1VDPA

The crystal structure of the monoclinic form of hen egg white lysozyme at 1.7 angstroms resolution in space
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the monoclinic form of hen egg white lysozyme at 1.7 angstroms resolution in space
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 41
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1vdpA00
2H5ZA 1GF0A 1DQJC 1XGUC 1BWIA 2N5ZA 1LMAA 4R0FA 5E9RA 2YBHA 1LZ9A 4HTQA 4GN4A 4NGWA 1G7HC 1LSCA 1IP3A 1EQ5A 1GE2A 1KXYA 1SQ2L 1YILA 4WM3A 3W3EA 5B05A 1GF7A 1GB3A 2BQNA 4LYCA 1JEFA 1OP9B 5DN5A 2ZYPA 208LA 1NMMA 1GE3A 3CSZA 1C43A 4NGLA 4WLDA 4UWUA 1FLWA 5C6JA 4H92A 2BQGA 4LT2A 1HNLA 4H9HA 1C10A 4GCFA 1BVKC 1UIDA 1YAMA 1LJ3A 1GB0A 4ETBA 1QSAA 1OUFA 1IP7A 4WLTA 2HEAA 1LSPA 2DQDY 4GN3A 1LSDA 1B7SA 4ETDA 3WUMA 1QUSA 1CJ9A 4UWVA 3W6CA 4HPEA 2I6ZA 1ZMYL 9LYZA 1IWVA 1GAYA 4J7VA 1XGQC 1GFUA 135LA 1GXV2 1OUGA 4DD7A 1B5UA 1FKVA 1G7IC 3AZ4A 1GFTA 3GXKA 3BKHA 4XADA 4H8ZA 4RDSA 1GDWA 2MEFA 1FLYA 2C8OA 3RT5X 1T6VL 2ZWBA 1T3PA 1IC5Y 2BQEA 4WMGA 3TMWA 2ZILA 4BS7A 1HEWA 4NGJA 1LZGA 3TXKA 4WLXA 1YIKA 1GB7A 3A3QA 5KXLA 3WXUA 1WVVA 4M4OA 4HTKA 5I53A 4FDYA 4RLMA 5FCPA 1B5XA 1IR8A 3TMXA 1LJGA 2XTHA 3AW7A 1TEWA 4DDCA 4IATA 4NIJA 3KAMA 1TBYA 4TSCA 3W6BA 4H9CA 1OUDA 1WQRA 1IP2A 1F6SA 2BQCA 2DBTA 4PGJB 1SLYA 1IWXA 194LA 5I4WA 3TMVA 4WM2A 1KXXA 4CFPA 3P64A 1DKKA 2DQGY 4ANRA 1UIAA 1B7MA 4FJRA 5D5FA 5B07A 1GE1A 1GFRA 5DM9A 4GLAA 4LFPA 1B2KA 1HELA 4NHPA 1DI5A 1B5WA 4NGIA 2HU3A 2MEAA 2YBLA 2MEEA 2BQJA 1GF8A 2D4IA 1CKHA 1IWWA 1RCMA 4OOOA 1DXJA 1GF9A 2LYOA 4NWHA 1OUIA 1LJHA 4TX7A 1LSZA 1YL1X 1D6PA 4PHIA 3N9EA 3A67Y 4B4EA 1GBSA 1GE0A 1REYA 4RLNA 2YBNA 1G7JC 4EMNA 2WARA 4I0CA 1HF4A 4XJDA 4QY9A 4B4JA 1CNSA 4M6DA 1IP1A 2LZTA 1LZBA 3D9AC 1LSMA 4B4IA 4ML7A 5F81A 1B7PA 2D6BA 4BAFA 1AT6A 1REMA 1F0WA 5LVJA 1LSYA 2F30A 3ZVQA 1GEVA 1TAYA 3CSRA 1LZNA 3B72A 2MEDA 4RW2A 1QUTA 3WW6A 2RSCA 4YM8A 1WQNA 1ZV5L 4MSTA 1OUBA 2FYCA 5HNCA 2DQHY 3WU9A 2I26L 1BB6A 3RU5A 1GPQC 3LHMA 1LJJA 4LGKA 1XGTC 4BAPA 1INUA 1VATA 1KXWA 4WM4A 1H87A 3CQLA 1LHHA 1LHJA 1UACY 2EKSC 3K3TA 1VEDA 3P4ZA 3WU8A 3WUAA 2Z12A 3A94A 4HV2A 3TMUA 4HJYA 1YAQA 1QTKA 1GHLA 1BB5A 5T3FA 1LHIA 4H9EA 1HFYA 1HMLA 4IJ4A 3WMKA 1DI3A 1CJ8A 1LTMA 1IOSA 2BPUA 4H9FA 4KL7A 3LZTA 4YENA 4AXTA 3A6BY 1IIZA 4DWXA 4ZEEA 1FN5A 2W1YA 2FYDA 5IHGA 1G7LC 1EQ4A 4YEOA 4HP0A 1IWTA 1LCNA 1HENA 1LJEA 2MEHA 4IASA 1JWRA 4W96A 3TXJA 3A93A 5HNLA 1RE2A 2C8PA 4OWAA 1KIQC 2Z37A 2EPEA 3AB6A 3AGIA 4YOPA 1LZYA 5APCA 1GD6A 5KXXA 4LT3A 3HBDA 3RW8A 1F6RA 2BQLA 1PZYA 2DQIY 1JKCA 4UWNA 1PS5A 2ZIKA 1LSEA 5LAFA 4J0LA 5J7CA 1BWJA 1WQOA 8LYZA 1F10A 3LYOA 1IX0A 2BQFA 4MCKA 1IOQA 5E4PA 3A34A 2EQLA 1LZDA 4NG1A 4LYTA 2D4KA 5LVIA 1J1PY 3WXTA 5HMVA 1I56A 1LZTA 3AGGG 1LSAA 1LJIA 3B0OA 1RI8B 5A3ZA 3EBAB 3T6UA 1VDQA 3SP3A 3W6EA 4QGZA 1LZAA 1REXA 2DQFC 1GXXA 1CKGA 3HBHA 2BQOA 2LHMA 3WPLA 1YKXX 4A7DA 5KXWA 3A95A 3TXBA 2XJWA 1JKDA 3M18B 5L3IA 4KXIA 7LYZA 5ILFA 1UBZA 2GV0A 1ZVYB 1JTPL 3A92A 4H93A 3VWOA 1E8LA 3F6ZA 4DDBA 3TXFA 4WO6A 1N4FA 1LZEA 1WQMA 1OUHA 3W6DA 2ZQ3A 1HFXA 4WOAA 3WL2A 1VDPA 4Z3MA 4H9BA 1BWHA 1GFHA 1JTOL 2YDGA 5KKJA 1BB3A 2HEBA 4HJVA 1KIPC 1I1ZA 2YSSC 1C7PA 5LVKA 3OK0A 2G4NA 1AM7A 4LT0A 4MR1A 5LYZA 4NHSA 5KXRA 1DPXA 2F4AA 1V7SA 4NSGA 1GWDA 1LHMA 1LMTA 5KXYA 1YKZX 3RZ4A 3FI7A 1OUCA 1D0LA 2ZIJA 2B5ZA 1IO5A 4N5RA 4B0DA 4WLYA 1JIYA 3T36A 1LMCA 1IP5A 5I5QA 1GBOA 3A90A 1IR7A 1GFKA 3CB7A 3EXDA 1HEMA 4GCDA 1CKDA 3WULA 5EBHA 3D3DA 4YEMA 1EQEA 4YF2A 1GF6A 3LN2A 5KXMA 2CJLA 2HEEA 5LVHA 1OUAA 4XJFA 3IWRA 1KIRC 4HSFA 5KJ9A 2H9JA 4WL7A 1H6MA 1DKJA 1LZSA 5A3EA 5FELA 2DQEY 5KXZA 4PRQA 2VB1A 1IWYA 132LA 1GBXA 1LSNA 1LHLA 3ATOA 1Z55A 4N8ZA 1YQVY 2CDSA 2HECA 1QDTA 4C3WA 1W6ZA 2BQHA 1LYSA 1BGIA 2HEFA 4GCEA 1D6QA 2FBBA 5LAGA 5DLAA 1DPWA 1C45A 4HJZA 4CHXA 5KY1A 5LVGA 4CFOA 5M1YA 1IWZA 4AGAA 4GCCA 1HEOA 3AYQA 4XJGA 2W1XA 2Z19A 1RFPA 1IY4A 6LYZA 1IOTA 2X0AA 5HLLA 193LA 2F2NA 3BKVA 1RJCB 1JSEA 1UIHA 1BB7A 2CGIA 4PJ2C 2PC2A 1WVUA 2A7FA 3P65A 4N9RA 2DKVA 3AW6A 1P2CC 4L41A 3E3DA 3OJPA 5F14A 2MEBA 1IR9A 1LZ6A 1VDTA 2DQJY 2HTXA 4H90A 3M3UA 3W6FA 3CT5A 3W6AA 3WVXA 4NHTA 1HSXA 2LZ2A 2Z38A 1HHLA 1NWGA 3B0IA 1GB8A 1W08A 4NGYA 5APFA 1CJ6A 2BQKA 3B0KA 1XEKA 1GB6A 3LYZA 4TWSA 2MEIA 4ZIXA 5K7OA 1FLQA 2NWDX 2BQBA 1LAAA 3AZ6A 1IEEA 2FBDA 4H9AA 1VFBC 1LZ4A 4NGOA 4X3BA 5II3A 4O34A 1WTNA 4WG7A 3QE8A 3TXDA 1LZ8A 4NWEA 1JITA 1D0MA 1AZFA 4NY5A 5DL9A 5DN4A 4NFVA 1YAPA 1YL0X 5F16A 4ETCA 1B7LA 1HEPA 4XJHA 1NDGC 5B1FA 2Z2EA 1GBYA 1XGPC 2H9KA 3CT1A 3LYTA 6LYTA 2HEDA 1LYYA 1QIOA 4H94A 5L3HA 1GB5A 3ZEKA 1UICA 5LINA 4LYMA 1A4VA 2YBJA 2YBMA 1WTMA 4H8YA 1GBWA 1JPOA 2BQAA 5C6IA 1JISA 3WH1A 5C6LA 3TXGA 1HEQA 1LZ1A 4NHIA 3GXRA 4WM6A 1B7OA 3AZ5A 4WO9A 4ETAA 1XFPL 4C5FA 3ATNA 1BHZA 1IWUA 3WPKA 5LXWA 1JUGA 1QQYA 1GFGA 1JKBA 1LZRA 1B5VA 2Q0MX 4N0JA 5ILCA 4B1AA 2LYMA 4DDAA 2BQDA 4NGVA 4DD9A 1O23A 4W94A 1GFAA 1J1OY 4WG1A 1ALCA 1GDXA 1B9OA 1UIEA 3A96A 4NSHA 3EMSA 4DYGA 4GCBA 2XBSA 1FDLY 3N9AA 4H91A 5FSTA 3CT0A 1MLCE 5B59A 4PPOA 3A8ZA 4WL6A 3WVYA 1NKHA 1XSFA 2Y8PA 4HV1A 2XBRA 4OOTA 2D91A 4XJIA 3ZVQB 1LZCA 2MECA 5IELA 1HSWA 4CJ2A 4LYBA 1C46A 3J6KA 4EOFA 1XGRC 3B6LA 4GN5C 3CSQA 4I8SA 1GFEA 2YVBA 1FKQA 4H1PA 4KPMA 5LA5A 4DD1A 1NHEA 1GB2A 3WU7A 5B1GA 1GEZA 3A3RX 4LZTA 1IP6A 1CKFA 3AGHA 1NF5A 1XEJA 4LYOA 1A2YC 1V7TA 1IP4A 4R6CA 1LJFA 2BAAA 3G3AB 1LMQA 5KXSA 1UA6Y 3AJNA 4ET9A 1OUJA 2BLXA 3TXHA 2Z39A 3WPJA 3LYMA 1OQMA 1DI4A 2DQAA 1IY3A 4XYYA 3TXEA 2A7DA 4P2EA 5HMJA 1IVMA 1LJNA 4TUNA 4NSIA 2MEGA 4OWEA 5APDA 1DZBX 1G7MC 4G4CA 1CKCA 5KXPA 5LYTA 1LYOA 1C08C 2Z2FA 4DT3A 4E3UA 3QNGA 2F4GA 1FLUA 4J1BA 3WYHA 4XN6A 3LZ2A 1B5ZA 1B7QA 4HPIA 4NEBA 4OWHA 3WUNA 4G4HA 1AKIA 3A6CY 154LA 1IC4Y 1JJ0A 4NHQA 4DD2A 1LYZA 4GLVA 4LYZA 1LSBA 1LMPA 2I25L 3EO5A 1IC7Y 3N9CA 4LFXA 3A91A 5L9JA 1J1XY 4DD3A 2BLYA 2LYZA 1UCOA 3IJUA 4G49A 5D5CA 1GFVA 4DC4A 1GF4A 2AUBA 2Z18A 5F9XA 4TSBA 1IOCA 1UUZC 4OWBA 1B0DA 4H8XA 3RNXA 3TXIA 4ET8A 4CGEA 1NBZC 1B7NA 5KXKA 5FEKA 1B5YA 5LYMA 1JTTL 1LJ4A 1UIGA 4QEQA 1TCYA 2DQCY 1HERA 1QSWA 1OUEA 1QDRA 1REZA 1JHLA 2CWIA 5I4XA 1LPIA 1JKAA 5HQ1A 4LT1A 4B49A 1IORA 5KXTA 1AT5A 4OW1A 4D9ZA 1JJ1A 2IFFY 4TTDA 1D9UA 2YBIA 5B06A 1GFJA 4RW1A 1CJ7A 1XEIA 4G4BA 1GBZA 4J1AA 5KXNA 2BQMA 5KKIA 1YAOA 1YANA 1YKYX 1VAUA 1WQPA 1I20A 2ZYCA 1JSFA 1NDMC 5I54A 1JJ3A 2HUBA 2ZNWY 2ZQ4A 1EL1A 5FHWA 2ZNXY 153LA 1UIFA 2HU1A 3J4GA 2IHLA 1NBYC 3AZ7A 134LA 1MELL 4NSJA 133LA 1VDSA 4ETEA 1BQLY 5APEA 4G9SA 4KT3A 1LZ5A 4NGZA 1GF5A 1LKRA 4DD0A 1HC0A 4ZFPA 5KXOA 2BQIA 1GAZA 3G3BB 3P68A 4WM1A 4XJBA 3HBEX 5F9UA 3ULRA 1QTEA 4H9IA 3HFMY 4NG8A 3MGWA 1LJKA 1FBIX 1BVXA 4NGKA 207LA 1LSFA 3FE0A 4QDNA 2G4QA 5I4YA 4XENA 1NQIA 1BB4A 2W1MA 1GE4A 2EIZC 1LOZA 2G4PA 4N1EI 4Z41A 1ZVHL 5LIOA 1LMNA 4OWCA 4Z98A 5IDDA 4BADA 4Z46A 1B7RA 3P66A 1UIBA 3IJVA 5JENB 1HFZA 4U3XB 1TDYA 1UC0A 1D0KA 1LKSA 1HMKA 3QY4A 1GF3A 5LA8A 1WQQA 5FDJA 4PRUA 2D4JA 1LSGA 4II8A 3WW5A 4N1CC 1LHKA 4WM5A 1GB9A 5AMYA 4HTNA 2W1LA 1YROA 1LMOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L89A 1GF0A 1DQJC 2H5ZA 2N5ZA 1LMAA 5E9RA 1LSCA 1SQ2L 3DN3A 3W3EA 1GF7A 1GB3A 2BQNA 1JEFA 1OP9B 208LA 1NMMA 1FLWA 5C6JA 1HNLA 1L11A 1GB0A 1QSAA 209LA 4WLTA 4EPIA 1LSDA 4ETDA 1QUSA 112LA 2NTHA 1CJ9A 145LA 3W6CA 1XGQC 1GFUA 4DD7A 4ARMA 3GXKA 3BKHA 4XADA 4H8ZA 4RDSA 1GDWA 3TMWA 4BS7A 1CUPA 1YIKA 1WVVA 1L39A 4FDYA 1C6TA 3TMXA 1TEWA 4DDCA 4IATA 4NIJA 3W6BA 2DBTA 1IP2A 125LA 1IWXA 1G0GA 4WM2A 4CFPA 234LA 2DQGY 4FJRA 5D5FA 1L07A 1QT7A 5B07A 4GLAA 4NHPA 4P2EA 2MEEA 2BQJA 3DN1A 1QT8A 123LA 1IWWA 1DXJA 1LYEA 1D6PA 3A67Y 1L34A 2WARA 4I0CA 4XJDA 4QY9A 2LC9A 1PQMA 4B4IA 1QUDA 1C6FA 1B7PA 2D6BA 1F0WA 3ZVQA 1L95A 1GEVA 4DQ5A 1LZNA 1T6HA 3B72A 2MEDA 4RW2A 1JTNA 2RSCA 1L22A 1ZV5L 5HNCA 1GPQC 1L16A 4LGKA 4BAPA 1L62A 3CQLA 1L60A 2EKSC 4W57A 4HV2A 3TMUA 4GBRB 139LA 181LA 1LHIA 4H9FA 4YENA 1C6KA 4ZEEA 4HP0A 1LCNA 4IASA 2MEHA 3A93A 1KIQC 4YOPA 4DQJA 4YX7C 1GD6A 239LA 1L03A 1PZYA 2DQIY 2ZIKA 1LSEA 4J0LA 1BWJA 1WQOA 4MCKA 4I7SA 4LYTA 3C8RA 1DYAA 1L85A 1LJIA 3HUQA 217LA 1REXA 1GXXA 2LHMA 1DYGA 1JKDA 4W55A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2H5Z A;  1GF0 A;  1DQJ C;  1XGU C;  1BWI A;  2N5Z A;  1LMA A;  4R0F A;  5E9R A;  2YBH A;  1LZ9 A;  4HTQ A;  4GN4 A;  4NGW A;  1G7H C;  1LSC A;  1IP3 A;  1EQ5 A;  1GE2 A;  1KXY A;  1SQ2 L;  1YIL A;  4WM3 A;  3W3E A;  5B05 A;  1GF7 A;  1GB3 A;  2BQN A;  4LYC A;  1JEF A;  1OP9 B;  5DN5 A;  2ZYP A;  208L A;  1NMM A;  1GE3 A;  3CSZ A;  1C43 A;  4NGL A;  4WLD A;  4UWU A;  1FLW A;  5C6J A;  4H92 A;  2BQG A;  4LT2 A;  1HNL A;  4H9H A;  1C10 A;  4GCF A;  1BVK C;  1UID A;  1YAM A;  1LJ3 A;  1GB0 A;  4ETB A;  1QSA A;  1OUF A;  1IP7 A;  4WLT A;  2HEA A;  1LSP A;  2DQD Y;  4GN3 A;  1LSD A;  1B7S A;  4ETD A;  3WUM A;  1QUS A;  1CJ9 A;  4UWV A;  3W6C A;  4HPE A;  2I6Z A;  1ZMY L;  9LYZ A;  1IWV A;  1GAY A;  4J7V A;  1XGQ C;  1GFU A;  135L A;  1GXV 2;  1OUG A;  4DD7 A;  1B5U A;  1FKV A;  1G7I C;  3AZ4 A;  1GFT A;  3GXK A;  3BKH A;  4XAD A;  4H8Z A;  4RDS A;  1GDW A;  2MEF A;  1FLY A;  2C8O A;  3RT5 X;  1T6V L;  2ZWB A;  1T3P A;  1IC5 Y;  2BQE A;  4WMG A;  3TMW A;  2ZIL A;  4BS7 A;  1HEW A;  4NGJ A;  1LZG A; 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 1QSW A;  1OUE A;  1QDR A;  1REZ A;  1JHL A;  2CWI A;  5I4X A;  1LPI A;  1JKA A;  5HQ1 A;  4LT1 A;  4B49 A;  1IOR A;  5KXT A;  1AT5 A;  4OW1 A;  4D9Z A;  1JJ1 A;  2IFF Y;  4TTD A;  1D9U A;  2YBI A;  5B06 A;  1GFJ A;  4RW1 A;  1CJ7 A;  1XEI A;  4G4B A;  1GBZ A;  4J1A A;  5KXN A;  2BQM A;  5KKI A;  1YAO A;  1YAN A;  1YKY X;  1VAU A;  1WQP A;  1I20 A;  2ZYC A;  1JSF A;  1NDM C;  5I54 A;  1JJ3 A;  2HUB A;  2ZNW Y;  2ZQ4 A;  1EL1 A;  5FHW A;  2ZNX Y;  153L A;  1UIF A;  2HU1 A;  3J4G A;  2IHL A;  1NBY C;  3AZ7 A;  134L A;  1MEL L;  4NSJ A;  133L A;  1VDS A;  4ETE A;  1BQL Y;  5APE A;  4G9S A;  4KT3 A;  1LZ5 A;  4NGZ A;  1GF5 A;  1LKR A;  4DD0 A;  1HC0 A;  4ZFP A;  5KXO A;  2BQI A;  1GAZ A;  3G3B B;  3P68 A;  4WM1 A;  4XJB A;  3HBE X;  5F9U A;  3ULR A;  1QTE A;  4H9I A;  3HFM Y;  4NG8 A;  3MGW A;  1LJK A;  1FBI X;  1BVX A;  4NGK A;  207L A;  1LSF A;  3FE0 A;  4QDN A;  2G4Q A;  5I4Y A;  4XEN A;  1NQI A;  1BB4 A;  2W1M A;  1GE4 A;  2EIZ C;  1LOZ A;  2G4P A;  4N1E I;  4Z41 A;  1ZVH L;  5LIO A;  1LMN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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