7LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 7lzmA00
1L20A 1XJUA 1L48A 1LYDA 4ARLA 1G0LA 2B75A 1L63A 177LA 3GUIA 234LA 2HUKA 1L03A 249LA 1LLHA 3HTFA 3HDEA 1K28A 1EPYA 220LA 1LPYA 1L25A 1SX7A 1L55A 4I7LA 1L80A 1L95A 1G0QA 3DN6A 1KW5A 118LA 1PQDA 1QTHA 2RB2X 3FA0A 3HT8A 3F8VA 200LA 2O7AA 157LA 1L27A 1QUGA 3HTGA 2LCBA 1LGUA 151LA 1D2WA 2CUUA 4I7PA 1DYAA 167LA 1OWYA 230LA 1CV4A 4PJZA 2OU8A 1C6LA 1L60A 1D2YA 1C61A 1C6PA 180LA 127LA 4PK0A 1L72A 4DKLA 3C8SA 3ODUA 3DN2A 1L73A 1L30A 2OE7X 1OVKA 141LA 1L79A 130LA 2OE9X 1CV3A 1QTVA 217LA 1L54A 145LA 3DMVA 1L74A 235LA 225LA 1L39A 4IAPA 189LA 248LA 239LA 4W51A 104LA 1OV7A 1T8AA 215LA 173LA 222LA 1CU6A 2RAZX 4ZPUA 1C6MA 1L17A 1LYFA 1WTHA 1G07A 1XEPA 3C8QA 213LA 1LI2A 212LA 181LA 2ANVA 108LA 1JTMA 3CDVA 1L29A 3SBBC 1L37A 1D3MA 1T8FA 3C8RA 1P6YA 3SB7A 1PQOA 1L94A 252LA 170LA 4EKSA 1L47A 4DJHA 120LA 1CUQA 1C66A 1L43A 1L99A 1QUHA 214LA 168LA 241LA 4I7JA 1CU5A 1G06A 184LA 1L00A 1T6HA 1L10A 4W54A 1XJTA 243LA 3V2WA 1L57A 3DNAA 1C63A 221LA 2RBOA 1PQJA 1CV5A 1C6IA 1OYUA 1L0JA 103LA 2Q9DA 1L42A 113LA 110LA 1T8GA 1L49A 2OEAX 254LA 1C6HA 1L0KA 4I7OA 2HUMA 3DN1A 4EKPA 2LC9A 3OE6A 245LA 1QT6A 257LA 3HT7A 4LDOA 138LA 3HT6A 1L23A 1SX2A 3DN8A 1D9WA 1L19A 2QARC 1G1WA 115LA 3G3WA 2A4TA 3C7ZA 1C6GA 3SB8A 4LZMA 5I14A 3OE8A 261LA 176LA 1L26A 1LYEA 3CDOA 1L31A 1LYHA 4ARQA 205LA 1I6SA 3EMLA 1L76A 3C83A 1L75A 172LA 1QS9A 1L01A 2B7XA 1P64A 4K5YA 2B73A 3VW7A 4GBRB 1C60A 2OU0X 1L28A 1L67A 1SSWA 1JQUA 3G3VA 218LA 251LA 1OVJA 1QTCA 1CX7A 1C69A 232LA 3DMXA 201LA 128LA 1L13A 2B74A 1CVKA 2RH1A 2RBQA 1KS3A 4AQNA 1P37A 2QB0B 1L82A 1L91A 1L97A 1QTZA 1C6BA 1P36A 2ANXA 114LA 1CU2A 3GUPA 152LA 3HH3A 3HWLA 238LA 188LA 198LA 123LA 1L77A 159LA 4EXMA 1L45A 3SN6R 1L09A 1L90A 210LA 3C7WA 1CU3A 1G0PA 164LA 2L78A 2Q9EA 156LA 1L36A 1L24A 3OE0A 1KNIA 1LI6A 255LA 2RBPA 3GUMA 143LA 2Z6BA 260LA 3JR6A 1G0GA 4I7KA 1L68A 1G1VA 3GUJA 4LDEA 1L12A 196LA 1L11A 3DN4A 1L02A 1L89A 1LYJA 2F47A 2LZMA 3RZEA 126LA 1G0JA 1L52A 1LGWA 228LA 4ARQB 1D3NA 1TLAA 3DN0A 2HULA 4W58A 186LA 1L34A 1P7SA 219LA 1L66A 1L61A 3F9LA 3L2XA 2RB1X 242LA 1DYBA 3HDFA 148LE 1T97A 1L32A 3FADA 3CDRA 2RAYX 183LA 1L04A 1L53A 1G0KA 1P2LA 1OVHA 4GRVA 247LA 165LA 1LWKA 1ZURA 1DYDA 1G0MA 206LA 259LA 1L15A 4I7SA 1L71A 1CU0A 7LZMA 3GUNA 131LA 1C6TA 211LA 1P56A 1DYCA 2B6WA 4I7TA 1P3NA 3HUQA 3NYAA 3NY9A 190LA 2B6TA 192LA 161LA 162LA 1DYFA 109LA 3SB9A 1SSYA 1L44A 1ZWNA 2OU9A 4S0WA 1QSBA 1L96A 1QS5A 4I7NA 4E97A 1L33A 3HUAA 3DMZA 125LA 244LA 1C6FA 1L87A 246LA 1KW7A 1PQKA 4DAJA 1L35A 1L16A 4YXCA 1SWYA 1C6QA 231LA 4W56A 171LA 216LA 1C6AA 3HTBA 166LA 258LA 2O4WA 137LA 1B6IA 3CDTA 1L84A 1C67A 155LA 4W57A 3PDSA 4ARMA 1L06A 4EKRA 223LA 3D4SA 4W52A 195LA 224LA 4W53A 2B70A 1CV6A 237LA 1L58A 147LA 2RBSA 3DN3A 1OV5A 1C65A 4I7QA 174LA 1L65A 2F32A 3HU8A 1PQMA 256LA 1QUOA 1CV0A 150LA 1CV1A 1QTDA 3HT9A 139LA 1KY1A 175LA 1L93A 144LA 233LA 142LA 4ARJA 1JTNA 3G3XA 1L40A 1KY0A 3C80A 3L64A 1P2RA 4LDLA 3C7YA 3HU9A 3GUKA 1L92A 1QT4A 140LA 1D3FA 1ZYTA 6LZMA 2IGCA 236LA 1D3JA 2NTGA 187LA 1L81A 3OE9A 2OE4X 1LW9A 3SBAA 1NHBA 262LA 1L14A 119LA 1L05A 3V2YA 3FI5A 1QTBA 2RB0X 107LA 102LA 163LA 4EPFA 226LA 1LYGA 3GULA 4EJ4A 1P5CA 1C6DA 3LZMA 1OWZA 1QSQA 4EKQA 1L22A 1C6CA 1L51A 2B72A 1SWZA 1LGXA 1LYIA 3NY8A 1L21A 4YXAC 3HH5A 3RUNA 1P46A 4ARMB 1C62A 2OTYX 2RBNA 1DYGA 1L64A 3HTDA 1QT8A 3K2RA 1C6EA 1L50A 160LA 2O79A 3QAKA 1L18A 191LA 1L38A 1L08A 1PQIA 199LA 2B6XA 3HUKA 112LA 3SB5A 178LA 4I7RA 1L85A 1LI3A 1QT3A 2B6ZA 3HH4A 185LA 4YX7C 1L56A 182LA 2B6YA 1C6NA 3DKEX 3C81A 3C82A 1C6JA 1L70A 1CUPA 2OTZX 111LA 1L86A 4W55A 1CX6A 4ARPA 1DYEA 3CDQA 3UONA 158LA 1L59A 4EPIA 129LA 1QT5A 1L07A 169LA 1L46A 3HH6A 1L98A 1QUDA 3SB6A 4W59A 197LA 4OO9A 122LA 1L62A 149LA 229LA 4I7MA 1C6KA 146LA 209LA 2NTHA 1L41A 1L69A 1L83A 1QT7A 1C68A 1C64A 1LWGA 1L88A 253LA 240LA 227LA 2RBRA 5LZMA 250LA 1CTWA 2F2QA 3GUOA 3PBLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ANRA 4XADA 2B75A 1B5WA 1GFGA 4LYOA 4H9IA 3LYZA 1GF7A 1OUBA 249LA 4NHTA 3A95A 5B59A 1K28A 208LA 4I7LA 4WM1A 1KW5A 118LA 1IR8A 1DXJA 1PQDA 2RB2X 3HT8A 1CKCA 1GEVA 3CSZA 1LJHA 200LA 2LCBA 3J4GA 2CUUA 4LYBA 4I7PA 1OWYA 1YIKA 4DC4A 2OU8A 1C6LA 1L60A 1V7TA 1LZ6A 1EL1A 4J1BA 1HFXA 1L72A 2ZNWY 3C8SA 4II8A 1DI3A 2D4JA 2OE7X 1LSDA 1QQYA 1QDTA 1LMQA 130LA 4LT1A 2X0AA 4IAPA 248LA 104LA 5KXMA 1KXWA 215LA 4G4CA 1D0MA 3BKHA 1CU6A 4B4IA 4GN3A 3A96A 1TEWA 4QGZA 3C8QA 3WXTA 212LA 1FKQA 181LA 1J1XY 1YROA 2ANVA 3D3DA 5D5FA 1OP9B 3CDVA 1D3MA 3G3BB 1RI8B 170LA 1IORA 4TWSA 1L47A 1GB7A 1LZNA 1GFUA 4G4BA 1B5VA 1IP1A 4U3XB 1QUHA 168LA 1REZA 1G06A 4I8SA 1L00A 1WQRA 4AGAA 3P65A 2ZYCA 3WXUA 1OYUA 1L0JA 103LA 1T8GA 1L49A 2OEAX 4W94A 1LSAA 4I7OA 2ZIKA 2YBNA 3HT7A 1JJ0A 1L23A 4EMNA 1D9WA 1QUSA 1L19A 1I56A 3G3WA 3C7ZA 2Z37A 5D5CA 1C6GA 1T6VL 1LZ9A 176LA 4YENA 3CDOA 1YAPA 1L31A 193LA 1OUEA 1LYYA 172LA 4NHIA 2BQOA 1C60A 1L67A 1SSWA 4NG1A 3G3VA 1LZRA 2I6ZA 3AB6A 2RBQA 1KS3A 1P37A 4H9CA 1RE2A 1QTZA 1IO5A 5LVHA 1P36A 4DYGA 152LA 3GXKA 238LA 1H87A 5IDDA 3WYHA 123LA 1GF4A 3TXDA 4NGVA 159LA 4G4HA 2A7FA 4WM2A 4XJBA 4ETCA 3QY4A 1UUZC 1UA6Y 1ZV5L 1GE0A 1IOQA 1IR9A 1BB3A 5LVGA 1KNIA 1LI6A 4YEMA 1V7SA 2ZQ3A 2HEFA 1QIOA 4G49A 260LA 2Q0MX 3JR6A 5B1FA 4I7KA 1L68A 2Z39A 3P64A 1I1ZA 4XJDA 2YSSC 4TUNA 2EIZC 1UIDA 126LA 1YKZX 228LA 2HEDA 5I53A 1D3NA 5F9UA 1L66A 3F9LA 2YBJA 1LJFA 4ET8A 1UIBA 148LE 3TMWA 1EQ5A 1GBOA 3CDRA 4H92A 4GLVA 5KXZA 3WU7A 1G0KA 1LWKA 2VB1A 1LSMA 2Z19A 1WQMA 4I7SA 1CU0A 3GUNA 211LA 4NGZA 2MEHA 3WVYA 1L96A 3W6EA 1GE3A 1CKFA 5LINA 3AGIA 3CB7A 246LA 4TSCA 2XQOA 3N9AA 3GXRA 1ZMYL 1SWYA 3W6CA 1BQLY 3TXKA 231LA 2HU3A 4W56A 5L9JA 2ZNXY 1C6AA 4NGWA 3E3DA 1IIZA 4H94A 4NG8A 1TCYA 5A3EA 1LSNA 2G4PA 1C67A 1EQEA 3A94A 3WPLA 1HFZA 1L06A 2BQLA 3RT5X 4EKRA 3D9AC 4W52A 1WVUA 3EMSA 5HMJA 3TXHA 4XYYA 2FBBA 1L65A 1WTNA 1LAAA 5FEKA 1C43A 1CV0A 1CV1A 139LA 4Z3MA 1L93A 233LA 4WLYA 142LA 3C80A 3IWRA 3WVXA 2BQGA 3GUKA 4TX7A 1MLCE 1D3FA 1ZYTA 1LKRA 1IP6A 5I5QA 3ZEKA 236LA 2LYOA 4XJHA 4WO9A 4OWEA 4GLAA 4DD2A 4ML7A 1L05A 1P5CA 3LZMA 1GDXA 1C6CA 4RDSA 5DM9A 5DLAA 3FE0A 5F81A 3LYMA 4D9ZA 3A92A 1GAZA 4ARMB 2B5ZA 1DYGA 4B0DA 1C45A 2HUBA 4GN4A 3QAKA 3AGHA 1L18A 1F0WA 4HPIA 2N5ZA 5KXTA 4WG1A 3HUKA 112LA 1XSFA 3SB5A 1LSFA 1L85A 1HSXA 2B6ZA 1QT3A 1IWZA 5LVJA 4ETAA 185LA 4YX7C 1G7IC 3B72A 1DQJC 2B6YA 4HTKA 4PRQA 1IOCA 5II3A 2EKSC 1C6NA 2LYZA 2I26L 111LA 3UONA 3TXBA 2BAAA 1L59A 5LA8A 1QT5A 4H9AA 1L07A 169LA 1G7LC 3HH6A 1QUDA 4DD0A 197LA 2H5ZA 2HECA 2DQJY 3A90A 1B7MA 4TSBA 2ZIJA 3EXDA 4H9EA 2RBRA 4XN6A 3PBLA 5LAFA 2DQGY 1F10A 1REXA 1LYOA 4ARLA 1DPWA 3W6BA 177LA 234LA 1L03A 1XGTC 1VEDA 4WG7A 1UBZA 2HEEA 2PC2A 1EPYA 1SLYA 1VDPA 1QTHA 2BQJA 3RZ4A 3ATOA 1LJ4A 1QUGA 1JTPL 1DYAA 4N1EI 5DN4A 1GB8A 3KAMA 4PJZA 4LT2A 1JKBA 1D2YA 1NWGA 1C6PA 1LKSA 1JKDA 4DKLA 5C6LA 2Z12A 5DL9A 3B0OA 3DN2A 4NY5A 2HEBA 4WLTA 1OVKA 3A67Y 5ILFA 2BPUA 225LA 5L3HA 2DBTA 5F9XA 1T8AA 173LA 1JPOA 3VWOA 4H93A 4YM8A 2MECA 1L17A 1LYFA 3WUNA 1G07A 1B7RA 1YL1X 3C8RA 2LHMA 4DDBA 4HJZA 1L94A 1LZGA 4N9RA 1NKHA 1OUAA 1GB3A 1LJ3A 1CUQA 4CGEA 1L43A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ANR A;  4XAD A;  2B75 A;  1B5W A;  1GFG A;  4LYO A;  4H9I A;  3LYZ A;  1GF7 A;  1OUB A;  249L A;  4NHT A;  3A95 A;  5B59 A;  1K28 A;  208L A;  4I7L A;  4WM1 A;  1KW5 A;  118L A;  1IR8 A;  1DXJ A;  1PQD A;  2RB2 X;  3HT8 A;  1CKC A;  1GEV A;  3CSZ A;  1LJH A;  200L A;  2LCB A;  3J4G A;  2CUU A;  4LYB A;  4I7P A;  1OWY A;  1YIK A;  4DC4 A;  2OU8 A;  1C6L A;  1L60 A;  1V7T A;  1LZ6 A;  1EL1 A;  4J1B A;  1HFX A;  1L72 A;  2ZNW Y;  3C8S A;  4II8 A;  1DI3 A;  2D4J A;  2OE7 X;  1LSD A;  1QQY A;  1QDT A;  1LMQ A;  130L A;  4LT1 A;  2X0A A;  4IAP A;  248L A;  104L A;  5KXM A;  1KXW A;  215L A;  4G4C A;  1D0M A;  3BKH A;  1CU6 A;  4B4I A;  4GN3 A;  3A96 A;  1TEW A;  4QGZ A;  3C8Q A;  3WXT A;  212L A;  1FKQ A;  181L A;  1J1X Y;  1YRO A;  2ANV A;  3D3D A;  5D5F A;  1OP9 B;  3CDV A;  1D3M A;  3G3B B;  1RI8 B;  170L A;  1IOR A;  4TWS A;  1L47 A;  1GB7 A;  1LZN A;  1GFU A;  4G4B A;  1B5V A;  1IP1 A;  4U3X B;  1QUH A;  168L A;  1REZ A;  1G06 A;  4I8S A;  1L00 A;  1WQR A;  4AGA A;  3P65 A;  2ZYC A;  3WXU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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