The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
45
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structure length |
45
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Chain Sequence |
RMKQIEDKIEEIESKQKKIENEIARIKKLLQLTVWGIKQLQARIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein/inhibitor
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae, human immunodeficiency virus
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| publication title |
Inhibiting HIV-1 entry: discovery of D-peptide inhibitors that target the gp41 coiled-coil pocket.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AN
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| total genus |
21
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| structure length |
45
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| sequence length |
45
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-09-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GK6 A; 3NTN A; 3UIA A; 1T2K C; 5AVW B; 5AVX B; 2WWW A; 3VYI A; 1GTW A; 2WPR A; 3HE5 B; 5AW5 B; 2R32 A; 3NXS A; 1H8A A; 3HE4 A; 5APT A; 1T2K D; 1MFZ A; 3M06 A; 2XU6 A; 3L36 A; 1H88 A; 4KHX A; 3P7K A; 3L37 A; 4HYT B; 1H89 A; 1NAF A; 2E42 A; 3O8Z A; 3M9B A; 2WPQ A; 1CSB A; 5APV A; 5AW7 B; 4C46 A; 2Q7C A; 2E43 A; 3B8E B; 1CZQ A; 3OAK A; 4JYB A; 3IR9 A; 4GT1 A; 3V4Q A; 2VRS A; 1OWA A; 2W27 A; 1JNM A; 5AW6 B; 3VMY A; 5AW3 B; 2C9N Y; 4M3L A; 4C7N B; 4LC1 A; 5AVT B; 1GD2 E; 3P8M C; 2IPP A; 2WT7 A; 2P2U A; 1X8Y A; 5AW8 B; 5APS A; 1A02 F; 3MD0 A; 5AW0 B; 5AW4 B; 3I5C A; 1SP4 A; 1HWT C; 1JUN A; 1OXZ A; 2R3C A; 3TNU A; 4B86 A; 2WTY A; 2KP8 A; 4EOT A; 3MGN A; 3HE4 B; 1MV8 A; 2H7H A; 3A7O A; 4GKG A; 4DZO A; 3P32 A; 1YYC A; 1S9K E; 2XV5 A; 2Q5U A; 4AQR D; 5AVV B; 2YO3 A; 3L35 A; 5AW9 B; 2ZXE B; 5AVQ B; 1DH3 A; 4AYC A; 2N9B A; 5AW1 B; 1GZL A; 1SLQ A; 1CI6 A; 3A5T A; 3A3Y B; 2YNY A; 3M0A A; 3KDP B; 4JYC A; 1IO4 A; 3M0D A; 1NWQ A; 2ZFC A; 2JJL A; 1GK4 A; 4XE5 B; 3VTP C; 3A2A A; 2BAS A; 2P7J A; 2R5B A; 2WT7 B; 3V4W A; 2XZR A; 3HE5 A; 3VMX A; 5APW A; 2YO2 A; 3M9H A; 5CMZ A; 1HUC A; 2QM7 A; 2C9L Y; 2W6A A; 1J2J B; 3NMD A; 4RES B; 2QM8 A; 5APU A; 3TNU B; 3VN0 A; 2Z5I A; 3T97 A; 3NFQ A; 5APY A; 5AVU B; 1FOS F; 5AVY B; 3SWF A; 3KQG A; 2P67 A; 3LIE A; 3V5B A; 1A02 J; 1HBW A; 1S9K D; 3TYY A; 5AVR B; 1HJB A; 3TK1 A; 3LID A; 1MUU A; 2R5D A; 5AVS B; 1GU4 A; 1G2C B; 4I2L C; 1GU5 A; 5AVZ B; 5APQ A; 2WPS A; 3M91 A; 4C7N A; 3HTK A; 2Q3I A; 1FAV A; 2Z5H A; 4I6M C; 1CI6 B; 1KQL A; 5AW2 B; 3VMZ A; 4AUW A; 1FOS E; 5APX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M1J C; 3TGU D; 3SSU A; 1DD4 A; 2SPZ A; 3HD7 B; 2KS1 A; 1DD3 A; 3P8C E; 2IBZ I; 2M3E A; 2ZXX A; 2IFM A; 3BCC G; 3ZDM A; 1KZU B; 1H89 A; 3PLN A; 2D2C D; 1K05 A; 5K5G B; 2ZVO B; 5KLI B; 1BGY J; 2PP6 A; 1Z56 A; 1ZLL A; 3FXE A; 3H1K E; 3JSV C; 5CJ0 A; 1LWU C; 2N1T A; 1NVO A; 1EXI A; 2LXC B; 2OQQ A; 4ASW A; 4DZO A; 1G2C A; 4D6T J; 4WY4 C; 3R2P A; 2YKO A; 4PV1 B; 3V2R A; 5AW1 B; 4WY4 D; 2FFD B; 2HOD B; 2P10 A; 4N78 D; 1EZV G; 3V4W A; 3HD7 C; 2FYU E; 3CCU P; 1QVF O; 3BRV B; 2C9L Y; 1SQQ D; 4U3F D; 1J2J B; 3C1L A; 2KK7 A; 4Y99 B; 3L71 E; 1KYO H; 3L72 J; 3MIW A; 5KLI C; 3QWO C; 4GOD A; 1FZC B; 2KXP B; 2OYI A; 1Q86 Q; 1L0N K; 1FOS E; 5BU5 A; 1QL2 A; 1L0L D; 2WVR A; 4RO0 A; 1NTM J; 3L37 A; 3JCU H; 3F5H A; 1ZXG A; 2WPQ A; 1ZW0 A; 4PV1 C; 3A0B E; 1LT1 A; 2FFD C; 2W6J H; 1SQX E; 3BAS A; 1FS0 E; 3L73 G; 4PV1 D; 3GW6 A; 2WT7 A; 3U1C A; 1OFC X; 1AA0 A; 4W7Z A; 1JTH B; 1Q7Y Q; 4Y99 C; 1IFP A; 2K9J B; 1S5L H; 2M0B A; 1J1E B; 1VL2 A; 2RN0 A; 3KZI E; 1AVY A; 1GL2 B; 3L70 D; 3L35 A; 1NOH A; 1PPJ G; 4OWF A; 1FZC C; 1P84 I; 1VQ9 P; 3CCQ P; 3A5T A; 3L74 J; 2JP3 A; 3Q3D A; 1BGY G; 2KIK A; 1HJ0 A; 2YKP A; 5GTH E; 1T6A A; 3M9H A; 2QEX P; 3NMD A; 2QM8 A; 1HGV A; 3CCS P; 1VQ4 P; 1L4A B; 3VP8 A; 2GUS A; 1HBW A; 2HPC B; 1Q81 Q; 1FZB A; 5APQ A; 4D6T G; 2FBW C; 5KAF H; 3CMA P; 2XNX A; 2HFE D; 1W2E A; 1M1J A; 1H0T A; 3HE5 B; 1BCC J; 5KLV J; 4BRY B; 1J1E C; 3HE4 A; 1L0N D; 1GL2 C; 2XDJ A; 2QJP B; 1KC8 Q; 1RY3 A; 4ZKU A; 1OVV A; 4C46 A; 5KJ7 C; 1GL2 D; 3PTZ A; 3L72 G; 4IL6 H; 1G1J A; 1LTB C; 3H6P A; 5AW6 B; 3VMY A; 3KXD A; 3H1I G; 1DX7 A; 5KJ7 D; 3MD0 A; 1LWU A; 1JEK A; 3SFE C; 1ZR2 A; 4UB8 H; 1L4A C; 1JM0 A; 2OTJ P; 1GW4 A; 3RBX A; 2NPS B; 1L4A D; 2OTL P; 1NTM G; 4WY4 A; 2V7Q H; 4AYC A; 2W83 C; 3L73 E; 3VTP C; 2BAS A; 2P7J A; 4NPD A; 3M9Q A; 1SQB J; 3HD7 A; 5APW A; 3U59 A; 1OVR A; 1YQ4 C; 1HH0 A; 1X22 A; 2J58 A; 3NFQ A; 2QJP C; 5AVU B; 4IFM A; 3V2Q A; 3AE6 C; 2PFX A; 2R5D A; 2FYU K; 1PPJ E; 5DJU B; 3M91 A; 2H8P D; 1Q2N A; 2Q3I A; 4I6M C; 1CI6 B; 2WSS H; 2CPS A; 3L74 G; 3C8V A; 3GMA A; 3HRN A; 3IF4 A; 2A06 G; 2Q1K A; 1E79 H; 2NPS C; 2XU6 A; 1NAF A; 2KZI A; 1E5W A; 5AW7 B; 4XFJ A; 1CZQ A; 2NPS D; 1URQ C; 3PH0 A; 1VQ6 P; 2FFD A; 2HOD A; 5C39 A; 3PRJ A; 1URQ D; 3E1R A; 2K37 A; 3GLM A; 1NU1 J; 4Y28 J; 5AW0 B; 1JUN A; 1SP4 A; 3GF3 A; 3EWK A; 3P8C D; 1SQX K; 1BE3 J; 3KPE A; 1BCC G; 5KLV G; 1S9K E; 4WB4 A; 4UB6 E; 1FZC A; 3H1L E; 3I56 P; 3E1I A; 1IO4 A; 2E76 D; 1EDI A; 3AEB C; 2BCC J; 3H1K D; 2E75 D; 4RJT A; 4ASV A; 4C7R A; 1NTZ E; 5CMZ A; 1KFN A; 2QIW A; 1SQV J; 1NAY A; 3CCM P; 1PGQ A; 4OGQ B; 1RQU A; 3TYY A; 3VOP A; 3EFG A; 2IDB A; 3IFM A; 1SVF A; 1ZRT E; 1VDF A; 3BAT A; 1S4X A; 2KI7 B; 2WMM A; 2KSJ A; 1YJN P; 3NTN A; 4LGD E; 1FC2 C; 2FYU D; 1T2K C; 4JQ0 D; 1JTH A; 1U57 A; 3AE4 C; 3NXS A; 1N86 A; 1H8A A; 3A0H E; 2BEZ F; 2K9J A; 1T2K D; 3L71 D; 1GL2 A; 2K3R A; 5B66 H; 4OH8 B; 1YHQ P; 5APV A; 2Q6Q A; 3B5N B; 3V4Q A; 5KJ7 A; 2JO1 A; 3CXH E; 4M3L A; 1FDM A; 3CCV P; 3V2N A; 3L74 E; 1ZR4 A; 5KAI H; 2LKM A; 1M8O B; 2QRX A; 1WRG A; 4PD4 E; 1LTS C; 1M56 D; 1OXZ A; 2KP8 A; 4L75 A; 4OGQ C; 1L4A A; 4EIJ A; 2HPC A; 3A7O A; 3S4R A; 4YPC A; 2XV5 A; 1J1D C; 2YO3 A; 1Y9B A; 2W90 A; 1KMI Z; 1SQX D; 2GA1 A; 3CC2 P; 3CXH H; 2AXC A; 2O3J A; 1RF0 C; 1KB9 I; 2XZR A; 1YIJ P; 3HE5 A; 2JWD A; 1NU1 G; 2QM7 A; 4NPF X; 2D2C B; 4BRY A; 3CX5 E; 3H1J E; 1BDD A; 3MTU E; 1XTG B; 3BVH A; 5L8R J; 1R5L A; 3KQG A; 1RHZ B; 1BE3 G; 3V5B A; 3B5N C; 3L75 E; 1GU4 A; 1M57 D; 4H13 B; 2PAJ A; 3RL0 g; 2B89 A; 1HF9 A; 2IBZ E; 3AED C; 4TT3 H; 2V7Q J; 2B88 A; 2BCC G; 3OA7 A; 4TLF A; 5AW5 B; 2R32 A; 1CW5 A; 2ITA A; 1SQV G; 4N6J A; 3P7K A; 2NPS A; 4YXD C; 1NHL A; 1JCC A; 4W80 A; 1SQP E; 1VQ7 P; 2A45 I; 2P2U A; 2D2C C; 1A02 F; 3D70 A; 5BVZ A; 1SQQ J; 1SQB E; 1ZV8 A; 4U3F J; 3AEF C; 2JEE A; 4IOI H; 3WMM 0; 4H13 C; 3RK3 E; 3E7K A; 3CCR P; 2QJK B; 3VP9 A; 4H13 D; 2WSF J; 1CI6 A; 1JOC A; 1YJW P; 1AQT A; 2O01 H; 2R5B A; 3AE7 C; 1PP9 E; 2IX7 C; 5AVY B; 3S9O A; 2NRG A; 1NTZ K; 1BSH A; 2Y0D A; 4A7P A; 1EDK A; 2MJZ A; 3L73 D; 2K88 A; 4YTP C; 5TJH A; 2IYP A; 1JY2 O; 1EXJ A; 5AVX B; 1MFT A; 3VYI A; 4DT0 A; 2Y9Z A; 3TGU G; 1S2E A; 3G9R A; 3D6Z A; 3USS A; 1IFI A; 1ZOY C; 3L36 A; 3H1I J; 2QJK C; 3V6I A; 1RE4 C; 3IR9 A; 3L70 J; 4C7N B; 4LC1 A; 1KQG B; 3BRT B; 4HKZ H; 1KYO I; 2FY8 A; 1K73 Q; 4DOJ A; 2AXT E; 1P84 E; 3CLQ A; 4RKU J; 3AE1 C; 1MZ9 A; 2FKW B; 1IK7 A; 2AEM A; 4IFD K; 3RGU A; 3WUT A; 2E5T A; 1FDI A; 2IZ0 A; 2KB7 P; 2ZFC A; 5H2F E; 2OYO A; 3MUD C; 1RF0 A; 2QJY B; 3VMX A; 3BCC E; 1NKZ B; 4KJM A; 3W68 A; 1FOS F; 1NGM B; 1L0N J; 1SQQ G; 3A0B H; 4U3F G; 1S9K D; 3G3Z A; 1LTT C; 2M3B A; 3B5N A; 2KZJ A; 1RE3 C; 4H44 B; 3H1L D; 1K8A Q; 1VF5 D; 4I1L A; 3ITK A; 3MZW B; 2H88 C; 1G1I A; 2POH A; 4GOE A; 1KTM A; 1RF1 B; 1VPC A; 1NTZ D; 3FXD A; 1Y8A A; 3HUS B; 2YMY A; 1NH4 A; 4YXW H; 3KZI H; 1MFZ A; 1LT9 B; 2P58 A; 2PRR A; 3Q5P A; 2FXO A; 2Q7C A; 1ZRT D; 2YXQ B; 2WSE H; 3AE2 C; 1EZV E; 1GD2 E; 5GTH H; 2HR3 A; 2QJY C; 3II6 A; 3R4Y A; 1KV4 A; 2B87 B; 5APS A; 1SQP K; 1BSN A; 2Y9Y A; 4HH2 A; 3MGN A; 1QL1 A; 1T3U A; 4H44 C; 1AFO A; 3GF7 A; 1KOR A; 2JKV A; 3CXH D; 1Y47 A; 1S72 P; 1S5L X; 4QMA A; 1GZL A; 1SQB K; 4NPE A; 4H44 D; 3M0D C; 3L70 G; 4JYC A; 1RF1 C; 3S1K A; 3AEG C; 1M90 Q; 3HUS C; 4PD4 D; 1HGZ A; 1HUC A; 1KIL E; 5APU A; 1YIT P; 3TNU B; 3CCL P; 1LT9 C; 5KTB A; 1PFI A; 1OVU A; 3N7N A; 1OIP A; 4WBA A; 1FZG A; 3WU2 E; 1URQ B; 1QX8 A; 3LW5 H; 2KOG A; 1QVG O; 3KYQ A; 3RL0 B; 3VMZ A; 2ZT9 B; 1GMJ A; 1N7S D; 1NTK J; 1K04 A; 1KFM A; 1YJ9 P; 2C0X A; 3CX5 D; 2O01 J; 3H1J D; 3Q5S A; 3CPW O; 3RK3 B; 1FE6 A; 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