1QSAA

Crystal structure of the 70 kda soluble lytic transglycosylase slt70 from escherichia coli at 1.65 angstroms resolution
Total Genus 266
100200300400500600050100150200250
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
266
sequence length
618
structure length
618
Chain Sequence
DSLDEQRSRYAQIKQAWDNRQMDVVEQMMPGLKDYPLYPYLEYRQITDDLMNQPAVTVTNFVRANPTLPPARTLQSRFVNELARREDWRGLLAFSPEKPGTTEAQCNYYYAKWNTGQSEEAWQGAKELWLTGKSQPNACDKLFSVWRASGKQDPLAYLERIRLAMKAGNTGLVTVLAGQMPADYQTIASAIISLANNPNTVLTFARTTGATDFTRQMAAVAFASVARQDAENARLMIPSLAQAQQLNEDQIQELRDIVAWRLMGNDVTDEQAKWRDDAIMRSQSTSLIERRVRMALGTGDRRGLNTWLARLPMEAKEKDEWRYWQADLLLERGREAEAKEILHQLMQQRGFYPMVAAQRIGEEYELKIDKAPQNVDSALTQGPEMARVRELMYWNLDNTARSEWANLVKSKSKTEQAQLARYAFNNQWWDLSVQATIAGKLWDHLEERFPLAYNDLFKRYTSGKEIPQSYAMAIARQESAWNPKVKSPVGASGLMQIMPGTATHTVKMFSIPGYSSPGQLLDPETNINIGTSYLQYVYQQFGNNRIFSSAAYNAGPGRVRTWLGNSAGRIDAVAFVESIPFSETRGYVKNVLAYDAYYRYFMGDKPTLMSATEWGRRY
100200300400500600600500400300200100
050100150200250Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title High resolution crystal structures of the Escherichia coli lytic transglycosylase Slt70 and its complex with a peptidoglycan fragment.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT70)
total genus 266
structure length 618
sequence length 618
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
A PF14718 SLT_L Soluble lytic murein transglycosylase L domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qsaA03
1.10.1240.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 Lytic transglycosylase, superhelical linker domain 1qsaA02
1.25.20.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe 70-kda Soluble Lytic Transglycosylase; domain 1 Bacterial muramidases 1qsaA01
1LMNA 1LSGA 1UICA 3A94A 5F16A 1GBZA 1CJ8A 4O34A 1REYA 1NHEA 4IASA 1NBYC 3HBDA 1YKZX 1UCOA 5I4YA 1IWXA 4YEOA 3B0OA 1LMQA 1F10A 3W3EA 4YENA 3A90A 2HEAA 4GCCA 4H8YA 1JSEA 1NKHA 5A3EA 3A3QA 1J1PY 1YKYX 1J1OY 1IC7Y 1LAAA 4OWHA 4YOPA 1LZ6A 4GCDA 1D6PA 3FE0A 1EQ5A 5FDJA 3VWOA 4RLNA 4ZFPA 1LZ1A 1DKJA 1DXJA 1JHLA 2H9KA 4XJIA 1LJKA 2F30A 4ET9A 5B07A 4XJHA 1GF0A 1XEIA 1HHLA 1GB8A 1GFRA 1SLYA 3RU5A 1KIPC 2XBSA 4H94A 4TTDA 4AXTA 4Z41A 5KJ9A 1LSYA 3B6LA 3CSZA 1GF7A 1B7MA 3F6ZA 2HEEA 1NQIA 3B72A 4DD1A 1H87A 4ETBA 2B5ZA 4N8ZA 4DDBA 4DC4A 3TMUA 4DD2A 5FELA 1JITA 4WMGA 3A34A 5ILFA 5LYTA 1B9OA 1HENA 1RE2A 4QDNA 1T6VL 4WM4A 2D6BA 3RZ4A 5KXOA 1XGPC 3N9AA 1LYYA 4LT3A 5J7CA 2W1XA 5LVIA 5B05A 1REXA 4GCEA 4HJYA 135LA 1GBYA 2F4AA 3WU7A 1IWTA 1VDSA 2ZNXY 2BQOA 4NGZA 2HU3A 4WM2A 1QIOA 1EQ4A 2PC2A 4TX7A 4PRQA 1QTEA 1V7TA 1DPXA 1XEKA 1OUBA 1LZTA 1LZCA 1GF8A 3LYMA 3E3DA 1B2KA 1IY4A 4OWBA 4B4EA 2Z2FA 1LJ4A 1QQYA 2BQMA 3M3UA 4G4HA 4NHIA 1FKVA 4HPEA 4H9BA 3AW7A 5APEA 3ZEKA 1G7MC 1NWGA 4WOAA 2ZIJA 3AZ5A 1VAUA 3LYZA 1I56A 1IWVA 3G3AB 4LYZA 4Z98A 1LZ8A 4PPOA 3ZVQA 1FLQA 1GPQC 2CJLA 4W96A 1OUFA 1OUEA 3EO5A 3LZ2A 1JISA 1RJCB 5B1GA 2MEIA 1W6ZA 1CKDA 1C7PA 1WQMA 3OJPA 5KXNA 154LA 1LZ4A 2ZNWY 2YDGA 1LKSA 1LPIA 1LKRA 5F81A 1JKAA 1DI3A 4DT3A 3AGHA 5KXKA 1RCMA 2F2NA 4J7VA 1GWDA 3ATOA 5KY1A 1LHLA 1JJ1A 3J6KA 4H92A 4OOOA 1AT6A 3W6DA 2BLYA 4NY5A 5KXMA 1IO5A 1GFAA 4LGKA 4LT2A 4LYTA 3J4GA 4NGWA 4NWEA 4WM6A 3T6UA 1JKDA 4UWUA 1CKFA 5B06A 2H9JA 1QSAA 1YL0X 1LZ5A 3LN2A 1QUSA 1G7LC 1GFHA 9LYZA 1ZVYB 3N9CA 1GF4A 1LHKA 1LMOA 1WQRA 3HFMY 5LA5A 1GB2A 1UC0A 2BQGA 2IHLA 3M18B 1GFUA 2DQDY 2XTHA 1BB3A 3AGGG 4WG1A 4NGJA 3TXJA 5I4WA 4DWXA 4C3WA 1LOZA 1JJ0A 2CGIA 4LYMA 5KXZA 1B7OA 3GXRA 1LYZA 1VEDA 1LJNA 3A93A 1B7RA 4IJ4A 3CT5A 4NGIA 5FSTA 1B7LA 2G4PA 5II3A 1IOSA 1G7HC 2AUBA 2A7DA 2ZILA 1REMA 1KIRC 3EMSA 1FBIX 4J1AA 4MSTA 1OUIA 2YBJA 5A3ZA 4NWHA 1ZV5L 1LSEA 194LA 3QE8A 4HSFA 4LT1A 4ETDA 5IELA 1KXYA 4HP0A 1MELL 1D0LA 1SQ2L 2G4QA 3B0IA 2MEFA 2D4KA 4LYCA 4LYOA 4CFOA 1IP2A 1LJJA 3B0KA 4N0JA 4NG1A 3WW5A 2HUBA 4LT0A 5L3HA 2DQEY 5APCA 4QY9A 2WARA 4WO6A 1FDLY 3P65A 3P68A 2BQIA 1GFJA 4UWVA 5DL9A 1GDWA 4PGJB 3TXHA 2BQBA 1LJEA 5FHWA 1IY3A 1GFVA 4G9SA 4LZTA 2Z2EA 4NSIA 1XGTC 2ZYCA 4NIJA 5HMVA 4XENA 1JJ3A 4BADA 2DQFC 4KL7A 1VFBC 1GE4A 5DN4A 5I5QA 3N9EA 3WH1A 1LHJA 2YSSC 1LHMA 1LYSA 3A8ZA 1TEWA 4ANRA 1IP7A 1EL1A 2X0AA 3WXTA 1NBZC 3CB7A 1LZYA 1IWYA 4W94A 3AYQA 4KT3A 4IATA 193LA 1DZBX 4B1AA 1HEOA 1QDRA 1W08A 5F9UA 1B5ZA 5APDA 1D6QA 1UACY 1N4FA 4II8A 3LYTA 1LSNA 5LA8A 1BVKC 1LSPA 3IWRA 3TXDA 1B7SA 3A3RX 3WUAA 1CJ7A 1JUGA 4NSGA 4RW1A 3WU9A 2D4JA 1LMPA 3TXKA 4H8XA 2DQJY 4ETEA 1REZA 2BQJA 1LSCA 1OUGA 8LYZA 1GFKA 4QEQA 4U3XB 2G4NA 3WUMA 1C46A 4CHXA 1HEQA 5B1FA 4I8SA 4XYYA 5L9JA 3ULRA 4OOTA 1JTOL 1IOTA 1OP9B 1OUDA 1YAOA 2ZQ3A 2DQGY 4XJGA 1XGRC 4LFXA 1IC4Y 1NMMA 1ZVHL 4NHTA 1XGUC 2MEHA 4R6CA 3AB6A 5C6LA 1LZBA 4H91A 1HEWA 1LZGA 4HPIA 2HEFA 1LSFA 4MCKA 1GB3A 4NHSA 1IWUA 3QNGA 4D9ZA 1OUCA 1LZRA 1UIBA 2XBRA 1JIYA 1GDXA 4CGEA 3WUNA 1C08C 5LINA 4GCBA 1GBOA 1WQPA 1LJIA 3HBEX 2LHMA 5I53A 1NDMC 4N1CC 1CNSA 1RFPA 1OQMA 4NGOA 5FEKA 1FLWA 1DPWA 1INUA 1WQNA 2W1YA 2Z12A 4GN5C 4NG8A 6LYZA 1IEEA 5KXWA 1B7PA 5F9XA 1LSBA 5JENB 2C8PA 4WG7A 1IP1A 1WVVA 3RT5X 3AJNA 2N5ZA 3WPLA 1UBZA 5KXTA 4ETCA 2BAAA 4NFVA 5D5CA 3WVYA 1B5VA 1LSAA 1O23A 4XADA 4HJVA 2DQCY 4N9RA 3WMKA 4ET8A 1BWJA 3AZ7A 132LA 1YKXX 5HNLA 5KXRA 2Q0MX 1CKHA 1YIKA 1LMTA 2VB1A 1GE3A 1FN5A 1GHLA 5I54A 5LYZA 1XFPL 1BGIA 3WPJA 1LZNA 1YANA 1LZ9A 5KXSA 1C43A 1JSFA 1WTNA 2D91A 1GB0A 2C8OA 1HFXA 2BQCA 1B5YA 4GCFA 2ZWBA 1E8LA 2YBIA 2I6ZA 3OK0A 5DM9A 1IIZA 1BB4A 1GXXA 1LHIA 4TWSA 2HECA 4B4JA 2YBMA 208LA 5IDDA 3TXEA 1JTTL 1B0DA 2YVBA 4BS7A 4Z3MA 2I25L 4NGLA 1D0MA 2DQIY 3EBAB 5K7OA 2ZYPA 4CJ2A 4WLXA 1GF3A 1I20A 1F6SA 4TSBA 3LYOA 1YL1X 2A7FA 4G49A 1ZMYL 4H9HA 4WM5A 5LYMA 3TXFA 4XJFA 1IP3A 2EPEA 1GE2A 1JKBA 3LZTA 1PS5A 1BB7A 2BQNA 4OWCA 2GV0A 3CSQA 153LA 4R0FA 1QTKA 2LYOA 3W6CA 1LCNA 3A91A 1GFEA 3TXGA 1UIFA 1VDQA 3QY4A 4PJ2C 1GB9A 3GXKA 1OUAA 5ILCA 3WYHA 5HMJA 3K3TA 1TAYA 3WU8A 1VDPA 1BWIA 1GB5A 1BVXA 2EQLA 4FJRA 5LAFA 2FYDA 2ZQ4A 2YBHA 4HTQA 1HNLA 1YAMA 3A6BY 3ATNA 3IJVA 2BQKA 4G4CA 1TBYA 1BB5A 5IHGA 1GEVA 2Y8PA 1CJ9A 5E9RA 2FBBA 1NDGC 134LA 1FLUA 3WULA 1C10A 4GLVA 4GN4A 1GF5A 4RLMA 2MEBA 3A6CY 1GBSA 5F14A 1IX0A 1LJHA 1GE0A 2EKSC 1LSZA 1HMLA 1IWWA 5LVJA 1IP6A 1BWHA 1GD6A 2BQFA 4DD7A 1LMCA 2FYCA 4ZEEA 4XJBA 3WW6A 3HBHA 1JWRA 1HSWA 2MECA 5E4PA 2CDSA 1IWZA 3P66A 4DYGA 5KKJA 3TMWA 1DI4A 207LA 7LYZA 5LVGA 2HU1A 5T3FA 1D0KA 3AZ6A 4M4OA 4N1EI 5DLAA 2Z19A 2EIZC 4QGZA 5D5FA 3TXBA 4LYBA 4OW1A 5LVKA 3IJUA 1OUHA 1WQQA 2BQHA 3AZ4A 2LYZA 4KXIA 4PHIA 1A2YC 4H8ZA 4HV2A 5KXLA 1YROA 4B4IA 1LMAA 6LYTA 5HQ1A 2DQAA 2W1MA 3W6FA 1IR8A 4H9AA 2RSCA 1UA6Y 4H9FA 4NGYA 1GBXA 2LZTA 1XEJA 1TDYA 4DDCA 2DQHY 1WVUA 4Z46A 4WM3A 4M6DA 1UIGA 1YAPA 1LHHA 3A96A 5I4XA 1AM7A 2BPUA 1F0WA 2Z18A 1VATA 1AKIA 4TSCA 4PRUA 1IORA 1CJ6A 1HFZA 2YBNA 1HMKA 2F4GA 3CT1A 3WPKA 1AZFA 5APFA 4B49A 1PZYA 5EBHA 1RI8B 2MEDA 1HSXA 3FI7A 4H1PA 4NSJA 2I26L 1A4VA 5HNCA 1UUZC 2BQAA 2Z38A 3RW8A 2MEAA 4DD3A 1HC0A 2Z37A 4HJZA 1CKGA 1HELA 1HEPA 5KXXA 3CT0A 2LYMA 4AGAA 4DD9A 1GFGA 3RNXA 1G7IC 2HEBA 3W6EA 3EXDA 4H93A 4H9EA 2MEEA 1B5UA 1V7SA 3WVXA 1LZSA 4DDAA 3CSRA 4XJDA 5DN5A 1UIHA 1D9UA 1DI5A 1LSMA 2XJWA 3KAMA 3P4ZA 2H5ZA 4UWNA 5LIOA 2MEGA 1IOQA 5B59A 1UIDA 3W6AA 1T3PA 4OWAA 3A95A 1DQJC 4YM8A 4NGVA 1CKCA 1LZEA 3ZVQB 4NHPA 1ALCA 3LHMA 3TMXA 3W6BA 4B0DA 1WTMA 1GAZA 5HLLA 4WLYA 1QDTA 1BHZA 4H9IA 4X3BA 4YEMA 1UIAA 1Z55A 3CQLA 5KKIA 5LVHA 4WL7A 4FDYA 2CWIA 4L41A 4KPMA 4WL6A 1HF4A 3D3DA 3BKVA 4RDSA 4N5RA 5KXPA 4J1BA 1EQEA 1G7JC 1H6MA 4RW2A 3WXUA 4TUNA 3D9AC 1FLYA 4OWEA 4CFPA 1LZAA 3G3BB 1JKCA 1AT5A 1GB6A 1KIQC 1YAQA 2LZ2A 3T36A 5LAGA 1JTPL 2DBTA 1IC5Y 1GE1A 4ETAA 1IP4A 1IP5A 1LTMA 1NF5A 4YF2A 1VDTA 4A7DA 4WLDA 3MGWA 4HTKA 4MR1A 1P2CC 1GEZA 1LJFA 2DKVA 1LJ3A 4H9CA 1IOCA 1F6RA 2BLXA 1LZDA 2FBDA 1JPOA 1QSWA 3AW6A 4LFPA 2HEDA 1GB7A 4ML7A 1GXV2 1LSDA 3WL2A 5C6JA 1C45A 1LYOA 1BQLY 1JEFA 4WM1A 4ZIXA 1GF9A 1KXXA 3BJDA 2BQLA 1TCYA 1WQOA 4BAFA 3SP3A 3BKHA 1GAYA 4WLTA 5L3IA 1B7QA 2IFFY 3A92A 5KXYA 3TMVA 1MLCE 1DKKA 1QUTA 4H90A 1I1ZA 1B5WA 1OUJA 4G4BA 4NHQA 4HV1A 4NGKA 4C5FA 2YBLA 1B7NA 4E3UA 1HEMA 3A67Y 5M1YA 1GFTA 4J0LA 2NWDX 1HERA 4XN6A 5C6IA 3TXIA 4HTNA 1YILA 4WO9A 1XGQC 4EMNA 4BAPA 1IR9A 4DD0A 2BQEA 5LXWA 1FKQA 4NEBA 1HFYA 133LA 1GBWA 4P2EA 1B5XA 1BB6A 1IR7A 2ZIKA 3AGIA 4I0CA 1GF6A 1UIEA 1XSFA 4GLAA 4EOFA 1LJGA 1YQVY 2W1LA 5FCPA 1IVMA 1J1XY 2D4IA 3P64A 2HTXA 4GN3A 2BQDA 4NSHA 2Z39A 1KXWA 5AMYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYFA 1CJ8A 3C8SA 1L53A 3C83A 3HBDA 1YKZX 5I4YA 3B0OA 4YENA 2HEAA 4H8YA 1G1VA 219LA 3A3QA 1L20A 1LAAA 3HT6A 1LZ6A 1D3NA 1DYEA 1OV5A 212LA 231LA 4ET9A 1HHLA 1G1WA 3RU5A 1KIPC 4EXMA 1LSYA 3CSZA 1B7MA 4ZPUA 1C6HA 1QTDA 3TMUA 1JITA 3A34A 1B9OA 4YXAC 2D6BA 5KXOA 1XGPC 3OE8A 4W53A 1LYYA 4LT3A 4I7JA 4HJYA 135LA 1IWTA 3C8QA 1LYHA 4NGZA 1EQ4A 1QTEA 1OUBA 4OWBA 1IY4A 4B4EA 2Z2FA 4NHIA 1NWGA 209LA 1IWVA 3G3AB 3ZVQA 2OE4X 1OUEA 5HNCA 1RJCB 5KXNA 1CKDA 1C7PA 1LPIA 1L27A 174LA 1LYIA 4DJHA 145LA 1LYDA 215LA 1AT6A 3EMLA 4LT2A 4UWUA 2OEAX 2H9JA 3FADA 167LA 1QSAA 1QUSA 1GF4A 1LMOA 1WQRA 248LA 1UC0A 3AGGG 1BB3A 5I4WA 3TXJA 4W56A 1JJ0A 2CGIA 1D2YA 1L51A 1L71A 3GXRA 4X8QA 1LYZA 1VEDA 2G4PA 3GUKA 1IOSA 2A7DA 1KIRC 2L78A 1CUQA 1LSEA 4LDLA 234LA 1D0LA 1SQ2L 1L52A 1L41A 2D4KA 1IP2A 120LA 2DQEY 5APCA 2BQIA 1GFJA 2RBOA 2Z2EA 230LA 5HMVA 1JJ3A 4KL7A 1LHJA 3HTDA 1LYSA 1K7YA 2X0AA 3V2YA 3CB7A 2OE7X 1JQUA 1DZBX 1QT4A 4B1AA 1HEOA 1QDRA 5APDA 1D6QA 1L58A 4II8A 2RH1A 4DKLA 185LA 1B7SA 3WUAA 4RW1A 3WU9A 166LA 1LMPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LMN A;  1LSG A;  1UIC A;  3A94 A;  5F16 A;  1GBZ A;  1CJ8 A;  4O34 A;  1REY A;  1NHE A;  4IAS A;  1NBY C;  3HBD A;  1YKZ X;  1UCO A;  5I4Y A;  1IWX A;  4YEO A;  3B0O A;  1LMQ A;  1F10 A;  3W3E A;  4YEN A;  3A90 A;  2HEA A;  4GCC A;  4H8Y A;  1JSE A;  1NKH A;  5A3E A;  3A3Q A;  1J1P Y;  1YKY X;  1J1O Y;  1IC7 Y;  1LAA A;  4OWH A;  4YOP A;  1LZ6 A;  4GCD A;  1D6P A;  3FE0 A;  1EQ5 A;  5FDJ A;  3VWO A;  4RLN A;  4ZFP A;  1LZ1 A;  1DKJ A;  1DXJ A;  1JHL A;  2H9K A;  4XJI A;  1LJK A;  2F30 A;  4ET9 A;  5B07 A;  4XJH A;  1GF0 A;  1XEI A;  1HHL A;  1GB8 A;  1GFR A;  1SLY A;  3RU5 A;  1KIP C;  2XBS A;  4H94 A;  4TTD A;  4AXT A;  4Z41 A;  5KJ9 A;  1LSY A;  3B6L A;  3CSZ A;  1GF7 A;  1B7M A;  3F6Z A;  2HEE A;  1NQI A;  3B72 A;  4DD1 A;  1H87 A;  4ETB A;  2B5Z A;  4N8Z A;  4DDB A;  4DC4 A;  3TMU A;  4DD2 A;  5FEL A;  1JIT A;  4WMG A;  3A34 A;  5ILF A;  5LYT A;  1B9O A;  1HEN A;  1RE2 A;  4QDN A;  1T6V L;  4WM4 A;  2D6B A;  3RZ4 A;  5KXO A;  1XGP C;  3N9A A;  1LYY A;  4LT3 A;  5J7C A;  2W1X A;  5LVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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