6LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 6lzmA00
3DN8A 2NTHA 1L02A 1LYFA 3SB6A 1LI6A 1PQOA 4W55A 3RZEA 3DN0A 3DN1A 1L84A 3HH5A 161LA 168LA 1L20A 222LA 3GUJA 1CV1A 1QUHA 151LA 1L67A 187LA 234LA 1L09A 1L51A 3OE9A 1C6PA 244LA 1L92A 1C6MA 1DYDA 1L96A 110LA 3GUKA 2QARC 3QAKA 1G0MA 1LYHA 2RH1A 4I7KA 1L37A 1I6SA 1L14A 1L68A 1L99A 226LA 4W59A 199LA 1LGWA 1QT8A 3NYAA 3C7YA 3FADA 1KNIA 164LA 3L2XA 1QTZA 1XEPA 1L60A 4LDLA 1KY0A 1T8GA 1LWGA 2B6TA 4ARQB 2CUUA 103LA 1L38A 3HUQA 2B70A 2O4WA 4YXAC 1CU3A 3JR6A 3SB5A 115LA 1L95A 1L08A 1LI3A 2B6WA 2LC9A 1C6BA 3F8VA 1QT3A 2O7AA 173LA 221LA 1L65A 175LA 3EMLA 188LA 2RB0X 1L28A 1L35A 1L69A 1LLHA 3DMVA 4EKRA 245LA 1ZURA 2O79A 146LA 139LA 4ARMA 1CV4A 158LA 1LYEA 1JTNA 1OVKA 2IGCA 205LA 130LA 1L04A 232LA 3DMZA 1L72A 4I7PA 1CX6A 1D3JA 2B73A 155LA 1L30A 2OU9A 163LA 107LA 1D3MA 1C6QA 4DKLA 113LA 1L88A 216LA 2B75A 4GBRB 1C67A 1DYAA 1SSWA 2LCBA 1CU6A 1D2WA 254LA 1L75A 1L87A 3GUPA 2OTYX 3C7WA 1L93A 1CU5A 4I7MA 1L0KA 181LA 1L89A 262LA 1P3NA 1P2RA 3SBBC 4I7QA 2RAYX 4W51A 3K2RA 4YX7C 1KS3A 1G0QA 3PBLA 3V2WA 1SWZA 253LA 3HT9A 1KW5A 1L54A 1L46A 1LI2A 1LYIA 1QT4A 1CV3A 189LA 1PQJA 261LA 1L64A 3OE8A 1LWKA 4I7JA 200LA 1L17A 1L49A 1OVHA 2ANXA 185LA 239LA 4LDEA 260LA 156LA 3HT6A 4EKPA 1C6AA 1L63A 4ARMB 2OU8A 1C60A 1PQDA 1C6TA 144LA 3FA0A 2A4TA 1CUPA 195LA 4I7OA 1L74A 3HDFA 1L18A 3HH6A 1L71A 2LZMA 3GUMA 140LA 3HT8A 2OTZX 1L97A 1B6IA 1L03A 1L47A 3HU9A 3HTBA 243LA 131LA 3NY9A 1L00A 3HWLA 233LA 1L10A 1L48A 167LA 3SB9A 1L24A 174LA 3SB7A 3DN2A 4I7RA 1KY1A 143LA 1OV5A 138LA 1L05A 1QT7A 1DYGA 3C83A 1CV5A 1L76A 142LA 2RBQA 211LA 3C8QA 4ZPUA 159LA 127LA 1WTHA 1L73A 3HTFA 1L90A 3OE6A 4EKQA 230LA 1L25A 104LA 206LA 3DKEX 4EKSA 5I14A 225LA 257LA 231LA 1P2LA 3UONA 1L29A 3C80A 248LA 109LA 1P36A 2B7XA 1G06A 1D3FA 1G0KA 180LA 5LZMA 2OE9X 1LW9A 170LA 192LA 1G1WA 1OVJA 3GUIA 1L83A 3GUNA 1L41A 1P7SA 1LYDA 1QSBA 1PQMA 3G3XA 125LA 1OWYA 2RBSA 2QB0B 1K28A 123LA 1L15A 1LYGA 1P46A 4W57A 255LA 1C61A 3DNAA 1CV6A 1L85A 2HULA 191LA 1P5CA 1QTCA 3VW7A 4I7SA 1L32A 3HUAA 241LA 3CDTA 249LA 210LA 2B6YA 3GUOA 4YXCA 4DAJA 1C62A 178LA 1QTDA 1L26A 1ZYTA 4W56A 1PQKA 4LDOA 3PDSA 2NTGA 198LA 3HUKA 1L40A 209LA 2RBOA 3LZMA 1C69A 2Q9EA 3CDOA 2RAZX 1L13A 2Z6BA 141LA 1PQIA 6LZMA 3SBAA 2RB2X 1G1VA 1G07A 1C63A 137LA 1L23A 119LA 1L36A 126LA 3RUNA 176LA 4ARJA 182LA 1L53A 4ARPA 4E97A 1C65A 3FI5A 196LA 1P37A 171LA 1L07A 1QTBA 4AQNA 2OE7X 1DYBA 102LA 1DYCA 1L61A 4DJHA 1L11A 1QUOA 2F32A 1SX2A 238LA 1L52A 1L98A 2RBPA 2F47A 224LA 1G0JA 145LA 213LA 4W53A 162LA 4S0WA 197LA 1L56A 3DN3A 1L94A 259LA 1KW7A 1T8FA 1ZWNA 177LA 1T8AA 217LA 2RBNA 4I7NA 157LA 4EXMA 2ANVA 1D9WA 122LA 1L79A 240LA 150LA 1C6FA 2F2QA 4EPFA 7LZMA 1G0LA 1CX7A 2B74A 128LA 4PJZA 1QT6A 2Q9DA 1L43A 1SWYA 149LA 4EJ4A 184LA 1C6JA 1T97A 1L06A 1L86A 3HH3A 3SB8A 1C6EA 1L58A 186LA 4K5YA 1QSQA 1L33A 1JQUA 1C64A 1LGXA 1L57A 3G3VA 4LZMA 3ODUA 1XJUA 3HTDA 1L55A 1SSYA 1OWZA 1L62A 3DN4A 148LE 3HTGA 2RB1X 3HH4A 2B72A 1QS9A 3HDEA 2OEAX 3CDRA 129LA 1L0JA 2RBRA 3L64A 4I7LA 3C8RA 152LA 1QUDA 1L70A 1C6HA 1OYUA 118LA 147LA 229LA 169LA 1NHBA 236LA 4I7TA 1L91A 114LA 215LA 1L77A 2B6XA 3G3WA 4IAPA 1G0PA 1DYEA 1JTMA 1C68A 4W54A 1CV0A 2B6ZA 228LA 1C6GA 4W52A 3NY8A 1CVKA 1L19A 1CU2A 1P6YA 1QS5A 3CDVA 111LA 1L34A 160LA 247LA 246LA 1C6CA 166LA 1C6KA 1L12A 1P56A 3C82A 1C66A 242LA 3DN6A 4OO9A 2L78A 227LA 1DYFA 1L44A 1QTVA 3OE0A 3DMXA 120LA 1L81A 2HUMA 3CDQA 1LPYA 3V2YA 212LA 112LA 1L42A 1L31A 1SX7A 1D2YA 2OE4X 183LA 1C6LA 4EPIA 190LA 1QUGA 1L21A 219LA 3C7ZA 1C6NA 1CU0A 251LA 1CTWA 1L66A 1C6DA 1T6HA 3D4SA 165LA 1L27A 3C81A 1TLAA 1LGUA 1L45A 2OU0X 1EPYA 1C6IA 235LA 1L50A 1XJTA 3HT7A 4ARLA 172LA 1LYJA 108LA 237LA 4GRVA 1L39A 1QT5A 1D3NA 4ARQA 250LA 3C8SA 1L01A 4PK0A 252LA 256LA 3GULA 1L22A 3HU8A 1G0GA 1L80A 1L16A 214LA 218LA 1P64A 3SN6R 3F9LA 1OV7A 220LA 201LA 258LA 223LA 2HUKA 1L82A 4W58A 1CUQA 1QTHA 1L59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN8A 1L02A 3LYZA 1GFGA 2ZNXY 1OUCA 3HH5A 1IIZA 1GF7A 3AB6A 2F4AA 1L96A 2EQLA 1H87A 2QARC 2Z38A 3TXDA 1G0MA 3AZ4A 3NYAA 2BQFA 1JTPL 2BQIA 2HUBA 1CKGA 4J1AA 1JTOL 1LZBA 1NQIA 1QTZA 1T8GA 2HU3A 3TMUA 3HUQA 1WQQA 3RU5A 2O4WA 3RZ4A 1NMMA 3TMXA 1L08A 4NSHA 1LHHA 2WARA 5LXWA 1QT3A 1W6ZA 133LA 1D0MA 1GB6A 1JSFA 1UICA 2RB0X 4G4CA 2BQDA 1L69A 3ZVQB 146LA 4HV2A 4U3XB 5APFA 1CKCA 4LT1A 1LJIA 4I7PA 1CX6A 5HNCA 1LAAA 1L30A 208LA 2OU9A 4NHPA 1DPXA 3D3DA 1C6QA 2PC2A 113LA 4P2EA 2B5ZA 4TUNA 2OTYX 2MEGA 5L9JA 1P3NA 4WLYA 3SBBC 1HF4A 2F4GA 2RAYX 2MEBA 3PBLA 253LA 5KXLA 1L54A 1L46A 1LYIA 4XJIA 4ET9A 4XJGA 3AW6A 1KXYA 1PQJA 261LA 2MEAA 1L64A 3OE8A 4NGZA 200LA 4LDEA 1B5ZA 1OVHA 185LA 5J7CA 4EKPA 1L63A 5IHGA 4ETDA 144LA 3FA0A 3LN2A 3BKVA 1JKBA 1L74A 4H8ZA 1L71A 1B7MA 2OTZX 1L47A 1B5YA 3W6DA 1GB8A 2C8PA 1LSDA 4E3UA 1L00A 4KT3A 1L10A 1DPWA 2DQGY 4IATA 1IWXA 3SB7A 3DN2A 1CNSA 1JKDA 4H9FA 1L05A 3HBEX 5LVGA 4LFPA 4LT3A 2FBBA 5APCA 2RBQA 4YEMA 4HPEA 1LZEA 4ZPUA 3B0OA 4UWVA 1WTHA 3WPKA 2C8OA 2W1XA 4IJ4A 4H94A 6LYZA 5LVIA 230LA 2W1MA 3A94A 4PPOA 231LA 1L29A 3C80A 5HMVA 1JEFA 4GLVA 4YF2A 1GF6A 1CJ7A 1YKZX 1NHEA 5LZMA 2OE9X 170LA 5KXZA 4R0FA 1HMKA 1L83A 1P7SA 4II8A 2YBMA 1LYDA 4Z41A 1IP3A 1K28A 123LA 1OUDA 2DQHY 1P46A 1JJ0A 2XQOA 3W6CA 5KY1A 3DNAA 1LSAA 5K7OA 1HELA 1GB5A 1RFPA 1QTCA 1GE1A 4I7SA 1L32A 3A95A 1IWYA 3HUAA 241LA 3IWRA 1YL0X 3T36A 4YXCA 4TWSA 5L3IA 1QTDA 1L26A 1YROA 4HJZA 2NTGA 1GFHA 1HEOA 2RBOA 2HEDA 4ANRA 141LA 5E9RA 1IWVA 1IX0A 2LYZA 2HECA 2RB2X 1G1VA 1C63A 137LA 1XGUC 1GBXA 1BB6A 2ZQ3A 1L53A 1LHKA 4ZFPA 1C65A 3ATNA 196LA 1P37A 4H8XA 1I1ZA 1LYZA 1QTBA 4AQNA 4WL6A 1DYBA 1FLQA 1GWDA 1LCNA 1SX2A 238LA 1L98A 2RBPA 1F10A 2BPUA 5HMJA 5KKIA 2YBLA 213LA 1B7OA 4NGLA 4S0WA 1TCYA 1GEZA 4ET8A 4QDNA 1HENA 3LHMA 2F30A 157LA 4DDAA 1JUGA 1XGTC 1BVXA 1L79A 6LYTA 1IC5Y 240LA 2I6ZA 150LA 4OWCA 2ZWBA 3GXKA 5FDJA 1L43A 1SWYA 3BKHA 4RW1A 5EBHA 4AXTA 5LA5A 3EBAB 1QUTA 186LA 5I53A 1GF9A 1N4FA 1JHLA 3TXGA 1C64A 1JQUA 2DQAA 3G3VA 4LZMA 3HTDA 3W3EA 1L62A 3HTGA 4H9EA 1ZVYB 1QS9A 4H1PA 3CDRA 1L0JA 2BQLA 3C8RA 5LYZA 2YSSC 169LA 2Z2EA 3E3DA 1WQNA 3G3WA 1LSFA 1DYEA 1T3PA 1TDYA 4W52A 1QS5A 111LA 4WM4A 247LA 1C6CA 166LA 4BAFA 1L12A 2HEAA 3TXFA 4W94A 1C66A 1O23A 2I25L 3F6ZA 2Y8PA 1IR7A 1GE4A 1L44A 1LSBA 1REXA 4NWEA 1LOZA 3DMXA 4MSTA 1OUHA 4NGKA 2HUMA 1GHLA 4NGWA 4I0CA 1L42A 1L31A 4R6CA 2Z2FA 1LZGA 3OK0A 4HPIA 1B7PA 3QNGA 4KL7A 2YBIA 5FCPA 1L27A 3C81A 1LGUA 1B5WA 3TXIA 1C6IA 3WYHA 1L50A 4WLXA 4DDCA 4RLMA 1WQMA 108LA 4GRVA 9LYZA 5KXMA 4PK0A 1VEDA 1IP4A 5M1YA 3HU8A 1XSFA 3CT0A 1IP1A 1EQ4A 214LA 218LA 3F9LA 2W1YA 1B2KA 220LA 1MELL 4W58A 4ZIXA 1IWTA 1UCOA 3AZ6A 1L59A 2BLYA 1LYFA 3A6BY 1PQOA 4W55A 3DN0A 2BQMA 1L84A 1IORA 2BQNA 3DN1A 4ETCA 1IOSA 4BS7A 222LA 3GUJA 5KXRA 3ZVQA 3SP3A 1L67A 1WQRA 3J4GA 3OE9A 3TXKA 1IWUA 1DYDA 110LA 3QAKA 5B07A 3W6FA 1B7RA 1I6SA 1L14A 1LPIA 1L68A 5KXOA 1YAOA 1LMQA 4OWEA 4NGIA 1A4VA 1HFZA 1LHJA 4YENA 207LA 5HNLA 1KY0A 2FYCA 1L38A 2B70A 4YXAC 1KXWA 1LKRA 3SB5A 5C6JA 3A96A 1AT5A 1LI3A 1XEJA 2LC9A 2D91A 1CJ9A 173LA 1GFEA 1BB3A 4XADA 4YOPA 1J1PY 175LA 188LA 2X0AA 2ZIKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DN8 A;  1L02 A;  3LYZ A;  1GFG A;  2ZNX Y;  1OUC A;  3HH5 A;  1IIZ A;  1GF7 A;  3AB6 A;  2F4A A;  1L96 A;  2EQL A;  1H87 A;  2QAR C;  2Z38 A;  3TXD A;  1G0M A;  3AZ4 A;  3NYA A;  2BQF A;  1JTP L;  2BQI A;  2HUB A;  1CKG A;  4J1A A;  1JTO L;  1LZB A;  1NQI A;  1QTZ A;  1T8G A;  2HU3 A;  3TMU A;  3HUQ A;  1WQQ A;  3RU5 A;  2O4W A;  3RZ4 A;  1NMM A;  3TMX A;  1L08 A;  4NSH A;  1LHH A;  2WAR A;  5LXW A;  1QT3 A;  1W6Z A;  133L A;  1D0M A;  1GB6 A;  1JSF A;  1UIC A;  2RB0 X;  4G4C A;  2BQD A;  1L69 A;  3ZVQ B;  146L A;  4HV2 A;  4U3X B;  5APF A;  1CKC A;  4LT1 A;  1LJI A;  4I7P A;  1CX6 A;  5HNC A;  1LAA A;  1L30 A;  208L A;  2OU9 A;  4NHP A;  1DPX A;  3D3D A;  1C6Q A;  2PC2 A;  113L A;  4P2E A;  2B5Z A;  4TUN A;  2OTY X;  2MEG A;  5L9J A;  1P3N A;  4WLY A;  3SBB C;  1HF4 A;  2F4G A;  2RAY X;  2MEB A;  3PBL A;  253L A;  5KXL A;  1L54 A;  1L46 A;  1LYI A;  4XJI A;  4ET9 A;  4XJG A;  3AW6 A;  1KXY A;  1PQJ A;  261L A;  2MEA A;  1L64 A;  3OE8 A;  4NGZ A;  200L A;  4LDE A;  1B5Z A;  1OVH A;  185L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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