3CSQA

Crystal and cryoem structural studies of a cell wall degrading enzyme in the bacteriophage phi29 tail
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
334
structure length
324
Chain Sequence
MVYVSNKYLTMSEMKVNAQYILNYLSSNGWTKQAICGMLGNMQSESTINPGLWQNLDEGNTSLGFGLVQWTPASNYINWANSQGLPYKNMDSELKRIIWEVNNNAQWINLRDMTFKEYIKSTKTPRELAMIFLASYERPANPNQPERGDQAEYWYKNLSLQLAQFPMDIINISQGENGSFSHKGTLCIDFVGKTEKYPYYAPCDCTCVWRGDASAYLAWTSDKEVMCADGSVRYITWVNVHESPLPFDVGKKLKKGDLMGHTGIGGDHWHFNVIDGKEYQGWTKKPDSCLAGTELHIYDVFAVNNVEIINGNGYDWKTSDWQDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage phi-29
publication title Crystal and cryoEM structural studies of a cell wall degrading enzyme in the bacteriophage phi29 tail.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Morphogenesis protein 1
total genus 108
structure length 324
sequence length 334
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF18013 Phage_lysozyme2 Phage tail lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3csqA01
2.70.70.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Glucose Permease (Domain IIA) Glucose Permease (Domain IIA) 3csqA02
3TXKA 1LMQA 1GB7A 2EQLA 1YILA 3QE8A 4PGJB 5KJ9A 1YAQA 4NY5A 4GN4A 4NGYA 3D9AC 4YOPA 3B6LA 4YEMA 4LGKA 3RZ4A 3WU8A 1KXYA 1T3PA 5HMVA 4QP5A 2DQIY 7LYZA 1BB5A 5B07A 4DDCA 1UBZA 1J1PY 3W6EA 1BVXA 2NWDX 5J7CA 1FBIX 1QTKA 4IATA 1XSFA 1TDYA 3N9EA 4DD2A 5LVKA 4DDAA 1G7IC 1IC5Y 3OURB 4NWHA 1OUAA 6LYZA 1GFEA 1LMCA 2DBTA 2H9JA 4HJZA 2MEHA 1EQ4A 4TSCA 1B7PA 2D91A 2MEAA 5FHWA 1B0DA 1JSEA 1LZRA 1YROA 2BQAA 2MECA 1IP7A 133LA 4G9SA 2BQMA 1D6PA 4NGLA 5KXMA 4CFOA 4R0FA 1BB3A 4Z46A 1GE4A 2B44A 1D6QA 1GF8A 2I26L 1D0KA 1G7HC 1GFRA 2BLYA 1IR8A 2BPUA 2B5ZA 5DN4A 2PC2A 1LZ6A 1OUHA 4NSHA 4NGJA 5LVJA 1JKAA 4OWAA 3WUAA 1H6MA 1WTMA 1TBYA 2CJLA 1JKCA 3B0IA 3RNXA 1IVMA 1HC0A 1YQVY 4HTKA 2Q0MX 3W6BA 1UIDA 1LMNA 3ZVQA 4GLAA 2DKVA 2GU1A 1P2CC 1GLCF 5APEA 1XEIA 3WU7A 4B4EA 5HNLA 3ATOA 1LZNA 4LXCA 1YKYX 1ZV5L 1YL0X 4G4HA 3B72A 3A34A 1GF4A 4HPIA 1B7LA 1HEWA 4FDYA 1B7NA 1BGIA 4FJRA 4TX7A 5B59A 1LSPA 3LZ2A 4R6CA 1EQ5A 1GB9A 1HSWA 5HMJA 3AYQA 3KAMA 2YDGA 4WLTA 4H91A 1GB8A 1B5UA 1WTNA 135LA 1F6SA 4B0DA 1UIFA 3E3DA 1B5XA 2G4QA 1BWIA 4NGOA 1F6RA 3B0OA 1HFXA 4HSFA 4MSTA 3LZTA 1GF3A 5HQ1A 4JBWM 1LJEA 1KIQC 4DT3A 1EQEA 2HTXA 4HV1A 5M1YA 2CGIA 4J1AA 1F3ZA 1QTEA 4NHTA 4YM8A 5A3ZA 1CKGA 4WM3A 4XJDA 4I0CA 3QNGA 2HECA 1AT5A 5A3EA 4L41A 4ZEEA 3EBAB 3TMXA 1IY4A 1NDGC 3D3DA 1HNLA 1HFZA 1VDQA 1DQJC 1WVVA 2FBDA 2W1YA 3A94A 4LFPA 5IHGA 3A92A 2MEEA 3A93A 5F9XA 1XEKA 1DI3A 1HMLA 4H94A 4B49A 5HLLA 1GXV2 2N5ZA 3J4GA 4YENA 1GPQC 4OWHA 5HNCA 3TXEA 1ZVYB 5KXLA 4WM6A 2EPEA 4NGZA 1LYSA 1IR7A 5C6JA 5LVGA 1QIOA 5L9JA 3CSQA 3CT5A 3A90A 1IOCA 1C08C 3A6CY 5KKIA 1GF7A 4DC4A 4HTQA 1JHLA 1F3GA 2B13A 4NHPA 2RSCA 5KXSA 1LJNA 1JITA 4NIJA 5I54A 2Y8PA 3HBHA 1DI4A 2DQDY 4DD9A 4UWUA 2Z38A 1F0WA 1C10A 2LZTA 4UWVA 3EXDA 5E4PA 1IOQA 1GB3A 1W6ZA 1IOTA 4XJGA 4H93A 2DQHY 2X0AA 5APCA 1VDTA 4H9BA 1HEMA 1XGTC 2XBRA 1LSAA 4WM2A 1GB2A 1GPRA 1GLDF 1RE2A 1DI5A 1GFTA 2MEBA 4MCKA 4DWXA 4J1BA 4H8YA 4NSJA 4PPOA 4RW1A 5LAGA 3TXDA 4WO9A 1O2FA 1UC0A 2ZWBA 1UIBA 3ZEKA 1IIZA 1FKQA 1GFVA 4C3WA 1INUA 4RNZA 1FLYA 1LSGA 5FELA 5KXZA 1LHLA 1FDLY 5FEKA 3T6UA 1B5YA 4RLNA 4CJ2A 1LHIA 5B06A 4B4IA 3AZ5A 2Z37A 2W1XA 5B1GA 3N9AA 5IDDA 5APFA 2Z18A 4XYYA 1NDMC 1FKVA 1DPWA 2HSIA 4CGEA 4NGWA 3AGIA 4DD3A 2YBIA 3AZ7A 4WL7A 2A7FA 132LA 1XEJA 1FLUA 4QY9A 4WL6A 4RW2A 1TAYA 208LA 2LHMA 3TXFA 1GAZA 4XN6A 2DQFC 1CJ9A 1JWRA 1RJCB 4WLXA 1UCOA 3WPKA 1OUIA 3IT7A 5DL9A 4X3BA 1LZ8A 4PJ2C 3SLUA 207LA 1VFBC 4KL7A 1QDRA 4LT0A 4LZTA 3WXTA 1BWJA 1LJHA 5KY1A 3NYYA 1AX3A 3M3UA 1IR9A 8LYZA 2FYDA 2HEEA 1LMOA 2G4PA 3A8ZA 3K3TA 5AMYA 1JUGA 1VDPA 4WG7A 3UZ0B 5KKJA 1NMMA 3CT1A 1LZCA 2ZQ3A 1GXXA 3LYOA 2ZYCA 1DKKA 1HEPA 4OWCA 4H92A 1QDTA 1GFJA 4GLVA 5E9RA 1G7LC 1ZMYL 2ZYPA 3G3BB 4IASA 1BHZA 1BB7A 2LYZA 1JISA 1WQNA 1DPXA 2EKSC 5L3IA 1D9UA 1GFAA 1WVUA 1YL1X 1H87A 3A91A 1LOZA 3N9CA 3WUMA 5II3A 5ILFA 1GHLA 1B7OA 3CB7A 1MELL 4GCEA 1GFGA 3IT5A 1CJ8A 2H5ZA 5F81A 5KXWA 5B05A 1LZ1A 2Z39A 1UIAA 4OWBA 4RNYA 2DQJY 2D4JA 1WQOA 4XADA 3WW5A 4ETBA 1LKSA 1OUGA 2DQGY 1UIGA 5FCPA 4BAPA 2YBNA 1LJFA 4XJHA 3B0KA 4M6DA 1I56A 4TTDA 1NWGA 4ETEA 1IWUA 1FN5A 1TEWA 4PHIA 4TWSA 1LAAA 1YAMA 4H1PA 5KXYA 4E3UA 153LA 4GCCA 3M18B 3FE0A 1LZDA 1REYA 4WM1A 5LIOA 5LVIA 1IWWA 1QQYA 1IORA 2GV0A 2W1MA 1IP1A 1IP3A 1JJ0A 3P4ZA 1JKBA 4WLYA 4AGAA 1IP2A 2BQCA 4UWNA 1GBZA 4D9ZA 5B0HA 1YKZX 1B5WA 4A7DA 1LSCA 4H8ZA 3W6FA 4ET9A 5I4YA 1JTPL 5KXRA 5KXTA 1JJ1A 3WPJA 2BLXA 2BQLA 2DQCY 4OOOA 4HPEA 1B7MA 2AUBA 3W3EA 3WH1A 3TXBA 1LSDA 4NGKA 1AT6A 4N8ZA 4O34A 3RU5A 2HEAA 1NQIA 1YIKA 1HMKA 1LHJA 4WG1A 3LYMA 3P66A 1CKHA 1J1OY 1N4FA 2YBLA 3CSRA 4P2EA 3TXGA 1GAYA 2XJWA 2YSSC 3F6ZA 4NHSA 3BKVA 3WPLA 4B4JA 1NBYC 1E8LA 1V7SA 1XGPC 1B7RA 5I5QA 1LZAA 1NHEA 4ZYBA 3ATNA 5KXXA 2A7DA 1KXWA 4NSIA 1BB6A 3GXKA 3MGWA 2HEBA 4GN5C 1HENA 4RDSA 3W6DA 3WU9A 1LKRA 2ZQ4A 1GGRA 1I20A 1OUDA 1VAUA 2YBJA 1AZFA 2I6ZA 4G4BA 4ZIXA 5LXWA 1LCNA 1LJIA 3IWRA 1HEOA 4NFVA 4G49A 1GB6A 4H9IA 4LT3A 2BQHA 4BH5A 1IP6A 4C5FA 1OUFA 4NSGA 1LZ4A 1LYZA 1OUBA 1REZA 3LN2A 1ALCA 2BQJA 1NKHA 1UICA 4G4CA 4KT3A 3WMKA 2D6BA 2CWIA 2ZILA 5ILCA 2C8PA 3CQLA 4LT1A 4XENA 1LZ9A 2YVBA 3IJVA 1Z55A 4LYZA 1BWHA 6LYTA 1VATA 4NWEA 2F4GA 4HTNA 3EMSA 1C43A 2DQEY 4U3XB 4LYCA 1LZGA 1IWVA 3J6KA 4WM4A 1GWDA 4ET8A 1GLBF 4IJ4A 3AGHA 5KVPA 1XGRC 2IHLA 1HF4A 5DLAA 3CSZA 1IC7Y 1LSMA 4II8A 2BQKA 2B0PA 3AGGG 3A95A 2BQFA 1LMTA 4HV2A 4BS7A 5LA5A 1NF5A 1C45A 4YEOA 1BVKC 1JTOL 5LYTA 2BQEA 2ZIKA 1LSYA 1IOSA 3OJPA 1FLWA 1GEZA 1GF6A 4N1CC 4NEBA 3WUNA 2Z12A 3HFMY 1CKFA 1W08A 4LYOA 1JTTL 2HEFA 5F16A 4PRUA 5L3HA 4DD7A 1LHHA 3TMWA 1FLQA 1LZTA 1D0LA 1G7MC 4LYBA 1GFKA 4OW1A 1JJ3A 1QWYA 1B7QA 5I4XA 2HU3A 1LJKA 2H9KA 5LINA 1B2KA 2F30A 2GPRA 4ANRA 4XJFA 1C7PA 2VB1A 3G3AB 1A4VA 1GEVA 3AZ4A 1OUEA 2W1LA 193LA 4WM5A 4B1AA 1IY3A 4J0LA 1A2YC 4GCFA 1IWZA 5B1FA 5EBHA 5APDA 2ZNWY 1GBWA 4GN3A 1OUCA 2MP0B 1PS5A 1GBSA 3A6BY 5KXKA 4Z98A 1AKIA 1CNSA 2LYOA 3AZ6A 1HERA 2ZNXY 3P68A 1XGUC 4N9RA 5JENB 1G7JC 2HU1A 4AXTA 4QPBA 5KXNA 3WULA 1CJ6A 1V7TA 2CDSA 3TUFB 2HEDA 4M4OA 3WW6A 4LYTA 1IP4A 1IEEA 4H9AA 2Z2FA 4KXIA 5F9UA 3W6CA 4Z41A 1JEFA 1JKDA 1LHMA 4H9EA 1VEDA 9LYZA 2BQNA 2BQGA 2F3GA 4EOFA 3RW8A 1LSNA 2BQBA 4TSBA 3ZVQB 1LSZA 1WQRA 4WO6A 2MEGA 1GBOA 3WXUA 4OOTA 1GLEF 4H8XA 1OP9B 1UUZC 3A3RX 1IWTA 4NHIA 3WYHA 1PZYA 1GB0A 1QUSA 1JSFA 5FSTA 1LZBA 1I1ZA 4DYGA 1YKXX 4N0JA 1OQMA 2G4NA 1HSXA 4H9HA 3AW7A 2YBMA 1HELA 154LA 2BQDA 3SP3A 2MEDA 2F2NA 3A3QA 1JPOA 1HFYA 4XJIA 1QSAA 5KXOA 1WQQA 1YAPA 1D0MA 4NG8A 1BB4A 3ULRA 1UIEA 1B5ZA 2I25L 5F14A 1GFUA 1KIPC 1WQPA 5D5FA 1NBZC 1GD6A 1LZEA 2D4KA 1GE1A 1LSBA 2YBHA 4I8SA 4CFPA 5LYZA 1WQMA 5I53A 3LYTA 3VWOA 1UA6Y 1QUTA 1BQLY 1T6VL 3GXRA 1LZ5A 1CKDA 4GCBA 2IFFY 1YANA 1LJJA 1SLYA 1B7SA 1KXXA 1LPIA 1DKJA 4ML7A 5LYMA 1F10A 1C46A 1RI8B 2BQOA 3LHMA 1JIYA 1GF9A 3TMUA 1OUJA 4MR1A 1LZYA 2Z19A 1IWXA 2DQAA 1GB5A 5LA8A 1GBXA 1AM7A 4DD1A 1YAOA 4NG1A 1LZSA 1GF0A 3RT5X 4HP0A 4XJBA 5LAFA 3QY4A 1DZBX 4ETCA 1IC4Y 4H90A 1LSEA 5IELA 3WVXA 1SQ2L 2D4IA 2BQIA 4WMGA 194LA 1XFPL 1IO5A 2XTHA 4RLMA 3TMVA 2LYMA 4LFXA 4Z3MA 4ZFPA 4CHXA 1IX0A 5C6LA 3WVYA 2XBSA 3A96A 2HUBA 3OK0A 5DN5A 3W6AA 3TXHA 3TXJA 5I4WA 1XGQC 1HEQA 1GFHA 3AJNA 4HJVA 4J7VA 1LMPA 1UACY 2EIZC 5C6IA 2BAAA 4W94A 5T3FA 4YF2A 1O23A 1RCMA 3CT0A 1IP5A 1B9OA 134LA 3P65A 1GBYA 1REXA 4WLDA 1CKCA 4N1EI 3FI7A 2C8OA 1B5VA 4N5RA 4W96A 1GDWA 3LYZA 5K7OA 1LJ3A 1LYOA 4QGZA 4WOAA 4ETDA 1GE3A 1RFPA 3BKHA 4H9FA 1VDSA 1LMAA 4NGVA 1GE2A 2WARA 4LYMA 1HHLA 1IWYA 1UIHA 1LSFA 4LT2A 4HJYA 4H9CA 3TXIA 5LVHA 1TCYA 2MEIA 1REMA 3EO5A 4NGIA 1KIRC 2LZ2A 4PRQA 1GE0A 1EL1A 5KXPA 5FDJA 1GLAF 3HBEX 3A67Y 1LYYA 1CJ7A 4QDNA 4QEQA 4BADA 1LTMA 1GF5A 4NHQA 2FYCA 3HBDA 3IJUA 1LJ4A 4EMNA 4DDBA 1J1XY 5DM9A 1GDXA 4DD0A 4BAFA 2F4AA 4GCDA 2Z2EA 4TUNA 2ZIJA 1LJGA 4KPMA 4OWEA 1LHKA 3T36A 1QSWA 1ZVHL 3P64A 2MEFA 2FBBA 3AB6A 3AW6A 3WL2A 1DXJA 1MLCE 4ETAA 5D5CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K28A 1LMQA 1YILA 1OV5A 137LA 1C6AA 4LGKA 1KXYA 1L84A 1P3NA 1L72A 1XSFA 4IATA 162LA 5LVKA 4DDAA 3HT9A 4NWHA 6LYZA 1ZWNA 1EQ4A 4TSCA 1B7PA 3HH4A 2D91A 2MEAA 1L0KA 1L24A 220LA 133LA 1D6PA 4R0FA 2B44A 1L99A 1G7HC 1D0KA 1GFRA 4NSHA 4DQ5A 5LVJA 1JKAA 1XJTA 4OWAA 1L98A 1TBYA 2CJLA 174LA 1YQVY 3ZVQA 4GLAA 1G1WA 3ATOA 4G4HA 3A34A 1B7LA 1B7NA 1BGIA 4TX7A 5B59A 1JTMA 1GB9A 1HSWA 5HMJA 3VW7A 3AYQA 1F6SA 1UIFA 120LA 1B5XA 232LA 2OE9X 1G0QA 3B0OA 4MSTA 3LZTA 4JBWM 2HTXA 1L15A 3CDRA 5A3ZA 2O4WA 176LA 3QNGA 2HECA 5A3EA 183LA 4L41A 3TMXA 221LA 1L22A 3D3DA 1HNLA 1WVVA 5F9XA 1HMLA 4B49A 5HLLA 1GPQC 1QTHA 3TXEA 4WM6A 147LA 237LA 3HH3A 5LVGA 229LA 1PQOA 1TLAA 3A90A 1L18A 5KKIA 2RSCA 5I54A 3HBHA 3C8SA 1DI4A 1CV0A 2DQDY 1L60A 4DD9A 3EXDA 1CV5A 3V2YA 2X0AA 4LDLA 1CU5A 1L06A 1RE2A 3HUAA 2MEBA 235LA 4RW1A 1O2FA 1UC0A 1UIBA 1I6SA 1FKQA 1L57A 4RNZA 5FEKA 4B4IA 4I7MA 3AZ5A 2Z37A 5IDDA 1G0MA 2F32A 3GUNA 4WL7A 1CV6A 157LA 1TAYA 1GAZA 4WLXA 3WPKA 4DKLA 3IT7A 260LA 4PJ2C 3SLUA 3HWLA 4LT0A 1AX3A 8LYZA 1LLHA 3A8ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TXK A;  1LMQ A;  1GB7 A;  2EQL A;  1YIL A;  3QE8 A;  4PGJ B;  5KJ9 A;  1YAQ A;  4NY5 A;  4GN4 A;  4NGY A;  3D9A C;  4YOP A;  3B6L A;  4YEM A;  4LGK A;  3RZ4 A;  3WU8 A;  1KXY A;  1T3P A;  5HMV A;  4QP5 A;  2DQI Y;  7LYZ A;  1BB5 A;  5B07 A;  4DDC A;  1UBZ A;  1J1P Y;  3W6E A;  1BVX A;  2NWD X;  5J7C A;  1FBI X;  1QTK A;  4IAT A;  1XSF A;  1TDY A;  3N9E A;  4DD2 A;  5LVK A;  4DDA A;  1G7I C;  1IC5 Y;  3OUR B;  4NWH A;  1OUA A;  6LYZ A;  1GFE A;  1LMC A;  2DBT A;  2H9J A;  4HJZ A;  2MEH A;  1EQ4 A;  4TSC A;  1B7P A;  2D91 A;  2MEA A;  5FHW A;  1B0D A;  1JSE A;  1LZR A;  1YRO A;  2BQA A;  2MEC A;  1IP7 A;  133L A;  4G9S A;  2BQM A;  1D6P A;  4NGL A;  5KXM A;  4CFO A;  4R0F A;  1BB3 A;  4Z46 A;  1GE4 A;  2B44 A;  1D6Q A;  1GF8 A;  2I26 L;  1D0K A;  1G7H C;  1GFR A;  2BLY A;  1IR8 A;  2BPU A;  2B5Z A;  5DN4 A;  2PC2 A;  1LZ6 A;  1OUH A;  4NSH A;  4NGJ A;  5LVJ A;  1JKA A;  4OWA A;  3WUA A;  1H6M A;  1WTM A;  1TBY A;  2CJL A;  1JKC A;  3B0I A;  3RNX A;  1IVM A;  1HC0 A;  1YQV Y;  4HTK A;  2Q0M X; 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 1YAN A;  1LJJ A;  1SLY A;  1B7S A;  1KXX A;  1LPI A;  1DKJ A;  4ML7 A;  5LYM A;  1F10 A;  1C46 A;  1RI8 B;  2BQO A;  3LHM A;  1JIY A;  1GF9 A;  3TMU A;  1OUJ A;  4MR1 A;  1LZY A;  2Z19 A;  1IWX A;  2DQA A;  1GB5 A;  5LA8 A;  1GBX A;  1AM7 A;  4DD1 A;  1YAO A;  4NG1 A;  1LZS A;  1GF0 A;  3RT5 X;  4HP0 A;  4XJB A;  5LAF A;  3QY4 A;  1DZB X;  4ETC A;  1IC4 Y;  4H90 A;  1LSE A;  5IEL A;  3WVX A;  1SQ2 L;  2D4I A;  2BQI A;  4WMG A;  194L A;  1XFP L;  1IO5 A;  2XTH A;  4RLM A;  3TMV A;  2LYM A;  4LFX A;  4Z3M A;  4ZFP A;  4CHX A;  1IX0 A;  5C6L A;  3WVY A;  2XBS A;  3A96 A;  2HUB A;  3OK0 A;  5DN5 A;  3W6A A;  3TXH A;  3TXJ A;  5I4W A;  1XGQ C;  1HEQ A;  1GFH A;  3AJN A;  4HJV A;  4J7V A;  1LMP A;  1UAC Y;  2EIZ C;  5C6I A;  2BAA A;  4W94 A;  5T3F A;  4YF2 A;  1O23 A;  1RCM A;  3CT0 A;  1IP5 A;  1B9O A;  134L A;  3P65 A;  1GBY A;  1REX A;  4WLD A;  1CKC A;  4N1E I;  3FI7 A;  2C8O A;  1B5V A;  4N5R A;  4W96 A;  1GDW A;  3LYZ A;  5K7O A;  1LJ3 A;  1LYO A;  4QGZ A;  4WOA A;  4ETD A;  1GE3 A;  1RFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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