The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
138
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sequence length |
525
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structure length |
525
|
Chain Sequence |
DWSWYAPSELVAKQIANVPFNVLAGTPIKASVHLRYDPSLVSGLKDQLFVGNNASIMGARLLYLPSFGISTTVLDGLSMAANQLYAYVRKSNSGAKVYEAPDLMMTVLAIQEAYRVLFEIRRAITFANYWNFWNKYLPKQVFEQLLAIDFDDLMSNKANYCAQFNLMAQKINTFALPKYFKSILRMAYVSSNIFMDSDAVTGQMYAFVSSGYYRYSATTSESGTSLVYRDWPVGAAMPRKLNRLFTVLRELLDAIYGDADAQTMFGDIYKAFGSDGLYSIAEISVDETSTPVFDVDILAQIENCTILEANAGLAWTLDSCNVTQSKGQVLLWQPTGTITSSDNTEHIAGDIAVALGDRVLNSHIMEPQYSDVLEWTRLMATIEFDKASVTSSEKVTFKVTSCGAELIRNVLYFKNVWNDAAEDASQRVITYFSHFSQITVTNATDDPTSAYGLMSNTLDFTQLDWHPIIYVTETSVHNVANLNSILIGGDLKRPTVITTDVVKRINSAANYALYYSANLLSNIST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Picobirnavirus Crystal Structure Provides Functional Insights Into Virion Assembly and Cell Entry.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CAPSID PROTEIN
|
| molecule tags |
Virus
|
| source organism |
Rabbit picobirnavirus
|
| total genus |
138
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| structure length |
525
|
| sequence length |
525
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | ||
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VF1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4R2S A; 1EH7 A; 2EPP A; 4X6A I; 2E0A A; 1VQO Z; 3TZ5 A; 1VQN 1; 2EOY A; 2JMO A; 4DV5 E; 2JP9 A; 1N3G A; 1PJQ A; 1T4L B; 1PFT A; 3VMH A; 1IBL E; 1FS9 A; 2ENA A; 2YRK A; 4EWC A; 2EM6 A; 1EH6 A; 5LL6 f; 3CC7 1; 2Q8H A; 3OWM A; 3N0R A; 3OW2 Y; 2MKD A; 1YJN Z; 1KYQ A; 4ZYE A; 3HOZ I; 2VF1 A; 3SF6 A; 2DMY A; 3SWO A; 1YUI A; 5AE1 A; 4O4K A; 3NFZ A; 3OTO E; 3CC4 Z; 1XMO E; 4G5E A; 2EE8 A; 1K8T A; 1QVG Y; 1WHQ A; 2EPX A; 4E33 A; 4BC9 A; 4NBA A; 4A3G I; 4NBC A; 4KS9 A; 5M4N A; 3GTO I; 1XNR E; 4E30 A; 2YSO A; 2JR1 A; 4S1T A; 4WSP A; 3EPL A; 2YYG A; 2LFW A; 1YHQ Z; 2IHR 1; 3CC2 1; 2M1S A; 1W2B Y; 4X28 C; 3VYX A; 2KI7 B; 4Q1O A; 3H0G I; 1UDY A; 3FKI I; 4YHH E; 3MPI A; 2B7T A; 4WFT A; 2BU5 A; 2YYI A; 2K7I A; 2EM3 A; 2JY9 A; 4R2D A; 1STU A; 5T6J A; 4NBD A; 2JIM A; 1RJ4 A; 3Q87 A; 5A2Q C; 1G2D C; 4E32 A; 3J7A G; 1SIQ A; 4R2P A; 3JTZ A; 2B7V A; 1Q16 A; 2LMZ A; 4R8O A; 4M9V C; 4FK5 C; 2R76 A; 3L1T A; 3UBR A; 1Z01 A; 1X5W A; 2MKN A; 2EOQ A; 2EPL X; 3EPK A; 1VQ8 Z; 4LF5 E; 2FV4 B; 2EOR A; 3OIB A; 2ADR A; 1T4N A; 2LUP B; 1I6H I; 3S16 I; 1Y1V I; 3I56 Z; 4J1V A; 4F54 A; 3MHH C; 2L33 A; 1W2B Z; 3K6Q A; 2R05 A; 2Z1Q A; 4NHR A; 4O43 A; 1Q81 2; 2M6N A; 3TZ4 A; 3CCV Z; 3IR7 A; 1JJ2 Y; 4M2Z A; 1A1F A; 1T4O A; 3F3F C; 2I13 A; 3RZO I; 2DSY A; 2A25 A; 2UXC E; 3TTB A; 5B5V A; 1Q7Y 2; 1VQ7 Z; 4L5N C; 3VAD A; 5AN9 F; 3GNC A; 1WJ2 A; 4E2Z A; 4LQS B; 2HGH A; 1YJW Z; 1M90 2; 1GKX A; 1AAY A; 2V83 A; 4BY1 I; 4HTG A; 4AKI A; 2LEX A; 5IXM B; 3SXQ A; 4MRI A; 4X8W A; 2B9D A; 2EL5 A; 2LT7 A; 3EPH A; 4BBR I; 1X6F A; 1HNZ E; 4O24 A; 3K7A I; 3CCS Z; 5M4K A; 2O53 A; 2K3R A; 1JJ2 Z; 1IMU A; 2KHX A; 3C3L A; 3I55 Z; 4B3M E; 2NA2 A; 1WRJ A; 2V45 A; 5FLX b; 1U8V A; 3D6W A; 2YTP A; 2DMI A; 1YJ9 1; 1ZBQ A; 4NBB A; 1YUJ A; 4RS4 A; 2ENH A; 1XMQ E; 3S7W A; 3CCM Z; 1DQ3 A; 4CL1 A; 2EL4 A; 3FO3 A; 2M48 A; 5KL4 A; 3B96 A; 3TZ0 A; 1SR9 A; 3KWR A; 4DV1 E; 1A1L A; 5C3E I; 1RP3 A; 4W9U A; 1FS7 A; 2RPR A; 5B5W A; 2EMC A; 1Q82 1; 3G4S Z; 2EOO A; 5D1P A; 4NFR A; 1VQP 1; 3J80 f; 2QEX Z; 4DV3 E; 2NUG A; 1ZB8 A; 3CCU Z; 1GTK A; 4BBS I; 3PO3 S; 2WCC 3; 2GTH A; 4WSG A; 4RVH A; 4NB8 A; 3GTM S; 2HC5 A; 4MD9 A; 2F4M A; 4LF9 E; 1QF8 A; 3VMG A; 1RNI A; 1DI2 A; 2ENC A; 1KC8 2; 3TDH B; 5LMU E; 3P5J B; 3GTQ I; 1R3B A; 1TWA I; 3S2H I; 1PK0 A; 3CRK A; 4A3K I; 2LUQ A; 3VKH A; 2OR0 A; 2VQF E; 4FF1 A; 3CE2 A; 3EOM A; 1X8Z A; 3HOW I; 2BU6 A; 4RVD A; 3KZZ A; 5DNY A; 2ZAF A; 3M99 B; 1Q86 2; 2YTN A; 1KQS Y; 2OOY B; 1YI2 Z; 4NBE A; 3HXL A; 2FON A; 3TZ2 A; 4A3J I; 2EGT A; 1YYO A; 1UKW A; 4JI3 E; 4DOY A; 3S1R I; 4J8Z A; 5BRK A; 3MON A; 3GTG I; 2OTJ 1; 3CME Z; 5AE2 A; 2YRH A; 1JK1 A; 2LVH A; 2CJ4 A; 5A2Q b; 5C44 I; 4A3B I; 2JBT A; 1R9T I; 2E81 A; 3IWC A; 2YTI A; 4DMI A; 2EPA A; 1WCM I; 2QRE B; 1N8R 2; 2YYM A; 3CQZ I; 4P78 A; 2VUM I; 2V8K A; 1VQ6 1; 5T67 A; 3MHS C; 4RV9 A; 1K8A 2; 1TWC I; 3CMA 1; 1TFI A; 2Q8I A; 2EMZ A; 4MLQ A; 3THN A; 3H09 A; 2WBT A; 2EPK X; 3QWU A; 4AI6 A; 3BG1 B; 4HKS A; 4DGL A; 4DK1 A; 2GTI A; 4A3L I; 4A3I I; 2KPI A; 4F0X A; 3L00 A; 2CJ6 A; 1GZ6 A; 4Y52 I; 1BBO A; 1X91 A; 1RLY A; 1YUA A; 3M4O I; 2RIQ A; 3RKH A; 3X29 A; 1UN6 B; 3HOU I; 2BU2 A; 2V8I A; 4WJY A; 2EM2 A; 1RQF A; 2YU8 A; 3CPW Z; 1TWG I; 3BNF A; 4DR2 E; 2EOM A; 2QA4 1; 3P4T A; 2L92 A; 1DL6 A; 1Y8N A; 2NVQ I; 3FIG A; 1IVH A; 3C6K A; 4DV6 E; 2EN4 A; 2HJJ A; 3H3V J; 2A1T A; 2CSH A; 1A1I A; 4AKH A; 4G97 A; 3HWC A; 4WX9 A; 2PM9 A; 2EQ3 A; 1ZU1 A; 1SK6 A; 4LTY A; 2E5L E; 1P9N A; 3GKQ A; 3TE5 B; 4L38 A; 3S1M I; 4H85 A; 3MKH A; 2Y0S A; 4E2W A; 3BBG A; 3BG0 B; 1F2I G; 4RVF A; 5LLQ A; 2YWQ A; 1HR0 E; 2QRC B; 3MZK B; 4BMJ A; 2CX9 A; 2JVA A; 2VRD A; 3D9E A; 3D9G A; 5AC5 A; 2K5R A; 2EPC A; 4WPY A; 1YUK A; 1K73 2; 3VTN A; 2OJQ A; 2NVT I; 2RQL A; 1VQ4 1; 2RFQ A; 2OTL Z; 1LVC A; 4L3Y A; 2EP3 A; 5A6J A; 1UHZ A; 2ZKJ A; 4F9B B; 4LFA E; 4DV2 E; 3X0Y A; 3T4N B; 4R03 A; 2I3C A; 2WBS A; 3R7K A; 1M1K 2; 4GKK E; 4MD8 A; 2RT9 A; 4LQQ B; 1A1H A; 4JI0 E; 3CCQ Z; 3ECR A; 1G2F C; 1VQ9 1; 1X3C A; 1USP B; 2L6M A; 1YSA C; 3S15 I; 1TN9 A; 2LIY A; 3HOX I; 2V3V A; 1VQK 1; 2EPO A; 2UUC E; 3G6E Z; 3HQ1 A; 1M90 1; 1OAH A; 4XVX A; 1VQ5 1; 2UU9 E; 5C4J I; 2D29 A; 3T1Y E; 1YIJ 1; 4P79 A; 2EPU A; 1VQM Z; 4A93 I; 3JAM C; 4JI8 E; 4DQY B; 2JNY A; 2V86 A; 4ZYH A; 5KL6 A; 3VHT B; 3JAM f; 2F4O A; 2RPC A; 4OX9 E; 1J5E E; 3CCJ 1; 1VQP Z; 4X64 E; 1X90 A; 4NXN E; 2RF7 A; 1RO0 A; 2LTS A; 2YTE A; 2EN2 A; 5AE3 A; 3RMP A; 2YTD A; 1BUC A; 4RVG A; 2EN6 A; 2E2H I; 4X62 E; 2E80 A; 1L4S A; 3PO2 I; 1PI1 A; 4BY7 I; 4R2C A; 3VB9 A; 3EQ1 A; 4M9A A; 4O5G A; 1N2F A; 2YTJ A; 2C12 A; 2F4V E; 1IQO A; 3GTK I; 4NXM E; 5AC4 A; 5IT9 C; 1USP A; 2EN7 A; 2KON A; 5LMN E; 2YU5 A; 1WII A; 5T64 A; 2JR6 A; 4MPC A; 2PMZ A; 1X48 A; 2JBS A; 5KL2 A; 5IT9 f; 2Q51 A; 2QR4 A; 3J81 f; 2MC6 A; 5IWA E; 3Q23 A; 1KD1 1; 2BB8 A; 4QTT A; 3T1H E; 1RO2 A; 2EM9 A; 1N36 E; 1QVF Z; 1VQL Z; 1Q86 1; 2YZT A; 4DUZ E; 1NUI A; 4ZYJ A; 3RZD I; 2EML A; 2XS1 A; 4H7Q A; 5M4M A; 1QNT A; 3HPZ A; 2JBR A; 3CD6 Z; 2D9H A; 4F6M A; 3J7Y p; 4R2Q A; 4X9J A; 2JIO A; 1N34 E; 1FDO A; 3U50 C; 2YRM A; 1DGC A; 1R2J A; 2NUF A; 2B63 I; 2R0M A; 4DR7 E; 1YYW A; 1S72 1; 2CTD A; 2DB2 A; 4DR6 E; 4KHP E; 1N8R 1; 2EM0 A; 4DUY E; 3CCL Z; 3KIF A; 1TF3 A; 4NOZ A; 4X65 E; 3GCF A; 4M0V A; 2CT1 A; 4DV0 E; 2EMY A; 1K8A 1; 3G71 1; 5B6B A; 4RM7 A; 2EM8 A; 1PKP A; 4HGY A; 2E72 A; 3VYY A; 1XFW A; 3NH5 A; 4A3D I; 4A3E I; 2JA7 I; 3S14 I; 2EBA A; 5FLM I; 5T6B A; 2EMB A; 1NJI 1; 5A6B A; 2JOX A; 1ZBT A; 2N8X A; 2RHB A; 2FP1 A; 2B3T B; 1GKZ A; 1VQO 1; 5J6A A; 4JI1 E; 1KJK A; 2EMF A; 1ZH1 A; 1Y1V S; 3IF8 A; 3F3P C; 5A6B D; 2JIQ A; 3ADI A; 5BR8 E; 3J80 C; 3HTX A; 2YPN A; 1IBM E; 5A69 A; 2DGC A; 2Q8F A; 2UUA E; 2HU9 A; 2LJU A; 3ZOQ B; 3CCR 1; 2EMX A; 3TOR A; 2YYL A; 4F6N A; 3JAM b; 4TUI A; 2HJN A; 3M3Y I; 4KTO A; 1YJN 1; 4K0K E; 5IV8 B; 2OZK A; 2F8B A; 3II9 A; 4DR4 E; 2E1M A; 4NH1 C; 3C4T A; 4R2A A; 1BB8 A; 3OML A; 2NVY I; 3CC4 1; 4FF4 A; 3C6M A; 1XFZ A; 1W07 A; 4Q4U A; 3Q0A A; 2AKL A; 2VIG A; 2G2K A; 2CJ8 A; 1IQS A; 2VPZ A; 2OT4 A; 5CM2 M; 1JM6 A; 1WHN A; 1EGD A; 3J7A 4; 2LFU A; 1EH8 A; 3AUZ A; 2I9I A; 2EL6 A; 3D6B A; 1X3Z A; 5A6A A; 2JIF A; 2GU2 A; 4GZN C; 2E7Z A; 4IRN A; 4A3F I; 2DLK A; 3D9X A; 1AA6 A; 1YHQ 1; 4R2E A; 1K73 1; 2VPX A; 1YIT Z; 3CCE Z; 2IX5 A; 2YGW A; 3IFU A; 2E9H A; 3CRL A; 2L3J A; 2JWO A; 3NDJ A; 1VQN Z; 3FQM A; 2V87 A; 2DVL A; 5GJW E; 1XFV A; 4GKJ E; 2CJ5 A; 4E31 A; 3AFE A; 4AYB A; 3IWB A; 5F3W A; 2EQ1 A; 2UXB E; 4E01 A; 3EON A; 1A1G A; 2EOF A; 5K3H A; 4Q0T A; 3CC7 Z; 2IZ3 A; 2EQ0 A; 4IJD A; 2HF1 A; 4X66 E; 1VQ8 1; 1LLM C; 2L3C A; 2YTO A; 4Q5C A; 3I56 1; 1RMD A; 5KL7 A; 5CFF E; 4DR1 E; 2WBI A; 1K9M 2; 3CPW Y; 2LE2 A; 3S17 I; 1LQL A; 2VE7 C; 2IZ4 A; 1XFX A; 2VPW A; 3CCV 1; 2R7Z I; 3AV0 A; 1NP6 A; 1WJP A; 4E00 A; 2EPZ A; 1YZ9 A; 3KZY A; 4JEK A; 2NVX I; 1KRL A; 4JI5 E; 3LML A; 4E2X A; 2OEX A; 5IP7 I; 4NB9 A; 2EJ4 A; 5AAS A; 1FJG E; 2AO2 A; 2WB1 A; 1VQ7 1; 2VUG A; 3LGQ A; 4DKK A; 2R92 I; 4Q28 A; 3CC2 Z; 2L2M A; 2YTF A; 2ZO5 A; 4GEQ B; 3GTL I; 1A1J A; 4LU9 A; 1L1O C; 1RX0 A; 1GU6 A; 1YJW 1; 2WBU A; 4LF7 E; 3FCJ A; 4B3S E; 2JIP A; 2EMA A; 1J26 A; 5C4X I; 3HOY I; 4JYA E; 4OO2 A; 1K83 I; 2QKD A; 4QTU A; 4ZYD A; 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