The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
158
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sequence length |
537
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structure length |
477
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Chain Sequence |
TYADYFSAWDKWEKQALPGENRNEAVSLLKECLINQFSELQLNRLNLSSLPDNLPPQITVLEITQNALISLPELPASLEYLDACDNRLSTLPELPASLKHLDVDNNQLTMLPELPALLEYINADNNQLTMLPELPTSLEVLSVRNNQLTFLPELPESLEALDVSTNLLESLPAVPTEIFFRCRENRITHIPENILSLDPTCTIILEDNPLSSRIRESLSQQTAQPDPRIYFSMPLADAVTAWFPDVSQIWHAFEHEEHANTFSAFLDRLSDTVSARNTSGFREQVAAWLEKLSASAELRQQSFAVAADATESCEDRVALTWNNLRKTLLVHQASEGLFDNDTGALLSLGREMFRLEILEDIARDKVRTLHFVDEIEVYLAFQTMLAEKLQLSTAVKEMRFYGVSGVTANDLRTAEAMVRSREENEFTDWFSLWGPWHAVLKRTEADRWALAEEQKYMRETEQQIYRQLTDEVLALRL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a Shigella effector reveals a new class of ubiquitin ligases
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Shigella flexneri 2a
|
| molecule keywords |
Invasion plasmid antigen
|
| total genus |
158
|
| structure length |
477
|
| sequence length |
537
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2008-04-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12468 | TTSSLRR | Type III secretion system leucine rich repeat protein |
| A | PF14496 | NEL | C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Shigella T3SS effector IpaH defines | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 | Shigella T3SS effector IpaH domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Horseshoe | Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) | Ribonuclease Inhibitor |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1D0B A; 4KXF B; 3O53 A; 2Z7X A; 3OGM B; 3E3Z A; 4HQ1 A; 2P1Q B; 2C5J A; 3OJA A; 4B8C D; 4LI1 A; 4LXS A; 4Q3I A; 3P72 A; 1FQV A; 4P91 A; 1OZN A; 2Q4G W; 3WPI A; 3G3A A; 4I6J B; 2X9W A; 2CA6 A; 4H09 A; 1OTM A; 4WP6 A; 4B6X A; 2Z63 A; 1OGQ A; 4FS7 A; 4NKH A; 3W3L A; 2Z65 A; 1DCE A; 4R09 A; 2X9Y A; 4UFR A; 2OMW A; 2IC6 A; 1KOH A; 5CMP A; 4U06 A; 4FCG A; 1DS9 A; 3UL7 A; 4C2A B; 3W3K A; 3S4U A; 4U09 A; 4V2E A; 2KWI B; 1LVF A; 4FD0 A; 1XEU A; 3CVR A; 4OQT A; 3CIG A; 5AWD A; 2O6Q A; 1M10 B; 3E4G A; 5A5C A; 4BV4 R; 4QC0 A; 2OMT A; 3RFE A; 4K17 A; 2OMY A; 5IJB A; 5B0N A; 3CKD A; 2IFG A; 4FI5 A; 1XCD A; 2WQW A; 1QSD A; 3TKL B; 1OTN A; 3ZYJ A; 3ULU A; 1K5G C; 4BSU A; 3VQ2 A; 3RW6 A; 2UZY A; 1SQ0 B; 3GOZ A; 1M0Z A; 2C5I T; 4MN8 B; 3WPF A; 3E2J A; 2Z81 A; 1A9N A; 2WFH A; 4LI2 A; 3UN9 A; 1P9A G; 2WQV A; 3CIY A; 2O6R A; 2XOT A; 2FT3 A; 4Z79 A; 4U7L A; 1A4Y A; 4P8S A; 1FS2 A; 2R9U A; 4PQ8 A; 2OMX A; 4MQW X; 3WPG A; 3OJA B; 1P8V A; 1JL5 A; 1W8A A; 5GMF A; 4R5C A; 3QUJ A; 3W3G A; 2XTL A; 2Z82 A; 3W3M A; 4R07 A; 5AWC A; 4FHO A; 2KWH A; 3WPB A; 2XWT C; 4G8A A; 3ZYI A; 4BSS A; 1OTO A; 1YRG A; 4Z8G A; 4R6A A; 4ARN A; 4R6J A; 3QK6 A; 3P7I A; 3SB4 A; 4RCW A; 3G04 C; 4L0R A; 1IJ5 A; 2RA8 A; 4RWT C; 2UZX A; 4IM6 A; 4LSX A; 3TSR E; 1IJ6 A; 4J2C A; 1FT8 A; 2ELL A; 3N5L A; 1OOK G; 4EZG A; 4PKI G; 4R0A A; 5IJD A; 1O6T A; 5AWB A; 5GQR K; 4Z94 G; 3RGZ A; 4WYK A; 2O6S A; 3WPD A; 4CC4 A; 2V9S A; 1ZIW A; 5GMH A; 4XSQ A; 1Z0P A; 3BZ5 A; 1ZKE A; 4M7E A; 1XWD C; 1PGV A; 1IO0 A; 4PEQ B; 2BNH A; 4CNM A; 4R6F A; 2C5K T; 1XEC A; 5HDH A; 4L3F A; 2P1M B; 4CQI A; 4L3A A; 3OGK B; 2OMU A; 4Z61 C; 3UL8 A; 3WPH A; 4XGO A; 4QXE A; 3M19 A; 2Z64 A; 3REZ A; 1O6S A; 4ECO A; 2OMV A; 4CP6 A; 3UL9 A; 4NKG A; 5B0T A; 2V70 A; 1U0N D; 4J0M A; 4AY9 X; 5GS0 A; 2OMZ A; 4LSX C; 4YEB B; 1K5D C; 4U08 A; 3RJ0 A; 5D3I A; 2JE1 A; 3W3N A; 1P8T A; 4PSJ A; 3VQ1 A; 1KOO A; 1Z7X W; 4XOS A; 1M9L A; 4CC4 C; 2IC9 A; 2JE0 A; 2P1O B; 4KT1 A; 3G06 A; 2JQD A; 2Y5Q A; 5IYX C; 4LSC A; 3ZYN A; 1LRZ A; 3JB9 j; 3W3J A; 3MXZ A; 4GLP A; 4QBZ A; 4R5D A; 2ASS B; 3C6P B; 3FXD B; 4V2C A; 4M7E C; 2CA5 A; 4FDW A; 1M9S A; 5CMN A; 3PMH G; 2P1N B; 2K48 A; 5HZL B; 1XKU A; 2Z66 A; 2A0Z A; 1LTX A; 3ZYO A; 4Z64 C; 4CIL A; 1QYY A; 3ULV A; 3G39 A; 4PER A; 4J4L A; 4AW4 A; 4RCA B; 5FTT B; 4C2B B; 3RGX A; 1O6V A; 4Y61 B; 3FXI A; 5AWA A; 2AST B; 2Z62 A; 1H6U A; 2ID5 A; 1FO1 A; 3WN4 A; 4FMZ A; 3DZE A; 4LXR A; 4ARR A; 2X9X A; 4BSR A; 4EYY R; 3RFS A; 2WQX A; 3A79 B; 4DND A; 2WQU A; 4R6G A; 4R58 A; 4ECN A; 3L3P A; 4R08 A; 3C6O B; 3M18 A; 4Q62 A; 3O6N A; 3WPC A; 3FXE B; 2P1P B; 5GMG A; 1G9U A; 4TZH A; 1H7C A; 4CNC A; 4KNG A; 3ULA A; 5B4P A; 3KJ4 A; 3RIZ A; 4LSA A; 1GWB A; 3RFJ A; 4Q3G A; 5AZ5 A; 5IJC A; 2V9T B; 5GS2 B; 2RR6 A; 1WWL A; 3OGL B; 1H6T A; 3E6J A; 2MBG A; 3WPE A; 3C6N B; 5LFN A; 4GT6 A; 2BEX A; 2Z7X B; 3G3B A; 4V2D A; 1DFJ I; 2G0U A; 3RW7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5LNK A; 4TZ4 C; 3T1H T; 2ES0 A; 3I9Y A; 3O53 A; 2JMH A; 3ZYK A; 1GNL A; 2BS3 A; 4JLC A; 3RIU A; 3OGM B; 3E3Z A; 3EHZ A; 1VOM A; 1XWM A; 2XQ8 A; 4A98 A; 1IBK T; 4I1Q A; 2HH7 A; 2YKS A; 2OO2 A; 4E3C A; 4UF0 A; 3HKB E; 4JEH B; 4COF A; 1T98 A; 3Q9D A; 3V5S A; 5FY7 A; 1SU8 A; 2WSS V; 4QH1 A; 3G3A A; 5DQV A; 4I6J B; 2CLY B; 2X9W A; 2BVL A; 4H09 A; 3RH3 A; 1DU2 A; 5LP6 E; 2EHO B; 4H9S E; 4R5L A; 3BQL A; 2X3V A; 2V6X A; 5LGT B; 4FS7 A; 5KX5 E; 1HXK A; 5HEH A; 2D0T A; 3KV4 A; 4A97 A; 3RLF F; 2FYV A; 2K3W A; 2EHO A; 1HS7 A; 2OMW A; 3C7N A; 1BR2 A; 5CMP A; 4HWI B; 4IE6 A; 2IDO B; 3K1S A; 4KIK B; 1U4Q A; 3DX1 A; 2XPK A; 4FZS A; 3TLT A; 3W3K A; 3ZC1 A; 3S4U A; 4U09 A; 2RPA A; 3EUH A; 3T8O A; 1ZWW A; 2KWI B; 2NTX A; 1LVF A; 2BDE A; 4KIK A; 1E2A A; 4D8J A; 3CIG A; 5AWD A; 2O6Q A; 3QNJ A; 4OFZ A; 3DDF A; 4QC0 A; 3LVT A; 1MMA A; 5HEG A; 5IJB A; 2NOX A; 3P8C D; 2AE9 A; 3M65 A; 2XZE A; 4G2A A; 3IF8 B; 2H7V C; 4FI5 A; 4U7Y A; 1OTN A; 2YIN A; 2UXN B; 1KNZ A; 5F5W A; 2UZY A; 1U00 A; 1FIO A; 4B3M T; 4E81 A; 1SQ0 B; 5AQT B; 4IDZ A; 1M0Z A; 4AZ7 A; 2C5I T; 3WPF A; 4GK5 E; 3AE7 A; 4Q25 A; 1TQT A; 3FZH B; 1LVK A; 1BR0 A; 3M3W A; 2KSR A; 3F57 A; 2XQ6 A; 2XM2 A; 4MFR A; 1HWW A; 5AQI B; 3PUR A; 5LYJ E; 5ABF B; 2V5C A; 3HAH A; 5LXT E; 3WPG A; 2L9Q A; 1YD8 G; 4I55 E; 1P8V A; 2VK9 A; 4IE7 A; 3AE8 A; 3VHL A; 1W9M A; 5BR8 T; 1WR6 A; 5GMF A; 5ABF A; 4R5C A; 3RRC A; 2E5V A; 2X3X A; 3W3G A; 5JDQ A; 4DUZ T; 4QHO A; 2Z82 A; 2X68 A; 3W3M A; 4ZXL A; 2F1A A; 2ZM6 T; 2FJB A; 4FHO A; 4YJ3 E; 1V9D A; 4EEB A; 3ZMT B; 3L09 A; 4M0M A; 3ZYI A; 3Q2M A; 4IRE A; 1OTO A; 3UQ4 A; 1YRG A; 4DCN C; 1T7S A; 3FB2 A; 5JR9 C; 4CXW A; 2WYH A; 1UX4 A; 2D4C A; 4ZZC A; 4YSZ A; 3ZC0 A; 2AXD S; 2H7O A; 4ZS3 A; 5EK2 A; 3ZED A; 4RWT C; 4GIW A; 3AAA B; 3Q5W A; 1MIY A; 4X64 T; 1ZYL A; 2HN2 A; 4EZQ A; 4J2C A; 2VKO A; 2OZN B; 4A56 A; 1HNW T; 4EZO A; 5JDN A; 2YU1 A; 2LOP A; 4IGU A; 3VRA A; 5L3F B; 3AVR A; 2O6S A; 2OBM A; 1D1C A; 5LG3 A; 2R6G F; 3WPD A; 1HTJ F; 2LSY A; 2JNS A; 1ZIW A; 2DLR A; 3AA6 B; 2E9X C; 1W09 A; 1Y2O A; 3FD9 A; 4H9N C; 2ND0 A; 1Z0P A; 3BZ5 A; 2V0O A; 2LT3 A; 4CN1 A; 1YQ4 A; 4EZ4 A; 3Q0K A; 5FXX A; 4R6F A; 2OW6 A; 2Z6E A; 2CBJ A; 3PUS A; 3T46 A; 2RT6 A; 5HDH A; 3KV9 A; 2X0Y A; 2B1E A; 4CQI A; 4L3A A; 4NQI A; 3J9X 1; 5AQS B; 2X5C A; 3H37 A; 3ETU A; 2OMU A; 1HCI A; 2CM0 A; 4XZC A; 4PK5 A; 2PG8 A; 3M19 A; 3AXJ A; 3BUB A; 1O6S A; 3T4A G; 4UV8 B; 1LQ7 A; 2KXP B; 2BG9 B; 5CA1 E; 5JDH A; 1J1J A; 4NKG A; 5AQK B; 4HY9 A; 1W0B A; 1U0N D; 2P9B A; 4LML A; 3RC8 A; 2XUE A; 5AQR B; 2NW8 A; 3LG7 A; 3OYX A; 2BG9 A; 3A7M A; 1X9B A; 4U3C A; 4MLK A; 5CB4 E; 2CHN A; 3RYC E; 3RJ0 A; 4IDP A; 2E8I A; 5AFU L; 3VU7 H; 3SWH A; 3UUN A; 4HFI A; 4PSJ A; 1X04 A; 4AZ5 A; 1Z7X W; 5JRC B; 4XOS A; 1M9L A; 2IC9 A; 2P1O B; 4YFS A; 3G06 A; 3AEB A; 2JQD A; 2Y5Q A; 2ZXQ A; 4YTM A; 2D0U A; 3OPC A; 4FJO A; 4R5I A; 3MXZ A; 4TWF A; 4QBZ A; 4R5D A; 2ASS B; 5L3E B; 4DV7 T; 5JRC A; 4M7E C; 2MTQ A; 2CA5 A; 3HKE E; 4HWF A; 5KDM C; 1KFY A; 3PU8 A; 3PMH G; 2WM9 A; 4DV0 T; 4HN9 A; 4LF9 T; 1NWM X; 2JQH A; 4WW0 A; 2WIN M; 3KV6 A; 2Z66 A; 3CIR A; 3O1J A; 5FXZ A; 4UDX X; 4EZS A; 3O1I A; 5AQO B; 3BUP A; 3QNU A; 2J62 A; 3DP7 A; 2WP9 A; 3ULV A; 4OK0 A; 3O4X E; 1YKE B; 3TLU A; 3ZMV B; 1UUR A; 2A3D A; 1IBM T; 1SU7 A; 4RCA B; 5HXC A; 5JDL A; 3ZEF B; 2YL6 A; 3SOL A; 5FIG A; 2SPC A; 3OKQ A; 3AA1 B; 3RGX A; 4ILA A; 2CPT A; 3AE5 A; 4AZG A; 3PUQ A; 3I9W A; 4PW8 A; 5L3C B; 1ZV4 X; 4HFC A; 4B9Q A; 3AED A; 3F2E A; 2ID5 A; 2IUB A; 4ATM A; 2N2N A; 3DZE A; 4LXR A; 4U33 A; 4OYK A; 4JN4 A; 2WQX A; 3A79 B; 1HX1 B; 2YIB A; 2RAJ A; 5FMN A; 3D4Z A; 4R58 A; 3HL6 A; 4ILC A; 3ABV A; 3K3O A; 4ZOL E; 1W9R A; 4V1A v; 4NPP A; 3C6O B; 1SU6 A; 5AQV B; 1TQU A; 1R8I A; 3O6N A; 3NRX A; 1KK7 A; 1G9U A; 4DR3 T; 2LSG A; 4LMK A; 1NAF A; 4F8H A; 5L3G B; 2CRB A; 2YU2 A; 4TWH A; 4H63 H; 1FEW A; 2NTY A; 2WQY A; 3CX8 B; 4ZZB A; 1XNQ T; 1SUM B; 1QUU A; 2F18 A; 3KJ4 A; 3RIZ A; 5LA6 E; 5AZ5 A; 3OWG A; 3AAI A; 3O3M B; 1Z8U A; 2DWK A; 4UV9 B; 3DX2 A; 4O8S A; 4C90 A; 3M3Z B; 3B5M A; 3SYV A; 5LFN A; 4DR6 T; 2I0M A; 4EZP A; 3G3B A; 2V1D B; 4V2D A; 2VKD A; 3KAW A; 2E9X B; 1MMN A; 1DKY A; 2CWO A; 2LSK A; 2HPJ A; 4KBM B; 3RKG A; 4Z90 A; 3MKD A; 4ZHQ E; 2E9X A; 3GA8 A; 4X5T A; 4EGW A; 4HGA A; 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1W8A A; 5IYZ E; 4H6I A; 5IUX A; 3BUQ A; 3UU8 A; 3RV0 A; 4I50 E; 1IBL T; 5KBP A; 4E7S A; 3NWI A; 5IWA T; 3QUJ A; 4X62 T; 3I2W A; 5JRE A; 3A8Y C; 4X1Y E; 1D0Z A; 3JAF A; 5AWC A; 2BKP A; 2LLY A; 4UVC B; 2XWT C; 1OA1 A; 5JTG A; 4TWD A; 4BSS A; 1E7P A; 4UR9 A; 3B51 X; 3Q84 A; 4MHC A; 4BJN A; 4JI4 T; 4R6J A; 2X51 A; 3QB5 A; 3I39 X; 2NP9 A; 1E9V A; 1O7D B; 3EJU A; 4UXN B; 3SB4 A; 4RCW A; 3EJP A; 5FKY A; 3UUL A; 3CZS A; 2A72 A; 2ZM0 A; 4DV1 T; 5JH7 E; 4PNI A; 2YL8 A; 4IM6 A; 3PV0 F; 3QOF A; 4LSX A; 4KX6 A; 5H6R B; 3TSR E; 1IJ6 A; 4EED A; 3I01 A; 2LXY A; 3BUD A; 5HYA A; 3FZK B; 2HPL A; 3N5L A; 1UGO A; 5C3J A; 3NKZ A; 3MJX A; 4AIS A; 1O6T A; 2XAJ B; 5GQR K; 2I59 A; 5ABG A; 1I4D A; 3RGZ A; 4WYK A; 2JRK A; 2YOE A; 3NVO A; 4CC4 A; 4FM3 A; 2WMN A; 3EDV A; 3UUM A; 3CZN A; 2CXD A; 4QXB B; 2BVM A; 2CBI A; 3JAD A; 2ODV A; 4R5K A; 5J2T E; 5GMH A; 1O3X A; 4L9I A; 2RA1 A; 4DV5 T; 2XM1 A; 2Z0N A; 5ABE A; 4CXY A; 1IO0 A; 2BNH A; 4X1K E; 1XZY A; 1D1B A; 2C5K T; 2QFF A; 2P1M B; 2XSA A; 4YLH A; 3I1A A; 4DUY T; 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