The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
131
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sequence length |
401
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structure length |
401
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Chain Sequence |
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMGVCQEKSKDELEDELRKMQAQMKKLQEQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Mcm10 self-association is mediated by an N-terminal coiled-coil domain.
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN FUSED WITH XENOPUS LAEVI
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molecule tags |
Replication
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source organism |
Escherichia coli
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total genus |
131
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structure length |
401
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sequence length |
401
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chains with identical sequence |
B, C
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2013-02-20 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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A | PF01547 | SBP_bac_1 | Bacterial extracellular solute-binding protein |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Immunoglobulin FC, subunit C | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZIU A; 4GVO A; 2DWI A; 4KPT A; 3N5L A; 2F7B A; 1Y47 A; 2DS9 A; 2UWJ E; 3UIF A; 5JK4 A; 1D3K A; 4IO4 A; 4Q30 B; 2Z8F A; 4DXC A; 4FJP A; 4IY6 A; 5AA2 A; 3OEN A; 4PE5 B; 1EDJ A; 5JTY B; 3WAE A; 5I59 B; 1QUK A; 5H8N A; 4BDQ A; 2W7Y A; 1DPP A; 5TPA A; 3E3K A; 4ZE9 A; 1XC1 A; 3DEL B; 4YB5 A; 3USD A; 3K02 A; 4RA1 A; 4M4G A; 1OMP A; 3C33 A; 1B3F A; 1H3D A; 3O97 A; 2UVG A; 4Z7E A; 2P1S A; 2XXQ A; 1MRP A; 5BUU A; 1YCJ A; 1B4Z A; 4ZZA A; 2DVZ A; 2E0S A; 2NWJ A; 3LC8 A; 4RYA A; 3B6W A; 4YB7 A; 1PB7 A; 3FIR A; 3LUY A; 3T9H B; 4GFR A; 2H99 A; 3CRB A; 3IJX B; 3MZW B; 4QFN A; 1EZO A; 2Y7R A; 4QFP A; 2B89 A; 5CBN A; 3FXE A; 3TZA A; 3CSB A; 4MLV A; 2LXB A; 4ZED A; 2QL3 A; 3V83 A; 1EH3 A; 4YKJ A; 3TFL A; 4OFL A; 5DTB A; 4F1U A; 1BDD A; 3EHU A; 1P99 A; 2Y7P A; 4KYS A; 2Y84 A; 3LR1 A; 3W9W A; 3IOW A; 4F29 A; 1MH4 A; 3TCG A; 4HCW A; 3OSR A; 2AL5 A; 1JEV A; 1ZTY A; 1URD A; 3MP6 A; 1B4H A; 5JTY A; 4PQJ A; 3O6G A; 4UA8 A; 5I59 A; 1H43 A; 3MVW A; 2V25 A; 1NNF A; 3K1P A; 3FJM A; 2XXU A; 4O3C A; 1NNT A; 1I6A A; 4MF3 A; 3VFJ A; 2PX1 A; 1P1Q A; 2R6G E; 1MQH A; 4U4S A; 4HKZ H; 2F97 A; 2B87 B; 2XXX A; 3C4M A; 4PFW A; 3S9M C; 1OQG A; 1N3X A; 2H5Y A; 1A8E A; 1ZMG A; 4QFO A; 2XXR A; 2F5X A; 1XVX A; 3PPQ A; 4XKN A; 3A09 A; 3BKI B; 1ZW0 A; 4L17 A; 3FVK A; 4NMY A; 1A7L A; 2Y7W A; 2G93 A; 1MY4 A; 2O1L A; 2RCA A; 3Q29 A; 2LR2 A; 1SS1 A; 3ILT B; 4FIM A; 3HPI A; 1TT1 A; 4HTG A; 4FAT A; 4IOI H; 5KZT A; 4EXK A; 4F3S A; 3PV0 E; 4F1Y A; 1BP5 A; 2THI A; 4JDF A; 4U4X A; 3H6W A; 4OYV A; 4U2R A; 3SEY A; 5BWJ A; 1IQ7 A; 3MP1 A; 5CI5 A; 1SI0 A; 2M0B A; 2B87 A; 3EQ1 A; 3KBR A; 3OO6 A; 2VGQ A; 2I4B A; 3MW0 A; 2I3W A; 3ZKK A; 3SER A; 5CMC A; 3KZG A; 3OO7 A; 3H03 A; 5L9M A; 1U7J A; 4ECF A; 5H8H A; 3DP8 A; 4GIZ A; 3K6X A; 2DWJ A; 4QSD A; 3C35 A; 3F11 A; 4ZEF A; 2P2A A; 2SPZ A; 5FTH A; 1P1W A; 1B7H A; 2I0C A; 3HHF A; 1A8F A; 2DQV A; 3QK6 A; 2QRX A; 4RPN A; 3MZ9 A; 4RJZ A; 1Y3Q A; 3K6W A; 2IEE A; 1B5H A; 3O9P A; 4GL8 A; 1B3G A; 2XXI A; 4NPE A; 4NF8 B; 1TWY A; 4K35 A; 3FJG A; 3SES A; 3G3J A; 4RXL A; 4X48 A; 3S1K A; 4F3G A; 1Q35 A; 4KHZ E; 5FTI A; 3FVG A; 4NPD A; 4LP2 B; 2H4I A; 1JW4 A; 2F8D A; 3MP8 A; 4JWO A; 3V8X B; 1YPN A; 1WOD A; 2HXW A; 3PPO A; 3P7I A; 1DEE G; 3PUY E; 3W15 C; 3GLB A; 3O2A A; 3RGY A; 2HEU A; 5DYH A; 4TLM B; 2CMO A; 4JBZ A; 3IK6 B; 4KD5 A; 4JSO A; 2WMM A; 4PFT A; 4IGR A; 3TKD A; 3ODB A; 3K00 A; 3IB0 A; 5F7V A; 2KZI A; 1EDK A; 2I49 A; 4AB6 A; 5J1D A; 2QS4 A; 4LZ8 A; 2UYF A; 5ITP A; 3MVZ A; 3PUX E; 4MLQ A; 3KEI A; 4ESW A; 3IR1 A; 2XX9 A; 3OOA A; 1URS A; 4NWD A; 3FJ7 A; 3AXF A; 2AL4 A; 3QXM A; 3C9H A; 3U92 A; 3IB2 A; 3FVO A; 2QRY A; 2R9J A; 4G8M A; 5F1Q A; 3D4G A; 3A3U A; 4NF8 A; 1ZBM A; 1POY 1; 1M5F A; 2P58 A; 4QSC A; 4KFQ A; 1OLC A; 4C0R A; 2V93 A; 2OTK E; 3H06 B; 4QF9 A; 3KSJ A; 4OER A; 2REJ A; 3TTN A; 2ZMB A; 3FAT A; 1Y1M A; 5H8Q B; 1QUJ A; 2KI7 B; 1B05 A; 5AA3 A; 4ZS9 A; 3CG3 A; 3GXA A; 2ONS A; 1NMU A; 5CC2 A; 5TP9 B; 4FEC A; 3TTM A; 3VVE A; 4EQB A; 4YAH X; 1NFT A; 1UTB B; 5KCJ A; 3S9L C; 4CPG A; 2ZNS A; 1BTJ A; 2O69 A; 4GLI A; 1MPD A; 2LAO A; 2CZL A; 2F34 A; 3EF7 A; 3C32 A; 3K01 A; 2ZNU A; 4GRK A; 2ZYK A; 3RQT A; 4F1V A; 3K6V A; 4GOE A; 1GR2 A; 3TPA A; 1ZU0 A; 1XHY A; 1N76 A; 3BFT A; 1MH3 A; 3IB1 A; 1B51 A; 3ZSF A; 3SEV A; 1MY0 A; 5DVF A; 1XOC A; 1Z7N E; 5DVJ A; 5I84 A; 1HSJ A; 4HB1 A; 3UOR A; 1IZ1 A; 4OVJ A; 1UTH B; 3LSX A; 2QS3 A; 4MH5 A; 1TFA A; 4FEB A; 2VD3 A; 1M5B A; 5L8D A; 4R75 A; 4U22 A; 4BDN A; 2Q8J A; 4ZMD A; 4ND9 A; 4N6P A; 4BDM A; 1MXY A; 1D9V A; 3MQ9 A; 1BKA A; 4R9F A; 5ISU A; 5HPQ A; 3GBB A; 1MQI A; 1JEU A; 1FQE A; 1SI1 A; 1XT8 A; 1QJM A; 4ISU A; 3T22 A; 1B3L A; 2HR3 A; 5H8Q A; 3HN0 A; 4LQ5 A; 4R2F A; 1MPB A; 4YKI A; 2FYI A; 3LSF B; 2KZJ A; 3IOT A; 2QPQ A; 4LON B; 5DJU B; 1S50 A; 3PUW E; 4ZZE A; 1WDN A; 1VFD A; 1B7U A; 3VLV A; 4I62 A; 3RN8 A; 3H4Z A; 4ZE8 A; 1UIV A; 4GL0 A; 2F6G A; 2DE2 A; 2RF1 A; 4P0I A; 3RPW A; 3UGW A; 2OK2 A; 4JXI A; 5KDT B; 5EYF A; 3T96 B; 4HW8 A; 1B46 A; 1CE2 A; 3EHT A; 3SEU A; 2H9B A; 3PMW A; 2R44 A; 2OBG A; 3N94 A; 1UTH A; 3I6V A; 2HZK A; 3FV1 A; 3G3F A; 4N13 A; 1IXC A; 1TFD A; 3FZV A; 1GTK A; 1NH7 A; 3FXU A; 1FTL A; 2I3V A; 1US5 A; 2NXO A; 4RK2 A; 5H8F B; 1L5T A; 2I8D A; 3KOS A; 3CSG A; 1MXU A; 1SBP A; 1A54 A; 2RIN A; 4ZEC A; 3FV2 A; 3O28 A; 4GWO A; 4XXU A; 3I3V A; 4PFY A; 4JWX A; 1MXX A; 2O7I A; 4EYY Q; 3WAF A; 5JEI A; 2HQ0 A; 1B5J A; 3GBA A; 3ILU B; 4KYD A; 3G3G A; 3PPP A; 1VSO A; 4MBP A; 3CG1 A; 3CR9 A; 3MPL A; 2M5A B; 4O3B A; 2OLB A; 2DE4 A; 4Z0I A; 1ZKB A; 2B88 A; 3L6H A; 4OZ9 A; 3RT6 B; 4GOD A; 2JWD A; 2OWT A; 2PYY A; 2ONR A; 3R6U A; 4U21 A; 3BFU A; 4H1X A; 1Z7M E; 3N6T A; 3H6T A; 2YPN A; 1FQB A; 3UP9 A; 3S9E A; 5KDT A; 1ANF A; 2REG A; 4RK9 A; 1Y20 A; 2UVJ A; 3IJO B; 3B7D A; 2I0B A; 4DDD A; 4PFU A; 2ZXT A; 1JNF A; 1MG1 A; 1B40 A; 1SDX A; 2X26 A; 4OQO A; 5FHM A; 5HM4 B; 3JZJ A; 1LT1 A; 3T9U A; 2GHB A; 1EDL A; 4FE8 A; 3TAJ A; 3MAM A; 3KG2 A; 3Q27 A; 3KN3 A; 1EU8 A; 3GZG A; 4IO6 A; 3IOU A; 1TXF A; 5M2V A; 5L9S A; 5DVI A; 3FXR A; 1MFT A; 4JSD A; 1PB9 A; 2OCU A; 3FVN A; 2P0S A; 4G8N A; 2V3U A; 3MVY A; 5AA1 A; 2GRV A; 2D5W A; 1QUI A; 3S9N C; 4GOT A; 2XXW A; 5B7D A; 4IO5 A; 1LAX A; 3SDF A; 4X9T A; 2OZZ A; 2ABH A; 2ALU A; 2D21 A; 1N7X A; 3K4U A; 2M5A A; 1PBP A; 1Y9U A; 1D9Y A; 1B58 A; 1M5C A; 4H8I A; 4M1V A; 1YTV A; 1U7M A; 1SW4 A; 1AIV A; 2YLN A; 1XS5 A; 1SVX B; 2XXH A; 4WKM A; 2RC8 A; 1LB8 A; 2X7Q A; 3U8Q A; 4ELQ A; 1SD3 A; 1AL3 A; 2HCA A; 3G7W A; 5CRY A; 5FHO A; 2OJT A; 2F35 A; 3TUS A; 2Q89 A; 2DWH A; 1IIW A; 5CM6 A; 1JW5 A; 4DCY A; 2F7C A; 1FQD A; 3QYT A; 3N6U A; 2G29 A; 1URG A; 3PPR A; 4XTC Q; 3QIM A; 1CB6 A; 4C1T A; 4Q5T A; 4ZEI A; 2FA7 A; 3RLF E; 3VV5 A; 3G3I A; 3LBS A; 1M5D A; 1IXI A; 2IA4 A; 4U1Z A; 4ZNC A; 3V5A A; 3CFZ A; 2XD2 A; 1OIB A; 3LSL A; 3K2D A; 3OSQ A; 4E0W A; 2ZYO A; 4NWC A; 4Q0C A; 2QJE A; 3TDJ A; 1SYH A; 2PBW A; 1AOV A; 4MFI A; 2BJJ X; 4JB7 A; 1LP1 B; 3TTK A; 1GVC A; 3LSW A; 4TOZ A; 2K3R A; 4LVQ A; 2UVH A; 4EF1 A; 5C39 A; 3TTL A; 3PD8 A; 5DEX B; 5I2N B; 1FTO A; 4P11 A; 5K5G B; 1PEB A; 4OET A; 3VLU A; 3MUQ A; 3KJ7 A; 3QWO C; 2A5S A; 3CI8 A; 1BDC A; 4BLA A; 3M8U A; 4IB2 A; 2HZL A; 4IO7 A; 4OHN A; 3RY3 A; 4OEU A; 3M3L A; 2H98 A; 1JMB A; 2F36 A; 2PMS A; 3S2V A; 1GGG A; 3VLW A; 5H8S A; 3MHV A; 1T0K A; 5ICQ A; 3FD3 A; 2F6P A; 1UIU A; 3DP4 A; 4OES A; 1HSE A; 3KN7 A; 4OXV A; 1FC2 C; 2DE3 A; 1P1O A; 2DXY A; 4OFJ A; 1P1U A; 4F31 B; 3QAX A; 4F22 A; 1PB8 A; 5FHN A; 2V3Q A; 3FXQ A; 2QS1 A; 3SEW A; 4TQU Q; 4DLD A; 4ZEB A; 3TQW A; 3OEK A; 4GXS B; 4EUO A; 3HST A; 1XVY A; 4G4P A; 2Z8D A; 1B32 A; 1SW5 A; 3TEL A; 5EHM A; 3MZB A; 1Y3P A; 2O7U A; 4HCY A; 4P0G A; 4O3A A; 2ZYN A; 4F2O A; 2GFE A; 1FTK A; 4H0W A; 2Z23 A; 1LP1 A; 3T9X B; 3W9V A; 3L6G A; 1H44 A; 3THI A; 4LA9 A; 5DJT B; 3B6Q A; 5HBC A; 2ZAE B; 1FTJ A; 3VXB A; 1P1N A; 5IKB A; 3IL1 B; 5DEX A; 5I2N A; 4I1D A; 3Q26 A; 2LXC B; 2UVI A; 1EC5 A; 2ANJ A; 1N04 A; 4I9D A; 3E9X A; 4E0X A; 4NPF X; 3KFM A; 1MPC A; 3QUJ A; 1ELJ A; 3HHG A; 1VR5 A; 1D4N A; 3PGF A; 3VDF A; 3S4U A; 1EZP A; 1RYX A; 3MC2 A; 4PP0 A; 5ITO A; 3CVG A; 2XX7 A; 4WEP A; 2I4C A; 4R73 A; 5A5X B; 1MQJ A; 3C36 A; 1OLA A; 3IOV A; 4F3B A; 3E4R A; 2ESN A; 3SKP A; 1LAG E; 1EZ9 A; 1J1N A; 3VXC A; 3OD7 A; 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