The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
|
sequence length |
67
|
structure length |
67
|
Chain Sequence |
VIEKVQHIQLLQKNVRAQLVDMKRLEVDIDIKIRSCRGSCSRALAREVDLKDYEDQQKQLEQVIAKD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Blood clotting
|
| molecule keywords |
Fibrin alpha chain
|
| total genus |
22
|
| structure length |
67
|
| sequence length |
67
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1FZC B; 2OYI B; 1LTJ B; 2HPC B; 1FZG A; 2Q9I A; 1N73 B; 3H32 B; 1JY2 O; 1RF0 C; 1LT9 B; 2A45 G; 1LTJ A; 2HLO A; 1LT9 A; 3BVH A; 1W2E A; 1N73 A; 3H32 A; 2OYI A; 2HPC A; 2FFD C; 1JY3 O; 1RF1 B; 1N86 A; 1LWU C; 1RF1 A; 1FZF A; 2OYH B; 1RE4 C; 1T3U A; 2XNX A; 1M1J C; 3GHG C; 3HUS C; 2OYH A; 2A45 H; 1RF0 A; 2FFD B; 1JY2 N; 1FZA A; 1LWU B; 1JY2 P; 2FFD A; 1JY3 N; 1FZB A; 1JY3 P; 1LWU A; 1RE3 C; 2H43 A; 3GHG B; 2A45 I; 1M1J B; 3HUS B; 1RE4 A; 3GHG A; 2HOD B; 1M1J A; 3HUS A; 2Z4E A; 3E1I A; 2OYH C; 1FZC C; 2HOD A; 2OYI C; 1LTJ C; 1LT9 C; 1N73 C; 1FZE A; 1FZC A; 1RE3 A; 1RF1 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KQS O; 2N1T A; 5APY A; 3CCV P; 1Q86 Q; 1S9K D; 5AW4 B; 5CHX A; 3A3Y B; 2H43 A; 1NKN A; 2QEX P; 1IFN A; 3B5N A; 1N2D C; 1L4A A; 1HJB A; 1LWU C; 3L70 J; 4B86 A; 2LXC B; 1LP1 B; 4K35 A; 1YI2 P; 1PGQ A; 2KNC B; 5AVR B; 2I8D A; 1EZV I; 1EDL A; 2YMK A; 1HF9 A; 3W68 A; 1EDK A; 1YTZ I; 1VQN P; 1KB9 E; 1YBK A; 1SQQ G; 2WSS H; 1N7S C; 1BE3 G; 1RF0 A; 3N7N A; 2A45 I; 1KB9 D; 1LTB C; 4GT1 A; 5KAF H; 1FU1 A; 3L72 G; 3I5C A; 4LC1 A; 1DD3 A; 1VQ7 P; 1AA0 A; 1BGY G; 3RL0 D; 1VF5 D; 5KLV G; 1S72 P; 1KIL E; 1M90 Q; 3D6Y A; 4GOD A; 3H1I G; 1EDI A; 1WT6 A; 1NGM B; 1LWU B; 3RBZ A; 1SQP G; 2QG4 A; 1RE3 C; 1KIL D; 3AE8 C; 1DEE G; 5L8R J; 2PFX A; 1N73 C; 2O01 H; 1W5C E; 2WSC H; 3L75 G; 1R8E A; 1NVO A; 4YXD C; 1OVR A; 1OW7 A; 1SQX K; 2G8Y A; 2JKV A; 2Y0E A; 1S5L E; 4WY4 D; 1VPC A; 3FGA D; 1E79 H; 1RY3 A; 2IYP A; 2E76 D; 4HH2 A; 1CSB A; 3I55 P; 3M0D C; 1NAF A; 2FBW C; 3L73 E; 3L37 A; 1VQM P; 1FE6 A; 2WIT A; 3BRT B; 2A45 H; 1LP1 A; 3L73 D; 3CCR P; 3G71 P; 5H2F H; 1JCD A; 2KNC A; 2AXT E; 4DZO A; 4I2L C; 2YO3 A; 4R4M A; 1IFJ A; 1SQV E; 2NRG A; 4MN4 C; 1W2E A; 3TNU B; 2CPB A; 2V7Q J; 4GDO A; 2NPS D; 4R4L A; 3OW2 O; 3VMX A; 1CI6 B; 1JY2 N; 1ZME C; 1Q2N A; 1LJ2 A; 2R3C A; 3S9O A; 1SQV D; 3EQ2 A; 4XE5 B; 3H1K E; 1N73 B; 1L0N D; 2DW3 A; 3A5T A; 1L0N J; 4OWF A; 1LNQ A; 1K04 A; 1KD1 Q; 2Y9Z A; 1MV8 A; 3H1K D; 3HUS B; 3BAT A; 2ZXX A; 3RL0 g; 4WBA A; 3L74 G; 3AEA C; 2E74 C; 1VQK P; 5KAF E; 4BRY B; 4DOJ A; 2B89 A; 4H13 D; 1LWU A; 2P10 A; 1EDJ A; 3CCE P; 3P8M C; 1SFC D; 1DD4 A; 1NWQ A; 1PP9 E; 1DX7 A; 3KZI E; 4U7J A; 4GKG A; 3NFQ A; 2WPR A; 2PRR A; 3H6P A; 1MZ9 A; 2FXM A; 1VQO P; 2BCC J; 3A0H H; 1BCC E; 4PV1 C; 1LTG C; 3VYI A; 2H7H A; 1NU1 E; 1YYC A; 1H88 A; 3MUD C; 4XA4 A; 1L0L E; 3H32 B; 1YHQ P; 1ZOY C; 3H1L G; 1BCC D; 1NO4 A; 2B87 B; 3KQG A; 2JDI H; 1BCC J; 1NU1 D; 4JQ0 D; 1ZP0 C; 1SQX G; 2OTL P; 5AW6 B; 5CJ4 A; 4ZKU A; 1NU1 J; 3FWL A; 1L0L D; 4L73 A; 2O3J A; 3LID A; 1LGH B; 1LT9 C; 1W2B O; 1IZN B; 2KSJ A; 1IFD A; 5AVV B; 2LR2 A; 3TNU A; 2FFD B; 5B5E H; 1CI6 A; 3HE4 B; 1FAV A; 2P1J A; 3K5B A; 2SPZ A; 3KHU A; 1A02 J; 5BU5 A; 5KAI E; 3F89 A; 1NH4 A; 4IOI H; 1EC5 A; 3OAK A; 1KB9 I; 4JBZ A; 1N73 A; 3H25 A; 3CCL P; 4U3F G; 1MKM A; 3Q3D A; 1X8Y A; 3H1J G; 4EDF A; 1Y9B A; 4N3Y B; 2W83 C; 2W6J H; 1S2E A; 2OQQ A; 3VMA A; 2H88 C; 3HUS A; 2IFM A; 2YIU C; 4EIJ A; 2OYO A; 3L71 E; 2WT7 B; 1G2C B; 3M0D A; 1PGJ A; 4BRY A; 2IBZ E; 3KPE A; 3RK2 D; 3L71 D; 4NPF X; 3NMD A; 5APV A; 2WSF J; 1JTH B; 3JCU H; 1T2K D; 2KS1 B; 1JMB A; 4EI2 A; 2IBZ D; 1VDF A; 1YJN P; 4DJG A; 3I56 P; 3CD6 P; 4H44 D; 1KQL A; 5AW8 B; 1ZRT E; 3OJA B; 2Z5H A; 5KLI B; 3Q5P A; 1MUU A; 4AYC A; 4ASW A; 5K5G B; 2J5U A; 3UIA A; 1ZRT D; 3CWB E; 3H32 A; 1JNM A; 2B87 A; 2ZYD A; 3KYQ A; 2N1T D; 3BCC J; 3VMY A; 5AVW B; 1M1J B; 2ZT9 C; 2RMZ A; 4JPZ B; 2IZ1 A; 3A0H E; 3CWB D; 1LTA C; 1KB9 H; 1DH3 A; 3CWB J; 2GA1 A; 2NZ2 A; 2KXP B; 2E42 A; 4IFF A; 1AVO A; 1JMM A; 2E75 B; 2XNX A; 2FFD A; 3PLN A; 2JWD A; 1U57 A; 3HE4 A; 4RO0 A; 3U1A A; 5KTB A; 3N4X A; 1URQ C; 4KT0 J; 1NTM E; 5AVS B; 1KYO H; 1KQF B; 2KLU A; 5CCG D; 1S5L X; 4C7N B; 1FDO A; 4JF7 A; 3IN6 A; 4H0L B; 5KLV K; 3FWN A; 4Z1M H; 1NTK G; 4L75 A; 1FDI A; 2D2C B; 1BE3 E; 3HD7 B; 1SQB G; 5CCH A; 2CPS A; 4AQR D; 1G2C A; 3H1H G; 3MUD A; 2WT7 A; 1AJY A; 1HVV A; 1SQP K; 1SQQ D; 1BE3 D; 1HGZ A; 1SQQ J; 2VRS A; 3PH0 A; 1YIT P; 1U7J A; 2MJZ A; 1BE3 J; 3B71 A; 4OH8 B; 2QJY C; 5AVX B; 1JTH A; 3AEC C; 2KS1 A; 1BDD A; 4D6T G; 1OX3 A; 1LT9 A; 1S5L H; 2POH A; 1BGY E; 3L72 J; 1GL2 B; 3ABV C; 3FX0 A; 1OVV A; 3BAS A; 1RHZ B; 1P84 E; 1BGY D; 3O6Q B; 1U7M A; 1URQ B; 1BGY J; 5KLV J; 3O8Z A; 1YTZ T; 2V7Q H; 2MKV A; 3H1I D; 2AXT H; 1P84 D; 2OTJ P; 3L70 E; 3H1I J; 1PGP A; 1E5W A; 1M1J A; 1SQP J; 5AW1 B; 2HPC B; 1QX8 A; 2HG5 D; 3RL0 C; 1VF5 C; 3L70 D; 1NTZ K; 2XDJ A; 3AEB C; 2E5T A; 3L75 J; 3A7O A; 2IPP A; 4RKU J; 3B8E B; 4DCK A; 2FYU G; 3T97 B; 4ZMD A; 2HFE D; 2Y0D A; 4JYC A; 2M3B A; 3JC2 2; 1KIL C; 2W6A A; 1OW8 A; 1PGO A; 3AEE C; 2W90 A; 2GUS A; 4YPC A; 1ZN5 A; 4C7N A; 2KYV A; 2UWJ E; 4WY4 C; 1FJP A; 4I7Z C; 1S3J A; 3Q5R A; 1Q7Y Q; 4KHX A; 2J58 A; 2P2U A; 2YXR B; 2E76 C; 3HD7 A; 3CX5 I; 4I1L A; 2C0X A; 3G9R A; 2C9L Y; 1KYO E; 2Q5U A; 5CBN A; 4Y99 C; 2O01 N; 1FBM A; 3F5H A; 3V2N A; 3KZI H; 3QH9 A; 1G1J A; 1QVF O; 1KYO D; 2OGU A; 5M1B A; 1PZQ A; 2H89 C; 1IK9 A; 3RL0 B; 1PPJ G; 3W67 A; 1J2J B; 2IBZ I; 1GL2 A; 3P8C E; 3MIW A; 4UB6 E; 2NPS C; 3TSI A; 2R5B A; 5TJH A; 2WPQ A; 1X9V A; 1RF1 C; 3O6Q A; 2I1J A; 1URQ A; 1KIL B; 3PP5 A; 3P8C D; 2L5G B; 1X22 A; 1CZQ A; 3LW5 J; 2A06 E; 1N7S B; 2JP3 A; 2FXO A; 3CXH I; 3AE4 C; 2HPC A; 2A06 D; 4GOF A; 2R32 A; 2FYN C; 3II6 A; 1JY2 P; 4ZKP A; 3GF3 A; 4LLH A; 3H1L E; 5KAI H; 4H13 C; 3T97 A; 3CX5 H; 1USE A; 3GF7 A; 3IR9 A; 1SQX E; 1YQ3 C; 1SFC C; 3H1L D; 1RE4 C; 1GZL A; 4AUW A; 1NTZ G; 3H1L J; 1SQX D; 1L0N E; 1GD2 E; 1SQX J; 1WMK A; 2WSF H; 3P32 A; 2NPS B; 1FZE A; 1KV4 A; 1ZR4 A; 2WSE J; 3CC7 P; 2XZR A; 3AE5 C; 3D71 A; 2C9N Y; 3WUV A; 3AE9 C; 2M5A B; 4IL6 E; 4UB8 E; 1MFZ A; 2XU6 A; 3H1J E; 2JO1 A; 4QMA A; 4OVN F; 2OYH C; 4W80 A; 2K9Y A; 2ZJS E; 3CCM P; 1GMJ A; 3VN0 A; 4U3F J; 3H1J D; 4NPE A; 4OGQ C; 5KJ7 D; 5TIS E; 3H1J J; 3CXH H; 2BCC E; 3IF4 A; 4H13 B; 1OIP A; 4DT0 A; 2GM4 A; 1FJK A; 3R4Y A; 3Q5S A; 1Y8A A; 4EOT A; 1KIL A; 4W7Z A; 4GOE A; 2BCC D; 5AVQ B; 4M3L A; 2ZVN B; 2GUV A; 1N7S A; 3ZDM A; 2KB7 P; 3OA7 A; 1P84 I; 3KDP B; 1GU5 A; 1ZW0 A; 1K9M Q; 2ZXE B; 3KXD A; 2BAS A; 3L73 G; 3M9H A; 1HGV A; 4PD4 E; 3RK2 C; 2IX7 C; 3SFD C; 1QVG O; 2AXC A; 1D7M A; 1T2K C; 1NKZ B; 1SVF A; 3P7K A; 1AV1 A; 4L74 A; 3G4S P; 2OYH B; 3S1K A; 3A0B H; 2E74 B; 2FKW B; 4PD4 D; 2KP8 A; 2QE7 H; 1SQV G; 1GK4 A; 1NTK K; 4H44 C; 1SQB K; 1FZC C; 3V4W A; 1X0T A; 4OGQ B; 2NPS A; 1RE3 A; 4TT3 H; 3CX5 E; 1AVY A; 3M9B A; 1AQT A; 1J1D C; 1ZR2 A; 3BVH A; 3AE1 C; 2Q1K A; 2B88 A; 3H1K G; 3AED C; 3RK3 E; 3CX5 D; 2QM8 A; 2N1T C; 2K88 A; 2M5A A; 4PV1 B; 5APT A; 3AE6 C; 3TYY A; 2JEE A; 2W6B A; 1PFI A; 3RK3 D; 1KN7 A; 1PL5 A; 3TGU E; 5GTI H; 3CL3 D; 1KYO I; 2J59 M; 5CCH D; 4HJG H; 1FC2 C; 2N9B A; 4WWI A; 4A7P A; 2P58 A; 1P84 H; 4ASV A; 2QA4 P; 3CCS P; 3TGU D; 3RK2 B; 3TGU J; 1NTK J; 1LT9 B; 4JYB A; 3IFM A; 2WTY A; 1GDT A; 3H1H J; 1PP9 G; 2OTK E; 5CCG C; 2WPS A; 2KK7 A; 2PP6 A; 3TF5 A; 1KTM A; 1N8R Q; 1JEK A; 1M8O B; 1OXZ A; 2KZJ A; 3BCC E; 3V2Q A; 1FZC B; 3CXH E; 3R2P A; 1BCC G; 1HBW A; 1RF0 C; 1VL2 A; 2YMY A; 1J1D B; 1IFP A; 5EFW B; 4D6T J; 1L0L G; 1L2P A; 3ITK A; 3BCC D; 2FYU K; 1JY3 N; 1J1E C; 3CME P; 1GK6 A; 3CXH D; 2R3S A; 2BEQ D; 3CCU P; 3SFE C; 4HKZ H; 2RKL A; 5APX A; 2YIU B; 1EZV G; 1NTM K; 4YXW H; 2KZI A; 4HYT B; 1AQ5 A; 1Z56 A; 1OMI A; 3B5N D; 1S4X A; 2OYH A; 1L4A D; 1Y47 A; 2FXP A; 2E75 D; 3CPW O; 2A45 G; 1S1C X; 1JY3 O; 3GW6 A; 3WMM 0; 2V4H A; 2CK3 H; 2K3R A; 1RQV A; 3L35 A; 5AW5 B; 1PIX A; 3A0B E; 1LTT C; 5E79 E; 1JCC A; 4N6J A; 1SQQ E; 1EQ7 A; 3WU2 E; 2FYU J; 4H0L D; 5AW0 B; 2K9J B; 1KQG B; 4YTP C; 2D2C D; 2KSE A; 2XND H; 3HD7 D; 1T3U A; 3L71 G; 3AEF C; 4UB6 H; 3LW5 H; 2BEZ F; 3L72 E; 1FOS E; 3C9I A; 5AVU B; 4XFJ A; 1LT1 A; 2ZT9 B; 1TU3 F; 1RQU A; 3G3Z A; 1K8A Q; 1H8A A; 2JR8 A; 3L72 D; 1IC2 A; 4IFD K; 5KLV E; 5GTI E; 1K05 A; 2M3E A; 4PJ0 E; 5APU A; 1GL2 D; 3H1I E; 5B66 H; 1YJW P; 5AW9 B; 2G3A A; 3GMA A; 5KLV D; 1R5S A; 3FXD A; 1QL2 A; 3NXS A; 1SQP E; 3SWF A; 1FZC A; 3AE2 C; 1Q90 D; 1PPJ D; 3VOP A; 1URQ D; 5AVZ B; 2IFN A; 2WMM A; 4TLF A; 3L75 E; 4IL6 X; 3B4S A; 1SQP D; 3Q2Y A; 4RES B; 1X79 B; 2WSE H; 2W27 A; 3L75 D; 2QJP C; 3VP9 A; 4C7R A; 4WVZ A; 4PD4 I; 5DJT B; 2FY8 A; 2QSI A; 4BWN A; 4IFM A; 2QJY B; 3M9Q A; 1M56 D; 3A2A A; 2KOG A; 2C0W A; 1Q82 Q; 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4N78 D; 2KUB A; 2Q9I A; 2WVR A; 5AW7 B; 1VQ4 P; 2ZAE B; 2E43 A; 3HE5 B; 4U3F D; 3G6E P; 2XV5 A; 2FYN B; 2E5Y A; 2PGD A; 3H1K J; 2HOD A; 2LXB A; 4RJT A; 1YIJ P; 2IDB A; 4I6M C; 1JO5 A; 1SLQ A; 1JB0 J; 1NU1 K; 1JY2 O; 2FFD C; 1L0L K; 2AEM A; 2HR3 A; 1KFM A; 3V4Q A; 1OFC X; 1SFC B; 1FOS F; 3WUT A; 3V2P A; 1NAY A; 3GHG B; 4C46 A; 2H8P D; 2ZFC A; 2OYI C; 1G1I A; 5BU8 B; 4WY4 A; 1KFN A; 2A06 G; 3USS A; 1T6A A; 1LTJ A; 1VQ5 P; 2KIK A; 2YKQ A; 5CJ0 A; 3RK3 C; 1ZV8 A; 3Q1M A; 1PP9 D; 3C8V A; 4WB4 A; 1PP9 J; 1NJI Q; 5CCH C; 1EXI A; 2QVA A; 3MTU E; 1ZLL A; 1VQ6 P; 3PTZ A; 1KC8 Q; 3CCJ P; 5KKZ C; 1T3J A; 2Q6Q A; 1DIP A; 5E79 H; 3PRJ A; 1EZV E; 1SP4 A; 4GIF A; 3EFF K; 1L0L J; 2P67 A; 3V2R A; 3WU2 H; 2R44 A; 1JUN A; 1QEX A; 2E74 D; 3C1L A; 2O01 J; 2WSC J; 1L0N G; 1HH0 A; 2Z5I A; 1EZV D; 1T8Z A; 4OGQ D; 1RF1 A; 5KLI C; 3RGU A; 5AW2 B; 2KI7 B; 2QRX A; 3CLQ A; 1H0T A; 1KOR A; 1EXJ A; 5H2F E; 4W7Y A; 2OYI B; 1FZG A; 1ZXG A; 3CC2 P; 1OZH A; 1R5L A; 3CCQ P; 3MHV A; 3SSU A; 1NTK E; 1UIX A; 3MD0 A; 4PV1 D; 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