3CSQA

Crystal and cryoem structural studies of a cell wall degrading enzyme in the bacteriophage phi29 tail
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
334
structure length
324
Chain Sequence
MVYVSNKYLTMSEMKVNAQYILNYLSSNGWTKQAICGMLGNMQSESTINPGLWQNLDEGNTSLGFGLVQWTPASNYINWANSQGLPYKNMDSELKRIIWEVNNNAQWINLRDMTFKEYIKSTKTPRELAMIFLASYERPANPNQPERGDQAEYWYKNLSLQLAQFPMDIINISQGENGSFSHKGTLCIDFVGKTEKYPYYAPCDCTCVWRGDASAYLAWTSDKEVMCADGSVRYITWVNVHESPLPFDVGKKLKKGDLMGHTGIGGDHWHFNVIDGKEYQGWTKKPDSCLAGTELHIYDVFAVNNVEIINGNGYDWKTSDWQDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal and cryoEM structural studies of a cell wall degrading enzyme in the bacteriophage phi29 tail.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Morphogenesis protein 1
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage phi-29
total genus 108
structure length 324
sequence length 334
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF18013 Phage_lysozyme2 Phage tail lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3csqA01
2.70.70.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Glucose Permease (Domain IIA) Glucose Permease (Domain IIA) 3csqA02
3QY4A 2BQLA 2DQHY 1B0DA 1OUCA 2ZIJA 1G7LC 1P2CC 3WXUA 1LSMA 2D4KA 4HPIA 4TX7A 1H6MA 1HC0A 1GGRA 4HTQA 3WVXA 1LCNA 1EQ5A 1UIAA 1GBWA 2Z12A 1AM7A 1GF9A 3EMSA 4H9AA 4YEMA 4Z41A 5I4YA 3QE8A 1B5VA 1LZCA 2EPEA 3VWOA 4WM4A 5FHWA 4NG1A 5HQ1A 1REMA 4EOFA 2GPRA 4KXIA 1DKKA 1T6VL 1GLEF 4DD7A 4N9RA 4P2EA 1NKHA 1GFJA 1UA6Y 3HBEX 4ANRA 5LA5A 4RW2A 1GFKA 5B07A 3TMUA 4YF2A 4HPEA 5LXWA 4I8SA 2HEDA 5F14A 2Y8PA 3LYZA 1QSWA 5LYZA 4DD0A 1B7RA 1UIGA 5KXWA 1JUGA 2HU1A 4NGLA 4WL7A 3A3RX 4HTKA 4W94A 1LZ9A 2Z39A 3AJNA 1JTPL 1RJCB 2BQMA 2G4PA 3B72A 4PRUA 4WO9A 4CFOA 4DDAA 2DQEY 3NYYA 1CKDA 1SQ2L 1CKGA 3B0IA 4N1CC 4WLTA 1D9UA 1FLUA 4YENA 3WU8A 1OUGA 1LJEA 1O23A 3AB6A 4KPMA 1WVUA 1F3ZA 135LA 1HHLA 1LZ5A 2ZNXY 4G4HA 1IWYA 4DT3A 1BB4A 5B1GA 1GPQC 1PS5A 1EQ4A 4WO6A 1GB0A 3CQLA 1XFPL 2DQJY 3G3AB 3P4ZA 3TXKA 3EBAB 1RCMA 1CJ9A 1LZAA 1HEQA 4B0DA 4GN5C 1LHLA 1JISA 3GXRA 4IATA 3RNXA 3LN2A 5KKIA 5KXPA 2DKVA 3A6CY 1G7MC 4QGZA 3TXDA 3AGGG 3WW5A 4NHQA 4PHIA 1NBZC 5KXSA 1YKZX 3W6DA 1LYSA 1LMCA 2D4JA 3WVYA 1DI4A 1OQMA 2EKSC 2YBNA 5B1FA 4LT0A 5HMJA 5LIOA 5LVKA 7LYZA 2HEBA 3HBDA 2BQGA 3IT5A 1MLCE 1BGIA 1QTEA 1BVXA 1XGRC 3A8ZA 1LZSA 1CJ7A 4GN3A 4LT1A 5HMVA 1UIDA 5IELA 5LVGA 2HEAA 1GF7A 1HSWA 1YANA 3G3BB 1LKRA 5B59A 1IP6A 4OWEA 2LYOA 1O2FA 2FYDA 5LINA 3T6UA 1GAYA 4LT2A 2BQBA 4WM2A 4ET9A 4N8ZA 1B5XA 2MEGA 1UIEA 4Z46A 193LA 1NWGA 1LZBA 1BB3A 4H92A 5EBHA 3M3UA 4G4CA 3CSZA 1D6PA 1LJIA 1TAYA 5DM9A 1BB6A 1SLYA 4LYMA 1CKHA 1JITA 1B7LA 2D91A 1IO5A 1GAZA 1LZDA 3A90A 3TXIA 1IC7Y 4WOAA 2W1XA 2BAAA 2YBMA 5ILCA 1GFHA 3TXHA 207LA 4ZIXA 3TXJA 3UZ0B 153LA 5FEKA 2HU3A 4FDYA 2IFFY 2I25L 5KXYA 5DLAA 1IY4A 1GBZA 2CJLA 4O34A 1C10A 1LHKA 1VFBC 2ZYCA 3AZ4A 4H94A 1AT6A 3AW7A 5D5CA 1F6RA 1JTOL 1NF5A 4ML7A 4NGYA 1V7SA 1OUIA 3A67Y 4N0JA 2ZWBA 1W08A 1BQLY 1HEPA 4NGKA 3ULRA 3WW6A 4KL7A 1B7MA 1YL0X 4QY9A 1AKIA 3TUFB 1YAOA 2DQDY 1HELA 4NY5A 1YAMA 5JENB 1OUDA 1KIRC 1LMAA 2H9JA 1GFRA 1BB5A 1WQOA 2PC2A 2MEBA 1IIZA 1GWDA 1A4VA 1IWVA 2C8PA 1LJNA 1QDTA 5C6IA 2FYCA 3TMXA 3TMVA 5KXLA 3F6ZA 1CKFA 2W1LA 4PRQA 5KXZA 1GB6A 1KXXA 4B4IA 4CGEA 5LYMA 4NGZA 4E3UA 5I54A 1LMNA 1HNLA 1QUSA 4DDBA 4PGJB 3RT5X 1J1PY 1NQIA 3CB7A 5D5FA 2DQAA 3A95A 1YAPA 2F4AA 1XGUC 3E3DA 5APCA 4HJVA 1LMQA 1XEIA 5I53A 1AZFA 1WTNA 1C45A 4GLVA 4J0LA 5LVJA 2N5ZA 1LHIA 2LZTA 1I56A 1FKQA 1A2YC 1IY3A 4NGIA 2W1YA 4GCFA 4WG1A 4XN6A 4LYBA 3N9AA 4H9BA 4NGJA 4GCBA 4DWXA 3B0KA 1IWUA 1BWJA 1D6QA 4TUNA 1KXWA 1LZ8A 1NMMA 1V7TA 4NWHA 5DN5A 5E9RA 2BQIA 5KXMA 1HFYA 4H9CA 2DBTA 1LSBA 5L9JA 6LYZA 2FBBA 2NWDX 1G7HC 4DD2A 3IT7A 1XSFA 1LZ4A 2DQCY 2F3GA 2BQKA 4R6CA 1RE2A 4RLMA 5LYTA 3K3TA 2B44A 5II3A 2Z2FA 1IEEA 1DKJA 1RI8B 3A34A 4WLXA 4AGAA 1LZNA 5KXKA 1KIPC 1LYZA 1DQJC 2BLYA 3WPLA 1YL1X 4ZFPA 2ZIKA 2B0PA 2LHMA 3ATNA 4B49A 2XBRA 3P65A 4BH5A 1GFAA 4HV1A 4R0FA 4NGVA 5A3EA 4LYOA 4GN4A 1B7SA 1GE2A 1WQQA 2MECA 4N1EI 3WPJA 3ATOA 5F16A 1IP2A 5IHGA 1GF0A 4PJ2C 1EL1A 1YIKA 2BQJA 1XGTC 2D6BA 5L3IA 1CJ8A 2WARA 4XYYA 1YKYX 4XJHA 1F3GA 1WTMA 4WM5A 2B5ZA 2HTXA 4IASA 2YBLA 1QTKA 2EQLA 2GV0A 1REXA 3W6CA 1DI5A 2F30A 4LXCA 4D9ZA 1INUA 3FE0A 1TBYA 2XTHA 3N9CA 3WUNA 3WXTA 4FJRA 1OUBA 3B6LA 3ZEKA 1FBIX 4CHXA 1LHJA 4TSCA 1LJGA 1XGQC 4DD9A 1GF3A 2CDSA 1JPOA 1KXYA 1FLYA 1ZMYL 1JKAA 2I26L 3AZ6A 4J1AA 1IP4A 2BQEA 4QEQA 4NGWA 5I4XA 2B13A 1OUEA 5HLLA 1B7PA 4RW1A 5T3FA 4BADA 4X3BA 4NGOA 1LSEA 1NHEA 3HBHA 5B0HA 1RFPA 4M6DA 1VEDA 2CWIA 2G4QA 1LHMA 2BQNA 4NHPA 208LA 3WMKA 3LHMA 1GF8A 1VDQA 3J6KA 4KT3A 2DQFC 1B9OA 4NHTA 1WQNA 1HFZA 5KKJA 1UIHA 4C3WA 1IWXA 3LZTA 1C08C 4ETCA 4QPBA 4ZEEA 1C43A 1HENA 2MEAA 3FI7A 1JKDA 1JKCA 2D4IA 4NSJA 4OOOA 4ZYBA 1GD6A 1YILA 5B06A 3TMWA 4HV2A 4BAPA 2F4GA 3LYTA 4H9HA 4XJIA 5KJ9A 2Z2EA 4H8XA 5M1YA 2HEEA 2F2NA 3WUMA 3AW6A 4IJ4A 1GE4A 1YKXX 1BWIA 3HFMY 4PPOA 1WVVA 2DQGY 5C6JA 1HFXA 4U3XB 1J1OY 4NWEA 1CNSA 3T36A 3OJPA 1LJHA 4G4BA 194LA 1JJ3A 1LZGA 4NIJA 4UWNA 3RW8A 4H9EA 4RNZA 1REYA 4YEOA 2BQFA 4G9SA 3W6AA 3WL2A 134LA 4WM3A 1GFVA 1GF5A 4I0CA 1TCYA 1LMOA 4WLDA 4BS7A 4DYGA 1QIOA 2MP0B 1HF4A 2HECA 1JIYA 1I1ZA 1GFEA 2ZQ3A 2MEFA 5LVHA 1GHLA 1ZV5L 2YVBA 2Q0MX 5ILFA 1LJ4A 1VDTA 1IP1A 2Z38A 4MSTA 3RU5A 1IOQA 2C8OA 2ZNWY 1F6SA 4LGKA 1OUFA 1GBXA 1AX3A 1LSYA 1E8LA 1H87A 1KIQC 4C5FA 1LOZA 1FLWA 2A7DA 4H91A 5K7OA 5KY1A 2BQCA 1LSZA 1VDPA 1GLDF 1ZVHL 2GU1A 4JBWM 4WG7A 1B7OA 1B7NA 1HSXA 1NBYC 1UICA 2YBHA 2H9KA 4N5RA 5E4PA 5J7CA 1GPRA 1XEKA 5FCPA 1NDGC 2IHLA 3W6FA 4H9FA 2H5ZA 1IOCA 1GLBF 3RZ4A 1CJ6A 3WUAA 1FDLY 1IX0A 4RNYA 5AMYA 1JTTL 1WQMA 1WQRA 2CGIA 1XEJA 2MEDA 1YROA 4J7VA 5IDDA 3ZVQA 3ZVQB 1JKBA 4A7DA 9LYZA 4LFXA 4LYZA 2YBJA 3TXEA 1B5YA 1B5ZA 2RSCA 4OWBA 5LAFA 4NSHA 1HMLA 3OK0A 3D9AC 1DPXA 4HJYA 1HEMA 1GB7A 1I20A 3A92A 1IWTA 1GEZA 1LSCA 3A93A 1LKSA 4HSFA 5I5QA 5L3HA 1D0LA 1UUZC 1UCOA 3CT1A 4GCCA 1Z55A 4CFPA 1OUHA 4NHIA 3AGHA 133LA 4H8ZA 1DXJA 4GLAA 1GB9A 6LYTA 4HJZA 1D0MA 3TXGA 4NG8A 3D3DA 1GE3A 4WLYA 2HSIA 1LPIA 1JEFA 1F0WA 4Z3MA 1ALCA 1QUTA 2X0AA 132LA 1MELL 1IP7A 1B7QA 1C46A 1GDXA 1JWRA 1W6ZA 1LZ1A 5HNCA 4GCEA 1YQVY 2XBSA 4NSIA 1OUAA 1EQEA 1WQPA 1LSFA 5FSTA 1IR7A 4B4EA 3W3EA 1DPWA 1LJ3A 2LYZA 1IR8A 3AZ7A 5APEA 1LSGA 4MCKA 1C7PA 1QQYA 4H9IA 3CSQA 2A7FA 3GXKA 5FDJA 1GE0A 5KXXA 5LA8A 3CT0A 1IOSA 1JSFA 1B5UA 2EIZC 1LZYA 1HMKA 1TDYA 3LYOA 4TWSA 4XADA 2MEIA 4H93A 5KXTA 4H90A 5KXOA 4XJFA 1OP9B 1GF4A 3A6BY 1JJ1A 3WU9A 1QSAA 4W96A 4B4JA 1IP5A 4LT3A 2Z18A 3AGIA 5APDA 1ZVYB 1UACY 1DI3A 1JSEA 1LSAA 5DL9A 4CJ2A 4ETBA 4HTNA 1QWYA 3CT5A 3B0OA 4DDCA 1BB7A 4ETDA 1UBZA 3EO5A 5F9UA 1GBYA 1QDRA 4OWAA 3WH1A 4WMGA 5KXNA 4HP0A 1GFTA 4AXTA 5LVIA 4ETAA 4OW1A 154LA 1G7IC 4OOTA 2VB1A 1UIBA 1IC5Y 2LYMA 1GB8A 3WULA 2FBDA 4RDSA 4J1BA 4GCDA 1GF6A 5B05A 1LTMA 3P68A 2DQIY 1UIFA 2ZILA 2I6ZA 1LHHA 1T3PA 1LSNA 4XENA 1LSPA 2HEFA 3P64A 4H1PA 2BPUA 1LJFA 1DZBX 4B1AA 1IVMA 1VDSA 4XJDA 2ZQ4A 2BQDA 1HERA 1IC4Y 1JHLA 4WM6A 1PZYA 1YAQA 3WPKA 2HUBA 2Z19A 1N4FA 1J1XY 1VATA 3TXBA 2BQHA 4YM8A 1LAAA 1LMTA 4NHSA 4DD1A 1LJKA 3A94A 1IP3A 2Z37A 3J4GA 1F10A 3A3QA 4G49A 3OURB 2MEHA 2BLXA 4II8A 1HEOA 2XJWA 4TSBA 4UWUA 4WL6A 1IWZA 3SLUA 5DN4A 4WM1A 4QP5A 2G4NA 5I4WA 5F81A 1D0KA 5HNLA 2BQAA 4XJGA 5KXRA 4M4OA 1LZEA 1LMPA 3LZ2A 1IOTA 1LYYA 1AT5A 1LZ6A 1TEWA 1BVKC 4L41A 3AZ5A 5KVPA 1GB3A 4DC4A 1LSDA 1VAUA 3A91A 1B2KA 1BHZA 3WYHA 4QDNA 4YOPA 1GBOA 2MEEA 4Z98A 1B5WA 3A96A 4OWCA 1LJJA 4LYCA 4LZTA 4ETEA 2LZ2A 3CSRA 1GXV2 1NDMC 1GLCF 3IJVA 1GFUA 4NFVA 4OWHA 4NEBA 3QNGA 4BAFA 1GLAF 4LYTA 3EXDA 3IJUA 4TTDA 3AYQA 1IWWA 4DD3A 3N9EA 4XJBA 1GB2A 3W6EA 4EMNA 2YDGA 3IWRA 8LYZA 2W1MA 1FLQA 1OUJA 4NSGA 1XGPC 4RLNA 2BQOA 5FELA 3BKHA 1BWHA 1JJ0A 1GBSA 2YBIA 4H8YA 3M18B 1LZRA 1G7JC 2YSSC 1IR9A 3SP3A 1CKCA 1GE1A 5C6LA 1GDWA 2ZYPA 3TXFA 3W6BA 1FN5A 1FKVA 3BKVA 1IORA 4MR1A 2AUBA 1UC0A 5A3ZA 3KAMA 1GFGA 3P66A 4LFPA 1LZTA 1REZA 1LYOA 5APFA 1HEWA 3LYMA 1GB5A 5F9XA 5LAGA 4UWVA 4ET8A 1GXXA 3WU7A 1GEVA 3MGWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ARMA 3QY4A 113LA 4ARMB 1L37A 1L34A 1LSMA 1H6MA 3WVXA 1LCNA 1AM7A 1GF9A 3EMSA 4YEMA 190LA 1REMA 4DJHA 1L11A 1GFJA 5LA5A 4RW2A 4HPEA 2HEDA 253LA 1C6PA 1B7RA 1JTNA 4PRUA 3B72A 1CKGA 209LA 4YENA 3WU8A 1C6FA 1OUGA 1O23A 3AB6A 1L95A 4G4HA 5B1GA 1OV7A 1PS5A 3G3AB 1XFPL 3P4ZA 3EBAB 1RCMA 1HEQA 4B0DA 1SWYA 1L57A 1CU0A 3WW5A 1G7MC 2Q9EA 2D4JA 1DI4A 1OQMA 2YBNA 5B1FA 248LA 1XGRC 119LA 4GN3A 1CJ7A 5LVGA 5IELA 1UIDA 1YANA 1HSWA 3G3BB 1IP6A 1O2FA 2FYDA 4ET9A 193LA 5EBHA 3M3UA 3CSZA 1SX2A 1LJIA 2D91A 234LA 198LA 4WOAA 2W1XA 1C64A 5ILCA 1QT7A 1PQOA 1LI6A 214LA 1QS5A 2I25L 5KXYA 3UONA 180LA 1F6RA 1JTOL 5FEKA 3A67Y 4I7NA 1PQJA 1W08A 1L94A 1CU3A 4EXMA 1OUDA 103LA 1GFRA 1L77A 2PC2A 1IIZA 1QTBA 2C8PA 2FYCA 1L42A 1QTZA 2W1LA 3GUPA 3K2RA 4DDBA 3HT8A 1QT8A 1YAPA 1ZWNA 1WTNA 5LVJA 2LZTA 1DYCA 1L56A 4NGIA 4DWXA 1QSQA 1V7TA 1L35A 168LA 1DYGA 2NWDX 4DD2A 3IT7A 2BQKA 1RE2A 2B44A 1DYBA 5II3A 3HH3A 1DKJA 3A34A 1L19A 1YL1X 2LHMA 4ZPUA 1L49A 1WQQA 1IP2A 257LA 1L73A 5L3IA 1CJ8A 171LA 1C6LA 1WTMA 4WM5A 1L51A 3W6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QY4 A;  2BQL A;  2DQH Y;  1B0D A;  1OUC A;  2ZIJ A;  1G7L C;  1P2C C;  3WXU A;  1LSM A;  2D4K A;  4HPI A;  4TX7 A;  1H6M A;  1HC0 A;  1GGR A;  4HTQ A;  3WVX A;  1LCN A;  1EQ5 A;  1UIA A;  1GBW A;  2Z12 A;  1AM7 A;  1GF9 A;  3EMS A;  4H9A A;  4YEM A;  4Z41 A;  5I4Y A;  3QE8 A;  1B5V A;  1LZC A;  2EPE A;  3VWO A;  4WM4 A;  5FHW A;  4NG1 A;  5HQ1 A;  1REM A;  4EOF A;  2GPR A;  4KXI A;  1DKK A;  1T6V L;  1GLE F;  4DD7 A;  4N9R A;  4P2E A;  1NKH A;  1GFJ A;  1UA6 Y;  3HBE X;  4ANR A;  5LA5 A;  4RW2 A;  1GFK A;  5B07 A;  3TMU A;  4YF2 A;  4HPE A;  5LXW A;  4I8S A;  2HED A;  5F14 A;  2Y8P A;  3LYZ A;  1QSW A;  5LYZ A;  4DD0 A;  1B7R A;  1UIG A;  5KXW A;  1JUG A;  2HU1 A;  4NGL A;  4WL7 A;  3A3R X;  4HTK A;  4W94 A;  1LZ9 A;  2Z39 A;  3AJN A;  1JTP L;  1RJC B;  2BQM A;  2G4P A;  3B72 A;  4PRU A;  4WO9 A;  4CFO A;  4DDA A;  2DQE Y;  3NYY A;  1CKD A;  1SQ2 L;  1CKG A;  3B0I A;  4N1C C;  4WLT A;  1D9U A;  1FLU A;  4YEN A;  3WU8 A;  1OUG A;  1LJE A;  1O23 A;  3AB6 A;  4KPM A;  1WVU A;  1F3Z A;  135L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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