7LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 7lzmA00
3F9LA 4DJHA 1SSYA 1OVJA 3QAKA 4LDLA 215LA 1CVKA 4EJ4A 1L22A 114LA 1L41A 3SBBC 1QUDA 3OE9A 6LZMA 1CX6A 3FI5A 1L87A 145LA 1XJUA 3DN6A 3HWLA 1T8GA 4K5YA 3NY8A 1PQDA 1L57A 5I14A 3C82A 126LA 1L34A 1CX7A 213LA 2Z6BA 162LA 1L53A 1C67A 2B73A 246LA 119LA 3SB9A 1QTVA 4I7LA 1QT3A 1LYIA 1OYUA 1L56A 1G0QA 1L85A 242LA 3RUNA 1QUOA 4EXMA 1C6FA 1DYDA 4I7JA 1QUGA 4I7MA 163LA 1C6HA 1QS9A 1ZWNA 1NHBA 2B72A 166LA 2A4TA 123LA 4YX7C 240LA 1LW9A 2B70A 3DN2A 1L42A 1L26A 1PQKA 1QTBA 1L05A 196LA 3C7ZA 3CDOA 1L73A 1QTDA 4I7QA 1C6QA 1L86A 2LC9A 247LA 170LA 1DYBA 1CUQA 1L18A 3OE0A 3C7WA 4I7RA 3HT7A 1P2LA 168LA 1KNIA 1QUHA 256LA 1L13A 2O79A 1KS3A 185LA 1LGUA 2B6ZA 4S0WA 4LZMA 1C64A 1CUPA 231LA 228LA 3SN6R 3HT6A 3DN4A 1L04A 109LA 1DYGA 115LA 1L77A 192LA 2QB0B 2F2QA 218LA 1L45A 1L25A 2QARC 1L81A 3CDVA 4W58A 1L17A 2RB2X 1C6NA 3GUMA 1DYCA 2RH1A 142LA 210LA 1L36A 4W57A 3C7YA 1C65A 217LA 3GUJA 221LA 129LA 176LA 1QT5A 2OE9X 4W55A 1DYFA 262LA 4I7SA 1P36A 1WTHA 244LA 4GRVA 110LA 127LA 1L83A 3UONA 1L09A 1L58A 2B6YA 5LZMA 1L91A 4ARPA 161LA 3HTGA 1C6CA 1QT4A 209LA 3V2YA 2OEAX 143LA 2OU8A 214LA 1L80A 195LA 2OU0X 3G3VA 1G06A 3DN0A 3D4SA 1CV3A 1G07A 112LA 237LA 3C8RA 3NYAA 223LA 188LA 1L27A 1L11A 201LA 4ARMB 1QTZA 1JTMA 1L76A 200LA 3G3WA 3OE8A 226LA 3GUNA 1L15A 1P46A 255LA 1SX7A 250LA 1L39A 199LA 2RBNA 1LYJA 233LA 1C6MA 108LA 1L19A 238LA 1CTWA 1L70A 1KY1A 1L66A 3HH5A 3SB6A 1DYEA 3PBLA 3SBAA 1LYFA 1D3JA 1D2WA 2B75A 1L54A 103LA 2L78A 1ZYTA 1C60A 1T8AA 1LI6A 3JR6A 3C80A 3C81A 2B6XA 1K28A 1CU6A 144LA 156LA 2OTZX 3HTBA 1CV6A 1CV5A 1ZURA 180LA 2HUKA 1L67A 4I7KA 3HUAA 158LA 1L48A 1QT7A 1L0KA 220LA 1LGWA 1L90A 3HH3A 1LI3A 1C63A 261LA 216LA 2IGCA 186LA 1L35A 1C61A 2OU9A 191LA 165LA 172LA 2B7XA 183LA 4AQNA 1L29A 2B6TA 137LA 1G0KA 107LA 1LGXA 2O4WA 1L33A 1B6IA 1SSWA 2OE4X 4ARQA 1L82A 1CU5A 3DMXA 1L92A 141LA 4LDOA 1C6PA 1L98A 197LA 102LA 3HH4A 4PJZA 1C6DA 1P5CA 1C6JA 205LA 146LA 254LA 2OE7X 1L94A 212LA 4W52A 1L47A 113LA 2LCBA 2RBOA 187LA 148LE 125LA 3DN3A 2CUUA 131LA 174LA 1LWGA 1OV7A 2HUMA 1XEPA 4EKRA 1DYAA 1QSBA 1SWYA 245LA 1L60A 1L37A 1L51A 1LLHA 1C6TA 118LA 1CV1A 3GUIA 3PDSA 211LA 3SB5A 152LA 1L95A 2RBPA 1D2YA 1L71A 253LA 140LA 3GUOA 139LA 3HU8A 1L30A 1L31A 4ZPUA 111LA 1L40A 1L21A 3DN1A 1QSQA 1L79A 1G1WA 3L2XA 184LA 1P6YA 3DMZA 1OWZA 227LA 159LA 1T6HA 4DKLA 149LA 1L64A 3CDRA 224LA 1L10A 1P2RA 1P64A 258LA 4EPFA 206LA 3CDQA 160LA 1CU2A 2NTGA 3HU9A 1L23A 239LA 236LA 3ODUA 1D3FA 1L07A 1L16A 1L89A 1L12A 1OWYA 252LA 1KY0A 171LA 2B74A 1P37A 3HDFA 4W56A 122LA 1G0MA 1L61A 3FA0A 4W53A 182LA 1L63A 1C66A 1P7SA 138LA 260LA 1SX2A 2Q9EA 130LA 3FADA 1G0GA 1L49A 3HT9A 2RB0X 1L55A 4E97A 3HUKA 2ANVA 2RB1X 4YXAC 235LA 259LA 1PQMA 1D3NA 248LA 2F47A 1L84A 1OV5A 1P56A 173LA 190LA 2B6WA 1LYHA 1C62A 1L72A 1L96A 3C8SA 4I7OA 251LA 4ARJA 229LA 167LA 1L02A 1OVKA 1QTHA 4LDEA 4IAPA 177LA 104LA 1L06A 1L99A 2NTHA 3GUPA 3VW7A 1I6SA 1LYDA 3NY9A 249LA 1T8FA 222LA 4I7TA 1LYGA 1L14A 3L64A 2ANXA 4I7PA 1L24A 2RAZX 4I7NA 2Q9DA 4GBRB 1LYEA 4DAJA 1KW7A 1C6AA 147LA 3RZEA 3GUKA 1LPYA 1G0PA 1QS5A 1JTNA 1L43A 2RBQA 3LZMA 181LA 1L97A 1L74A 1C68A 1L52A 3K2RA 3CDTA 4ARMA 4EPIA 3HT8A 150LA 4OO9A 157LA 1JQUA 4W54A 3C83A 3HTFA 1L28A 1XJTA 230LA 4EKPA 3OE6A 243LA 128LA 1C6BA 3DMVA 3HH6A 2RAYX 1CV4A 169LA 1G0LA 241LA 1C6GA 1L62A 1L68A 3F8VA 2RBSA 151LA 1L59A 1PQOA 219LA 1L38A 1G0JA 1LI2A 3GULA 1L08A 232LA 189LA 3HTDA 1CU3A 4ARLA 3V2WA 1L93A 198LA 1C6LA 4PK0A 1TLAA 4W59A 7LZMA 155LA 1L32A 3G3XA 3DN8A 1L69A 1SWZA 1C6IA 1L46A 4EKSA 1PQJA 225LA 175LA 1LWKA 1T97A 3DKEX 164LA 1C69A 1KW5A 3SB7A 1L65A 178LA 257LA 1G1VA 2O7AA 1L44A 1L88A 1L00A 4EKQA 1CV0A 2OTYX 1QT6A 4YXCA 3C8QA 1QTCA 1L03A 1L50A 1L75A 1QT8A 234LA 1OVHA 2LZMA 4W51A 2RBRA 1L01A 1PQIA 2HULA 3EMLA 1C6KA 1L0JA 3HDEA 2F32A 3SB8A 1C6EA 3HUQA 1CU0A 1L20A 1P3NA 120LA 1D3MA 3DNAA 4ARQB 1EPYA 1D9WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SSYA 1OVJA 215LA 5D5CA 2HEBA 4AXTA 3FI5A 1UIBA 1L87A 3CT0A 145LA 3DN6A 1LTMA 3HWLA 1C7PA 3NY8A 2BLXA 1PQDA 3C82A 1GF7A 1TDYA 2Z6BA 4H94A 162LA 3WL2A 1ALCA 246LA 2Z19A 4G4HA 4MR1A 1G0QA 1IR9A 2MEIA 3F6ZA 1HC0A 1GEZA 1QUGA 4N0JA 1JKAA 3GXKA 3A8ZA 1ZVHL 5LAFA 123LA 4NGZA 4LFPA 1LW9A 1L42A 1QTBA 1B9OA 3CDOA 3P66A 1NDMC 4I7QA 3TXIA 2LC9A 2CJLA 1WTMA 1FLUA 1P2LA 1KNIA 4A7DA 1LHHA 4GN4A 256LA 1L13A 2O79A 1KS3A 185LA 1H87A 2B6ZA 1B7NA 1C64A 1RCMA 3DN4A 2BLYA 1GFVA 109LA 115LA 1L77A 4WL7A 2QB0B 1L81A 3CDVA 4NG8A 1DYCA 2BQBA 1IIZA 5KXSA 3TXHA 176LA 5APDA 1REYA 5A3EA 5B06A 262LA 1LJJA 1P36A 4GRVA 3ZVQA 3UONA 5LZMA 1L91A 1XFPL 3HTGA 1TCYA 5KKJA 3V2YA 1LMQA 214LA 1YQVY 3D4SA 1CV3A 1GB5A 1UUZC 1HEMA 1HEOA 2BQHA 4ARMB 1QTZA 2ZQ4A 4XYYA 200LA 2BQOA 1AT5A 1SX7A 1OUGA 233LA 1JHLA 1CTWA 4I0CA 5L3HA 1LYFA 5LVJA 4WO9A 2B75A 103LA 1LJKA 2L78A 1ZYTA 1LJEA 1LI6A 2W1YA 3C80A 1LJGA 4BADA 4ZIXA 5C6JA 2ZQ3A 2OTZX 1CV5A 180LA 4H9FA 1FKVA 1L67A 3HUAA 4B1AA 1BVKC 220LA 3HH3A 1L90A 1B5XA 1LI3A 1LZ4A 1I20A 3AYQA 216LA 4H92A 2DQIY 186LA 1WQRA 1L35A 1C61A 2OU9A 3FI7A 191LA 1B7OA 1GF5A 1LJHA 2B7XA 4AQNA 4G9SA 9LYZA 4GLAA 1L29A 2D91A 137LA 1SSWA 3D3DA 1NKHA 1L98A 102LA 1P5CA 4OOOA 5T3FA 254LA 2OE7X 1L94A 212LA 4W52A 2LCBA 4PHIA 3LYZA 187LA 2CUUA 3A6BY 1LWGA 2HUMA 3WU7A 2H5ZA 1FLYA 6LYZA 1SWYA 2YVBA 1L60A 1LMPA 118LA 3GUIA 3E3DA 3A6CY 1JPOA 5L9JA 1GF0A 1D2YA 1L71A 253LA 4HTQA 3B0KA 3WUNA 4HPEA 4C5FA 4ET9A 3HU8A 2YBNA 2Z12A 2WARA 4XJHA 1IOTA 3DMZA 1A4VA 159LA 1T6HA 1HF4A 1KXWA 3CDRA 5C6IA 1P2RA 1REMA 4LT0A 2ZILA 160LA 1VATA 4D9ZA 3VWOA 1L07A 4J1AA 2W1LA 1KY0A 1MLCE 1LZRA 1P37A 4W56A 1GE4A 5HQ1A 1C66A 3AJNA 4WG7A 3FADA 2RB0X 2BQAA 3CT1A 1CKHA 1D3NA 2Z2FA 3B0IA 4RLMA 5LVIA 4YEMA 1OV5A 4O34A 173LA 4KT3A 1LYHA 2HEEA 1L72A 4H9EA 1V7SA 2C8OA 1GDWA 1NDGC 1GFJA 3C8SA 1G7JC 167LA 1GEVA 1OVKA 1QTHA 4P2EA 4IAPA 177LA 5JENB 2EKSC 1E8LA 1LYDA 1LHJA 1BB6A 1GB9A 4MSTA 1IWVA 2PC2A 4I7TA 1LPIA 3WPJA 4YEOA 1L24A 1PS5A 4I7NA 4LYMA 7LYZA 3WU9A 5I4XA 1JTOL 2A7FA 3RZEA 4BAFA 1QS5A 1BB5A 2RBQA 4IATA 4DD7A 1REZA 1L97A 1TAYA 1LMOA 4TWSA 3RU5A 1DQJC 4TSCA 1LZNA 4OO9A 1JQUA 1F6RA 1KXYA 2EQLA 243LA 5EBHA 3EXDA 5LVHA 1B2KA 2RAYX 1CV4A 4QEQA 169LA 4BS7A 1G0LA 1LSZA 1C6GA 2DQGY 3F8VA 2RBSA 4NY5A 4QY9A 1IY4A 1L59A 3HBDA 4XN6A 1MELL 1JJ3A 1LI2A 1J1XY 2Z39A 1WQPA 3LYOA 3LZ2A 3QE8A 1YILA 1CJ7A 3HTDA 1CU3A 1IP2A 3AB6A 1RI8B 1GPQC 3RT5X 1BB7A 1G7IC 3G3XA 3DN8A 1DI4A 1L69A 4OW1A 1SWZA 5ILCA 1C6IA 1L46A 4B49A 175LA 1GF4A 1LWKA 1T97A 2DQFC 2HTXA 1C69A 1DXJA 1XGRC 1G1VA 2O7AA 4LT3A 4WM2A 1L44A 4WM5A 1CV0A 4YM8A 1GB3A 1QT8A 1OVHA 2LZMA 4OWCA 4GN5C 3A90A 1C6KA 3SB8A 4LZTA 4H9IA 1CKGA 2CGIA 5IDDA 1UIHA 3QAKA 4LDLA 3LZTA 4EJ4A 5LA8A 1GBWA 3SBBC 1IOSA 1QUDA 1CX6A 5HNCA 1KIQC 1XJUA 1T8GA 193LA 4H93A 1L57A 4XJDA 1LAAA 1UC0A 4NG1A 4I7LA 1QT3A 1WVVA 1CKFA 1IOCA 1AZFA 1RJCB 2HECA 4WM1A 1GB7A 4LYBA 5F81A 5I5QA 1IR8A 1WTNA 4B4EA 163LA 5KXLA 1D0MA 3LYMA 1NHBA 3WPLA 2B72A 1LZEA 166LA 1RE2A 1C08C 1HNLA 196LA 3C7ZA 4DWXA 1L73A 1QTEA 170LA 2D6BA 2MEHA 4ETCA 1LHKA 1L18A 4PRQA 4I7RA 3IJVA 3QY4A 1QUHA 3OK0A 4XADA 3P4ZA 1LGUA 4H9AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SSY A;  1OVJ A;  215L A;  5D5C A;  2HEB A;  4AXT A;  3FI5 A;  1UIB A;  1L87 A;  3CT0 A;  145L A;  3DN6 A;  1LTM A;  3HWL A;  1C7P A;  3NY8 A;  2BLX A;  1PQD A;  3C82 A;  1GF7 A;  1TDY A;  2Z6B A;  4H94 A;  162L A;  3WL2 A;  1ALC A;  246L A;  2Z19 A;  4G4H A;  4MR1 A;  1G0Q A;  1IR9 A;  2MEI A;  3F6Z A;  1HC0 A;  1GEZ A;  1QUG A;  4N0J A;  1JKA A;  3GXK A;  3A8Z A;  1ZVH L;  5LAF A;  123L A;  4NGZ A;  4LFP A;  1LW9 A;  1L42 A;  1QTB A;  1B9O A;  3CDO A;  3P66 A;  1NDM C;  4I7Q A;  3TXI A;  2LC9 A;  2CJL A;  1WTM A;  1FLU A;  1P2L A;  1KNI A;  4A7D A;  1LHH A;  4GN4 A;  256L A;  1L13 A;  2O79 A;  1KS3 A;  185L A;  1H87 A;  2B6Z A;  1B7N A;  1C64 A;  1RCM A;  3DN4 A;  2BLY A;  1GFV A;  109L A;  115L A;  1L77 A;  4WL7 A;  2QB0 B;  1L81 A;  3CDV A;  4NG8 A;  1DYC A;  2BQB A;  1IIZ A;  5KXS A;  3TXH A;  176L A;  5APD A;  1REY A;  5A3E A;  5B06 A;  262L A;  1LJJ A;  1P36 A;  4GRV A;  3ZVQ A;  3UON A;  5LZM A;  1L91 A;  1XFP L;  3HTG A;  1TCY A;  5KKJ A;  3V2Y A;  1LMQ A;  214L A;  1YQV Y;  3D4S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1SSY A;  1OVJ A;  215L A;  5D5C A;  2HEB A;  4AXT A;  3FI5 A;  1UIB A;  1L87 A;  3CT0 A;  145L A;  3DN6 A;  1LTM A;  3HWL A;  1C7P A;  3NY8 A;  2BLX A;  1PQD A;  3C82 A;  1GF7 A;  1TDY A;  2Z6B A;  4H94 A;  162L A;  3WL2 A;  1ALC A;  246L A;  2Z19 A;  4G4H A;  4MR1 A;  1G0Q A;  1IR9 A;  2MEI A;  3F6Z A;  1HC0 A;  1GEZ A;  1QUG A;  4N0J A;  1JKA A;  3GXK A;  3A8Z A;  1ZVH L;  5LAF A;  123L A;  4NGZ A;  4LFP A;  1LW9 A;  1L42 A;  1QTB A;  1B9O A;  3CDO A;  3P66 A;  1NDM C;  4I7Q A;  3TXI A;  2LC9 A;  2CJL A;  1WTM A;  1FLU A;  1P2L A;  1KNI A;  4A7D A;  1LHH A;  4GN4 A;  256L A;  1L13 A;  2O79 A;  1KS3 A;  185L A;  1H87 A;  2B6Z A;  1B7N A;  1C64 A;  1RCM A;  3DN4 A;  2BLY A;  1GFV A;  109L A;  115L A;  1L77 A;  4WL7 A;  2QB0 B;  1L81 A;  3CDV A;  4NG8 A;  1DYC A;  2BQB A;  1IIZ A;  5KXS A;  3TXH A;  176L A;  5APD A;  1REY A;  5A3E A;  5B06 A;  262L A;  1LJJ A;  1P36 A;  4GRV A;  3ZVQ A;  3UON A;  5LZM A;  1L91 A;  1XFP L;  3HTG A;  1TCY A;  5KKJ A;  3V2Y A;  1LMQ A;  214L A;  1YQV Y;  3D4S A; 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