The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
|
sequence length |
45
|
structure length |
45
|
Chain Sequence |
KIEAIEKKQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVEKKIE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
gp41 peptide
|
| total genus |
21
|
| structure length |
45
|
| sequence length |
45
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5AVT B; 3P8M C; 5APQ A; 3P7K A; 4HYT B; 1G2C B; 2XZR A; 2ZXE B; 3NTN A; 4JYC A; 1JUN A; 2C9L Y; 2VRS A; 5AVS B; 1T2K D; 4JYB A; 1GU4 A; 4LC1 A; 2W27 A; 1CSB A; 1GD2 E; 2QM7 A; 5AW8 B; 3VMX A; 3NMD A; 1GZL A; 3VN0 A; 2E43 A; 3I5C A; 1FOS F; 2Z5I A; 1MUU A; 1KQL A; 1IO4 A; 3MD0 A; 3M0A A; 1HUC A; 3IR9 A; 2WPQ A; 3NFQ A; 4I6M C; 1OXZ A; 2WT7 B; 2C9N Y; 2Q7C A; 1HJB A; 1GU5 A; 1MFZ A; 1S9K D; 2Q5U A; 2R5D A; 3T97 A; 3TNU B; 1A02 F; 4I2L C; 1T2K C; 5CMZ A; 1H88 A; 4B86 A; 2ZFC A; 3VTP C; 2YO3 A; 3M9H A; 5AW2 B; 1HWT C; 1GTW A; 1CI6 A; 5APS A; 2XU6 A; 3VYI A; 2IPP A; 5AW4 B; 4KHX A; 2P2U A; 4RES B; 1NWQ A; 3O8Z A; 3HE4 B; 1H8A A; 1OWA A; 2Q3I A; 3L37 A; 2QM8 A; 1FAV A; 3V5B A; 5AVY B; 2WT7 A; 1MV8 A; 3KDP B; 3UIA A; 4C46 A; 2WTY A; 4GKG A; 2R5B A; 2N9B A; 4EOT A; 3HE5 B; 1GK6 A; 3TNU A; 4AQR D; 1HBW A; 1YYC A; 5AW9 B; 3VMZ A; 2KP8 A; 4AUW A; 3LIE A; 5APW A; 3KQG A; 5AVR B; 1SP4 A; 5AVU B; 3TYY A; 1S9K E; 2E42 A; 1X8Y A; 4C7N B; 1FOS E; 3VMY A; 5AVX B; 3HE4 A; 2WPR A; 3P32 A; 3M91 A; 4M3L A; 1DH3 A; 5AW3 B; 5AVQ B; 2WWW A; 3NXS A; 5AVZ B; 4XE5 B; 2P67 A; 1J2J B; 5APT A; 3A2A A; 3TK1 A; 3LID A; 2R32 A; 1JNM A; 1SLQ A; 3OAK A; 1CZQ A; 3HE5 A; 2JJL A; 1A02 J; 3M06 A; 5AW0 B; 4GT1 A; 4DZO A; 3A3Y B; 2YNY A; 1GK4 A; 2YO2 A; 3A7O A; 3M0D A; 5APV A; 5AVW B; 3M9B A; 3V4W A; 1NAF A; 2H7H A; 5AW7 B; 5AW1 B; 2XV5 A; 3B8E B; 1H89 A; 5AVV B; 5AW5 B; 2R3C A; 3HTK A; 4AYC A; 3V4Q A; 4C7N A; 1CI6 B; 5APY A; 3L36 A; 2W6A A; 5APX A; 2WPS A; 5AW6 B; 5APU A; 2Z5H A; 3A5T A; 3L35 A; 3MGN A; 2BAS A; 2P7J A; 3SWF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3L72 J; 1PV3 A; 5KAF E; 3VP9 A; 1NGM B; 3H1J D; 2YIU B; 2K3R A; 1BE3 G; 2IX7 C; 4IFF A; 4D6T J; 3CMA P; 3U59 A; 3MD0 A; 3E7K A; 3L73 G; 1URQ D; 1BE3 D; 2KB7 P; 2A06 G; 2OAR A; 4TLF A; 1AQT A; 4U7J A; 3TF5 A; 3V2P A; 3L73 D; 3EFG A; 2FXP A; 5AW4 B; 2A06 D; 2Z4E A; 1H8A A; 2QSI A; 3II6 A; 3H1H J; 1K05 A; 1EDL A; 4EI2 A; 3CX5 I; 1NTZ K; 3HE5 B; 1IK7 A; 3CCL P; 5E79 E; 3GHG C; 2M8R A; 5AVQ B; 2OQQ A; 1KIL E; 3NXS A; 3TK1 A; 1T3J A; 3A2A A; 2ZJS E; 1SQX G; 3OAK A; 3ITK A; 3TGU J; 4ZKU A; 1S5L H; 3QWO C; 2WSE H; 3GF7 A; 1NYH A; 1KOR A; 3TDK A; 5APV A; 2ZT9 D; 1JMB A; 5KKZ B; 2H7H A; 4ZKP A; 3BRT B; 2GM4 A; 3SSU A; 1SQX D; 2FKW B; 1S3J A; 1OVR A; 4TT3 H; 1Q86 Q; 5APU A; 2Z5H A; 3PP5 A; 3H25 A; 1IFI A; 3LW5 J; 1NTM K; 1JY2 O; 3CCV P; 1NTK K; 3KYQ A; 3NTN A; 4YXD C; 5AVS B; 3PHL A; 2K88 A; 4H13 D; 1PFI A; 1ZR2 A; 1MUU A; 2R3S A; 3IR9 A; 1KFN A; 2C9N Y; 2HR3 A; 1LTB C; 1M1K Q; 1FZG A; 3H1L E; 2ZFC A; 5AW2 B; 2FYZ A; 3SFE C; 1JTH A; 3M0D C; 4U3F J; 3V2N A; 4PV1 C; 1PL5 A; 1LT9 A; 1RQV A; 4OH8 B; 1HH0 A; 4C46 A; 1PP9 E; 1QLE D; 3H6P A; 2OYH C; 2W83 C; 2E74 C; 3TYY A; 4NPD A; 1YBK A; 1AQ5 A; 4XE5 B; 2V4H A; 1ZR4 A; 1URQ C; 2FYU E; 1YIT P; 3SWY A; 2JKV A; 2KS1 A; 1NAF A; 4UB8 E; 4KJM A; 3B8E B; 1H89 A; 2KLV A; 4H0L B; 5KTB A; 3MZW B; 2NPS A; 1NU1 G; 3AEF C; 1UII A; 3FWL A; 5AVT B; 5B5E H; 3N4X A; 1SVF A; 2E75 D; 3A0B E; 2D2C D; 2ZXE B; 3AE5 C; 5KJ7 A; 1Q7Y Q; 2M3E A; 3CWB E; 1T2K D; 3G9R A; 1NU1 D; 4JBZ A; 2AXT H; 1OVV A; 2G3A A; 2I8D A; 1SQB D; 1YQ4 C; 2N1T D; 1JTH B; 4GOD A; 1EZV G; 1SQQ G; 2YKP A; 1IO4 A; 2YKQ A; 1LT9 B; 1N2D C; 4PD4 D; 1FZB A; 1LWU A; 4H44 B; 3L70 D; 2ZT9 C; 3W68 A; 1EZV D; 1SQQ D; 3H1I E; 4Y99 C; 1W2B O; 1KQG B; 1HWT C; 1L2P A; 1CI6 A; 5CJ0 A; 1SS1 A; 4KHX A; 2RN0 A; 3N7N A; 1OWA A; 3RK2 B; 5GTI E; 5KAF H; 3KDP B; 4DOJ A; 2XNX A; 3GHG B; 1JY2 N; 2Q1K A; 2KS1 B; 5TJH A; 1K04 A; 1N8R Q; 3RK3 B; 1L0L D; 1LGH B; 1KIL C; 1KMI Z; 1IFP A; 4JQ0 D; 4H13 C; 3E1I A; 4OGQ D; 2WPR A; 4M3L A; 1R5S A; 5CCH A; 1TU3 F; 2P67 A; 3CLQ A; 4DZO A; 3A3Y B; 2WMM A; 5AW7 B; 2PGD A; 2QJK B; 4WY4 A; 1SQP E; 1RQU A; 1RF0 A; 2A45 G; 2W6J H; 4QMA A; 1N73 C; 3FXE A; 4ASW A; 2RH0 A; 4HYT B; 1LWU B; 2XZR A; 2KK7 A; 1JB0 J; 1IFM A; 4R4L A; 3BCC E; 2IBZ G; 2Y9Z A; 1GL2 D; 5CJ4 A; 1CSB A; 1GD2 E; 2YMY A; 3NMD A; 1KQL A; 3WUV A; 4ZNC A; 2IBZ D; 1OW8 A; 1S9K D; 3AEC C; 1HTL C; 2R5D A; 1M7L A; 2FFD A; 2L91 A; 1X22 A; 2ZXX A; 1PPJ D; 1EZV I; 2Q3E A; 1M56 D; 2QEX P; 3SFD C; 2JDI H; 2K37 A; 3L75 J; 1VQ6 P; 3L74 E; 4IL6 E; 1NTM G; 1BGY D; 1J1E B; 1SFC D; 3AEB C; 1S5L E; 1NTK G; 1YYC A; 1VQP P; 2AXC A; 3BAS A; 5C39 A; 3AE1 C; 1URQ B; 2P1J A; 1RE3 A; 1NTM D; 1LTA C; 2KZJ A; 3MTU E; 1NTK D; 3C1L A; 4NPE A; 1KZU B; 3L72 E; 5AVW B; 3G4S P; 3H32 A; 1QGK B; 1S2E A; 3E1R A; 2KIK A; 2KYV A; 2IYO A; 1LTT C; 2BCC G; 4D6T E; 1SQV J; 3L71 J; 1W5C E; 1H0T A; 4XFJ A; 3A0H H; 5BU8 B; 1BDC A; 1ZXG A; 1JUN A; 4I1L A; 1LTS C; 3CI9 A; 1BCC J; 2ZT9 B; 2MJZ A; 2WSC H; 2LXC B; 3CC7 P; 4UB8 H; 3CXH I; 3V2R A; 1A02 F; 4K35 A; 1Q82 Q; 1LP1 A; 2QIW A; 1FAV A; 1IFN A; 1X9V A; 1NTZ J; 4GKG A; 4K3A A; 1USD A; 4H13 B; 3TGU E; 3CX5 E; 2KI7 B; 1HBW A; 2Y0C A; 3H32 B; 1YJW P; 1KB9 D; 3H1H D; 3Q5S A; 1YHQ P; 1N7S D; 2KSJ A; 1EXJ A; 3AED C; 3BVH A; 5CBN A; 1SQB K; 2FYU K; 1H0T B; 1D7M A; 1DEB A; 5B5E E; 3T97 B; 2CK3 H; 3V4Q A; 1L0N J; 5APY A; 1VDF A; 5APX A; 1U7J A; 1ZP0 C; 1GDT A; 1YJ9 P; 2AXT E; 1DD4 A; 2B89 A; 1E5W A; 3P8M C; 5APQ A; 2C9L Y; 3B4S A; 1YI2 P; 4L73 A; 1ZW0 A; 3AEG C; 4GOE A; 1GZL A; 2P58 A; 3FX0 A; 4U3F E; 4MN4 C; 1L0L K; 4PV1 D; 3M0A A; 3W67 A; 1GU5 A; 4EYY Q; 1LTJ A; 2ITA A; 1P84 D; 2LXB A; 3QH9 A; 2E74 D; 3H1K G; 2BCC J; 4RKU J; 2J59 M; 1T8Z A; 3EQ2 A; 1L4A C; 2E75 B; 2D2C B; 3F5H A; 1ZRT D; 1G1I A; 5AVY B; 2WT7 A; 3H1K D; 2YXR B; 2CPB A; 2N9B A; 2N1T B; 2CPS A; 2H8P D; 3BAT A; 3CXH H; 1AFO A; 2H43 A; 3P8C E; 5AVU B; 1X8Y A; 5KLV J; 5CHX A; 1DH3 A; 3FWN A; 3CD6 P; 1GL2 A; 2RKL A; 1WMK A; 2DW3 A; 3F89 A; 4IFD K; 3HRN A; 2XV5 A; 4DJG A; 1NJI Q; 1SQP K; 4Y28 J; 4AYC A; 1ZV8 A; 5AW6 B; 3B5N C; 5KLI C; 1VF5 D; 4IL6 H; 1NO4 A; 1M57 D; 3P7K A; 2P10 A; 1USE A; 4OGQ B; 1XTC C; 5DJT B; 2OYI C; 1LTJ B; 2JP3 A; 3G71 P; 3MUD C; 3B71 A; 1VQ5 P; 1ZME C; 3VMX A; 2R44 A; 1KYO H; 1JM0 A; 1SFC A; 4CPG A; 1N7S C; 2WT7 B; 1EDI A; 1GW4 A; 2QG4 A; 1RY3 A; 3AE3 C; 1VQ7 P; 4ASV A; 1H88 A; 2E76 C; 1FDM A; 1KIL D; 2SPZ A; 4PJ0 H; 4NPF X; 3RL0 g; 3V5B A; 1FS0 E; 3OJA B; 5H2F E; 1GL2 B; 4EOT A; 1GK6 A; 4XA4 A; 3V2Q A; 3PH0 A; 2PRR A; 1LTI C; 3H1J J; 3VMY A; 3PLN A; 3CPW O; 4N6J A; 1J1D B; 3M06 A; 1VQN P; 3A0H E; 1BE3 J; 1FZE A; 2Y9Y A; 2GA1 A; 1SFC B; 5BVZ A; 3CCQ P; 3L73 J; 3H1L D; 1K9M Q; 1OMI A; 3GHG A; 3CX5 H; 1PP9 G; 1YIJ P; 4LC1 A; 1FC2 C; 2JEE A; 3CME P; 4OVN F; 5B66 E; 1PP9 D; 1JO5 A; 3LW5 H; 4LGD E; 3L75 E; 1T6A A; 4WY4 C; 1HUC A; 3G3Z A; 4WBA A; 2C0X A; 3MP7 B; 1SQB G; 2FYU G; 4IL6 X; 2Q5U A; 1MZ9 A; 1S5L X; 4N78 E; 2UWJ E; 3M9H A; 1RF1 C; 3L70 G; 2FYU D; 3CL3 D; 1SQX J; 4RO0 A; 1OFC X; 1VF5 C; 2LKM A; 1RHZ B; 2K9Y A; 2R5B A; 1N86 A; 2O01 N; 4O9B A; 1NKZ B; 2KP8 A; 5CBO A; 1U57 A; 3CWB G; 2KLU A; 2I1J A; 2Y0D A; 1RE4 C; 5AVX B; 3HE4 A; 1FJK A; 1WT6 A; 2KZI A; 2FYN C; 2RMZ A; 1L0L G; 1SQV E; 2HLO A; 3L71 E; 3CWB D; 2J58 A; 3M0D A; 2K1A A; 5KAI H; 1G1J A; 1QL1 A; 3RL0 C; 4A7P A; 1BCC E; 4BXL A; 2OYH A; 2WPV B; 4Z1M H; 2M0B A; 2QA4 P; 3H1I D; 1YJN P; 4DCK A; 3EFF K; 4L74 A; 1N7S B; 3VOP A; 1LNQ A; 1URQ A; 2KNC A; 3Q1M A; 1YTZ I; 1FZC C; 3HUS C; 1G2C A; 1NTZ E; 3M9Q A; 3TSI A; 1QVG O; 1W2E A; 3CXH E; 1SQP G; 2XU6 A; 3D70 A; 1KQS O; 1M8O B; 4RES B; 1NWQ A; 3HE4 B; 2K9J A; 1PPJ G; 2IFM A; 1SQP D; 4PD4 I; 5AW9 B; 3HD7 C; 4PV1 B; 3BCC G; 1NAY A; 2QE7 H; 2B9B A; 2E42 A; 1L0N E; 2ZVO B; 4N3Y B; 1BGY G; 1NU1 J; 2OYH B; 3KXD A; 1SQB J; 2E74 B; 3BCC D; 1K8A Q; 5APT A; 4EDF A; 1PIX A; 1DEE G; 3LID A; 3MHV A; 2G8Y A; 4GT1 A; 2YNY A; 1PGJ A; 3AE8 C; 1NHL A; 5AVV B; 2W8Z A; 3L70 J; 2R3C A; 3L36 A; 1SQQ J; 4JPZ B; 2KNC B; 5H2F H; 1NKN A; 1KYO E; 2P7J A; 1KIL A; 1X79 B; 2GUS A; 2OGU A; 1G2C B; 2OTJ P; 1AVO A; 3GF3 A; 3CCJ P; 2BCC E; 1L4A D; 3L74 D; 2Z5I A; 1IJD B; 1L0L J; 4PJ0 E; 2JR8 A; 2K9J B; 3D71 A; 3OA7 A; 4L75 A; 1KV4 A; 5CCG C; 1N73 A; 3T97 A; 2A45 I; 1VF5 B; 1GW3 A; 3GMA A; 2IZ1 A; 1VL2 A; 1BDD A; 3L72 D; 5KLV E; 4D6T G; 2Q3I A; 2QM8 A; 3KPE A; 1MV8 A; 2IZ0 A; 4Y99 B; 1M1J C; 5GTH H; 3S4R A; 2IBZ I; 2H88 C; 2BEZ F; 3RK3 E; 4D6T D; 2QVA A; 1JY3 P; 3LIE A; 4AUW A; 5B66 H; 2QJP C; 1KC8 Q; 2WZ7 A; 3GLM A; 5KKZ C; 3B5N D; 1PZQ A; 1S1C X; 5AVZ B; 1KIL B; 3AE4 C; 1CZQ A; 2JJL A; 3JCU H; 3H1H G; 1GK4 A; 2KUB A; 3AE9 C; 4PD4 H; 1EXI A; 3U1A A; 3HTK A; 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2H89 C; 1P84 I; 1L0N K; 1JCC A; 3RL0 D; 1ZN5 A; 5KJ7 C; 5K5G B; 3C8V A; 2QJK C; 2BEQ D; 2OTL P; 1L4A A; 1IZN B; 4HKZ H; 4YTP C; 1KQF B; 3BRV B; 2IFN A; 2JO1 A; 4W7Y A; 2Y0E A; 3RBZ A; 1LWU C; 3JC2 2; 3A5T A; 4GIF A; 1BSN A; 1NVO A; 1K73 Q; 2O01 J; 2FXO A; 1RH5 B; 3H1K J; 2ZVN B; 3H1L G; 1T3U A; 2HYN A; 5AW8 B; 1JOC A; 1CW5 A; 1KB9 H; 2N9Y B; 1ZLL A; 3L4F A; 4BRY A; 4I7Z B; 3Q5R A; 1OXZ A; 3D6Z A; 3B5N A; 5GTH E; 1QEX A; 3HD7 D; 5CCH C; 2MKV A; 1Y47 A; 2PP6 A; 1J1E C; 1OVU A; 5KLV K; 2OYI A; 1PGQ A; 1U7M A; 3MUD A; 1NU1 E; 2WSS H; 4LLH A; 3WUU A; 1SQB E; 1RF0 C; 1HJ0 A; 1L4A B; 1N7S A; 3JCU E; 1MKM A; 1UIX A; 4PD4 E; 3V6I A; 3FGA D; 3L70 E; 4W80 A; 1EZV E; 1SQQ E; 4OWF A; 3M91 A; 2C0W A; 5AW3 B; 1JY2 P; 2XDJ A; 3Q5P A; 1MFT A; 3FXD A; 3L75 G; 1A02 J; 5AW0 B; 2GUV A; 2B88 A; 3M9B A; 3MIW A; 3CCU P; 3Q2Y A; 5AW1 B; 4JF7 A; 2Q9I A; 3L75 D; 1P84 H; 4C7N A; 3ZDM A; 3L35 A; 2O01 H; 2FFD C; 1L0L E; 1PGP A; 3IAO A; 3KZI H; 4N78 D; 2NRG A; 4BRY B; 1VQM P; 2POH A; 5CCG D; 3K5B A; 3B5N B; 5KLI B; 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