9LYZA

X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide nam-nag-nam to lysozyme
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide NAM-NAG-NAM to lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1979-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 9lyzA00
1QTEA 3K3TA 3LHMA 1NBZC 1REXA 4LT1A 2C8PA 1G7JC 1GB2A 1LMAA 1LSMA 1OUHA 1W08A 1N4FA 1GFVA 3A3RX 4NWHA 5LVJA 4NY5A 1WTNA 5KKJA 1D6QA 1LSPA 1A4VA 4DD2A 2YDGA 2DQEY 1HC0A 5FCPA 4WMGA 3W6CA 4NHTA 1YAPA 1ZVHL 2MEDA 2BQAA 1TDYA 1GE3A 4HSFA 4XJIA 3VWOA 2YBJA 1BB4A 4BADA 4Z41A 4TX7A 1I20A 5LIOA 3W6EA 1BB6A 1IC4Y 4LYZA 4ANRA 4R6CA 2Z18A 1CJ8A 2YBHA 1HENA 1JJ0A 4WLYA 1IP7A 1LZCA 4XJFA 3T6UA 4AGAA 5KXRA 3WU9A 4LYMA 5FSTA 5LYMA 5FEKA 4LT0A 1CKFA 1GHLA 1LHIA 1GAYA 2CDSA 3N9CA 1VDTA 4WL6A 4C3WA 4U3XB 1UIEA 2HU3A 3AZ7A 1H6MA 4M4OA 3W6FA 4IJ4A 1GD6A 2DQDY 4J7VA 4XJDA 4B1AA 4CGEA 5HQ1A 5LVKA 1TEWA 4H90A 4CFOA 1HF4A 1OUJA 4CJ2A 5DN5A 4EMNA 1IP6A 1F10A 4YENA 1YROA 1DZBX 2HEAA 4NGVA 1GAZA 4OOOA 2DQGY 5LA8A 5LYZA 5KXLA 2DQHY 1OUGA 4ML7A 3AZ6A 1T3PA 1RI8B 2A7FA 1F0WA 5B05A 3HBDA 1IR7A 208LA 3A93A 4NHSA 5KXNA 5KXPA 5KY1A 1HEOA 1B5VA 3WYHA 3IWRA 2HEDA 2DQIY 1CKHA 2BAAA 3P68A 4RLNA 4RW1A 7LYZA 1JKAA 1GE4A 4XENA 1WTMA 4ZFPA 3N9EA 1REZA 2ZQ3A 1LYOA 5KJ9A 1IC5Y 4N5RA 3WPKA 4H9CA 3ATOA 1GFKA 1BGIA 1DKJA 1EL1A 3LYOA 3A92A 1FN5A 1LCNA 1DI5A 2Z39A 1IOSA 1LZBA 4GN4A 3WW5A 1LJNA 1B7NA 3T36A 4DD1A 4D9ZA 2DQCY 3WUMA 1LJ3A 1YL0X 4PRUA 3CT0A 3AGGG 3RU5A 1FBIX 1LKRA 2ZILA 1AT5A 5KXKA 1LZ6A 1LHKA 1IWWA 1GF3A 1YANA 1RFPA 3WULA 1IP4A 3A6BY 4OWCA 2I6ZA 1IOQA 2CGIA 1LSYA 1JTOL 4LT2A 3P64A 5EBHA 5I54A 1LJFA 5ILFA 5LA5A 1HEPA 1LMTA 1VDQA 1YIKA 5FDJA 5AMYA 3QE8A 4QGZA 1GF8A 2LHMA 2MEHA 1JJ1A 2D4KA 1VFBC 2I26L 2ZIJA 1VATA 1AT6A 4N0JA 5B06A 3TXHA 1GFGA 1JHLA 4PPOA 1GDWA 1LHJA 5E4PA 2G4NA 3D9AC 1HFYA 5E9RA 1HERA 2HEFA 3W3EA 1HSXA 1LJ4A 4P2EA 3LZTA 1GDXA 4I0CA 3LYTA 3TXJA 4DD0A 5JENB 1GB3A 1GBWA 4H8ZA 1MLCE 3WUNA 6LYZA 3ATNA 1CJ6A 2F4AA 1JIYA 1JKCA 1OUEA 1LAAA 5B1FA 4I8SA 1NF5A 5FELA 5T3FA 2BQCA 3A91A 4DDAA 2XJWA 5DM9A 1LZ9A 1UIFA 4NGOA 2EQLA 4H91A 5KXOA 3AW6A 4LT3A 3WH1A 3WPJA 5HMJA 1WQRA 2Z12A 3CSRA 4HV1A 3FE0A 1LZRA 5LVIA 1LZ5A 2ZYCA 1EQEA 4H8YA 5A3ZA 1GF7A 1D0LA 1LSGA 1GFAA 5D5CA 1D6PA 4WLTA 5B1GA 3AW7A 2BQKA 4L41A 4TSCA 2Y8PA 1CKGA 2EIZC 3TXDA 1LYZA 5L3HA 3QNGA 194LA 3MGWA 2LYOA 1B7SA 4NGIA 1NHEA 4PJ2C 3AZ4A 3B6LA 5F9XA 2MEBA 3IJUA 1NQIA 1QUSA 3A3QA 4N1CC 4XJHA 5J7CA 4GN5C 3TXIA 1GE2A 5FHWA 4LYCA 5I4YA 4MCKA 1DI3A 4WG1A 1JKDA 1UIHA 5KXSA 1EQ5A 3TXFA 1XGUC 3LN2A 5APFA 1B5YA 3W6BA 5KXWA 4PHIA 1IO5A 4KPMA 1BVKC 1NDGC 1KXWA 1KIPC 4NHPA 4J1AA 3AJNA 1IP1A 3A90A 1I56A 5C6LA 2D6BA 5IHGA 4ET8A 1WVUA 2PC2A 1H87A 4XN6A 4PRQA 1C43A 4OWBA 1CNSA 1B0DA 4W96A 5LAFA 1LMNA 1GFRA 3A34A 1GEVA 2FBBA 4OWEA 2HEEA 2IFFY 4J1BA 1JTPL 2BQHA 4NGWA 1IX0A 4WLDA 4LYTA 5IELA 1UA6Y 4CHXA 1JSFA 2FYDA 2GV0A 2BQFA 4DC4A 3WU8A 1UIBA 3P65A 4G4BA 1OUAA 1J1PY 1XFPL 1GEZA 2BLXA 4RW2A 4WM2A 1GBOA 2HECA 1EQ4A 1GFEA 5LYTA 1YKXX 4NG8A 5KXYA 5I4XA 4H1PA 1LZYA 3HFMY 1OUBA 3KAMA 3RT5X 1RJCB 1CJ7A 1J1XY 3TXEA 1GBYA 5DL9A 1LJEA 2YBLA 1IOTA 1B7LA 1GBXA 1LSCA 5KXZA 1YKYX 2Z19A 4ETDA 1GF9A 1LZEA 1BB7A 4ETAA 4CFPA 1GB0A 4TUNA 4YF2A 1V7TA 4WM1A 2CWIA 3CSQA 1NMMA 4HJYA 1UIDA 1UICA 2Z2EA 3IJVA 1IP3A 4NWEA 2FYCA 1CKDA 4NGYA 1ZMYL 4A7DA 2B5ZA 5KXXA 1LSDA 1XGRC 2F30A 3GXKA 4KXIA 5DN4A 5LAGA 5KXMA 3RZ4A 3TMXA 4NGKA 3HBHA 1JUGA 3SP3A 1IWUA 1JKBA 2F2NA 1VDSA 5F81A 4ETCA 1QDRA 3TMWA 4KT3A 3GXRA 1FDLY 3LYZA 1IWYA 3ZEKA 4C5FA 4B49A 1KXYA 2C8OA 1GB9A 2BQNA 9LYZA 1DI4A 1XGTC 3M3UA 1JSEA 2BQLA 1IWTA 4B4IA 4TTDA 4DT3A 5I53A 1ZVYB 1XEKA 1B5XA 4FDYA 1JWRA 3W6AA 1PZYA 2X0AA 2Z38A 1YAQA 4LYOA 2HEBA 4NSGA 4HJVA 5APDA 2EKSC 5LVHA 1YAOA 2W1MA 1ALCA 1OUDA 4HTKA 1T6VL 4M6DA 1F6RA 3G3BB 1LZDA 4GCCA 4NIJA 1TAYA 3ZVQA 4LFPA 1YAMA 1HEQA 2YBNA 1I1ZA 4B0DA 4DD9A 3AGIA 4GLAA 1IWXA 1GFJA 4Z46A 3CB7A 1LJHA 1KXXA 1LZAA 1FLUA 3WW6A 3TMUA 1G7HC 1GBSA 1HMKA 1BWJA 1LHLA 3WPLA 1QIOA 3WVXA 4YEMA 3WU7A 2EPEA 1LMQA 1A2YC 1B9OA 1AZFA 1LOZA 1OP9B 2BPUA 1HEMA 3D3DA 5B07A 1IP5A 4J0LA 2I25L 1VEDA 1GE0A 2LYMA 1J1OY 1TBYA 2NWDX 3BKVA 1AKIA 3WUAA 1UACY 1DQJC 1XSFA 2HTXA 4H9IA 1GB7A 1RE2A 2WARA 4OWHA 1O23A 1LZ1A 4GCBA 1LMOA 4NFVA 3A94A 4FJRA 1C45A 4OW1A 1GXXA 1LYYA 1WVVA 1GB8A 2F4GA 1GFHA 2ZIKA 3J4GA 4WG7A 207LA 1WQNA 1VDPA 5LINA 1LZNA 1BQLY 4Z98A 4BS7A 2RSCA 2MEEA 153LA 1GFUA 5DLAA 1G7LC 1UC0A 4OOTA 1BWIA 1V7SA 2Q0MX 4H9FA 4B4JA 1YKZX 1INUA 2MECA 1NKHA 2A7DA 4GLVA 1MELL 2Z2FA 4GCDA 5HLLA 3EBAB 1JJ3A 5F14A 1LZSA 3A95A 4LFXA 4H9AA 2G4PA 1DKKA 2DQFC 3E3DA 2Z37A 2ZNWY 4TWSA 3ZVQB 1OUFA 1BWHA 4IASA 1LSZA 4H92A 4BAFA 1IR9A 4PGJB 3CQLA 2H5ZA 4DWXA 1QTKA 5IDDA 1BVXA 1BB5A 1FKVA 5HMVA 3CSZA 4WO9A 3TXKA 2XTHA 3RW8A 4E3UA 3A67Y 4RLMA 4QY9A 5KKIA 3WL2A 1GPQC 3EMSA 2N5ZA 4OWAA 4NHIA 4QEQA 4NSJA 3AZ5A 2BQJA 2MEFA 2HUBA 1WQMA 4DD7A 5K7OA 3RNXA 5KXTA 1JEFA 2YBIA 3A96A 8LYZA 135LA 3J6KA 1FLQA 1B7QA 4W94A 132LA 1OQMA 1CJ9A 1FKQA 1NBYC 4LGKA 4X3BA 3W6DA 1QQYA 1LHHA 6LYTA 1IVMA 4HPIA 4RDSA 4DD3A 1LSFA 3B72A 1HHLA 5APEA 1LZGA 4NHQA 1YILA 2BQGA 5F9UA 4H94A 4G4CA 2W1YA 4DDCA 1D0KA 3B0IA 1DPXA 1LJJA 1HSWA 2DKVA 5I5QA 1WQQA 2MEIA 3WVYA 1NWGA 5LVGA 3HBEX 1LHMA 2BQOA 1FLWA 2W1XA 193LA 134LA 1JISA 1IEEA 2DQJY 4GCFA 2YBMA 2ZYPA 1IIZA 3EXDA 4N1EI 4Z3MA 1REYA 1C08C 1GF5A 3CT1A 3ULRA 154LA 1B5UA 1B7RA 1D9UA 1QSWA 4UWNA 1LMPA 5HNLA 3AYQA 2AUBA 2IHLA 5L9JA 1IP2A 4GN3A 2LZ2A 1ZV5L 1WQPA 1DXJA 1QSAA 4WM4A 4GCEA 4TSBA 5I4WA 1GE1A 1UCOA 1GFTA 1DPWA 1LKSA 3F6ZA 2MEGA 2ZNXY 1HFXA 2LYZA 1B7PA 1G7MC 2VB1A 1UUZC 1SLYA 1GF4A 4H93A 2BQMA 4NEBA 4HPEA 1HNLA 1B2KA 2BQBA 4II8A 4N9RA 3B0OA 4G4HA 1P2CC 4XJGA 1F6SA 3P4ZA 3TMVA 4EOFA 1XEIA 1IWVA 3P66A 4NGJA 4XADA 4WO6A 5APCA 1IR8A 1SQ2L 3AB6A 1HFZA 2ZWBA 3BKHA 4G49A 3WXUA 4BAPA 4MSTA 5F16A 2HU1A 1QDTA 4LYBA 2H9KA 5D5FA 1XGQC 1B7MA 1IWZA 3FI7A 3M18B 1YL1X 1B7OA 1LJKA 2BQDA 4XJBA 1LSAA 2MEAA 2XBRA 1BHZA 3AGHA 4NG1A 4WM5A 4DDBA 5L3IA 1GF0A 5II3A 1UIGA 1B5WA 1G7IC 1XGPC 5C6IA 4HTNA 5B59A 4NGLA 4R0FA 4UWVA 4WLXA 4WM6A 1WQOA 4HJZA 1IOCA 4HP0A 4XYYA 1KIQC 3TXBA 4B4EA 1LSBA 2W1LA 1GB5A 2LZTA 1C7PA 5C6JA 1UBZA 3B0KA 1B5ZA 1D0MA 4WL7A 1Z55A 1LYSA 1GWDA 1JITA 1KIRC 4H9HA 4ETBA 1CKCA 4H9EA 1UIAA 1IORA 1LTMA 1C10A 1GXV2 4IATA 1QUTA 2H9JA 4DYGA 1OUIA 1BB3A 1W6ZA 5M1YA 5ILCA 1RCMA 5LXWA 4YM8A 3A6CY 4HV2A 2D4JA 4AXTA 2ZQ4A 4UWUA 133LA 4YOPA 4LZTA 3OK0A 3OJPA 4H8XA 1IY3A 4H9BA 4ZIXA 1GB6A 1FLYA 4YEOA 1HMLA 4NSHA 3LZ2A 3TXGA 1YQVY 1IY4A 3G3AB 4HTQA 5A3EA 2D91A 1C46A 1REMA 4ET9A 4ETEA 1HEWA 1JPOA 1LSNA 2YSSC 4KL7A 2G4QA 1LJGA 1GF6A 1LZ8A 1NDMC 1XEJA 3QY4A 1OUCA 1HELA 1JTTL 1LZTA 4NSIA 1GBZA 1TCYA 1LMCA 2BQIA 1IC7Y 4G9SA 1AM7A 4WOAA 5HNCA 2XBSA 1LPIA 1PS5A 1LSEA 1LZ4A 3EO5A 1LJIA 2CJLA 4WM3A 3WMKA 1VAUA 3CT5A 2YVBA 2D4IA 4QDNA 3WXTA 1E8LA 4O34A 2BQEA 2FBDA 2BLYA 3N9AA 4MR1A 4ZEEA 4N8ZA 4NGZA 3LYMA 2DBTA 2DQAA 3A8ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K3TA 1L87A 1L47A 1LMAA 3A3RX 1QT4A 1DYDA 4WMGA 1C63A 1YAPA 1L63A 1TDYA 4HSFA 2O7AA 1P46A 1BB4A 1QT5A 4Z41A 120LA 4ANRA 2B73A 4ARQB 1JJ0A 3T6UA 4AGAA 1L12A 5LYMA 1GHLA 1L43A 1D2WA 3W6FA 4XJDA 1GD6A 2DQDY 4J7VA 4DQ7A 2B70A 4H90A 2RBOA 254LA 1L42A 1P2LA 1P3NA 1GAZA 4I7OA 2RAYX 1T3PA 1RI8B 1F0WA 4W51A 208LA 5KXPA 3WYHA 3IWRA 2HEDA 2DQIY 1CKHA 3P68A 4DQJA 4RLNA 7LYZA 1G0QA 4ZFPA 5KJ9A 4H9CA 1ZYTA 1FN5A 3WW5A 4DD1A 1LJNA 3T36A 1PQMA 3WUMA 1C67A 3AGGG 3FI5A 221LA 5KXKA 1YANA 1L77A 4OWCA 1IOQA 2CGIA 1JTOL 1P36A 5ILFA 5LA5A 1LMTA 1L41A 2MEHA 2D4KA 3HUAA 3SB7A 4PPOA 1GDWA 1L01A 5E9RA 4LDOA 3GULA 3W3EA 3GUKA 3LYTA 4DD0A 4H8ZA 6LYZA 1CJ6A 5B1FA 1LAAA 156LA 5FELA 1L51A 2EQLA 1OVHA 4H91A 5KXOA 4LT3A 141LA 163LA 2Z12A 4HV1A 1LZRA 4AQNA 1EQEA 1D0LA 1JTNA 1GFAA 1D6PA 256LA 3MGWA 4EPIA 2LYOA 4XJHA 5J7CA 1GE2A 1C6JA 1CV1A 4MCKA 1UIHA 1L0JA 5APFA 1B5YA 1ZURA 1L71A 1NDGC 2XQOA 1KIPC 3HTGA 4ET8A 4XN6A 1L08A 1CNSA 2OE7X 1B0DA 1T8GA 3DN6A 1GFRA 247LA 1GEVA 2FBBA 1L75A 1KY1A 4OWEA 1C62A 1JTPL 3CDTA 3NY8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QTE A;  3K3T A;  3LHM A;  1NBZ C;  1REX A;  4LT1 A;  2C8P A;  1G7J C;  1GB2 A;  1LMA A;  1LSM A;  1OUH A;  1W08 A;  1N4F A;  1GFV A;  3A3R X;  4NWH A;  5LVJ A;  4NY5 A;  1WTN A;  5KKJ A;  1D6Q A;  1LSP A;  1A4V A;  4DD2 A;  2YDG A;  2DQE Y;  1HC0 A;  5FCP A;  4WMG A;  3W6C A;  4NHT A;  1YAP A;  1ZVH L;  2MED A;  2BQA A;  1TDY A;  1GE3 A;  4HSF A;  4XJI A;  3VWO A;  2YBJ A;  1BB4 A;  4BAD A;  4Z41 A;  4TX7 A;  1I20 A;  5LIO A;  3W6E A;  1BB6 A;  1IC4 Y;  4LYZ A;  4ANR A;  4R6C A;  2Z18 A;  1CJ8 A;  2YBH A;  1HEN A;  1JJ0 A;  4WLY A;  1IP7 A;  1LZC A;  4XJF A;  3T6U A;  4AGA A;  5KXR A;  3WU9 A;  4LYM A;  5FST A;  5LYM A;  5FEK A;  4LT0 A;  1CKF A;  1GHL A;  1LHI A;  1GAY A;  2CDS A;  3N9C A;  1VDT A;  4WL6 A;  4C3W A;  4U3X B;  1UIE A;  2HU3 A;  3AZ7 A;  1H6M A;  4M4O A;  3W6F A;  4IJ4 A;  1GD6 A;  2DQD Y;  4J7V A;  4XJD A;  4B1A A;  4CGE A;  5HQ1 A;  5LVK A;  1TEW A;  4H90 A;  4CFO A;  1HF4 A;  1OUJ A;  4CJ2 A;  5DN5 A;  4EMN A;  1IP6 A;  1F10 A;  4YEN A;  1YRO A;  1DZB X;  2HEA A;  4NGV A; 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 5L3I A;  1GF0 A;  5II3 A;  1UIG A;  1B5W A;  1G7I C;  1XGP C;  5C6I A;  4HTN A;  5B59 A;  4NGL A;  4R0F A;  4UWV A;  4WLX A;  4WM6 A;  1WQO A;  4HJZ A;  1IOC A;  4HP0 A;  4XYY A;  1KIQ C;  3TXB A;  4B4E A;  1LSB A;  2W1L A;  1GB5 A;  2LZT A;  1C7P A;  5C6J A;  1UBZ A;  3B0K A;  1B5Z A;  1D0M A;  4WL7 A;  1Z55 A;  1LYS A;  1GWD A;  1JIT A;  1KIR C;  4H9H A;  4ETB A;  1CKC A;  4H9E A;  1UIA A;  1IOR A;  1LTM A;  1C10 A;  1GXV 2;  4IAT A;  1QUT A;  2H9J A;  4DYG A;  1OUI A;  1BB3 A;  1W6Z A;  5M1Y A;  5ILC A;  1RCM A;  5LXW A;  4YM8 A;  3A6C Y;  4HV2 A;  2D4J A;  4AXT A;  2ZQ4 A;  4UWU A;  133L A;  4YOP A;  4LZT A;  3OK0 A;  3OJP A;  4H8X A;  1IY3 A;  4H9B A;  4ZIX A;  1GB6 A;  1FLY A;  4YEO A;  1HML A;  4NSH A;  3LZ2 A;  3TXG A;  1YQV Y;  1IY4 A;  3G3A B;  4HTQ A;  5A3E A;  2D91 A;  1C46 A;  1REM A;  4ET9 A;  4ETE A;  1HEW A;  1JPO A;  1LSN A;  2YSS C;  4KL7 A;  2G4Q A;  1LJG A;  1GF6 A;  1LZ8 A;  1NDM C;  1XEJ A;  3QY4 A;  1OUC A;  1HEL A;  1JTT L;  1LZT A;  4NSI A;  1GBZ A;  1TCY A;  1LMC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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