5M1YA

The case of 1lkr held at the pdb and its variable amino acid occupancies; re refinement of 4ow9 to correct this
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The case of 1lkr held at the PDB and its variable amino acid occupancies; re refinement of 4ow9 to correct this
doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 40
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5m1yA00
3AZ6A 5I4YA 1LSNA 1YAOA 1LOZA 1HSWA 2DQAA 2ZIKA 1O23A 2ZYCA 3IJUA 1NWGA 1BWJA 1SLYA 2MEFA 1B9OA 1CKFA 4N1EI 5E4PA 1NMMA 4B4EA 5KXKA 154LA 1LJ4A 1TDYA 3AGGG 1TBYA 5I4XA 4G4HA 5KKIA 3WXUA 1UCOA 1IC7Y 1RI8B 1FLQA 4LFPA 1YKZX 4OOTA 4LT0A 5FEKA 1NKHA 4XENA 1GE2A 1LKSA 1SQ2L 2W1MA 1YAQA 5B1GA 2Z12A 5AMYA 1UA6Y 4ZIXA 3D3DA 2W1YA 4ETCA 1GFJA 5KXOA 1RJCB 2PC2A 2VB1A 2YSSC 5HNLA 1AM7A 1D9UA 1QTEA 1QSAA 4II8A 1REXA 2BQJA 3ULRA 5LYTA 4NWEA 4FDYA 5F9UA 1D0KA 1VATA 3MGWA 1ZVYB 2FBBA 1LZGA 4GCFA 1GB2A 1GEZA 2XTHA 3FE0A 4J1BA 4W94A 1F6RA 3LN2A 4WG7A 2MEIA 2G4PA 1LMNA 3A34A 3B0IA 1LJIA 3WU7A 4DD7A 1UIBA 4U3XB 3WUNA 5LAGA 4DD0A 1LSFA 5APEA 4WLDA 3B72A 1QTKA 1CJ7A 5LAFA 4WM1A 1GFAA 3P65A 134LA 2F4GA 2XBRA 3RZ4A 1LZ8A 2LYMA 4N0JA 2BQDA 1DKKA 1JIYA 5KXZA 1LSAA 1E8LA 4MSTA 4B4IA 4HV1A 1DPWA 1F0WA 2CJLA 3IJVA 4J0LA 4EOFA 3WYHA 3EO5A 3LYMA 4DD1A 4TWSA 1HEMA 1LHKA 1BVKC 3WVYA 1WQRA 1ALCA 1IWVA 4NHQA 1OUHA 1JHLA 5FCPA 1YL0X 1HSXA 5L9JA 2ZNWY 2MEDA 2DBTA 4IATA 4PRQA 5HNCA 5KXRA 4WOAA 1GF3A 4ANRA 3HBHA 1OUGA 1IIZA 1IR9A 1LZ5A 3FI7A 4UWVA 1IP3A 3BKHA 1N4FA 3F6ZA 2C8OA 3WW6A 1IWYA 4NSGA 1LZNA 3N9CA 4NGVA 4ET8A 1JJ0A 3WL2A 1HMKA 3AZ4A 1FLUA 5IELA 1WVUA 3W6FA 1LMPA 2HEDA 1GAZA 1NQIA 1CNSA 3AZ5A 1UUZC 2Z39A 5D5FA 3BKVA 1AKIA 4CFOA 5LXWA 4HTNA 132LA 5I54A 4PPOA 4FJRA 1LSBA 1C08C 2ZQ4A 4N9RA 4NGWA 4N8ZA 3AZ7A 4HP0A 4MR1A 4H8XA 1DI3A 3J4GA 4C3WA 1JJ3A 1LJFA 1B7OA 1LZ4A 2BQOA 2D6BA 1OUFA 1LJEA 4WLYA 1JWRA 1CKDA 1JITA 1GFVA 2ZIJA 2CDSA 1OUEA 4XADA 4DDBA 1LZEA 4XJFA 1GAYA 1FBIX 1LSEA 1GDXA 2MEHA 4HJYA 1NF5A 1B7RA 4LT3A 4NG1A 1G7IC 3A92A 1EQEA 3HBDA 3T36A 4CGEA 3A91A 2DQDY 4TSBA 4LYCA 3QY4A 1IOSA 1LZDA 1IC4Y 1LHIA 1B5XA 3CT0A 5KXPA 1EQ4A 4YEOA 1IVMA 1HENA 4E3UA 1JJ1A 1GB9A 1LSDA 1BB6A 2I6ZA 4O34A 4PHIA 5L3IA 3CT1A 1PS5A 2EKSC 4N1CC 2BQFA 1XEIA 1LZSA 4LT1A 2Q0MX 4WM6A 1AZFA 4WM2A 2WARA 4LGKA 3TXJA 5KXWA 1B7QA 3P4ZA 1GB5A 4Z98A 5B07A 4OWCA 4DDAA 5LVHA 2BQIA 1GF5A 3EMSA 4GCDA 3AGHA 3CSQA 1I1ZA 4NHTA 5E9RA 2DQGY 1QIOA 4NHIA 4R0FA 5A3EA 5HMVA 3N9AA 2C8PA 5KXXA 1LZ1A 1IOCA 1QSWA 3G3AB 2EQLA 2MECA 1JTPL 1VDQA 2Z38A 1F10A 5T3FA 4GLVA 4PJ2C 3WU8A 1YAPA 1I20A 1CKHA 4H9CA 3B0KA 4X3BA 2MEEA 2H9KA 1JEFA 1GE0A 4NGJA 4WM5A 3TXBA 3ATOA 5LA5A 5I4WA 4BAFA 3IWRA 3TXDA 3AJNA 2HEFA 1P2CC 1LZBA 2F30A 2GV0A 1CJ6A 5LA8A 1B0DA 1LYOA 2N5ZA 1GPQC 5KXSA 5B59A 1LYSA 1IWXA 4LYOA 2HTXA 207LA 1UIDA 3OJPA 4NGLA 1HFYA 1IY3A 3A96A 1GBOA 4WM3A 1CKGA 4H8ZA 4KXIA 2DQIY 3B0OA 1GF0A 4OWHA 2YBIA 3WUMA 4CJ2A 3A94A 4DWXA 2XJWA 5C6JA 5APDA 1HHLA 3WULA 1HELA 4YF2A 5I5QA 1B7NA 4TX7A 3TMXA 1BVXA 1BQLY 1LYYA 3LZ2A 5EBHA 1VAUA 4WL6A 1HNLA 1CJ9A 1YAMA 1JPOA 3G3BB 2D4JA 2HU3A 3P68A 5C6IA 4DD9A 5FSTA 1C10A 2LYZA 2EIZC 4GN3A 4H93A 4WLTA 2A7DA 3HBEX 3W6AA 1J1PY 2Z19A 1WTMA 1GBSA 1OUJA 3M3UA 3A3QA 4PGJB 3GXRA 1VDSA 2X0AA 4NWHA 1GF9A 4NFVA 3A6CY 2BQKA 4XN6A 1RFPA 5F9XA 1RCMA 5APFA 5FELA 2CWIA 135LA 1C43A 1HF4A 1IP4A 4RW2A 1J1OY 1LJ3A 1LCNA 2BQHA 4KL7A 2F2NA 4NGZA 4WLXA 2EPEA 1IR8A 1B7MA 1NBYC 1W6ZA 2HECA 4WL7A 4CHXA 1QDRA 1WQQA 3W6DA 3W3EA 4QY9A 2Z18A 3N9EA 1EL1A 1LMQA 1YQVY 1IP5A 1D0LA 4B0DA 2BQBA 1IWTA 1DI4A 4DD2A 1DKJA 1FLWA 1LZAA 3OK0A 4OOOA 1BWIA 1MLCE 1VDTA 1IP6A 1HERA 2XBSA 1GF7A 1B5ZA 1FKQA 4YM8A 1IX0A 3AYQA 3TXHA 1LJHA 1LHLA 1NDMC 1WVVA 2Z2FA 3M18B 2IFFY 1LSMA 2W1LA 2DQHY 1UIHA 2YBHA 4KPMA 4NSJA 1LZYA 4IJ4A 4LYTA 3RNXA 4NSIA 1UBZA 4H9FA 4OWBA 5FHWA 1IP7A 4H8YA 4HTQA 3ATNA 1REMA 1ZVHL 2Y8PA 1B5YA 3RW8A 5LINA 1LMOA 1XGQC 208LA 2YBLA 3SP3A 3WMKA 5LVIA 1GFTA 1BB7A 2LZTA 5LYZA 4AXTA 1GF8A 1HMLA 4LYBA 5KY1A 1NBZC 3CT5A 4J1AA 4Z41A 1QQYA 4XYYA 2BQMA 3CSZA 4WMGA 1V7SA 4C5FA 4G49A 4DDCA 5KXLA 1GEVA 1BB4A 1JSEA 1XSFA 1IR7A 4HV2A 1T6VL 6LYTA 5LVJA 1LHMA 2ZNXY 5DN4A 1LZ6A 4DD3A 1YKYX 4YENA 1GB0A 4H91A 4HJVA 1XEKA 2H9JA 3WW5A 4B4JA 3KAMA 2FBDA 3QE8A 4ET9A 4H1PA 1NDGC 1IEEA 1G7HC 1A4VA 2BAAA 4ETBA 2BQLA 1NHEA 3TMVA 4HSFA 1G7LC 3TXEA 5C6LA 1GF6A 5B05A 1LKRA 1XFPL 1BB3A 1FDLY 4WO6A 3WU9A 1LYZA 2HEBA 4G4CA 1JKAA 1I56A 2B5ZA 2HUBA 1XGPC 1C46A 5HMJA 5ILCA 1KXWA 4IASA 1CKCA 2D91A 3B6LA 5KXNA 1VFBC 4Z3MA 3WVXA 1UICA 1OUBA 1GB7A 2DQCY 1FN5A 4NSHA 4BS7A 2ZILA 1LMCA 1WTNA 3T6UA 4H9EA 1GBWA 1LAAA 1UIFA 2LZ2A 2MEAA 2YBNA 4LZTA 4OWAA 3CQLA 4QDNA 3ZVQB 3A93A 4YEMA 3WPLA 5LVKA 1KIRC 1REYA 4NGIA 4ETAA 8LYZA 3A8ZA 1IOTA 5F16A 4DT3A 1LJKA 3VWOA 1DI5A 5KXTA 1XGRC 4GN4A 4KT3A 3W6CA 2BQAA 1GFRA 1D0MA 4EMNA 1QUTA 4G4BA 1INUA 3LYZA 1B5UA 2G4QA 5LVGA 1GFUA 1WQPA 1FLYA 1XEJA 2ZQ3A 3TMWA 1VEDA 3EBAB 4WG1A 4NHPA 3WPKA 2ZWBA 1DQJC 1HFZA 1YILA 2IHLA 3LHMA 4TUNA 5IDDA 1B7LA 1LHJA 2YDGA 1CJ8A 5L3HA 3W6EA 4ETDA 1H87A 1QDTA 1T3PA 2Z2EA 2F4AA 5LIOA 1LZCA 5J7CA 5KXMA 5DM9A 2BPUA 4I8SA 4H92A 4M4OA 4WO9A 2BQEA 2ZYPA 1GFEA 3P64A 1TCYA 3TXIA 1LHHA 2BLXA 3WUAA 4QGZA 1GFKA 3A90A 4GN5C 1GWDA 3WPJA 4W96A 1WQNA 3LYOA 1REZA 4ZFPA 1KIQC 1B2KA 4GCCA 5K7OA 1OQMA 1QUSA 5B1FA 1GFHA 3E3DA 1AT6A 1GXV2 4NGYA 1JISA 1LPIA 1HEQA 4XJDA 2HEAA 1GXXA 5FDJA 4R6CA 1BGIA 3GXKA 4CFPA 1C45A 1GB6A 1IWWA 2A7FA 1IY4A 3P66A 3RT5X 4D9ZA 4HJZA 7LYZA 4OW1A 4DYGA 1MELL 4NEBA 2DQEY 1LZTA 1A2YC 3J6KA 3TXKA 2MEGA 1B7SA 1GHLA 3A6BY 5F81A 4H9IA 1BWHA 1GF4A 5B06A 194LA 1LSZA 1OP9B 4XJBA 5KXYA 1LJJA 1FKVA 5HLLA 2DQFC 1OUAA 3TXFA 1GFGA 1G7JC 1JTTL 3ZEKA 1AT5A 1YROA 1UIEA 1GE1A 1WQMA 4PRUA 1JKBA 1KXYA 2DQJY 3D9AC 5LYMA 5IHGA 1J1XY 2NWDX 1IORA 4NHSA 3QNGA 1W08A 4HPEA 4B1AA 3A95A 2HEEA 4I0CA 1IP1A 2AUBA 4ZEEA 3LZTA 5A3ZA 4Z46A 4BADA 5APCA 5ILFA 2YVBA 4UWUA 1GE4A 4LFXA 4ML7A 3AB6A 5I53A 1B7PA 1PZYA 4NGOA 1TEWA 9LYZA 4LYMA 1LJNA 1LJGA 3LYTA 4M6DA 2FYCA 4H9AA 1EQ5A 4N5RA 2RSCA 2I26L 2CGIA 1BB5A 1UIAA 1BHZA 1LMAA 1IP2A 1YL1X 2W1XA 4LYZA 4UWNA 4P2EA 1KIPC 1YIKA 2D4KA 3AGIA 1IWZA 4A7DA 1JKCA 153LA 4J7VA 2DKVA 1Z55A 1YKXX 4MCKA 4HTKA 1GBZA 1IWUA 2Z37A 1LMTA 3TXGA 4OWEA 5HQ1A 1KXXA 4RLMA 2G4NA 3RU5A 1GB8A 4LT2A 4YOPA 4B49A 3ZVQA 1UACY 3AW6A 1IC5Y 2LHMA 1UC0A 3TMUA 4L41A 4RDSA 4RLNA 5II3A 4H94A 4NGKA 4WM4A 4AGAA 1HEOA 1GE3A 193LA 1WQOA 2YBMA 1OUDA 1LTMA 1GBYA 1C7PA 3A67Y 4GLAA 5DLAA 1TAYA 3K3TA 4XJIA 3WH1A 2BQCA 1JSFA 4NG8A 2BQGA 1F6SA 5M1YA 5DL9A 1LZRA 5DN5A 3WXTA 5KJ9A 1YANA 1JKDA 5JENB 5D5CA 1OUIA 4NY5A 3HFMY 1LSYA 1HC0A 3AW7A 2LYOA 2HU1A 2BQNA 1DPXA 1GB3A 1D6QA 2H5ZA 4G9SA 3W6BA 5KKJA 4HPIA 1GD6A 1LZ9A 2FYDA 3CB7A 1IOQA 2MEBA 1OUCA 1HEPA 4TTDA 1RE2A 1GDWA 4BAPA 4NIJA 133LA 4H9HA 4XJHA 4H90A 1LSCA 3A3RX 1B5VA 1LSGA 4H9BA 4GCEA 1D6PA 1H6MA 4QEQA 2BLYA 2YBJA 1DZBX 1HFXA 4TSCA 1JUGA 1VDPA 1LSPA 1JTOL 1UIGA 1HEWA 1ZV5L 1IO5A 1G7MC 3EXDA 2D4IA 2I25L 5F14A 1GBXA 4XJGA 1ZMYL 3CSRA 4GCBA 1XGTC 6LYZA 4DC4A 1B5WA 1V7TA 4RW1A 4ETEA 1XGUC 1DXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AZ6A 1C65A 1HSWA 2DQAA 1L94A 3IJUA 4B4EA 2MEFA 3AGGG 4G4HA 1L88A 1C6IA 4EPFA 3RZEA 1G0MA 1GE2A 1LKSA 3D3DA 1GFJA 5KXOA 1RJCB 1L14A 3ULRA 5LYTA 3CDTA 4FDYA 1GB2A 4J1BA 2MEIA 1C6PA 4ETDA 3WU7A 1UIBA 4U3XB 3WUNA 5LAGA 4WLDA 5LAFA 4WM1A 3P65A 1LYJA 1LZ8A 5KXZA 108LA 4DJHA 3IJVA 4J0LA 198LA 1QT7A 1BVKC 1OUHA 143LA 1HSXA 2B6YA 3HBHA 1LZ5A 3BKHA 1G0LA 3N9CA 3WL2A 146LA 1L98A 1WVUA 3AZ5A 5D5FA 1LI6A 3HH5A 4CFOA 2ZQ4A 3HTGA 4NGWA 2ANVA 4MR1A 1LJFA 2D6BA 4WLYA 3K2RA 4XADA 4DDBA 1C6QA 1LSEA 4LT3A 4EKQA 2ANXA 1G7IC 3T36A 4TSBA 1T8GA 2RB0X 4W58A 1IC4Y 3CT0A 2RAYX 3C8QA 4E3UA 1JJ1A 259LA 3TXJA 1B7QA 2HUKA 4Z98A 214LA 4DQJA 1QIOA 5A3EA 1L49A 3G3AB 2MECA 4ARJA 5T3FA 184LA 115LA 2CUUA 3ATOA 5LA5A 1XJUA 2F30A 1OVJA 4I7MA 3OE0A 3A96A 4ZPUA 1GBOA 225LA 1OVHA 2B74A 2DQIY 1LI2A 2YBIA 4DWXA 1P6YA 2HUMA 3WULA 243LA 1HELA 5I5QA 3TMXA 1LYYA 4W52A 4WL6A 1L95A 1YAMA 3OE9A 112LA 1L10A 1L83A 1WTMA 1GBSA 113LA 1WTHA 1RFPA 1L29A 1RCMA 1L43A 219LA 1IP4A 4NGZA 1L66A 1LJ3A 2BQHA 4KL7A 1B7MA 149LA 1L81A 2HECA 246LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AZ6 A;  5I4Y A;  1LSN A;  1YAO A;  1LOZ A;  1HSW A;  2DQA A;  2ZIK A;  1O23 A;  2ZYC A;  3IJU A;  1NWG A;  1BWJ A;  1SLY A;  2MEF A;  1B9O A;  1CKF A;  4N1E I;  5E4P A;  1NMM A;  4B4E A;  5KXK A;  154L A;  1LJ4 A;  1TDY A;  3AGG G;  1TBY A;  5I4X A;  4G4H A;  5KKI A;  3WXU A;  1UCO A;  1IC7 Y;  1RI8 B;  1FLQ A;  4LFP A;  1YKZ X;  4OOT A;  4LT0 A;  5FEK A;  1NKH A;  4XEN A;  1GE2 A;  1LKS A;  1SQ2 L;  2W1M A;  1YAQ A;  5B1G A;  2Z12 A;  5AMY A;  1UA6 Y;  4ZIX A;  3D3D A;  2W1Y A;  4ETC A;  1GFJ A;  5KXO A;  1RJC B;  2PC2 A;  2VB1 A;  2YSS C;  5HNL A;  1AM7 A;  1D9U A;  1QTE A;  1QSA A;  4II8 A;  1REX A;  2BQJ A;  3ULR A;  5LYT A;  4NWE A;  4FDY A;  5F9U A;  1D0K A;  1VAT A;  3MGW A;  1ZVY B;  2FBB A;  1LZG A;  4GCF A;  1GB2 A;  1GEZ A;  2XTH A;  3FE0 A;  4J1B A;  4W94 A;  1F6R A;  3LN2 A;  4WG7 A;  2MEI A;  2G4P A;  1LMN A;  3A34 A;  3B0I A;  1LJI A;  3WU7 A;  4DD7 A;  1UIB A;  4U3X B;  3WUN A;  5LAG A;  4DD0 A;  1LSF A;  5APE A;  4WLD A;  3B72 A;  1QTK A;  1CJ7 A;  5LAF A;  4WM1 A;  1GFA A; 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 2D4K A;  3AGI A;  1IWZ A;  4A7D A;  1JKC A;  153L A;  4J7V A;  2DKV A;  1Z55 A;  1YKX X;  4MCK A;  4HTK A;  1GBZ A;  1IWU A;  2Z37 A;  1LMT A;  3TXG A;  4OWE A;  5HQ1 A;  1KXX A;  4RLM A;  2G4N A;  3RU5 A;  1GB8 A;  4LT2 A;  4YOP A;  4B49 A;  3ZVQ A;  1UAC Y;  3AW6 A;  1IC5 Y;  2LHM A;  1UC0 A;  3TMU A;  4L41 A;  4RDS A;  4RLN A;  5II3 A;  4H94 A;  4NGK A;  4WM4 A;  4AGA A;  1HEO A;  1GE3 A;  193L A;  1WQO A;  2YBM A;  1OUD A;  1LTM A;  1GBY A;  1C7P A;  3A67 Y;  4GLA A;  5DLA A;  1TAY A;  3K3T A;  4XJI A;  3WH1 A;  2BQC A;  1JSF A;  4NG8 A;  2BQG A;  1F6S A;  5M1Y A;  5DL9 A;  1LZR A;  5DN5 A;  3WXT A;  5KJ9 A;  1YAN A;  1JKD A;  5JEN B;  5D5C A;  1OUI A;  4NY5 A;  3HFM Y;  1LSY A;  1HC0 A;  3AW7 A;  2LYO A;  2HU1 A;  2BQN A;  1DPX A;  1GB3 A;  1D6Q A;  2H5Z A;  4G9S A;  3W6B A;  5KKJ A;  4HPI A;  1GD6 A;  1LZ9 A;  2FYD A;  3CB7 A;  1IOQ A;  2MEB A;  1OUC A;  1HEP A;  4TTD A;  1RE2 A;  1GDW A;  4BAP A;  4NIJ A;  133L A;  4H9H A;  4XJH A;  4H90 A;  1LSC A;  3A3R X;  1B5V A;  1LSG A;  4H9B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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