5BXPA

Lnbase in complex with lnb-lognac
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
636
structure length
636
Chain Sequence
HHSSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lacto-N-biosidase
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
total genus 237
structure length 636
sequence length 636
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxpA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxpA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxpA01
1FN0A 1R7AA 2UY2A 3CLWA 1C8QA 1DFCA 1B30A 1OINA 4WK9A 3WD0A 4HOXA 3U57A 4HU8A 2VQTA 2F8XC 2VR4A 5M17A 1Z2VA 3N13A 4P6AA 4KRUA 1ISXA 1LQ0A 3G6LA 5EFFA 3LMYA 1HXJA 3K1XA 1OQLB 1B3VA 1DQOA 1PAMA 3AZSA 3G6MA 4A7ZA 4K68A 3WMVA 1G82A 3WH9A 2CESA 2VOTA 1UQZA 2EEXA 3A22A 1BGGA 4QCFA 3T09A 4JFVA 1G9BA 4C7FA 3OLEA 2AAAA 1B3XA 2VT0A 2ZOXA 2VZTA 4CD7A 1LL7A 1CGVA 1GHRA 5FZYA 3O3QA 4GINA 4M80A 1HWPB 1W1YA 1EHNA 2E40A 4TLPA 3WNPA 4YHEA 1FFRA 3VWCA 1E4IA 4FLSA 3VD7A 1H09A 5FKYA 3NSNA 3BAOA 1DWJM 2Z1SA 3VIMA 1PC8B 1JG9A 2PWGA 5I24A 3AIEA 1J12A 3KWXA 2XGIA 3PZNA 4DWSC 5A8QA 4X9YA 1EPWA 2XYLA 4GI9A 4ZXLA 1QBAA 1GJUA 4LX4A 3ARPA 2PWDA 4EKXB 1CGUA 3J7HA 3ZJKA 4GAFA 1XD1A 2DIJA 3BRFA 3WFZA 4C7GA 4AZ6A 4CUCA 1KWGA 2DH3A 3CPUA 4JRAA 3ZOAA 3MKKA 4J2YA 4XX6A 1E3ZA 1UR0A 4QLLA 1EO7A 3FJEA 3CA3A 2CHNA 1PX8A 2YLAA 3L4TA 4JFSA 4UQCA 4D6EA 1F4HA 3NBDA 2G3IA 2FO1A 2E8YA 3MO4A 4LYQA 1AMYA 1H0IA 1QNPA 4PMDA 4I0YA 1GOOA 3ZSTA 2NT1A 2DIEA 1RH9A 4JIEA 1GZJA 2XM2A 4WLCA 4U2ZA 4JAWA 2HVMA 3EF2A 1S0FA 1JT4A 1B1YA 2PC8A 1V0NA 2V3DA 3CZKA 3ZC9A 1BG4A 3ZT6A 1VJZA 1UD4A 4FLOA 3IJ9A 3WMUA 3PBGA 2WZEA 5DZUA 2XGBA 1NZKA 1LL6A 6TAAA 4FF5A 4EE9A 2VUYA 3LPOA 5EBAA 1M53A 1JFHA 1BGAA 1DWHM 1QNSA 3MUIA 4A7YA 2D44A 4UOJA 5AYBA 2CHOA 1GQKA 1YF8B 3GZAA 2VX5A 4U3AA 2XHYA 1VEOA 4Z2HA 3VNYA 1SFSA 2XFRA 3VDBA 1KGXA 4G6MA 3F5KA 4R6UB 5A2BA 2KH2A 3HOMA 3CUJA 1GQIA 2QHAA 5GNXA 1CXLA 4H04A 4B15A 1CLXA 4CD6A 2J7CA 1Y7VA 5JLVA 1U30A 1R8NA 3HBWA 1ITCA 3O4DA 4PMZA 2YA2A 1B0IA 4LO1C 3OIHA 1U2YA 2QPUA 1FH9A 2DSWA 1IOBA 1MQQA 3VKKA 1WO2A 5BXSA 3UDAA 1UD2A 3F5LA 1AVUA 4HTYA 1E1FA 2BFGA 3QR3A 1FH8A 1W2PA 4PCSA 1I1BA 1BFBA 3FFZA 2NW0A 1KCKA 4MJ4A 4OOUA 2IHOA 1E5JA 2VZOA 4TVCA 3NBCA 4OWKA 4AZ5A 3DECA 4D8HA 4P7NA 4JFWA 2X09A 2CCRA 2XIIA 5LYRA 4QALA 3GYCA 4QCEA 1UR4A 3E1F1 2K43A 2J7EA 2OSYA 3AS3A 3IJ7A 3P6JA 2DT1A 2EO7A 4PUDA 4QDMA 3N9KA 3WF4A 3B9DA 2NYYA 1CGXA 3MUZ1 1MXDA 5M03A 5EG6C 3WF3A 3L4XA 3WNOA 3WD2A 1H1NA 4XKIA 3VEQA 3CA0A 3N7LA 4JHZA 3VPLA 2AOSA 1UA7A 3PZTA 4J3WA 4G9NA 1XSKA 5BROA 3N17A 4H2CA 3WDQA 1QQLA 2FGFA 1FQ9A 1QNRA 1PWAA 1SZ6B 3VX0A 5F8WA 3CBWA 3P6IA 2GZBA 3GBEA 3S2CA 4M56A 1BF2A 4JFUA 4WKAA 2NP0A 5A8NA 1ZS2A 3AYRA 2BNJA 1LF1A 2VNCA 2WBCA 4LPCA 5D61A 2JE8A 5LA1A 4P8UA 1FH7A 1JZ5A 4EFQA 3THDA 2NZ9A 4QBCA 1UYQA 4KEJA 5BCAA 3WUBA 4AZCA 1HL8A 1IV8A 2DDXA 1R8OA 1P63A 2WB5A 2V3FA 3S6TA 4D6IA 4ACYA 1ZU8A 2ZR1B 2ZX8A 3F4VA 2WZHA 5C70A 1SMDA 3NJ3A 2L5XA 2G8ZA 1UD5A 3WUEA 1FOBA 1H3GA 3A4AA 1WDRA 4NSBA 3W24A 3AMGA 1V3JA 2GSJA 4JCLA 3UJ4A 1QQKA 4AEEA 5JIPA 2XOAA 2C7FA 1JYNA 3ARSA 2WC7A 5A1AA 4FK9A 1BFNA 5FL1A 4HPGA 3VIOA 2DSZA 1GONA 1GNXA 1OIFA 2BXYA 5M3WA 2GUYA 1A8DA 3SUWA 4RE2A 4OOZA 5A8MA 3ECQA 1J11A 1RP8A 1RP9A 3GH4A 4CVWA 1BHGA 1JZ3A 1UZ4A 3NSXA 4P8VA 1Q6CA 3CRIA 3TC2A 4PMXA 3AHVA 3HN3A 1EA9C 1KFWA 1E6RA 1GGPB 2ZQOA 3A6OA 2YKKA 4ATLA 3Q7WA 2HW9A 1M7XA 1YHTA 3W81A 4DUVA 1UWQA 1QHZA 2CBJA 1QHOA 1Q6DA 1WZKA 4EB2B 1E5NA 3BADA 3VIPA 2X0YA 4QAWA 2D0GA 3L4YA 4X0VA 3VTRA 4ZFWB 4A7KA 3O6AA 1TVNA 7TAAA 3H6RA 1WCGA 1KXHA 3AYSA 2J7BA 3BA7A 2FFVA 5I1BA 1J18A 3SCVA 4GQRA 3KMVA 2GVYA 3PTQA 5D63A 3T08A 2GJRA 3BCDA 1KNMA 4XFTA 2IUZA 2ERMA 3O9NA 4HMDA 2EQDA 2W91A 1QW8A 3O4BA 5A6MA 4OEGA 2V3EA 2D2OA 1DWGM 3VDAA 4B9ZA 3I3DA 1JZ7A 2YL6A 4I4PA 4LGXA 2J7FA 4LO7B 3VD9A 1XD0A 4AIOA 4P7LA 4S3JA 3HN1A 1XCWA 2QN4A 4AD1A 3ZSSA 2KI4A 1JF5A 2WWDA 3BXWA 1TP0A 1G01A 3A23A 1IJTA 1GVIA 4W7VA 5C71A 2BHUA 4V27A 4AD0A 2ZUNA 1X6NA 3IM5A 1UPSA 4DM2A 5B2HA 3AIBA 2CBIA 2E4MA 1AQMA 4AD4A 5CPSA 2D3LA 5HNNA 1ZBKA 2WMIA 7CGTA 1CIUA 3QOMA 2RGLA 1RD6A 5E6YA 2K4AB 4PRWA 2VX7A 2VCBA 3VSFA 1Q04A 4FVVA 1ZBCA 2YJQA 1OCQA 4H8UA 4FLRA 1WPCA 1BASA 4CD4A 5BP5C 2WVUA 5CG0A 3N7JA 3DC0A 1NQ6A 4HZ7A 4BZYA 1BYAA 2XFFA 2O9TA 4WBCA 1J0ZA 4U3CA 1UHVA 2D3NA 4JFTA 4ACZA 2DT0A 5AY7A 1E15A 4CCCA 3O44A 3VOCA 1B2YA 5A69A 4RE3A 2IWTB 2QMJA 4NZCA 4TXEA 2WMJA 3CO4A 3LPFA 4A3YA 1WD3A 3VMOA 4CKQA 3UETA 2JF6A 4IZXA 1AVXB 4QLKA 3MMWA 1BFFA 4P0KA 4P7RA 3OLDA 2FHBA 1KQYA 1HP5A 5CSYA 3WO3A 1V3MA 4IISA 5BVPI 3PZMA 3BCFA 1JTCA 3BAUA 4I4OA 3WEOA 3BA4A 1NUNA 4PSRA 1V6UA 5AC4A 4HMCA 1PPIA 1BLAA 2EBNA 3AMLA 3RM4A 4E8DA 4QD2B 3VM5A 1WZAA 3N11A 1J0SA 3VGFA 2UWFA 2Y9WC 1Z4SA 2ESCA 5IHSA 5JBFA 2FH8A 4AD5A 5I5RA 4LO0C 3JRRA 2OSXA 2CBUA 2J7GA 1UG6A 4UR9A 2W92A 1HT6A 1MC9A 1AVAC 3U7VA 3A4XA 1HKNA 1IILA 1B90A 1XRVA 2JALA 3GNOA 3PZQA 2J47A 4HA3A 2QPSA 1UR1A 4OZOA 3WL1A 3I3EA 1V3LA 4QFUA 1V02E 2WVTA 1S0CA 3RSJA 1DEDA 2EXOA 1Q6EA 4P8XA 2DH2A 4Z2IA 1F31A 2XVKA 3AROA 2XTKA 4UOZA 2PF0A 3IJ8A 4AIUA 1HJUA 3WD1A 4Q9GA 3WH7A 1OM0A 1QI0A 2QMKA 2DREA 1W3FA 8I1BA 3RJYA 2NM1A 1LLOA 2YBUA 1GOIA 1US3A 1SYTA 1WDSA 4TVDA 4AISA 1XV8A 4BA0A 4GP0A 4PSPA 3CH9A 2XPKA 1BVNP 1W9BM 3ZQ9A 41BIA 3H6SE 1EHAA 3EDFA 3A21A 4D6DA 2ZE0A 3AS1A 1SR0A 4CU7A 4W89A 4W84A 1EVTA 3WUGA 2F2FA 5A6KA 3VU2A 3IK2A 1S0BA 4TOQA 5I77A 1W9XA 1FV3A 1GOMA 5F7UA 2AFGA 4CVUA 4CD5A 2XJ7A 3N7MA 2NT0A 1LWJA 5CXPA 4LO7C 3CHCA 3KZSA 3ZMRA 3AXIA 2YA1A 2F8QA 1ISWA 1E6SM 2WC4A 5EFDA 3O5WB 1ABRB 3GH7A 2BEAA 4I4XA 1O6IA 3WMSA 1E40A 3V0BA 2YDRA 3HU7A 1EXPA 4I37A 4MDOA 2BY3A 3W53A 1H11A 1DZCA 4F9DA 2BEBA 3K8LA 4XZBA 3O2LA 3RJXA 1JXJA 4OIFA 4X37A 1JD9A 1FFQA 2ZXBA 2WCSA 1UKQA 4OWJA 2ZUUA 4PBGA 4W86A 3FUQA 3QOKA 1TE1A 1TVPA 1UKSA 2XVGA 1HVQA 1UQYA 2J75A 1R8LA 2WZIA 1LJYA 6A3HA 2MC2A 1CDGA 2BHYA 3L4VA 3OB8A 1BTCA 2K8RA 4GIAA 4IHZA 1CTNA 1JYVA 1YTOA 2Z1KA 4PC4A 3FHQA 2GDVA 4MPKA 2J77A 3WD3A 3PZIA 5EMYA 2YOCA 3AZWA 2D22A 3T0BA 3U5UA 1J0YA 2FDBM 3O4AA 2RQ9A 4CJMA 4USPA 5CPQA 1E9LA 1E0VA 2UY3A 2X1IA 3CHFA 4F34A 3AIUA 4BQ3A 4J3XA 5D9MA 4ZGRB 2AXMA 1ECEA 1ITBA 4QD2C 5E0FA 2J4GA 3FJHA 1ODZA 1XH1A 21BIA 3FJDA 1I1EA 5D8ZA 3THCA 1VCLA 1HCDA 3CA5A 1TOOA 4Z2JA 4E8CA 5BYWA 1MD6A 4D1JA 3CUIA 1GOKA 3IM6A 2VRJA 3UD7A 2YLLA 1E0XA 1EV2A 3O4CA 3EYPA 3QR5A 4YN5A 3VILA 4PMUA 1NARA 5A8OA 5AYIA 2Y9GA 3JUGA 3I3BA 5FNWA 4H41A 4G6JA 8A3HA 3PTMA 3RILA 5BRPA 2OWXA 1OB0A 1V08A 1YXWA 3NDYA 2W63A 4PTVA 1HJSA 3OLIA 4W87A 3VGGA 4F9JA 3VT1A 1E6XM 3BRDA 1JT7A 4MJ2A 2OSWA 1NWTA 3WQ8A 3EMCA 2YL5A 4LO3A 5DSSB 1Q03A 2XSAA 3ZM8A 2PWHA 3W29A 1JNEA 1QI3A 1K5UA 1UD6A 4JQ0A 2ZX6A 4IUGA 4TUFA 4WSKA 3UEQA 4CN1A 4D1IA 4ZKTB 2E9LA 1W32A 2W5FA 1KR1A 4AN6A 4I4UA 1F4AA 1TWMA 1HWOB 2D24A 1CGWA 4IQPA 5DUYA 2XVPA 3WEZA 2WRYA 2CKRA 4ZA3B 4AZ7A 4W85A 4L4OA 3AZVA 4J23B 4I3NA 4JKQA 4DENA 4H7VA 3P53A 3RMYA 1GW1A 4QC4A 3CZLA 3A4WA 1BA7A 3BAJA 3WFLA 4UOQA 4UQEA 4W8BA 1HL9A 1QHPA 1UA3A 1UWIA 2ZX9A 2DSUA 3O49A 2BS9A 4R5EA 3ARZA 4W8AA 4ZFMA 5FZUA 4J3SA 3TTOA 4U5KA 1J0IA 2M49A 2WK2A 1N82A 3D7WB 4HA2A 3CMGA 2Y8VA 3WENA 3OJMA 1PUMB 3I2AA 4L4HA 3WINA 2X2YA 3BLKA 2ZUWA 3CHDA 4NF7A 4NRRA 4FMVA 4UFIA 2CETA 5D9NA 1C90A 4W93A 2X2TA 1LWHA 3WF0A 1NWRA 2WC3A 3B8SA 1HWMB 3AIRA 2CYGA 4EKJA 3VD4A 2PBGA 4XV0A 1JLXA 1JT3A 1CECA 1W91A 3PHZA 4RE4A 3WF2A 1DWAM 4CU8A 1JZ2A 5CLWA 1I75A 4ZENA 3FJBA 2G4FA 1E6ZA 3PHAA 4HOWA 5I0DA 3LPPA 5A6AA 3K4DA 4KGLA 1EO5A 3DHUA 1VF8A 2CPUA 1W9PA 3AMKA 1GQLA 3VT0A 3AICA 3OLGA 4OBSA 4BF7A 31BIA 3AH2A 3NBEA 1HNYA 1G9HA 3AHXA 2JFEX 3WDJA 2VVSA 2FHCA 2J79A 2WVVB 2NTDA 4OUEA 2O92A 1QW9A 3W28A 2J8FA 1W3KA 3GNRA 3WQ4A 3FJKA 1J01A 1HF6A 2VMFA 5CZKA 2JF7A 4AXNA 1KQZA 4ZE4A 2RG9B 1JDAA 1S0GA 5HPZA 3VGBA 4PMRA 1EYLA 1H0GA 1HVXA 1XG6A 4A3HA 5A94A 1NWSA 1QPKA 3ALGA 3FUOA 2V5CA 1H4PA 1W9DM 2WHMA 2X8RA 2VURA 1OT2A 1E43A 1ZB5A 2J78A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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