The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
|
sequence length |
45
|
structure length |
45
|
Chain Sequence |
KIEAIEKKQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVEKKIE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
gp41 peptide
|
| total genus |
21
|
| structure length |
45
|
| sequence length |
45
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3L37 A; 1HWT C; 5AW3 B; 5AW9 B; 2WT7 A; 2E43 A; 2WT7 B; 1HBW A; 1S9K D; 3M0D A; 3MGN A; 1GTW A; 3HE5 B; 1CSB A; 3L35 A; 1OWA A; 4RES B; 5AW6 B; 2Q7C A; 2N9B A; 2W6A A; 3OAK A; 5CMZ A; 2H7H A; 5AW5 B; 5AVY B; 1CZQ A; 5AVW B; 1SP4 A; 1GK4 A; 3V5B A; 2R3C A; 4C46 A; 1GZL A; 1GD2 E; 1KQL A; 1OXZ A; 2Q3I A; 1H89 A; 3L36 A; 2WTY A; 2E42 A; 5AVU B; 1NAF A; 3HTK A; 2YO3 A; 2BAS A; 3I5C A; 3VMZ A; 3HE4 B; 4AYC A; 5AW4 B; 3O8Z A; 2IPP A; 1S9K E; 5APW A; 2ZFC A; 2XV5 A; 1X8Y A; 2P7J A; 2P2U A; 5AW7 B; 2WWW A; 2YNY A; 3TYY A; 3NTN A; 1T2K C; 3A7O A; 2WPS A; 2P67 A; 3TNU B; 2R32 A; 2WPR A; 4I6M C; 1FOS F; 3T97 A; 4M3L A; 3UIA A; 1DH3 A; 2W27 A; 1MV8 A; 4KHX A; 1IO4 A; 1JUN A; 3SWF A; 3HE4 A; 3IR9 A; 4HYT B; 1A02 F; 2Z5H A; 4LC1 A; 1A02 J; 1G2C B; 3P7K A; 5APV A; 3NXS A; 3V4W A; 2R5B A; 1NWQ A; 2C9L Y; 5AVT B; 3M9H A; 5APQ A; 5AVR B; 2Z5I A; 3KDP B; 3VTP C; 5APX A; 1FOS E; 3A2A A; 1SLQ A; 3NMD A; 5AW2 B; 5APY A; 5AW0 B; 2QM7 A; 3M06 A; 3VN0 A; 4C7N A; 1GK6 A; 3VMX A; 4C7N B; 1H88 A; 5AW8 B; 4JYB A; 4I2L C; 3P32 A; 5AVS B; 1CI6 A; 2YO2 A; 1CI6 B; 2ZXE B; 3P8M C; 1GU5 A; 2XU6 A; 3VYI A; 4XE5 B; 5APT A; 4GKG A; 1HJB A; 3LID A; 3A3Y B; 1H8A A; 3M0A A; 5AVZ B; 2VRS A; 3V4Q A; 1MUU A; 5AVX B; 3MD0 A; 4GT1 A; 2KP8 A; 1GU4 A; 1MFZ A; 3M91 A; 3TNU A; 5AW1 B; 1HUC A; 3VMY A; 4AQR D; 4DZO A; 5APS A; 3HE5 A; 3A5T A; 4JYC A; 4EOT A; 2Q5U A; 5AVV B; 4B86 A; 1FAV A; 3M9B A; 1YYC A; 3KQG A; 3NFQ A; 2JJL A; 2C9N Y; 1JNM A; 2WPQ A; 2XZR A; 1J2J B; 3B8E B; 4AUW A; 5APU A; 5AVQ B; 3LIE A; 2R5D A; 2QM8 A; 3TK1 A; 1T2K D; #chains in the Genus database with same CATH topology 3L37 A; 3FWL A; 2Y0C A; 2WT7 A; 4H13 C; 1JCC A; 3MP7 B; 4H13 D; 4TT3 H; 2E43 A; 1SQX K; 1HBW A; 1Q82 Q; 5KLV E; 1LTT C; 3GHG A; 1KFM A; 1S3J A; 2Q3E A; 4BRY B; 1OVU A; 1NH4 A; 3HE5 B; 3M0D C; 1AFO A; 1CSB A; 3H1I J; 3CWB J; 2ZJS E; 3CWB D; 2Q6Q A; 1EZV I; 3SWK A; 1WMK A; 1EXI A; 1EDL A; 4EDF A; 3CCQ P; 3ITK A; 2D2C C; 1QL1 A; 1WT6 A; 1YTZ I; 4IL6 E; 4WBA A; 1NOH A; 2HLO A; 1KYO I; 1FS0 E; 3O6Q A; 4A7P A; 1PGJ A; 1PIX A; 3OAK A; 1KB9 E; 1GMJ A; 5AW5 B; 5AVY B; 1CZQ A; 4UB8 E; 2RN0 A; 1T3U A; 3V2R A; 2V7Q H; 2E5Y A; 3V5B A; 1Z56 A; 1JY2 P; 2QE7 H; 2R3C A; 1GZL A; 3H1H G; 3L71 G; 2FXO A; 5CCH A; 1GD2 E; 2E74 D; 1W2B O; 1ZN5 A; 2H89 C; 1NTM G; 3L72 D; 2FYN B; 4WY4 B; 3BAS A; 2HYN A; 1H89 A; 2FYU K; 1GL2 B; 2A45 I; 2BCC J; 2ZVO B; 4ZKP A; 3AE5 C; 2E42 A; 1GL2 C; 3PTZ A; 1AQ5 A; 3EFF K; 3HTK A; 3I56 P; 1S72 P; 1IZN B; 5GTH H; 1BSN A; 2FFD C; 1YBK A; 3AEC C; 4PD4 E; 2QJK C; 3HE4 B; 3KHU A; 3CCE P; 3AE4 C; 1KIL D; 1Y9B A; 3HUS A; 2IBZ E; 3TNU B; 3L73 D; 5CJ4 A; 1JTH B; 3H1I G; 2XV5 A; 1TU3 F; 5KKZ C; 2H43 A; 2OYH C; 1AV1 A; 2P2U A; 2WIT A; 2XDJ A; 1WRG A; 3H1I D; 1J1D B; 1RY3 A; 2RKL A; 4UB8 H; 3A7O A; 3I55 P; 1QVG O; 1VQ4 P; 3B5N C; 1J1D C; 1L4A B; 1FC2 C; 4I6M C; 3VOP A; 1SQB J; 1ZXG A; 1SQB D; 2W8Z A; 2W27 A; 3Q5S A; 1IO4 A; 1SQQ G; 3JCU H; 3L70 D; 3G3Z A; 4KT0 J; 4W7Z A; 3S4R A; 4ASW A; 2DW3 A; 1ZOY C; 1RE4 A; 2AEJ A; 2E74 B; 3IR9 A; 2POH A; 2YMK A; 3IFM A; 1A02 F; 1IFI A; 1NTM J; 4CPG A; 1LT9 C; 1N73 A; 1G2C B; 1K05 A; 2M5A B; 1N7S A; 1JTH A; 2B9B A; 2BCC G; 2R44 A; 4L76 A; 2M8R A; 3M9H A; 1LTJ A; 1JMM A; 1W5C E; 2C0W A; 3A2A A; 3AE7 C; 3E1R A; 5L8R J; 4IOI H; 4RO0 A; 1NJI Q; 1SFC C; 1NTK E; 1LP1 B; 2H88 C; 4N3Y B; 5AW0 B; 2XND H; 1RF0 C; 2C0X A; 1GK6 A; 4I1L A; 1L2P A; 1KIL E; 1QL2 A; 5B66 E; 1OMI A; 2IBZ D; 2Q1K A; 1Q2N A; 2YIU C; 4GDO A; 5AW8 B; 4D6T J; 2W83 C; 2KXP B; 4H44 C; 1BE3 D; 2LXC B; 2D2C D; 2WSF H; 1HTL C; 2GUV A; 3P32 A; 4OH8 B; 4Y99 B; 3PHL A; 3MUD C; 1CI6 B; 1KIL C; 1NTZ E; 1JY3 N; 2KUB A; 1Q86 Q; 3CD6 P; 2Y0D A; 1U57 A; 4OGQ B; 5CCH C; 1HJB A; 1H8A A; 1YHQ P; 1K8A Q; 2KZJ A; 1SS1 A; 1SQP D; 1MFT A; 1NU1 G; 3GMA A; 5AVZ B; 2J59 M; 4WB4 A; 5BVZ A; 1VQ6 P; 4IFD K; 5KTB A; 2IFM A; 5B5E E; 1GW3 A; 2ZYA A; 3GHG B; 1QLE D; 1IFJ A; 1SQQ E; 3RK2 B; 4EOT A; 3L74 J; 1KV4 A; 1OW6 A; 1FZC C; 1YIT P; 1S1C X; 2Q5U A; 4N78 D; 1NYH A; 1FAV A; 1VDF A; 3L74 E; 3M9B A; 4PD4 I; 3KQG A; 2Y9Y A; 3KZI H; 3U1A A; 2XZR A; 3FXE A; 2PRR A; 5KLV D; 1OX3 A; 3GF7 A; 4GOF A; 2BCC D; 4D6T G; 2IBZ I; 5APU A; 5AVQ B; 3OW2 O; 1FZA A; 2OTK E; 1EZV G; 3CXH I; 5DJT B; 3TNU A; 2OYI B; 1OIP A; 1HWT C; 2HFE D; 2QEX P; 4NPE A; 5AW3 B; 5KLV J; 3C8V A; 3HD7 A; 1VQM P; 1N73 B; 2Y9Z A; 2I1K A; 2M3B A; 2WT7 B; 1IK9 A; 1VQP P; 3M0D A; 2OYI C; 1NTZ K; 3W67 A; 1PP9 G; 4L73 A; 3BCC D; 1S5L E; 5H2F E; 3WUT A; 3L70 E; 2K9J B; 1NU1 J; 1QVF O; 3H1L D; 2FYZ A; 1DEE G; 3TGU E; 1FZB A; 2HR3 A; 1IJD B; 1L0N G; 2O01 H; 4U3F G; 1L0N K; 5AW6 B; 3Q5P A; 1GL2 D; 2HPC A; 1LTI C; 2K37 A; 2W6A A; 3L73 G; 3AEE C; 1FJK A; 1N7S C; 1RF1 C; 4WY4 C; 2HG5 D; 1GK4 A; 2RMZ A; 1G1I A; 1SQQ D; 1SFC D; 3TSI A; 1VQ5 P; 1S5L X; 1NTK D; 2NPS D; 4C46 A; 5KLI B; 2CPB A; 3PJS K; 1NTK G; 3EQ2 A; 3CC2 P; 3CL3 D; 5B5E H; 3G9R A; 1OXZ A; 4PD4 D; 1Q7Y Q; 2FFD B; 1SQX E; 3L36 A; 1IFN A; 2OAR A; 4PV1 C; 1MKM A; 1PGO A; 2QJK B; 4YXW H; 2WTY A; 1HGZ A; 1IK7 A; 2YKQ A; 1X22 A; 3B5N A; 1QEX A; 3CXH D; 1M1J A; 2KYV A; 1JY2 N; 1NTZ D; 2BAS A; 3E1I A; 1JCD A; 1KZU B; 4R4L A; 3I5C A; 3VMZ A; 2AXC A; 3PP5 A; 1ZR2 A; 1M1K Q; 2OYH B; 3HUS B; 2A06 E; 1VL2 A; 4GIF A; 1PP9 J; 1NKZ B; 2CPS A; 2W6B A; 3HRN A; 5APW A; 3HUS C; 5E79 H; 1VQ8 P; 4H44 D; 1KQF B; 2ZXX A; 2P58 A; 1KMI Z; 4RKU J; 4IFF A; 5KAF H; 2P7J A; 5KJ7 C; 1HGV A; 1DX7 A; 5B66 H; 3D71 A; 1IFM A; 3HD7 D; 2FYU E; 1JMB A; 3JSV C; 4U3F J; 1W2E A; 1GL2 A; 3K5B A; 1M57 D; 1NTM D; 2P67 A; 2R32 A; 2WPR A; 1EC5 A; 1AQT A; 2QJY B; 1LWU A; 2KLU A; 1XTG B; 2V7Q J; 3CX5 H; 3H1H D; 3L71 D; 4H0L D; 4M3L A; 1DH3 A; 4KHX A; 1P84 H; 2O1K A; 2E76 B; 1USE A; 3S9O A; 4XA4 A; 1NTK J; 4I7Z B; 1Y8A A; 2KS1 A; 2Z5H A; 1K73 Q; 3CCS P; 1A02 J; 1NWQ A; 1Y47 A; 3NXS A; 1SQX G; 3AEA C; 3AEG C; 5AVT B; 2KSE A; 3A0B E; 1SLQ A; 2OTJ P; 1IFP A; 1LTJ C; 1EZV E; 3RL0 C; 2OQQ A; 4H44 B; 1AJY A; 1LTS C; 2QM7 A; 4Y99 C; 4U7J A; 3W68 A; 3CXH H; 1BDD A; 1YQ3 C; 2PGD A; 1SQP G; 3VN0 A; 5CCG D; 1KTM A; 1DD4 A; 1NKN A; 1RE4 C; 2A06 D; 2JWA A; 1VQL P; 3TGU D; 1ZV8 A; 1VQO P; 2B87 A; 2KOG A; 5AVS B; 3H1K D; 2YO2 A; 3GF3 A; 3P8M C; 4N6J A; 1YI2 P; 4C7R A; 1YJW P; 2FXM A; 2XKM A; 3D6Y A; 2KNC B; 2LR2 A; 1CW5 A; 3M0A A; 3M9Q A; 3L75 D; 2OYH A; 1RE3 C; 1OVV A; 2V4H A; 3GHG C; 1FDO A; 1JY3 P; 5H2F H; 1S5L H; 1LJ2 A; 2NPS B; 2GUS A; 3A0B H; 3N4X A; 3L74 D; 2KSJ A; 1LTB C; 2PAJ A; 1GU4 A; 1SQX J; 2IFN A; 1MFZ A; 2NPS C; 2ZT9 C; 4JPZ B; 4UB6 E; 3CI9 A; 5GTI H; 5AW1 B; 3G6E P; 2IZ0 A; 2I8D A; 3A0H E; 4XFJ A; 2KB7 P; 3CXH E; 1KFN A; 1OW7 A; 1YJN P; 1FZC A; 2KIK A; 1XTC C; 2AEF A; 4IFM A; 1HH0 A; 1KB9 H; 5CBN A; 3D6Z A; 1KQG B; 3D70 A; 1LT9 A; 2RH0 A; 1JNM A; 4YPC A; 1RH5 B; 3OJA B; 1SQP J; 2FXP A; 2HOD A; 1N73 C; 3OA7 A; 2QJP C; 2WSF J; 3B8E B; 1BE3 J; 3RL0 D; 4AUW A; 1EDJ A; 1JO5 A; 3U59 A; 2IZ1 A; 4D6T D; 1T6A A; 1SFC A; 2QJP B; 2QM8 A; 2ZAE B; 1RHZ B; 3H1J D; 4R4M A; 1USD A; 5BU5 A; 4O9B A; 3JC2 2; 5AW9 B; 2YKP A; 1ZRT E; 5KJ7 D; 1LNQ A; 1S9K D; 3CCR P; 1M56 D; 2QVA A; 1VPC A; 1GTW A; 3FXD A; 4RJT A; 3CC4 P; 3F5H A; 3SFD C; 1EDK A; 1K04 A; 1X79 B; 2WZ7 A; 3L35 A; 1OWA A; 1SQQ K; 3PH0 A; 1JY2 O; 4UB6 H; 5GTI E; 3RGU A; 3RK3 D; 4YXD C; 1VQK P; 3CCL P; 3QH9 A; 4RES B; 1FZF A; 4H0L B; 3BRT B; 1H0T B; 5KJ7 A; 4OVN F; 1VF5 B; 4IL6 X; 3RBZ A; 1FDM A; 1SQV J; 4WVZ A; 2LXB A; 3L70 J; 4PJ0 H; 5AVW B; 1J1E C; 1S2E A; 2P1J A; 4LLH A; 2OYI A; 1VQ7 P; 3SWY A; 1L0L K; 3CCM P; 1P84 D; 3Q2Y A; 1GDT A; 1LWU C; 1PP9 E; 3H1I E; 4ZNC A; 1KQL A; 3V2P A; 3A0H H; 3AE8 C; 1ZP0 C; 3JCU E; 2LKM A; 3ZDM A; 1NAY A; 4DCK A; 1LGH B; 1SQB K; 2WSE H; 1BE3 G; 3B5N B; 1GW4 A; 1L4A C; 2WPV B; 2YXR B; 4HH2 A; 5AVU B; 1AVO A; 1RQU A; 3H1K E; 2YO3 A; 3R4Y A; 3U1C A; 4NPD A; 4K3A A; 1L0N J; 1HVV A; 1YQ4 C; 2Y0E A; 1NTM K; 1PPJ E; 4AYC A; 1OFC X; 1ZRT D; 3ABV C; 3AED C; 4GOE A; 1S9K E; 3L73 J; 2PFX A; 1LTA C; 1M1J C; 3H1H E; 3L71 E; 1LT9 B; 2WSS H; 1X8Y A; 4JQ0 D; 1FJP A; 1QX8 A; 2PP6 A; 2O01 J; 2Z4E A; 2WSC H; 2WWW A; 2YNY A; 4WY4 D; 3WMM 0; 3BVH A; 3L72 E; 4BXL A; 1PV3 A; 3B71 A; 4PJ0 E; 4EIJ A; 1T2K C; 2IYP A; 2E76 C; 2WPS A; 3CX5 I; 3EWK A; 5GTH E; 1RF1 B; 3LW5 J; 1FOS F; 4I7Z C; 5TJH A; 3V2N A; 3N7N A; 1T3J A; 2J58 A; 2MJZ A; 3AEF C; 5KLI C; 1AVY A; 3L70 G; 4HKZ H; 3UIA A; 2A45 G; 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1NTZ J; 2D2C B; 3RL0 B; 3VMY A; 2JR8 A; 4AQR D; 3CWB G; 1KN7 A; 3HE5 A; 1BCC E; 4JF7 A; 3B5N D; 3S1K A; 4U3F E; 1JM0 A; 1OVR A; 4DOJ A; 3H1L E; 4ZKU A; 4B86 A; 1E5W A; 1M90 Q; 1KYO E; 1YYC A; 1D7M A; 3NFQ A; 2JJL A; 1LTG C; 3TGU G; 1N8R Q; 2C9N Y; 1E79 H; 1BCC G; 1H0T A; 2A06 G; 3MUD A; 4K35 A; 1J2J B; 1SQP E; 3O6Q B; 1SVF A; 1DEB A; 2KZI A; 3TF5 A; 1N86 A; 3CMA P; 3RBX A; 2FYN C; 2ZVN B; 3LIE A; 1YJ9 P; 1PGQ A; 3FGA D; 1T2K D; 1N7L A; 3T97 B; 1URQ B; 2N1T B; 1ZW0 A; 1X0T A; 3H1H J; 3L71 J; 1PPJ G; 1FE6 A; 2YXQ B; 3MHV A; 1RF0 A; 4GOD A; 1L0L E; 3RK3 E; 1URQ C; 2N1T C; 4BWN A; 3MGN A; 4BRY A; 3G71 P; 1VQ9 P; 3CCV P; 2FYU J; 1FZC B; 2XNX A; 1SQX D; 1SQV D; 1LP1 A; 3H1K G; 1FBM A; 3MIW A; 1NU1 D; 2KS1 B; 5KAI E; 4N78 E; 1MZ9 A; 3P8C D; 2ZT9 B; 1P84 E; 4KJM A; 1J1E B; 1Q81 Q; 1ZLL A; 2HOD B; 2ITA A; 2IYO A; 1EDI A; 5CHX A; 5DJU B; 2Q7C A; 2N9B A; 5CMZ A; 2H7H A; 1KYO H; 1UII A; 1QGK B; 1G2C A; 3CWB E; 1SP4 A; 1FZG A; 3GLM A; 1R8E A; 2IBZ G; 3AE2 C; 4Y28 J; 5KLV K; 2QRX A; 3H1J J; 3TGU J; 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