9LYZA

X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide nam-nag-nam to lysozyme
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide NAM-NAG-NAM to lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1979-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 9lyzA00
3WPJA 4NGJA 3TMUA 4KPMA 4QY9A 4PRQA 2DQAA 132LA 2Z2EA 3RNXA 1V7SA 3G3BB 1GE1A 4QEQA 1ALCA 4XJDA 1LZRA 5FCPA 2BQJA 4Z41A 1CJ8A 1REYA 4GCFA 4QGZA 5E9RA 2LYOA 4M6DA 1LZ9A 1IVMA 4DC4A 5I4WA 1IWYA 1JTPL 2DQGY 1IP2A 3A8ZA 3CSZA 4KT3A 4LYZA 4NHIA 4NG1A 3W6DA 4YOPA 1IWTA 3B0OA 5IELA 1RI8B 4UWUA 1DPXA 1G7IC 1G7MC 1TAYA 1YANA 3P4ZA 3LZTA 1LHIA 1QSAA 4W94A 4ZIXA 5F81A 1UCOA 1LHJA 5I53A 2YSSC 3A91A 4TUNA 1ZVHL 2DQFC 4NSHA 1C45A 5T3FA 4DD7A 1JKDA 4MSTA 5LXWA 1GBWA 1REZA 1JPOA 2YBLA 1B7LA 2C8PA 4BAPA 1FLQA 1B7NA 1VFBC 2BQGA 3A93A 194LA 3ZVQA 2D4IA 2C8OA 2H9KA 4NGVA 4DYGA 1NF5A 1WQOA 3OK0A 5LVHA 1B5YA 4CFPA 4WG1A 4NGZA 3TXIA 1LMCA 1TDYA 2DKVA 3EMSA 4WM2A 4CHXA 2D91A 4ET9A 4WLYA 1H6MA 2LYZA 1HEWA 1YAPA 4WM5A 3ATOA 1T3PA 2MECA 1AM7A 3RZ4A 5APEA 1CKGA 1GB8A 4NFVA 1LSPA 3CSRA 1INUA 3EXDA 1GF0A 4DDAA 3P66A 3TXEA 4OWHA 1DKKA 1LJEA 1OUIA 1Z55A 1C08C 1IR7A 2HEAA 1NWGA 1WQMA 4N1CC 5FSTA 3N9EA 2YBMA 4HPIA 5KXSA 2Z2FA 3WU8A 4WM4A 3WULA 4PPOA 3WPKA 2D6BA 1F6RA 1W08A 2DQHY 1B5XA 2BQBA 1GEZA 4IJ4A 3TMXA 1GF9A 4H8YA 1WQPA 1KXWA 4M4OA 1LYYA 2BLXA 1LTMA 4RW1A 5I4XA 4FJRA 3CSQA 1BQLY 1IC4Y 1C43A 5IDDA 4NSJA 4C3WA 1B7QA 1GE0A 4LYCA 4KXIA 1YL1X 2G4PA 4X3BA 3RU5A 3TMWA 4G49A 1HELA 4CJ2A 4BS7A 1A2YC 5LYMA 3LHMA 4N8ZA 1MLCE 2LYMA 134LA 1LSCA 1LMNA 1LMAA 2Z18A 4YF2A 2I26L 1B7OA 5LIOA 4EMNA 1BWHA 1OUJA 1LSBA 2XTHA 2NWDX 4OWCA 5KXLA 5F16A 4LFXA 4NHTA 2ZILA 5L3IA 1HFZA 1LKRA 2H9JA 4HSFA 1CKCA 4OW1A 4WG7A 1HMKA 5C6LA 3A6BY 4O34A 1HEOA 1EQ4A 2Z37A 4OOTA 2B5ZA 2FYCA 4AGAA 5KXMA 1GB5A 1LAAA 4IATA 3A3RX 4DDBA 1IP4A 1B5ZA 1REMA 3QE8A 2HU3A 4ETAA 1JJ3A 1FLWA 3TXDA 5KXOA 1LJJA 2MEEA 2I6ZA 1IP7A 1GF6A 1IP3A 1G7HC 1GPQC 1HEPA 1LYSA 1VDTA 1I20A 3BKHA 4H9FA 4LT2A 4WMGA 4HJZA 5KXKA 1QSWA 1I56A 1YAMA 2BQMA 3LYZA 4G4HA 1YKZX 5KXPA 4H92A 1LZTA 3W6BA 3LYOA 1NQIA 3W6FA 4XJGA 2RSCA 1GB0A 2ZNXY 2HEDA 2ZQ4A 207LA 2Z19A 3GXRA 4HTKA 1BVKC 2HU1A 5II3A 1O23A 5LAGA 3M18B 4OWEA 2G4QA 1GFKA 2FBBA 2W1XA 1D6PA 3HBEX 1AZFA 5KXZA 2BQHA 2BQDA 1UICA 1QDTA 4J0LA 2AUBA 2EQLA 4ETDA 4P2EA 1NKHA 3WH1A 4HV1A 4IASA 2Z39A 4C5FA 1AT5A 1W6ZA 4H9EA 1UIHA 1UA6Y 4H90A 1LZBA 5HNCA 1JSFA 1V7TA 5A3ZA 4HTQA 1C46A 9LYZA 2D4JA 1GDXA 5DN5A 1LSYA 1SLYA 1XGRC 1LZ4A 2WARA 2CGIA 2F4GA 4H9CA 1VEDA 1B7PA 1N4FA 1D9UA 3IWRA 1OUCA 1NBZC 2YDGA 1LZ8A 4GLAA 2D4KA 4NEBA 5LINA 3GXKA 4XADA 1GFJA 2EIZC 3D9AC 1RE2A 4MCKA 5LAFA 3WL2A 3WUAA 3VWOA 3P68A 4WO6A 4GCCA 5B59A 4WL7A 1B0DA 5F9XA 5FELA 4W96A 1LJHA 1ZV5L 4LZTA 1DQJC 4GCDA 4Z98A 6LYZA 4PRUA 5KXNA 4D9ZA 1WTMA 4NGWA 3M3UA 2XJWA 4OWBA 1ZMYL 1DI3A 4GCBA 5I4YA 3RT5X 1GBZA 1OUEA 2HECA 2YVBA 4WM6A 3G3AB 1HERA 4TSCA 1LZSA 3J4GA 1IP1A 3AYQA 4ANRA 3LZ2A 5FHWA 3W3EA 4EOFA 1KXXA 3B0IA 2BQIA 4XJBA 5ILCA 5I5QA 1QTKA 4WM3A 4RW2A 1XGTC 3A96A 1GE3A 4BAFA 3WW6A 1GHLA 1QUTA 3B0KA 4H8XA 1IO5A 1TBYA 1LZDA 3A90A 1LZCA 3MGWA 4H8ZA 1IWXA 2A7FA 1IOTA 1RCMA 5JENB 1UBZA 2HUBA 4DD2A 1GB2A 2DQEY 1KIPC 3WMKA 1LZ1A 1GAZA 1IR9A 3AW7A 2YBNA 1FBIX 2ZNWY 3IJUA 1XGUC 3CB7A 1OUGA 1LJ3A 4XJFA 4G9SA 1GFAA 2FBDA 4II8A 4CFOA 1BB7A 5B07A 4B49A 5E4PA 4XJIA 2BQAA 4HP0A 1LSEA 1YL0X 5DL9A 4GN5C 2LZTA 4TTDA 1D0LA 5FEKA 1F10A 4ETBA 1B2KA 2MEHA 3TXKA 4GN4A 5D5CA 1GWDA 1EL1A 5L3HA 1IORA 3AZ5A 1T6VL 1UIEA 1LSMA 3FI7A 5APDA 4I0CA 4CGEA 3WUMA 1YROA 1IP6A 1CKDA 3A34A 4YEMA 1GF5A 1OUBA 1YKYX 3T6UA 1KXYA 5AMYA 1GF3A 1NHEA 1NBYC 5LA5A 3TXFA 1HFXA 1GB7A 1VDSA 4NHQA 2XBRA 4NGOA 2HEEA 2ZIJA 1LZYA 5KY1A 1GXV2 1JHLA 5F14A 4NGKA 1JITA 5A3EA 2MEIA 1UIFA 1SQ2L 1GB6A 1DI4A 2N5ZA 3AGGG 1OUHA 6LYTA 3B72A 1JJ0A 4DD3A 1KIQC 3WUNA 4LYMA 1IC7Y 4LT1A 4NWEA 2W1YA 3K3TA 4NG8A 4UWNA 2DQJY 3KAMA 3TXBA 5KXRA 1GBXA 4L41A 5HMVA 1UIGA 3LYMA 1UIAA 2BQNA 3AGIA 1JJ1A 1GBYA 5LVIA 3CT5A 4XENA 4RLNA 2EKSC 1WQRA 3TXGA 1IWUA 1B7MA 1XEKA 2G4NA 1BGIA 1IY4A 3TXJA 4LFPA 5D5FA 4G4CA 1YQVY 1HC0A 1IP5A 1HSWA 1PS5A 4NIJA 1BVXA 5IHGA 4TWSA 1AT6A 1LMOA 1TEWA 4UWVA 5C6JA 4BADA 1LSFA 1IEEA 4WLDA 4GCEA 1GF4A 3WYHA 1GAYA 5ILFA 1IY3A 1CJ6A 3W6EA 1LHKA 1HF4A 2PC2A 133LA 1IC5Y 1IR8A 4NGLA 2MEAA 1WQNA 3AW6A 1UIBA 4HJVA 3ZEKA 5LVJA 2BPUA 1FDLY 1VATA 3IJVA 3ATNA 3QNGA 5KXXA 2W1LA 3P65A 4NSIA 2ZYPA 135LA 1GFRA 3TMVA 3HFMY 1NMMA 1UC0A 3EBAB 4B4EA 5LVKA 3LN2A 3N9CA 5K7OA 1C10A 2BAAA 4LT0A 1LSDA 3EO5A 1FKVA 4WLXA 1XGPC 1GF7A 4G4BA 1LOZA 1TCYA 4RDSA 1LSAA 1LJIA 4U3XB 4YENA 3T36A 4OOOA 5KXTA 2MEGA 2IFFY 2W1MA 2I25L 4HJYA 3HBHA 1FN5A 5HMJA 1GFTA 1B5VA 1B5WA 2DQCY 1QIOA 4GN3A 4NY5A 1REXA 4A7DA 2LZ2A 4TSBA 2LHMA 4B4JA 1HENA 1NDGC 2H5ZA 1J1PY 4H9BA 3HBDA 1GFUA 4HTNA 4H9IA 4YEOA 1EQEA 1HSXA 1BWIA 1DXJA 1HEMA 2BQEA 3WPLA 153LA 1OQMA 3AJNA 1J1OY 1OUFA 1WTNA 2HEFA 4N1EI 2MEFA 4NHSA 3RW8A 5HLLA 1JWRA 2A7DA 1G7LC 1HMLA 1FKQA 1UACY 5DN4A 1CNSA 4MR1A 4WOAA 4XJHA 7LYZA 1H87A 1GDWA 3FE0A 1A4VA 1JKAA 4H9HA 1DI5A 1BB3A 3AZ6A 4E3UA 1IWWA 1IX0A 1LMQA 1WQQA 4H1PA 5KJ9A 1BHZA 5DM9A 1D6QA 2BQOA 1UIDA 2CJLA 2YBHA 3OJPA 4Z46A 4J1BA 4RLMA 193LA 2GV0A 1LJKA 1LMPA 2YBIA 1C7PA 3WVXA 1LHMA 4B0DA 5HNLA 5KKIA 1JSEA 5I54A 3A3QA 4R6CA 1GFHA 1F0WA 3B6LA 4N0JA 1PZYA 1I1ZA 4NGIA 4LYOA 1HFYA 3F6ZA 1IOCA 1YAOA 1IWZA 1YAQA 1LMTA 1ZVYB 1LJNA 2ZWBA 4ETCA 1JTOL 1VDPA 3J6KA 3AB6A 3WU9A 2Q0MX 1LZNA 5EBHA 1B7SA 1YKXX 2F2NA 2HTXA 208LA 3N9AA 5DLAA 5KKJA 4QDNA 3SP3A 2Y8PA 1GBSA 1LSGA 1B7RA 4WM1A 1LKSA 2ZQ3A 1XEIA 4TX7A 4WLTA 3TXHA 1XGQC 1GE4A 1IIZA 4H91A 4WO9A 2FYDA 1G7JC 4LT3A 4Z3MA 1LYZA 1OUDA 2BQFA 3AZ7A 4DD9A 3CT1A 3WVYA 2MEDA 4WL6A 4DT3A 4DD1A 1LPIA 1P2CC 1CJ9A 1J1XY 5B06A 1GFEA 3WXTA 5KXYA 1BWJA 3WU7A 3ZVQB 5HQ1A 4R0FA 1LHLA 2ZYCA 1LZAA 1UUZC 4PGJB 1CKFA 1B5UA 2VB1A 4ZFPA 1MELL 3A92A 4DDCA 1DPWA 4XYYA 2BQLA 3AZ4A 4XN6A 4YM8A 2YBJA 3A95A 1QUSA 4KL7A 1GE2A 3QY4A 4HV2A 1LJFA 1LJ4A 4LYBA 1EQ5A 5LYTA 1VDQA 1LJGA 1HNLA 1QDRA 5APFA 3WXUA 1LZ5A 1OUAA 1LSNA 1LZGA 1DZBX 3BKVA 1HHLA 4NGYA 5B05A 1JISA 1D0MA 1KIRC 3A94A 5LVGA 4PHIA 3ULRA 4H94A 1GEVA 2CWIA 3W6CA 4NHPA 4HPEA 1FLYA 5LA8A 3WW5A 4B4IA 2DQIY 4GLVA 5FDJA 3P64A 4AXTA 3AGHA 1HEQA 1IOSA 4LYTA 5C6IA 1NDMC 1JKBA 1LHHA 1VAUA 1JEFA 5B1GA 1B9OA 2X0AA 4H9AA 4ETEA 4ML7A 4N9RA 4DD0A 1IOQA 1IWVA 2Z12A 5L9JA 5F9UA 2F4AA 2ZIKA 1E8LA 1GB3A 1JUGA 2EPEA 1XFPL 2F30A 4H93A 4NWHA 1GBOA 1GF8A 1YILA 1LCNA 1F6SA 5B1FA 4FDYA 1QTEA 3A6CY 4J1AA 1QQYA 2MEBA 3CT0A 5APCA 1BB4A 1GFGA 3A67Y 4DWXA 1WVVA 1WVUA 1FLUA 4B1AA 4LGKA 1JTTL 1BB5A 4NSGA 4ZEEA 1LZ6A 2Z38A 1YIKA 2DBTA 2XBSA 4I8SA 1D0KA 5LYZA 1XEJA 5KXWA 2BQCA 1RFPA 2IHLA 2BLYA 3CQLA 3E3DA 1AKIA 1BB6A 3LYTA 4N5RA 1GB9A 4OWAA 1JIYA 1GXXA 1CKHA 1GD6A 5J7CA 2CDSA 2HEBA 4PJ2C 1LYOA 5M1YA 1DKJA 1GFVA 1LZEA 1XSFA 154LA 8LYZA 2DQDY 3D3DA 1OP9B 2BQKA 1CJ7A 4J7VA 4ET8A 1JKCA 1LSZA 1RJCB 3W6AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TMUA 4KPMA 4PRQA 3G3BB 1GE1A 1L94A 3C8SA 4XJDA 2BQJA 4Z41A 5E9RA 2LYOA 1IVMA 1IWYA 1JTPL 3CSZA 1QUDA 3W6DA 1DPXA 1G7MC 2NTGA 1LHIA 1UCOA 1LHJA 170LA 2DQFC 1C45A 1JKDA 1OV5A 1L99A 1VFBC 2B6WA 194LA 123LA 1LPYA 4NGVA 1B5YA 1L79A 4NGZA 1TDYA 4WM2A 4ET9A 1HEWA 4WM5A 3ATOA 1CKGA 1GB8A 1INUA 1GF0A 4DDAA 1OUIA 1QTZA 1NWGA 1WQMA 1L37A 3N9EA 2YBMA 4HPIA 3WULA 4PPOA 3WPKA 2D6BA 1F6RA 1W08A 1LYYA 4FJRA 4LYCA 1CV0A 1C6IA 112LA 4CJ2A 5LYMA 1LSCA 1LMNA 1B7OA 5LIOA 1BWHA 1LSBA 2NWDX 5KXLA 5L3IA 4LFXA 2ZILA 247LA 185LA 1HFZA 1CKCA 197LA 2B5ZA 234LA 4AGAA 5KXMA 1L55A 1G0LA 1IP4A 1B5ZA 1REMA 3BKHA 1IP3A 1GPQC 1LYSA 1YKZX 1LZTA 1NQIA 4XJGA 207LA 4HTKA 5LAGA 3M18B 4DAJA 2W1XA 1L0KA 1UICA 4J0LA 2AUBA 2EQLA 1UIHA 1L88A 5HNCA 4HTQA 2D4JA 5DN5A 1SLYA 1LZ4A 4W59A 2CGIA 253LA 3IWRA 1N4FA 1WTHA 1LZ8A 2D4KA 5LINA 3WL2A 195LA 205LA 3P68A 4WO6A 155LA 5B59A 4WL7A 1B0DA 1L45A 1LJHA 159LA 6LYZA 4PRUA 4D9ZA 3M3UA 1P46A 214LA 1ZMYL 3L64A 3HTGA 2L78A 1OUEA 2OEAX 3EMLA 3AYQA 3HWLA 3W3EA 2BQIA 3SN6R 4I7PA 4WM3A 3A96A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WPJ A;  4NGJ A;  3TMU A;  4KPM A;  4QY9 A;  4PRQ A;  2DQA A;  132L A;  2Z2E A;  3RNX A;  1V7S A;  3G3B B;  1GE1 A;  4QEQ A;  1ALC A;  4XJD A;  1LZR A;  5FCP A;  2BQJ A;  4Z41 A;  1CJ8 A;  1REY A;  4GCF A;  4QGZ A;  5E9R A;  2LYO A;  4M6D A;  1LZ9 A;  1IVM A;  4DC4 A;  5I4W A;  1IWY A;  1JTP L;  2DQG Y;  1IP2 A;  3A8Z A;  3CSZ A;  4KT3 A;  4LYZ A;  4NHI A;  4NG1 A;  3W6D A;  4YOP A;  1IWT A;  3B0O A;  5IEL A;  1RI8 B;  4UWU A;  1DPX A;  1G7I C;  1G7M C;  1TAY A;  1YAN A;  3P4Z A;  3LZT A;  1LHI A;  1QSA A;  4W94 A;  4ZIX A;  5F81 A;  1UCO A;  1LHJ A;  5I53 A;  2YSS C;  3A91 A;  4TUN A;  1ZVH L;  2DQF C;  4NSH A;  1C45 A;  5T3F A;  4DD7 A;  1JKD A;  4MST A;  5LXW A;  1GBW A;  1REZ A;  1JPO A;  2YBL A;  1B7L A;  2C8P A;  4BAP A;  1FLQ A;  1B7N A;  1VFB C;  2BQG A;  3A93 A;  194L A;  3ZVQ A;  2D4I A;  2C8O A;  2H9K A;  4NGV A;  4DYG A;  1NF5 A;  1WQO A;  3OK0 A;  5LVH A;  1B5Y A;  4CFP A;  4WG1 A;  4NGZ A;  3TXI A;  1LMC A;  1TDY A;  2DKV A;  3EMS A;  4WM2 A;  4CHX A;  2D91 A;  4ET9 A;  4WLY A; 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 1EQ5 A;  5LYT A;  1VDQ A;  1LJG A;  1HNL A;  1QDR A;  5APF A;  3WXU A;  1LZ5 A;  1OUA A;  1LSN A;  1LZG A;  1DZB X;  3BKV A;  1HHL A;  4NGY A;  5B05 A;  1JIS A;  1D0M A;  1KIR C;  3A94 A;  5LVG A;  4PHI A;  3ULR A;  4H94 A;  1GEV A;  2CWI A;  3W6C A;  4NHP A;  4HPE A;  1FLY A;  5LA8 A;  3WW5 A;  4B4I A;  2DQI Y;  4GLV A;  5FDJ A;  3P64 A;  4AXT A;  3AGH A;  1HEQ A;  1IOS A;  4LYT A;  5C6I A;  1NDM C;  1JKB A;  1LHH A;  1VAU A;  1JEF A;  5B1G A;  1B9O A;  2X0A A;  4H9A A;  4ETE A;  4ML7 A;  4N9R A;  4DD0 A;  1IOQ A;  1IWV A;  2Z12 A;  5L9J A;  5F9U A;  2F4A A;  2ZIK A;  1E8L A;  1GB3 A;  1JUG A;  2EPE A;  1XFP L;  2F30 A;  4H93 A;  4NWH A;  1GBO A;  1GF8 A;  1YIL A;  1LCN A;  1F6S A;  5B1F A;  4FDY A;  1QTE A;  3A6C Y;  4J1A A;  1QQY A;  2MEB A;  3CT0 A;  5APC A;  1BB4 A;  1GFG A;  3A67 Y;  4DWX A;  1WVV A;  1WVU A;  1FLU A;  4B1A A;  4LGK A;  1JTT L;  1BB5 A;  4NSG A;  4ZEE A;  1LZ6 A;  2Z38 A;  1YIK A;  2DBT A;  2XBS A;  4I8S A;  1D0K A;  5LYZ A;  1XEJ A;  5KXW A;  2BQC A;  1RFP A;  2IHL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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