The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
45
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structure length |
45
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Chain Sequence |
RMKQIEDKIEEIESKQKKIENEIARIKKLLQLTVWGIKQLQARIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
GP41 N-PEPTIDE
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| publication title |
Design of a potent D-peptide HIV-1 entry inhibitor with a strong barrier to resistance.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
De novo protein
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| total genus |
20
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| structure length |
45
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| sequence length |
45
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-16 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NAF A; 1H88 A; 1CZQ A; 3V5B A; 4I2L C; 2W27 A; 3TK1 A; 2E43 A; 1MV8 A; 2Q3I A; 3LID A; 2IPP A; 2N9B A; 5AVW B; 4B86 A; 3B8E B; 1T2K C; 1FOS F; 1A02 F; 3L36 A; 3TNU A; 5APT A; 3TNU B; 1YYC A; 1CSB A; 2Z5I A; 2ZFC A; 1GK6 A; 2W6A A; 2QM8 A; 5AVX B; 1IO4 A; 3T97 A; 5AVQ B; 1GU4 A; 4GKG A; 1CI6 A; 1CI6 B; 2Q5U A; 2Q7C A; 2Z5H A; 3MD0 A; 5CMZ A; 3NMD A; 5APU A; 3HE5 A; 3HE5 B; 3A5T A; 2R3C A; 3IR9 A; 1JNM A; 1MFZ A; 1GU5 A; 3KDP B; 4DZO A; 3A2A A; 4GT1 A; 3O8Z A; 4I6M C; 3P8M C; 1KQL A; 3VMY A; 2P67 A; 4LC1 A; 1NWQ A; 4AUW A; 1T2K D; 1GD2 E; 4KHX A; 5AVY B; 2C9N Y; 2WTY A; 3VMX A; 2H7H A; 2XU6 A; 5AW9 B; 2XV5 A; 2C9L Y; 2KP8 A; 5AW7 B; 2P2U A; 4HYT B; 3VN0 A; 3HE4 A; 3HE4 B; 4EOT A; 2WT7 A; 2WT7 B; 3VMZ A; 1GZL A; 1J2J B; 3L37 A; 3MGN A; 3I5C A; 5AVT B; 2E42 A; 1GTW A; 1H89 A; 1DH3 A; 3M06 A; 1MUU A; 2JJL A; 5AW5 B; 1JUN A; 1S9K E; 5AW4 B; 3NTN A; 5APQ A; 5APV A; 5AW3 B; 3NFQ A; 2YNY A; 5AW2 B; 2WPS A; 3SWF A; 3A3Y B; 5AW6 B; 2ZXE B; 3UIA A; 1HJB A; 5APW A; 1FOS E; 2P7J A; 5APY A; 5AW0 B; 4C46 A; 2WPR A; 1SLQ A; 4M3L A; 5AVZ B; 1HWT C; 2R5D A; 3A7O A; 2XZR A; 2R5B A; 4AYC A; 2R32 A; 5AW1 B; 2WPQ A; 5AVV B; 1HBW A; 2YO2 A; 4XE5 B; 5APX A; 1S9K D; 1OWA A; 2YO3 A; 1GK4 A; 2WWW A; 3V4Q A; 4RES B; 3VTP C; 4JYB A; 3V4W A; 2VRS A; 1HUC A; 1OXZ A; 3L35 A; 3P32 A; 5APS A; 1SP4 A; 3M91 A; 5AVU B; 1H8A A; 5AVR B; 3KQG A; 3M9H A; 1G2C B; 5AVS B; 4JYC A; 3NXS A; 2QM7 A; 3VYI A; 4C7N A; 4C7N B; 3TYY A; 3HTK A; 4AQR D; 1FAV A; 3P7K A; 2BAS A; 1X8Y A; 1A02 J; 3M9B A; 5AW8 B; 3M0A A; 3OAK A; 3LIE A; 3M0D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A45 H; 2J59 M; 1RF1 A; 3A0H E; 4K3A A; 5E79 E; 1FOS F; 3VP9 A; 2HLO A; 1NJI Q; 1SQV J; 2G8Y A; 1K9M Q; 2ITA A; 1KN7 A; 4JQ0 D; 1EDL A; 2L5G B; 2W83 C; 2KIK A; 1BE3 G; 1EDJ A; 5B5E H; 4WY4 C; 4ASW A; 4BRY B; 2ZXX A; 3F5H A; 4OGQ D; 2H7H A; 2O1K A; 4HH2 A; 4GOD A; 1VF5 D; 2E75 C; 3VN0 A; 1LP1 A; 4WY4 A; 4GOF A; 3N4X A; 1R5S A; 5AW5 B; 1IFI A; 1S9K E; 4GDO A; 4A7P A; 2IYP A; 2WZ7 A; 1SQP E; 4ASV A; 2ZT9 D; 4M3L A; 1ZRT E; 3RK3 D; 4YXD C; 1QL2 A; 1NTK J; 1GK4 A; 3MP7 B; 2JEE A; 2I1K A; 4IFF A; 3V2N A; 2RKL A; 2ZAE B; 2QM7 A; 3VYI A; 3HTK B; 4D6T E; 2HPC A; 3CX5 H; 1HH0 A; 3BAS A; 4YTP C; 3AEA C; 1WMK A; 1D7M A; 1SFC B; 2W6J H; 5DJT B; 3T97 B; 2P1J A; 1M1J C; 1SQP J; 2B88 A; 1NO4 A; 5CMZ A; 4K35 A; 4EDF A; 1P84 H; 1IC2 A; 3CWB E; 2KXP B; 1M1J A; 1R8E A; 2QIW A; 3VMX A; 1VL2 A; 1XTG B; 1Q82 Q; 2C9L Y; 5B5E E; 2P2U A; 1VQO P; 2FFD C; 1AA0 A; 1KYO H; 1FZC A; 4D6T J; 1KQS O; 1NKN A; 1S2E A; 3TF5 A; 5KLV K; 2FFD A; 5CCG D; 4IFD K; 2ZXE B; 1N7L A; 4R4M A; 2LR2 A; 3GHG B; 2AXT E; 3C8V A; 5AVV B; 4Y99 C; 3JSV C; 1YQ3 C; 3AE6 C; 3VTP C; 1GL2 B; 3VOP A; 3H1L E; 1OXZ A; 5APS A; 4ZMD A; 1EXJ A; 2PFX A; 2HOD B; 2NPS D; 1G2C A; 1RE4 C; 1N73 A; 1HTL C; 1MFT A; 1JEK A; 4JBZ A; 3OAK A; 1ZR2 A; 5KLI B; 1U7M A; 2Z4E A; 1HF9 A; 4I2L C; 1NTZ G; 3BCC G; 2UWJ E; 2V7Q H; 1UIX A; 3CX5 E; 4I7Z C; 4H0L C; 3B8E B; 3GW6 A; 3SWK A; 1K73 Q; 4OGQ C; 3CC7 P; 1YYC A; 1L0L G; 4W80 A; 3RK2 B; 1PIX A; 2GUS A; 2WSC J; 3TSI A; 1YIJ P; 3MD0 A; 4U3F E; 1Y8A A; 4O9B A; 2E76 B; 1Q86 Q; 3H1J E; 3CCV P; 1QVG O; 2P67 A; 3CCM P; 4RJT A; 2YXR B; 2PGD A; 3PTZ A; 3H1L J; 1KIL C; 1KQF B; 1FS0 E; 2ZT9 C; 4PD4 H; 1N7S D; 2E5Y A; 1KIL A; 2IBZ I; 1H89 A; 3M06 A; 1MUU A; 1KYO E; 1SQP D; 2BCC G; 5APV A; 3WU2 H; 3PRJ A; 3H1I G; 2QRX A; 3L4F A; 3L73 E; 1YQ4 C; 1SQX D; 2QEX P; 2H89 C; 4H44 D; 1HBW A; 1EZV D; 4U3F J; 1RF1 B; 1JOC A; 1SP4 A; 3H1J J; 2HG5 D; 3M9Q A; 1J1E B; 4QMA A; 3HD7 A; 3H1K J; 1M1K Q; 2ZYD A; 1M57 D; 1OVR A; 2M8R A; 2JWD A; 2Q3I A; 3LID A; 2AXC A; 2WSE H; 1L0N E; 2FYU J; 2O01 N; 1SQX K; 2YKQ A; 1KQG B; 1GK6 A; 2W6A A; 2WMM A; 3KPE A; 1KD1 Q; 3PP5 A; 3CCQ P; 2CPS A; 3EWK A; 1CI6 B; 3L73 J; 3CWB D; 5B66 H; 1PP9 E; 4GT1 A; 1S5L E; 4LC1 A; 3GMA A; 3WUV A; 3AEB C; 3RL0 C; 1AQ5 A; 1H0T A; 2M3B A; 1MZ9 A; 4HYT B; 3CC2 P; 2WT7 B; 4OH8 B; 2FKW B; 3I5C A; 1E79 H; 1X22 A; 4PD4 E; 1LTS C; 3CPW O; 4PV1 D; 2NPS C; 1L0N J; 2OTK E; 1NYH A; 5APW A; 1FOS E; 2HPC B; 5APY A; 3WU2 E; 1SLQ A; 1S1C X; 1BSH A; 3RGU A; 2HR3 A; 3L74 J; 1LWU B; 1PP9 J; 3H1H E; 3B4S A; 1H8A A; 1E5W A; 1BCC E; 3HUS C; 3V6I A; 5KTB A; 2OYI A; 2K1A A; 3L75 E; 3P7K A; 1X8Y A; 1A02 J; 5H2F H; 2IDB A; 1ZLL A; 1JCC A; 3WUT A; 3CX5 D; 5DJU B; 2W27 A; 3OA7 A; 1OFC X; 2WSF J; 2CPB A; 1PFI A; 3USS A; 2H88 C; 3I56 P; 3HE5 B; 2HYN A; 1X0T A; 3B71 A; 3D71 A; 1JY2 P; 3L72 E; 1LTJ B; 2OYH C; 1N7S C; 3KDP B; 3MUD C; 1P84 D; 2D2C C; 1VQL P; 4UB6 H; 1KB9 H; 4I1L A; 2C0W A; 1ZW0 A; 5B66 E; 2M5A A; 2FBW C; 3LW5 H; 3H1H J; 4H44 C; 3MGN A; 3L75 J; 1GTW A; 1KYO D; 3EFF K; 4H13 D; 1PGO A; 5KLI C; 1EC5 A; 3SWF A; 3L70 E; 3GF3 A; 2OGU A; 1N73 B; 3UIA A; 2WSS H; 2ZVN B; 1LTA C; 4KJM A; 1LT9 C; 2KOG A; 3AE8 C; 5AVZ B; 1FZG A; 2R5D A; 1W5C E; 2WSE J; 5AW1 B; 1NTM E; 1Q2N A; 3BAT A; 3TGU J; 2V4H A; 3FGA D; 4RES B; 2QE7 H; 2P10 A; 1SQV E; 1QEX A; 3M9H A; 5AVS B; 1KFM A; 4BWN A; 3RBZ A; 3TYY A; 3CX5 I; 1L0N D; 4N78 E; 1NAF A; 1NU1 D; 3ZDM A; 3WUU A; 5H2F E; 4B86 A; 1A02 F; 1CSB A; 4JF7 A; 1NH4 A; 4RKU J; 3L70 J; 2CK3 H; 1PP9 D; 4NPE A; 1S3J A; 2QJP C; 1GU5 A; 1K8A Q; 3P8M C; 1YBK A; 1NTM J; 2QSI A; 1NKZ B; 2WTY A; 4L73 A; 4PV1 C; 4TLF A; 5AW7 B; 2ZVO B; 1KYO I; 1WRG A; 4UB6 E; 1KB9 E; 2O3J A; 4IL6 H; 1NTK E; 1FE6 A; 2B87 B; 1NU1 K; 2N1T B; 5AVT B; 2E42 A; 4PD4 D; 3V2P A; 2R44 A; 2K88 A; 1JUN A; 1SQB D; 1BE3 J; 5KKZ C; 5AW3 B; 3AE3 C; 2WPS A; 1JTH A; 1QGK B; 1HJ0 A; 1TU3 F; 3HD7 B; 3U59 A; 3Q3D A; 1FJK A; 2WSC H; 1BCC D; 1URQ C; 1VDF A; 3M91 A; 1LTB C; 4TT3 H; 3L75 D; 2HFE D; 2AXT H; 1KOR A; 1URQ A; 1Q90 D; 1J1D B; 3M9B A; 5AW8 B; 1USE A; 1DIP A; 1PPJ D; 1H88 A; 1SQB K; 3TK1 A; 4IOI H; 3LW5 J; 5BU5 A; 1ZME C; 3CXH H; 1JY3 P; 3SWY A; 3TNU A; 1RQU A; 1RF0 C; 3KXD A; 2E74 C; 3L72 D; 2Q7C A; 2Z5H A; 2QJK B; 1LTI C; 3GG2 A; 5APU A; 2K9J A; 3A5T A; 2R3C A; 1IFN A; 2W90 A; 1RF0 A; 2MKV A; 1OMI A; 4I6M C; 4H13 C; 3L71 D; 2N1T D; 2RMZ A; 5AW9 B; 1LWU C; 4PD4 I; 1AVO A; 2QA4 P; 2KLV A; 3OJA B; 2WVR A; 2JWA A; 1FZE A; 3VMZ A; 5CBN A; 1GZL A; 1YI2 P; 1SQQ D; 3G4S P; 1VQ6 P; 1G1J A; 1U7J A; 3CCJ P; 3L70 D; 5AW4 B; 4IL6 E; 1AVY A; 1GW3 A; 1NVO A; 5AW2 B; 3CCE P; 2KNC A; 1AQT A; 1SQP G; 2OYI B; 1SVF A; 1Z56 A; 1GW4 A; 1NTM D; 3CCU P; 1SQX G; 1NTZ E; 3B5N B; 1YIT P; 1SQV D; 4JYB A; 3L35 A; 4WVZ A; 1L4A C; 1EZV G; 1L0L E; 2IBZ D; 4C7N B; 5CCH D; 3CCS P; 1L4A A; 1SQQ K; 3LIE A; 1FC2 C; 5GTI H; 2N9Y B; 2A45 G; 2KS1 A; 1OVU A; 2JP3 A; 2YMK A; 3CXH E; 3P8C E; 3NMD A; 1FJP A; 1BGY E; 2M3E A; 1SFC D; 1IK9 A; 1KZU B; 1MFZ A; 1SQV K; 1RE4 A; 1L2P A; 3CWB G; 3VMY A; 3S9O A; 2BCC E; 4YPC A; 1JO5 A; 1NTZ J; 3H1I E; 3BCC J; 4EIJ A; 3MTU E; 1KB9 D; 2YMY A; 1L0L J; 1NTK D; 3HE4 B; 1S5L H; 1VF5 C; 3AE9 C; 3II6 A; 1ZOY C; 4L74 A; 4BXL A; 1K04 A; 2Y9Z A; 5CHX A; 1HGZ A; 3B5N D; 3Q5P A; 3CME P; 1VQ4 P; 2IZ1 A; 1KFN A; 2WSF H; 2P7J A; 3H1K E; 3PHL A; 1BDD A; 2FYN C; 3FWL A; 5AW0 B; 3EQ2 A; 5TIS E; 1S9K D; 3RK3 C; 2FYU E; 1VQM P; 3V4Q A; 1BGY J; 2Q1K A; 3U1C A; 3KQG A; 3M0D C; 2AEM A; 2BCC J; 1YTZ T; 2KK7 A; 1RHZ B; 1GL2 D; 4JYC A; 3H1I J; 1NTK K; 3FXD A; 1ZRT D; 5KAF E; 3O6Q A; 3M0D A; 5KJ7 D; 1EXI A; 2JKV A; 4JPZ B; 2RH0 A; 2OTL P; 1X79 B; 4D6T D; 5GTI E; 5AVX B; 1KV4 A; 2OQQ A; 4HB1 A; 3RK2 D; 1JNM A; 2KLU A; 3U1A A; 1KB9 I; 3H6P A; 1SQP K; 1GD2 E; 2OAR A; 4BRY A; 1DD4 A; 2E76 D; 2XV5 A; 1U57 A; 2W8Z A; 4EOT A; 1LP1 B; 4WY4 B; 3L74 E; 2J5U A; 1T3U A; 1QVF O; 1T8Z A; 2I1J A; 2M0B A; 2E75 B; 1OW6 A; 3G3Z A; 4OWF A; 5CCG C; 2R3S A; 3Q5S A; 3C9I A; 3FWN A; 1VQN P; 2NZ2 A; 1JM0 A; 3A7O A; 5CCG A; 2YO3 A; 2Y0D A; 4HJG H; 3PJS K; 2K3R A; 4CPG A; 3MZW B; 1NOH A; 2QVA A; 3HTK A; 1FAV A; 3KYQ A; 5KAI E; 2KSJ A; 1SFC C; 3H1L D; 1OIP A; 4IFM A; 1PZQ A; 2NPS A; 3N7N A; 3TDK A; 1M7L A; 1L0N G; 1NU1 G; 3CXH D; 2QM8 A; 2KYV A; 3T97 A; 5AVQ B; 1BGY D; 2AEJ A; 3IR9 A; 1OW8 A; 3HUS A; 4WY4 D; 1PP9 G; 1KQL A; 1RH5 B; 1VQ8 P; 1M1J B; 1LTT C; 5AVY B; 2B9B A; 2P58 A; 1M90 Q; 3KHU A; 2XU6 A; 3IN6 A; 1KIL E; 1RE3 C; 3EFG A; 3AEC C; 4U3F D; 3AE2 C; 4EYY Q; 1FDI A; 2JO1 A; 1NHL A; 1FZC B; 3TGU E; 2BEZ F; 1J2J B; 3H1J D; 3Q1M A; 1MKM A; 1DH3 A; 2POH A; 3GHG C; 1S4X A; 1LGH B; 2FYZ A; 2FFD B; 2GUV A; 2YNY A; 1VPC A; 1PV3 A; 3H1K D; 1SQB G; 2OYH A; 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1DEB A; 3G9R A; 2KI7 B; 4GKG A; 1KC8 Q; 1CI6 A; 1FBM A; 4DZO A; 5GTH H; 1BDC A; 1RQV A; 4LGD E; 4AUW A; 4KHX A; 3E1I A; 1KIL D; 3CI9 A; 2BEQ D; 4UB8 H; 2JR8 A; 3AEF C; 2KP8 A; 4PJ0 H; 1H0T B; 1ZXG A; 3WMM 0; 2FXP A; 3TGU D; 2QG4 A; 1SQX E; 2WT7 A; 3RL0 B; 1NTK G; 1PL5 A; 2O1J A; 3F89 A; 1IJD B; 1USD A; 1DD3 A; 1OVV A; 1EZV E; 5APQ A; 3CMA P; 2ZYG A; 1IFM A; 4AYC A; 3G71 P; 3HD7 D; 2PAJ A; 2NPS B; 1YJW P; 3D6Y A; 4R4L A; 1LWU A; 4EI2 A; 1N86 A; 5KLV D; 1VQP P; 1W2B O; 3GF7 A; 3BRT B; 5K5G B; 3ABV C; 2A06 D; 3NXS A; 1XTC C; 5TIS H; 5CBO A; 3HUS B; 1SQX J; 3BRV B; 2KUB A; 3BCC E; 2N9B A; 5AVW B; 3C1L A; 5KAF H; 1FZC C; 1FU1 A; 1T2K C; 2IX7 C; 1LTJ C; 2Z5I A; 2ZFC A; 4NPF X; 3H32 A; 1GU4 A; 2Q5U A; 4D6T G; 3HE5 A; 1BE3 D; 4N78 D; 1LTJ A; 3A2A A; 3CLQ A; 3R2P A; 3AEE C; 3RL0 D; 2ZYA A; 1YHQ P; 1ZN5 A; 2IFN A; 5GTH E; 2M5A B; 1S72 P; 2OYH B; 3CL3 D; 1N7S B; 1ZV8 A; 1YJ9 P; 2D2C B; 1NTM K; 1Q7Y Q; 1AV1 A; 4UB8 E; 4PJ0 E; 1N73 C; 1HGV A; 1PGP A; 4ZKU A; 1JY2 O; 1Y9B A; 2QJY C; 3CWB J; 4H44 B; 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