The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
|
sequence length |
67
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structure length |
67
|
Chain Sequence |
VIEKVQHIQLLQKNVRAQLVDMKRLEVDIDIKIRSCRGSCSRALAREVDLKDYEDQQKQLEQVIAKD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Blood clotting
|
| molecule keywords |
Fibrin alpha chain
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| total genus |
22
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| structure length |
67
|
| sequence length |
67
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| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LWU B; 2OYI C; 1N73 B; 2HLO A; 2OYI A; 2FFD A; 2A45 H; 1M1J C; 1RF1 A; 2OYH C; 2FFD B; 2A45 G; 1RF1 B; 1FZC C; 2OYI B; 1JY3 P; 1M1J A; 3E1I A; 1JY3 N; 2OYH A; 1JY2 P; 1FZB A; 3H32 A; 1M1J B; 1RE4 C; 1FZC A; 1RF0 C; 2FFD C; 3H32 B; 1FZC B; 1N86 A; 1FZF A; 2OYH B; 1RE3 C; 1RE4 A; 2HOD A; 1RF0 A; 1FZG A; 1JY3 O; 3HUS C; 1JY2 N; 1RE3 A; 1T3U A; 2XNX A; 2HOD B; 1FZA A; 3GHG C; 3HUS A; 2H43 A; 1LTJ C; 3GHG A; 1JY2 O; 2A45 I; 3HUS B; 1FZE A; 3GHG B; 2HPC A; 2Z4E A; 1LTJ A; 2HPC B; 1LT9 C; 3BVH A; 1LTJ B; 1LT9 A; 1LWU C; 1N73 C; 1LT9 B; 1W2E A; 1RF1 C; 1LWU A; 1N73 A; 2Q9I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FS0 E; 1M1J C; 3B4S A; 2OYI B; 1S72 P; 1E79 H; 3TNU B; 2O01 N; 2RH0 A; 3V2Q A; 4L76 A; 3IFM A; 1ZXG A; 1SQX G; 1S5L H; 2HR3 A; 4M3L A; 4WVZ A; 4PD4 H; 1MFT A; 2KNC B; 3TGU G; 2B9B A; 4W7Y A; 3AEE C; 4RO0 A; 2AEM A; 3HD7 C; 4L75 A; 2P67 A; 2E75 C; 2C9L Y; 1NTK K; 3BCC E; 1PGQ A; 2W6J H; 5B66 H; 2A06 D; 2IDB A; 1SQV G; 3CPW O; 4OVN F; 1FZC C; 1ZP0 C; 3GF3 A; 2DW3 A; 3RK3 C; 3K5B A; 2QSI A; 2O01 H; 1KYO D; 5KAI H; 4ASW A; 5KJ7 A; 4Y99 C; 1LTG C; 2E74 B; 3AE6 C; 3A0B E; 2OYH A; 4C46 A; 1IK9 A; 1DD3 A; 3VP9 A; 2K9J B; 4LC1 A; 1SVF A; 2N1T D; 2WPQ A; 1EXI A; 2WSF J; 4PV1 D; 2M5A B; 3HE5 A; 3KDP B; 1HGV A; 2IPP A; 2WSF H; 2KYV A; 2L5G B; 3H1J D; 2E76 C; 2FYZ A; 2V7Q J; 4DOJ A; 5AW6 B; 4PJ0 E; 1Y47 A; 5CCH C; 1OXZ A; 3P8C D; 1Y8A A; 1K9M Q; 1PP9 E; 3LW5 J; 3OJA B; 2HFE D; 3E1R A; 1LP1 A; 1Q7Y Q; 2OYH B; 3B5N D; 1SQX D; 3M0A A; 4R4L A; 1MKM A; 4YXD C; 1LT9 A; 3TGU D; 1MZ9 A; 2ZXX A; 3L74 E; 1M7L A; 4HJG H; 1FJP A; 1L0N J; 3KHU A; 1PIX A; 2H8P D; 1VDF A; 1NU1 E; 3N7N A; 1FU1 A; 1NTM J; 1SQB D; 1BGY J; 1KMI Z; 1SQP D; 3MIW A; 1LTI C; 1HBW A; 3H1K E; 3AE4 C; 5CHX A; 4L73 A; 2VRS A; 1GL2 A; 1JCC A; 3IN6 A; 1K73 Q; 1GZL A; 3CX5 D; 1N7S B; 4WY4 B; 4D6T J; 4UB8 H; 4BWN A; 2D2C D; 1LP1 B; 1G1J A; 2KSE A; 1OVR A; 3IR9 A; 3FGA D; 1HUC A; 5AVV B; 1GU4 A; 3CXH I; 1JMM A; 3OA7 A; 3H1H J; 3O6Q A; 1XTG B; 5AW8 B; 2OYI C; 1N73 B; 1NU1 K; 2K9Y A; 2E43 A; 3G71 P; 1YIJ P; 2Q3I A; 2W83 C; 4IL6 E; 2W27 A; 1KIL A; 5AVS B; 1A02 J; 1JY2 O; 4RJT A; 4GDO A; 1P84 D; 1HGZ A; 3N4X A; 1J1E B; 3AEG C; 1GL2 B; 3V2N A; 1R5L A; 2ZJS E; 5TIS H; 3PHL A; 2POH A; 1FZF A; 1Q86 Q; 2OQQ A; 3GHG A; 2ITA A; 2IZ1 A; 5BVZ A; 2NPS D; 3L71 G; 3EQ2 A; 1HF9 A; 5CCG A; 1T2K D; 1KQG B; 3L4F A; 3H1I G; 3V2R A; 3CX5 I; 2QIW A; 2RKL A; 1MFZ A; 1LGH B; 1DEB A; 2IX7 C; 4KT0 J; 2WT7 A; 2ZYA A; 1GMJ A; 1OVU A; 1XTC C; 2KIK A; 2Y0D A; 1LTT C; 2A06 E; 2XV5 A; 3G6E P; 2I1K A; 2E5Y A; 2HPC A; 4OWF A; 1AQ5 A; 4PD4 D; 1FOS E; 2E74 C; 2JKV A; 1L4A D; 1VF5 D; 2O1K A; 1LWU B; 3G9R A; 1FDM A; 3MUD A; 1FZB A; 2CPB A; 2LKM A; 1AFO A; 1KYO E; 2P2U A; 1IC2 A; 1W5C E; 3AEF C; 2Z5H A; 1P84 I; 5H2F H; 3SSU A; 2H7H A; 1CI6 B; 2K3R A; 3G4S P; 3L36 A; 3H6P A; 1EZV I; 3AEB C; 3I55 P; 1SP4 A; 2FBW C; 3CMA P; 3HD7 A; 1LTA C; 5KJ7 C; 3H1H G; 1JY3 P; 3H1J E; 1IFM A; 3L75 E; 2OYH C; 4UB6 H; 1PGJ A; 4YXW H; 5KLI B; 2L91 A; 4W7Z A; 3P8C E; 1VQ7 P; 1YJ9 P; 1IFJ A; 4ZNC A; 1URQ A; 5KAF E; 5CBO A; 1GW4 A; 1SQX E; 2FYN B; 2KS1 B; 3HE4 B; 3PTZ A; 1JY3 N; 4OGQ C; 4H0L B; 4JBZ A; 3L71 D; 1T6A A; 3TGU E; 5GTH E; 2YXR B; 2BCC J; 1NYH A; 3RGU A; 1YQ4 C; 1N7S C; 2M3E A; 1SFC A; 4XA4 A; 4HH2 A; 1SQV E; 3MHV A; 3II6 A; 1VQ9 P; 3TK1 A; 4N78 D; 2XNX A; 1Q90 D; 1HWT C; 1LT9 C; 3HRN A; 1OW8 A; 3CXH H; 1USD A; 5AW4 B; 1JY2 P; 1BGY D; 4N6J A; 3TF5 A; 5APU A; 2ZT9 B; 3LIE A; 2H43 A; 4H13 D; 2Q5U A; 2N9Y B; 3WUV A; 1GL2 C; 2WMM A; 1SQB K; 1H89 A; 1SQP K; 4D6T D; 1SFC B; 3S4R A; 1L0L K; 3CCS P; 1CSB A; 5AW9 B; 2FFD B; 5B5E H; 2IFN A; 2ZVO B; 1KQL A; 2M3B A; 3V4Q A; 5AVW B; 5AW0 B; 4H44 D; 3A5T A; 2BEZ F; 1GDT A; 5AW3 B; 1JM0 A; 3H1H D; 1OMI A; 2XU6 A; 3CCM P; 1ZME C; 3FX0 A; 4IFD K; 1WRG A; 3AE7 C; 3SFE C; 4Y28 J; 3TDK A; 1YIT P; 1U7J A; 1S2E A; 2YKP A; 3I5C A; 1KIL C; 3CX5 H; 1X79 B; 1DX7 A; 1EDK A; 1ZV8 A; 3E7K A; 1KZU B; 4AUW A; 1MV8 A; 2QJK C; 1EXJ A; 2I8D A; 2KB7 P; 3BRV B; 3S1K A; 4L74 A; 2BAS A; 2SPZ A; 1S5L E; 2E75 D; 4IFM A; 1NWQ A; 1X9V A; 4EI2 A; 2AXC A; 3L72 J; 1QL1 A; 1NOH A; 4PD4 E; 2AXT H; 2WIT A; 3GHG C; 3CI9 A; 5CCG C; 3BVH A; 1M90 Q; 3RK3 D; 1K8A Q; 3BRT B; 2BEQ D; 5KTB A; 1P84 H; 2P7J A; 5DJU B; 5KLV G; 4C7R A; 1SQQ G; 1JO5 A; 3WUT A; 4TLF A; 1PL5 A; 1N2D C; 2FYU J; 3EWK A; 1QVG O; 2OTL P; 1OW6 A; 5KLI C; 3MUD C; 3AEC C; 4I6M C; 1KB9 H; 1N7L A; 1T3U A; 2N1T B; 3G3Z A; 1BCC G; 3CCE P; 3AE3 C; 3PJS K; 2KXP B; 2E76 D; 2YIU C; 2R5B A; 1T8Z A; 2Q9I A; 1VQ8 P; 5CCH D; 3ZDM A; 3C8V A; 2J59 M; 1LTS C; 1YTZ T; 1HJ0 A; 1FDI A; 2K9J A; 1J1D C; 1FZE A; 1SQB G; 3L71 E; 1HVV A; 3MZW B; 1SQP G; 1SLQ A; 3H1I E; 4C7N B; 3EFF K; 1WMK A; 3NTN A; 1L0L G; 2M5A A; 3B5N B; 4I2L C; 2R32 A; 1D7M A; 2MKV A; 2ZYG A; 1NTZ J; 2YNY A; 3HUS A; 4OH8 B; 3L35 A; 1URQ C; 4N78 E; 4I1L A; 2R3C A; 2WPV B; 1EDI A; 3Q3D A; 1YJW P; 3NMD A; 2XDJ A; 5E79 H; 4GOF A; 5APY A; 3CWB J; 3CC4 P; 2ZVN B; 2LXB A; 1GD2 E; 3CC7 P; 4U7J A; 1SFC C; 4CPG A; 5KLV D; 1DD4 A; 3H1L G; 1KTM A; 1SQQ D; 2D2C B; 3M91 A; 1AQT A; 2K88 A; 1L2P A; 4UB8 E; 1KFN A; 4XE5 B; 2CK3 H; 3AE8 C; 2WSE J; 3HUS B; 1ZW0 A; 3CXH D; 1EZV G; 2YKO A; 2V7Q H; 3CCQ P; 1N7S A; 3FWL A; 5AW1 B; 4WY4 A; 1AJY A; 1IFI A; 3H1H E; 4IOI H; 4W80 A; 1RF1 B; 1BCC D; 1U57 A; 2WVR A; 3LW5 H; 4AQR D; 2GUV A; 4I7Z C; 3BCC J; 1JY3 O; 3D71 A; 3NFQ A; 3W67 A; 3CD6 P; 4BRY B; 1NTM K; 3USS A; 2QJY B; 1S9K D; 3RL0 g; 1KOR A; 4K3A A; 3P32 A; 5K5G B; 1W2E A; 5C39 A; 1N73 A; 2IZ0 A; 5TIS E; 1PPJ D; 2QEX P; 2NPS B; 3L73 J; 1KC8 Q; 5APS A; 1QVF O; 1L0L D; 4LLH A; 1S3J A; 3CCJ P; 4BXL A; 3V4W A; 1H88 A; 2HLO A; 1X8Y A; 3JSV C; 4EIJ A; 1TU3 F; 1AVO A; 2E74 D; 5GTI H; 1N86 A; 3RK3 E; 2JDI H; 1L4A B; 2QVA A; 2C0X A; 2IYO A; 2PAJ A; 1OIP A; 3V5B A; 1VQN P; 2KUB A; 2WQY C; 1FJK A; 2JO1 A; 5EFW B; 2QJP B; 3GMA A; 3H1L D; 2KOG A; 1PP9 J; 1K05 A; 2IBZ I; 1AA0 A; 2ZAE B; 5H2F E; 5APT A; 3O8Z A; 1QLE D; 1LWU A; 3Q1M A; 1M57 D; 1KN7 A; 1WT6 A; 1FAV A; 1EZV D; 5AVU B; 5KJ7 D; 3M0D A; 3L74 J; 4ZKU A; 3BAS A; 1RHZ B; 2WSS H; 2M8R A; 1CI6 A; 4U3F J; 3B5N C; 1KB9 D; 2KK7 A; 2G3A A; 3H1K J; 1Z56 A; 4UB6 E; 1RY3 A; 2XND H; 1DH3 A; 2R5D A; 2A45 I; 1QEX A; 4OGQ D; 4RKU J; 1H0T B; 3C9I A; 1CZQ A; 3R4Y A; 1N7S D; 1N8R Q; 3RL0 D; 2YXQ B; 1L0N G; 2OTK E; 4KJM A; 1NTM G; 1H8A A; 3L73 G; 1BGY G; 1BE3 J; 4DT0 A; 3AE5 C; 3KZI H; 2Z5I A; 5CJ0 A; 2KS1 A; 3HE4 A; 5KLV E; 1NTZ D; 1UIX A; 4D6T G; 1KD1 Q; 1SQQ E; 3HUS C; 2KP8 A; 1OWA A; 2R3S A; 2NRG A; 1KFM A; 2YO3 A; 1G2C B; 3W68 A; 5APW A; 1YHQ P; 3M9B A; 1NO4 A; 3VMX A; 1RF1 C; 1KB9 I; 3Q5S A; 1BDD A; 1GL2 D; 2C0W A; 3CXH E; 2B88 A; 5AVY B; 3CWB D; 3CC2 P; 4H13 B; 3LID A; 1BCC E; 5APQ A; 2FXM A; 1BSN A; 1ZLL A; 1GW3 A; 5KLV K; 3CCV P; 1IZN B; 1S9K E; 1M1J B; 1SQQ K; 3U1A A; 5B5E E; 3VN0 A; 3UIA A; 1KQF B; 1VPC A; 2B87 B; 4JPZ B; 1KIL D; 4WY4 C; 1SQB E; 3A0H H; 1SQP E; 2FFD A; 1G1I A; 3WU2 H; 2ZFC A; 1IK7 A; 4U3F G; 1L0L E; 3BCC D; 1HH0 A; 1FZG A; 2R44 A; 3CX5 E; 2FXP A; 3RK2 B; 3CCU P; 1N73 C; 2E75 B; 4NPD A; 1AVY A; 3KQG A; 5CCG D; 1L0N D; 2QJP C; 4DJG A; 1NTM D; 3L73 D; 3H32 B; 1FZC B; 1FC2 C; 1FE6 A; 2XZR A; 1IJD B; 2AXT E; 2W6B A; 2PRR A; 3H1J J; 3RK3 B; 3M06 A; 3VOP A; 1J1E C; 3L75 J; 4JF7 A; 3CCR P; 1YJN P; 1QGK B; 3H1L E; 1M8O B; 1BE3 G; 4GOE A; 3I56 P; 3WUU A; 1S5L X; 4Y99 B; 4TT3 H; 1JOC A; 1P84 E; 3U59 A; 5BU8 B; 2H89 C; 3WMM 0; 1SQX J; 1ZN5 A; 1EZV E; 2QE7 H; 2E42 A; 3MP7 B; 3TGU J; 5AVZ B; 4AYC A; 2WSC J; 5AVR B; 1PP9 D; 3VMY A; 1R8E A; 2OYO A; 1KB9 E; 1GK4 A; 5CBN A; 2E76 B; 2C9N Y; 1SQV J; 1OVV A; 4ASV A; 3GLM A; 1LWU C; 3JCU H; 2ZXE B; 3HD7 D; 2A45 H; 3AEA C; 3FXE A; 2PP6 A; 1RQU A; 3Q5R A; 4ZMD A; 3L70 J; 3M0D C; 2N1T A; 1JMB A; 3L74 D; 3JC2 2; 3T97 B; 4U3F D; 3F89 A; 2RN0 A; 2KLV A; 2BCC G; 4YTP C; 2FKW B; 3H1K D; 5APV A; 2ZYD A; 5B66 E; 3RBX A; 1URQ D; 1OX3 A; 4QMA A; 1VQ6 P; 1VQM P; 5APX A; 5TJH A; 3A3Y B; 1VQP P; 2KZI A; 2AEJ A; 1LTJ A; 3PP5 A; 3R2P A; 4A7P A; 5BU5 A; 1NTZ E; 1ZR4 A; 4C7N A; 4GOD A; 1GK6 A; 1K04 A; 5KKZ B; 5KAI E; 3B5N A; 1SFC D; 3RBZ A; 1J2J B; 1QX8 A; 3HTK B; 3OAK A; 1VQL P; 5E79 E; 4EYY Q; 2KLU A; 3CME P; 3VMZ A; 1T3J A; 3OW2 O; 1FOS F; 1BE3 D; 2GA1 A; 2YMK A; 2NZ2 A; 4PV1 B; 2FYN C; 1S1C X; 4H0L C; 2IBZ G; 2GUS A; 1NH4 A; 1R5S A; 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3Q2Y A; 3AED C; 5KKZ C; 1JB0 J; 3RL0 B; 4GIF A; 1NAY A; 4HYT B; 2Y0E A; 3L72 D; 3L70 D; 1NHL A; 3CCL P; 2N1T C; 2WPR A; 3C1L A; 2JR8 A; 3TYY A; 2PGD A; 3F5H A; 4PJ0 H; 1QL2 A; 4Z1M H; 2Z4E A; 3CWB G; 4PV1 C; 3B8E B; 4HB1 A; 1KQS O; 1NTK G; 2Q7C A; 1LT9 B; 1H0T A; 3KZI E; 1BE3 E; 1JCD A; 3IF4 A; 3CLQ A; 3KYQ A; 1LTJ C; 3ITK A; 2KI7 B; 2FYU D; 5AVQ B; 1NU1 J; 5AVX B; 2WPS A; 4B86 A; 2W8Z A; 3AE2 C; 1VQ5 P; 1ZR2 A; 2PFX A; 2YO2 A; 1ZOY C; 2KZJ A; 4GKG A; 1G2C A; 1UII A; 3BCC G; 4EOT A; 3O6Q B; 1EQ7 A; 2V4H A; 2OAR A; 2Q1K A; 1GTW A; 4WY4 D; 1ZRT D; 1RF0 A; 4EDF A; 1KIL B; 1NJI Q; 2D2C C; 3A7O A; 2QJK B; 1X0T A; 2K1A A; 3VMA A; 2BCC E; 4DCK A; 2RMZ A; 3A0H E; 1M1J A; 4IL6 H; 4JYB A; 1X22 A; 3WU2 E; 1RE3 C; 3VTP C; 3IAO A; 2B87 A; 2IYP A; 2JEE A; 3PLN A; 3GHG B; 1BDC A; 1NKN A; 3B71 A; 1Y9B A; 1E5W A; 2WT7 B; 1RE4 C; 2GM4 A; 1NTK D; 2JWA A; 3VP8 A; 1VQO P; 2QJY C; 5AW2 B; 5AW5 B; 1DIP A; 2HPC B; 1IFD A; 2J58 A; 1PP9 G; 3TSI A; 2HYN A; 2Y9Z A; 2P58 A; 1LT1 A; 3NXS A; 4H44 B; 3BAT A; 2NPS C; 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