9LYZA

X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide nam-nag-nam to lysozyme
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide NAM-NAG-NAM to lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1979-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 9lyzA00
3WH1A 5IHGA 4XJGA 3E3DA 2YVBA 1UIFA 4GCFA 2FYDA 3W6FA 1JWRA 2DKVA 3A91A 2C8PA 1LZRA 4ET9A 1LJHA 5B59A 2HU1A 5LINA 3P64A 5F9UA 4H8ZA 1B5ZA 1LMCA 1IY4A 3A8ZA 1IORA 1BWJA 1NMMA 3BKHA 3J4GA 3F6ZA 3TXGA 2I26L 3AZ7A 5K7OA 1JUGA 1IWVA 1LSBA 4LYBA 2D4IA 1IP4A 1QUTA 5KXNA 1B7MA 4WL7A 1LZTA 4NGJA 5ILFA 2HU3A 5KXMA 2XJWA 4H94A 1LOZA 3AJNA 4H90A 3W6AA 3HBEX 3HBDA 2FBDA 3MGWA 4LYCA 5B07A 3RT5X 2XTHA 3TXBA 3IJUA 1B5XA 1GB2A 1OUBA 1WTNA 4ZFPA 4OWEA 2I25L 4XYYA 1YILA 1HC0A 1LMAA 4YEMA 5LA5A 1IOSA 1I1ZA 1VAUA 1LZGA 3WVYA 2CJLA 4HPIA 4NSJA 4O34A 4XN6A 4W96A 4GLVA 154LA 1UICA 1G7MC 3TMXA 4DD7A 5KXLA 1LHIA 1NWGA 1IOQA 4AGAA 1FLUA 4H93A 1GFEA 4U3XB 4XJDA 1NKHA 6LYZA 1T3PA 3WU8A 1XEKA 1GE3A 3OK0A 1BHZA 3WUMA 4OWCA 2FBBA 2FYCA 1P2CC 1RE2A 2BQJA 4LT1A 5E9RA 4ML7A 3N9CA 1IY3A 4ETDA 5F14A 3TXEA 4B1AA 1F6SA 4H9FA 1GF0A 1IR7A 1HMLA 1N4FA 3AW7A 2PC2A 3WU9A 5APCA 2H5ZA 1OUHA 5F16A 5L3HA 2DQGY 1CKDA 1LSGA 4BADA 3BKVA 2ZIKA 3ATOA 5DN4A 1HERA 4N8ZA 2A7FA 4DT3A 1GBSA 1B0DA 1GE0A 1GF6A 5F81A 2BQEA 1LYZA 1LPIA 2BQDA 1C45A 4Z98A 1DKJA 4OWAA 5KXOA 1GXV2 3RU5A 4M6DA 5JENB 4NIJA 3FE0A 1WVUA 3QNGA 1OUEA 4LT3A 5L9JA 1IR9A 5DL9A 1BB4A 2A7DA 3LN2A 1B2KA 1GF3A 1JEFA 2I6ZA 4N0JA 5A3EA 1LZAA 1GFRA 1RJCB 2ZQ3A 3WPKA 2WARA 1HFYA 3LYOA 4J1AA 3D9AC 1UIGA 5LVGA 1QIOA 1OUAA 2DQJY 1IWYA 1JIYA 4NSIA 3WVXA 4WM3A 1KIRC 1FLWA 4HP0A 4UWUA 4NG8A 2Q0MX 2HUBA 1XGRC 1JPOA 5APEA 3TXJA 4BS7A 1B7LA 4G4CA 3WXUA 1YAMA 1JISA 4FDYA 3LHMA 1IEEA 1CKFA 3WU7A 5I53A 4WM6A 3CSQA 3GXKA 1J1PY 1G7HC 4OWBA 3RNXA 5A3ZA 3AZ4A 1D9UA 4H92A 1GB3A 1LMPA 4PRUA 2XBRA 4XENA 2LZTA 1GBXA 2YSSC 5M1YA 1WVVA 4H8YA 3TXFA 1UIDA 4LYTA 3AZ6A 2G4NA 3TMWA 1RI8B 3CT1A 4DDAA 5KJ9A 2EPEA 1KIPC 3B0IA 4MCKA 3WYHA 2HTXA 1GF5A 2Z2EA 2ZQ4A 3WPLA 3CSZA 1SLYA 3A92A 1IO5A 3TXHA 1BGIA 3LYMA 4YEOA 1UA6Y 1YL0X 5II3A 1GB0A 1HELA 5FELA 1IWWA 3AW6A 2W1XA 1BWHA 5LAFA 1IWUA 1UCOA 3KAMA 1IX0A 1JKBA 2Z39A 4NWHA 4DD3A 2W1YA 1YKZX 4RW2A 1LJIA 3WL2A 3WW5A 4WLTA 2YBLA 5C6LA 2ZWBA 1H87A 1CJ8A 1GFAA 4L41A 3A96A 133LA 1AM7A 3A6CY 4TX7A 3EMSA 1XEIA 5I54A 4PPOA 5LYTA 2H9JA 1B7SA 3W3EA 1AKIA 1PZYA 1LMQA 1GEZA 1LSZA 4M4OA 1YAQA 1UACY 4XJIA 1YQVY 4ANRA 1LZCA 3ZVQA 1WQQA 4GCCA 1DXJA 2BQNA 1D6QA 3TXDA 5I4WA 1D6PA 5DN5A 4UWVA 1GFHA 3EBAB 1B7PA 4PRQA 1CNSA 4ZEEA 4LZTA 5KXRA 2D91A 2MEHA 1INUA 2ZYPA 1D0LA 3IJVA 4B4EA 2BQLA 4ET8A 4R6CA 4W94A 1GEVA 1BB5A 5E4PA 1GDXA 1JHLA 1QUSA 3CB7A 5LA8A 2MEBA 5KXKA 1LZDA 2ZILA 1LSEA 2Z38A 134LA 5APDA 1HHLA 2YBNA 3G3BB 1A4VA 1JSFA 2N5ZA 4J7VA 1YKYX 5D5FA 4Z41A 1DQJC 5DLAA 1ZVHL 4WLXA 3B0KA 3LZTA 2RSCA 1GXXA 1C08C 1HEOA 1XGQC 1JTPL 1NDMC 1XGPC 3A6BY 1LZ4A 3AZ5A 1GB8A 1OUIA 2X0AA 4LT2A 1H6MA 1F0WA 1REYA 3WMKA 1BVXA 4H9IA 3T6UA 6LYTA 3EXDA 1IVMA 5HQ1A 3WW6A 1IC5Y 2D4KA 4NSGA 1LSYA 1GAZA 2VB1A 2CGIA 2BQBA 4LYMA 3A95A 4HTKA 2BLYA 4WM5A 1CJ9A 3AGIA 1GE4A 3W6DA 1B7OA 5HNCA 4DD1A 7LYZA 1NBZC 1WQPA 1GB7A 5I4XA 2G4QA 3J6KA 1GFTA 4I8SA 5DM9A 5EBHA 1IOCA 5APFA 1LJKA 1F10A 1GWDA 4WM1A 9LYZA 1HEMA 4OOOA 4GN5C 1LJEA 4G9SA 2LHMA 1YKXX 1VATA 5B1FA 5KXXA 1B9OA 4QGZA 5L3IA 1V7TA 4YM8A 2IFFY 1SQ2L 1OUFA 1QDTA 1JITA 4WG7A 1EQ4A 4UWNA 1YROA 4DD2A 3ZEKA 1LKRA 1IP7A 1I56A 1OUCA 1VEDA 1KXYA 2YBMA 1XGUC 3B72A 1YAPA 3EO5A 3ZVQB 4P2EA 1LSAA 3ULRA 4B0DA 1IP1A 1WQOA 5KKJA 1E8LA 5LVIA 4XADA 1NDGC 1REMA 1EQ5A 1WQNA 1QDRA 2MEGA 1BB7A 4HJYA 4HTQA 4HV2A 4NGWA 2F4GA 1IC7Y 2DQFC 1REXA 1VDTA 4GN4A 4TSCA 5B1GA 1LJ4A 1OQMA 1GE1A 1LJNA 1PS5A 2DQDY 1JKDA 1GFKA 1LJGA 3TMUA 4ETEA 1NBYC 3A93A 4CFPA 1J1OY 4NHQA 1IWZA 1GB9A 1GF7A 2Z19A 4R0FA 5HNLA 3RZ4A 2BQFA 3A3RX 1BB3A 4TWSA 1IOTA 1GAYA 1GF4A 1HFZA 2F2NA 5KXWA 1VDQA 4WLDA 4HV1A 3TXIA 4WM4A 1FLYA 1DPXA 1NF5A 1D0MA 2EQLA 3HFMY 1DI3A 4G4BA 3P68A 2H9KA 4D9ZA 193LA 1D0KA 3AGGG 5C6IA 3WULA 4TSBA 1ZV5L 4YF2A 4IJ4A 4II8A 4TTDA 1IC4Y 1T6VL 4ETBA 1LHJA 1B7NA 4PHIA 3LYZA 4GCBA 1HF4A 1GPQC 1LZEA 1ZVYB 3TXKA 1LYYA 1KIQC 1LSNA 2DQHY 2DQCY 3QE8A 4MSTA 4TUNA 1QQYA 4NY5A 3QY4A 4KPMA 1GHLA 3W6EA 1FBIX 3D3DA 4WM2A 2DBTA 1JKAA 1NHEA 1XFPL 132LA 1GBYA 1G7JC 1LZBA 3CT0A 4E3UA 2HEBA 4CJ2A 1LZ8A 4NGKA 1LHMA 1HEWA 1LZNA 2BAAA 3P65A 5C6JA 4H91A 4MR1A 1JTTL 1BVKC 1A2YC 3B0OA 5B05A 5HLLA 5I4YA 5J7CA 4WOAA 4J1BA 2HEDA 4OW1A 2BQAA 4NGVA 4RLMA 2B5ZA 5T3FA 1G7LC 1GBOA 1MELL 1UIHA 4CHXA 1JJ0A 1GFJA 1GFVA 1KXXA 2LYMA 4N1CC 4NFVA 4DWXA 4DYGA 135LA 5KKIA 1J1XY 1Z55A 4HPEA 1QSAA 1IIZA 3AB6A 1REZA 3LYTA 1DI4A 1YIKA 1HSXA 2HEFA 2ZYCA 4ETAA 1BQLY 2BPUA 4A7DA 3K3TA 5FEKA 4BAFA 5IDDA 1GBWA 4ETCA 4C3WA 4LGKA 4GLAA 1HEPA 4B4JA 4H8XA 1IWXA 1LZYA 2Y8PA 5LXWA 1GD6A 1TCYA 4WO6A 1JJ3A 2NWDX 1MLCE 194LA 2MEAA 1AT5A 2MECA 4KT3A 2YBHA 4NHIA 1JKCA 1GF9A 4CGEA 4Z46A 1JJ1A 1WTMA 1DI5A 1LSMA 2BQCA 5LVKA 4KXIA 1QTKA 1EL1A 1UC0A 3A34A 1C46A 3P4ZA 4XJBA 1HNLA 2D4JA 2F30A 1LZ9A 4KL7A 4OOTA 4CFOA 1CKHA 1NQIA 1LSCA 1GB5A 1B5WA 2BQKA 2GV0A 2LYOA 2Z2FA 1LAAA 4NGOA 5KXSA 3GXRA 1LZSA 3CQLA 2YBIA 4H9EA 4EOFA 1FDLY 1GDWA 1CKCA 1FLQA 1LMOA 1LKSA 1LSPA 2EKSC 4LFPA 4NHSA 4H9AA 1GBZA 1KXWA 3LZ2A 3TMVA 1UBZA 1G7IC 1CJ6A 4J0LA 1IR8A 4N1EI 1HMKA 1QSWA 1WQRA 2DQEY 1AT6A 4XJHA 5AMYA 3W6CA 1JTOL 2CDSA 2DQAA 1FKVA 2MEDA 2MEIA 1W6ZA 1OUGA 3M3UA 1W08A 5HMJA 1YAOA 2BLXA 1IP3A 2MEFA 5KXZA 4I0CA 1LMTA 2F4AA 1LHHA 1ALCA 1FN5A 3RW8A 1TDYA 8LYZA 1WQMA 3WUAA 1OUJA 2Z18A 1B5VA 1AZFA 1GB6A 4OWHA 4YOPA 5B06A 1GFUA 2HEEA 3VWOA 1LJ3A 1CKGA 3W6BA 1GF8A 3OJPA 1GE2A 5I5QA 4QY9A 1LTMA 4NWEA 3G3AB 4H9BA 5LVJA 4NGYA 4EMNA 3CT5A 4DD9A 2G4PA 2D6BA 2BQGA 3T36A 3P66A 2XBSA 1LZ5A 1CJ7A 1BB6A 2ZNXY 2YDGA 1C10A 4RW1A 1C7PA 1RFPA 5KXYA 1V7SA 4NEBA 4X3BA 2DQIY 1C43A 5KXPA 4G49A 3WPJA 2W1LA 1LJFA 4DD0A 1BWIA 1HFXA 1IP2A 4N5RA 3A3QA 1UIAA 4DDCA 1ZMYL 1LHKA 4HJZA 4WO9A 1IP6A 3WXTA 4LYZA 4QDNA 3CSRA 1XSFA 1B7RA 3M18B 4LFXA 2BQOA 1TBYA 5D5CA 3SP3A 1LHLA 5LYZA 1UIBA 1XGTC 4NSHA 5F9XA 1LCNA 4IATA 4GCDA 2C8OA 5HMVA 4H9HA 1UUZC 4DC4A 4C5FA 1LYOA 3FI7A 1B5UA 3ATNA 4NHTA 207LA 5FHWA 2LYZA 1YL1X 5LIOA 4QEQA 1IP5A 5LYMA 2BQHA 1UIEA 2AUBA 2EIZC 1DKKA 4LT0A 4PGJB 2MEEA 5LAGA 1OP9B 4GCEA 3A94A 2ZNWY 4WG1A 4WLYA 5FCPA 5IELA 5KXTA 3A90A 3AYQA 1B7QA 1LJJA 1YANA 1B5YA 1O23A 4HJVA 4H1PA 4RLNA 4XJFA 1LSDA 1OUDA 4B4IA 153LA 3B6LA 4H9CA 2W1MA 4RDSA 1LYSA 1LZ6A 3N9EA 4NGIA 4B49A 1HEQA 4NHPA 1HENA 2BQIA 4HSFA 4NGLA 4Z3MA 3WUNA 208LA 5KY1A 2IHLA 1VDPA 3N9AA 4BAPA 5LVHA 5ILCA 5FSTA 1HSWA 1TEWA 2HECA 2ZIJA 4FJRA 2CWIA 4YENA 1JSEA 2HEAA 3A67Y 4NG1A 1QTEA 4AXTA 1IWTA 4DDBA 3AGHA 2YBJA 3HBHA 1RCMA 2Z37A 4HTNA 4IASA 1VDSA 1XEJA 4GN3A 4LYOA 2Z12A 4PJ2C 2LZ2A 4NGZA 1GFGA 1VFBC 1I20A 3IWRA 1LZ1A 1EQEA 1LMNA 4G4HA 4WMGA 1TAYA 1DZBX 1F6RA 1LSFA 4N9RA 4WL6A 5FDJA 1FKQA 2BQMA 1DPWA 4ZIXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIFA 1L18A 1L76A 1LZRA 3ODUA 5LINA 1B5ZA 1IY4A 3J4GA 1NMMA 3F6ZA 1LSBA 4LYBA 2D4IA 4W59A 1L75A 5KXNA 3NYAA 4WL7A 1LZTA 5KXMA 260LA 4H90A 3W6AA 3HBDA 5B07A 1DYAA 2XTHA 1B5XA 119LA 1LMAA 4YEMA 1IOSA 3WVYA 1LZGA 4HPIA 4O34A 4W96A 1UICA 3TMXA 5KXLA 1CU2A 1LHIA 1FLUA 1QT4A 1KY1A 4U3XB 1BHZA 4W58A 1L20A 3DN8A 128LA 3QAKA 3HDFA 1F6SA 1HMLA 2PC2A 5APCA 1OUHA 1CKDA 5DN4A 1HERA 232LA 4DT3A 5F81A 262LA 161LA 1LWKA 5JENB 4M6DA 1D3JA 3C82A 3FE0A 1WVUA 4PK0A 1OUEA 5L9JA 1LZAA 1GFRA 2ZQ3A 1HFYA 4W51A 5LVGA 1OUAA 3WVXA 1KIRC 4I7MA 1XGRC 1JPOA 1LYEA 3TXJA 1YAMA 1L49A 4FDYA 196LA 1G0JA 228LA 3F8VA 5I53A 182LA 1J1PY 1G7HC 4OWBA 3RNXA 5A3ZA 1P37A 2XBRA 4H8YA 167LA 1UIDA 1RI8B 1C69A 233LA 2Z6BA 3CSZA 1SLYA 159LA 1IO5A 4YEOA 183LA 1QT5A 1QS5A 2W1XA 1BWHA 3KAMA 1IX0A 2Z39A 3WL2A 174LA 1KNIA 4TX7A 1L27A 1L92A 1LMQA 156LA 1GEZA 1L38A 1C6DA 4ANRA 1LZCA 1L43A 1WQQA 2BQNA 5I4WA 1D6QA 1LYGA 3TXDA 3C7ZA 4UWVA 1L66A 3CDTA 1B7PA 3SB5A 4B4EA 1D0LA 1PQKA 1GEVA 3CB7A 2MEBA 214LA 2ZILA 1CTWA 2Z38A 1L03A 1JSFA 3C81A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WH1 A;  5IHG A;  4XJG A;  3E3D A;  2YVB A;  1UIF A;  4GCF A;  2FYD A;  3W6F A;  1JWR A;  2DKV A;  3A91 A;  2C8P A;  1LZR A;  4ET9 A;  1LJH A;  5B59 A;  2HU1 A;  5LIN A;  3P64 A;  5F9U A;  4H8Z A;  1B5Z A;  1LMC A;  1IY4 A;  3A8Z A;  1IOR A;  1BWJ A;  1NMM A;  3BKH A;  3J4G A;  3F6Z A;  3TXG A;  2I26 L;  3AZ7 A;  5K7O A;  1JUG A;  1IWV A;  1LSB A;  4LYB A;  2D4I A;  1IP4 A;  1QUT A;  5KXN A;  1B7M A;  4WL7 A;  1LZT A;  4NGJ A;  5ILF A;  2HU3 A;  5KXM A;  2XJW A;  4H94 A;  1LOZ A;  3AJN A;  4H90 A;  3W6A A;  3HBE X;  3HBD A;  2FBD A;  3MGW A;  4LYC A;  5B07 A;  3RT5 X;  2XTH A;  3TXB A;  3IJU A;  1B5X A;  1GB2 A;  1OUB A;  1WTN A;  4ZFP A;  4OWE A;  2I25 L;  4XYY A;  1YIL A;  1HC0 A;  1LMA A;  4YEM A;  5LA5 A;  1IOS A;  1I1Z A;  1VAU A;  1LZG A;  3WVY A;  2CJL A;  4HPI A;  4NSJ A;  4O34 A;  4XN6 A;  4W96 A;  4GLV A;  154L A;  1UIC A;  1G7M C;  3TMX A;  4DD7 A;  5KXL A;  1LHI A;  1NWG A;  1IOQ A;  4AGA A;  1FLU A;  4H93 A;  1GFE A;  4U3X B;  4XJD A;  1NKH A;  6LYZ A;  1T3P A;  3WU8 A;  1XEK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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