The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
|
sequence length |
45
|
structure length |
45
|
Chain Sequence |
KIEAIEKKQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVEKKIE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
gp41 peptide
|
| total genus |
21
|
| structure length |
45
|
| sequence length |
45
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SWF A; 3P7K A; 3KDP B; 4JYB A; 5AW7 B; 3KQG A; 1MUU A; 1CZQ A; 2R5D A; 3HE5 B; 3OAK A; 5AVT B; 5AW5 B; 3M0D A; 4I2L C; 1G2C B; 3L37 A; 1OXZ A; 1NAF A; 2IPP A; 3IR9 A; 4HYT B; 4RES B; 3I5C A; 3MD0 A; 3P32 A; 5AW0 B; 3A2A A; 2VRS A; 4I6M C; 3LIE A; 5AVY B; 3VTP C; 1H88 A; 1A02 J; 1DH3 A; 2W6A A; 2WPR A; 5APW A; 5AW4 B; 5APQ A; 1SP4 A; 3TNU A; 2Z5I A; 3VMY A; 2WT7 A; 2R5B A; 1SLQ A; 5AW3 B; 2XU6 A; 2YO3 A; 4GKG A; 1HBW A; 1KQL A; 5APY A; 1GU5 A; 1S9K E; 3TYY A; 4B86 A; 2YNY A; 2H7H A; 4EOT A; 4XE5 B; 1IO4 A; 2WPS A; 2WTY A; 1A02 F; 3L36 A; 2WPQ A; 3HE4 A; 3A5T A; 1X8Y A; 1MV8 A; 1GK4 A; 3V5B A; 5AW2 B; 2P7J A; 5APU A; 3TNU B; 1J2J B; 1HUC A; 2W27 A; 2XV5 A; 3M9B A; 5APX A; 5AVS B; 2WT7 B; 3NTN A; 3NFQ A; 4AUW A; 2P67 A; 1GU4 A; 1FOS E; 1YYC A; 1HJB A; 1HWT C; 2C9L Y; 5AVX B; 3V4Q A; 3M91 A; 2Q7C A; 4C7N A; 2R32 A; 2XZR A; 2Q3I A; 3MGN A; 5AVU B; 3TK1 A; 3A7O A; 5AVZ B; 2ZXE B; 1FOS F; 2QM7 A; 1H8A A; 5AVR B; 1CI6 A; 5AW6 B; 3HE4 B; 3HTK A; 2N9B A; 1GK6 A; 2Z5H A; 4GT1 A; 1GZL A; 3P8M C; 4AQR D; 1JNM A; 2KP8 A; 3NXS A; 1OWA A; 3M9H A; 5AW8 B; 5AVW B; 5CMZ A; 2E42 A; 4KHX A; 4JYC A; 1NWQ A; 4C7N B; 1FAV A; 1GD2 E; 4DZO A; 2QM8 A; 1MFZ A; 2JJL A; 5APT A; 1H89 A; 1CI6 B; 2E43 A; 3NMD A; 1T2K D; 3VYI A; 3A3Y B; 2BAS A; 3VN0 A; 2YO2 A; 4AYC A; 2C9N Y; 5AVV B; 5APS A; 3VMZ A; 3HE5 A; 3O8Z A; 3M06 A; 3V4W A; 1T2K C; 3T97 A; 3LID A; 1GTW A; 3L35 A; 5AW1 B; 2R3C A; 4LC1 A; 4C46 A; 2WWW A; 4M3L A; 2ZFC A; 5APV A; 5AVQ B; 5AW9 B; 3UIA A; 2P2U A; 1S9K D; 3B8E B; 3VMX A; 2Q5U A; 1CSB A; 1JUN A; 3M0A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3P7K A; 1PL5 A; 2P10 A; 1NU1 G; 1EDL A; 2AEF A; 3AEF C; 1KIL D; 3T97 B; 1SFC D; 1URQ D; 1G2C B; 4HH2 A; 2QJY C; 4EYY Q; 1GL2 C; 3CXH E; 3L74 J; 3CX5 D; 2B87 A; 3HD7 B; 5AW4 B; 1RH5 B; 2XDJ A; 1KYO D; 1RF0 C; 2WQY C; 5KLV G; 5M1B A; 1M7L A; 1LTG C; 1N73 C; 4L74 A; 1SFC B; 1URQ B; 1YJ9 P; 3H1K E; 2O01 J; 3M0D C; 2RMZ A; 1NTZ J; 4IL6 X; 3L72 J; 1ZR4 A; 2N1T A; 1CW5 A; 2BCC G; 2Q7C A; 2QSI A; 4RO0 A; 1H0T A; 3N4X A; 1AV1 A; 1L0N G; 3FXE A; 1OW8 A; 3H1L G; 1N7S B; 2AXT H; 1DD4 A; 2HG5 D; 4DCK A; 1FZC C; 1Q82 Q; 5KLI C; 3BAT A; 2PRR A; 1S5L X; 3USS A; 2A45 I; 3O8Z A; 1BDD A; 1SQP D; 2JWA A; 4TLF A; 2R3C A; 4LC1 A; 4WY4 D; 2KB7 P; 2IFN A; 5CJ0 A; 1S9K D; 2W6B A; 1JY3 P; 3HUS A; 3BCC G; 4JYB A; 4XFJ A; 5B66 E; 3FWN A; 4WVZ A; 2AXC A; 1T3U A; 1SQQ G; 1P84 E; 2WPR A; 1NKZ B; 4WY4 B; 4EIJ A; 1NO4 A; 3H1H J; 3TGU E; 2Y9Y A; 3RK3 E; 2R5B A; 3WUT A; 2W8Z A; 1KD1 Q; 3VOP A; 3WU2 H; 4BRY A; 2LXC B; 3A0B H; 1T8Z A; 2KYV A; 2AEJ A; 1HF9 A; 1GMJ A; 1L4A A; 4IFD K; 3NFQ A; 1YQ3 C; 1FC2 C; 2E76 D; 5GTI E; 2J59 M; 4U3F G; 2NPS B; 3II6 A; 2R32 A; 4N78 E; 3MGN A; 1E79 H; 3KZI H; 3AE2 C; 4PD4 D; 1OMI A; 1EDJ A; 4RKU J; 3AE7 C; 1VQM P; 1GK6 A; 2DW3 A; 1K9M Q; 2WSC H; 3CPW O; 2KP8 A; 3F5H A; 2IYO A; 1M57 D; 3L74 D; 2FY8 A; 3CLQ A; 2PFX A; 3F89 A; 4IOI H; 3A3Y B; 2R44 A; 2ZXX A; 1EQ7 A; 2O1K A; 3D70 A; 3L35 A; 3B5N B; 2FYU G; 2KOG A; 3IAO A; 1NTZ D; 5APV A; 3L72 D; 5C39 A; 3G71 P; 3VMX A; 3CWB E; 3PHL A; 2OYH A; 2D2C B; 1NHL A; 1BDC A; 2KS1 B; 2IPP A; 3C8V A; 1SQV G; 2IBZ D; 1ZLL A; 1ZV8 A; 1RE4 A; 3Q5S A; 2C0X A; 3IFM A; 1JOC A; 1KB9 E; 4HKZ H; 1KV4 A; 1LTJ A; 5TIS E; 2NZ2 A; 4XE5 B; 1ZW0 A; 2WSC J; 2LKM A; 2H43 A; 1GK4 A; 5CCH A; 4JF7 A; 4QMA A; 3R4Y A; 1PGP A; 1WT6 A; 1JMB A; 1EZV D; 1PFI A; 2PAJ A; 2FFD A; 2RKL A; 2E76 C; 1LT1 A; 1FOS F; 1YBK A; 3HTK A; 2IX7 C; 2QJP C; 2Z5H A; 1JY2 N; 3PRJ A; 2FXO A; 4OVN F; 2CPB A; 3E7K A; 4JYC A; 1IFN A; 1ZME C; 2L5G B; 3AEE C; 3CCR P; 3W68 A; 5KJ7 A; 4XA4 A; 3ZDM A; 2PGD A; 1BE3 E; 2SPZ A; 3HE5 A; 3LID A; 1M1K Q; 4R4M A; 2BEQ D; 5B5E H; 4C46 A; 1JTH B; 1NTZ G; 3L72 G; 1LJ2 A; 1CSB A; 3N7N A; 2HOD B; 1FBM A; 3RL0 g; 1FZB A; 1NTK E; 1OW7 A; 3L75 D; 1J1D B; 3L71 J; 2OTL P; 3MUD C; 1FDO A; 2BCC J; 1LP1 B; 5APQ A; 4H13 B; 2OTJ P; 2KNC B; 2HPC B; 2CPS A; 1FU1 A; 4L76 A; 1MV8 A; 1LT9 C; 5APU A; 1X9V A; 1K05 A; 3M9B A; 3AEB C; 2P67 A; 3SSU A; 5KKZ B; 1RF1 C; 4JQ0 D; 3S1K A; 1NKN A; 2E75 D; 4C7N A; 1JCD A; 2JP3 A; 5KAI H; 2OYI A; 3H1K G; 4H0L B; 5AW6 B; 1LWU C; 1SQX E; 3H1J D; 4O9B A; 4GOD A; 1EXI A; 5CCG A; 3L73 D; 2XNX A; 1OWA A; 3EQ2 A; 1NWQ A; 3C1L A; 3H1H G; 2G8Y A; 3KPE A; 1L0L J; 1GL2 A; 1SQQ J; 2R3S A; 1BGY E; 1ZRT E; 3BRV B; 1LGH B; 3QWO C; 1QL2 A; 1VDF A; 2P2U A; 5CCH C; 4ZMD A; 1KQF B; 2WVR A; 3RK2 B; 1N73 A; 2H89 C; 3AE5 C; 2KIK A; 3OAK A; 2WSF J; 3M0D A; 1NTK K; 4I2L C; 1OXZ A; 2FFD C; 3FX0 A; 1S4X A; 2A06 E; 4I6M C; 2FYN B; 4U3F J; 1YIJ P; 4L73 A; 4I7Z B; 1P84 I; 1SQP E; 4W80 A; 1RE3 A; 2XU6 A; 2OAR A; 1NU1 D; 1HBW A; 2LR2 A; 1S9K E; 2KZI A; 1U7M A; 3OA7 A; 1FZE A; 2YKQ A; 2WTY A; 1FZC A; 5AW2 B; 3TNU B; 1HUC A; 3D71 A; 4Y99 B; 3CC4 P; 3TSI A; 4UB6 H; 3PP5 A; 5AVU B; 3CD6 P; 2KXP B; 3A7O A; 1SQX K; 3EFF K; 4ZNC A; 1CI6 A; 2E75 C; 2N9B A; 2K9J B; 2QRX A; 2FYU J; 1ZXG A; 2E42 A; 1BCC G; 3L71 D; 3CME P; 2BCC D; 2V4H A; 1YJW P; 2JJL A; 1D7M A; 2KI7 B; 1RHZ B; 2AEM A; 1SQB E; 1FE6 A; 2C9N Y; 5APS A; 3H1L D; 4NPE A; 1KIL A; 4PD4 E; 1SQV J; 2JO1 A; 1KN7 A; 2KLU A; 2QE7 H; 3L4F A; 4PJ0 E; 2K37 A; 5TJH A; 1VQN P; 3RGU A; 1OVV A; 3GHG A; 3L37 A; 2Y0E A; 3JCU E; 3P32 A; 1KFN A; 2QJK C; 2C0W A; 2W6A A; 1SQP K; 2FBW C; 3L70 J; 2YO3 A; 2B88 A; 2JKV A; 1PP9 J; 4LLH A; 3JC2 2; 1QL1 A; 1L0L D; 2ZVO B; 1SQQ D; 4EI2 A; 1VQP P; 5APX A; 5AVS B; 1AVY A; 1YYC A; 1IK7 A; 1KQS O; 1N86 A; 1S5L E; 2K9Y A; 2E5Y A; 2GUS A; 4GT1 A; 1N7S D; 4RJT A; 5CMZ A; 1W2E A; 4U3F D; 4GDO A; 2YKO A; 1FAV A; 3L71 G; 2M5A A; 3RL0 D; 2NRG A; 2J5U A; 2I8D A; 1SQB K; 5BU8 B; 1EZV E; 1RE3 C; 2OYO A; 4H44 B; 3VMZ A; 1JM0 A; 2MKV A; 2I1J A; 1JO5 A; 5E79 E; 3CCE P; 2N9Y B; 3H1I E; 3RL0 B; 1PPJ E; 3A0H E; 1VQ7 P; 3MD0 A; 2FYU D; 2GUV A; 1Q7Y Q; 3HRN A; 2AXT E; 2WT7 A; 2A45 G; 3B71 A; 3H1K J; 3HD7 C; 2ZT9 D; 3CCJ P; 5DJU B; 2K88 A; 1NTM E; 3AE4 C; 2B87 B; 1L0L G; 1SQV D; 1KIL C; 1Q90 D; 5H2F H; 1SFC C; 1URQ C; 4PV1 D; 2CK3 H; 3L75 E; 1KC8 Q; 3CCQ P; 2NPS D; 3M91 A; 3KXD A; 1SS1 A; 1IFM A; 2ZT9 B; 2O1J A; 1AA0 A; 3KHU A; 3U59 A; 1JNM A; 4OWF A; 2N1T B; 3GHG C; 1MFT A; 2M5A B; 4N6J A; 4OGQ D; 2FXM A; 4PV1 B; 1H0T B; 1N7S C; 3I56 P; 1JY3 N; 1SQX G; 3CCV P; 1OW6 A; 1IC2 A; 3L70 D; 1YTZ I; 1KMI Z; 3G6E P; 3AE1 C; 3MUD A; 1KFM A; 1AQT A; 3H1J E; 2BEZ F; 3B5N D; 4OGQ B; 2ZAE B; 3L73 E; 1YI2 P; 3WU2 E; 1QVF O; 3A0B E; 3B4S A; 2QA4 P; 1RQV A; 4JPZ B; 1BGY G; 1MUU A; 2D2C D; 1AFO A; 1KOR A; 5AVT B; 3CC7 P; 1LT9 A; 4RES B; 3Q3D A; 1RQU A; 3S9O A; 3KZI E; 1USD A; 1RF1 A; 1DH3 A; 2ZJS E; 3HUS B; 1OX3 A; 1M8O B; 1LWU A; 1QGK B; 4WY4 C; 4ZKP A; 2WMM A; 4BWN A; 1NTM K; 1BCC J; 2JWD A; 4N3Y B; 1Z56 A; 3VP8 A; 1DIP A; 1M1J A; 1HJB A; 1JMM A; 1R5L A; 2HLO A; 3AE6 C; 3BRT B; 3CCU P; 5AVZ B; 4BRY B; 5GTH H; 1MKM A; 2NPS C; 1NU1 E; 1L4A B; 1DEB A; 1G1I A; 3P8C D; 1IFI A; 3H25 A; 1Y8A A; 3U1C A; 3K5B A; 3H1K D; 2QVA A; 2GM4 A; 1FDI A; 5KLV E; 3L70 G; 3MIW A; 2P58 A; 3Q1M A; 1IJD B; 1PP9 G; 3GW6 A; 5AW1 B; 3CWB J; 2JDI H; 1U57 A; 1IFJ A; 3H1H D; 3B5N C; 4YPC A; 1HGV A; 1VL2 A; 3W67 A; 3MHV A; 3WUU A; 2XKM A; 4ASV A; 2E74 B; 2OQQ A; 4WB4 A; 1VF5 D; 4D6T E; 1L0N E; 2D2C C; 3H1L E; 5AVY B; 1WRG A; 2A45 H; 4H13 D; 3VMY A; 2OYH B; 3LW5 H; 5K5G B; 1PGJ A; 1GU5 A; 1HVV A; 1FJP A; 1VF5 B; 1KTM A; 2WPQ A; 1BSN A; 3V5B A; 2W90 A; 1HWT C; 4K3A A; 3V4Q A; 3CXH I; 1LTJ B; 1J1E C; 2ZYA A; 3CCM P; 1EDI A; 3Q5R A; 1NAY A; 2E5T A; 5B5E E; 1DX7 A; 2ZXE B; 4TT3 H; 4H0L D; 1H8A A; 1NU1 K; 1P84 D; 2UWJ E; 3BCC E; 2WSF H; 1AJY A; 1LTI C; 4AQR D; 1KIL E; 2B9B A; 1BE3 J; 5KJ7 D; 3MTU E; 2FFD B; 2QM8 A; 3PJS K; 3CX5 E; 3H32 A; 1H89 A; 5KLV K; 1VQL P; 3HTK B; 1KYO E; 4AYC A; 3JSV C; 1EDK A; 3R2P A; 3V2R A; 1PZQ A; 1DD3 A; 1BSH A; 3RK3 B; 1BCC D; 1HH0 A; 3BAS A; 4N78 D; 2ZFC A; 2L91 A; 1NTK J; 3LW5 J; 1M1J C; 3M0A A; 4U3F E; 3RK2 D; 1NVO A; 3HE5 B; 3I55 P; 1L0N K; 5KAI E; 3H1I G; 2YXQ B; 2VRS A; 3GF7 A; 5CBO A; 1ZN5 A; 2QIW A; 1J1D C; 1ZR2 A; 1LTA C; 2GA1 A; 1G1J A; 3HE4 A; 1VQK P; 1Q2N A; 3CWB D; 2XV5 A; 3E1I A; 3NTN A; 5KAF H; 1SQX J; 2FYU E; 3TDK A; 3O6Q A; 3SFE C; 3WUV A; 2XZR A; 3IF4 A; 1L2P A; 1NTM G; 5CCG D; 5KKZ C; 3PH0 A; 1YIT P; 1LTT C; 1K04 A; 2YXR B; 3M9H A; 3TGU G; 2M3B A; 2K1A A; 2J58 A; 4C7N B; 2KUB A; 2OYI B; 1BGY J; 1LTS C; 2YIU B; 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3VTP C; 3H6P A; 1PGQ A; 4KT0 J; 5APW A; 4W7Y A; 3SFD C; 2W6J H; 3Q5P A; 5AW3 B; 1BE3 G; 2NPS A; 1BGY D; 3GHG B; 1KQL A; 5DJT B; 4D6T G; 4NPD A; 3OW2 O; 4B86 A; 1ZRT D; 3H1H E; 1ZOY C; 4EOT A; 3VP9 A; 3BVH A; 2WPS A; 1A02 F; 4GIF A; 1QLE D; 4AUW A; 1GU4 A; 1FOS E; 5B66 H; 1X0T A; 1NTZ K; 2IFM A; 2P1J A; 4DJG A; 1P84 H; 3M9Q A; 1NTK G; 1YHQ P; 2A06 D; 3OJA B; 1N7L A; 1GZL A; 3P8M C; 3NXS A; 4HJG H; 2N1T D; 2O3J A; 1Y9B A; 3AEC C; 3B5N A; 1R8E A; 3ABV C; 4YXW H; 2E43 A; 3CL3 D; 1N8R Q; 3G4S P; 3CX5 I; 2FKW B; 1MZ9 A; 3H1I J; 1KYO I; 5GTI H; 2B89 A; 1T2K C; 2KS1 A; 5EFW B; 2V7Q H; 4H44 C; 2Y9Z A; 4R4L A; 2Q1K A; 1IFP A; 2W83 C; 5H2F E; 1XTG B; 1JEK A; 3KYQ A; 3RL0 C; 2H8P D; 1PP9 D; 2K3R A; 3MP7 B; 2RH0 A; 3CCS P; 3A2A A; 4GOF A; 3V2P A; 3SWK A; 1VQ6 P; 1Q81 Q; 1BCC E; 3V6I A; 1SQB D; 3WMM 0; 5CJ4 A; 1NTM J; 4NPF X; 3TYY A; 1M90 Q; 3L75 J; 3QH9 A; 3TGU J; 1QVG O; 1IO4 A; 3A5T A; 1X8Y A; 2WT7 B; 2E76 B; 2WZ7 A; 2QJP B; 1JB0 J; 3E1R A; 4W7Z A; 3TK1 A; 1W5C E; 2IZ1 A; 3PTZ A; 4JBZ A; 1IZN B; 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