9LYZA

X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide nam-nag-nam to lysozyme
Total Genus 43

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI'1 (36-39)AH1 (5-15)TII1 (17-20)AH2 (25-36)3H1 (20-22)AH3 (88-100)AH4 (109-115)TI3 (54-57)S1 (43-45)S2 (51-53)TI2 (46-49)S3 (58-59)TI4 (59-62)TIV2 (66-69)TIV1 (60-63)TI5 (69-72)TI6 (74-77)S4 (64-65)S5 (78-79)3H2 (80-83)TVIII1 (85-88)3H3 (104-107)TII2 (115-118)3H4 (121-123)TII3 (124-127)TI1 (39-42)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
publication title X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide NAM-NAG-NAM to lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1979-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 9lyzA00
4NEBA 1F6RA 2LYZA 4NGZA 4ETBA 4H8ZA 2EIZC 1TBYA 2MEIA 1GFGA 2EQLA 2HEDA 4GLVA 4PHIA 4WM5A 5FSTA 1FLWA 1HFYA 2BQIA 3D3DA 3W6EA 4BAFA 1GWDA 3EXDA 1F0WA 2YVBA 1LZSA 4H8XA 5F16A 5FELA 5F14A 4DC4A 5LYTA 153LA 4TWSA 2DQGY 2DQFC 1C43A 1XGRC 1LJHA 4MCKA 5C6IA 2ZQ3A 1HFXA 4RLMA 3IJVA 3E3DA 1D0KA 1GXXA 1OUDA 1DZBX 1UIGA 207LA 3AGIA 4WG7A 4NSJA 4TSCA 5KXKA 1LYOA 1YAPA 193LA 1ZMYL 4HTQA 5I4XA 4IASA 1GHLA 1UC0A 1DQJC 1LZYA 1LSBA 1YROA 2ZYPA 4HTKA 1LSAA 1A2YC 1GB6A 1LSDA 4WL7A 1FDLY 1YKXX 3LN2A 5I53A 4DD7A 5C6LA 1GAZA 3IJUA 4H1PA 1LMCA 3P68A 3A67Y 5J7CA 194LA 5LYMA 1HHLA 4LT3A 4M4OA 1HEMA 4G49A 1B5UA 4WO9A 4CJ2A 5KXTA 1ALCA 1LMOA 4QY9A 1DI3A 4NIJA 1GB5A 2YBIA 3B0IA 4NWEA 5E4PA 1YAQA 2D4IA 4HV1A 5FEKA 1DI4A 5C6JA 1B0DA 1IVMA 1WQQA 2Z38A 4B1AA 3HBEX 1BQLY 4P2EA 3EMSA 5LAFA 4YEMA 2PC2A 4N8ZA 5KJ9A 4J0LA 1HEWA 1LZGA 2I6ZA 4HTNA 2BQMA 4DWXA 4XJDA 4ET9A 3AZ7A 3J6KA 4XENA 1LJNA 3F6ZA 1MELL 1MLCE 1XEKA 5F81A 2MEBA 5LVJA 2ZNWY 1LJGA 2XTHA 2YBLA 4LT0A 3B6LA 2H9KA 4IJ4A 4X3BA 3BKVA 4GCEA 3G3AB 4OWBA 2W1LA 1OUEA 4B4JA 4NG8A 2DQEY 1EQ4A 2HU1A 1GF5A 1IP7A 4H9IA 1NDGC 4NSHA 2BQAA 2FYCA 1IWXA 1UICA 1NWGA 4PGJB 1D0LA 1WTMA 5I54A 3AZ5A 4Z41A 1B5WA 2DQHY 1GFRA 2IFFY 2Z2EA 3WYHA 4Z46A 1VDQA 4UWVA 2DQIY 4WM1A 1B7QA 1NF5A 1YIKA 3OK0A 4YENA 1HMLA 3ATNA 1B5VA 1LSEA 1LHJA 2YBHA 3WVXA 3P64A 1CJ7A 4RLNA 4RW2A 1XSFA 4ANRA 3WMKA 1GB8A 5IDDA 1GF8A 5HMVA 2MEGA 3AGHA 3P4ZA 4UWNA 4NGYA 1J1PY 4UWUA 1NBYC 4DDBA 5HNCA 3RU5A 1GBSA 1BB3A 3TMUA 1IY3A 1JHLA 1GBWA 4H90A 4YOPA 3A91A 1TAYA 3TMWA 1LYYA 5LIOA 1CKCA 9LYZA 1P2CC 1IR9A 3EO5A 4QDNA 1QIOA 1B5YA 4WM4A 4ETEA 1JWRA 1SLYA 5LVGA 4J1BA 1IO5A 4ZIXA 3WU8A 1JSFA 1GB0A 2BAAA 3QY4A 4J1AA 1WQRA 1IOQA 1UIAA 5L3IA 1LMQA 1GB7A 1BGIA 1LYSA 5B06A 5LXWA 1BVKC 1LSNA 4NHTA 2RSCA 1ZVYB 2XBRA 1A4VA 1LKRA 2ZIJA 3HBHA 1GF6A 4DT3A 2LZTA 5KKIA 2Z2FA 4EMNA 4PRQA 1DKJA 1XGTC 1HF4A 4LYTA 4TX7A 2FBBA 1LAAA 1YAMA 2LYMA 4NFVA 4LYZA 3OJPA 4GN3A 1FKQA 4ETCA 3QNGA 3HFMY 4WOAA 1GFTA 3FE0A 2MEEA 1GD6A 154LA 5KKJA 1JKDA 4LT2A 1GAYA 1CKFA 1WQMA 2YSSC 2Z18A 1OQMA 2DQCY 134LA 1UCOA 1QSAA 1V7TA 1LOZA 1WVUA 2CDSA 2BQGA 2W1MA 5FHWA 3M3UA 1GFEA 3KAMA 1IR7A 1YKYX 208LA 1SQ2L 4NGIA 5M1YA 1Z55A 2MEFA 4GLAA 4XJIA 4HJYA 4OWHA 1LMPA 1OUAA 1OUBA 1QTEA 3WUNA 3WW5A 3FI7A 5KXWA 1XGUC 4LGKA 3CSQA 5APCA 132LA 2D4KA 2Y8PA 1C10A 1OUJA 1RFPA 2VB1A 4LFXA 5APDA 1B7RA 1H6MA 4C5FA 2NWDX 1FLYA 5LVIA 4H91A 1CKDA 1FKVA 1GBXA 2F30A 3A94A 2BQDA 1OUGA 4H9CA 1QUSA 1HNLA 5F9UA 1XGQC 1IP6A 1OUFA 4KPMA 2YBMA 4DYGA 3WUMA 5DN5A 4NGJA 4OOOA 1FBIX 3A6CY 2F4GA 4NY5A 3WPLA 5LINA 1QQYA 2A7FA 4WLTA 1IY4A 4XJGA 3WL2A 1OUIA 1W6ZA 4ETAA 3LYTA 4J7VA 1XEJA 1IX0A 2YDGA 1IC4Y 1JTTL 1YILA 2WARA 3B72A 2MEHA 4HJVA 1DXJA 1YL1X 1GFAA 4DD0A 1IWUA 1IC5Y 1IP5A 5A3EA 4ETDA 1IORA 4WO6A 1LSPA 2N5ZA 3WULA 1QTKA 1GE0A 2BQFA 1BWJA 1UIFA 5E9RA 1JTOL 3HBDA 3TXEA 2C8PA 1DPWA 1VATA 4OOTA 1B7MA 1LZRA 1LZTA 1V7SA 1YAOA 2GV0A 1HMKA 4LYCA 4OWAA 1REXA 4M6DA 4AGAA 1QDTA 1RI8B 3AZ4A 1JISA 1LSYA 2ZYCA 3G3BB 1IP4A 1UBZA 1REMA 5F9XA 1RCMA 1W08A 2BQCA 4HSFA 4XJBA 3AW7A 1DKKA 3TXDA 4NGLA 3WW6A 3TXKA 4QEQA 1B7LA 1LJKA 1UUZC 3WUAA 1LMAA 1HSWA 2ZIKA 1EL1A 1GFJA 4B0DA 1IP1A 1EQ5A 3K3TA 4RW1A 1BB5A 2H9JA 4LT1A 4W96A 4DD3A 6LYTA 4XJHA 2BQLA 1LYZA 4B4EA 3LZ2A 4R0FA 1INUA 1GXV2 1VDPA 4G4BA 5LA5A 1LHLA 1YKZX 4L41A 3AJNA 1LKSA 4LZTA 3GXRA 1QDRA 1FLQA 3J4GA 2C8OA 2MEDA 1IP2A 1GDXA 1O23A 1F6SA 1GF0A 2ZNXY 1JTPL 2BQEA 4MSTA 2F2NA 5DLAA 1JEFA 1GEZA 1IP3A 1OUHA 2DKVA 1LHKA 5L3HA 4GCCA 4KT3A 4FDYA 4II8A 3RNXA 4GCBA 4C3WA 5KXSA 1LHHA 1LZNA 3ATOA 1BWIA 1VEDA 3LYZA 4N1EI 1VDTA 5B05A 2BQNA 4U3XB 5DN4A 2D91A 2DQDY 4N9RA 4R6CA 2HEEA 4NSGA 4WMGA 1I1ZA 5APFA 1FLUA 5II3A 4NHPA 1TDYA 2BQJA 5KXZA 1IIZA 1BB6A 1PZYA 1IOTA 1YQVY 4AXTA 1KXYA 4CHXA 3TXFA 1B7NA 3GXKA 4LFPA 4HPIA 1G7LC 4FJRA 1J1OY 1OUCA 4NGWA 3W6AA 1LSCA 5EBHA 3TXHA 2A7DA 3A3RX 4N0JA 4OWEA 1KIPC 3AB6A 1HFZA 4DD2A 5I5QA 1QSWA 1GPQC 4BS7A 4TUNA 3LYOA 4Z98A 2Z37A 1IC7Y 1IR8A 135LA 3AGGG 1G7JC 3CB7A 1JUGA 1C7PA 3AYQA 3LHMA 4XYYA 3WPKA 4NHIA 4PJ2C 4YF2A 4WL6A 1KIRC 1BVXA 1T3PA 2DBTA 1BB4A 1I56A 1GF7A 1AKIA 1XEIA 5DL9A 3N9EA 4N1CC 1BB7A 3A8ZA 1LZ6A 4MR1A 1LCNA 5JENB 4H9HA 1EQEA 5KXXA 4H9AA 1IWTA 8LYZA 5D5CA 3WVYA 1LJEA 4HV2A 4XADA 1LSGA 1JJ0A 2H5ZA 1GE3A 2Z19A 4B4IA 1RJCB 3AZ6A 4ML7A 3TXIA 3WH1A 1JSEA 3A92A 2LHMA 1AZFA 1CJ9A 4PRUA 4CFPA 1LJ4A 1B7PA 1UIEA 1WTNA 1XFPL 3A90A 4H9FA 4HPEA 1WQPA 1VDSA 3LYMA 1ZVHL 1TEWA 4NG1A 4WG1A 1CJ8A 1LJ3A 1DPXA 3AW6A 3N9AA 1HEPA 1IOCA 1B2KA 1QUTA 2ZQ4A 4BADA 2F4AA 2YBJA 3CSZA 1LTMA 3W6BA 1GBYA 1LJIA 5I4WA 1GB2A 4RDSA 4ET8A 2HUBA 1GFKA 1T6VL 1TCYA 4KL7A 1GBOA 5KXMA 1JJ3A 1G7HC 5KY1A 4N5RA 3W6FA 1B7SA 4XJFA 4WM2A 1LHIA 1LSMA 1JJ1A 4OW1A 5LVKA 4Z3MA 5L9JA 1F10A 3CT5A 4LYOA 4GCDA 3QE8A 4H8YA 4WM6A 3TXJA 1B5XA 1JKCA 4PPOA 3WU7A 2BQBA 4TTDA 5HQ1A 1GF3A 2Z12A 4IATA 1FN5A 5B1FA 4E3UA 1D9UA 4CFOA 7LYZA 1JITA 5ILFA 1RE2A 1NKHA 5AMYA 4H92A 2DQJY 4YEOA 1ZV5L 5LYZA 1LZ4A 1E8LA 6LYZA 4HP0A 5KXYA 3CSRA 5A3ZA 3D9AC 3CT0A 1LHMA 3A34A 2D6BA 1AT5A 1IWZA 1G7MC 3P66A 4KXIA 2G4QA 1NMMA 5LVHA 1GFUA 4I8SA 3WXUA 2CWIA 1LZAA 3A95A 1LZ5A 2HEFA 5T3FA 1LZ1A 4WLDA 3TMXA 2HTXA 1GB9A 2BPUA 1AM7A 1GFVA 5HLLA 1J1XY 2CGIA 2HECA 1WVVA 1GFHA 2BLYA 4O34A 1HSXA 3A96A 4H94A 1NDMC 4HJZA 3RZ4A 3RT5X 4DDAA 3VWOA 1IEEA 1LPIA 4H9EA 1NQIA 1KIQC 4WLYA 1JKAA 2EKSC 1JPOA 133LA 1JIYA 4BAPA 2MEAA 2ZWBA 5B1GA 2ZILA 4DD1A 2BQOA 1N4FA 1LZ8A 3WU9A 1HENA 1LJJA 1LZBA 2W1YA 2XJWA 1LZDA 5ILCA 2D4JA 3WPJA 3ZVQB 2HU3A 2Q0MX 1BWHA 4B49A 2XBSA 2W1XA 4H93A 3P65A 1HELA 3EBAB 3TMVA 3A3QA 3WXTA 4ZFPA 2DQAA 4CGEA 1HEOA 1AT6A 1GF9A 1D0MA 4QGZA 5D5FA 1PS5A 5DM9A 4A7DA 3T6UA 1LMNA 2B5ZA 1WQNA 1REYA 1CJ6A 1GB3A 1GEVA 4G4CA 1VFBC 1VAUA 3A93A 1CKHA 2X0AA 1XGPC 5APEA 2HEAA 2YBNA 4DD9A 3CT1A 5HNLA 2I26L 1LSZA 2LYOA 5B07A 1GE1A 2Z39A 5IELA 1KXWA 1YANA 2IHLA 1IWYA 5LA8A 3A6BY 5KXOA 1LSFA 1IOSA 3M18B 2HEBA 4LYMA 4YM8A 4G4HA 4WLXA 4G9SA 1I20A 4NWHA 2FBDA 2I25L 1D6QA 4NHSA 1UIDA 1JKBA 4OWCA 1G7IC 3IWRA 1IWVA 3W6CA 2CJLA 5KXNA 3B0OA 1HC0A 4GCFA 1C45A 1LZEA 3LZTA 1OP9B 1REZA 1DI5A 2G4PA 4NSIA 2LZ2A 1CKGA 4H9BA 1NBZC 4GN5C 1IWWA 1UIHA 3BKHA 2BQKA 5B59A 1LZ9A 1GBZA 1UIBA 5FDJA 1BHZA 1HEQA 2EPEA 3MGWA 1LJFA 4NGVA 4NGKA 3W3EA 5FCPA 5KXLA 4ZEEA 3TXBA 1KXXA 1LMTA 1B5ZA 1C08C 2G4NA 4NHQA 1B7OA 4W94A 1GE4A 3TXGA 4XN6A 3W6DA 5LAGA 4D9ZA 1D6PA 5HMJA 4I0CA 2FYDA 3CQLA 1UACY 4DDCA 1H87A 3T36A 5KXRA 3ULRA 2AUBA 5K7OA 4GN4A 4WM3A 3N9CA 4TSBA 1YL0X 1CNSA 5KXPA 4EOFA 4LYBA 1B9OA 1C46A 2BLXA 3B0KA 1UA6Y 1LZCA 1GF4A 5IHGA 2BQHA 4NGOA 5I4YA 1HERA 1WQOA 2MECA 3SP3A 3ZEKA 1GDWA 1GE2A 3RW8A 1NHEA 3ZVQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HTFA 1F6RA 1TBYA 2EQLA 4WM5A 1L35A 3EXDA 153LA 2DQGY 1C43A 1CU0A 2ZQ3A 3E3DA 4ARMA 1GXXA 4TSCA 2HUKA 4HTQA 1LZYA 2ZYPA 1PQIA 1LSAA 4WL7A 218LA 4DD7A 212LA 3P68A 5J7CA 5LYMA 1HHLA 4LT3A 1KY0A 4M4OA 1LMOA 166LA 210LA 3B0IA 1IVMA 4I7JA 1WQQA 2Z38A 4B1AA 1G0JA 3EMSA 1LYJA 1SWYA 4J0LA 137LA 4XJDA 1LJNA 3F6ZA 2ZNWY 3C7YA 4LT0A 2H9KA 175LA 4GCEA 1L01A 171LA 2W1LA 1OUEA 4NG8A 1EQ4A 228LA 2FYCA 3HH3A 3D4SA 2DQHY 3WYHA 1CV5A 163LA 4UWVA 2DQIY 2RAZX 1B7QA 4ARQA 1HMLA 1B5VA 4EPFA 1P3NA 3P64A 1P64A 1CJ7A 4ANRA 1CUPA 1L59A 2RBSA 2B70A 3WMKA 5HMVA 4NGYA 4DDBA 1NBYC 3TMUA 1JHLA 4H90A 3A91A 1TAYA 5LIOA 1L44A 1EPYA 1SLYA 4ZIXA 1JSFA 4J1AA 1CX6A 1LMQA 5B06A 5LXWA 1LWGA 3G3VA 1OVHA 2ZIJA 4DT3A 2Z2FA 161LA 4LYZA 3OJPA 4ETCA 4EKRA 1GFTA 2MEEA 154LA 191LA 239LA 1JKDA 1CKFA 2YSSC 1DYCA 1UCOA 2CDSA 2LZMA 1GFEA 3KAMA 1SQ2L 3HH5A 2MEFA 4DWXA 1SWZA 4HJYA 4PK0A 1LMPA 1XGUC 1L02A 1C10A 3C8RA 3FI5A 1FKVA 1GBXA 2F30A 1QUSA 1XGQC 1IP6A 4KPMA 3WUMA 1D2YA 1L15A 5DN5A 243LA 5LINA 1QQYA 1L34A 1P6YA 3C81A 1L64A 1P46A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NEB A;  1F6R A;  2LYZ A;  4NGZ A;  4ETB A;  4H8Z A;  2EIZ C;  1TBY A;  2MEI A;  1GFG A;  2EQL A;  2HED A;  4GLV A;  4PHI A;  4WM5 A;  5FST A;  1FLW A;  1HFY A;  2BQI A;  3D3D A;  3W6E A;  4BAF A;  1GWD A;  3EXD A;  1F0W A;  2YVB A;  1LZS A;  4H8X A;  5F16 A;  5FEL A;  5F14 A;  4DC4 A;  5LYT A;  153L A;  4TWS A;  2DQG Y;  2DQF C;  1C43 A;  1XGR C;  1LJH A;  4MCK A;  5C6I A;  2ZQ3 A;  1HFX A;  4RLM A;  3IJV A;  3E3D A;  1D0K A;  1GXX A;  1OUD A;  1DZB X;  1UIG A;  207L A;  3AGI A;  4WG7 A;  4NSJ A;  4TSC A;  5KXK A;  1LYO A;  1YAP A;  193L A;  1ZMY L;  4HTQ A;  5I4X A;  4IAS A;  1GHL A;  1UC0 A;  1DQJ C;  1LZY A;  1LSB A;  1YRO A;  2ZYP A;  4HTK A;  1LSA A;  1A2Y C;  1GB6 A;  1LSD A;  4WL7 A;  1FDL Y;  1YKX X;  3LN2 A;  5I53 A;  4DD7 A;  5C6L A;  1GAZ A;  3IJU A;  4H1P A;  1LMC A;  3P68 A;  3A67 Y;  5J7C A;  194L A;  5LYM A;  1HHL A;  4LT3 A;  4M4O A;  1HEM A;  4G49 A;  1B5U A;  4WO9 A;  4CJ2 A;  5KXT A;  1ALC A;  1LMO A;  4QY9 A;  1DI3 A;  4NIJ A;  1GB5 A;  2YBI A;  3B0I A;  4NWE A;  5E4P A; 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 1CJ6 A;  1GB3 A;  1GEV A;  4G4C A;  1VFB C;  1VAU A;  3A93 A;  1CKH A;  2X0A A;  1XGP C;  5APE A;  2HEA A;  2YBN A;  4DD9 A;  3CT1 A;  5HNL A;  2I26 L;  1LSZ A;  2LYO A;  5B07 A;  1GE1 A;  2Z39 A;  5IEL A;  1KXW A;  1YAN A;  2IHL A;  1IWY A;  5LA8 A;  3A6B Y;  5KXO A;  1LSF A;  1IOS A;  3M18 B;  2HEB A;  4LYM A;  4YM8 A;  4G4H A;  4WLX A;  4G9S A;  1I20 A;  4NWH A;  2FBD A;  2I25 L;  1D6Q A;  4NHS A;  1UID A;  1JKB A;  4OWC A;  1G7I C;  3IWR A;  1IWV A;  3W6C A;  2CJL A;  5KXN A;  3B0O A;  1HC0 A;  4GCF A;  1C45 A;  1LZE A;  3LZT A;  1OP9 B;  1REZ A;  1DI5 A;  2G4P A;  4NSI A;  2LZ2 A;  1CKG A;  4H9B A;  1NBZ C;  4GN5 C;  1IWW A;  1UIH A;  3BKH A;  2BQK A;  5B59 A;  1LZ9 A;  1GBZ A;  1UIB A;  5FDJ A;  1BHZ A;  1HEQ A;  2EPE A;  3MGW A;  1LJF A;  4NGV A;  4NGK A;  3W3E A;  5FCP A;  5KXL A;  4ZEE A;  3TXB A;  1KXX A;  1LMT A;  1B5Z A;  1C08 C;  2G4N A;  4NHQ A;  1B7O A;  4W94 A;  1GE4 A;  3TXG A;  4XN6 A;  3W6D A;  5LAG A;  4D9Z A;  1D6P A;  5HMJ A;  4I0C A;  2FYD A;  3CQL A;  1UAC Y;  4DDC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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