 1C6JA 3F9LA 3L64A 3A3RX 2BLXA 2ZQ4A 1D6QA 125LA 1G0LA 1NHBA 3W3EA 1OUHA 3B6LA 1QUTA 1OUAA 2HUKA 3ATOA 4LDLA 1G0PA 1B7NA 1GDWA 3K3TA 4WM5A 4PRUA 4FJRA 1KIRC 3WU9A 1L21A 1REMA 2F4AA 1OYUA 3G3VA 5LVGA 4Z98A 1GF8A 2YBMA 1IP3A 1OUIA 3B0OA 4RW1A 1EQ4A 4UWUA 167LA 1C65A 153LA 1OWZA 1O23A 1BWHA 4NGOA 3RU5A 4LYBA 1IY3A 1DQJC 3C80A 4LYZA 1LLHA 1LZRA 3WULA 1INUA 4WLXA 4OWBA 1L61A 1LYJA 1LYDA 2OU9A 5AMYA 1HC0A 2MEAA 1IR8A 3HUQA 7LYZA 2D4KA 1B0DA 200LA 1LJEA 3DN0A 4EKQA 1GB9A 1A2YC 2B6YA 1LZGA 2MEDA 3B0KA 4DD7A 5I4YA 2Z38A 1YANA 2MECA 3WVXA 1LZTA 4I8SA 2OTZX 2ZNXY 4LYOA 1XJTA 1D3FA 3W6DA 1LMOA 118LA 3SP3A 4Z46A 1UIGA 1G7HC 1D0MA 1L26A 1L41A 1KIPC 1BVKC 4I7NA 4TSCA 1L34A 4EKPA 1L09A 1BQLY 1IWXA 1UACY 2NWDX 1J1PY 5C6JA 1L47A 1GFVA 1IWYA 1GFTA 1LSMA 3FADA 1BVXA 5LVIA 126LA 4ARQB 4LT2A 3HH4A 143LA 1L38A 2HEFA 3GXRA 1XEKA 102LA 2CWIA 174LA 4BADA 186LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EO5 A;  2MEG A;  4G9S A;  1MEL L;  1L19 A;  145L A;  1LSG A;  3RT5 X;  1L20 A;  127L A;  235L A;  1W08 A;  1D0L A;  1AT6 A;  1T8A A;  1HEN A;  2L78 A;  4GCF A;  1LYE A;  1DYF A;  2I26 L;  4TUN A;  1D3N A;  1L65 A;  3WW5 A;  1JEF A;  1L96 A;  1AKI A;  1GF9 A;  1GF3 A;  2QAR C;  4NWE A;  1CKH A;  4N5R A;  1C6F A;  1ZUR A;  4E97 A;  1CV1 A;  3CSZ A;  3OE8 A;  2BQI A;  2B6T A;  5DLA A;  1CV3 A;  1LSZ A;  172L A;  2CJL A;  1LZ9 A;  4M6D A;  5FCP A;  152L A;  198L A;  3GUK A;  3C82 A;  1YKX X;  1LWK A;  1LZ8 A;  1L97 A;  1LSA A;  2CUU A;  1TLA A;  4CHX A;  4KXI A;  4I7Q A;  1FKV A;  1LMA A;  4LYT A;  1OV5 A;  3C81 A;  3HH5 A;  4WOA A;  5DM9 A;  3SB8 A;  148L E;  2YBN A;  2BQO A;  2HTX A;  3GUP A;  1QT6 A;  3FI7 A;  1L13 A;  4HPE A;  3IJV A;  1L74 A;  1JTP L;  1L82 A;  1IIZ A;  4HV2 A;  4N0J A;  4W53 A;  4MR1 A;  1C6P A;  1AM7 A;  1GE0 A;  4R6C A;  1PQM A;  5I4X A;  107L A;  2HU1 A;  4XJH A;  1NWG A;  2B74 A;  1L59 A;  1YL1 X;  150L A;  1JHL A;  1GFE A;  1RJC B;  4B4E A;  3TMV A;  4G49 A;  4WO9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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