The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
96
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structure length |
88
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Chain Sequence |
SNAMADLFDGMKRRMDALIAERFGMKVNINGTDCIVVESDFLAGKNVVVFSGNVIPRRGDRVVLRGSEFTVTRIRRFNGKPQLTLEEN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Salmonella typhimurium lt2
|
| publication title |
Crystal structure of the ATP-binding sugar transporter-like protein from Salmonella typhimurium.
rcsb |
| molecule keywords |
Gifsy-2 prophage ATP-binding sugar transporter-like protein
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| total genus |
18
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| structure length |
88
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| sequence length |
96
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13856 | Gifsy-2 | ATP-binding sugar transporter from pro-phage |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Phage tail proteins (gpFII-like) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1L4A B; 4W7Y A; 3VOP A; 3B5N B; 3HD7 D; 1N7S C; 1L4A C; 3HD7 C; 3B5N C; 2KOG A; 3HD7 A; 3RK3 D; 3RK2 D; 1GL2 B; 3RK2 C; 3RK3 C; 3B5N A; 2XDJ A; 1URQ D; 3M0D C; 3RL0 D; 3RL0 C; 2HG5 D; 3PP5 A; 3HD7 B; 1KIL D; 1KIL C; 3KYQ A; 4JF7 A; 3RK2 B; 3RK3 B; 1KIL A; 4W7Z A; 4OH8 B; 1XTG B; 1URQ B; 3RL0 B; 5KJ7 D; 5KJ7 C; 1URQ C; 2PP6 A; 5KJ7 A; 2NPS D; 1URQ A; 1KIL B; 2NPS C; 2H8P D; 2NPS A; 2M8R A; 1HVV A; 4N78 E; 3P8C E; 4WY4 D; 1SFC B; 4WY4 C; 2YMY A; 1SFC D; 4WY4 A; 4W80 A; 5CCH D; 1SFC C; 5CCG D; 5CCH C; 5CCG C; 1T3J A; 1SFC A; 2WZ7 A; 5CCH A; 5CCG A; 1NHL A; 2NPS B; 1N7S D; 1L4A D; 4LGD E; 4WY4 B; 3B5N D; 1N7S A; 2N1T B; 1L4A A; 1JTH B; 3TSI A; 2N1T D; 2N1T C; 1GL2 D; 1GL2 C; 2HFE D; 2N1T A; 1JTH A; 1GL2 A; 3HTK B; 1N7S B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2IBZ E; 1NTZ E; 2BVR H; 1QZ8 A; 4UON A; 1UII A; 1KXF A; 2BOK A; 2VGC C; 1EKB B; 1Z1J A; 1F2S E; 1L1G A; 1UMA H; 1VJ9 U; 1M7L A; 2QG4 A; 3P95 A; 3STI A; 5J4S A; 3M5M A; 2VJ1 A; 4GIF A; 3V2P A; 3O6Q B; 3N7O A; 3UIR A; 2K9J B; 4D6T J; 3TGU E; 3HKJ B; 3MWI U; 1O30 A; 1AWF H; 4YOG A; 5EPY A; 5CHX A; 1YPE H; 1EC5 A; 4XE5 B; 1OMI A; 5GCH G; 3R4Y A; 2RFK C; 3D6Y A; 2FOD A; 2KXP B; 1R8E A; 3RXA A; 3ZVD A; 4IC5 A; 4N3Y B; 1DD3 A; 1FQ3 A; 1SLU B; 1GK4 A; 1DIP A; 2Z5I A; 1DDJ A; 1O3E A; 1O5E H; 3PRO A; 4MPU A; 1IQK A; 3WUT A; 4P00 A; 4R8T B; 5GXP A; 1IQM A; 1Z71 A; 1C1T A; 5EG4 A; 1JBU H; 1MD8 A; 1PPJ E; 3H1J E; 1A46 H; 1BDA A; 1SQR A; 4U30 A; 8KME 2; 2XKM A; 3SV7 A; 1J16 A; 3LU9 B; 1NGM B; 4INK A; 5KAF E; 3A7V A; 1EXI A; 4WF8 A; 4YTA A; 1QBN A; 4EYY Q; 1MTU A; 3DSG A; 3CME P; 3L75 J; 5A2M H; 1GJ8 B; 4CRC A; 2J38 A; 1COW D; 1NM6 A; 4BAM B; 3JZ2 B; 3MNX A; 3PMB B; 2XC5 A; 1GBM A; 1HAV B; 3AE4 C; 2WT7 B; 1AIX H; 1AZZ A; 2XTT B; 2AER H; 4E7R G; 3CWB G; 3VG8 A; 2WSE H; 2K37 A; 3MFJ A; 2G3A A; 3BCC J; 1C5O H; 3A3Y B; 1Q2W A; 4NIX A; 4NSY A; 1UTQ A; 2M8R A; 3EE0 B; 5L30 H; 1NU1 D; 1K1J A; 3CS0 A; 3GCO A; 1C1O A; 5C1U A; 5EQQ A; 1NRP H; 1QIX B; 4GPG A; 3SUD A; 1FU1 A; 5E0G A; 3I29 A; 1TRY A; 2PV9 B; 2D2C D; 3V12 A; 3AE9 C; 1EZS C; 1GI0 A; 2MKV A; 2OC1 A; 4NSV A; 1RIW B; 3T5F H; 1GI3 A; 3P70 B; 4OS7 A; 5AVY B; 4GVU A; 1HWT C; 3BF6 H; 5DP6 A; 3II6 A; 2CXV A; 3DCL A; 5T3H A; 3SI4 H; 5GWZ A; 5E8E H; 1LTJ A; 5KLI C; 3HUS B; 2BQW B; 1GHZ A; 3GY6 A; 3KL6 A; 3MH5 A; 1W2B O; 1P12 E; 2QJP B; 4DVA U; 3SWK A; 2BB4 A; 4K1S A; 4AGJ A; 1TAL A; 2G81 E; 3M9Q A; 4H6T A; 4AB9 A; 1RE4 A; 2B0F A; 2OLG A; 3UQO A; 1HDT H; 2WIT A; 2Z3E A; 2KI7 B; 1O2H A; 1LHE H; 3ZZ4 A; 1P2Q A; 2XC0 A; 5FCR A; 2G8Y A; 1U57 A; 3V0X A; 1G3D A; 1PGP A; 4U7J A; 3RMM H; 3UR9 A; 3ZZ8 A; 2N1T C; 4WVP E; 4AFQ A; 2BD7 A; 1S72 P; 1NTM J; 1UTM A; 3LGT A; 1EP5 A; 3P8M C; 2JET C; 2J98 B; 4O3T A; 4XA4 A; 2QM7 A; 4MG3 A; 2BCC D; 4U3F E; 1G3C A; 1N8R Q; 4I8K A; 1N7S B; 3PRJ A; 2BEZ F; 2ZCK P; 2ZKS A; 1DWC H; 2KSE A; 1P2M A; 2HNT E; 4JYU H; 5H2F H; 1VF5 B; 1SKY E; 5FAH A; 3FXD A; 1C4U 2; 2JJ1 D; 4AZ2 B; 1NPM A; 1BOQ A; 3DFJ A; 4K1T A; 5DN6 D; 2KUB A; 1J9C H; 3S9O A; 3RK3 D; 1GBK A; 4DT0 A; 4HTC H; 3VB3 A; 2I8D A; 3BTW E; 4CR5 A; 3Q5R A; 2CHA B; 2ZU3 A; 4KEL A; 3CCM P; 3LIW A; 3RC5 A; 1SFQ B; 1C5Z B; 4ABA A; 3HE4 A; 2RDE A; 4E06 H; 2H89 C; 2IOT A; 3AE2 C; 2FYR A; 1YYY 1; 4Q63 A; 4RKU J; 1G2M A; 4ZHL U; 4VGC C; 3L3T A; 1TRM A; 3RXU A; 2GD4 B; 1P84 I; 5T6D A; 1V2J T; 4OGQ C; 2L5G B; 2B87 B; 4TWW A; 2W6A A; 1BIO A; 3S9B A; 3ZZB A; 1P8V C; 4YXD C; 2ZGX H; 1NAF A; 5AW0 B; 2PGB B; 1O3F A; 5FPY A; 4NPE A; 2B5T B; 2WSC J; 1OXZ A; 2I1K A; 1K73 Q; 2ANM H; 3WU2 H; 1TNG A; 1NH4 A; 1OWJ A; 2JH5 D; 2VH0 A; 1EDJ A; 2GCH F; 3CXH D; 3EDX B; 1UCY H; 1EAX A; 4GCH G; 1JY2 N; 1K8A Q; 1SQQ E; 2HNT C; 2Q9I A; 1W7G H; 1H88 A; 5TCA A; 1OWK A; 5A0A E; 1KYO H; 5CDF E; 1PPG E; 3H1L E; 2IJO B; 2KS1 B; 3VMZ A; 1ZTK A; 1L0N G; 1K9O E; 1ELV A; 1KB9 I; 1KYN A; 3ZZC A; 1TGT A; 1H89 A; 1GBF A; 2IYP A; 1T4V H; 4FXG H; 3MI4 A; 3SHC H; 2ODQ A; 2BY8 X; 1O0D H; 3KEE A; 2NPS A; 3L72 E; 2FYQ A; 1TAW A; 3SN8 A; 3FFG A; 4FU8 A; 3S69 A; 4LK4 A; 3N99 A; 1Y3Y A; 3RDZ A; 5HXF A; 2J58 A; 2XU6 A; 3V7T A; 2LEL A; 4WY4 A; 2BHG A; 4CH8 B; 1J1E B; 3TK9 A; 3MU4 A; 1YQ4 C; 1BCU H; 4MDS A; 4Y11 E; 2KSJ A; 1SGC A; 1E79 H; 2H5C A; 2ZJS E; 1FN6 A; 1S6F A; 1WU1 A; 2NU0 E; 5G4B A; 1Q86 Q; 5BPE A; 3U28 C; 3MO9 A; 1W14 U; 1KD1 Q; 4D6T G; 3SJ9 A; 3LGU A; 1AZ8 A; 3ODD A; 2JKH A; 4NA9 H; 2FYZ A; 4I7Z B; 3P8O A; 2ZDV H; 1F0U A; 3TGI E; 2ZTZ A; 3TYY A; 3EQ0 H; 3MGN A; 2ZHD A; 3TPI Z; 2BOH B; 3LW5 H; 2YO2 A; 3EFF K; 4HI3 A; 3U1C A; 3OA7 A; 3L74 E; 1KMI Z; 1NRN H; 2HRV A; 5EOD A; 3HE5 A; 1HGZ A; 3KN2 A; 3LJO A; 3LC3 A; 3GIS B; 1OWE A; 4GCH F; 1K9M Q; 7KME H; 2ZVO B; 1SHY A; 3OEE D; 4XRN A; 4FUB A; 1L0L J; 2A7H A; 1EAW A; 1MTN C; 1D4P B; 2QM8 A; 1K1M A; 4XFQ A; 5KAF H; 4RKJ B; 1USD A; 2M5A B; 2QIW A; 1M57 D; 1DS2 E; 2L6O A; 3B23 B; 3E91 A; 3MUD A; 1F0T A; 3BN9 A; 1SP4 A; 5AFZ H; 2Z3C A; 4MPX A; 4W7Y A; 3L75 G; 1QJ1 B; 2F9O A; 4Q7Y A; 1O38 A; 3B5N B; 2E42 A; 4OS6 A; 1JY3 O; 2CK3 H; 4ASV A; 1VQN P; 3AEF C; 3F1S B; 1G3E A; 2KOG A; 4AYV B; 4WWY A; 2HOD A; 1O2X A; 2QE7 H; 3K5B A; 5CHA B; 3BCC G; 3D70 A; 1MTN B; 1G30 B; 3URC A; 2P1J A; 1LT9 B; 3CWB D; 3F9G A; 4IN2 A; 3P8N A; 2R44 A; 3CL3 D; 1NU1 E; 3BTQ E; 4H44 D; 3O8C A; 1HAO H; 4ZXY H; 4TLF A; 4AUW A; 1HUC A; 1HJB A; 2JP3 A; 5DP5 A; 1GL1 A; 3MH6 A; 1O5D H; 2BD3 A; 3RXH A; 1FZC C; 1EPT A; 1MAY A; 1GZL A; 3A2A A; 1K1N A; 1LDT T; 3L70 J; 2F3C E; 3DFL A; 4WXI A; 1JOC A; 4Y6D A; 1BQY A; 4X6O A; 1AQT A; 2XZR A; 1W8B H; 1ANE A; 3RUO A; 3W94 A; 2Q7C A; 3I55 P; 3MNB A; 1RE3 C; 4MN4 C; 3ZDM A; 1QVF O; 1UK3 A; 3F0P A; 1ZJD A; 4AB8 A; 1AQ5 A; 2W90 A; 3R3G B; 4OVN F; 3ZVA A; 4B6F A; 1XX9 A; 3OFN D; 2ZGC A; 4TYD A; 1UTN A; 1V2K T; 4ABJ A; 5CJ0 A; 2OTJ P; 1IAU A; 2Y7Z A; 1ETR H; 1MCV A; 1GHB G; 3SNC A; 2PP6 A; 2EST E; 5DO4 H; 4KTU A; 3M3S A; 2A5K A; 5CMZ A; 1H8A A; 2G55 A; 3VPK A; 5CMX H; 1NTM G; 5KAI E; 2O1K A; 2W7U A; 2WYG A; 4JYT A; 3ZVF A; 1UJ1 A; 3TU7 H; 1NBM D; 1W3C A; 2CPS A; 4PV1 D; 5EJZ A; 3CLQ A; 1DT2 A; 1ABI H; 1INC A; 5TJX A; 3V2R A; 1SL3 A; 2KNC B; 5B6L A; 3P6Z B; 3AE1 C; 3MNS A; 5K0H A; 1FPH H; 3UNR A; 2VVV A; 1QEX A; 4A6L A; 5GTH E; 1D3D B; 1YY3 A; 1LTB C; 1QBO A; 1SFC D; 5AVS B; 1H8H D; 3S0N A; 2P8O C; 1OPH B; 5C17 A; 5JBC S; 2PHB A; 2ZXE B; 2JEE A; 1SS1 A; 4AFU A; 1Z56 A; 1HYL A; 4I1L A; 1QJ7 B; 3V4Q A; 4L76 A; 3RK3 E; 1DIC A; 1LGH B; 2BY7 X; 2ZGJ A; 3U8O H; 5IYT A; 3TNS A; 3OEH D; 1AWH B; 1NT1 A; 6CHA B; 2HPC B; 2IX7 C; 1C2M A; 1C4Y 2; 1RFN A; 1UVU H; 4GLY A; 2LPR A; 2WHX A; 3TSI A; 1F5L A; 1MH0 A; 1P02 A; 1THR H; 2OP9 A; 1RF1 C; 1BT7 A; 2D2C B; 3VP9 A; 1OKX A; 4DOQ A; 5E0H A; 5L2Y H; 3MH4 A; 4AYY B; 1LQE A; 4NG9 H; 2YMS D; 2WSS H; 2CPB A; 4BRY A; 1W13 U; 3W95 A; 1P03 A; 1YWU A; 5J4Q A; 3CCR P; 2BDB A; 4LOY H; 1O3K A; 1GHB F; 4AG1 A; 2BCC J; 3RMO H; 1GWA A; 3AEB C; 3TNU B; 2FYN B; 1KN7 A; 4M3L A; 5CBO A; 1O2P A; 2FOF A; 2XRC A; 5EIY A; 3L33 A; 4RES B; 1V3X A; 3LGV A; 1X8Y A; 3NZI A; 2O8M A; 2RKL A; 1HB0 B; 1THP B; 1SQB J; 5GIB A; 1GI1 A; 4NWL A; 4MNW A; 2A7C A; 5IK2 D; 3B4S A; 5APY A; 4ZMD A; 4X1N U; 3M91 A; 3SWY A; 1RF1 B; 1GI9 B; 1CVW H; 5T6F A; 2OGU A; 3AVZ A; 4UFG H; 3GY4 A; 1QBV H; 1NRO H; 2JR8 A; 3GF3 A; 2GKV E; 1O2Z A; 3RK3 C; 1UVP A; 4JPZ B; 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3P32 A; 4ABH A; 2WV4 A; 1JB0 J; 4QT8 C; 1O3G A; 3HPT B; 3P8F A; 1LTO A; 3C1L A; 2R3S A; 4UFE H; 4F4O C; 1AVX A; 2WPH S; 1TON A; 3LGW A; 4GKG A; 4SGA E; 2QF3 A; 1PFX C; 3MIW A; 2J98 A; 1P57 B; 2GT7 A; 2Z6B D; 2Y6T A; 3KHU A; 2IFM A; 1VQP P; 4U32 A; 3U98 H; 3QLP H; 3CWB E; 1T32 A; 1N7S A; 4BTI B; 3BCC D; 1ZRK A; 2PKS C; 1TLD A; 1T6A A; 1UVO A; 4NIW A; 1CI6 B; 4Y10 E; 1NFU A; 1OSS A; 1S5L X; 1N73 C; 3L70 G; 1GL2 D; 1HF9 A; 1YIT P; 1H4W A; 2N1T A; 1ZOM A; 4Q7X A; 1H0T B; 5BRR E; 2A5A A; 3FWN A; 1E38 B; 1O34 A; 4N78 D; 3S4R A; 1O2V A; 2FS9 A; 2KCY A; 2YMK A; 1DFP A; 1ZMN A; 3AEC C; 1ORF A; 2ZWL H; 4A1V A; 6CHA C; 2G5N A; 5HM9 A; 4NIY A; 1BZX E; 3BRT B; 3V5B A; 3HD7 D; 2PKS B; 2ZDK A; 2ZPR A; 5AHG H; 3AED C; 1JEK A; 3VB6 A; 3EAJ A; 1P05 A; 1DXW A; 5KAI H; 2FYU D; 3A7X A; 4TY7 A; 3LOX A; 3DSO A; 5FX5 A; 2A4Q A; 5E0J A; 3UIA A; 3SUF A; 2LKM A; 2H7H A; 4B73 A; 1X7A C; 1K1I A; 1O2I A; 4X1R U; 1SMF E; 1YBK A; 1NBM E; 5GTH H; 1NTM D; 1UHB B; 1FDI A; 3A0H H; 1MBQ A; 2C8Y B; 4KGA A; 1YM0 A; 3A83 A; 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