7LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 7lzmA00
1C6DA 168LA 3QAKA 3ODUA 1L40A 1L36A 1CU5A 1L23A 213LA 238LA 1L16A 1L91A 3HUQA 3HUAA 3HH4A 150LA 102LA 1D9WA 4S0WA 1L17A 230LA 5LZMA 4I7JA 182LA 2OU0X 1L35A 4LDEA 1LI2A 1XJUA 2RAZX 1DYEA 2OE4X 1L59A 1QS5A 1OVJA 227LA 3DKEX 4I7PA 3GULA 1KY0A 161LA 1QTZA 1KW5A 1JTMA 191LA 2B72A 2HULA 3HDFA 252LA 1QT5A 187LA 1C6MA 1CU0A 5I14A 1L43A 107LA 198LA 108LA 2RH1A 2RB2X 1C6IA 1L90A 2B73A 1L57A 178LA 1DYBA 162LA 1LYHA 248LA 239LA 3DN6A 3GUJA 2RBSA 3FI5A 144LA 224LA 3C81A 152LA 211LA 3C8RA 1P5CA 2RBQA 3V2WA 177LA 138LA 1CU6A 1L77A 1CV4A 1L29A 1L93A 1LGWA 1L86A 1L09A 1OVKA 2HUMA 1L01A 1L62A 4W54A 3HUKA 2RAYX 4AQNA 233LA 1T8FA 2B6WA 4EXMA 1WTHA 1G1WA 4ARMB 3L2XA 1L87A 1QTBA 3CDTA 4EKPA 1CVKA 1L48A 3RUNA 1T97A 1L24A 1D3NA 212LA 3DMXA 4IAPA 172LA 1SSYA 1JQUA 151LA 3DN8A 3SB5A 184LA 1L45A 4W56A 2A4TA 1CTWA 3HT9A 1C64A 1PQIA 210LA 258LA 169LA 175LA 3SB7A 119LA 1CX6A 217LA 1L30A 249LA 2ANVA 3DN0A 3G3XA 1ZURA 1C67A 4DAJA 2RBRA 1CV1A 232LA 4I7QA 197LA 2QB0B 122LA 1LLHA 2LZMA 3F8VA 3RZEA 2RBOA 1I6SA 1L05A 246LA 253LA 1OWYA 4YXCA 1P56A 242LA 1L64A 2OE7X 2B75A 1KW7A 1L54A 1G0GA 1QUDA 1QT3A 259LA 2L78A 2O7AA 4I7KA 6LZMA 4W53A 4EJ4A 2LC9A 4I7RA 245LA 1L03A 1PQKA 3GUPA 1L85A 1L38A 3VW7A 1LYJA 222LA 234LA 129LA 1L53A 1OYUA 1L68A 1QSQA 1L37A 4I7OA 1L06A 1CUPA 1LGXA 1P2RA 3GUOA 125LA 1SX7A 3G3WA 185LA 4ZPUA 4OO9A 1L13A 215LA 158LA 3PDSA 1L02A 1L92A 1JTNA 1QUOA 4ARQA 115LA 1OWZA 3HT8A 3SB9A 3UONA 1C6LA 228LA 2OEAX 1L76A 3C83A 4W55A 3JR6A 2RB1X 1OVHA 2B74A 2CUUA 1LYIA 1EPYA 190LA 3FA0A 1KY1A 1L67A 4EPIA 163LA 4LZMA 114LA 2B6TA 1K28A 1L39A 1QTCA 1PQOA 1L75A 225LA 1C6TA 1G07A 111LA 1KNIA 241LA 3CDVA 256LA 1CV3A 2ANXA 1L31A 2HUKA 4LDOA 156LA 4W59A 2Q9DA 1L14A 130LA 4I7SA 159LA 148LE 1LWGA 2OE9X 3NY8A 145LA 1P46A 2RBNA 3HTDA 226LA 1C69A 171LA 140LA 3LZMA 127LA 255LA 3SN6R 1L41A 3DN1A 3C7WA 223LA 128LA 3D4SA 176LA 1G1VA 4PK0A 1L51A 1C6KA 3HH3A 1L0KA 3DN2A 257LA 1DYFA 1G0MA 200LA 164LA 3NY9A 4I7LA 3V2YA 3G3VA 4EKQA 4YX7C 1CUQA 2Q9EA 2F32A 1L12A 2B7XA 4ARQB 1XEPA 3HTBA 3SBAA 1L04A 143LA 1G0JA 1G06A 1C66A 1SSWA 231LA 186LA 141LA 1G0QA 1L94A 1L32A 1DYAA 1L74A 1T6HA 1L66A 3CDRA 1L55A 104LA 214LA 3HT7A 4DJHA 3C7ZA 3HTFA 1QT7A 174LA 1L27A 3GUKA 137LA 4GBRB 250LA 1P6YA 3FADA 149LA 167LA 1L97A 1L28A 1P3NA 3K2RA 110LA 157LA 3C7YA 1C63A 1C6BA 219LA 147LA 218LA 1L46A 4EKSA 1LWKA 1C6FA 1L99A 251LA 1QS9A 196LA 3EMLA 3OE8A 1C6CA 4GRVA 221LA 1P37A 1OV5A 126LA 120LA 1DYCA 1L0JA 1L63A 4PJZA 1L73A 170LA 1D2WA 1L33A 1C68A 4W57A 3OE6A 2B6XA 1XJTA 155LA 3GUIA 1L98A 3OE0A 216LA 3OE9A 1CV0A 1LYGA 3DN3A 180LA 3HH6A 4ARJA 254LA 1LI3A 2B6YA 1L96A 1L08A 1L42A 1L19A 3HTGA 3DN4A 1C60A 2LCBA 160LA 262LA 1NHBA 2B6ZA 1L11A 2OTZX 4W52A 1L52A 4W51A 3C8QA 183LA 199LA 142LA 244LA 1LYFA 1L22A 1L88A 1QT8A 1L83A 1C61A 103LA 2RBPA 247LA 7LZMA 1G0KA 1B6IA 1L34A 1C6PA 1LYDA 1LYEA 4I7MA 1L79A 3HWLA 1L95A 173LA 1L00A 166LA 1L50A 1L21A 1D3JA 1L44A 3SB6A 4I7NA 2O79A 3SBBC 2B70A 1L60A 3HU9A 3DNAA 3SB8A 1P64A 201LA 3HU8A 4EKRA 1T8GA 4ARPA 1G0LA 3DMVA 2F2QA 2O4WA 2NTHA 1L72A 1C6GA 261LA 1L47A 1L81A 3CDOA 1CX7A 4I7TA 1D2YA 1C6QA 3CDQA 2IGCA 220LA 3GUNA 3HT6A 1P7SA 1PQMA 1LW9A 181LA 1CU2A 229LA 1D3FA 1L61A 1QUGA 4YXAC 1C62A 188LA 1P36A 195LA 1P2LA 235LA 1SX2A 2F47A 3HH5A 1L82A 1LPYA 3NYAA 1L15A 1QTDA 1QTHA 1T8AA 1QTVA 1L65A 2OU8A 1QT4A 4ARLA 4E97A 1L89A 3C82A 1DYGA 1C6NA 4W58A 139LA 1C6JA 260LA 237LA 1CV6A 109LA 113LA 209LA 2QARC 131LA 192LA 1L58A 1L07A 3DMZA 1C6HA 2RB0X 4K5YA 1ZWNA 3GUMA 1DYDA 1PQDA 1G0PA 1L25A 1L49A 1SWZA 1TLAA 123LA 205LA 1L26A 2OU9A 3F9LA 1ZYTA 3PBLA 1C6EA 1CU3A 1PQJA 3C8SA 1QT6A 2NTGA 1OV7A 112LA 1L56A 3HDEA 1L71A 1L10A 1LGUA 236LA 165LA 1C65A 4DKLA 1LI6A 1L84A 2Z6BA 1CV5A 243LA 3C80A 1KS3A 1QSBA 189LA 1SWYA 1C6AA 1L70A 4EPFA 206LA 1QUHA 1L80A 240LA 3L64A 4ARMA 118LA 1L69A 146LA 4LDLA 2OTYX 1L18A 1D3MA 1L20A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LCNA 1L36A 3CT0A 5KXNA 213LA 1ZVYB 1D0LA 3HUQA 3HUAA 3W6DA 1D9WA 5KXYA 3WVYA 194LA 2MEFA 2YBJA 1CJ9A 182LA 2OU0X 1L35A 4LDEA 1LI2A 1XJUA 1HFYA 227LA 1IP5A 1LJEA 1QTZA 1LZ8A 2HULA 3HDFA 3WU7A 4QY9A 5I14A 1L43A 107LA 1HSWA 3N9AA 198LA 108LA 3AGIA 4W96A 1L90A 1LYHA 1DYBA 162LA 248LA 1LMNA 3FI5A 144LA 3C81A 4ETBA 211LA 4ZFPA 3C8RA 1P5CA 4NWHA 177LA 2Z2FA 1RCMA 1OVKA 2HUMA 1L62A 2HEFA 1WQNA 2W1MA 4BAFA 1WTHA 1G1WA 4NEBA 2MEDA 1JKBA 3RUNA 5FELA 5B59A 3DMXA 2DBTA 151LA 1C7PA 2IFFY 1C64A 258LA 169LA 3AZ7A 4NGLA 1IR8A 1L30A 249LA 1ZURA 1C67A 4H9IA 1CV1A 1LJGA 1IP1A 4CGEA 2N5ZA 4I7QA 3RZEA 4LGKA 1BVXA 1I6SA 3A3QA 3OK0A 1FBIX 4LT2A 4EJ4A 4WLDA 1PQKA 1LJFA 1AT5A 4QGZA 1I1ZA 1IWUA 1GFRA 4FJRA 4H8ZA 2XQOA 1LSCA 4PJ2C 1QSQA 1JIYA 4I7OA 1KIRC 1P2RA 185LA 4DDCA 4ZPUA 4OO9A 1HERA 4Z46A 4FDYA 4WM5A 2CGIA 5DN4A 3SB9A 1C6LA 228LA 3A67Y 1LZSA 1IWZA 1YL0X 1LYIA 190LA 4GCFA 5K7OA 1L67A 4J7VA 4EPIA 1GF8A 4H9EA 1PQOA 1OUGA 1WTMA 2BQFA 1KIPC 3WH1A 1H87A 3WPLA 1LHIA 3CDVA 1IP2A 4CFOA 1CV3A 2HUKA 4DC4A 4LDOA 156LA 4W59A 1L14A 2F2NA 1JUGA 1FKVA 2BQKA 3LYZA 4OOTA 1GB3A 1P46A 1HNLA 1FKQA 226LA 4HPEA 127LA 5C6IA 1L41A 1IORA 4DWXA 4N1EI 3D4SA 176LA 1C6KA 1B7PA 1L0KA 1VDTA 257LA 3LYOA 1G0MA 1BB4A 3NY9A 1LJIA 1LMAA 2D4KA 4NY5A 4YM8A 1LYSA 2B7XA 1XEPA 1JTTL 5I4YA 143LA 3LN2A 1JITA 1TAYA 1HEPA 1W08A 1L32A 5KKJA 104LA 3OJPA 3HTFA 1N4FA 4KXIA 1P6YA 149LA 4TTDA 1P3NA 2H5ZA 1FLYA 2YBMA 5D5FA 1LWKA 1L99A 1IY4A 5KXSA 4MSTA 1JTOL 251LA 4H9FA 3EMLA 2F4GA 4ZEEA 3WPKA 1LAAA 1P37A 126LA 1LSMA 1LTMA 4NHQA 1B2KA 1WQRA 4QDNA 4KL7A 4PJZA 3EBAB 1L33A 5LINA 4YEOA 4LYMA 4NGWA 5HNLA 3GUIA 3OE9A 2VB1A 1CV0A 4D9ZA 3AYQA 3DN3A 3HBEX 5II3A 180LA 3AZ6A 3A6BY 5KXLA 1LI3A 1BWIA 5L3IA 2B6YA 1LSPA 3TXEA 4LT0A 3M3UA 1L19A 2I26L 2OTZX 1L11A 4EMNA 1WVUA 1GXXA 1PS5A 199LA 2YBHA 1L22A 2MEAA 1L83A 4LFXA 1C61A 247LA 1JHLA 1G0KA 1IWWA 1L34A 2LYZA 1LYDA 3WUAA 3WVXA 2CWIA 166LA 5KXOA 1LMOA 4OW1A 1KXYA 3SB6A 1GE2A 4DD1A 1QUTA 3TXKA 1HMLA 3DNAA 5L9JA 4GN4A 2ZYPA 3WU8A 2DQCY 1GE1A 3KAMA 1HSXA 1CKCA 1D2YA 3ATNA 2MEHA 7LYZA 1OUIA 4AXTA 3HT6A 5A3ZA 1LW9A 1VEDA 1CU2A 1D3FA 3AW7A 6LYZA 1L61A 4YXAC 3ZVQA 1P36A 4DDAA 2XBRA 1SX2A 1L82A 3NYAA 1YAMA 3WMKA 2OU8A 1QTVA 4O34A 4W58A 2YBNA 8LYZA 5C6LA 3LYTA 2BQIA 1J1XY 1IEEA 131LA 1L58A 1HENA 1B7RA 1D0KA 1G0PA 2F4AA 3PBLA 2OU9A 1C6EA 1CU3A 1GBOA 3C8SA 1REZA 5B06A 2NTGA 3ATOA 3P68A 4NGJA 1CJ8A 1L10A 1UIHA 3TMUA 4WO6A 1C43A 1LJHA 1I20A 1L84A 1PZYA 1LSAA 1RFPA 4DQ7A 4HV2A 1QSBA 1GXV2 4EPFA 1QUHA 118LA 1LSBA 4H9BA 3QE8A 1CJ7A 2OTYX 5F9UA 2H9JA 1L20A 1NQIA 3TXGA 168LA 3QAKA 2HTXA 2HUBA 4HJVA 1L23A 238LA 2DQGY 1L16A 5M1YA 1L91A 3HH4A 102LA 4H9CA 4A7DA 1XGPC 1LZCA 1AM7A 1LZNA 1L17A 133LA 1C45A 4NFVA 1DYEA 2CDSA 1OVJA 2DQIY 3DKEX 1G7JC 2Y8PA 1KW5A 191LA 5APEA 2B72A 4YF2A 4RLNA 1QT5A 187LA 1BWHA 2RH1A 1YKZX 1XGUC 2RBQA 138LA 5LYTA 4DD0A 1CU6A 1L93A 2MEGA 3WL2A 1UA6Y 3A3RX 3ZEKA 1L86A 1L01A 1XGRC 4W54A 4GLAA 233LA 1V7TA 1YANA 3LZ2A 2LYMA 3WUMA 3HBHA 3L2XA 3CQLA 3CDTA 1L48A 5IELA 1FLQA 1L24A 1GFEA 4NGYA 212LA 172LA 1SSYA 1JQUA 4MCKA 3DN8A 1LHLA 184LA 1L45A 1XEJA 4W56A 4WM2A 2A4TA 1JTPL 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LCN A;  1L36 A;  3CT0 A;  5KXN A;  213L A;  1ZVY B;  1D0L A;  3HUQ A;  3HUA A;  3W6D A;  1D9W A;  5KXY A;  3WVY A;  194L A;  2MEF A;  2YBJ A;  1CJ9 A;  182L A;  2OU0 X;  1L35 A;  4LDE A;  1LI2 A;  1XJU A;  1HFY A;  227L A;  1IP5 A;  1LJE A;  1QTZ A;  1LZ8 A;  2HUL A;  3HDF A;  3WU7 A;  4QY9 A;  5I14 A;  1L43 A;  107L A;  1HSW A;  3N9A A;  198L A;  108L A;  3AGI A;  4W96 A;  1L90 A;  1LYH A;  1DYB A;  162L A;  248L A;  1LMN A;  3FI5 A;  144L A;  3C81 A;  4ETB A;  211L A;  4ZFP A;  3C8R A;  1P5C A;  4NWH A;  177L A;  2Z2F A;  1RCM A;  1OVK A;  2HUM A;  1L62 A;  2HEF A;  1WQN A;  2W1M A;  4BAF A;  1WTH A;  1G1W A;  4NEB A;  2MED A;  1JKB A;  3RUN A;  5FEL A;  5B59 A;  3DMX A;  2DBT A;  151L A;  1C7P A;  2IFF Y;  1C64 A;  258L A;  169L A;  3AZ7 A;  4NGL A;  1IR8 A;  1L30 A;  249L A;  1ZUR A;  1C67 A;  4H9I A;  1CV1 A;  1LJG A;  1IP1 A;  4CGE A;  2N5Z A;  4I7Q A;  3RZE A;  4LGK A;  1BVX A;  1I6S A;  3A3Q A;  3OK0 A;  1FBI X;  4LT2 A;  4EJ4 A;  4WLD A;  1PQK A;  1LJF A;  1AT5 A;  4QGZ A;  1I1Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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