5BXRA

Lnbase in complex with lnb-nhacdnj
Total Genus 234
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
634
structure length
634
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lacto-N-biosidase
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
total genus 234
structure length 634
sequence length 634
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxrA01
1RD6A 3VMNA 4BS0A 5HPZA 3ARRA 2WKGA 5CGTA 1GCYA 1TA3B 1US3A 4LO8B 3TTSA 3OLIA 4JKKA 2X2YA 1DIWA 4P7QA 4DWSD 2Q8XA 2E9BA 2EO7A 3WIJA 4W7WA 5A95A 4UQBA 4R5EA 3ZQ9A 2D23A 1XYZA 3II1A 1HJVA 4U31A 5E9AA 2AAIB 1FWUA 3CIVA 2VUYA 3PTKA 4OEEA 1PUUB 4PMYA 2XSAA 2D7IA 2WVTA 3ECQA 3MS8A 4X9YA 4HU8A 3VO0A 4FK9A 1QPKA 1OT1A 1M16A 3VU2A 3EMZA 5GQBA 4GP0A 3D5HA 1Q4NX 4Z9WB 1ODUA 4M81A 2FHBA 1W3GA 2WRYA 1G82A 2BFGA 1CENA 1TUXA 3FY1A 5I2UA 5I78A 1QNRA 2QLYA 3K4DA 2CBJA 4M1RA 3RO8A 3VVGA 2J78A 4TVUA 1W1PA 1JQZA 5EHAA 4K68A 3HBWA 3WEOA 41BIA 2JEQA 2X1IA 2ZWZA 2VLCA 1NARA 2D44A 2CYGA 3CTTA 8A3HA 3IIRA 1QI3A 3C9ZA 2A3CA 1XCWA 2WAGA 3OG2A 4ISQA 1SYTA 3WL0A 1OD8A 4LX4A 4AZCB 3LPFA 4PC4A 3SCRA 2X2TA 3ARXA 4AY1A 1G94A 3OLEA 3W6MA 3THCA 2PC8A 1JZ2A 1WO2A 3MMDA 3V0AA 2WHLA 4W8LA 2XVGA 3KMVA 1JL8A 3VIFA 3O9NA 1E6ZA 1E4LA 4EKJA 3UD7A 2ZX5A 3VIKA 21BIA 3NCOA 3QOMA 4IY9A 4RL3A 2MC2A 1PC8B 3MKKA 3W4RA 1I1EA 4JQ0A 3ZIZA 4S3KA 1FGAA 3MMUA 4KRUA 4P7RA 1B3VA 2VNCA 4PCTA 3OJMA 3PN8A 2FGFA 2W92A 2PWHA 1J0JA 1JD7A 4HZ7A 3UR7A 3CU1B 5BQUA 2WMGA 1AVAC 4R27A 5I23A 1U30A 2RG9B 4W84A 1TE1A 2J47A 1KFWA 1WB0A 2ZICA 2GDVA 4ZFUB 3AKGA 2Z48A 4G9MA 1E40A 2VZVA 5A6JA 5FL1A 1CLXA 1QI2A 5HPCA 1CXFA 3AIQA 3NBDA 1BG4A 4M82A 2JF6A 4HPGA 3SCVA 3ZJ7A 1II4A 1UD4A 5GNXA 1SFSA 1PIFA 4G1RA 4LYRA 3D7WB 1BGGA 3WF2A 1C8QA 1DEDA 4PTVA 1UG6A 2BV9A 4KGLA 3PG0A 2AFGA 3ZSTA 4C91A 3U7VA 4BCEA 4F79A 4M80A 1EH9A 1UR1A 5DT5A 5M17A 5E0FA 4I2SA 1LG2A 3T0BA 4D6EA 5LA1A 4I1BA 4CN6A 4HZ6A 3VIIA 5FZYA 4ZOTA 2BVTA 1JGIA 3W38A 4CJMA 4PRWA 2NZ9A 1NOFA 2CITA 4LO0A 1DFQA 5EG6C 3PMEA 1R87A 5HDRA 3QR3A 6A3HA 3QHOA 4R6UB 5E09A 3K8MA 4WK9A 4I3NA 1OB0A 4W7UA 4PMOA 3RM8A 1W3JA 1TFMB 2BFHA 1XSJA 3A3HA 1DLLA 2F8XC 3GXIA 1WBAA 1LF1A 4F9DA 4JP0A 2CEQA 1S0EA 3ARWA 1EYLA 1YQ2A 2F2HA 5GNYA 2D43A 3RMXA 3WO3A 1US2A 3MALA 2PWEA 2WMKA 1HKNA 3WMCA 1G5AA 2DQXA 4GAIA 1ABRB 1OM0A 1HT6A 4I8MA 1V0KA 2XPKA 4QLKA 2NM1A 4ZE4A 3TC2A 3FJFA 2G4FA 1OD0A 1ZS2A 1ZU8A 1PAMA 1UHVA 4Q9GA 1C91A 3ZXGA 2YLAA 3AMCA 3ZT5A 3Q7WA 2PI6A 1GJUA 3L4YA 5E6YA 5CPQA 3BCDA 1JD9A 2Z1SA 4UFJA 3NSMA 5FNXA 2WC3A 4V28A 1DWIM 1WD4A 1D7FA 1CXLA 3L4TA 1HP4A 2JFEX 2VTFA 2J79A 4S3JA 1B3YA 5ABEA 2VX6A 4P7OA 1LL7A 1KCLA 3L4ZA 3FJJA 3I29B 4H9WA 1A8DA 1YHTA 2O9TA 3MMWA 5GPRA 4QCFA 2E0PA 1G9BA 3WNOA 2VVSA 4GI9A 1B3XA 3AMLA 4J7RA 1JFHA 2CXGA 5DF0A 2PWGA 1BYBA 4JZ5A 2HWMA 3U57A 3B9UA 4UCFA 1V6VA 5I0DA 1QW9A 3IAGC 3THDA 3OGFA 1ISXA 2EQDA 3UR8A 3WD1A 4AWEA 4XUYA 2OYKA 3K4AA 4QO3A 2UY3A 4G6MA 4U33A 2WC4A 2FDMA 1HCEA 4IQPA 1E0XA 3GNOA 5FZUA 4OWKA 4I4UA 3N04A 2J3PA 1V3LA 2GJRA 2OYLA 1AMYA 3UD8A 1E1FA 4P0JA 5A1AA 4Z2LA 3L4VA 2AAAA 1EDTA 2BHUA 2VSEA 1ZBCA 4KEIA 2ZXBA 3FUOA 3AHVA 1FHDA 4MDOA 1R85A 2YL9A 2FFVA 4AIOA 1BA7A 4PSPA 3H6RA 2OWWA 2GZBA 4MNKA 5B2HA 3DHUA 3PZUA 3VIHA 2YL6A 3UERA 3AKFA 4Z2JA 4IPLA 4CVUA 1QHOA 4XKIA 3N7MA 4XZWA 1IILA 4D1IA 5A6LA 2FDBM 2VZSA 3AHTA 1S0FA 3E8LC 1UA7A 1V02E 2IWTB 1Q6EA 3SURA 2XVPA 3RCNA 2XWEA 2WCSA 3CZGA 4MNLA 4JL1A 1LWHA 5EMYA 3WFLA 4ISRA 3T08A 1FWVA 3BH4A 2GJPA 1UWIA 2EPNA 2QN4A 3WELA 2VMFA 3A23A 1MQRA 3WDPP 4XFUA 3VSFA 2DDXA 1UQYA 4H41A 4OKDA 1WDRA 4HMDA 3VIJA 2YL8A 1OSEA 5E24E 4PMQA 1Q1UA 1QVBA 2VXRA 3RM4A 3VDCA 1BYAA 2Y4SA 2EPMX 4LO3A 3FHQA 4PSRA 4AW7A 1VFFA 2VT0A 5EFFA 4X37A 3POKA 1EHAA 1W1VA 3BAJA 5TD4A 3VGEA 1MFVA 4QP0A 1IZKA 3WD3A 1KBBA 1J11A 4HTYA 1AVWB 2W67A 1TA3A 4BA0A 1JDDA 4M8UA 4PUDA 5IFPA 1UYQA 2BY0A 1GOWA 1EOMA 2CHOA 2DT1A 3WSUA 4B16A 3PZ9A 5A6KA 1OIMA 1HKKA 3U7BA 3ZOAA 3CHCA 1W91A 1V02A 1YTOA 4LO7B 5HXMA 5BXTA 1ITBA 4QAWA 4IONA 4F9JA 1W32A 1H49A 1OBAA 1UKOA 1FH7A 4Z2KA 31BIA 4AIUA 2CESA 5EB8A 4LO1A 2W5FA 1K9TA 1V6UA 4QCEA 1JYWA 1FMMS 1JNDA 3GH4A 3N13A 4L4HA 4QBCA 2XFRA 5JLVA 3AS0A 1QI5A 1K9FA 2O92A 3VIOA 1MW2A 3PHAA 4Z8SB 2WK2A 4IHZA 1J0IA 1B31A 5JMCA 3PTQA 2FGLA 1BTCA 4DUXA 4JFTA 4MB1A 4MNJA 1CNVA 3HN1A 1H41A 2D2OA 3ARSA 2WM0A 4P8VA 3T2OA 1O6IA 1HJQA 3RJYA 1TP0A 1W9BM 1HKMA 3IJ9A 2VOTA 4HMEA 3V0BA 1CLVA 3VWCA 3O4AA 5C71A 4NRSA 5A8QA 1GOKA 4UFKA 5F7UA 2F61A 2IUZA 3CA6A 5JUVA 1X6NA 2KI4A 1NUNA 2TAAA 1E71M 1JZ7A 5CXPA 3EDFA 3N11A 5DEZA 1BARA 1UWUA 3ILAA 4OWJA 1VENA 3W29A 4BF7A 5DVHA 3CZ8A 1UD6A 3AIEA 2WZHA 5BXPA 3CPUA 2ZUMA 4AC1X 2VRQA 3AQUA 4HA2A 4HA1A 2QPUA 2JF7A 4UQDA 1BFBA 4BQ2A 4E8DA 2WLYA 1PPIA 3VKKA 2DEPA 2XM2A 1TWMA 1H09A 3WQ4A 4ZFYB 4UZSA 3OA5A 1AFCA 4UFMA 1L0PA 1TVPA 2HISA 2W63A 3AZVA 2E9LA 3CLWA 4F66A 9CGTA 1QQLA 4ACYA 3GXMA 3K46A 4W86A 2XFFA 4G6JA 4FVVA 1W1TA 2CBUA 1EQPA 3K1XA 2YA0A 2VCAA 4FLSA 1GQKA 1C90A 3POCA 4AD4A 4JAWA 3BMWA 5A8MA 1Q6FA 3WMUA 1UWQA 1UD3A 3AISA 1E56A 3VT0A 3HSMA 2BVDA 2VL4A 3AXIA 3CHEA 3ZJKA 4EE9A 1IOBA 1V3IA 4X0NA 1Z0HA 2HVMA 3WH5A 2FHFA 3W27A 1XZZA 5M03A 1HKJA 4AISA 3W9TA 1XSKA 5D9NA 1JZ5A 2RQ9A 2VCBA 3N17A 4FGFA 1GOMA 3N7JA 3FJDA 4D0TA 4N0RA 5BCAA 3HMCA 3WINA 3LMYA 1QNPA 4AZBA 1GZJA 3QYDA 1MWOA 1W3FA 3MV01 3UEQA 4OZOA 2ESUA 5BYWA 3VGDA 1JTCA 1OGGA 2WKLA 3PZOA 3I3EA 4W89A 1RZOB 3BRFA 3TTOA 4M56A 1B3WA 3LPPA 2BEAA 2VX7A 4J2SA 4PMDA 1PX3A 2D0FA 1BLDA 3APGA 5AC5A 1ISZA 2WPGA 1E3ZA 2YBTA 4QKSA 5ABFB 4C90A 1J9YA 1KCKA 3A07A 2J7BA 1R8OA 1IT0A 4Y7EA 1HN1A 2YA1A 3VT2A 1TWEA 3BA4A 3A22A 3BAGA 3CGTA 4USOA 2A3BA 2O9RA 1BPLB 5A8NA 1HJUA 4NSBA 3CA3A 3S6TA 2XTKA 3W25A 1Q6DA 4ATWA 5FNWA 1UD5A 4GOVA 2GSJA 3VT1A 3VMPA 1SR4C 5C8BB 4P8WA 4UQAA 4J3SA 5D9MA 2PWDA 1GVIA 1B0IA 2VR5A 4ZE5A 1WBCA 2XM1A 3ZR5A 5A2CA 1CGVA 1XCXA 5A69A 5JIWA 1I75A 1IHKA 1HX0A 1C3FA 4JKMA 1E6NA 2CNCA 2QMJA 4JKQA 4CVWA 3VDHA 2YUGA 1CDGA 1BLAA 4KEKA 5AC4A 2W4XA 3E1F1 4H8HA 2XVLA 4GO8A 3S8JA 2E4TA 2E4MC 1CXHA 2WB5A 3KL5A 3IAQA 1ONKB 1Q6GA 3UG3A 3WD0A 3AXHA 4L4OA 2GK1B 5A94A 3OGRA 3N7LA 1C7SA 2NVHA 1V3MA 4P8XA 1KR0A 4LQ1A 3ZC8A 4D71A 2M49A 4TXEA 3BAUA 1S0LA 3GZAA 2ZUSA 4IISA 4IM4A 3N7KA 3NSNA 3AYRA 1GPFA 4M24A 1CYGA 1UKTA 3NBEA 2WSKA 3WEZA 3H6QA 4J3VA 1JF5A 4EAMA 1K5UA 4PMZA 1GOQA 1A3HA 4JCMA 4QBVA 3F5KA 3WUGA 3B9DA 3QHNA 1NOUA 1SR0A 4EFRA 2YA2A 3WH7A 2JEPA 3OLGA 1EXPA 4LO7C 2NYYA 3ALFA 1MW3A 4CN1A 1LQ0A 2WHKA 2HWAA 4P8UA 3T2PA 3AZSA 3ZX7A 1AQ0A 2VSAA 3RMEA 3BC9A 4QFUA 1CGTA 4JFVA 1XYFA 2ET2A 1C8YA 2DSUA 1BLIA 1J0YA 2K4AB 1RH9A 3J7HA 3NYDA 3QHMA 1LL4A 2CPUA 2DIEA 3SCNA 4DWSC 1P63A 2VXTI 3AH1A 4UQ9A 5I24A 4QD2C 4JIEA 2MANA 5HNNA 2WHMA 4XFSA 2J7EA 1DP0A 2WNWA 1DWGM 3KL3A 2V3DA 1DHKA 3WNMA 3CHDA 3AKHA 1JG9A 1W9XA 2BXZA 3SCPA 3N15A 3G6LA 3CA4A 2Q3NB 2DREA 1JYVA 2NP0A 4OWLA 2W61A 3DC0A 3FJEA 5AYIA 1VEOA 1WZMA 4EFPA 1JXKA 3FGMA 4V27A 1CGYA 4X38A 5DFAA 2ZUTA 4E8CA 4I4XA 4D6DA 2IXUA 4OOZA 2XHYA 2YLLA 7CGTA 4W93A 4MB3A 4FLQA 2WZEA 1JT4A 4Z2IA 2ZOXA 2WHJA 2IHOA 3W82A 4M29A 1JIBA 3SUTA 3GBDA 1I1BA 3O4OA 1DTUA 1UKSA 4EANA 1UZ4A 1WP6A 1EVTA 1W9PA 1G0CA 4FLOA 4BQ3A 1F4AA 4XZBA 3I2XA 1UH4A 1DZCA 4ZENA 3UJ0A 3EDDA 2GVYA 1E73M 1M2TB 1FH8A 1TZ7A 3MU7A 3VD5A 1O7AA 3WY1A 1HJXA 4H8UA 3BLKA 1UA3A 4ML4A 4D0ZA 1R7AA 1IZJA 3MUIA 1BFGA 2LIEA 1CXEA 4I4QA 1LL6A 4WF7A 5DMYA 1ESWA 1JNEA 1XH1A 3AMGA 3CZJA 4KC3A 4I4OA 1HWMB 8I1BA 3CRIA 3T09A 4TVCA 1J18A 1B1YA 4A7YA 1E72M 2VC9A 3ZSSA 2NTDA 1WZAA 5CSYA 1MQQA 1ISYA 3LPGA 2FHCA 5BXRA 2J62A 1AVAA 2VR4A 4GI6A 3VOCA 2E40A 2BY3A 1GNXA 3WMBA 3RJXA 2J77A 5FIPA 3ZJ8A 4GI8A 4WIWA 3I3BA 3VTRA 3WH8A 3UDAA 4DENA 4ZGRB 2Z1KA 3NBCA 3SCWA 2Y9XE 2EPLX 1UUQA 3AZTA 1Z4SA 2BNJA 1ZBWA 2J7FA 3HN3A 5BRQA 1TMQA 5IHRA 2E8ZA 1KGXA 3W28A 4YOLA 3TTQA 1JDAA 3M6DA 4OUEA 3TONA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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