8LYZA

An x-ray study of the structure and binding properties of iodine-inactivated lysozyme
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An x-ray study of the structure and binding properties of iodine-inactivated lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 39
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1977-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 8lyzA00
5KXMA 1Z55A 3GXKA 1HEPA 2FBBA 133LA 3RT5X 1LSDA 4WL6A 1LHLA 2FYDA 3A3RX 3EO5A 1BB5A 1CJ6A 1WQNA 3TXIA 1RE2A 1VDPA 1FLQA 1GBOA 6LYTA 1ZVHL 1TBYA 3P68A 3N9EA 1OUJA 3N9AA 4NSGA 5B1GA 3WVYA 1TCYA 4DD1A 2DQCY 4QDNA 2HEFA 4NEBA 3WU8A 1XGQC 4Z98A 5KXPA 4M4OA 1IC5Y 2MECA 3HFMY 4EMNA 1IOCA 2W1YA 4LYCA 4PGJB 1IP5A 3ATOA 4Z3MA 3W6AA 1LHHA 4NG1A 1LMNA 2BQLA 1GEZA 4FDYA 1BQLY 7LYZA 2H9JA 4X3BA 1MELL 4HJYA 4GCFA 1UIBA 3AGGG 3FE0A 1C08C 1FDLY 1NHEA 5B05A 4B4EA 3B0IA 3RW8A 5I4WA 1GFJA 4H8YA 1LPIA 3CT0A 4PPOA 3A3QA 1LMCA 4J1AA 2XTHA 1B7LA 1OUCA 3HBDA 4D9ZA 3TXHA 4NSHA 4HTQA 1GF8A 1LJ3A 1KIRC 2ZQ3A 4XYYA 4DD2A 1GD6A 2YVBA 1D0LA 4ETDA 1HFYA 3AZ4A 1GE1A 4XJGA 3W6EA 4R0FA 1GFAA 1LZRA 1ZV5L 2BQGA 2HEEA 2Z2FA 3IWRA 4W96A 1QTEA 4UWNA 1LTMA 4G49A 1DI5A 1NF5A 3A91A 1LZ4A 2N5ZA 4W94A 5HMVA 2BQHA 5LVJA 2BQKA 4HP0A 4LFPA 4N9RA 1UIFA 5L3IA 2BQIA 3J6KA 5HNCA 4GCDA 3IJVA 3IJUA 3TXBA 3TMWA 2Q0MX 5DL9A 2BPUA 1OUHA 2LYZA 5D5CA 4N5RA 3N9CA 1GF9A 3WXTA 207LA 4DD0A 1FLWA 1GE4A 3LHMA 1XGUC 5B07A 1I56A 1NBYC 3BKHA 4OOTA 2EKSC 1VDSA 3WPLA 1WTNA 3T6UA 2C8OA 4WO6A 1GDXA 4XADA 3WMKA 3CSZA 5KXTA 4B4JA 4ETAA 1FLUA 4NWHA 2Z38A 2BQDA 1YAOA 2ZQ4A 4NGIA 3WUMA 1YAMA 4LYOA 1IORA 5LVKA 1REZA 1XEKA 1GB5A 4PRUA 5F14A 1C7PA 1HMLA 3WYHA 4CFPA 4DD3A 1NQIA 3EMSA 1JKCA 4WM1A 1D0KA 4WM3A 3W3EA 4J7VA 2CWIA 4TSBA 1AT5A 4J0LA 1FKVA 4II8A 3AW7A 5C6JA 4H9CA 4U3XB 4DT3A 2DQAA 2BQFA 1JUGA 1BWJA 3TXEA 1NWGA 1VDTA 3LYOA 1GBZA 2W1XA 1YILA 3B6LA 4YEOA 1YIKA 1GF7A 3A92A 1GF0A 3A90A 3K3TA 1D6QA 1IR7A 1BWHA 3WW6A 5KXLA 1B5XA 2DQJY 2YBLA 2BQMA 5IDDA 1LZ9A 1YAQA 5KXKA 1UICA 1OUFA 3F6ZA 1LJNA 2I6ZA 4NGKA 4H9AA 2MEGA 4NFVA 1WQRA 2LYOA 4OWCA 4CJ2A 1ZMYL 4WO9A 1LZNA 5APDA 1QIOA 1WQMA 2ZNXY 1H6MA 2G4NA 1VAUA 2YBHA 4NIJA 1CNSA 4ZEEA 1WQQA 2Y8PA 1LZ5A 2RSCA 5HQ1A 1G7IC 3LYZA 1LYOA 3WH1A 4P2EA 1VATA 1WQPA 4H94A 4NWEA 3TMVA 1LHJA 4DDAA 4NY5A 4QEQA 5APCA 5KY1A 2ZNWY 4HPEA 3KAMA 3ZVQA 1G7MC 1OUGA 4H90A 1C46A 4DWXA 1WVUA 1EQ5A 4LYTA 4H8XA 1XSFA 2YSSC 3B0KA 4WM4A 1IWVA 1FN5A 3HBHA 1IP6A 1O23A 2G4QA 4J1BA 4OW1A 1C43A 3P64A 1GDWA 5HMJA 3QE8A 4CGEA 2MEEA 1F10A 1WVVA 1YKYX 1NBZC 4WLDA 1B5YA 1JSEA 4TX7A 3P4ZA 4GCBA 1HFXA 3A93A 1HNLA 2D4KA 3QY4A 4XJDA 3RZ4A 1J1XY 1LSYA 4B1AA 1GAYA 1GB9A 2IHLA 4XJFA 5LVHA 1D0MA 2ZWBA 4H8ZA 1C45A 2EIZC 2XBSA 1QSAA 4NGYA 3WVXA 2ZILA 2HECA 1CKGA 3D3DA 4AGAA 3M3UA 1IWZA 5KXYA 2CJLA 1BHZA 3CSRA 4B4IA 5IELA 1CKDA 5KXRA 4Z41A 4NGWA 1LSBA 1LSZA 2AUBA 5F81A 1XFPL 5LYTA 5APFA 3W6DA 1DXJA 4H1PA 5B06A 3A6BY 4FJRA 2CGIA 4WMGA 5I4XA 3OJPA 4N1CC 4TTDA 1JTTL 4XJBA 4PHIA 1G7LC 1CJ7A 2NWDX 2Z39A 4GCCA 5JENB 1UIGA 2DQDY 3GXRA 4MSTA 2DQHY 193LA 1XEIA 4MCKA 4WL7A 5KXZA 1AT6A 4BAPA 1REYA 1V7SA 2BQAA 4E3UA 1B7RA 1JHLA 1GHLA 2H9KA 5FELA 4RLMA 4YEMA 5ILFA 2A7DA 1LZ6A 1VEDA 2BQOA 4H9EA 1B5WA 4N1EI 4NSJA 3ZEKA 5II3A 1JKDA 1UA6Y 3G3AB 2ZIJA 1T3PA 4DDCA 4WOAA 4QGZA 1XEJA 2DQFC 1GB8A 1BB7A 1BVXA 1LJGA 4YM8A 2BQNA 1E8LA 1GEVA 1GBYA 4HTNA 1UBZA 1N4FA 2HU3A 1ZVYB 1GFTA 4O34A 1NDMC 1DQJC 4KPMA 2DQGY 1GBXA 1HMKA 5DN4A 2DQEY 4YENA 3ATNA 1YQVY 4YOPA 1AKIA 2ZYCA 4TWSA 5FDJA 4DC4A 4GLVA 3AB6A 3A6CY 1LKSA 1DZBX 5C6LA 2D4JA 2LZ2A 1DI4A 4IATA 4ANRA 1GFGA 3CQLA 1EQ4A 1DI3A 4HV1A 4KL7A 1GB2A 4LT0A 4N0JA 5DM9A 1IWWA 8LYZA 4LGKA 1LZDA 3WL2A 1OUDA 3OK0A 4WG7A 4H9IA 1B7SA 1JSFA 1LZ8A 5KKIA 4WLTA 9LYZA 1LMOA 4H9FA 1GFEA 4N8ZA 3T36A 1LZ1A 1TDYA 6LYZA 4BAFA 4TSCA 1ALCA 2C8PA 4B49A 2W1LA 4GN5C 4NHTA 5C6IA 1UIDA 1J1OY 5I5QA 2BQJA 1BB3A 1DPXA 3P65A 1JJ3A 5I53A 1LZYA 4R6CA 4H92A 1JJ0A 1LSGA 1LZEA 4H91A 3ULRA 1GAZA 1MLCE 4LT1A 2Z12A 5B59A 4OWAA 1CJ9A 1WQOA 3HBEX 2HEAA 3AW6A 1JPOA 3TXGA 4CHXA 4UWUA 1GFHA 1TAYA 1JKBA 2F4GA 2F4AA 2HEDA 1IR8A 1JISA 1GE2A 4DD7A 1HFZA 3LZ2A 2FBDA 2D6BA 4HSFA 3SP3A 1HEOA 4AXTA 3AGHA 1LZBA 1REMA 1B2KA 1LYYA 2Z37A 4LZTA 1CKCA 1JTPL 1GF5A 1QTKA 1GFRA 4GLAA 3QNGA 1LHMA 1IIZA 4XJHA 2YBNA 1IO5A 1BB4A 1D6PA 4BADA 1OUBA 1HENA 3AZ5A 1KIPC 4NGOA 1PZYA 2BQBA 1REXA 1JWRA 5FEKA 1DKKA 2PC2A 3WUNA 1IP3A 1NMMA 1B0DA 1CJ8A 1F0WA 1LSMA 1GB0A 2Z18A 3WXUA 1IR9A 5KXSA 1LJIA 3MGWA 4HJVA 1JEFA 1PS5A 5LYZA 1XGRC 153LA 4OOOA 4NGLA 4XENA 1HF4A 1VDQA 2DKVA 2H5ZA 1LMAA 2HU1A 4OWEA 3WPJA 5KXXA 1JTOL 1RCMA 4WG1A 1YKZX 1AZFA 1B5VA 1JKAA 5IHGA 3AYQA 1IC4Y 1LSFA 4DDBA 1GXV2 1LZGA 5LVIA 1NDGC 1UC0A 2BLXA 3WPKA 5LA8A 1QUSA 4B0DA 3CT5A 1GB6A 1HEWA 3E3DA 4NGZA 1HERA 1A2YC 2B5ZA 5FCPA 3RU5A 5LA5A 4WLXA 1FBIX 1LSCA 1IWUA 1T6VL 2EQLA 4LYMA 5FSTA 1HSWA 5B1FA 1LJJA 4DD9A 1HELA 3WW5A 1IX0A 5J7CA 3TXDA 1OUAA 1J1PY 2YDGA 2F30A 4NGJA 1D9UA 5F9XA 1KIQC 1LKRA 2MEIA 1IOQA 1VFBC 1P2CC 2GV0A 1I1ZA 2MEBA 1LZAA 2YBJA 1SQ2L 3A34A 5DLAA 5DN5A 2Z19A 3BKVA 4WM5A 5APEA 1GB7A 5A3ZA 1LYZA 3LYTA 1BB6A 1HHLA 5LAFA 1GF6A 3W6BA 5F16A 1IC7Y 3FI7A 1G7JC 2Z2EA 3TXFA 4ZIXA 1UIEA 3LN2A 3WU7A 3WUAA 2EPEA 2ZYPA 1B7PA 2I25L 2MEFA 3A94A 4I0CA 1LSNA 4RLNA 5I4YA 2YBMA 1G7HC 2DBTA 5KJ9A 5L3HA 1CKHA 5E9RA 1GWDA 1B7OA 4PRQA 134LA 4YF2A 5L9JA 1IY3A 1UIHA 3LYMA 4ML7A 4PJ2C 5M1YA 3LZTA 132LA 1EQEA 1GBWA 3WULA 1A4VA 194LA 5LINA 5KXOA 1IP7A 1HEQA 3CSQA 3EBAB 3CT1A 3AGIA 4NSIA 4RDSA 4HPIA 2MEDA 1IVMA 3AZ7A 3G3BB 4C5FA 1LJ4A 1B7NA 1GF4A 4G4BA 4H9BA 3TXJA 3A95A 5LVGA 1GFKA 3A96A 5KXWA 1B9OA 4Z46A 5HLLA 4G4HA 5HNLA 2I26L 1LAAA 4H9HA 4NHPA 4DYGA 1V7TA 4GN3A 1GBSA 1KXWA 5LIOA 4L41A 2ZIKA 5ILCA 1H87A 1B5ZA 3VWOA 2W1MA 2BQCA 1IP1A 4WLYA 1KXYA 1QDRA 4WM6A 5LAGA 4NHIA 4LYBA 4RW1A 1UIAA 4ET8A 1FLYA 3CB7A 1LYSA 2MEAA 1TEWA 1XGPC 3A8ZA 1OP9B 154LA 5T3FA 1INUA 1GB3A 2WARA 1SLYA 3J4GA 5E4PA 4M6DA 1IEEA 3D9AC 4ET9A 1GF3A 1RI8B 2D4IA 4G4CA 1LHIA 1IP2A 2MEHA 4LYZA 3TMUA 1QUTA 4ZFPA 1B7QA 3ZVQB 5K7OA 3AJNA 4I8SA 4ETCA 2DQIY 2XJWA 1YAPA 2FYCA 4HJZA 1LZSA 4LT3A 1LMQA 1FKQA 135LA 2BAAA 3A67Y 1BVKC 1XGTC 4NG8A 3RNXA 1LCNA 1IY4A 1KXXA 1BGIA 1W6ZA 2F2NA 1WTMA 1HEMA 4XN6A 4NGVA 5FHWA 1LZTA 1IWYA 4KXIA 4WM2A 1I20A 1YANA 5A3EA 1JITA 1LSAA 2CDSA 2D91A 1LSPA 1OUEA 2HTXA 1GXXA 1LJHA 3P66A 2A7FA 4H93A 2BQEA 2HEBA 4IASA 4CFOA 1GE0A 1C10A 1F6SA 1HSXA 4UWVA 1IP4A 1OQMA 5D5FA 1YROA 4C3WA 1IOTA 1OUIA 3TXKA 4RW2A 5LXWA 1W08A 1AM7A 1YL0X 2X0AA 4XJIA 3WU9A 1CKFA 4NHQA 3TMXA 5LYMA 2VB1A 4OWBA 3B0OA 1LSEA 1YKXX 1QDTA 1F6RA 1UCOA 1JJ1A 3B72A 5EBHA 3W6FA 1GFUA 5KKJA 4LT2A 1IOSA 1QSWA 1B5UA 5KXNA 1DKJA 1B7MA 2HUBA 1QQYA 208LA 1JIYA 4LFXA 1LMTA 2YBIA 4OWHA 1RFPA 2LZTA 2BLYA 3EXDA 1NKHA 4BS7A 1LJFA 5I54A 4TUNA 4ETBA 1RJCB 4KT3A 1IWXA 3W6CA 4GCEA 4IJ4A 1LJKA 1UACY 1LZCA 1UUZC 2LYMA 4NHSA 4QY9A 1LJEA 1DPWA 1GE3A 1LHKA 4G9SA 3M18B 4A7DA 4MR1A 4HTKA 1GFVA 2LHMA 1IWTA 1HC0A 4EOFA 1BWIA 2XBRA 1YL1X 4GN4A 4ETEA 5F9UA 1EL1A 1LMPA 2G4PA 5AMYA 1LOZA 4HV2A 2IFFY 1GPQC 3AZ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
192LA 1SX7A 3TXIA 262LA 2NTHA 4OO9A 5B1GA 1L10A 2HEFA 1XGQC 2B6XA 4NG1A 1BQLY 2XQOA 3L64A 3AGGG 1C08C 1PQOA 109LA 4W53A 3RW8A 5I4WA 4H8YA 1L01A 1LPIA 1L06A 3A3QA 2OU9A 4J1AA 1B7LA 1L16A 4NSHA 1L25A 4HTQA 1C68A 3C7YA 4XYYA 4DD2A 1L20A 1ZV5L 2HEEA 2Z2FA 1LTMA 2OE7X 1QTHA 1L02A 1C62A 4HP0A 2BQIA 3SB6A 4YXCA 3C7WA 5I14A 4N5RA 1GF9A 3WXTA 4DD0A 5B07A 1NBYC 1L72A 4OOTA 2B6YA 1L67A 3HTGA 2Z38A 188LA 1YAOA 4NGIA 4LYOA 1REZA 1KY1A 5F14A 3DN4A 1HMLA 3WYHA 3C82A 1SSYA 3EMSA 1JKCA 1D0KA 4WM3A 1C6FA 4J7VA 3W3EA 236LA 1L44A 4J0LA 1CX7A 4H9CA 4U3XB 2RB1X 1L69A 2BQFA 1BWHA 1LLHA 2BQMA 1OUFA 3F6ZA 4H9AA 1WQRA 5APDA 1LZNA 1QIOA 1WQMA 1H6MA 2G4NA 1VAUA 1SX2A 1WQQA 1L18A 1C6CA 2B74A 4P2EA 1L45A 1LHJA 175LA 4HPEA 1P5CA 1G7MC 4DWXA 2YSSC 3B0KA 3QE8A 1D3NA 4I7LA 1L12A 3P4ZA 1JTNA 1L82A 3A93A 4XJDA 1L21A 3HDFA 3GUIA 4ARLA 2IHLA 1GB9A 4I7QA 2ZWBA 4H8ZA 3C80A 1C45A 2EIZC 2XBSA 1G0LA 1QSAA 191LA 2RBPA 4AGAA 1IWZA 3DMVA 256LA 4NGWA 1L11A 1XFPL 103LA 186LA 1L43A 4XJBA 4PHIA 3UONA 182LA 3NY9A 1L23A 4GCCA 240LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXM A;  1Z55 A;  3GXK A;  1HEP A;  2FBB A;  133L A;  3RT5 X;  1LSD A;  4WL6 A;  1LHL A;  2FYD A;  3A3R X;  3EO5 A;  1BB5 A;  1CJ6 A;  1WQN A;  3TXI A;  1RE2 A;  1VDP A;  1FLQ A;  1GBO A;  6LYT A;  1ZVH L;  1TBY A;  3P68 A;  3N9E A;  1OUJ A;  3N9A A;  4NSG A;  5B1G A;  3WVY A;  1TCY A;  4DD1 A;  2DQC Y;  4QDN A;  2HEF A;  4NEB A;  3WU8 A;  1XGQ C;  4Z98 A;  5KXP A;  4M4O A;  1IC5 Y;  2MEC A;  3HFM Y;  4EMN A;  1IOC A;  2W1Y A;  4LYC A;  4PGJ B;  1IP5 A;  3ATO A;  4Z3M A;  3W6A A;  1LHH A;  4NG1 A;  1LMN A;  2BQL A;  1GEZ A;  4FDY A;  1BQL Y;  7LYZ A;  2H9J A;  4X3B A;  1MEL L;  4HJY A;  4GCF A;  1UIB A;  3AGG G;  3FE0 A;  1C08 C;  1FDL Y;  1NHE A;  5B05 A;  4B4E A;  3B0I A;  3RW8 A;  5I4W A;  1GFJ A;  4H8Y A;  1LPI A;  3CT0 A;  4PPO A;  3A3Q A;  1LMC A;  4J1A A;  2XTH A;  1B7L A;  1OUC A;  3HBD A;  4D9Z A;  3TXH A;  4NSH A;  4HTQ A;  1GF8 A;  1LJ3 A;  1KIR C;  2ZQ3 A;  4XYY A;  4DD2 A;  1GD6 A;  2YVB A;  1D0L A;  4ETD A;  1HFY A;  3AZ4 A;  1GE1 A;  4XJG A;  3W6E A;  4R0F A;  1GFA A;  1LZR A; 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 1FKQ A;  135L A;  2BAA A;  3A67 Y;  1BVK C;  1XGT C;  4NG8 A;  3RNX A;  1LCN A;  1IY4 A;  1KXX A;  1BGI A;  1W6Z A;  2F2N A;  1WTM A;  1HEM A;  4XN6 A;  4NGV A;  5FHW A;  1LZT A;  1IWY A;  4KXI A;  4WM2 A;  1I20 A;  1YAN A;  5A3E A;  1JIT A;  1LSA A;  2CDS A;  2D91 A;  1LSP A;  1OUE A;  2HTX A;  1GXX A;  1LJH A;  3P66 A;  2A7F A;  4H93 A;  2BQE A;  2HEB A;  4IAS A;  4CFO A;  1GE0 A;  1C10 A;  1F6S A;  1HSX A;  4UWV A;  1IP4 A;  1OQM A;  5D5F A;  1YRO A;  4C3W A;  1IOT A;  1OUI A;  3TXK A;  4RW2 A;  5LXW A;  1W08 A;  1AM7 A;  1YL0 X;  2X0A A;  4XJI A;  3WU9 A;  1CKF A;  4NHQ A;  3TMX A;  5LYM A;  2VB1 A;  4OWB A;  3B0O A;  1LSE A;  1YKX X;  1QDT A;  1F6R A;  1UCO A;  1JJ1 A;  3B72 A;  5EBH A;  3W6F A;  1GFU A;  5KKJ A;  4LT2 A;  1IOS A;  1QSW A;  1B5U A;  5KXN A;  1DKJ A;  1B7M A;  2HUB A;  1QQY A;  208L A;  1JIY A;  4LFX A;  1LMT A;  2YBI A;  4OWH A;  1RFP A;  2LZT A;  2BLY A;  3EXD A;  1NKH A;  4BS7 A;  1LJF A;  5I54 A;  4TUN A;  4ETB A;  1RJC B;  4KT3 A;  1IWX A;  3W6C A;  4GCE A;  4IJ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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