1VDTA

The crystal structure of the tetragonal form of hen egg white lysozyme at 1.7 angstroms resolution under basic conditions in space
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the tetragonal form of hen egg white lysozyme at 1.7 angstroms resolution under basic conditions in space
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1vdtA00
4H9FA 1UIBA 2ZILA 3A92A 3LZTA 5KXOA 2W1MA 1V7TA 3EMSA 4N9RA 1DXJA 4KL7A 4ETAA 1XGUC 4WM5A 3ATNA 1DKJA 1SLYA 4D9ZA 3ULRA 3B6LA 2MEDA 1LMQA 4GLAA 1HMLA 1BB7A 1ZMYL 3WW6A 4CHXA 1IR8A 2ZQ4A 4DT3A 1JUGA 4WL6A 1EQEA 5FEKA 4J1BA 4DDCA 1BB6A 1WQOA 3RW8A 1CKFA 3M3UA 1GXV2 4WLXA 5D5FA 4LFXA 8LYZA 1NBZC 1GEZA 4PPOA 4LT2A 1ZVYB 5HMJA 3W3EA 2DQFC 5HMVA 4NG1A 4NGYA 5I4YA 1HF4A 1B5YA 4RLMA 5II3A 1LZYA 1B5WA 3BKVA 3P66A 3WUAA 2HTXA 5LINA 1C10A 1FLQA 2F2NA 1CKGA 1LSFA 1GF6A 2Z37A 3AYQA 3CT0A 5J7CA 1GF7A 3OJPA 4ML7A 1LMCA 3OK0A 4E3UA 1VDPA 4QGZA 4J1AA 3ZVQB 1LSZA 1LJNA 5F16A 1LHJA 1YL1X 3AB6A 3A6CY 3P65A 3QE8A 1HEOA 5APEA 1RI8B 5B06A 1ZVHL 2AUBA 1GF3A 1OUHA 1IVMA 4XJFA 5LXWA 4Z3MA 1IR7A 1J1PY 1YAPA 2Z12A 5KXYA 4MSTA 3N9AA 5LA5A 1VFBC 3QY4A 1YAQA 1LMTA 1WQPA 5FDJA 1ALCA 1IY4A 4WM2A 1HEPA 1REYA 2HUBA 3IJVA 1JWRA 208LA 4WM4A 1LSCA 1VEDA 4YOPA 5ILFA 1QSAA 5ILCA 3TXJA 1LJGA 1O23A 3A94A 4H90A 4AXTA 4H93A 6LYZA 4TSBA 3CT1A 5LYMA 3HBEX 1LZDA 1KXXA 3GXRA 1GB6A 4IATA 3TMUA 5F14A 2BQMA 1B5VA 5EBHA 1NKHA 4ET8A 4TTDA 2D6BA 1XGQC 3AGGG 1HEWA 3P64A 1FLWA 3W6DA 1TDYA 4HJZA 2EQLA 4NHTA 1JJ0A 3CSZA 1LMNA 1QDTA 5C6IA 5KXRA 3WL2A 1GEVA 1JSEA 4RLNA 3TXBA 2FYDA 3WU8A 1LHKA 3AGHA 2H9JA 4YM8A 3W6CA 5KXWA 1LKRA 5KXKA 1HC0A 2F30A 3TXFA 1OUAA 4DWXA 4CJ2A 4UWUA 1HEMA 1IWWA 4NFVA 4H8XA 4MCKA 1GB3A 4CFPA 1FKVA 5IDDA 1LSAA 2W1YA 4Z41A 5IHGA 1INUA 1TEWA 1LJ3A 2WARA 1B7RA 4HTNA 3EXDA 3WVXA 3WVYA 1B7LA 4N1EI 1GAYA 2CGIA 1QTEA 1B5XA 3G3AB 5KXLA 1YKZX 1KXWA 1DI5A 1WQQA 4HV2A 1AZFA 4ZIXA 3D3DA 1RCMA 4XYYA 1GBXA 1GE2A 3AZ7A 2NWDX 1IP3A 4B0DA 4G4HA 2Z2FA 3FI7A 4O34A 1GB0A 2LZ2A 1GWDA 1LHHA 4XADA 194LA 1BVKC 1CJ7A 2EIZC 3TXKA 1IP4A 1JISA 2Q0MX 1C08C 1JKAA 4ETDA 4HPEA 4OOOA 4XN6A 1HERA 5KXSA 1CNSA 1D9UA 1CKHA 1G7LC 4N1CC 1D0LA 3A8ZA 1OP9B 3RNXA 3WUMA 4II8A 1HSXA 1XEJA 4WLDA 1GB9A 4ZFPA 1DZBX 3F6ZA 4LT3A 4B4JA 4GCBA 1C46A 3W6FA 1LSPA 1KIPC 2CDSA 2F4GA 3FE0A 4H1PA 3TMWA 2Z39A 1IP6A 3LYMA 5C6JA 3P4ZA 3AZ5A 1B2KA 1LZSA 2F4AA 2Y8PA 1IOSA 3EBAB 5F9XA 1UA6Y 1LSDA 1YILA 2DQEY 4KT3A 4HSFA 2BQJA 1A4VA 4M6DA 1UBZA 2BQFA 3LYTA 3LZ2A 4NSIA 1FLUA 1LOZA 3A6BY 1GFVA 2BQHA 1IOTA 4CGEA 2FYCA 5LYZA 1HSWA 1JTTL 4NGIA 1QQYA 4XJGA 2G4PA 5IELA 1LJEA 3J4GA 4LGKA 1DI4A 3B0OA 1HMKA 2BQOA 1GB8A 4W96A 3WPLA 1UCOA 3J6KA 1REMA 3A67Y 3M18B 4H91A 4HJVA 4BAFA 1JJ3A 4DDBA 1T3PA 3A3QA 1NDMC 3A93A 3LYZA 4N0JA 4N5RA 2HEAA 4R6CA 4U3XB 1OUBA 1UIGA 1CJ9A 5I54A 4GCCA 1RFPA 5D5CA 2BQBA 1D6QA 1IC5Y 3A3RX 4H8YA 4NGVA 1NHEA 1LYZA 3P68A 1LTMA 1XEIA 2RSCA 1LSEA 2YBJA 3WH1A 3ZEKA 1IY3A 4OWHA 4WM6A 4NWHA 4TSCA 1FKQA 1I56A 4H9BA 4YF2A 1GFHA 1NF5A 5A3ZA 1WTMA 1J1OY 1FN5A 2BQKA 1B7PA 2DBTA 4GCFA 4OWBA 1W6ZA 1LYOA 4NEBA 1LAAA 4NSHA 1TBYA 1LSBA 2X0AA 2ZIJA 5KJ9A 1GDWA 1IWXA 5HQ1A 1REXA 4XJDA 3CQLA 2LYMA 3HBHA 4GN3A 2BAAA 1WVUA 4NGLA 1UIEA 1BB3A 4ZEEA 4IASA 2LYZA 1LMPA 4DC4A 1EQ5A 2MEAA 3WXUA 2PC2A 1D6PA 1BGIA 3MGWA 1LSNA 4G9SA 1WVVA 4KPMA 3QNGA 1WQRA 1CJ6A 1HENA 2B5ZA 1IOCA 1C7PA 1BWJA 4LYZA 4H9AA 1GPQC 4XENA 4NG8A 3D9AC 2YBLA 5L3IA 4ET9A 1NWGA 1IWYA 2IFFY 1EL1A 1IWTA 1LYSA 1GF8A 4HJYA 1LZEA 1LZ9A 1NDGC 1OUFA 2DQCY 2MEHA 2Z18A 5DN4A 1REZA 1T6VL 1VDTA 3A91A 1JPOA 4GCDA 4QY9A 4LZTA 3CB7A 3ZVQA 5LVIA 1D0KA 1JHLA 1VDQA 2DQGY 1GXXA 3T6UA 4BS7A 1AT6A 1IOQA 1LZCA 4LYTA 1UIDA 3SP3A 2YSSC 1C43A 1XGTC 3E3DA 135LA 4DD1A 5M1YA 3RZ4A 3WW5A 1GB2A 1JTPL 1KIRC 2DKVA 4HTQA 3B72A 1B9OA 2MEFA 3TXEA 1IEEA 3CT5A 5B1GA 1LHIA 1V7SA 3N9EA 1WQMA 3TMXA 2Z19A 3WU7A 1LZTA 1GE0A 2D4JA 5F81A 5APCA 2A7DA 4NGJA 1LSGA 3WULA 4BAPA 1F6SA 1LZ1A 1G7IC 3A90A 4H9CA 5HNLA 4B4IA 4G4BA 1IIZA 4WG1A 3EO5A 2FBDA 5L9JA 5LYTA 4C3WA 1YKXX 3IJUA 1GFGA 1XGRC 1LZGA 2BQIA 1BVXA 1NQIA 4YENA 134LA 1GFKA 1KIQC 2G4QA 4WO9A 4EMNA 3WPJA 4G49A 1DI3A 1VAUA 4WOAA 1IP7A 4WM3A 1GE1A 2BLXA 4A7DA 2Z38A 2CJLA 1GBZA 5KKJA 1HFYA 1HFXA 1PZYA 4LT1A 4PHIA 1DQJC 4PRUA 2VB1A 3LHMA 4J0LA 4LYMA 2XTHA 1CKCA 5B07A 3RT5X 4H8ZA 3TXHA 2H9KA 1OUIA 6LYTA 2BQCA 3TMVA 1F0WA 1RE2A 2IHLA 1DKKA 3A34A 4RW2A 5DM9A 207LA 3WXTA 2D91A 5KXPA 4DD7A 5KKIA 1GFAA 3GXKA 1GFEA 4PGJB 5DLAA 5I4XA 2CWIA 1YAOA 2I26L 1G7JC 2ZIKA 4HTKA 5AMYA 4ETCA 5LIOA 1LSYA 1MELL 4YEOA 4B49A 4I0CA 1OUDA 3A96A 1B5ZA 2G4NA 1HFZA 1XFPL 2LYOA 2Z2EA 4YEMA 2ZQ3A 4LYBA 1C45A 1GDXA 1B7QA 2DQJY 4HP0A 2DQAA 1GFRA 1BQLY 1GF5A 1JTOL 4NGZA 1AKIA 3LYOA 5LVKA 3TXGA 1YKYX 4NSJA 1H6MA 2D4IA 4NHSA 1BB5A 4NIJA 4KXIA 2HEBA 1JKDA 3W6BA 4GN4A 1B7NA 2DQDY 1GFJA 4W94A 1HNLA 4QEQA 193LA 1OUGA 4H9HA 4J7VA 1UIAA 1NMMA 3AGIA 4NHIA 1I1ZA 3IWRA 4I8SA 1GE3A 1LKSA 1IR9A 3G3BB 1JITA 2LHMA 4OOTA 1A2YC 1I20A 1IORA 1LZBA 1GBOA 1IWZA 3N9CA 4G4CA 4N8ZA 4EOFA 5FCPA 1LJKA 3HFMY 3VWOA 1B5UA 5E4PA 2EKSC 1GF9A 1ZV5L 1QUSA 2HEFA 2ZWBA 1JIYA 3WUNA 2BQDA 2I6ZA 3B0KA 4P2EA 1LJHA 2XJWA 3CSQA 5APDA 1WTNA 2ZNXY 1FBIX 1D0MA 1LZAA 2BPUA 1YIKA 4LT0A 7LYZA 1LZ4A 5I5QA 1LZRA 5I4WA 1QDRA 3B0IA 1RJCB 1UIFA 2HU1A 4NGWA 5T3FA 3WU9A 1LZ5A 4DD2A 5B59A 5B05A 5DN5A 4PRQA 1DPXA 4UWVA 3WPKA 1VATA 4NSGA 4OWAA 4WO6A 2MEEA 5LVGA 1CJ8A 1EQ4A 1AT5A 4DD3A 4FJRA 5FHWA 4Z98A 5KY1A 1B7MA 5E9RA 1LSMA 2I25L 1IP2A 2ZYPA 5I53A 4RDSA 1GBWA 1IWVA 5LA8A 4LYCA 4OWCA 4LYOA 1CKDA 5KXNA 2D4KA 1LJJA 4UWNA 1YAMA 4MR1A 4DYGA 1SQ2L 4NY5A 2MEBA 4NHQA 1TAYA 4XJBA 1LJ4A 4XJIA 2DQHY 1P2CC 2GV0A 1GFTA 1GAZA 3WYHA 4LFPA 3TXIA 5K7OA 1OQMA 3CSRA 1QTKA 133LA 1J1XY 5C6LA 3A95A 5F9UA 4B4EA 1LYYA 2W1LA 2W1XA 2XBRA 1IP1A 4HPIA 1NBYC 1LJFA 1LMAA 1UICA 1JEFA 2DQIY 2HEDA 3KAMA 3AZ4A 5KXMA 1B7OA 5KXTA 1HHLA 1W08A 1LHLA 1VDSA 2BLYA 1GBYA 5DL9A 3WMKA 5JENB 1E8LA 3AW7A 1LPIA 1QIOA 1DPWA 1XSFA 4TWSA 3W6EA 1IX0A 1HEQA 4AGAA 4GLVA 4DD0A 1BHZA 4WMGA 2BQEA 1LCNA 2HEEA 2N5ZA 4NGOA 1QUTA 2YBIA 4NHPA 3LN2A 3AZ6A 4H92A 4HV1A 4H9EA 1KXYA 2ZYCA 1AM7A 4Z46A 1G7MC 4XJHA 5APFA 5KXZA 1JJ1A 4GN5C 132LA 1JSFA 1LMOA 4FDYA 2MECA 5FELA 1HELA 2H5ZA 4NGKA 2MEIA 1B7SA 3T36A 5B1FA 1BWHA 1B0DA 5HNCA 1N4FA 4DD9A 5LVHA 2ZNWY 1QSWA 4RW1A 154LA 1JKBA 1GB7A 1LJIA 1IWUA 1YL0X 5KXXA 1Z55A 4WLTA 1GF0A 2A7FA 1PS5A 1IC4Y 2YDGA 4B1AA 3AW6A 1MLCE 1OUJA 4PJ2C 1UIHA 153LA 2YVBA 1FDLY 1LZ6A 3AJNA 1GHLA 1GF4A 2YBMA 4WL7A 1UACY 1IO5A 2BQLA 1IP5A 5LAGA 1LHMA 1H87A 1IC7Y 4IJ4A 4QDNA 1XGPC 2C8OA 2FBBA 4H94A 5LAFA 4ETEA 4NWEA 1GE4A 1F10A 1WQNA 2YBHA 1JKCA 1UUZC 1BWIA 2BQAA 2MEGA 2BQNA 2YBNA 4L41A 4WLYA 4TX7A 3ATOA 4BADA 4WM1A 1OUEA 4X3BA 5HLLA 4M4OA 2C8PA 3BKHA 5FSTA 1XEKA 2XBSA 1OUCA 1YROA 4GCEA 4ANRA 4OWEA 1FLYA 1GFUA 4CFOA 3W6AA 4C5FA 4R0FA 1TCYA 3HBDA 3RU5A 1G7HC 2HECA 1GB5A 4WG7A 1LZ8A 2BQGA 4OW1A 5L3HA 4TUNA 2EPEA 9LYZA 4DDAA 1GBSA 5A3EA 3K3TA 1F6RA 2LZTA 1GD6A 1BB4A 1LZNA 4H9IA 1YANA 2HU3A 4ETBA 5LVJA 1YQVY 1UC0A 3TXDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXOA 246LA 3EMSA 1DXJA 3L64A 4WM5A 1PQJA 3B6LA 4GLAA 1HMLA 1L67A 1L77A 1IR8A 4DT3A 149LA 1WQOA 1CV4A 3RW8A 5D5FA 8LYZA 3F9LA 4LT2A 2O7AA 5HMVA 163LA 5II3A 4RLMA 118LA 1LZYA 1B5WA 3BKVA 1FLQA 2F2NA 1GF7A 1L01A 4ML7A 1VDPA 4J1AA 1LJNA 2B6ZA 1L61A 1D3JA 248LA 1J1PY 1YAPA 1C6LA 108LA 1VFBC 1YAQA 1JWRA 4WM4A 1PQOA 1G0MA 3A94A 4AXTA 236LA 5LYMA 1LZDA 3GXRA 1B5VA 4ET8A 4I7JA 1L99A 1TDYA 1KW5A 1JJ0A 4W53A 1L81A 1GEVA 1JSEA 1P7SA 4RLNA 181LA 2FYDA 1G0GA 3DN0A 1QTZA 3W6CA 1P6YA 5KXKA 2F30A 1OUAA 1I6SA 4CJ2A 1L69A 1G0QA 232LA 4CFPA 1LSAA 1L51A 1TEWA 1L11A 3EXDA 1JQUA 3WVYA 1B7LA 4N1EI 1QTEA 3K2RA 4XYYA 3AZ7A 2NWDX 4B0DA 2Z2FA 165LA 1GB0A 1L90A 4XADA 3TXKA 1JKAA 4HPEA 4XN6A 1HERA 5KXSA 1C66A 188LA 1L38A 4N1CC 3WUMA 3NYAA 1L47A 4GCBA 4B4JA 3FE0A 3C8RA 1LI2A 1G07A 1YILA 1G0JA 1UBZA 2BQFA 3LYTA 4NSIA 1L62A 3A6BY 4CGEA 2FYCA 1KNIA 112LA 1LJEA 3HU9A 2RB0X 4LGKA 4W96A 3M18B 1L79A 3A93A 5DLAA 4N5RA 1L52A 4R6CA 1CJ9A 3DN2A 1LYJA 1LTMA 170LA 2YBJA 3ZEKA 1CU2A 3C8SA 226LA 4WM6A 4NWHA 4W55A 209LA 172LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H9F A;  1UIB A;  2ZIL A;  3A92 A;  3LZT A;  5KXO A;  2W1M A;  1V7T A;  3EMS A;  4N9R A;  1DXJ A;  4KL7 A;  4ETA A;  1XGU C;  4WM5 A;  3ATN A;  1DKJ A;  1SLY A;  4D9Z A;  3ULR A;  3B6L A;  2MED A;  1LMQ A;  4GLA A;  1HML A;  1BB7 A;  1ZMY L;  3WW6 A;  4CHX A;  1IR8 A;  2ZQ4 A;  4DT3 A;  1JUG A;  4WL6 A;  1EQE A;  5FEK A;  4J1B A;  4DDC A;  1BB6 A;  1WQO A;  3RW8 A;  1CKF A;  3M3U A;  1GXV 2;  4WLX A;  5D5F A;  4LFX A;  8LYZ A;  1NBZ C;  1GEZ A;  4PPO A;  4LT2 A;  1ZVY B;  5HMJ A;  3W3E A;  2DQF C;  5HMV A;  4NG1 A;  4NGY A;  5I4Y A;  1HF4 A;  1B5Y A;  4RLM A;  5II3 A;  1LZY A;  1B5W A;  3BKV A;  3P66 A;  3WUA A;  2HTX A;  5LIN A;  1C10 A;  1FLQ A;  2F2N A;  1CKG A;  1LSF A;  1GF6 A;  2Z37 A;  3AYQ A;  3CT0 A;  5J7C A;  1GF7 A;  3OJP A;  4ML7 A;  1LMC A;  3OK0 A;  4E3U A;  1VDP A;  4QGZ A;  4J1A A;  3ZVQ B;  1LSZ A;  1LJN A;  5F16 A;  1LHJ A;  1YL1 X;  3AB6 A;  3A6C Y;  3P65 A;  3QE8 A;  1HEO A;  5APE A;  1RI8 B;  5B06 A;  1ZVH L;  2AUB A;  1GF3 A;  1OUH A;  1IVM A;  4XJF A;  5LXW A;  4Z3M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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