The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
|
sequence length |
45
|
structure length |
45
|
Chain Sequence |
KIEAIEKKQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVEKKIE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
gp41 peptide
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| total genus |
21
|
| structure length |
45
|
| sequence length |
45
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZFC A; 3M9B A; 1HBW A; 3TK1 A; 3TNU B; 1SP4 A; 5APV A; 1GD2 E; 2N9B A; 5APU A; 5AVS B; 2WWW A; 2R5D A; 2Z5H A; 2E43 A; 1GU5 A; 2WTY A; 1CZQ A; 2KP8 A; 1CI6 B; 5APS A; 3VMX A; 4C7N B; 2Q7C A; 3P8M C; 3HTK A; 5CMZ A; 2VRS A; 5AVW B; 2WT7 A; 3NFQ A; 4JYC A; 4GKG A; 3A5T A; 4B86 A; 1MUU A; 3B8E B; 1H88 A; 5AVU B; 3T97 A; 1S9K E; 3KDP B; 1GTW A; 3V5B A; 3V4Q A; 3KQG A; 3NMD A; 5AVV B; 2ZXE B; 2YNY A; 5APQ A; 5APT A; 3L37 A; 4EOT A; 1DH3 A; 3HE5 A; 4AUW A; 3M0D A; 3TNU A; 3A2A A; 2W6A A; 1A02 F; 1T2K C; 3UIA A; 1HWT C; 5APY A; 2XU6 A; 3MD0 A; 3VYI A; 2E42 A; 1JUN A; 2C9N Y; 3P32 A; 2P7J A; 3A7O A; 3V4W A; 1OXZ A; 2Q3I A; 3I5C A; 1OWA A; 2R32 A; 2C9L Y; 2R5B A; 3A3Y B; 2WPR A; 5AW4 B; 3IR9 A; 2Z5I A; 1H8A A; 3MGN A; 5AW9 B; 3VTP C; 1MFZ A; 1FOS F; 2WPS A; 1GZL A; 3HE4 A; 1T2K D; 4M3L A; 5AVQ B; 5APX A; 1S9K D; 3OAK A; 1H89 A; 1J2J B; 3M9H A; 4HYT B; 2R3C A; 1GU4 A; 3M0A A; 4I2L C; 3VN0 A; 1IO4 A; 3M06 A; 1YYC A; 4KHX A; 1MV8 A; 4I6M C; 3VMZ A; 1HJB A; 1CI6 A; 4C7N A; 4LC1 A; 1NWQ A; 2P2U A; 2QM7 A; 2BAS A; 3NXS A; 3LIE A; 4AYC A; 4DZO A; 5AW8 B; 2XV5 A; 2YO3 A; 5AW5 B; 1KQL A; 4RES B; 2JJL A; 3TYY A; 1GK6 A; 3P7K A; 4JYB A; 5AVR B; 5AW6 B; 3O8Z A; 2Q5U A; 5APW A; 1CSB A; 5AVY B; 5AVX B; 1HUC A; 3SWF A; 1G2C B; 1JNM A; 5AVZ B; 2W27 A; 2WT7 B; 3LID A; 1A02 J; 1GK4 A; 5AW2 B; 5AW3 B; 5AW0 B; 2XZR A; 2WPQ A; 3L36 A; 1SLQ A; 4XE5 B; 4AQR D; 1X8Y A; 1FOS E; 4C46 A; 3L35 A; 2IPP A; 2YO2 A; 3VMY A; 1NAF A; 5AW7 B; 2H7H A; 3M91 A; 2QM8 A; 5AVT B; 5AW1 B; 3HE4 B; 3NTN A; 2P67 A; 3HE5 B; 4GT1 A; 1FAV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1URQ D; 1KQF B; 1SP4 A; 3B4S A; 2O01 N; 1KYO H; 1P84 E; 2BCC D; 3W67 A; 1AQ5 A; 5B5E E; 2E5T A; 1GDT A; 1YJ9 P; 5KLV G; 3RK3 B; 2IDB A; 1Y8A A; 3HD7 D; 1HTL C; 1IFM A; 1NU1 J; 1PPJ E; 3BCC G; 2ZVN B; 1DD3 A; 2MJZ A; 3P8C E; 5B66 H; 2XU6 A; 1P84 H; 5KAF H; 1LTJ C; 3CCL P; 1RE3 A; 1FJP A; 4JPZ B; 2IBZ I; 2RKL A; 1N7L A; 1S2E A; 3CWB J; 4M3L A; 3C1L A; 1JTH B; 4OH8 B; 3CX5 I; 1VQ7 P; 3RL0 g; 2BAS A; 3GMA A; 2LKM A; 1PL5 A; 3BVH A; 3GW6 A; 1BGY D; 1HUC A; 3SWF A; 4R4M A; 2J58 A; 1OX3 A; 2XZR A; 1SQV K; 3L70 J; 1M7L A; 3RK2 D; 5CCG A; 5KAI H; 2E76 D; 1J1D C; 4H13 D; 3I56 P; 2QM8 A; 1QGK B; 1D7M A; 2OGU A; 3F89 A; 1ZP0 C; 3H1J D; 1RF0 C; 3HTK A; 4HB1 A; 3L71 E; 4YTP C; 3Q1M A; 5EFW B; 1SQV G; 2BEZ F; 2H88 C; 1LTG C; 1MUU A; 1H88 A; 1JY3 N; 4H44 D; 3CC2 P; 2L5G B; 4UB6 H; 5GTI H; 3KHU A; 1RHZ B; 4C7R A; 2ZJS E; 2YNY A; 3A0H H; 3B5N D; 2HOD B; 3A2A A; 1QLE D; 2WSC J; 3D6Z A; 1VQM P; 3N7N A; 1RH5 B; 1LTT C; 1OVU A; 1FS0 E; 2KLU A; 3CMA P; 1Y47 A; 3CWB D; 5TJH A; 2W8Z A; 1HJ0 A; 1GL2 A; 4XFJ A; 1YQ3 C; 2FYU G; 1KB9 H; 2QJP C; 1R8E A; 5BU5 A; 3L72 G; 4H0L B; 1ZR4 A; 3U59 A; 4O9B A; 2BCC E; 2YO3 A; 1YJW P; 1VQ9 P; 1CSB A; 2AXT H; 2W27 A; 3G6E P; 4OGQ D; 1ZME C; 1PGJ A; 1NTM K; 1BDD A; 3U1A A; 1FU1 A; 4DCK A; 3TSI A; 3CPW O; 3AEC C; 2B87 A; 4R4L A; 2QG4 A; 3JC2 2; 1Q2N A; 1SQV J; 3B5N C; 1URQ A; 2PFX A; 3HUS C; 5CMZ A; 4YXW H; 1G2C A; 1VQP P; 2IFN A; 3CCV P; 2WPV B; 1FZF A; 1Q7Y Q; 1GTW A; 1PPJ G; 2W83 C; 4BWN A; 2R3S A; 1N73 B; 4UB8 E; 3L37 A; 3HD7 A; 1Q81 Q; 3A0B E; 3LW5 H; 4I7Z C; 1J1D B; 1JUN A; 2KS1 A; 3A7O A; 3EWK A; 1BGY E; 1LP1 A; 3AE1 C; 1JCC A; 1H8A A; 1EQ7 A; 1EZV D; 1MFZ A; 1FBM A; 2KZJ A; 1SVF A; 3S4R A; 1NAY A; 3M9Q A; 1M8O B; 2XDJ A; 1GU4 A; 1ZN5 A; 3VN0 A; 2GUS A; 4LGD E; 4UB8 H; 4AYC A; 3H1J E; 2KUB A; 1HVV A; 1G1I A; 2WSE H; 2O01 J; 3L36 A; 1FOS E; 4C46 A; 4IFD K; 1FZC C; 2GM4 A; 1RF1 A; 1QL2 A; 3MZW B; 3L71 G; 1EXJ A; 1K9M Q; 1CZQ A; 2KP8 A; 4IL6 E; 3H32 B; 1CI6 B; 3V2N A; 2QJP B; 1KQS O; 1NTM J; 3QH9 A; 4L75 A; 1LT9 B; 4B86 A; 1MFT A; 3KQG A; 4L74 A; 2QJY C; 1Q90 D; 1M1J A; 2FXO A; 5GTH H; 1VQO P; 1LNQ A; 1LWU C; 1ZV8 A; 2NPS C; 2B9B A; 2CK3 H; 3B5N A; 3GLM A; 1LTI C; 1OWA A; 1T6A A; 2R32 A; 3V2P A; 2R5B A; 4IL6 H; 3O6Q B; 2HPC B; 3EFF K; 3GHG A; 2M0B A; 3MUD C; 2QRX A; 4I2L C; 2KOG A; 2BCC G; 4KHX A; 1MV8 A; 4NPF X; 5CCH C; 2P2U A; 1IFP A; 4D6T J; 1DEE G; 2E74 B; 3BAT A; 2POH A; 2P1J A; 2IZ1 A; 2HFE D; 4I7Z B; 1NTK K; 3H1L D; 4XE5 B; 2YO2 A; 2IYO A; 2M8R A; 2W6J H; 1L0L D; 4PV1 B; 3JCU H; 1VQ6 P; 2PAJ A; 4GIF A; 1VL2 A; 1UII A; 3PHL A; 2KK7 A; 3TK1 A; 5APU A; 1RY3 A; 4OVN F; 1FZB A; 2FXP A; 2E43 A; 2ZXX A; 3ABV C; 3EQ2 A; 2A45 H; 1L0N K; 3VOP A; 4U3F D; 1BCC J; 2VRS A; 1EZV E; 1NTK G; 3FWL A; 2B88 A; 5AVV B; 3F5H A; 2G3A A; 2WSS H; 1SQX K; 1S5L E; 2KLV A; 2HYN A; 2WSC H; 2E75 C; 3WUV A; 2YKP A; 1RE3 C; 2E42 A; 1L0N G; 1AV1 A; 1LTS C; 3V4W A; 4PJ0 E; 1S5L X; 2Z5I A; 3S9O A; 1VQL P; 3KZI H; 2WPS A; 2K1A A; 1GZL A; 4EYY Q; 4IFF A; 5APX A; 1JB0 J; 2V4H A; 3H1I G; 3GF3 A; 3B71 A; 2OYH A; 4LC1 A; 1YTZ I; 1U57 A; 5BVZ A; 2NZ2 A; 1KIL A; 2QJY B; 1NH4 A; 3RL0 D; 2Q5U A; 4WB4 A; 5AVY B; 1LWU B; 5H2F E; 2GUV A; 1RQU A; 4EI2 A; 5CCG C; 2WPQ A; 5DJU B; 1SLQ A; 2K88 A; 3H1K J; 4WY4 D; 1KB9 D; 1KYO E; 4H0L D; 5CBN A; 2FBW C; 1SFC B; 1NHL A; 1JEK A; 3TGU J; 2G8Y A; 3D71 A; 1JMB A; 1PZQ A; 2J5U A; 2WTY A; 1NTK J; 4OWF A; 1SQQ K; 2M5A B; 2W6B A; 1OVV A; 1KQG B; 3V4Q A; 1USE A; 5B66 E; 1DH3 A; 1IZN B; 1VQ5 P; 1TU3 F; 4AUW A; 3M0D A; 5KAF E; 1ZLL A; 3K5B A; 2ZT9 C; 1Y9B A; 1IC2 A; 2Y0D A; 1SQQ G; 2P7J A; 2OQQ A; 1KFM A; 3AEA C; 1SQP D; 3H1L E; 1YBK A; 1YI2 P; 1VF5 C; 1L4A D; 3L73 G; 1GL2 C; 1SQX J; 2OAR A; 2YMK A; 3GF7 A; 3RL0 C; 1BE3 J; 3HE4 A; 1NTZ D; 1W2B O; 2IX7 C; 1PP9 G; 1S3J A; 3H1H G; 1L0L E; 3OAK A; 2Y9Y A; 2AXC A; 3GG2 A; 1EDJ A; 2OTL P; 2H89 C; 1YTZ T; 2AEJ A; 4U3F E; 4JF7 A; 3P7K A; 1H0T A; 5AVX B; 5KAI E; 2E75 B; 1WMK A; 2O01 H; 3Q2Y A; 3AE9 C; 1Q82 Q; 3CI9 A; 3G71 P; 1PGP A; 1KC8 Q; 1NAF A; 1GW4 A; 1JTH A; 3M91 A; 2P67 A; 1N7S D; 1EDI A; 2R5D A; 1URQ C; 2XKM A; 4KJM A; 2JWA A; 3L75 G; 1SQB K; 1HH0 A; 4UB6 E; 3CCQ P; 5GTI E; 2Q3E A; 3A0H E; 1M57 D; 1YQ4 C; 3R2P A; 3CC7 P; 5L8R J; 5KTB A; 1ZR2 A; 4NPD A; 3D6Y A; 3HD7 C; 3OA7 A; 1SQQ J; 4N78 D; 3TF5 A; 5E79 H; 5KLV J; 1LGH B; 5M1B A; 5KKZ C; 1LTA C; 3IF4 A; 1SQB G; 2WZ7 A; 2QSI A; 3I5C A; 1EXI A; 3IR9 A; 3PH0 A; 1NGM B; 2Q9I A; 3BCC J; 2JKV A; 1PP9 J; 5AW9 B; 3HTK B; 1KB9 E; 1NU1 D; 5AVQ B; 2FYU K; 1H89 A; 2HOD A; 2HR3 A; 3FWN A; 4C7N A; 3Q5S A; 1J1E C; 2AXT E; 3NXS A; 1X9V A; 3AEG C; 4JYB A; 5APW A; 1W5C E; 2WT7 B; 4PD4 I; 1OIP A; 5KLI C; 4AQR D; 2R44 A; 3FXE A; 1RF1 C; 3RK2 C; 5CJ0 A; 2E76 C; 4WY4 A; 4H13 C; 3M9B A; 1GL2 B; 3L74 G; 2YIU C; 3L75 J; 3SWK A; 3Q3D A; 1PGO A; 5APS A; 2Q7C A; 4JQ0 D; 3L70 D; 4ZKP A; 1S72 P; 1SQP E; 2OYI A; 5AVW B; 2P10 A; 2O1J A; 1LJ2 A; 1FDI A; 1LTJ B; 4PV1 D; 1IJD B; 1NTZ E; 5AVU B; 1L0L K; 2KI7 B; 3V2R A; 1ZRT D; 1OVR A; 5K5G B; 1M1J C; 3H25 A; 4H44 C; 1M90 Q; 3G3Z A; 2OTJ P; 3JSV C; 4BRY A; 1SQB J; 2CPS A; 3PTZ A; 3UIA A; 1JCD A; 4BXL A; 1LT1 A; 2D2C D; 4Y99 C; 3P32 A; 3AE6 C; 1JY2 O; 3GHG C; 3MGN A; 1URQ B; 2H8P D; 3OW2 O; 1L0L G; 1OZH A; 3RBX A; 3CX5 H; 1T2K D; 3ITK A; 1MKM A; 3QWO C; 3CXH I; 1L4A A; 2LXC B; 1HJB A; 2WSF J; 4LLH A; 1JM0 A; 5KJ7 D; 4U3F G; 1NWQ A; 1IFI A; 1AVO A; 1K8A Q; 4N3Y B; 3HD7 B; 3OJA B; 3O8Z A; 1KTM A; 2FYU J; 2KS1 B; 1GK4 A; 1LP1 B; 1KMI Z; 5KKZ B; 2XND H; 4OGQ C; 3L72 J; 2KIK A; 1KIL D; 1QVF O; 3L74 J; 1VQ8 P; 4N78 E; 2QJK C; 2N1T D; 3TNU B; 3AE3 C; 2Z5H A; 1NO4 A; 1JY3 P; 2J59 M; 2KXP B; 1N7S A; 1T3U A; 1NU1 E; 1SFC D; 5GTH E; 3NMD A; 3FXD A; 2KSE A; 4ZKU A; 3U1C A; 5KLI B; 1SQV D; 2QE7 H; 1T2K C; 1RF1 B; 3RK2 B; 1OFC X; 4DT0 A; 4YPC A; 2E76 B; 3CWB E; 4H13 B; 3A3Y B; 5AW4 B; 4PD4 H; 1IFJ A; 1LT9 A; 1DIP A; 4IL6 X; 2YIU B; 2Z4E A; 2KB7 P; 3AED C; 2I1J A; 1IK7 A; 3M9H A; 1Q86 Q; 2R3C A; 1YJN P; 2OYH C; 4ZMD A; 4KT0 J; 3RK3 D; 4I6M C; 2ITA A; 1KIL C; 3LIE A; 3IFM A; 4XA4 A; 5AW8 B; 1M1J B; 3VP8 A; 4H44 B; 1QEX A; 3BRV B; 3TYY A; 3L70 E; 2K9J A; 3O6Q A; 2YXQ B; 1KN7 A; 3G4S P; 2HPC A; 3B5N B; 3HUS B; 3JCU E; 2C0W A; 1QL1 A; 1ZRT E; 2Y0E A; 1BSH A; 5AW7 B; 3GHG B; 2W90 A; 1X22 A; 5AW1 B; 4NPE A; 1NYH A; 4K35 A; 4U7J A; 1KYO I; 4L73 A; 3AE8 C; 4JYC A; 3L71 J; 3V5B A; 3C9I A; 2AEM A; 3M0D C; 1N86 A; 2V7Q J; 3AE5 C; 1EC5 A; 1XTG B; 3FGA D; 2DW3 A; 2W6A A; 1FDO A; 1NTM D; 3MD0 A; 1NJI Q; 3KZI E; 3WUT A; 2Q3I A; 1WRG A; 1AA0 A; 2KNC A; 3I55 P; 4IFM A; 1P84 I; 2B89 A; 2RMZ A; 1E79 H; 2WMM A; 1DEB A; 1KIL E; 1T8Z A; 4QMA A; 3CCU P; 1S9K D; 1UIX A; 1BGY G; 3TDK A; 1JOC A; 1MZ9 A; 1FZC B; 2A06 D; 3PJS K; 2XV5 A; 3MTU E; 3E1I A; 5AW6 B; 5KJ7 A; 4ZNC A; 2LXB A; 1G1J A; 2IFM A; 2BCC J; 1K04 A; 4EDF A; 1DD4 A; 2IPP A; 3H1J G; 2FFD A; 3KPE A; 4D6T D; 1SQV E; 3HE5 B; 3SSU A; 1FE6 A; 2C0X A; 1OW8 A; 3AEF C; 2N1T A; 2ZYG A; 1NU1 G; 2NPS B; 2K37 A; 1PGQ A; 2L91 A; 2IZ0 A; 1GMJ A; 3T97 A; 3KDP B; 3Q5R A; 3ZDM A; 3CL3 D; 2AEF A; 1SFC A; 3RK3 E; 2PRR A; 4RO0 A; 1BCC D; 2JO1 A; 3CWB G; 2IYP A; 4GOD A; 3CCS P; 1BGY J; 3L4F A; 1NOH A; 1AFO A; 1L0N J; 2KSJ A; 1IO4 A; 2IBZ D; 2WSF H; 1NKN A; 2JEE A; 4WVZ A; 1KB9 I; 3AEB C; 3KXD A; 2YMY A; 1AVY A; 3H1J J; 3CX5 D; 3S1K A; 3H1I J; 2QIW A; 1R5S A; 2FYZ A; 2P58 A; 2FKW B; 3VMY A; 2A45 G; 5TIS H; 4WY4 C; 3CCJ P; 2K9Y A; 4H0L C; 3HE4 B; 2ZFC A; 1BDC A; 1NTM E; 2UWJ E; 4A7P A; 3RBZ A; 2OYI C; 4GOF A; 1IFN A; 3H1K D; 1IFD A; 1XTC C; 3Q5P A; 3A5T A; 1RE4 A; 1ZXG A; 1H0T B; 3C8V A; 4YXD C; 1S9K E; 5E79 E; 5B5E H; 3TGU D; 1VDF A; 2JWD A; 4EOT A; 2NRG A; 1BSN A; 1NTK D; 3BRT B; 2A06 E; 1EZV G; 1VPC A; 5APY A; 1IK9 A; 2K3R A; 1FC2 C; 3CCM P; 1OXZ A; 1R5L A; 1VQN P; 1KD1 Q; 3CCE P; 3G9R A; 1PV3 A; 1FOS F; 3SWY A; 1N73 C; 1L0N D; 1L4A C; 2I1K A; 4D6T E; 3M0A A; 1OMI A; 2FY8 A; 2YXR B; 3V2Q A; 5BU8 B; 1NKZ B; 5AW5 B; 2FYN C; 3L73 J; 4PD4 D; 2Y9Z A; 2JJL A; 5AVR B; 3H1H J; 4K3A A; 3V6I A; 1SQX D; 1BE3 D; 1JNM A; 2Q1K A; 3H1I D; 5AW3 B; 5CBO A; 4I1L A; 3BAS A; 1OW7 A; 1ZW0 A; 1X79 B; 5C39 A; 1FAV A; 3R4Y A; 1BCC E; 2N9B A; 5AVS B; 1JY2 N; 1W2E A; 1N7S C; 2O3J A; 1JO5 A; 3W68 A; 4C7N B; 2ZT9 B; 3P8M C; 4RJT A; 2WT7 A; 2E74 D; 1VF5 B; 1YIT P; 2V7Q H; 3RL0 B; 2IBZ E; 1SS1 A; 4ASV A; 2O1K A; 3CC4 P; 1GW3 A; 1YHQ P; 2SPZ A; 2HG5 D; 1HF9 A; 4WY4 B; 1N8R Q; 2C9N Y; 1LT9 C; 1U7J A; 3WU2 E; 1KZU B; 2C9L Y; 3CX5 E; 1LTJ A; 1K05 A; 4DOJ A; 3CXH D; 3VTP C; 1RQV A; 2QVA A; 1VQK P; 2OYI B; 1SQQ D; 4CPG A; 5KLV D; 1FZA A; 1FJK A; 3CLQ A; 5DJT B; 3AE7 C; 3M06 A; 1JY3 O; 3VMZ A; 2ZYD A; 3H1L G; 2B87 B; 3L73 D; 4WBA A; 3BCC D; 4BRY B; 1PP9 D; 5CHX A; 3H1H D; 4RES B; 3H1K E; 2FXM A; 4TLF A; 3PRJ A; 3VMA A; 1ZOY C; 1G2C B; 3WU2 H; 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