1VDPA

The crystal structure of the monoclinic form of hen egg white lysozyme at 1.7 angstroms resolution in space
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the monoclinic form of hen egg white lysozyme at 1.7 angstroms resolution in space
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 41
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1vdpA00
1WQNA 1E8LA 4NGYA 5F81A 4DD3A 5F14A 1CJ6A 1FDLY 2ZQ4A 1GB8A 4RW1A 1GFKA 4W94A 5KXTA 1HEMA 4WOAA 2W1LA 4XJHA 1LMOA 1RFPA 4D9ZA 1UIDA 4H9EA 1EQEA 2HECA 4PGJB 1XGTC 1JHLA 1WVVA 134LA 5HQ1A 1SQ2L 1LMNA 1LMTA 1UACY 1EL1A 1XGUC 2ZIKA 3AZ6A 2BQGA 4CGEA 3OJPA 4BADA 1B7RA 2Z12A 1TCYA 4HTKA 1GFTA 1C10A 4HV2A 1J1OY 3BKVA 1DI4A 4TSBA 4WM1A 5IHGA 1LAAA 4DWXA 5M1YA 1ALCA 1LHMA 3LYZA 3P64A 4ZIXA 1LKSA 4QDNA 1CKHA 1F0WA 1LCNA 1XEKA 2PC2A 3A93A 4LYOA 4XJFA 1JKBA 1LHHA 1B5ZA 1LZ8A 4NGLA 1GBSA 1KXXA 4GN3A 1BWJA 7LYZA 4N5RA 2DQCY 1HEOA 1FBIX 5II3A 4DD7A 132LA 1LJFA 4NHSA 4W96A 3N9EA 1JIYA 1JSFA 1LJEA 3CB7A 4B4EA 1JITA 3A94A 1NWGA 1IOTA 1G7LC 2MEGA 6LYTA 5LYMA 1OUDA 1GEVA 5E9RA 3W6DA 4X3BA 4OWEA 3A3RX 1IP7A 1UC0A 3WPKA 5I54A 3EO5A 1LMAA 4LYCA 5F16A 1A2YC 1LHJA 2DQIY 3EBAB 4HJYA 1GE3A 1FLQA 1OUBA 1QDTA 4TSCA 4DD2A 1GF8A 4J7VA 2LYOA 1F6RA 1IX0A 1GB5A 3TMXA 1PS5A 1NBZC 4DD1A 1LZYA 5B59A 2A7DA 1PZYA 1BB3A 1AT5A 1IORA 5FELA 1YANA 1B7QA 2BQHA 1IP2A 5LAGA 2W1MA 1LSYA 5KXXA 1GBZA 4WO9A 1HMKA 1QTKA 1DI3A 4GCCA 1GF3A 3TXGA 1AKIA 1BWHA 1C46A 1IC5Y 4GCEA 4G9SA 4WM4A 1UCOA 3W6AA 3GXRA 5LXWA 9LYZA 3WL2A 1LJIA 1UIAA 5D5FA 1NDMC 1IWUA 1LJGA 5FSTA 4XADA 1GFRA 2H9KA 2ZILA 1LPIA 1P2CC 1GF7A 1LZTA 1DKKA 1LSFA 1HFZA 1GFEA 2F4GA 4ANRA 5KJ9A 2Y8PA 4E3UA 1REZA 1AZFA 193LA 2BQOA 1UICA 1DZBX 2BQBA 1SLYA 4NGKA 1NDGC 1WQRA 1WQMA 2HEEA 1GFGA 1JJ3A 4OOOA 1NBYC 1B7NA 5ILCA 4WM5A 1C08C 1I1ZA 1QTEA 3A8ZA 4HJVA 4N8ZA 5B07A 3A3QA 3A6CY 4H90A 5KXYA 1V7SA 5DLAA 1CKCA 3TXIA 1HEQA 4B1AA 4DDCA 4OOTA 5IDDA 5LVIA 4ETBA 2A7FA 1MELL 4YM8A 1VEDA 1YQVY 4G4CA 1HNLA 4NHQA 2EIZC 4LT2A 4WM2A 4YEMA 5FCPA 154LA 4DYGA 1C45A 2LHMA 3E3DA 3W6FA 153LA 1JJ0A 1WVUA 2NWDX 1YAPA 1IR8A 3M18B 4KT3A 1LJJA 4NY5A 3K3TA 1JUGA 4N0JA 4LT1A 1LJ3A 2G4NA 3M3UA 5B1GA 3TXEA 3WW5A 5KXLA 4NSIA 1GEZA 1QSWA 5LYTA 1AM7A 4B49A 1HFYA 3AGGG 2LZTA 1GFVA 1LSDA 1B0DA 4HP0A 5LYZA 4WL7A 2D6BA 4B4IA 4G4BA 1LSPA 1D0MA 3A34A 4QY9A 4H1PA 4TUNA 1B5VA 1EQ4A 1FKQA 2DQJY 3LN2A 4J1AA 4O34A 1LZNA 1B5XA 1W08A 1GXXA 1XEIA 1JEFA 1B5UA 3LYOA 4TWSA 4TX7A 4AGAA 4XJBA 4Z3MA 1INUA 2AUBA 3IJVA 4IATA 1O23A 3P4ZA 4NEBA 1JSEA 2DQFC 1IP4A 3AZ7A 1CKGA 2D91A 4GCDA 5C6JA 5KXPA 4BAPA 2C8OA 1OUCA 3CT5A 5KY1A 1HMLA 1UIEA 1YAQA 5APEA 4QGZA 5C6LA 1B2KA 4P2EA 1OUAA 2XJWA 1OQMA 1B7PA 4WM3A 5DN4A 1LSEA 1IP3A 3RZ4A 4Z41A 3FI7A 1T6VL 3A96A 4OW1A 1GE1A 3AW6A 1YIKA 2HEAA 2Z39A 3D9AC 1LZCA 3QY4A 1UIFA 2W1XA 4NHPA 5A3ZA 1LHKA 1LJHA 1LZBA 1GHLA 5B06A 1GE2A 1CJ9A 5B1FA 5J7CA 1GFHA 1HSXA 2DQHY 4B0DA 6LYZA 4FDYA 3AGHA 1IP6A 2HEBA 1J1PY 4RDSA 4WM6A 4ZFPA 2BQEA 3B6LA 4N1EI 4N9RA 1C7PA 1GD6A 3HBDA 4UWVA 3WUMA 4KXIA 5KXNA 2MEEA 1IR9A 1G7JC 5FHWA 4XJIA 5HMJA 1GDWA 1GFJA 1LZAA 1IY4A 1D0KA 4HSFA 4PJ2C 2Z19A 1IY3A 1GB2A 5EBHA 4DC4A 3WULA 5A3EA 2Z38A 1GAYA 1TBYA 1GF4A 3P65A 1LHIA 3WUAA 5K7OA 4H9BA 2DKVA 1IR7A 1CJ7A 4NGZA 2G4PA 3HFMY 1B5WA 207LA 3A67Y 5D5CA 1IEEA 2MEDA 3WU9A 1F10A 4PRQA 3W6CA 4OWBA 1HC0A 4GLVA 5DL9A 1TDYA 2I26L 5APCA 133LA 1I20A 4HJZA 3LYMA 135LA 1W6ZA 1RE2A 1JJ1A 1G7IC 1WQOA 3CQLA 4N1CC 1LZ6A 1NKHA 1BWIA 3ATNA 3ATOA 4XN6A 4CFOA 4XJGA 1VAUA 1CJ8A 4L41A 4H93A 4LGKA 3AZ4A 4QEQA 4XJDA 1LZRA 2D4KA 8LYZA 3ZVQB 1GE4A 5LA8A 3IWRA 1CKFA 1QUSA 3ZVQA 1BB6A 1F6SA 3SP3A 1IO5A 4PHIA 4H9FA 1OUHA 3BKHA 1IOQA 3TXDA 5F9XA 4ET9A 1BB7A 2MECA 5HNCA 2ZNXY 1UIHA 1LSGA 2IHLA 3RT5X 5LVJA 1TEWA 1IWZA 2YBHA 1Z55A 1OUEA 1IWWA 1OUJA 3G3BB 3QE8A 5I53A 3TMVA 1OP9B 2BQLA 1GBWA 5KXWA 1GDXA 1LZEA 3KAMA 1GB7A 3B72A 2BQIA 4GLAA 4WG1A 1HERA 4WLYA 1H87A 4NGJA 3TXHA 2Z2FA 4NHTA 2Q0MX 1XSFA 3T36A 5HNLA 5JENB 5HLLA 4FJRA 1JTTL 4WG7A 3AW7A 4IJ4A 4YEOA 3WPLA 4HV1A 1DPXA 1HENA 3QNGA 2BQDA 3AB6A 1LTMA 2YSSC 4WLTA 2YVBA 1D6PA 4LYMA 3F6ZA 3WUNA 4NWEA 4CFPA 4LYZA 3CSQA 4OWAA 1QIOA 4GN5C 1J1XY 2FBBA 2DBTA 5HMVA 1GB9A 2RSCA 4WL6A 1KIRC 5KXZA 4MSTA 3VWOA 2N5ZA 1B7OA 1IIZA 2FYCA 1IC4Y 4LFXA 5I4XA 4IASA 3HBEX 2BLXA 3LZTA 1IWXA 5I4WA 1IP1A 1GE0A 2ZNWY 1BVXA 2HU1A 2XTHA 4EOFA 5L3IA 5KXRA 4DDAA 1YKYX 2ZQ3A 1VDQA 4H9IA 1EQ5A 3OK0A 2BLYA 2BPUA 3LZ2A 3CSZA 2CDSA 4J1BA 4ZEEA 4H8YA 3WH1A 1GAZA 1GF5A 3A91A 2CWIA 208LA 1LSCA 1N4FA 3WXTA 5I5QA 4G4HA 4NFVA 4ETDA 1GF6A 1XFPL 2MEAA 1REXA 1WQPA 1FLYA 1NQIA 2MEIA 1GBOA 3ZEKA 5KKJA 1YAOA 4H8ZA 2D4JA 1T3PA 2I25L 2Z18A 1B7MA 5APFA 1JISA 4H9HA 4NSHA 3TXFA 3AJNA 1VFBC 1REMA 3TMWA 2F30A 4NG1A 3G3AB 3WMKA 4GN4A 5FDJA 1ZVYB 5LIOA 4PPOA 1OUIA 1JKAA 194LA 1V7TA 1GF0A 5C6IA 1LZGA 4ETAA 1DKJA 5L9JA 1C43A 3FE0A 2BQJA 3P66A 1LSNA 1WQQA 1JTPL 4PRUA 1LZ1A 3HBHA 2I6ZA 2MEHA 1JPOA 1B9OA 4YENA 1D6QA 1ZMYL 1FKVA 5LVHA 1NHEA 4OWCA 1GFUA 2HUBA 1WTNA 4H9CA 4H9AA 1G7HC 1NMMA 2C8PA 4KL7A 4C3WA 4LFPA 1YKXX 4WLDA 2ZWBA 1HSWA 4LT0A 3W3EA 1GB0A 3WPJA 1BB5A 5KXKA 1YILA 4NSGA 3WU8A 4BAFA 4HTQA 1KXYA 1LSBA 2BAAA 4M4OA 2DQGY 3A6BY 1BHZA 3TXJA 4H8XA 3IJUA 1IOSA 1H6MA 2ZYCA 4XENA 1UBZA 1GPQC 1HELA 4H92A 1HFXA 4NG8A 2F2NA 4YF2A 4MR1A 1HEWA 1GBXA 4CJ2A 2FYDA 2BQFA 3EMSA 4YOPA 4C5FA 4DDBA 1LZDA 2DQDY 2H9JA 1KIPC 4RLNA 4LT3A 1LJ4A 1I56A 1NF5A 1YKZX 2BQMA 2HEFA 2YBMA 2X0AA 2Z2EA 3A95A 5LVGA 4NHIA 3RNXA 1BQLY 1UA6Y 4HPEA 2LYMA 3CT0A 1JKDA 2WARA 3T6UA 3TMUA 5IELA 2HTXA 2MEBA 2XBRA 4RW2A 3WYHA 1CNSA 1UIGA 2EQLA 4MCKA 1IWYA 1REYA 3AYQA 3LYTA 1CKDA 1XGQC 4H94A 5F9UA 4WLXA 2YBIA 5E4PA 1YL0X 4XYYA 2F4AA 4NGWA 4U3XB 1IC7Y 1LZ9A 4BS7A 4CHXA 5KKIA 1FLWA 1OUFA 3AZ5A 1HF4A 1LJNA 4KPMA 4OWHA 5LA5A 1GFAA 2W1YA 1HEPA 2BQNA 2EPEA 3EXDA 1LJKA 1LYYA 4R6CA 5LAFA 3TXKA 3WW6A 4ETEA 3W6EA 1A4VA 1VDTA 1LZ5A 2XBSA 2BQAA 2BQKA 1XEJA 1JWRA 2LYZA 3W6BA 1D9UA 5KXOA 1YROA 3CSRA 1RI8B 4GCFA 4ET8A 1OUGA 1QUTA 1VDSA 1B7LA 4LYBA 4R0FA 4AXTA 1JTOL 1ZVHL 4EMNA 3A92A 2FBDA 1LZ4A 3RW8A 4G49A 1UUZC 2DQEY 1XGRC 3LHMA 1LYSA 4NGIA 2B5ZA 1LKRA 3P68A 2VB1A 1RCMA 1YAMA 3WXUA 1GWDA 2G4QA 2H5ZA 1UIBA 2YBNA 1IWVA 3J6KA 4NWHA 1B5YA 4H91A 1LSMA 1D0LA 2DQAA 1IWTA 1DPWA 2YDGA 3N9AA 4NSJA 2D4IA 4HPIA 1QDRA 1LZSA 1VATA 1LMQA 3TXBA 2HU3A 1IP5A 4J0LA 2IFFY 1VDPA 1GB3A 4LYTA 4DD9A 1DI5A 2GV0A 3CT1A 1KIQC 5KXMA 3J4GA 1G7MC 3WVXA 5I4YA 5AMYA 1WTMA 1B7SA 1LOZA 2MEFA 5B05A 1BVKC 1XGPC 4GCBA 1GB6A 1DXJA 4II8A 4NGVA 3WVYA 4DT3A 3B0OA 3B0KA 4A7DA 1RJCB 4I8SA 4RLMA 2EKSC 3MGWA 5L3HA 1LSZA 2Z37A 5DN5A 2ZYPA 4B4JA 1FN5A 1IOCA 4WO6A 3RU5A 1LSAA 1FLUA 1AT6A 1BB4A 3GXKA 1TAYA 1QQYA 1LMCA 4NIJA 5FEKA 2CGIA 5DM9A 1YL1X 2BQCA 5T3FA 5APDA 1LYOA 4TTDA 3AGIA 4ML7A 5LINA 1DQJC 2HEDA 1GXV2 2ZIJA 1IVMA 4WMGA 1JKCA 1MLCE 4I0CA 1BGIA 1LHLA 4UWUA 4M6DA 2CJLA 4Z46A 3N9CA 2YBLA 1QSAA 3WU7A 3A90A 4Z98A 5LVKA 3ULRA 1GBYA 1HHLA 2LZ2A 2YBJA 4LZTA 3D3DA 4UWNA 4DD0A 1ZV5L 4HTNA 1GF9A 4NGOA 4ETCA 5KXSA 1LMPA 1KXWA 5ILFA 1LYZA 3B0IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NGYA 4EPFA 1CJ6A 4D9ZA 155LA 1EQEA 134LA 1LMNA 2ZIKA 3HTDA 191LA 1B7RA 1TCYA 1J1OY 1DI4A 3GUPA 5M1YA 5IHGA 1ALCA 1LKSA 2PC2A 4XJFA 1LHHA 1CUPA 1SSYA 4ARMB 1KXXA 1BWJA 1L54A 4N5RA 1HEOA 1L0KA 1L31A 3N9EA 3DN8A 1L68A 261LA 1NWGA 1G7LC 5LYMA 4E97A 2OU9A 1QDTA 1FLQA 4DD2A 1F6RA 1NHBA 1NBZC 5B59A 1BB3A 3HUKA 5LAGA 1B7QA 1IP2A 225LA 1L36A 1QTKA 1G0JA 4GCEA 3W6AA 139LA 1LI2A 2B75A 1GFRA 2H9KA 4XADA 1C64A 2LCBA 1LZTA 1XJUA 1HFZA 1L19A 1OYUA 1REZA 3HUAA 3OE9A 1SLYA 1L91A 1WQMA 1LGXA 1JJ3A 5ILCA 3EMLA 3RUNA 4HJVA 3A3QA 5KXYA 4H90A 5DLAA 2B72A 258LA 4OOTA 2RB0X 4YM8A 1VEDA 4YX7C 1HNLA 1L62A 2RB2X 4YEMA 4LT2A 5FCPA 160LA 2LHMA 1WVUA 1YAPA 3DN2A 2B6WA 4N0JA 141LA 1LJ3A 5B1GA 3WW5A 5KXLA 5LYTA 4GRVA 1LYFA 3AGGG 1L73A 215LA 4WL7A 249LA 3LN2A 1FKQA 2DQJY 1LZNA 1SWYA 4AGAA 4Z3MA 2AUBA 3F8VA 9LYZA 1O23A 3P4ZA 1JSEA 2RBOA 1C6BA 5KXPA 5KY1A 1UIEA 1C6MA 4QGZA 4P2EA 1LSEA 3RZ4A 114LA 4Z41A 3FI7A 3A96A 1YIKA 4S0WA 2W1XA 1D3NA 1LJHA 5B06A 1L57A 5J7CA 1HSXA 229LA 2NTHA 1DYAA 252LA 1J1PY 4RDSA 4WM6A 4N1EI 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WQN A;  1E8L A;  4NGY A;  5F81 A;  4DD3 A;  5F14 A;  1CJ6 A;  1FDL Y;  2ZQ4 A;  1GB8 A;  4RW1 A;  1GFK A;  4W94 A;  5KXT A;  1HEM A;  4WOA A;  2W1L A;  4XJH A;  1LMO A;  1RFP A;  4D9Z A;  1UID A;  4H9E A;  1EQE A;  2HEC A;  4PGJ B;  1XGT C;  1JHL A;  1WVV A;  134L A;  5HQ1 A;  1SQ2 L;  1LMN A;  1LMT A;  1UAC Y;  1EL1 A;  1XGU C;  2ZIK A;  3AZ6 A;  2BQG A;  4CGE A;  3OJP A;  4BAD A;  1B7R A;  2Z12 A;  1TCY A;  4HTK A;  1GFT A;  1C10 A;  4HV2 A;  1J1O Y;  3BKV A;  1DI4 A;  4TSB A;  4WM1 A;  5IHG A;  1LAA A;  4DWX A;  5M1Y A;  1ALC A;  1LHM A;  3LYZ A;  3P64 A;  4ZIX A;  1LKS A;  4QDN A;  1CKH A;  1F0W A;  1LCN A;  1XEK A;  2PC2 A;  3A93 A;  4LYO A;  4XJF A;  1JKB A;  1LHH A;  1B5Z A;  1LZ8 A;  4NGL A;  1GBS A;  1KXX A;  4GN3 A;  1BWJ A;  7LYZ A;  4N5R A;  2DQC Y;  1HEO A;  1FBI X;  5II3 A;  4DD7 A;  132L A;  1LJF A;  4NHS A;  4W96 A;  3N9E A;  1JIY A;  1JSF A;  1LJE A;  3CB7 A;  4B4E A;  1JIT A;  3A94 A;  1NWG A;  1IOT A;  1G7L C;  2MEG A;  6LYT A;  5LYM A;  1OUD A;  1GEV A;  5E9R A;  3W6D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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