The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
|
sequence length |
45
|
structure length |
45
|
Chain Sequence |
KIEAIEKKQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVEKKIE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
gp41 peptide
|
| total genus |
21
|
| structure length |
45
|
| sequence length |
45
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5APW A; 1H8A A; 3KQG A; 1GU5 A; 1GK4 A; 3NFQ A; 1JNM A; 1SP4 A; 4HYT B; 3VYI A; 3P8M C; 5AVV B; 2WWW A; 2WPS A; 1NAF A; 4M3L A; 5APQ A; 5AVY B; 1FAV A; 3A3Y B; 4I6M C; 4KHX A; 5AW4 B; 3A7O A; 3VMY A; 4LC1 A; 2KP8 A; 2H7H A; 3M0A A; 1NWQ A; 1HJB A; 2Q3I A; 3TNU B; 3P32 A; 1SLQ A; 1HBW A; 2ZFC A; 1GK6 A; 3B8E B; 2XU6 A; 4I2L C; 2YO2 A; 4GT1 A; 5AW9 B; 1GD2 E; 1JUN A; 5AVZ B; 2XV5 A; 2QM8 A; 5AVW B; 2YO3 A; 2XZR A; 5AVQ B; 2R3C A; 1CSB A; 5AW1 B; 3V4W A; 1CZQ A; 4C7N B; 1S9K E; 1GTW A; 2QM7 A; 4AUW A; 3M9H A; 3A5T A; 2P7J A; 3VN0 A; 4AYC A; 2E43 A; 4C7N A; 5AVU B; 3L37 A; 2C9N Y; 3M06 A; 2WTY A; 5AW5 B; 3V4Q A; 3LID A; 3VMZ A; 3VTP C; 3M9B A; 2JJL A; 1YYC A; 2WT7 A; 1DH3 A; 2VRS A; 3HE4 A; 2ZXE B; 1GU4 A; 3L35 A; 2BAS A; 2C9L Y; 3TK1 A; 3LIE A; 3HTK A; 2W6A A; 3T97 A; 3UIA A; 1MV8 A; 3SWF A; 1A02 J; 3A2A A; 2IPP A; 2N9B A; 3I5C A; 2R32 A; 5APY A; 3KDP B; 2Q7C A; 5AW7 B; 1H89 A; 1A02 F; 2E42 A; 2WPQ A; 2R5B A; 3VMX A; 5AVR B; 4AQR D; 3P7K A; 2WPR A; 3HE5 B; 4EOT A; 2W27 A; 5AW3 B; 3NTN A; 2WT7 B; 3MD0 A; 4JYC A; 1G2C B; 3HE5 A; 3NMD A; 3OAK A; 1OWA A; 3HE4 B; 1H88 A; 1MFZ A; 3MGN A; 4RES B; 1KQL A; 3M91 A; 1HWT C; 1J2J B; 1OXZ A; 5APS A; 5AVT B; 4JYB A; 5AVX B; 2Z5H A; 2YNY A; 1HUC A; 1MUU A; 5AW6 B; 2Z5I A; 1GZL A; 1CI6 B; 1S9K D; 2P67 A; 3TYY A; 5CMZ A; 1FOS E; 2R5D A; 4C46 A; 5AW8 B; 1CI6 A; 1T2K C; 1T2K D; 1IO4 A; 5AVS B; 2Q5U A; 4XE5 B; 4GKG A; 5APU A; 4DZO A; 5APX A; 3NXS A; 3IR9 A; 5APV A; 2P2U A; 1FOS F; 3L36 A; 3O8Z A; 3TNU A; 4B86 A; 1X8Y A; 5AW0 B; 3V5B A; 3M0D A; 5AW2 B; 5APT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GW4 A; 1LP1 B; 1HF9 A; 3H1H D; 3VP8 A; 3IFM A; 4D6T D; 2QSI A; 2WZ7 A; 1IJD B; 5KLV J; 1M1J C; 2KUB A; 1Q90 D; 3V2R A; 3CWB D; 4WY4 C; 1NO4 A; 4GT1 A; 4RJT A; 4OGQ C; 1LTB C; 2XV5 A; 2QM8 A; 3B5N A; 1CSB A; 1FC2 C; 2P7J A; 1SQB J; 1L0N J; 1RQV A; 3L72 E; 5AVU B; 2C9N Y; 3M9B A; 3L70 E; 2JKV A; 3AE9 C; 1NTZ K; 2WPV B; 1EDI A; 2E74 D; 1KTM A; 4KT0 J; 2O1J A; 1NTZ G; 3PH0 A; 3MTU E; 3RBX A; 1OZH A; 3CCM P; 4GDO A; 1HGV A; 1RQU A; 1X0T A; 3L73 J; 3M91 A; 2NPS A; 1PPJ G; 5APS A; 3II6 A; 3V2P A; 3AEE C; 1N86 A; 4O9B A; 2AEF A; 3SFD C; 4H13 C; 3TYY A; 2QJK C; 3CCU P; 2Y0E A; 1CI6 A; 2FY8 A; 3JC2 2; 3L72 D; 4RKU J; 5APX A; 2KS1 A; 1EZV E; 4IFF A; 1QGK B; 3L70 D; 5KLV K; 2B88 A; 5AW0 B; 1JCC A; 5KLV G; 4IL6 X; 1LT9 B; 3P8M C; 5AVV B; 1Y8A A; 3CXH H; 3AEC C; 3RK2 B; 5APQ A; 4A7P A; 5CJ0 A; 4H0L B; 5KAI H; 3A7O A; 3TNU B; 1SQP J; 3VMA A; 1SQB K; 1ZR4 A; 2M3E A; 1L0N K; 1JMB A; 4WVZ A; 4JBZ A; 3SWK A; 4Z1M H; 1SQB G; 1L0N G; 2Y0C A; 1QL2 A; 1FZC B; 4R4M A; 1KN7 A; 1VQ8 P; 1K9M Q; 2IFN A; 1EZV D; 3L35 A; 3AE8 C; 4NPF X; 2B87 B; 1N73 B; 3Q3D A; 1J1E C; 1URQ A; 3P7K A; 5KAF H; 3L73 G; 1VF5 B; 3O6Q A; 3BRT B; 3HUS C; 2XNX A; 3U59 A; 3HE5 A; 1NJI Q; 5AVT B; 3T97 B; 1R5L A; 2CPS A; 3S4R A; 3TGU J; 3H1J E; 3H1L E; 5BU5 A; 1NTK J; 2Z5I A; 1GZL A; 2E75 B; 5TIS E; 1FS0 E; 4C46 A; 1IFD A; 2FXM A; 4YXD C; 4W7Y A; 2BCC J; 3NXS A; 1HTL C; 2P2U A; 1VQ7 P; 1BE3 J; 3MUD C; 3V5B A; 1SQP K; 4IFM A; 4HB1 A; 1NAF A; 1SQP G; 3MHV A; 3A3Y B; 3IAO A; 2IZ1 A; 5KJ7 D; 2KYV A; 1NKN A; 1FBM A; 3H1J D; 3H1L D; 4ASV A; 2CK3 H; 1RE4 A; 1CZQ A; 4AUW A; 1S5L X; 1Y9B A; 2N9Y B; 3W67 A; 2ZT9 B; 2JJL A; 1BDD A; 2LKM A; 3CCJ P; 3FX0 A; 1A02 J; 2N9B A; 2PP6 A; 3TF5 A; 2Q7C A; 1T8Z A; 5L8R J; 4LGD E; 4GOE A; 2W27 A; 4PV1 D; 1NTK K; 2IYP A; 3OAK A; 3TGU G; 1KQL A; 4NPE A; 1KIL C; 1HWT C; 2QEX P; 3FWN A; 1YJ9 P; 3LW5 J; 4DJG A; 1NTK G; 3BVH A; 4ZNC A; 2WIT A; 2QVA A; 1Q86 Q; 1JO5 A; 2QRX A; 2KSE A; 1VQL P; 1JM0 A; 2BCC G; 1XTG B; 1ZW0 A; 4H0L C; 3W68 A; 2Q5U A; 2QE7 H; 2YKP A; 3U1A A; 2Q3E A; 1L4A B; 1X8Y A; 2FYN B; 1FZF A; 1KYO H; 3WUU A; 1PIX A; 1PP9 J; 4Y99 B; 5CBN A; 2JP3 A; 1NGM B; 1OW6 A; 1IFJ A; 3MZW B; 1OW8 A; 3MIW A; 3HD7 D; 1FZB A; 1SLQ A; 4I2L C; 1SQV J; 3AE2 C; 5AVZ B; 5CCH D; 1FJK A; 2N1T B; 3I56 P; 2JO1 A; 2QM7 A; 2HLO A; 3WU2 H; 2XKM A; 1VF5 C; 2E76 B; 2OQQ A; 4C7N A; 1S3J A; 1OVV A; 5EFW B; 2ZXE B; 1GU4 A; 3A0B H; 2W6A A; 3RL0 D; 2AXT H; 3AED C; 1JY2 N; 2IPP A; 1FU1 A; 3AE6 C; 4YTP C; 2QG4 A; 1EQ7 A; 1ZV8 A; 2KNC B; 3EFF K; 2WSF J; 2CPB A; 1R5S A; 3NMD A; 5KAI E; 2OYH A; 1FZE A; 2B89 A; 2IYO A; 1G1J A; 4JYB A; 2OYO A; 2HFE D; 1MKM A; 3KPE A; 2J58 A; 4OGQ B; 2HOD A; 2A45 I; 4ZKP A; 1GL2 B; 3AEB C; 1NTZ E; 1T2K D; 1IK7 A; 2KSJ A; 1PP9 G; 1VQ6 P; 4BXL A; 1PPJ E; 2MKV A; 1FJP A; 2AEJ A; 1OMI A; 2A45 G; 3HRN A; 1SQV K; 3C9I A; 3EWK A; 5KAF E; 1FDM A; 1SQQ J; 3FGA D; 1NWQ A; 1SQV G; 3HD7 A; 4WY4 D; 1J1D C; 3B5N B; 4GOF A; 3ITK A; 5CCH A; 2OAR A; 2FXP A; 5KLV E; 1NTM K; 4H13 B; 3E1R A; 3F89 A; 5B66 E; 3LW5 H; 2QJK B; 1NTZ D; 1L0L K; 1KFM A; 3BAS A; 1VQM P; 1U7J A; 4PJ0 H; 3ABV C; 3G9R A; 1PPJ D; 2ZVO B; 2O3J A; 5APY A; 3KDP B; 1SQB E; 5AW7 B; 1JY2 O; 1L0N E; 1IFN A; 3JCU E; 4EOT A; 2WQY C; 1K04 A; 3CC7 P; 2J59 M; 1L4A C; 2ZVN B; 2FYU J; 1NH4 A; 4Y99 C; 1NU1 J; 3AEA C; 2A45 H; 1CI6 B; 1H0T A; 3V6I A; 1KQS O; 5KLV D; 3PLN A; 3L75 J; 3L73 E; 4H44 D; 4GKG A; 2FXO A; 1LTJ C; 1JTH B; 3VOP A; 3GG2 A; 2D2C D; 2PRR A; 1SQQ K; 3Q5S A; 1PFI A; 1YTZ I; 1JNM A; 2JEE A; 1T3J A; 3Q5R A; 1SQQ G; 1SQB D; 1L0N D; 5TJH A; 1J1E B; 3H25 A; 1JY3 P; 3TSI A; 3QWO C; 3C8V A; 5CCG C; 3RK3 C; 2WSF H; 3CCR P; 1PV3 A; 2H8P D; 3CXH I; 1SQP E; 1ZN5 A; 3L73 D; 1SFC C; 4W80 A; 4GOD A; 2Q1K A; 2K9J A; 2JR8 A; 2Y0D A; 1JOC A; 3N7N A; 2WMM A; 3SWF A; 1S1C X; 1Q7Y Q; 1URQ B; 2WSC J; 2FYU K; 1GL2 C; 3HE5 B; 1NU1 K; 2RKL A; 2WT7 B; 3D70 A; 2M0B A; 1N7S D; 4UB8 H; 1OWA A; 2H89 C; 2FFD A; 1J2J B; 1NU1 G; 2Y9Y A; 1LTA C; 4XFJ A; 1JMM A; 4QMA A; 3L75 G; 2KLU A; 2KOG A; 1P84 H; 1SQP D; 2QJY C; 3TGU E; 3PJS K; 2I8D A; 3B5N C; 1NTK E; 2IFM A; 3CPW O; 1KZU B; 3A0B E; 1RHZ B; 4HJG H; 2WPS A; 3F5H A; 2BCC E; 2ZYA A; 2H7H A; 1LTT C; 1BE3 E; 3P32 A; 3RL0 g; 1AJY A; 4JPZ B; 1KIL B; 4PD4 H; 2I1J A; 1GD2 E; 1W2E A; 1JUN A; 2JDI H; 3CX5 H; 3IF4 A; 4IL6 H; 5AW1 B; 3V4W A; 2NPS C; 4YPC A; 2R3S A; 1W5C E; 4UB6 H; 3L71 J; 1KOR A; 3TGU D; 3HE4 A; 1LTI C; 1NTK D; 5K5G B; 3I5C A; 2V7Q H; 1ZLL A; 3WUT A; 1NOH A; 1DD3 A; 2ZAE B; 1USE A; 1RE3 A; 2BCC D; 2GUV A; 3CCV P; 2YIU C; 1MFZ A; 1BE3 D; 1VQ9 P; 1N7S A; 1Y47 A; 3L74 J; 2FKW B; 1MZ9 A; 3BAT A; 1QL1 A; 5GTH H; 1SVF A; 1RF0 A; 1LP1 A; 3RK2 D; 1VQO P; 2QJP C; 4H0L D; 4W7Z A; 2K9Y A; 3D71 A; 3BCC J; 1U57 A; 2OTL P; 3H32 B; 3PTZ A; 1UIX A; 5APW A; 2KK7 A; 1WMK A; 3PP5 A; 2FBW C; 1FZG A; 2HR3 A; 3EFG A; 2W8Z A; 3RBZ A; 4C7R A; 3M0A A; 4DOJ A; 4KJM A; 3AEG C; 1PP9 E; 2K37 A; 2WSC H; 5AW9 B; 1KYO I; 1URQ C; 4ASW A; 1AV1 A; 4C7N B; 1GTW A; 3G71 P; 3L71 G; 1VF5 D; 2POH A; 3V4Q A; 1EDL A; 1SQV E; 4L75 A; 1T6A A; 3A2A A; 2HYN A; 2E75 D; 1DEB A; 2WPQ A; 1S5L H; 1RF1 A; 1G2C B; 1R8E A; 3C1L A; 3KZI H; 4RES B; 1NHL A; 3HTK B; 1LWU A; 2M5A A; 1PP9 D; 1KB9 I; 2UWJ E; 1MUU A; 4IFD K; 1J1D B; 4Y28 J; 2WVR A; 1PGP A; 2YKO A; 1LT9 A; 5AW8 B; 3BCC G; 4JF7 A; 5AVS B; 5APU A; 4N3Y B; 5B5E H; 1QLE D; 1HH0 A; 1SQV D; 2L91 A; 3TNU A; 3OJA B; 1RE4 C; 2W90 A; 4MN4 C; 2OYI A; 4N78 E; 3VYI A; 2IZ0 A; 1JEK A; 1QVG O; 2I1K A; 2ZT9 D; 4TT3 H; 2KI7 B; 2QIW A; 2K1A A; 1FZC A; 2PFX A; 1BE3 G; 3GHG A; 4IOI H; 1BSN A; 3USS A; 2XZR A; 4I7Z B; 2B87 A; 3H1I J; 1N73 A; 1SQQ E; 4BRY B; 1JCD A; 2ZXX A; 3M06 A; 2PAJ A; 3VMZ A; 3VTP C; 1WT6 A; 3R2P A; 2A06 G; 2HPC B; 1M7L A; 1LTJ B; 3T97 A; 1JB0 J; 3PHL A; 5KJ7 A; 3TDK A; 2R32 A; 4N78 D; 5AVR B; 1SQX J; 2IX7 C; 5E79 H; 1X9V A; 1L4A D; 2H43 A; 1KB9 H; 2RN0 A; 1NTM J; 4PD4 E; 3CME P; 3B71 A; 3RK3 B; 1L0L J; 1EDJ A; 4IL6 E; 1SQQ D; 2E5T A; 3CXH E; 4DZO A; 2FYU E; 1SFC B; 3KHU A; 4N6J A; 1NU1 E; 1KC8 Q; 2N1T D; 3M0D A; 1ZME C; 1EXI A; 1GK4 A; 2OTJ P; 1SP4 A; 3L75 E; 1OX3 A; 2E76 D; 3CD6 P; 1W2B O; 1HVV A; 3VMY A; 4WB4 A; 5BVZ A; 4BWN A; 1YQ3 C; 3H1I G; 3GMA A; 1M1K Q; 2H88 C; 4EI2 A; 3N4X A; 1DIP A; 2G8Y A; 5GTH E; 3M9H A; 1PZQ A; 2OYH C; 2FYZ A; 2K9J B; 4R4L A; 3CXH D; 2FYU D; 1DH3 A; 2K3R A; 1SQX K; 2QJY B; 1NU1 D; 2YXQ B; 4OGQ D; 1SQX G; 1YHQ P; 3E7K A; 2R5B A; 2P10 A; 1GL2 D; 3L75 D; 4AQR D; 3A0H H; 1DD4 A; 2FFD B; 1KMI Z; 1NTM G; 2OTK E; 5DJT B; 3E1I A; 1L0L G; 1S4X A; 2Z5H A; 1HUC A; 5AW6 B; 2P67 A; 2V4H A; 1NKZ B; 3G6E P; 2NPS B; 2ZJS E; 3HD7 C; 1QVF O; 1RY3 A; 2XND H; 3IR9 A; 5APV A; 4ZKU A; 3O8Z A; 3CC2 P; 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2WTY A; 3L74 D; 1YYC A; 1KIL E; 3LIE A; 3UIA A; 3CWB J; 3P8C E; 1BGY G; 3I55 P; 3SFE C; 1GW3 A; 4L74 A; 1LTS C; 1U7M A; 1N7L A; 1RF1 B; 2WPR A; 4H44 C; 2R44 A; 1GDT A; 1USD A; 3SWY A; 3BCC D; 1LWU B; 4NPD A; 2M5A B; 2D2C C; 2WSE H; 1YIT P; 1OXZ A; 2A06 E; 2J5U A; 1JTH A; 4K35 A; 1TU3 F; 3SSU A; 2IBZ D; 2JWD A; 1KB9 D; 3D6Y A; 1BCC G; 3AE3 C; 1OFC X; 2Q6Q A; 1PGQ A; 4EIJ A; 1KIL D; 3AE5 C; 3HUS A; 1HJ0 A; 1YTZ T; 4B86 A; 4EYY Q; 2OYI B; 1H8A A; 3QH9 A; 3BRV B; 3P8C D; 2KLV A; 2SPZ A; 2WWW A; 3GHG B; 4U3F G; 3A0H E; 4LC1 A; 1HGZ A; 1M57 D; 2B9B A; 3L72 J; 1KD1 Q; 3H1K G; 2A06 D; 4PJ0 E; 3H1H G; 3FWL A; 3L70 J; 2XDJ A; 4U7J A; 4D6T G; 1LJ2 A; 3MUD A; 1RE3 C; 4AYC A; 1LNQ A; 2W6B A; 1N7S C; 4YXW H; 2WT7 A; 3CWB G; 3AEF C; 1Q81 Q; 1M8O B; 2BAS A; 4HKZ H; 1RF0 C; 3H1I E; 1Z56 A; 2C0X A; 2E74 C; 1K73 Q; 5B66 H; 2O01 H; 3K5B A; 5C39 A; 3AE1 C; 2LXC B; 3H6P A; 3S9O A; 1N2D C; 2P1J A; 1RH5 B; 3JCU H; 1SQX E; 4JQ0 D; 2R5D A; 3ZDM A; 2BEQ D; 1IC2 A; 2OYH B; 3L74 G; 4PV1 B; 2Y9Z A; 1KFN A; 1BSH A; 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