The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
|
sequence length |
45
|
structure length |
45
|
Chain Sequence |
KIEAIEKKQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVEKKIE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
gp41 peptide
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| total genus |
21
|
| structure length |
45
|
| sequence length |
45
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TNU A; 5AVS B; 1GTW A; 2Q7C A; 5APT A; 1HWT C; 3OAK A; 5AVX B; 3P7K A; 2JJL A; 3VMZ A; 3L36 A; 3L35 A; 5AVY B; 1NWQ A; 5AW9 B; 5AVW B; 3M9B A; 1GU5 A; 1G2C B; 3LIE A; 3TK1 A; 2W27 A; 2C9N Y; 3M0D A; 2ZFC A; 3M9H A; 3NXS A; 5AW3 B; 3HE5 B; 5AW1 B; 1S9K D; 3HE4 B; 1HJB A; 1IO4 A; 4GT1 A; 3O8Z A; 3VN0 A; 5AW7 B; 1JUN A; 3M91 A; 2P67 A; 1FOS F; 4RES B; 1A02 F; 2WPS A; 3M06 A; 2E43 A; 3HE5 A; 5APV A; 2YO2 A; 5AW5 B; 3HE4 A; 4KHX A; 4JYC A; 2YNY A; 1GK6 A; 2WWW A; 4GKG A; 1H8A A; 2QM8 A; 1H89 A; 1H88 A; 3B8E B; 5APU A; 1NAF A; 1SLQ A; 2Z5H A; 2ZXE B; 3MGN A; 4M3L A; 2WT7 B; 5AVV B; 3L37 A; 3P8M C; 5APY A; 1SP4 A; 3MD0 A; 3LID A; 5APS A; 4JYB A; 5APW A; 5AW0 B; 1OXZ A; 2KP8 A; 2E42 A; 2WPR A; 3A2A A; 3KDP B; 4HYT B; 2WT7 A; 3VMY A; 1FAV A; 5CMZ A; 1GK4 A; 5APQ A; 2YO3 A; 5AVZ B; 1MFZ A; 3M0A A; 3NMD A; 1CSB A; 3IR9 A; 3NFQ A; 3V4Q A; 3V4W A; 2WTY A; 1T2K C; 5APX A; 2QM7 A; 3NTN A; 3A5T A; 2R32 A; 4DZO A; 5AW8 B; 1OWA A; 4EOT A; 2XU6 A; 4AQR D; 3VMX A; 2R3C A; 1YYC A; 4C7N B; 3T97 A; 3TNU B; 1FOS E; 1GD2 E; 2P2U A; 1GZL A; 1JNM A; 1MV8 A; 5AVT B; 1GU4 A; 2WPQ A; 3HTK A; 1X8Y A; 2XV5 A; 3TYY A; 3I5C A; 3SWF A; 1HBW A; 2P7J A; 4AYC A; 4B86 A; 1KQL A; 1T2K D; 5AW2 B; 2N9B A; 2XZR A; 3P32 A; 2Z5I A; 4XE5 B; 2Q3I A; 4C46 A; 2IPP A; 2H7H A; 4I6M C; 1A02 J; 4AUW A; 2W6A A; 4LC1 A; 2R5B A; 1S9K E; 5AW6 B; 3UIA A; 3V5B A; 5AVU B; 1CI6 B; 4I2L C; 3VYI A; 3VTP C; 2R5D A; 3KQG A; 5AVQ B; 2BAS A; 2Q5U A; 1DH3 A; 3A3Y B; 1J2J B; 3A7O A; 1CZQ A; 1MUU A; 5AVR B; 1CI6 A; 1HUC A; 2C9L Y; 4C7N A; 5AW4 B; 2VRS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3TNU A; 1VF5 C; 1HWT C; 5AVX B; 3H1H J; 3TGU D; 2JJL A; 3R2P A; 3V2Q A; 3BAT A; 3WUV A; 5CCH A; 2QJP C; 1L0L E; 3N7N A; 1DEE G; 2PAJ A; 1SQP G; 3Q5R A; 2K9J B; 3O8Z A; 5L8R J; 2KIK A; 4KHX A; 2M3E A; 3SFE C; 4ZMD A; 2KLV A; 4XFJ A; 3GF7 A; 2Y0D A; 1VQ7 P; 3GHG A; 4RKU J; 1L0N K; 1SQP E; 4BRY A; 2ZXX A; 2OGU A; 2KP8 A; 4L74 A; 1JY2 P; 3BAS A; 2NPS A; 1EZV I; 1RE4 A; 3NFQ A; 3IR9 A; 4U3F J; 4DZO A; 2N1T B; 4AQR D; 4W7Z A; 2YKQ A; 2N1T D; 3BCC J; 1HBW A; 1M57 D; 1KQF B; 2E76 C; 1KOR A; 1RE3 C; 1W2E A; 3LW5 J; 2A45 H; 1NH4 A; 5TJH A; 2JO1 A; 5AVU B; 4D6T D; 3BCC D; 2QA4 P; 2R5D A; 3FWN A; 5AVS B; 1K8A Q; 1Z56 A; 3GG2 A; 5CCH D; 4UB8 E; 3L72 G; 2JKV A; 2Z4E A; 5KJ7 C; 1SQB K; 4TLF A; 1RQU A; 2HFE D; 3C1L A; 3JC2 2; 1FZG A; 2MKV A; 3L72 E; 3IFM A; 1GK6 A; 4BRY B; 1IFI A; 1LTT C; 5CCG A; 3RL0 g; 1IFM A; 1DD3 A; 2WSF H; 2XKM A; 1ZW0 A; 3HUS C; 2E42 A; 3A2A A; 2WPV B; 1QLE D; 4CPG A; 1S1C X; 3JCU H; 2ZT9 B; 1U7J A; 4HKZ H; 2YXR B; 2YIU C; 2FXP A; 2ZT9 D; 3SSU A; 2CK3 H; 5KKZ C; 2Y0C A; 3KHU A; 1YIT P; 3I5C A; 5KAF E; 1WMK A; 2IZ0 A; 3EFF K; 4BWN A; 3SFD C; 5AW2 B; 1R8E A; 3CC7 P; 2K9Y A; 2Q3I A; 2IBZ G; 1A02 J; 2PP6 A; 2RMZ A; 1JTH A; 2BCC G; 3OW2 O; 1ZRT D; 1UIX A; 3R4Y A; 3PLN A; 3AE5 C; 1FZC A; 1ZLL A; 1OFC X; 3A7O A; 4GDO A; 2IBZ E; 2BCC E; 3HD7 A; 4ZKU A; 4H0L B; 5E79 E; 3CCS P; 1FE6 A; 2WVR A; 3AE3 C; 2QSI A; 1G2C B; 4H0L D; 3CCM P; 4PD4 D; 2A06 G; 1KYO E; 1QEX A; 1S9K D; 1NU1 G; 2E5T A; 1DEB A; 2D2C B; 1JCD A; 1LTB C; 2I8D A; 2FYU D; 4RES B; 2E74 B; 2XND H; 5AW5 B; 2D2C D; 2E74 D; 1G1I A; 3B8E B; 1PP9 D; 5DJT B; 2A06 E; 3Q1M A; 1NU1 E; 4JPZ B; 1K73 Q; 4C7R A; 2A45 G; 1L4A A; 3A0H H; 1ZV8 A; 3V4Q A; 2WTY A; 1KC8 Q; 4I7Z B; 4EOT A; 2WSE J; 3VMX A; 1K9M Q; 3CXH I; 4U7J A; 1GU4 A; 1EXJ A; 2RN0 A; 5KLV J; 3TYY A; 1JTH B; 4YTP C; 1LT9 B; 1T2K D; 2Y9Z A; 1QVF O; 4I6M C; 1FZC B; 3B5N B; 1S5L H; 1NTZ K; 1SFC C; 1R5S A; 2KYV A; 2IFM A; 5KLV D; 3B5N D; 1YI2 P; 1S4X A; 1X79 B; 2OTJ P; 1IC2 A; 1NO4 A; 2IBZ I; 5CHX A; 1BSN A; 5B5E E; 5GTI H; 1GU5 A; 4MN4 C; 2P10 A; 3H32 A; 1HTL C; 5AW3 B; 1RF1 B; 1GMJ A; 2HOD A; 1NTK K; 5TIS H; 3CX5 H; 1VQL P; 1RY3 A; 1KIL D; 1FC2 C; 4IL6 E; 2QJK B; 3RK3 E; 4NPD A; 1L4A B; 3USS A; 1YJ9 P; 1NAF A; 3GLM A; 1VF5 B; 1OXZ A; 4KT0 J; 4DOJ A; 2WT7 A; 1N7S C; 4L75 A; 2QJP B; 3MP7 B; 3NTN A; 3WUU A; 2A45 I; 1LWU C; 2ZYD A; 5KJ7 A; 1FOS E; 3AE1 C; 3H1H G; 5B66 H; 2YXQ B; 3AE9 C; 1X22 A; 1L0N J; 1YQ3 C; 2RH0 A; 4AUW A; 1PPJ D; 3H1J J; 1NYH A; 1WT6 A; 4YPC A; 3H1H E; 3PP5 A; 1XTG B; 2B88 A; 1AV1 A; 1ZOY C; 3AEC C; 2KNC A; 2Q5U A; 1DH3 A; 1L0N D; 3HUS A; 1CZQ A; 1CI6 A; 2FYU K; 2KZJ A; 5APT A; 3H1J D; 3H32 B; 1BDD A; 3P7K A; 2AEF A; 3L36 A; 1K04 A; 2D2C C; 1IK7 A; 1YJW P; 5KLI B; 4H44 B; 2W27 A; 2HOD B; 2XNX A; 2ZFC A; 4H44 D; 1XTC C; 2E76 B; 3EQ2 A; 2KLU A; 4LGD E; 1DIP A; 2FFD C; 4EYY Q; 4U3F G; 3A0H E; 1SQX D; 3L74 D; 1H8A A; 3KPE A; 3CLQ A; 3BCC G; 1JM0 A; 3AEF C; 3L4F A; 3S9O A; 2WT7 B; 1KB9 D; 5APY A; 3W67 A; 4U3F E; 1OMI A; 2GM4 A; 1RHZ B; 2WPR A; 3RGU A; 1SQB J; 3L73 J; 1OX3 A; 1MFZ A; 3BCC E; 1PL5 A; 1T2K C; 2QM7 A; 3A5T A; 1MZ9 A; 5AW8 B; 2K9J A; 1PFI A; 1VPC A; 1LT9 C; 1S5L E; 3E1R A; 1BSH A; 3M0D C; 1GD2 E; 2P2U A; 2WSE H; 1MFT A; 1M1J C; 3ITK A; 1SQB D; 3H1L D; 4AYC A; 3BVH A; 1OIP A; 3CI9 A; 1QL1 A; 2WSC J; 1X0T A; 2KNC B; 3OJA B; 3HUS B; 1CI6 B; 3G9R A; 1LNQ A; 2N1T A; 1OVR A; 1HUC A; 3L75 J; 3OAK A; 1BE3 J; 4N3Y B; 5TIS E; 1RF1 C; 2QIW A; 3CX5 E; 1PV3 A; 3MHV A; 3L35 A; 5AW9 B; 1KIL C; 2BEZ F; 5KKZ B; 1HVV A; 3TGU J; 4WY4 B; 3P8C D; 1LTI C; 2QJK C; 4WY4 D; 3L75 D; 5KAF H; 1P84 D; 4N78 D; 1USD A; 4GT1 A; 1PIX A; 3AED C; 1FZB A; 4GOD A; 5C39 A; 1EDK A; 2YMY A; 3CMA P; 1KD1 Q; 1SFC A; 1HH0 A; 1NTM G; 1SP4 A; 3MD0 A; 3QH9 A; 3D71 A; 1SQV G; 5AW0 B; 1AA0 A; 4ASV A; 2H43 A; 5B66 E; 4EDF A; 4WWI A; 3L70 D; 3NMD A; 5E79 H; 1NTM E; 1SQQ D; 1FZA A; 1FDM A; 1SQV E; 2R3C A; 3G71 P; 2H88 C; 1BCC J; 1EXI A; 1KYO H; 5K5G B; 2LKM A; 2FY8 A; 1JEK A; 1WRG A; 3H1K J; 2KB7 P; 2Z5I A; 4NPF X; 4R4L A; 4C46 A; 2JDI H; 1S9K E; 1BCC D; 3V5B A; 2CPB A; 1CW5 A; 1PGQ A; 3VTP C; 3KQG A; 2BAS A; 3PRJ A; 3CCJ P; 4D6T J; 1NU1 K; 5KLI C; 4H44 C; 3H1K D; 3M9B A; 1QX8 A; 2P58 A; 1SQX K; 1N7S A; 1FJK A; 1S5L X; 4JBZ A; 4I1L A; 1KN7 A; 1N2D C; 1OVU A; 4DCK A; 3CX5 I; 3WMM 0; 3C8V A; 3VMZ A; 3B4S A; 3IF4 A; 3TK1 A; 1JY3 O; 1LWU A; 2JWD A; 2HR3 A; 3GF3 A; 3EWK A; 1NTZ J; 1HJB A; 2WIT A; 3C9I A; 3ZDM A; 1FOS F; 1SFC B; 1KQS O; 2YNY A; 4GKG A; 5KLV G; 1SFC D; 1N7L A; 3H6P A; 3MGN A; 1D7M A; 1NTZ D; 4WVZ A; 3P8M C; 1U7M A; 1G2C A; 5KLV E; 3M0A A; 1CSB A; 2M5A A; 5B5E H; 2KUB A; 2R32 A; 2XU6 A; 1EZV D; 1M7L A; 3CCL P; 2O01 J; 4K3A A; 3PTZ A; 3RBZ A; 1NAY A; 2FFD A; 1KTM A; 2B87 A; 2OYH C; 1KZU B; 3TF5 A; 1ZP0 C; 1NTK D; 4IL6 H; 2KSJ A; 2WSC H; 2V7Q H; 1N73 B; 3IN6 A; 1N7S B; 2QJY C; 3CWB D; 4OVN F; 1N7S D; 3EFG A; 4WY4 C; 3F5H A; 2WZ7 A; 3O6Q B; 2LXB A; 2W90 A; 3FXE A; 1LWU B; 1EDL A; 1JO5 A; 1EDJ A; 2I1J A; 3LIE A; 1GW4 A; 1LT9 A; 1K05 A; 3M0D A; 2I1K A; 3B5N A; 3M9H A; 3VOP A; 1UII A; 1L0L D; 5AW7 B; 3M91 A; 1VQK P; 2JR8 A; 1SQQ K; 2WWW A; 2QM8 A; 2FYU J; 3G4S P; 2ZXE B; 4IFD K; 1PP9 J; 2M5A B; 1Q86 Q; 1PPJ E; 1FAV A; 3H1J G; 2K88 A; 1SQP D; 1VQ5 P; 1RH5 B; 5KAI E; 3AEB C; 1RF1 A; 3HRN A; 5GTH H; 1KIL A; 3CC2 P; 1YYC A; 2FFD B; 2B87 B; 2IYP A; 3H1J E; 4EIJ A; 2PFX A; 1QL2 A; 5BU5 A; 1JMB A; 2IYO A; 2OAR A; 3CCE P; 2FBW C; 4OH8 B; 1JB0 J; 1AQ5 A; 3SWK A; 3BRV B; 3KZI H; 1VL2 A; 1GL2 C; 2ZJS E; 1HJ0 A; 4Y99 C; 2H89 C; 3W68 A; 1J2J B; 3MIW A; 1H0T B; 2ZYA A; 1AQT A; 1G1J A; 1AFO A; 1NWQ A; 1PGJ A; 1YTZ T; 1JY2 O; 3OA7 A; 2RKL A; 1VQM P; 1M1J B; 4H13 B; 4YXW H; 1SQB G; 3L73 G; 3LW5 H; 3WU2 E; 4H13 D; 2OTL P; 3I56 P; 1VQ6 P; 3CCV P; 2JP3 A; 2P67 A; 1A02 F; 3CL3 D; 2C0W A; 4JYC A; 2W6B A; 1SQB E; 4HH2 A; 3L73 E; 1VQ4 P; 3B71 A; 3RL0 C; 4IFM A; 2JEE A; 3L72 D; 3V6I A; 2V4H A; 3AE2 C; 2G8Y A; 1KYO I; 1LTA C; 1OVV A; 1AJY A; 1NKZ B; 1S3J A; 3CPW O; 1KIL B; 2AEM A; 1RE3 A; 5KTB A; 3CCR P; 4PV1 D; 4C7N B; 1KFN A; 1MV8 A; 1BE3 G; 3HTK A; 1HGZ A; 3RK2 B; 1N73 C; 3RK2 D; 2NPS C; 3Q3D A; 1LTS C; 1LP1 B; 3CXH D; 1KMI Z; 3TGU G; 2N9B A; 2XZR A; 1NHL A; 1KFM A; 2W6A A; 3L75 E; 2O01 N; 1P84 E; 4N78 E; 1BE3 E; 5DJU B; 2L91 A; 2H8P D; 3A3Y B; 1L0L K; 3TGU E; 5AW4 B; 2Q7C A; 2KI7 B; 2IBZ D; 2BCC D; 1NTM K; 1W5C E; 2C9N Y; 1SQV K; 1SQP K; 4NPE A; 2J59 M; 3BRT B; 2Q3E A; 4WBA A; 3M06 A; 3HE5 A; 1BCC G; 1NU1 J; 4PD4 H; 2WSS H; 1SQX J; 1H88 A; 5APU A; 2QG4 A; 3L74 J; 5GTH E; 1M90 Q; 3MUD C; 2HG5 D; 3L37 A; 2HLO A; 3H1K G; 4L73 A; 2E5Y A; 2AXC A; 1OW7 A; 2A06 D; 1BCC E; 4WY4 A; 1NU1 D; 5CBO A; 3FXD A; 4R4M A; 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1PP9 E; 2KOG A; 2YO2 A; 1GL2 B; 4Y99 B; 3O6Q A; 2KK7 A; 3SWY A; 3AE7 C; 2LR2 A; 4GOE A; 1GL2 D; 1L2P A; 4GIF A; 1VQP P; 2K3R A; 3H25 A; 4U3F D; 2WQY C; 1KB9 H; 4RJT A; 5CBN A; 2O1J A; 3A0B E; 3GMA A; 2ZVO B; 2BEQ D; 2OYI C; 2ZVN B; 3TNU B; 1YIJ P; 3WU2 H; 2WPQ A; 1X8Y A; 1ZME C; 2QVA A; 1ZR4 A; 3JSV C; 1SS1 A; 3E7K A; 1EQ7 A; 3RL0 B; 1VQO P; 1AVO A; 1IJD B; 1KV4 A; 3RL0 D; 3CC4 P; 1NTK J; 2KSE A; 3V2P A; 4PJ0 H; 3MUD A; 1Q82 Q; 3CWB J; 1GTW A; 1T8Z A; 1GW3 A; 3G3Z A; 3GHG B; 1ZN5 A; 4WB4 A; 4PD4 I; 1E5W A; 5AVW B; 1LTJ C; 4OGQ C; 3CX5 D; 2NPS B; 2DW3 A; 2IZ1 A; 2Q6Q A; 3Q5S A; 1FS0 E; 1KIL E; 1M56 D; 3F89 A; 2NPS D; 1LT1 A; 3RK3 C; 2OYO A; 2AXT E; 2WPS A; 2W8Z A; 5APV A; 1L0L J; 1H0T A; 1P84 H; 2POH A; 3CXH E; 3LID A; 1M1J A; 1NTM J; 2ZYG A; 1SQV J; 2W83 C; 2R3S A; 1Q81 Q; 1PPJ G; 1SQP J; 1Y9B A; 1NGM B; 1FDO A; 3T97 A; 1URQ A; 1L0N G; 1NTM D; 2XV5 A; 1RF0 A; 3SWF A; 1SQV D; 1T3U A; 5EFW B; 4B86 A; 1MKM A; 1DD4 A; 1YBK A; 4XE5 B; 2H7H A; 2Q9I A; 1VQ9 P; 1L0N E; 3D6Z A; 1BDC A; 1VQN P; 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